The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
135
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sequence length |
758
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structure length |
701
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Chain Sequence |
MLAYPDYFNDITSDGPISVDDETYPLSSVGMPYYLDKLLSAWPPVVFKSEGTIPQLLAVISSQNEKLSTQEFPLLRYDRTKYGMRNAIPDYVCLRDIRKQITSGLETSDIQTYTSINKYEVPPAYSRLPLTFDFTPFNNTEYSGLDPDVDNHYTNAIIQLYRFIPEMFNFVVGCLKDENFETTLLTDLGYLFDMMERSHGKICSSSNFQASLKSLTDKLESLCIRESIEDSSESIKRNMPQKFNRFLLSQLIKEEAQTVNHNITLNQCFGLETEIRTECSCDHYDTTVKLLPSLSISGINKQNILPYIEYAMKNVTQKNSICPTCGKTETITQECTVKNLPSVLSLELSLLDTEFSNIRSSKNWLTSEFYGSIIKNKAVLRSTASELKGTSHIFKYELNGYVAKITDNNNETRLVTYVKKYNPKENCFKWLMFNDYLVVEITEEEALKMTYPWKTPEIIIYCDAEELRKPFFSVDTYSINYDILFRDYFANARREYKLLTHDEAPKSGTLVAIDAEFVSLQSELCEIDHQGIRSIIRPKRTALARISIIRGEEGELYGVPFVDDYVVNTNHIEDYLTRYSGILPGDLDPEKSTKRLVRRNVVYRKVWLLMQLGCVFVGHGLNNDFKHININVPRNQIRDTAIYFLQGKRYLSLRYLAYVLLGMNIQEGNHDSIEDAHTALILYKKYLHLKEKAIFEKVLNS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of the Pan2-Pan3 core complex reveals cross-talk between deadenylase and pseudokinase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PAB-dependent poly(A)-specific ribonuclease subunit PAN2
|
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
135
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| structure length |
701
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| sequence length |
758
|
| chains with identical sequence |
D, G, J
|
| ec nomenclature |
ec
3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease. |
| pdb deposition date | 2015-01-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00929 | RNase_T | Exonuclease |
| A | PF13423 | UCH_1 | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O0U A; 3RVW A; 3BWK A; 4G54 A; 3TNX A; 4WA6 A; 3MHH A; 3WXE A; 1TLO A; 4X6J A; 2JQG R; 2FQ9 A; 2Y6E A; 4PP2 E; 1S4V A; 3OVX A; 3U8E A; 4RY2 A; 1U9X A; 3WXF A; 3IMA A; 2DCC A; 4YYQ A; 1THE A; 3E1Z B; 3WXG A; 1JQP A; 5EF4 A; 2YJB A; 1AYU A; 5JH3 A; 1CVZ A; 1YK8 A; 3P5V A; 1CV8 A; 5CVN B; 1PPP A; 2AYO A; 1PPO A; 5CVO B; 1AEC A; 2DC8 A; 1ME4 A; 1QDQ A; 1KHQ A; 4YVA A; 5A24 A; 4QH6 A; 1AYW A; 2GFO A; 1M6D A; 4FJC A; 1XKG A; 3LFY A; 1EF7 A; 3CH3 X; 4QRX A; 1BP4 A; 1BQI A; 4X6H A; 2H7J A; 2AUX A; 4BSQ A; 1AU0 A; 1EWO A; 4X6I A; 3GCB A; 2YJ2 A; 2E03 A; 2DC6 A; 1GLO A; 3RVV A; 1SNK A; 4MZS A; 2NQI A; 3RVX A; 2ARY A; 1A6R A; 5CHV A; 4Q8G A; 2FYE A; 1PPN A; 1EWP A; 4CDE B; 2PBH A; 1QMY A; 3NHE A; 3PW3 A; 4Q8H A; 3OF8 A; 4K7C A; 4I07 A; 4OEM A; 1MEG A; 1VSN A; 3N3K A; 1AU4 A; 4FK5 A; 2R9O A; 4YYV A; 4HWY A; 1ICF A; 1CJL A; 1NB3 A; 3PBH A; 2E01 A; 3IUT A; 2P7U A; 3V6E A; 3OF9 A; 4AXL A; 1NL6 A; 3QSD A; 1GEC E; 1U9Q X; 1DF0 A; 1KXR A; 1POP A; 1U9W A; 3HHA A; 1EWL A; 3BPF A; 1ME3 A; 2ATO A; 2FT2 A; 3H7D A; 3M99 A; 2AIM A; 1PIP A; 1PE6 A; 3BC3 A; 6PAD A; 1NB5 A; 4CDC B; 2G7Y A; 3N4C A; 1MDW A; 1ATK A; 3C9E A; 3HD3 A; 4OEL A; 4N8W A; 2B1M A; 1CSB B; 3V6C A; 3H8B A; 2PNS A; 3F75 A; 2AS8 A; 4XUI A; 2DC7 A; 4BPV A; 2R9N A; 4YYS A; 2DJF B; 1KFU L; 1STF E; 1AIM A; 1ITO A; 2BDL A; 2HHN A; 2C0Y A; 1BGO A; 3K24 A; 5J94 A; 1NLJ A; 3CBJ A; 5PAD A; 2HXZ A; 2O6X A; 2OP3 A; 1VJV A; 2XU3 A; 3KSE A; 2F1G A; 2HH5 A; 2FUD A; 2G6D A; 2NQD B; 5CVM A; 2VHS A; 1FH0 A; 2IPP B; 1Y08 A; 1TU6 A; 2IBI A; 1Y4H A; 1O0E A; 3DF0 A; 2P86 A; 1AU3 A; 3BCN A; 2FRQ A; 2GHU A; 4PI3 A; 4BS5 A; 4QRG A; 4ZUX U; 2FO5 A; 3IOQ A; 1MEM A; 3CH2 X; 3IV2 A; 2DZY A; 1CS8 A; 2JQF R; 1MIR A; 2OUL A; 1F2C A; 3IEJ A; 4PP1 A; 3CBK A; 2AVW A; 1KHP A; 4W5C A; 1F2B A; 4YYR A; 4CZW A; 5EGW A; 2AU1 A; 2R9C A; 3IHP A; 2HD5 A; 3PDF A; 7PCK A; 3O1G A; 2DJG B; 3D6S A; 1F2A A; 2G8J A; 2P0R A; 3S3Q A; 3ERV A; 1DEU A; 1MS6 A; 3K8U A; 3H89 A; 1YVB A; 2ACT A; 8PCH A; 2FRA A; 1X9Y A; 2B1N A; 3KX1 A; 3N3G A; 1PBH A; 2R9M A; 4PAD A; 3HWN A; 2XU1 A; 3USV A; 4MSX A; 3K9M A; 2NQG A; 4I04 A; 2E02 A; 1YT7 A; 2CB5 A; 4P6G A; 5F02 A; 2AUZ A; 1SP4 B; 3QT4 A; 1CB5 A; 4I05 A; 3KW9 A; 1BY8 A; 2R9F A; 4MZO A; 1AU2 A; 3I06 A; 1YK7 A; 2F7D A; 3HHI A; 3AI8 A; 2AYN A; 3H8C A; 2DZZ A; 2OZ2 A; 2PAD A; 2DC9 A; 1PPD A; 3LXS A; 1GMY A; 3I3T A; 4KLB A; 1PCI A; 5FPW A; 1U9V A; 3OIS A; 2G8E A; 2XU4 A; 2VHF A; 2DCA A; 1QXP A; 4P6E A; 2R6N A; 4N4Z A; 2YJ9 A; 3KWZ A; 9PAP A; 4W5B A; 1F29 A; 4N79 A; 2YJ8 A; 3MTN A; 3ZUA A; 4BQV A; 3KFQ A; 4YV8 A; 1K3B B; 1Q6K A; 3BOW A; 1PAD A; 2DCD A; 1U5I A; 3KKU A; 3B79 A; 5K16 A; 1CPJ A; 2Y5B A; 4QRV A; 3P5X A; 2FTD A; 4AXM A; 1IWD A; 1KFX L; 2NQA A; 4YYW A; 4CDF B; 1PXV A; 2XU5 A; 4BS6 A; 3P5W A; 2DCB A; 2YJC A; 1CTE A; 1CQD A; 2WBF X; 3OVZ A; 1HUC B; 3P5U A; 1EWM A; 1TL9 A; 5CHT A; 3H6S A; 2BDZ A; 4YYU A; 1ZIV A; 3QJ3 A; 2PRE A; 3F5V A; 3MOR A; 4W4U A; 4CDD B; 3S3R A; 3BPM A; 1AYV A; 4DMX A; 4DMY A; 2CIO A; 4QBB A; 1QOL A; 1NPZ A; 5JA7 A; 3KWB X; 3MHS A; 2E00 A; 4XR7 A; 1GCB A; 1NQC A; 1YAL A; 3PNR A; 1ZCM A; 4FIP A; 1MHW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3O0U A; 3PRM A; 3RVW A; 3BWK A; 3PHW A; 4G54 A; 3TNX A; 4WA6 A; 3MHH A; 3WXE A; 1TLO A; 4X6J A; 2JQG R; 2FQ9 A; 2Y6E A; 2UZJ A; 4PP2 E; 1S4V A; 3OVX A; 3U8E A; 4RY2 A; 1U9X A; 3WXF A; 3IMA A; 2DCC A; 4YYQ A; 1THE A; 3E1Z B; 3WXG A; 1JQP A; 5EF4 A; 2YJB A; 1AYU A; 5JH3 A; 1CVZ A; 1YK8 A; 3P5V A; 3W30 A; 1CV8 A; 3PRP A; 2JTC A; 5CVN B; 1PPP A; 2AYO A; 1PPO A; 5CVO B; 3PHX A; 1AEC A; 2DC8 A; 1YZB A; 1ME4 A; 3PHU A; 1QDQ A; 1KHQ A; 4YVA A; 5A24 A; 4QH6 A; 1AYW A; 2GFO A; 1M6D A; 4FJC A; 1XKG A; 3LFY A; 1EF7 A; 3CH3 X; 4QRX A; 1BP4 A; 1BQI A; 4X6H A; 2H7J A; 2AUX A; 4BSQ A; 1AU0 A; 1EWO A; 4X6I A; 3GCB A; 4XZX A; 2YJ2 A; 2E03 A; 2DC6 A; 1GLO A; 3RVV A; 1SNK A; 4MZS A; 2NQI A; 3RVX A; 4OW0 A; 2ARY A; 1A6R A; 5CHV A; 4Q8G A; 2FYE A; 1PPN A; 1EWP A; 4CDE B; 2PBH A; 1QMY A; 3NHE A; 3PW3 A; 4Q8H A; 3OF8 A; 1PVJ A; 4K7C A; 4I07 A; 4OEM A; 1MEG A; 1VSN A; 3N3K A; 4ZTB A; 1AU4 A; 3OQC A; 4FK5 A; 2R9O A; 4YYV A; 4HWY A; 1ICF A; 1CJL A; 1NB3 A; 4D8I A; 5JZE A; 3PBH A; 2E01 A; 3IUT A; 2P7U A; 3V6E A; 2AGA A; 3OF9 A; 2HWK A; 4AXL A; 1NL6 A; 3QSD A; 1GEC E; 1U9Q X; 1DF0 A; 1KXR A; 1POP A; 1U9W A; 3W31 A; 3HHA A; 3O65 A; 3TRK A; 1EWL A; 3BPF A; 1ME3 A; 2ATO A; 2FT2 A; 3H7D A; 4IP3 A; 3M99 A; 2AIM A; 1PIP A; 1PE6 A; 3BC3 A; 6PAD A; 1NB5 A; 4CDC B; 2G7Y A; 3N4C A; 1MDW A; 1ATK A; 3C9E A; 3HD3 A; 4OEL A; 4N8W A; 2B1M A; 1CSB B; 3V6C A; 3H8B A; 2PNS A; 3F75 A; 2AS8 A; 4XUI A; 2DC7 A; 3TMP A; 4BPV A; 2R9N A; 4YYS A; 2DJF B; 1KFU L; 1STF E; 1AIM A; 1ITO A; 2BDL A; 2HHN A; 2C0Y A; 1BGO A; 3K24 A; 5J94 A; 4OVZ B; 1NLJ A; 3CBJ A; 5PAD A; 2HXZ A; 2O6X A; 2OP3 A; 1VJV A; 1UKF A; 2XU3 A; 3KSE A; 4RNA A; 2F1G A; 1DKI A; 3MTV A; 2HH5 A; 2FUD A; 3PT2 A; 2G6D A; 2NQD B; 5CVM A; 2VHS A; 1FH0 A; 2IPP B; 1Y08 A; 1TU6 A; 4BOS A; 2IBI A; 3E9S A; 1Y4H A; 1O0E A; 3DF0 A; 4OVZ A; 2P86 A; 1AU3 A; 3BCN A; 2FRQ A; 2GHU A; 4RF0 A; 4PI3 A; 4BS5 A; 4QRG A; 3BY4 A; 4ZUX U; 2FO5 A; 3IOQ A; 4HXD B; 1MEM A; 3MP2 A; 3CH2 X; 3IV2 A; 2DZY A; 1CS8 A; 2JQF R; 1MIR A; 2OUL A; 1F2C A; 3IEJ A; 4PP1 A; 3CBK A; 2AVW A; 1KHP A; 4W5C A; 4RKX A; 1F2B A; 4YYR A; 3BB7 A; 4CZW A; 5EGW A; 2AU1 A; 2R9C A; 3IHP A; 2HD5 A; 4BOP A; 3PDF A; 7PCK A; 3O1G A; 2DJG B; 3D6S A; 1F2A A; 2G8J A; 2BTW B; 2P0R A; 4MM3 B; 3S3Q A; 3ERV A; 1DEU A; 1MS6 A; 3K8U A; 3RNV A; 3H89 A; 1YVB A; 2ACT A; 2J7Q A; 8PCH A; 2FRA A; 1X9Y A; 2B1N A; 3KX1 A; 3N3G A; 1PBH A; 2R9M A; 4RF1 A; 3IFU A; 4PAD A; 3HWN A; 4BOQ A; 2XU1 A; 3USV A; 4MSX A; 3K9M A; 2NQG A; 4I04 A; 2E02 A; 1YT7 A; 2CB5 A; 4P6G A; 5F02 A; 4BOU A; 2BTW A; 4D8E A; 2AUZ A; 1SP4 B; 3B21 A; 3QT4 A; 1CB5 A; 4I05 A; 4IUM A; 3KW9 A; 1BY8 A; 2R9F A; 4MZO A; 1AU2 A; 3I06 A; 1YK7 A; 4WUR A; 2F7D A; 3HHI A; 3AI8 A; 2AYN A; 3BBA A; 3H8C A; 2DZZ A; 2OZ2 A; 2PAD A; 2J7Q C; 2FE8 A; 3MJ5 A; 2DC9 A; 4MI7 A; 1PPD A; 4GUA A; 3LXS A; 1GMY A; 3I3T A; 4KLB A; 1PCI A; 2JRI A; 5FPW A; 5E6J A; 1U9V A; 3OIS A; 2G8E A; 2XU4 A; 2VHF A; 4D8B A; 2DCA A; 4P16 A; 1QXP A; 4P6E A; 2R6N A; 4N4Z A; 2YJ9 A; 3KWZ A; 5EZQ A; 9PAP A; 4W5B A; 1F29 A; 4N79 A; 4REZ A; 2YJ8 A; 2Z84 A; 3MTN A; 4BOZ A; 3ZUA A; 4BQV A; 3KFQ A; 4YV8 A; 1K3B B; 5KO3 A; 1Q6K A; 3BOW A; 1PAD A; 2DCD A; 1U5I A; 3KKU A; 3C0R A; 3B79 A; 5K16 A; 1CPJ A; 2Y5B A; 4QRV A; 3P5X A; 2FTD A; 4AXM A; 1IWD A; 1KFX L; 2NQA A; 4YYW A; 4CDF B; 4PT5 A; 1PXV A; 2XU5 A; 4BS6 A; 3P5W A; 4M0W A; 2DCB A; 2YJC A; 1CTE A; 1CQD A; 2WBF X; 3OVZ A; 1HUC B; 3P5U A; 2BU3 A; 1EWM A; 1TL9 A; 5CHT A; 3H6S A; 2BDZ A; 4YYU A; 1ZIV A; 3QJ3 A; 2PRE A; 3F5V A; 3MOR A; 4W4U A; 4CDD B; 3PSE A; 3S3R A; 3BPM A; 1AYV A; 4A5U A; 4DMY A; 4DMX A; 2CIO A; 4R3D A; 3ZNH A; 4QBB A; 1QOL A; 1NPZ A; 5EZS A; 5JA7 A; 3KWB X; 3MHS A; 2E00 A; 4XR7 A; 1GCB A; 1NQC A; 1YAL A; 3PNR A; 1ZCM A; 4FIP A; 2DOS A; 1MHW A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3O0U A; 3RVW A; 3BWK A; 4B55 A; 4G54 A; 3TNX A; 4WA6 A; 3MHH A; 3WXE A; 1TLO A; 4X6J A; 2JQG R; 2FQ9 A; 2Y6E A; 4PP2 E; 1S4V A; 3OVX A; 3U8E A; 4RY2 A; 1GX3 A; 1U9X A; 3WXF A; 3IMA A; 2DCC A; 4YYQ A; 1THE A; 3E1Z B; 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