The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
308
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structure length |
308
|
Chain Sequence |
b'LTSTERLIQLFESWMLKHNKIYKNIDEKIYRFEIFKDNLKYIDETNKKNNSYWLGLNVFADMSNDEFKEKYTGSIAGNYTTTELSYEEVLNDGDVNIPEYVDWRQKGAVTPVKNQGSCGSAWAFSAVSTIESIIKIRTGNLNEYSEQELLDCDRRSYGCNGGYPWSALQLVAQYGIHYRNTYPYEGVQRYCRSREKGPYAAKTDGVRQVQPYNEGALLYSIANQPVSVVLEAAGKDFQLYRGGIFVGPCGNKVDHAVAAVGYGPNYILIRNSWGTGWGENGYIRIKRGTGNSYGVCGLYTSSFYPVKN'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallographic analysis of pro-papain variant elucidates the structural basis of the step-wise activation mechanism of the zymogen
rcsb |
| molecule keywords |
Papain
|
| source organism |
Carica papaya
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| total genus |
18
|
| structure length |
308
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| sequence length |
308
|
| chains with identical sequence |
C
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.2: Papain. |
| pdb deposition date | 2011-11-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00112 | Peptidase_C1 | Papain family cysteine protease |
| A | PF08246 | Inhibitor_I29 | Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QT4 A; 5CVN B; 4I07 A; 3RVW A; 3O1G A; 2C0Y A; 3RVX A; 3MHS A; 2DCC A; 2DZZ A; 2G6D A; 3MOR A; 3KWZ A; 2P0R A; 3DF0 A; 1THE A; 3H6S A; 1BP4 A; 2G8E A; 1CPJ A; 2P86 A; 5JA7 A; 1PBH A; 2BDL A; 1DEU A; 4AXM A; 3KWB X; 1SP4 B; 1TU6 A; 4QRV A; 3B79 A; 1EWP A; 2DZY A; 2F7D A; 2YJC A; 1F29 A; 5K16 A; 1EWM A; 1X9Y A; 1IWD A; 1NB5 A; 2NQA A; 2AIM A; 1BGO A; 4QH6 A; 4YYU A; 4ZUX U; 3CBK A; 1ZIV A; 3OF8 A; 4Q8H A; 1AU0 A; 4QRG A; 3PNR A; 1KXR A; 3K24 A; 4PP1 A; 2AYO A; 1CS8 A; 1EWL A; 1AYU A; 2R9N A; 4XUI A; 3I06 A; 3H89 A; 3N4C A; 1QOL A; 1NQC A; 1QMY A; 5F02 A; 4CDF B; 4CDC B; 2BDZ A; 4N8W A; 2FTD A; 1K3B B; 3OVX A; 5FPW A; 2R9F A; 1VJV A; 1MEG A; 4PI3 A; 4BS5 A; 4X6J A; 2YJ8 A; 3IV2 A; 2XU5 A; 3GCB A; 1ATK A; 2VHS A; 3F5V A; 1SNK A; 3O0U A; 4W4U A; 2DCB A; 3V6C A; 2XU3 A; 2G7Y A; 3PDF A; 2FRA A; 4CZW A; 4BPV A; 3P5W A; 3KX1 A; 4FK5 A; 3ZUA A; 3P5V A; 3OF9 A; 1A6R A; 3K8U A; 2PBH A; 3IMA A; 1STF E; 3P5X A; 1EF7 A; 1YK7 A; 3E1Z B; 4MZS A; 1CSB B; 5J94 A; 2R9M A; 3WXF A; 1KFU L; 2WBF X; 4W5B A; 2PNS A; 4W5C A; 5PAD A; 3N3G A; 2OUL A; 1GLO A; 1MHW A; 1AYW A; 1AU2 A; 3LFY A; 2PAD A; 1AIM A; 1HUC B; 2O6X A; 1F2B A; 2AYN A; 4HWY A; 3KW9 A; 3N3K A; 4BS6 A; 2HHN A; 4P6E A; 2Y5B A; 3BPF A; 1PPN A; 2CIO A; 3TNX A; 2DC8 A; 5CHV A; 1CVZ A; 3OIS A; 1DF0 A; 1POP A; 3V6E A; 2AU1 A; 3WXE A; 1U9X A; 4AXL A; 2AS8 A; 1QXP A; 3BC3 A; 1KHQ A; 1MDW A; 3F75 A; 1ME4 A; 1YK8 A; 5JH3 A; 3RVV A; 3BCN A; 3KKU A; 4MZO A; 2HD5 A; 1O0E A; 1Q6K A; 2HXZ A; 1ZCM A; 2AVW A; 1S4V A; 3KFQ A; 1YAL A; 2XU1 A; 3MTN A; 2F1G A; 3BOW A; 1BQI A; 4YYW A; 3CH3 X; 3CH2 X; 1ITO A; 8PCH A; 1KHP A; 3PW3 A; 4QBB A; 2DCA A; 4CDD B; 4DMX A; 1TL9 A; 1Y08 A; 2GFO A; 2JQG R; 2HH5 A; 4YVA A; 4X6H A; 1NPZ A; 1AEC A; 1PPO A; 3I3T A; 2FO5 A; 1EWO A; 2IPP B; 4BQV A; 3USV A; 5EF4 A; 2ARY A; 5CVM A; 2NQD B; 1CJL A; 4FIP A; 2ATO A; 2FQ9 A; 2E01 A; 4I05 A; 4WA6 A; 2YJ2 A; 3QSD A; 1MEM A; 1CV8 A; 2DCD A; 4OEM A; 4N79 A; 2ACT A; 2P7U A; 1F2A A; 1U9V A; 1NB3 A; 4YYR A; 4OEL A; 2OZ2 A; 3MHH A; 4YYS A; 1YT7 A; 4CDE B; 3HD3 A; 2IBI A; 4YYQ A; 2YJ9 A; 2VHF A; 1PE6 A; 4G54 A; 1AU4 A; 1F2C A; 3HHI A; 3ERV A; 1TLO A; 4PAD A; 4QRX A; 1M6D A; 3PBH A; 3S3Q A; 2DJG B; 3H8C A; 1CTE A; 1PXV A; 4XR7 A; 3NHE A; 1MS6 A; 5EGW A; 2JQF R; 3HWN A; 3M99 A; 1FH0 A; 1NLJ A; 1QDQ A; 2B1N A; 2H7J A; 1KFX L; 4RY2 A; 2R6N A; 1NL6 A; 3HHA A; 5CVO B; 1BY8 A; 3D6S A; 2PRE A; 3AI8 A; 3H8B A; 4YYV A; 4N4Z A; 4BSQ A; 3KSE A; 2E03 A; 1PIP A; 1GMY A; 2E02 A; 2NQG A; 2R9O A; 1AYV A; 5CHT A; 6PAD A; 2CB5 A; 2Y6E A; 3IHP A; 4KLB A; 4P6G A; 1PAD A; 1ICF A; 2DJF B; 4I04 A; 2G8J A; 2FUD A; 4K7C A; 3OVZ A; 1GCB A; 2DC7 A; 4X6I A; 3S3R A; 3IEJ A; 2XU4 A; 3P5U A; 1CQD A; 2FYE A; 1ME3 A; 1CB5 A; 4PP2 E; 3CBJ A; 2NQI A; 1U9Q X; 1VSN A; 3BWK A; 2OP3 A; 1AU3 A; 4YV8 A; 2DC6 A; 1U9W A; 3QJ3 A; 4MSX A; 2B1M A; 2FT2 A; 2AUZ A; 1Y4H A; 3LXS A; 4Q8G A; 4FJC A; 1PCI A; 1U5I A; 2DC9 A; 3H7D A; 2R9C A; 1PPP A; 2E00 A; 2AUX A; 4DMY A; 3BPM A; 3C9E A; 1MIR A; 1YVB A; 3U8E A; 1PPD A; 2GHU A; 1JQP A; 3WXG A; 7PCK A; 2YJB A; 2FRQ A; 3IOQ A; 1XKG A; 3IUT A; 1GEC E; 9PAP A; 5A24 A; 3K9M A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3QT4 A; 5CVN B; 4I07 A; 3RVW A; 3O1G A; 2C0Y A; 3RVX A; 4OVZ A; 3MTV A; 3MHS A; 2DCC A; 2DZZ A; 4PT5 A; 4M0W A; 2G6D A; 3MOR A; 3KWZ A; 2P0R A; 3DF0 A; 5KO3 A; 1THE A; 3H6S A; 1BP4 A; 2G8E A; 1CPJ A; 2P86 A; 3PSE A; 5JA7 A; 1PBH A; 2BDL A; 1DEU A; 4AXM A; 3KWB X; 1SP4 B; 1TU6 A; 4QRV A; 3B79 A; 1EWP A; 2DZY A; 2F7D A; 2YJC A; 4BOQ A; 1F29 A; 2J7Q C; 5K16 A; 1EWM A; 1X9Y A; 1IWD A; 1NB5 A; 4IP3 A; 2NQA A; 2AIM A; 4ZTB A; 2BTW B; 1BGO A; 4QH6 A; 3PRP A; 4YYU A; 4ZUX U; 2BU3 A; 3CBK A; 1ZIV A; 3OF8 A; 4Q8H A; 1AU0 A; 4QRG A; 3PNR A; 1KXR A; 3K24 A; 4PP1 A; 2AYO A; 1CS8 A; 1EWL A; 1AYU A; 2R9N A; 4XUI A; 1PVJ A; 3I06 A; 3H89 A; 3N4C A; 1QOL A; 1NQC A; 1QMY A; 5F02 A; 4CDF B; 4CDC B; 2BDZ A; 4N8W A; 2FTD A; 1K3B B; 1UKF A; 3OVX A; 5FPW A; 2R9F A; 1VJV A; 1MEG A; 4PI3 A; 4BS5 A; 4X6J A; 2HWK A; 2YJ8 A; 3IV2 A; 2XU5 A; 3GCB A; 1ATK A; 2VHS A; 3MJ5 A; 3F5V A; 1SNK A; 3O0U A; 4W4U A; 3W30 A; 2DCB A; 3V6C A; 3PDF A; 2G7Y A; 2XU3 A; 2FRA A; 4CZW A; 4BPV A; 3P5W A; 4MM3 B; 3KX1 A; 4FK5 A; 4BOZ A; 4WUR A; 4REZ A; 4A5U A; 3ZUA A; 3P5V A; 3OF9 A; 1A6R A; 3K8U A; 2PBH A; 3IMA A; 1STF E; 3P5X A; 1EF7 A; 1YK7 A; 4OVZ B; 4BOP A; 3E1Z B; 3BB7 A; 4MZS A; 1CSB B; 5J94 A; 2R9M A; 3WXF A; 1KFU L; 2WBF X; 3OQC A; 4W5B A; 2PNS A; 1DKI A; 4W5C A; 5PAD A; 3N3G A; 2OUL A; 4XZX A; 1GLO A; 1MHW A; 1AYW A; 1AU2 A; 3TMP A; 3LFY A; 2PAD A; 1AIM A; 3B21 A; 1HUC B; 2O6X A; 1F2B A; 2AYN A; 4HWY A; 4GUA A; 3KW9 A; 3N3K A; 2UZJ A; 4BS6 A; 2HHN A; 4P6E A; 2Y5B A; 4D8B A; 3BPF A; 1PPN A; 2CIO A; 3TNX A; 5EZS A; 4HXD B; 2DC8 A; 5CHV A; 1CVZ A; 3PT2 A; 3OIS A; 1DF0 A; 1POP A; 3V6E A; 2AU1 A; 3WXE A; 1U9X A; 4AXL A; 2AS8 A; 1QXP A; 3BC3 A; 1KHQ A; 4D8E A; 1MDW A; 3F75 A; 3RNV A; 3MP2 A; 1ME4 A; 1YK8 A; 5JH3 A; 3RVV A; 3BCN A; 3ZNH A; 3PHW A; 3KKU A; 2FE8 A; 4MZO A; 2HD5 A; 3PHU A; 1O0E A; 2Z84 A; 1Q6K A; 2JTC A; 1YZB A; 2HXZ A; 1ZCM A; 2AGA A; 2AVW A; 1S4V A; 3KFQ A; 1YAL A; 2XU1 A; 4P16 A; 3MTN A; 2F1G A; 3BOW A; 5E6J A; 1BQI A; 4YYW A; 3CH3 X; 3CH2 X; 1ITO A; 8PCH A; 1KHP A; 3PW3 A; 4QBB A; 2DCA A; 3PHX A; 4CDD B; 4DMX A; 1TL9 A; 4RKX A; 1Y08 A; 2GFO A; 2JQG R; 2HH5 A; 4YVA A; 4X6H A; 4BOU A; 2BTW A; 1NPZ A; 1AEC A; 1PPO A; 3I3T A; 2FO5 A; 1EWO A; 2IPP B; 4BQV A; 3USV A; 5EF4 A; 2ARY A; 5CVM A; 2NQD B; 1CJL A; 4FIP A; 2ATO A; 2FQ9 A; 2E01 A; 4I05 A; 4WA6 A; 2YJ2 A; 3QSD A; 1MEM A; 1CV8 A; 2DCD A; 4D8I A; 4OEM A; 4N79 A; 2ACT A; 2P7U A; 1F2A A; 1U9V A; 1NB3 A; 3BY4 A; 4YYR A; 4OEL A; 2OZ2 A; 3MHH A; 5JZE A; 2J7Q A; 2DOS A; 4YYS A; 3IFU A; 1YT7 A; 4CDE B; 3HD3 A; 2IBI A; 4YYQ A; 2YJ9 A; 2VHF A; 1PE6 A; 4G54 A; 1AU4 A; 1F2C A; 3HHI A; 3ERV A; 3E9S A; 1TLO A; 4PAD A; 4RF0 A; 4QRX A; 1M6D A; 3PBH A; 3S3Q A; 2DJG B; 4MI7 A; 3H8C A; 3BBA A; 1CTE A; 1PXV A; 4XR7 A; 3NHE A; 1MS6 A; 5EGW A; 2JQF R; 3HWN A; 3M99 A; 1FH0 A; 1NLJ A; 1QDQ A; 3C0R A; 2B1N A; 2H7J A; 1KFX L; 4RY2 A; 2R6N A; 1NL6 A; 3HHA A; 3O65 A; 5CVO B; 1BY8 A; 3D6S A; 2PRE A; 3AI8 A; 3H8B A; 4YYV A; 4N4Z A; 4BSQ A; 3KSE A; 2E03 A; 3W31 A; 1PIP A; 1GMY A; 2E02 A; 2NQG A; 2R9O A; 1AYV A; 5CHT A; 6PAD A; 2CB5 A; 2Y6E A; 3IHP A; 4KLB A; 3PRM A; 4P6G A; 1PAD A; 1ICF A; 2DJF B; 4RNA A; 4I04 A; 2G8J A; 2FUD A; 4K7C A; 3OVZ A; 1GCB A; 2DC7 A; 4R3D A; 4X6I A; 3S3R A; 3IEJ A; 2XU4 A; 3P5U A; 2JRI A; 1CQD A; 2FYE A; 1ME3 A; 1CB5 A; 4RF1 A; 4PP2 E; 3CBJ A; 2NQI A; 5EZQ A; 1U9Q X; 4OW0 A; 1VSN A; 3BWK A; 2OP3 A; 1AU3 A; 4YV8 A; 2DC6 A; 1U9W A; 3QJ3 A; 4MSX A; 2B1M A; 2FT2 A; 2AUZ A; 1Y4H A; 3LXS A; 4Q8G A; 4FJC A; 1PCI A; 1U5I A; 2DC9 A; 3H7D A; 2R9C A; 1PPP A; 2E00 A; 2AUX A; 4DMY A; 3BPM A; 3C9E A; 1MIR A; 1YVB A; 3U8E A; 1PPD A; 2GHU A; 1JQP A; 4IUM A; 3WXG A; 7PCK A; 2YJB A; 2FRQ A; 3IOQ A; 1XKG A; 3IUT A; 1GEC E; 9PAP A; 3TRK A; 4BOS A; 5A24 A; 3K9M A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3QT4 A; 5CVN B; 4I07 A; 3RVW A; 3O1G A; 2C0Y A; 3RVX A; 3MHS A; 2DCC A; 2DZZ A; 2G6D A; 3MOR A; 3KWZ A; 2P0R A; 3DF0 A; 1THE A; 3H6S A; 1BP4 A; 2G8E A; 1CPJ A; 2P86 A; 2BSZ A; 5JA7 A; 4NV8 A; 1PBH A; 2BDL A; 1DEU A; 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2Y5B A; 3BPF A; 1PPN A; 2CIO A; 3TNX A; 2DC8 A; 5CHV A; 1CVZ A; 3OIS A; 1DF0 A; 1GX3 A; 1POP A; 3V6E A; 2AU1 A; 3WXE A; 1U9X A; 4AXL A; 2AS8 A; 1QXP A; 3BC3 A; 1KHQ A; 1MDW A; 3F75 A; 4GUZ A; 1ME4 A; 1YK8 A; 5JH3 A; 3RVV A; 3BCN A; 3KKU A; 4MZO A; 2HD5 A; 1O0E A; 1Q6K A; 2HXZ A; 1ZCM A; 2AVW A; 1W4T A; 1S4V A; 3KFQ A; 2VFB A; 4B55 A; 1YAL A; 2XU1 A; 3MTN A; 2F1G A; 3BOW A; 1BQI A; 4YYW A; 3CH3 X; 3CH2 X; 1ITO A; 8PCH A; 1KHP A; 3PW3 A; 4QBB A; 2DCA A; 4CDD B; 4DMX A; 1TL9 A; 1Y08 A; 2GFO A; 2JQG R; 2HH5 A; 4YVA A; 4X6H A; 1NPZ A; 1AEC A; 1PPO A; 3I3T A; 2FO5 A; 1EWO A; 2IPP B; 4BQV A; 3USV A; 5EF4 A; 2ARY A; 5CVM A; 2NQD B; 1CJL A; 4FIP A; 1E2T A; 2ATO A; 2FQ9 A; 2E01 A; 4I05 A; 4WA6 A; 2YJ2 A; 3QSD A; 1MEM A; 4C5P A; 1CV8 A; 2DCD A; 4OEM A; 4N79 A; 2ACT A; 2P7U A; 1F2A A; 1U9V A; 1NB3 A; 4YYR A; 4OEL A; 2OZ2 A; 3MHH A; 4YYS A; 1YT7 A; 4CDE B; 3HD3 A; 2IBI A; 4YYQ A; 2YJ9 A; 2VHF A; 1PE6 A; 4G54 A; 1AU4 A; 1F2C A; 3HHI A; 3ERV A; 1TLO A; 4PAD A; 4QRX A; 1M6D A; 3PBH A; 3S3Q A; 2DJG B; 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