The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
79
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sequence length |
320
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structure length |
311
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Chain Sequence |
TIEVLVTVDGVNFRTVVLNNKNTYRSQLGCVFFNGADISDTIPDEKQNGHSLYLADNLTADETKALKELYGPVDPTFLHRFYSLKAAVHGWKMVVCDKVRSLKLSDNNCYLNAVIMTLDLLKDIKFVIPALQHAFMKHKGGDSTDFIALIMAYGNCTFGAPDDASRLLHTVLAKAELCCSARMVWREWCNVCGIKDVVLQGLKACCYVGVQTVEDLRARMTYVCQCGGERHRQLVEHTTPWLLLSGTPNEKLVTTAPDFVAFNVFQGGHYVHARLKLILKFDSGTVSKTSDWKCKVTDVLFPGQKYSSDCN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal Structure of the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) Papain-like Protease Bound to Ubiquitin Facilitates Targeted Disruption of Deubiquitinating Activity to Demonstrate Its Role in Innate Immune Suppression.
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
ORF1ab protein
|
molecule tags |
Viral protein
|
source organism |
Human betacoronavirus 2c jordan-n3/2012
|
total genus |
79
|
structure length |
311
|
sequence length |
320
|
ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2014-09-24 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) | ||
Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cathepsin B; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MM3 B; 4OVZ B; 5E6J A; 4REZ A; 4PT5 A; 3MJ5 A; 2FE8 A; 4WUR A; 4OW0 A; 3E9S A; 4RF0 A; 5KO3 A; 4RNA A; 3MP2 A; 4RF1 A; 4P16 A; 4M0W A; 4R3D A; 4OVZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WMH B; 4KGT A; 3L13 A; 3WAM A; 1I4X A; 2ZM6 M; 2PBH A; 4HJG E; 4DBG A; 2XK5 A; 3NHE B; 4PD2 A; 4URK A; 3U52 E; 1V1O A; 3MOR A; 2HCB A; 3AE2 B; 1UBQ A; 5HFY A; 1YZB A; 1G8P A; 2RDG A; 4B0E A; 3X23 A; 1Y8R C; 3MJW A; 3KVF B; 3D8L A; 3R7Q A; 2GB1 A; 3BWK A; 3BZD B; 2IYD B; 4P6E A; 1OQR A; 3CF0 A; 1KLU D; 2EKI A; 1PJJ A; 1NQC A; 3A45 A; 3U2S C; 1ZCM A; 3SU8 X; 3ZLZ A; 4LNO A; 1CMX B; 4M9Z A; 2XNA C; 4HPL B; 3TMP A; 3NBI A; 3AEC B; 3L10 B; 1Y4H A; 1PYW D; 4FLH A; 2RGF A; 2WXQ A; 4XR7 A; 1SSN A; 2YEP B; 2YLM A; 2WHI A; 3ETR A; 3B89 A; 2K0B X; 2DI0 A; 2AQ2 B; 5C18 A; 3E21 A; 3CF2 A; 2IO3 B; 3RT3 B; 2KT7 A; 1SB3 C; 1E10 A; 3BY4 A; 2IO1 B; 5L95 C; 2ZNV B; 3LQR A; 3U30 A; 5FK9 C; 1E90 A; 3SC3 A; 4DV3 M; 3RNV A; 1WE7 A; 1ORY B; 1FD6 A; 3RMK C; 1SJE D; 3GZN B; 1SE3 A; 1MFW A; 2Z8Y M; 4JXJ A; 1XF5 L; 2XFS A; 2XU5 A; 4MM3 A; 1E8Y A; 1E32 A; 5DCN A; 4JIO U; 4BBA A; 4US8 A; 3B1L X; 2AWT A; 1Z6T A; 3TCA A; 3MTV A; 3Q6B A; 1DGH B; 1RAX A; 2X8X X; 2AYN A; 3H7S A; 4JWU C; 4NRV A; 2N9L A; 3UI3 A; 1D5Z C; 2R45 A; 1A6R A; 4EZJ A; 3TPZ A; 3SAR A; 1F29 A; 3SD5 A; 4KZ0 A; 2DZJ A; 4AWJ A; 2D11 A; 2KAN A; 3P5U A; 1V5T A; 4JN6 A; 4PK1 A; 2QEN A; 4B7G A; 3KWL A; 3NUH B; 3TSS A; 1YE9 A; 2MBH A; 1QIL A; 2KXE A; 1OJL A; 3IUT A; 4Z8X A; 2CHQ A; 4X66 M; 4AOF A; 2KDM A; 1DF0 A; 4IBI A; 3M62 B; 4NY0 A; 4OHJ A; 3L28 A; 3K2L A; 2QBY B; 2KC2 A; 1Q5W B; 1TGZ B; 2GLS A; 4P7I A; 2UXC M; 1HQC A; 4TUU A; 1SGH A; 4II2 B; 1E9M A; 1WGG A; 1FJG M; 3IFU A; 2WDQ B; 3C3E A; 2DZN B; 3Q3F A; 1HTQ A; 2OP3 A; 2DC8 A; 3GPU A; 2L7R A; 2R9O A; 2R44 A; 4YTN B; 1R4M B; 4MEM A; 1Z5S B; 3AUL A; 3KX1 A; 2O01 F; 4JYA M; 4HDO A; 5LLI A; 1YJ1 A; 2P5T A; 2WXI A; 4MH8 A; 2C98 A; 2JZZ A; 4WQM A; 2VHF A; 1FNN A; 4YYU A; 2DAI A; 2KLG A; 3E56 A; 1QKZ A; 1TS3 A; 2KNZ A; 4GB9 A; 2J53 A; 3U6O A; 2HHN A; 4FWG A; 3E46 A; 1DGG A; 1AIM A; 2HXZ A; 1BUI C; 3AI5 A; 4P17 A; 4PI3 A; 2I2Y A; 1HA5 A; 4QRG A; 3SAT A; 1GJS A; 1V80 A; 2WQY B; 3MFG A; 2DC9 A; 4MB7 A; 3C8Y A; 5IP4 D; 1JQP A; 5EXT A; 1LFD A; 3P42 A; 3RVX A; 1QYR A; 1Z5C A; 1JML A; 4N9F 4; 3TL4 X; 3SBJ A; 4NXM M; 3AN1 A; 2NQD B; 1IN6 A; 2BTW A; 1V92 A; 1WGH A; 2C7M B; 1OTR A; 1STE A; 3NZU A; 1XKG A; 3U7Z A; 2J5Y A; 1PVJ A; 1K8R B; 3PRE A; 1FFV A; 4GSW A; 2CP8 A; 3T3O A; 5JH3 A; 4BFR A; 3M63 B; 4KGR A; 1MHH E; 1FO4 A; 1ET6 A; 5FTN A; 4YYR A; 3S3Q A; 2B3A A; 4LFA M; 4HVB A; 1J0G A; 2AL3 A; 1XXH E; 4GLS C; 2A4Z A; 2OO9 A; 3PRZ A; 1LM8 B; 2YVC A; 1F77 A; 1T0S C; 3DBR B; 3UGJ A; 4OVZ B; 4S17 A; 4EFO A; 2JWS A; 3BVG A; 2UZJ A; 4AS1 A; 4FAD A; 5A24 A; 2W55 A; 1P0R A; 2K6D B; 3HVD A; 1QOG A; 8CAT A; 4XZX A; 4IJE A; 2KJ6 A; 1ZPS A; 3EFU A; 4LF9 M; 3FTF A; 2MJ5 B; 2GQF A; 4QHS A; 2LVP A; 1XMQ M; 2DAE A; 4Y28 F; 1PPD A; 4F7Z A; 1QZE A; 5KQD A; 3B74 A; 2CU1 A; 3A9J B; 1HJP A; 2LRW A; 2DNF A; 3VVW B; 1IXS A; 2L00 B; 3OF8 A; 5J94 A; 3TWK A; 4MAC A; 4US9 A; 2LVA A; 4I6P A; 3VH4 B; 2YJC A; 1NNU C; 1E8W A; 4FA6 A; 3M3J A; 5H8Y E; 4YSX B; 1WE6 A; 2CFO A; 2PE9 A; 3CST A; 3P4P B; 2ZTC A; 2KFK A; 1NPZ A; 4NOO B; 1SG9 A; 1V97 A; 3GLH E; 4YYS A; 1JAL A; 5G5G A; 3AEE B; 1SXJ B; 2WSE F; 3IEC A; 2FE8 A; 3C3D A; 3PFI A; 4PS3 A; 4AW4 A; 3RUL A; 1DO2 A; 4AP4 C; 2L76 A; 5G5H A; 3FKE A; 2X38 A; 2G9H D; 5EXX A; 3SAW A; 2R9C A; 1THE A; 3WHK A; 3LDZ E; 2JP7 A; 3QJZ A; 4B0M A; 1HT1 E; 1E5W A; 2LVP C; 4AG5 A; 2C7H A; 4HWI B; 4TMA B; 3DHI C; 4KSL C; 3NZS A; 4G4Q A; 1DGB A; 2KZS A; 3O65 B; 2XEP A; 1KJT A; 1KFV A; 1IN4 A; 1EWY C; 3HGI A; 1XO3 A; 4IG7 B; 1E8Z A; 3MHS A; 2C9W B; 2LUE A; 2PNS A; 4FJC A; 2KAJ A; 1GNU A; 1TY2 A; 1C9F A; 1ITO A; 1RWS A; 1CJL A; 4B95 A; 3BCN A; 3JW0 X; 2MBB B; 3ENE A; 1TDH A; 3J80 S; 1KM7 A; 1PGY A; 2FS1 A; 2VF7 A; 1ZOY B; 4OVV A; 3HIZ A; 2KRU A; 3P1M A; 2WNM A; 1H8C A; 1I4P A; 5T8I A; 2Y5B B; 2CE7 A; 3OIS A; 4CO7 A; 1GPX A; 3VAW A; 3CH3 X; 1U9X A; 1IBK M; 2MRO B; 1XHB A; 2KWU B; 7PCK A; 2LHE A; 4QNR A; 4JI4 M; 4HJK A; 4AUQ C; 2V4I B; 3WAP A; 4LFC M; 2GMI C; 4G4O A; 1ZIV A; 1G71 A; 3K92 A; 2BKF A; 2BDZ A; 5PAD A; 1JR3 E; 3A33 B; 5DNY A; 4HCN B; 1QZM A; 1G3I A; 2AUZ A; 2D5G A; 3GP7 A; 1DGH A; 3HUI A; 2IJ0 A; 3PRM B; 1EWP A; 4AG6 A; 2JT4 B; 1N63 A; 2GBR A; 2FFJ A; 4TV3 A; 1MDW A; 3UZU A; 1YIW A; 1JRO A; 3CIR B; 2CJO A; 4IWQ A; 2ICI A; 1POP A; 3N3K A; 2L4E A; 3NVY A; 2XZF A; 3PNY A; 3CGW A; 4L1B A; 4RFB A; 2VDB B; 1PPO A; 2K25 A; 2I1J A; 4FWH A; 1EO6 A; 3E1Z B; 2JZ0 A; 4FCT A; 1QT9 A; 4RNA A; 1EF5 A; 4ZDV A; 1ICF A; 2ZNV C; 2CU3 A; 2M60 A; 1E8X A; 4EEW A; 2JQG R; 3HRD D; 1FNU A; 2QPA A; 5KQ8 A; 1JWA D; 2V3P A; 4YTM B; 2K5P A; 1AU3 A; 2QBY A; 2HD5 B; 1PJQ A; 3AE4 B; 3PW3 A; 2QDF A; 2QHO B; 1TTN A; 3I51 A; 2MR9 A; 4ZPX A; 2KWV B; 2DNA A; 4C7Z A; 3SHQ A; 2JQR B; 2Z59 B; 4KVG B; 1U9W A; 2DKL A; 1WRI A; 4ZRP A; 3OWE B; 3B7N A; 2RGH A; 1QUT A; 2RPQ A; 2K39 A; 1XWI A; 4B08 A; 4JGH B; 5CHW A; 2R18 A; 4HK2 A; 1F2R C; 2LGY A; 4CHT B; 3JVZ X; 3BYY B; 3HWN A; 4RF1 A; 2KKC A; 4OZA A; 2HDE A; 3ZRC A; 4W5B A; 4PS8 A; 1E6E B; 4ZHP A; 5AZF A; 3FRI A; 2XSZ A; 1KXR A; 3NY5 A; 3EHV A; 5E6O A; 1KSF X; 1HNX M; 4RM8 A; 3USV A; 2WXL A; 1CZP A; 4XX5 A; 2IND C; 1QUS A; 2XGN A; 3B7Z A; 2C96 A; 1PDX A; 1WXA A; 4XGA B; 5CX3 A; 2MRP A; 4OU7 A; 1ZMU A; 3TE6 A; 2CS4 A; 1SIF A; 2IZV B; 3DCG A; 3UMM A; 4FIP A; 3RI7 C; 3B9J A; 1UFZ A; 2KAC A; 4WA6 A; 1NSF A; 2KNV A; 3PNV A; 1MS6 A; 1L0V B; 3AE8 B; 3IOQ A; 1WJ4 A; 3P5V A; 3TRK A; 4GGQ A; 1R2Z A; 4N79 A; 4NZL B; 1VEJ A; 1IN8 A; 5EF4 A; 3FKY A; 4NJ7 A; 4F1I A; 4HXD A; 3U8E A; 4KZC A; 3NVZ A; 3U60 B; 4MGZ E; 1DO0 A; 2GBN A; 2BU3 A; 4LJA A; 4X6I A; 1R4M I; 4QBB A; 1IN5 A; 4L23 A; 5AUI A; 2XLJ A; 3FIL A; 3R3M A; 5D94 A; 3DVG Y; 4FVM A; 1WYW B; 3OTO M; 3F5V A; 3K9M A; 1HT2 E; 3W68 A; 3NS1 A; 1WIV A; 4A8X C; 2FUD A; 2H5X A; 4YSY B; 4BS6 A; 4HL4 A; 5IAA C; 2DWN A; 1XCQ L; 1GAB A; 3FUU A; 3RNC C; 3CSF A; 4FJZ A; 3IG3 A; 1F4I A; 5DPW A; 2KFJ A; 1TY0 A; 3MJ5 A; 1C4C A; 1PRB A; 1VSN A; 4BKS D; 2BVC A; 2PMV A; 3BWU D; 2J4X A; 3ZTD A; 4IBG A; 3V60 A; 3Q3M C; 4WUR A; 2JZP A; 5DFL A; 1XEE A; 3P4S B; 4FUL A; 4C4V B; 2BYF A; 4E71 A; 2DBY A; 1LV7 A; 3A9J A; 3T8M A; 4A6Q A; 3AXC A; 3IVF A; 2O5R A; 3ZQJ A; 1D5M C; 3A1Q B; 1R7S A; 1JWS D; 3ZKJ C; 1SE2 A; 2RGO A; 4WJN A; 1QOL A; 2W3R A; 3VDU A; 1WXQ A; 3QYE A; 2PVG C; 1N78 A; 1FMA D; 4DK5 A; 1WHC A; 1WI0 A; 4RGM A; 4W9L A; 3N9Y C; 3BYT B; 3KWB X; 2WLB A; 1NJF A; 3K9O B; 1FXA A; 2DAJ A; 2DYM A; 2WXK A; 2HE7 A; 2RPV A; 2DYO A; 3PVS A; 3UQB A; 3P5W A; 4LLG M; 1GUA B; 3CWI A; 3K8U A; 1XC8 A; 1SXJ A; 1VRA B; 2FYE A; 2VQE M; 1F1H A; 1PAD A; 3IXS A; 1V1P A; 1WFY A; 4CYE A; 4FK5 A; 4GC5 A; 2RMM A; 4NSR A; 2PEA A; 4C80 A; 3U6E A; 2AHM A; 3GRY A; 5IRE B; 2R2O A; 1C78 A; 4QRX A; 2KHW B; 3U61 B; 1KLV A; 3KUD B; 2PLP A; 4MSM B; 1K3X A; 2OJW A; 3PHW B; 4DDG D; 4B3S M; 1UH6 A; 2FCN A; 2D3A A; 3O65 A; 3Q3N C; 4KSK C; 1D2N A; 2HJ1 A; 2ZAM A; 3PPA A; 2CV2 A; 5EE9 A; 3H7P A; 1G41 A; 1ISN A; 1FH0 A; 4TKN A; 4ZRK A; 4HKQ A; 1OFI A; 1L6V A; 1E9S A; 4DV7 M; 2W82 A; 1B9R A; 1XB2 B; 3AH7 A; 2GBJ A; 4J6I A; 2VH1 A; 3MHH A; 2OZ2 A; 2JRI A; 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5IT9 S; 2NQA A; 2CIO A; 1K3W A; 3C58 A; 4KIK B; 2ONQ A; 4YT0 B; 1GJT A; 2K6Q A; 4WAF A; 4IP3 A; 4OZB A; 3DVG X; 1DOY A; 2LGD A; 5IKC M; 4ITK A; 3QX1 A; 3SAS A; 3IBE A; 3OQC A; 5EP1 A; 1M6D A; 5DPR A; 3NVW A; 2CEA A; 4GH9 A; 4JI5 M; 1TH2 A; 1WIA A; 4XWT A; 2O6V A; 2LTU A; 4MGY E; 1EWM A; 2LHG A; 3CBK A; 2BB6 A; 4DXF A; 2JU6 X; 4IOI E; 1NYQ A; 4XWW A; 2ACZ B; 5CVO B; 4NPN A; 4AXM A; 1XNR M; 1YVB A; 4QRV A; 1VZ6 A; 3AKZ A; 2XEW A; 2OJR A; 5AZG A; 1HQY E; 1PIP A; 1YK7 A; 4QOS A; 1J7A A; 1QDT A; 4M9S A; 4W9E A; 3TEW A; 3F75 A; 4WWN A; 1NHG C; 4LFB M; 1T43 A; 3R66 C; 1YQ3 B; 2HWK A; 2IO2 B; 1T0Q C; 1VEK A; 3MC9 A; 4JX1 C; 3APC A; 1VG5 A; 1AEC A; 3MP2 A; 2R6F A; 2DHZ A; 1X9Y A; 2NPT B; 3ZXV A; 1RYJ A; 1X1M A; 1LQB A; 3O0U A; 3J2P B; 2VRR B; 3DHH C; 3ZTC A; 1NL6 A; 2RDB C; 4IUM B; 3V62 A; 4GIP A; 1JB0 F; 3A9K A; 3QYB A; 4DMY A; 2BDL A; 1Y8G A; 1UWX A; 1DV0 A; 2P0R A; 2SAK A; 2I38 A; 1PBH A; 4NAW B; 4W9D A; 2JQF R; 2KTR B; 3PT2 B; 2QC8 A; 2UWQ A; 4C7Y A; 5C23 A; 3GO8 A; 1PJS A; 3FUW A; 2MJE A; 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