The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
82
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sequence length |
324
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structure length |
319
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Chain Sequence |
LTIEVLVTVDGVNFRTVVLNNKNTYRSQLGCVFFNGADISDTIPDEKQNGHSLYLADNLTADETKALKELYGPVDPTFLHRFYSLKAAVHKWKMVVCDKVRSLKLSDNNCYLNAVIMTLDLLKDIKFVIPALQHAFMKHKGGDSTDFIALIMAYGNCTFGAPDDASRLLHTVLAKAELCCSARMVWREWCNVCGIKDVVLQGLKACCYVGVQTVEDLRARMTYVCQCGGERHRQIVEHTTPWLLLSGTPNEKLVTTSTAPDFVAFNVFQGGHYVHARLKGGLILKFDSGTVSKTSDWKCKVTDVLFPGQKYSSDCNVVR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
The Crystal Structures of Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus Papain-like Protease and Its Complex with an Inhibitor
rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
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source organism |
Betacoronavirus england 1
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molecule keywords |
Non-structural protein 3
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total genus |
82
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structure length |
319
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sequence length |
324
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature |
ec
3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1. |
pdb deposition date | 2014-08-15 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF08715 | Viral_protease | Papain like viral protease |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cathepsin B; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WUR A; 2FE8 A; 4OW0 A; 4RNA A; 4R3D A; 3MP2 A; 4MM3 B; 4REZ A; 3MJ5 A; 4OVZ B; 4RF0 A; 4P16 A; 4PT5 A; 5KO3 A; 3E9S A; 4OVZ A; 5E6J A; 4M0W A; 4RF1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NL6 A; 4L8R C; 1SJE D; 3EIE A; 2JQR B; 2C96 A; 2C9O A; 1C4A A; 4HKZ E; 1L4Z B; 2UWQ A; 1I4H A; 2HTM E; 3KWV A; 4I05 A; 5JA7 A; 1C1K A; 1KTK A; 1SXT A; 4A3P A; 2D10 A; 2KMM A; 3RD2 A; 2INC C; 4S0R A; 4WWN A; 4ZRJ A; 1Y56 A; 3FC4 A; 3E4R A; 1DV0 A; 4EUT A; 4ARC A; 5AUK A; 2R9N A; 3IG8 A; 4PD2 A; 2A5U A; 2E00 A; 4RM8 A; 5DYG A; 3OAW A; 1BXT A; 3RVV A; 3DWM A; 4W9G A; 3DOW A; 4OEM A; 4ZUX U; 1TF0 B; 4K3B A; 4BOS A; 3QCA A; 1WR1 A; 4A3V B; 4W9J A; 4FW9 A; 3GRU A; 3IG5 A; 2XH9 A; 2UUC M; 3QAR A; 1WGL A; 4L6V 6; 4PYU A; 3I01 M; 1EWC A; 1PUT A; 2WSE F; 1FH0 A; 4XC2 A; 1G8P A; 1R2Z A; 4Z8X A; 3NBI A; 4K7S A; 2M0A A; 2OOA A; 3GLG E; 5EXT A; 2XLJ A; 1JCK B; 4II7 A; 1YX6 B; 4KDI C; 1YD8 U; 4A9A A; 5CHW A; 2BDL A; 4F2L A; 2NVU I; 4XYC A; 1WGK A; 1VDL A; 1WR1 B; 4GHL A; 2Z3X A; 1WRD B; 3L27 A; 5JHA A; 1XWI A; 2K22 A; 2YR0 A; 1K52 A; 4H2A A; 1IGD A; 1WZ0 A; 2LXC A; 1FIQ A; 2GFO A; 5C18 A; 5CHT A; 1J7B A; 2MBH A; 2N7E A; 1UEL A; 1C79 A; 2ZNV C; 3PXG A; 3KS8 A; 1XCT L; 5FTN A; 3M0E A; 4DR7 M; 3P5V A; 3ZKJ C; 4OZC A; 3R7Q A; 2N4F A; 3HWN A; 2LTU A; 4KO8 A; 3VKG A; 2MHJ A; 3W0L B; 1J09 A; 1MU5 A; 3TMP B; 3E9S A; 4DBG A; 1F29 A; 3RUL A; 3BC3 A; 1F0Z A; 1ENF A; 2KDM A; 1IXZ A; 1L1Z A; 4GC9 A; 3Q8C A; 1BML C; 3UIP B; 2BWB A; 2CV0 A; 3L25 A; 4MJS A; 4DV5 M; 1GB4 A; 3AOE C; 2DCB A; 2D3G A; 2BDZ A; 4FBJ B; 4ANW A; 3MC9 A; 5TSS A; 3FYC A; 2BTE A; 2HXZ A; 1SSN A; 3ECI A; 2IZV B; 2G7Y A; 1U9W A; 5E26 A; 1GUA B; 1WHC A; 5DNY A; 1XO3 A; 1V1P A; 1CV8 A; 2AGA A; 4DBG B; 1ZV1 A; 2G8L A; 4QRX A; 2L4E A; 3PNY A; 4FWG A; 3U5Z A; 2W9N A; 3MMP A; 4WWO A; 3WXE A; 5EP2 A; 4DHJ B; 4JI1 M; 3GE3 C; 1NB5 A; 1IN8 A; 3KUZ A; 4MJS B; 4DDI D; 1EM7 A; 2VQF M; 4NL4 H; 2YFQ A; 2FE8 A; 1JWM D; 3BWK A; 4F8C B; 1NHW C; 1SE9 A; 4LDT B; 1V1P B; 1D0L A; 1KH0 A; 2DWQ A; 3GLI E; 2Y5P A; 4RY2 A; 2G8E A; 2BS4 B; 3U5Z B; 4OZB A; 3Q8E A; 1PAD A; 2K9D A; 4ANV A; 1F2A A; 3Q8X A; 2DCC A; 3B7Z A; 4CJ6 A; 2KHW B; 4IJE A; 2NCN A; 2MP2 A; 1GOZ A; 5C3J B; 1QF6 A; 2E02 A; 4DR3 M; 3LJ3 A; 3H7P A; 3Q2A C; 1V86 A; 3NWL A; 2LH0 A; 2R0I A; 4MEM A; 3KYD D; 3S3Q A; 1GAB A; 2EKI A; 4GSW A; 1P7F A; 5T8I A; 5ITX E; 2W54 A; 5JZE A; 3DZD A; 1K82 A; 2ZBK B; 4G4R A; 1T0S C; 2XN9 C; 4DR1 M; 4PS7 A; 2DZZ A; 3P1M A; 1IBX B; 1C9F A; 4PYZ A; 2R4E A; 2REX A; 1WI0 A; 1GLO A; 1AU3 A; 2WGS A; 3P4R B; 2MP2 B; 4OVV A; 2KAN A; 3DHG C; 4USA A; 2LI5 A; 3H7P B; 3DQV A; 1EU4 A; 4W5C A; 4ANX A; 5AZG A; 1D0K A; 1F4I A; 3W68 A; 3NVV A; 2LBC A; 2BJV A; 2K8H A; 5JZE B; 3AEA B; 4DMX A; 3ENE A; 5JH5 C; 1QYR A; 2XU3 A; 1WJU A; 4HJK A; 3TEW A; 1YN5 A; 3KDS E; 4HPM B; 3ZQ4 A; 2ARY A; 4NSR A; 2LRW A; 3N9Y C; 4GC5 A; 1F2R I; 4Y28 F; 3L13 A; 1FFU A; 1U9V A; 3NG0 A; 1H6U A; 4JX1 C; 3DA1 A; 2QMT A; 2R62 A; 1NI3 A; 1GB1 A; 2UU9 M; 2K25 A; 4IIW A; 4IC7 B; 3ZTC A; 1D5X C; 4BFR A; 4B9K A; 3E21 A; 1CPJ A; 4AKH A; 4O1N A; 4EE2 A; 3GZN I; 2E3T A; 1ZAE A; 4X62 M; 2N7J A; 1NY5 A; 1J19 A; 1D6E C; 4K7W A; 1ZQ9 A; 4AG5 A; 2LRU A; 1BP4 A; 2PKO A; 3TE6 A; 3VFD A; 1HQR D; 1TJE A; 3MHH A; 3ZJU A; 1AAR A; 4EIW A; 3MC0 B; 2QHO A; 4I6L B; 2F4V M; 3APC A; 3AV0 A; 2WS3 B; 1J8C A; 1WXV A; 1XEE A; 4HVB A; 3OLM D; 1DGG A; 3W1S C; 4WJQ A; 1NB3 A; 1WX9 A; 3J7B A; 3L0W B; 1RAX A; 4XR7 A; 1XHB A; 1HT1 E; 4ZTB A; 1DO2 A; 1OQY A; 2F5N A; 3AFH A; 2HDE A; 1ZMW A; 2NQ8 C; 1MI0 A; 4FCW A; 2PJH A; 3ML8 A; 2BWE A; 2RSU A; 2WNM A; 3U6S A; 3S3R A; 2JU6 X; 2DCA A; 3RFZ B; 2XF3 A; 2QHO B; 5HG2 A; 1YOV B; 4A90 A; 1NPZ A; 2C5R A; 1U9Q X; 2D7H A; 3HGI A; 3ZNG C; 2KQ4 X; 3HK0 A; 1NLJ A; 2N9K A; 1FD6 A; 5AZH A; 1JWA D; 3R9X B; 2KWU B; 1J7C A; 1L0V B; 2WXN A; 2KVR A; 4WJO A; 3NZU A; 2M56 B; 4ZRK A; 3GRV A; 2QBY A; 4RMA A; 5D3I B; 2XBB C; 4HXD A; 4F1S A; 2KOX A; 2ERC A; 4LZJ A; 2CFO A; 3EA6 A; 4GEW A; 2R4J A; 1QUT A; 2UXB M; 3QX1 A; 3RVW A; 3APF A; 4OU7 A; 1MDW A; 2KQ7 A; 2LVQ A; 2RR9 A; 2P5T A; 1MHX A; 4HPP A; 3HHA A; 4C56 C; 4OVZ A; 3WHK A; 2LNH C; 3Q3O C; 2AUX A; 3FIL B; 1CMX B; 1P7E A; 2WXO A; 2LJI A; 4DR5 M; 2YEP F; 2QBY B; 3U6L A; 4HXD B; 2IND C; 1EU3 A; 1FNU A; 4YT0 B; 3KOX E; 5FTK A; 4WJN A; 3VDP A; 3W9C B; 2LXE A; 2UUB M; 1HZ5 A; 1IUE A; 2C98 A; 1Z6T A; 4IM2 A; 3P42 A; 2MSE D; 3AEF B; 1NV9 A; 1GCB A; 1ESF A; 1QOB A; 4FJY A; 1BVS A; 1I4W A; 4OVZ B; 2DHZ A; 4LCD E; 2K6B A; 1OKS A; 2K0B X; 2D3C A; 2EEL A; 5KO3 A; 5E6N A; 5HI1 A; 3PW3 A; 4AS1 A; 4Q2J A; 3N3K A; 5C1Z A; 4JWU C; 4N9F 4; 5EXP A; 2AQ3 B; 2DWZ B; 1NDD A; 3KP1 E; 3NJT A; 3FRH A; 3JR5 A; 1UNS A; 2UUA M; 3V6C A; 2BTW B; 4LF6 M; 1QOL A; 4P1B C; 4DXF A; 1XD3 B; 3C3E A; 4LJA A; 2MQJ A; 4FVM A; 1WYW B; 4ICU A; 2XNA C; 5KPR A; 1N5X A; 3PZ7 A; 4JWS C; 3PFI A; 4B08 A; 2YEP B; 3VHT C; 4LF7 M; 3N3K B; 3NUH B; 4B7F A; 4IUM A; 5HFY A; 3LCV B; 3LFY A; 2Y0T A; 2HE7 A; 1CQV A; 2DAM A; 4BKT A; 3C19 A; 1NEN B; 3KW6 A; 3ZVV A; 4LZZ A; 4DHZ E; 1HZ6 A; 2G9H D; 3AMZ A; 2ACT A; 1YT7 A; 5L95 C; 4CDD B; 2RDB C; 1NNJ A; 5JI2 E; 3NVW A; 1DEU A; 2R9M A; 4GN1 A; 4OHJ A; 2KJR A; 3W31 A; 1TIF A; 2VRR B; 1GC7 A; 2WXQ A; 3T9L A; 4AW4 A; 2QZ4 A; 1FEH A; 3QK0 A; 4BKS A; 3SAU A; 2D07 B; 3I63 C; 1FNN A; 1I4Q A; 3L26 A; 4IUM B; 2ZAN A; 3U4E G; 4BS6 A; 2F5S A; 2DZK A; 1GLN A; 2IO1 B; 2MJD A; 2I1J A; 4AG6 A; 1XLN A; 2EKE C; 1K53 A; 5A24 A; 3Q14 C; 3N1Y C; 4LCB A; 2ATO A; 3CF0 A; 1P9D U; 2FCM A; 2WX0 A; 2JSV X; 1MVK A; 4WJP A; 4N58 A; 3QWL A; 4E74 A; 3HUI A; 3KKU A; 3AE7 B; 3L29 A; 1SNK A; 1EWP A; 2JP7 A; 3EIH A; 4JI7 M; 2L09 A; 3K8Z A; 2CEA A; 2FID A; 2KDE B; 3PT2 A; 3B1L X; 2DNF A; 3B89 A; 2AS8 A; 4WUR A; 1KHQ A; 1U5I A; 2DI0 A; 1AW7 A; 2ZCC A; 2KA6 B; 3H4M A; 1GL6 A; 3GLH E; 4MDK E; 1MG8 A; 1OJL A; 5BPV A; 3SBJ A; 2L3Z A; 2MH8 A; 1YK7 A; 1GPX A; 3TQS A; 2INN E; 1RM6 C; 4M8N A; 4M02 A; 3Q3N C; 4XE0 A; 2N9L A; 4C00 A; 3SFE B; 1C7Y A; 1VQ1 A; 3B2F A; 4XBO A; 1MJD A; 2JVC A; 4LGM A; 2RD0 A; 4I6N B; 1GVN A; 4MH0 E; 3PT2 B; 4DQO C; 2WSF F; 4PI3 A; 2CHQ A; 4IBG A; 2CHZ A; 2KTR A; 3PSE A; 1XT9 B; 4NY0 A; 4Q7J A; 4I5S A; 4BZA A; 3I4V A; 3B2G A; 1YQ3 B; 1QQR A; 1UWX A; 1QKZ A; 3J9C A; 4B3S M; 3DBL I; 3OQC A; 2KC2 A; 3RNV A; 3GLG B; 3A1Q A; 3CH3 X; 1GAQ B; 8CAT A; 2BT6 A; 4XGA B; 4FAD A; 2N9X A; 1N33 M; 4IM0 A; 3P63 A; 2IPK D; 2WP9 B; 3NHE B; 4ZOH C; 3VH3 B; 2R6N A; 1WE7 A; 3UGB B; 2KTR B; 3PSE B; 2QIE B; 5HKH A; 5IKC M; 3KWZ A; 3VK8 A; 1HNW M; 4KLB A; 1WWT A; 1QDR A; 3AE3 B; 2ZZP B; 5EE1 A; 4JI3 M; 1LM8 B; 3A1Q B; 3X23 A; 1F2B A; 3TEY A; 4RNA A; 3MP2 A; 1JR3 A; 1OQR A; 2JQF R; 4XZX A; 2WXK A; 1LGR A; 1CJL A; 1WZ3 A; 2B1N A; 4KKI A; 2QNJ A; 3SU8 X; 3SMS A; 2R44 A; 4MGH A; 2ZW0 A; 2UZJ A; 3MTV A; 3PRM A; 4I8O A; 4BS5 A; 2PVG C; 2JXT A; 5GKN A; 1YE9 A; 1YSY A; 2WXF A; 3UIO B; 3CBK A; 2LHE A; 1QDT A; 3VR8 B; 2DWM A; 1CQD A; 2K6D B; 4AKI A; 1QXP A; 3UGJ A; 2JY7 A; 2DJG B; 1DF0 A; 2YJ2 A; 2QQ8 A; 4YYW A; 3TEX A; 5CHV C; 4JXJ A; 1L0Y B; 2O2V B; 3W1Y A; 1FXT B; 2FAZ A; 3O13 A; 3QT4 A; 3ALB A; 4LF9 M; 1QIL A; 2BKR B; 1S3S G; 1OTR B; 1JQP A; 4AQY M; 1I4G A; 2NTS A; 2BYF A; 3PRM B; 3Q8G A; 4BKG A; 2K6Q A; 3DHI C; 1B1Z A; 1IBM M; 3B74 A; 1SE3 A; 1TS4 A; 2ZVN A; 1E90 A; 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3MHZ A; 1KHP A; 3M99 A; 2BW2 A; 1D0M A; 3CBJ A; 3PLU A; 1WGY A; 4N79 A; 3I57 A; 2KDI A; 4G0N B; 1ET6 A; 5LMU M; 4LFC M; 2D5G A; 4QOZ C; 1Y4H A; 4NZL B; 4FA6 A; 5EE9 A; 1HNZ M; 1SEB D; 1WM3 A; 2YJB A; 2JXX A; 2K1F A; 5CX3 A; 1UWM A; 4GB9 A; 1UBI A; 1AEC A; 2V6Z M; 3DF0 A; 2KRU A; 3QJZ A; 4LF8 M; 1AUA A; 1N77 A; 4P1C C; 4PCZ A; 2HKJ A; 1GC6 A; 1VLB A; 3VFK A; 5G5H A; 2RGH A; 3IXS A; 2M17 A; 3ZJV A; 3KOY E; 5IRE B; 4J3O D; 3A42 A; 4XWW A; 5FR6 A; 3O65 A; 5KPT A; 2LJ5 A; 4GDL A; 3C8Y A; 3PPA A; 1E94 E; 2VDB B; 2C99 A; 3J2P B; 1JML A; 1M6D A; 2XFS A; 1ZP0 B; 3VUX A; 2G6D A; 1KFX L; 1L4D B; 1L6U A; 1UF0 A; 2CJO A; 5BMH A; 4P7I A; 4F1I A; 4FK5 A; 3RPF C; 2ONQ A; 1HNX M; 5EP1 A; 4KIK A; 3VUW A; 3PDF A; 3TMP A; 4FJV B; 3GO8 A; 2G1E A; 3O65 B; 4GDL B; 1VG5 A; 4BBN F; 2MBB B; 5I4D A; 3AUL A; 1JAL A; 4EOY A; 4BPV A; 2HH5 A; 2DHY A; 3ZH9 B; 5D6J B; 5FPW A; 3U6Q A; 5LLI A; 3BZD B; 1VZ6 A; 1PJS A; 4WAA A; 2DLB A; 2BF8 B; 3JVZ X; 4NQL B; 5FTL A; 4MGK E; 1R7R A; 4KIK B; 5E6J A; 5FK9 C; 2C0Y A; 3FUX A; 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