The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
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sequence length |
317
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structure length |
317
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Chain Sequence |
MRSRPSFHPLSDELVNYVNKRNTTWQAGHNFYNVDMSYLKRLCGTFLGGPKPPQRVMFTEDLKLPASFDAREQWPQCPTIKEIRDQGSCGSCWAFGAVEAISDRICIHTNAHVSVEVSAEDLLTCCGSMCGDGCNGGYPAEAWNFWTRKGLVSGGLYESHVGCRPYSIPPCEHHVNGSRPPCTGEGDTPKCSKICEPGYSPTYKQDKHYGYNSYSVSNSEKDIMAEIYKNGPVEGAFSVYSDFLLYKSGVYQHVTGEMMGGHAIRILGWGVENGTPYWLVANSWNTDWGDNGFFKILRGQDHCGIESEVVAGIPRTD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of human procathepsin B at 3.2 and 3.3 Angstroms resolution reveal an interaction motif between a papain-like cysteine protease and its propeptide.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Thiol protease
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
PROCATHEPSIN B
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| total genus |
61
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| structure length |
317
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| sequence length |
317
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.1: Cathepsin B. |
| pdb deposition date | 1997-02-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00112 | Peptidase_C1 | Papain family cysteine protease |
| A | PF08127 | Propeptide_C1 | Peptidase family C1 propeptide |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DCD A; 4KLB A; 4PAD A; 1F2C A; 5K16 A; 3M99 A; 3DF0 A; 2WBF X; 1U5I A; 2ACT A; 2Y6E A; 1AYV A; 1TLO A; 4Q8G A; 2ATO A; 4N4Z A; 3C9E A; 1CB5 A; 3MTN A; 1VJV A; 3B79 A; 2AIM A; 4W4U A; 1QOL A; 2CB5 A; 4QRG A; 1BGO A; 2AYO A; 3IOQ A; 4CDF B; 1AU4 A; 5EGW A; 1AYU A; 4MZS A; 3P5X A; 5PAD A; 4CZW A; 1THE A; 3GCB A; 2FQ9 A; 3QJ3 A; 1CSB B; 2H7J A; 3HWN A; 1CJL A; 3N4C A; 3P5U A; 1EWM A; 3KW9 A; 2DJF B; 1GMY A; 4YVA A; 3WXF A; 2XU4 A; 4MSX A; 2YJ8 A; 1F2A A; 3H89 A; 3CBJ A; 3ZUA A; 2FRA A; 1ME3 A; 1PAD A; 4CDC B; 4I07 A; 3OF8 A; 1NL6 A; 2DZY A; 4CDD B; 3NHE A; 1K3B B; 2G6D A; 3OIS A; 3IMA A; 1YVB A; 2R9C A; 2FT2 A; 3K9M A; 1NLJ A; 2G8E A; 3TNX A; 3IUT A; 4ZUX U; 1POP A; 5FPW A; 4HWY A; 4PP1 A; 3H6S A; 2B1N A; 4YYR A; 1ZIV A; 4DMY A; 1KHQ A; 5F02 A; 2P86 A; 2NQG A; 1ICF A; 2AVW A; 5CVO B; 2G8J A; 2DC7 A; 3WXE A; 2YJB A; 3V6E A; 2HH5 A; 1NB5 A; 5J94 A; 1ITO A; 5JA7 A; 2YJ2 A; 1GCB A; 1Q6K A; 3K24 A; 1PPP A; 2F1G A; 2PNS A; 2IBI A; 1VSN A; 1O0E A; 1YAL A; 3KKU A; 4AXL A; 1CV8 A; 2AS8 A; 1TL9 A; 3BCN A; 4OEL A; 4YYQ A; 3AI8 A; 1STF E; 2R9O A; 2VHF A; 1QXP A; 3O1G A; 3K8U A; 4X6H A; 2BDL A; 3LFY A; 2DZZ A; 2P0R A; 3CBK A; 1M6D A; 1KXR A; 3KSE A; 3PNR A; 1MHW A; 2O6X A; 5EF4 A; 4P6E A; 1EF7 A; 4PI3 A; 1AYW A; 4P6G A; 3BWK A; 3KFQ A; 1GEC E; 1NB3 A; 2DC9 A; 3N3K A; 2GFO A; 3PW3 A; 3P5W A; 4BQV A; 4YYW A; 4RY2 A; 1F2B A; 1F29 A; 2HHN A; 3WXG A; 2B1M A; 1CTE A; 3I06 A; 2JQG R; 2HXZ A; 2C0Y A; 2AYN A; 4Q8H A; 1CS8 A; 2NQD B; 2IPP B; 2FTD A; 4G54 A; 1TU6 A; 3USV A; 5CHV A; 3H8B A; 4N8W A; 4N79 A; 4BSQ A; 2R6N A; 3OVX A; 3F75 A; 4BPV A; 3RVX A; 4I04 A; 3QSD A; 4PP2 E; 2E02 A; 4WA6 A; 2R9M A; 2FUD A; 1ZCM A; 2PRE A; 4MZO A; 5CHT A; 3E1Z B; 2NQA A; 1AEC A; 2F7D A; 1QDQ A; 3BPF A; 4QRX A; 1SNK A; 3H7D A; 3KX1 A; 1PPN A; 4DMX A; 4W5B A; 3RVV A; 1AIM A; 2YJ9 A; 1CVZ A; 1CPJ A; 2DJG B; 4XUI A; 3MOR A; 1AU2 A; 3P5V A; 1SP4 B; 2E00 A; 5CVM A; 4XR7 A; 3U8E A; 1KFU L; 2AU1 A; 9PAP A; 1NPZ A; 1NQC A; 2XU5 A; 4QBB A; 5JH3 A; 1KHP A; 3LXS A; 2Y5B A; 2DCC A; 2FYE A; 1DEU A; 2YJC A; 2P7U A; 1FH0 A; 2BDZ A; 2GHU A; 1MS6 A; 3CH2 X; 1A6R A; 2ARY A; 1EWP A; 3F5V A; 3V6C A; 4FIP A; 1MEM A; 1PCI A; 1U9W A; 1PPD A; 1DF0 A; 3KWB X; 2OZ2 A; 1BP4 A; 1EWO A; 2CIO A; 2XU3 A; 1Y08 A; 1PE6 A; 3BC3 A; 2AUX A; 4YV8 A; 6PAD A; 4YYS A; 2VHS A; 3CH3 X; 2PAD A; 3N3G A; 1EWL A; 1KFX L; 2OP3 A; 4OEM A; 4W5C A; 1Y4H A; 3HHA A; 5A24 A; 3H8C A; 4K7C A; 4YYU A; 3O0U A; 2R9F A; 2PBH A; 3HD3 A; 3D6S A; 2DCB A; 1AU3 A; 2HD5 A; 3KWZ A; 2OUL A; 3MHS A; 4QH6 A; 1CQD A; 2DCA A; 3I3T A; 4I05 A; 2R9N A; 1U9Q X; 1PXV A; 1QMY A; 1PIP A; 5CVN B; 4YYV A; 1IWD A; 1X9Y A; 3QT4 A; 2FRQ A; 4CDE B; 2DC8 A; 1MDW A; 2E01 A; 4BS5 A; 4BS6 A; 1MEG A; 3IEJ A; 1PPO A; 4AXM A; 2XU1 A; 4FK5 A; 3ERV A; 2JQF R; 1AU0 A; 1ATK A; 1YK7 A; 1YK8 A; 3MHH A; 3BOW A; 1U9X A; 1BY8 A; 2FO5 A; 3PBH A; 3BPM A; 3S3Q A; 4FJC A; 1MIR A; 3OF9 A; 1GLO A; 3HHI A; 2NQI A; 1YT7 A; 2G7Y A; 2AUZ A; 8PCH A; 3S3R A; 1BQI A; 1U9V A; 4QRV A; 1XKG A; 3IHP A; 4X6I A; 3IV2 A; 3PDF A; 3RVW A; 3OVZ A; 1PBH A; 1S4V A; 2DC6 A; 4X6J A; 7PCK A; 1ME4 A; 2E03 A; 1JQP A; 1HUC B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DCD A; 4KLB A; 3TRK A; 4PAD A; 1F2C A; 3PRP A; 5K16 A; 3M99 A; 3DF0 A; 4MM3 B; 5KO3 A; 2WBF X; 1U5I A; 2ACT A; 2Y6E A; 1AYV A; 1TLO A; 4Q8G A; 2ATO A; 4N4Z A; 3C9E A; 1CB5 A; 3MTN A; 1PVJ A; 1VJV A; 3B79 A; 2AIM A; 4W4U A; 4BOU A; 1QOL A; 2CB5 A; 4QRG A; 2HWK A; 1BGO A; 2AYO A; 4MI7 A; 3IOQ A; 4R3D A; 4CDF B; 1AU4 A; 5EGW A; 1AYU A; 4MZS A; 3P5X A; 5PAD A; 4CZW A; 1THE A; 3GCB A; 2FQ9 A; 3QJ3 A; 1CSB B; 2H7J A; 3HWN A; 1CJL A; 3N4C A; 4PT5 A; 3P5U A; 1EWM A; 3KW9 A; 2DJF B; 1GMY A; 3PT2 A; 2J7Q C; 4IUM A; 3PHW A; 4YVA A; 3WXF A; 2XU4 A; 4MSX A; 2YJ8 A; 1F2A A; 3H89 A; 3CBJ A; 3ZUA A; 2FRA A; 1ME3 A; 1PAD A; 4CDC B; 4I07 A; 2BTW B; 3OF8 A; 1NL6 A; 2DZY A; 4REZ A; 4CDD B; 3NHE A; 1K3B B; 2G6D A; 3OIS A; 3IMA A; 3BBA A; 1YVB A; 2R9C A; 2FT2 A; 3K9M A; 1NLJ A; 2G8E A; 3TNX A; 3IUT A; 4ZUX U; 1POP A; 5FPW A; 4RKX A; 4HWY A; 4PP1 A; 3OQC A; 3H6S A; 2B1N A; 4YYR A; 1ZIV A; 4DMY A; 1KHQ A; 5E6J A; 5F02 A; 2P86 A; 2NQG A; 1ICF A; 2AVW A; 5CVO B; 2G8J A; 3B21 A; 3RNV A; 2DC7 A; 4HXD B; 3WXE A; 2YJB A; 3V6E A; 2HH5 A; 1NB5 A; 5J94 A; 1ITO A; 4GUA A; 5JA7 A; 2YJ2 A; 1GCB A; 1Q6K A; 4BOS A; 3K24 A; 1PPP A; 2F1G A; 2PNS A; 2IBI A; 1VSN A; 1O0E A; 1YAL A; 3KKU A; 2UZJ A; 4AXL A; 1CV8 A; 2AS8 A; 1TL9 A; 3BCN A; 4A5U A; 4OEL A; 3PHX A; 4YYQ A; 3AI8 A; 1STF E; 2R9O A; 1DKI A; 2VHF A; 4XZX A; 1QXP A; 3O1G A; 3K8U A; 4X6H A; 2BDL A; 3LFY A; 2DZZ A; 2P0R A; 3CBK A; 1M6D A; 4OVZ A; 2BU3 A; 1KXR A; 3KSE A; 3PNR A; 1MHW A; 2O6X A; 5EF4 A; 4P6E A; 1EF7 A; 4PI3 A; 1AYW A; 4P6G A; 3BWK A; 3KFQ A; 4BOQ A; 1GEC E; 1NB3 A; 2DC9 A; 3N3K A; 2GFO A; 3PW3 A; 3P5W A; 4BQV A; 4YYW A; 3BB7 A; 4WUR A; 4RY2 A; 1F2B A; 1F29 A; 2HHN A; 3WXG A; 2B1M A; 1CTE A; 3I06 A; 2JQG R; 2HXZ A; 4RF0 A; 2C0Y A; 2AYN A; 4Q8H A; 1CS8 A; 4BOZ A; 2NQD B; 2IPP B; 2FTD A; 4G54 A; 1TU6 A; 3USV A; 5CHV A; 3H8B A; 4N8W A; 4N79 A; 4BSQ A; 3PSE A; 2R6N A; 3OVX A; 4P16 A; 3F75 A; 4BPV A; 3PHU A; 3RVX A; 4I04 A; 3QSD A; 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2DCB A; 1AU3 A; 2HD5 A; 3KWZ A; 2OUL A; 3MHS A; 4M0W A; 4QH6 A; 1CQD A; 2DCA A; 4BOP A; 3I3T A; 3E9S A; 4I05 A; 2R9N A; 1U9Q X; 1PXV A; 1QMY A; 1PIP A; 5CVN B; 4YYV A; 1IWD A; 1X9Y A; 3QT4 A; 2FRQ A; 4CDE B; 2DC8 A; 1MDW A; 2E01 A; 3W30 A; 4BS5 A; 4BS6 A; 1MEG A; 2DOS A; 3IEJ A; 4RF1 A; 1PPO A; 4AXM A; 2XU1 A; 4FK5 A; 3ERV A; 2JQF R; 1AU0 A; 1ATK A; 1YK7 A; 1YK8 A; 3MHH A; 3O65 A; 3BOW A; 4OVZ B; 1U9X A; 1BY8 A; 3C0R A; 3PBH A; 2FO5 A; 3ZNH A; 3BPM A; 3S3Q A; 4FJC A; 1MIR A; 3BY4 A; 3OF9 A; 1GLO A; 3HHI A; 2NQI A; 3MJ5 A; 1YT7 A; 2G7Y A; 2AUZ A; 2Z84 A; 8PCH A; 2JTC A; 3S3R A; 1BQI A; 1U9V A; 4QRV A; 1XKG A; 3IHP A; 4X6I A; 3IV2 A; 3PDF A; 3RVW A; 3OVZ A; 1PBH A; 1S4V A; 2DC6 A; 4X6J A; 7PCK A; 1ME4 A; 2E03 A; 1JQP A; 1HUC B; #chains in the Genus database with same CATH homology 2DCD A; 4KLB A; 4PAD A; 1F2C A; 5K16 A; 3M99 A; 3DF0 A; 4NV7 A; 2WBF X; 1U5I A; 2ACT A; 2Y6E A; 4B55 A; 1AYV A; 1TLO A; 4Q8G A; 2ATO A; 4N4Z A; 3C9E A; 1CB5 A; 3MTN A; 1VJV A; 3B79 A; 2AIM A; 4W4U A; 1QOL A; 2CB5 A; 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1MHW A; 2O6X A; 5EF4 A; 4P6E A; 1EF7 A; 2BSZ A; 1AYW A; 4PI3 A; 4P6G A; 3BWK A; 3KFQ A; 1GEC E; 1NB3 A; 2DC9 A; 3N3K A; 2GFO A; 3PW3 A; 3P5W A; 4BQV A; 4YYW A; 4RY2 A; 1F2B A; 1F29 A; 2HHN A; 3WXG A; 2B1M A; 1CTE A; 3I06 A; 2JQG R; 2HXZ A; 2C0Y A; 2AYN A; 4Q8H A; 1CS8 A; 2NQD B; 2IPP B; 2FTD A; 4G54 A; 1TU6 A; 3USV A; 5CHV A; 3H8B A; 4N8W A; 4N79 A; 4BSQ A; 2R6N A; 3OVX A; 3F75 A; 4BPV A; 3RVX A; 4I04 A; 3QSD A; 4PP2 E; 2E02 A; 4WA6 A; 2R9M A; 2FUD A; 1ZCM A; 2PRE A; 4MZO A; 5CHT A; 3E1Z B; 2NQA A; 1AEC A; 2F7D A; 1QDQ A; 3BPF A; 4QRX A; 1SNK A; 3H7D A; 3KX1 A; 1PPN A; 4DMX A; 4W5B A; 3RVV A; 1E2T A; 1AIM A; 2YJ9 A; 1CVZ A; 1CPJ A; 2DJG B; 4XUI A; 3MOR A; 1AU2 A; 3P5V A; 1SP4 B; 2E00 A; 5CVM A; 4XR7 A; 3U8E A; 1KFU L; 2AU1 A; 9PAP A; 1NPZ A; 1NQC A; 2XU5 A; 4QBB A; 5JH3 A; 1KHP A; 1W6F A; 3LXS A; 2Y5B A; 3D9W A; 2DCC A; 2VFB A; 2FYE A; 1DEU A; 2YJC A; 2P7U A; 1FH0 A; 2BDZ A; 2GHU A; 1MS6 A; 3CH2 X; 1A6R A; 2ARY A; 1EWP A; 3F5V A; 4NV8 A; 3V6C A; 4FIP A; 1MEM A; 1PCI A; 1U9W A; 1PPD A; 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