The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
85
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sequence length |
374
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structure length |
341
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Chain Sequence |
GLEIMIGKKKGIQGHYNSCYLDSTLFCLFAFSSVLDTVLLRPKEKNDVEYYSETQELLRTEIVNPLRIYGYVCATKIMKLRKILEKVEEKDPEEFLNILFHHILRVEPLLKIRSAGQKVQDCYFYQIFMEKNVGVPTIQQLLEWSFINSNLKFAEAPSCLIIQMPRFGKDFKLFKKIFPSLELNITDLLEDTPRQCRICGGLAMYECRECYDDPDISAGKIKQFCKTCNTQVHLHPKRLNHKYNPVSLQNMELFAVLCIETSHYVAFVKYGKDDSAWLFFDSMAGFNIPQVTPCPEVGEYLKMSLEDLHSLDSRRIQGCARRLLCDAYMCMYQSPTMSLYK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structure of the Cyld Usp Domain Explains its Specificity for Lys63-Linked Polyubiquitin and Reveals a B-Box Module
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
UBIQUITIN CARBOXYL-TERMINAL HYDROLASE CYLD
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
85
|
| structure length |
341
|
| sequence length |
374
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.19.12: Ubiquitinyl hydrolase 1. |
| pdb deposition date | 2007-11-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00443 | UCH | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GLO A; 2CIO A; 2DCB A; 2GFO A; 3IV2 A; 3K24 A; 3MOR A; 1CJL A; 4YVA A; 1EWL A; 1PE6 A; 1VSN A; 4N79 A; 1STF E; 1BP4 A; 1MS6 A; 2E03 A; 3WXG A; 1PAD A; 2FYE A; 2E01 A; 4Q8G A; 4BPV A; 1BQI A; 4DMX A; 1EWP A; 3CBK A; 1AYW A; 3IUT A; 4QRX A; 8PCH A; 2JQF R; 2AYO A; 1KFU L; 1ME4 A; 4AXL A; 5CVO B; 2DC7 A; 2XU5 A; 5A24 A; 4HWY A; 2O6X A; 2G6D A; 1ATK A; 2FT2 A; 3WXE A; 1TU6 A; 1KXR A; 3H7D A; 1ICF A; 1VJV A; 2FTD A; 1AU2 A; 2YJC A; 3P5U A; 4I05 A; 3QJ3 A; 1A6R A; 4OEM A; 3P5V A; 4CDD B; 3KWB X; 1CV8 A; 2OUL A; 2DC8 A; 1Y4H A; 2PNS A; 3MTN A; 4FK5 A; 4KLB A; 4P6G A; 1GMY A; 2C0Y A; 2VHS A; 2DJF B; 1U5I A; 4XR7 A; 2FRQ A; 3E1Z B; 3BCN A; 1BGO A; 4YYU A; 3B79 A; 1CSB B; 3IOQ A; 1AYU A; 4OEL A; 1XKG A; 4P6E A; 5J94 A; 7PCK A; 3PDF A; 1YVB A; 1ITO A; 3V6E A; 1TLO A; 4ZUX U; 1F2B A; 3H8B A; 2DCA A; 4YYW A; 2R9M A; 2FQ9 A; 1KHQ A; 2NQI A; 3CH3 X; 3N3G A; 2IBI A; 1U9V A; 3BPF A; 2IPP B; 3CH2 X; 2Y5B A; 4XUI A; 2B1N A; 1PIP A; 4W4U A; 1NL6 A; 1PPO A; 1GCB A; 3K9M A; 5EGW A; 4FJC A; 4MZS A; 4N4Z A; 1SNK A; 3H89 A; 4QRV A; 4PI3 A; 2FRA A; 4BS6 A; 1F2A A; 1YK8 A; 3P5W A; 1U9Q X; 1QXP A; 2WBF X; 2OZ2 A; 1QDQ A; 3LXS A; 3M99 A; 4Q8H A; 2R9O A; 1DF0 A; 2YJB A; 1ZIV A; 3QSD A; 2DZZ A; 4PP1 A; 1QOL A; 4K7C A; 4YYR A; 1QMY A; 1EF7 A; 1Y08 A; 2B1M A; 2R6N A; 3HHA A; 2E00 A; 2AUZ A; 5JA7 A; 2FUD A; 1POP A; 2AYN A; 1EWM A; 3PBH A; 1S4V A; 4QRG A; 1MIR A; 1PPN A; 2AUX A; 2CB5 A; 4X6J A; 2HXZ A; 4N8W A; 9PAP A; 4W5C A; 2NQA A; 3ZUA A; 3PW3 A; 3USV A; 4BSQ A; 3C9E A; 1BY8 A; 3BWK A; 1PBH A; 1THE A; 3RVV A; 2PBH A; 4QH6 A; 2ARY A; 3BC3 A; 2HD5 A; 3IHP A; 2HHN A; 1IWD A; 4BS5 A; 3OVZ A; 3D6S A; 2G8E A; 2YJ8 A; 1NLJ A; 2P86 A; 4CDF B; 3P5X A; 1AU3 A; 2P7U A; 1CS8 A; 3OF8 A; 2F1G A; 4X6I A; 3BOW A; 2YJ2 A; 3S3R A; 4FIP A; 1MDW A; 5CHV A; 3S3Q A; 2ATO A; 2R9F A; 3KW9 A; 5CHT A; 1Q6K A; 2G7Y A; 3HWN A; 1PXV A; 2XU4 A; 4MZO A; 2JQG R; 3KKU A; 2H7J A; 3RVW A; 3OF9 A; 2AVW A; 4DMY A; 1CTE A; 4MSX A; 1MHW A; 3QT4 A; 4YYV A; 2XU3 A; 2DCC A; 3OIS A; 1DEU A; 3N4C A; 5EF4 A; 1NB3 A; 5F02 A; 3KX1 A; 4CDC B; 6PAD A; 1NPZ A; 3HHI A; 1X9Y A; 4CDE B; 4CZW A; 4YV8 A; 1JQP A; 1U9W A; 4QBB A; 2FO5 A; 1ME3 A; 2XU1 A; 1M6D A; 2R9C A; 3BPM A; 4BQV A; 2AIM A; 3I06 A; 1AEC A; 3CBJ A; 3IEJ A; 3IMA A; 5CVM A; 3ERV A; 3F75 A; 4W5B A; 3KWZ A; 3MHH A; 1MEM A; 1YK7 A; 3O1G A; 5PAD A; 2AU1 A; 3RVX A; 2G8J A; 2YJ9 A; 1K3B B; 3F5V A; 3I3T A; 3MHS A; 4G54 A; 5K16 A; 5FPW A; 1AIM A; 4WA6 A; 2GHU A; 4X6H A; 4YYS A; 1U9X A; 3O0U A; 3K8U A; 2Y6E A; 1KHP A; 1YT7 A; 3HD3 A; 1CVZ A; 3H6S A; 1AU4 A; 1NQC A; 1AU0 A; 3PNR A; 2F7D A; 3KFQ A; 3LFY A; 1ZCM A; 1HUC B; 1F2C A; 1O0E A; 2PRE A; 1YAL A; 2DCD A; 1SP4 B; 2E02 A; 1KFX L; 2R9N A; 1AYV A; 4I07 A; 5JH3 A; 3OVX A; 1NB5 A; 4YYQ A; 1CB5 A; 3GCB A; 4I04 A; 2BDZ A; 2DC9 A; 1MEG A; 3AI8 A; 1F29 A; 2P0R A; 2VHF A; 3V6C A; 1PPP A; 3TNX A; 2PAD A; 1CQD A; 4RY2 A; 2NQG A; 2DJG B; 3NHE A; 1GEC E; 2NQD B; 4PAD A; 1TL9 A; 1PPD A; 2DZY A; 1PCI A; 1FH0 A; 4AXM A; 1CPJ A; 2DC6 A; 3WXF A; 1EWO A; 3U8E A; 3N3K A; 2AS8 A; 5CVN B; 2HH5 A; 3H8C A; 2BDL A; 2ACT A; 3KSE A; 2OP3 A; 4PP2 E; 3DF0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GLO A; 2CIO A; 2DCB A; 2GFO A; 3IV2 A; 3K24 A; 3MOR A; 1CJL A; 4YVA A; 1EWL A; 1PE6 A; 1VSN A; 4OVZ A; 4N79 A; 1STF E; 1BP4 A; 1MS6 A; 2E03 A; 3WXG A; 4PT5 A; 1PAD A; 3BB7 A; 2FYE A; 3PHU A; 2E01 A; 4Q8G A; 4BPV A; 1BQI A; 4DMX A; 1EWP A; 3CBK A; 1AYW A; 3IUT A; 4QRX A; 3TMP A; 8PCH A; 2JQF R; 2AYO A; 1KFU L; 1ME4 A; 4AXL A; 5CVO B; 2DC7 A; 2XU5 A; 5A24 A; 4HWY A; 2O6X A; 2G6D A; 1ATK A; 2FT2 A; 3WXE A; 1TU6 A; 1KXR A; 3H7D A; 1ICF A; 1VJV A; 2FTD A; 3PRP A; 1AU2 A; 2YJC A; 4OW0 A; 3P5U A; 4I05 A; 3QJ3 A; 1A6R A; 4OEM A; 3P5V A; 4CDD B; 3KWB X; 1CV8 A; 2OUL A; 2DC8 A; 1Y4H A; 2PNS A; 3MTN A; 4FK5 A; 4KLB A; 4P6G A; 1GMY A; 4P16 A; 2C0Y A; 2VHS A; 3MTV A; 4IUM A; 2DJF B; 1U5I A; 4XR7 A; 2FRQ A; 3E1Z B; 3BCN A; 1BGO A; 4BOP A; 4YYU A; 3B79 A; 1CSB B; 3IOQ A; 1AYU A; 4OEL A; 3C0R A; 1XKG A; 4P6E A; 5J94 A; 7PCK A; 3PDF A; 1YVB A; 1ITO A; 3V6E A; 1TLO A; 4ZUX U; 1F2B A; 3H8B A; 2DCA A; 4YYW A; 2R9M A; 2FQ9 A; 3W30 A; 1KHQ A; 2NQI A; 3CH3 X; 3N3G A; 4MI7 A; 2IBI A; 1U9V A; 3BPF A; 2IPP B; 4XZX A; 3CH2 X; 2Y5B A; 4XUI A; 2B1N A; 2BTW B; 1PIP A; 4W4U A; 3PSE A; 1NL6 A; 1PPO A; 1GCB A; 3K9M A; 5EGW A; 4FJC A; 4MZS A; 4N4Z A; 1SNK A; 3H89 A; 4QRV A; 5KO3 A; 4PI3 A; 4A5U A; 2FRA A; 4BS6 A; 1F2A A; 1YK8 A; 3P5W A; 1U9Q X; 1QXP A; 2WBF X; 2OZ2 A; 1QDQ A; 4M0W A; 3LXS A; 3M99 A; 4Q8H A; 2R9O A; 1DF0 A; 2YJB A; 1ZIV A; 3QSD A; 2DZZ A; 4HXD B; 4RNA A; 4PP1 A; 1QOL A; 4K7C A; 3E9S A; 4YYR A; 1QMY A; 1EF7 A; 1Y08 A; 2B1M A; 4R3D A; 2R6N A; 3PRM A; 3HHA A; 2E00 A; 2AUZ A; 2HWK A; 5JA7 A; 2FUD A; 2BU3 A; 1POP A; 2AYN A; 1EWM A; 3PBH A; 1S4V A; 4QRG A; 1MIR A; 1PPN A; 2AUX A; 3ZNH A; 2CB5 A; 4X6J A; 2HXZ A; 4N8W A; 9PAP A; 4W5C A; 2NQA A; 3ZUA A; 3PW3 A; 5E6J A; 3USV A; 4BSQ A; 3C9E A; 1BY8 A; 3BWK A; 1PBH A; 1THE A; 3RVV A; 3OQC A; 2PBH A; 4QH6 A; 2J7Q C; 2ARY A; 3BC3 A; 2HD5 A; 3IHP A; 2HHN A; 1IWD A; 3B21 A; 3OVZ A; 4BS5 A; 3D6S A; 2G8E A; 2YJ8 A; 1NLJ A; 2P86 A; 4CDF B; 3P5X A; 1PVJ A; 1AU3 A; 2JRI A; 2P7U A; 2J7Q A; 1CS8 A; 3OF8 A; 2F1G A; 4X6I A; 3BOW A; 2YJ2 A; 3S3R A; 4FIP A; 1MDW A; 5CHV A; 3S3Q A; 2ATO A; 2R9F A; 3KW9 A; 5CHT A; 1Q6K A; 3O65 A; 4WUR A; 2G7Y A; 3HWN A; 1PXV A; 2XU4 A; 4MZO A; 2JQG R; 3KKU A; 2H7J A; 3RVW A; 3OF9 A; 2JTC A; 2AVW A; 2AGA A; 5EZQ A; 4D8I A; 4DMY A; 1CTE A; 4MSX A; 1MHW A; 3QT4 A; 4YYV A; 2XU3 A; 2DCC A; 3OIS A; 1DEU A; 3N4C A; 3PHX A; 3BY4 A; 5EF4 A; 1NB3 A; 5F02 A; 3KX1 A; 4CDC B; 6PAD A; 4ZTB A; 4RKX A; 1NPZ A; 3HHI A; 1X9Y A; 4CDE B; 4CZW A; 4YV8 A; 1JQP A; 1U9W A; 4QBB A; 4OVZ B; 2FO5 A; 1ME3 A; 2XU1 A; 1M6D A; 2R9C A; 3BPM A; 4BQV A; 2AIM A; 3I06 A; 1AEC A; 3CBJ A; 3IEJ A; 3IMA A; 5CVM A; 3ERV A; 3F75 A; 4W5B A; 4RF1 A; 3KWZ A; 3MHH A; 1MEM A; 1YK7 A; 3O1G A; 5PAD A; 2AU1 A; 3RVX A; 2G8J A; 2YJ9 A; 1K3B B; 3F5V A; 3I3T A; 3MHS A; 4G54 A; 5K16 A; 5FPW A; 3BBA A; 1AIM A; 4WA6 A; 2GHU A; 4X6H A; 4YYS A; 1U9X A; 3O0U A; 3K8U A; 2Y6E A; 1YZB A; 1KHP A; 5EZS A; 1YT7 A; 3HD3 A; 1CVZ A; 3MP2 A; 3H6S A; 1AU4 A; 1NQC A; 1AU0 A; 3W31 A; 4RF0 A; 3PNR A; 4D8B A; 4BOU A; 2F7D A; 4D8E A; 3KFQ A; 1UKF A; 3LFY A; 1ZCM A; 3IFU A; 5JZE A; 1HUC B; 1F2C A; 4GUA A; 4BOS A; 1O0E A; 2PRE A; 1YAL A; 2DCD A; 1SP4 B; 2E02 A; 1KFX L; 2R9N A; 1AYV A; 4I07 A; 5JH3 A; 3OVX A; 1NB5 A; 3PHW A; 4YYQ A; 1CB5 A; 3GCB A; 4I04 A; 2BDZ A; 2DC9 A; 1MEG A; 3AI8 A; 1F29 A; 2P0R A; 4BOZ A; 3RNV A; 1DKI A; 2VHF A; 3V6C A; 1PPP A; 3TNX A; 2PAD A; 1CQD A; 4RY2 A; 2NQG A; 3PT2 A; 2DJG B; 3NHE A; 4IP3 A; 1GEC E; 2NQD B; 2DOS A; 4PAD A; 2Z84 A; 1TL9 A; 1PPD A; 2DZY A; 2FE8 A; 1PCI A; 1FH0 A; 4AXM A; 1CPJ A; 2DC6 A; 2BTW A; 3WXF A; 1EWO A; 4MM3 B; 3N3K A; 2AS8 A; 3U8E A; 5CVN B; 2HH5 A; 3H8C A; 2UZJ A; 4BOQ A; 3MJ5 A; 2BDL A; 2ACT A; 3KSE A; 2OP3 A; 3TRK A; 4PP2 E; 4REZ A; 3DF0 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1GLO A; 2CIO A; 2DCB A; 2GFO A; 3IV2 A; 3K24 A; 3MOR A; 1CJL A; 4YVA A; 1EWL A; 1PE6 A; 1VSN A; 4N79 A; 1STF E; 1BP4 A; 1MS6 A; 2E03 A; 3WXG A; 1PAD A; 2FYE A; 2E01 A; 4Q8G A; 4BPV A; 1BQI A; 4DMX A; 1GX3 A; 1EWP A; 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4K7C A; 4YYR A; 4C5P A; 1QMY A; 1EF7 A; 1Y08 A; 2B1M A; 2R6N A; 3HHA A; 2E00 A; 2AUZ A; 5JA7 A; 2FUD A; 1POP A; 2AYN A; 1EWM A; 3PBH A; 1S4V A; 4QRG A; 1MIR A; 1PPN A; 2AUX A; 2CB5 A; 4X6J A; 1E2T A; 2HXZ A; 4N8W A; 9PAP A; 4W5C A; 2NQA A; 3ZUA A; 3PW3 A; 3USV A; 4BSQ A; 3C9E A; 1BY8 A; 3BWK A; 1PBH A; 1THE A; 3RVV A; 2PBH A; 4QH6 A; 2ARY A; 3BC3 A; 2HD5 A; 3IHP A; 2HHN A; 1IWD A; 4BS5 A; 3OVZ A; 3D6S A; 4B55 A; 2G8E A; 2YJ8 A; 1NLJ A; 2P86 A; 4CDF B; 3P5X A; 1AU3 A; 2P7U A; 1CS8 A; 3OF8 A; 2F1G A; 4X6I A; 3BOW A; 2YJ2 A; 3S3R A; 4FIP A; 1MDW A; 5CHV A; 3S3Q A; 2ATO A; 2R9F A; 3KW9 A; 5CHT A; 1Q6K A; 2G7Y A; 3HWN A; 1PXV A; 2XU4 A; 4MZO A; 2JQG R; 3KKU A; 2H7J A; 3RVW A; 2VFC A; 3OF9 A; 2AVW A; 4DMY A; 1CTE A; 4MSX A; 1MHW A; 3QT4 A; 4YYV A; 2XU3 A; 2DCC A; 3OIS A; 1DEU A; 3N4C A; 1W5R A; 5EF4 A; 1NB3 A; 5F02 A; 4NV8 A; 3KX1 A; 4CDC B; 6PAD A; 1NPZ A; 3HHI A; 1X9Y A; 4CDE B; 4CZW A; 4YV8 A; 1JQP A; 1U9W A; 4QBB A; 2FO5 A; 1ME3 A; 2XU1 A; 1M6D A; 2R9C A; 3BPM A; 4BQV A; 2AIM A; 4GUZ A; 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