The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
125
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structure length |
125
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Chain Sequence |
AMKDPLLNSLIYVSRYYGLANSPEALVNGLPLSDGKLTPFLLPRAAERAGLVAKENRAELEKISSLILPAILVLKGGDSCVLNSINMETREAEVTTLESGMVPISIPLEDLLEQYTGRYFLVKKQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the N-terminal peptidase C39 like domain of the toxin secretion ATP-binding protein from Vibrio parahaemolyticus.
rcsb |
| molecule keywords |
Toxin secretion ATP-binding protein
|
| molecule tags |
Nucleotide binding protein
|
| source organism |
Vibrio parahaemolyticus rimd 2210633
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| total genus |
32
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| structure length |
125
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| sequence length |
125
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MTN A; 1A6R A; 3V6C A; 2XU1 A; 2YJ9 A; 1PIP A; 2E00 A; 1AU3 A; 2R9M A; 3P5U A; 2AU1 A; 3CBK A; 2DCB A; 2DZY A; 3KX1 A; 3OVZ A; 1EWM A; 1Y4H A; 2P7U A; 1JQP A; 1F2B A; 2DZZ A; 1PXV A; 3F75 A; 1AYU A; 3CH3 X; 2G8J A; 3P5V A; 3M99 A; 2E02 A; 2DJG B; 4QRX A; 1SNK A; 3S3Q A; 4YYQ A; 2R9O A; 1VJV A; 1XKG A; 1YVB A; 2DC8 A; 3V6E A; 1F2A A; 3WXG A; 3RVW A; 1AU0 A; 4QRG A; 4MSX A; 3RVV A; 3ERV A; 4X6J A; 1CSB B; 4PAD A; 3OVX A; 2YJ8 A; 5A24 A; 4I07 A; 2HHN A; 1ICF A; 3H89 A; 3DF0 A; 1NL6 A; 4BQV A; 1O0E A; 2NQG A; 2IPP B; 3I06 A; 2P86 A; 3K9M A; 1IWD A; 3HHA A; 1YT7 A; 2ATO A; 3AI8 A; 4CZW A; 2O6X A; 2AVW A; 3K24 A; 2WBF X; 1GLO A; 1PCI A; 1MHW A; 2FRA A; 2Y6E A; 4WA6 A; 2DJF B; 1DF0 A; 2DCA A; 2R9C A; 4CDF B; 1STF E; 1AYW A; 1NB5 A; 4K7C A; 1KFU L; 3HD3 A; 2HD5 A; 1U9V A; 1THE A; 1GEC E; 4AXL A; 1ME3 A; 1POP A; 2AUX A; 5K16 A; 4QBB A; 3OIS A; 4DMX A; 3KFQ A; 2DCC A; 2VHS A; 3IHP A; 5CVN B; 3BC3 A; 3N4C A; 1KHQ A; 2HXZ A; 4X6H A; 3P5X A; 2JQG R; 3IMA A; 3KKU A; 4X6I A; 1TU6 A; 4FJC A; 1CPJ A; 4XR7 A; 2VHF A; 1CB5 A; 1CJL A; 1CS8 A; 2R6N A; 1U9X A; 1EWP A; 1QMY A; 4W5B A; 3LFY A; 1ZCM A; 4HWY A; 5JA7 A; 1AIM A; 1QDQ A; 2B1N A; 2DC6 A; 4N4Z A; 4BS6 A; 2F7D A; 2AUZ A; 1F29 A; 2PNS A; 3MOR A; 4CDC B; 4RY2 A; 2PAD A; 1U5I A; 4FIP A; 2P0R A; 4ZUX U; 4MZS A; 3OF8 A; 2XU3 A; 5PAD A; 2E03 A; 3GCB A; 1NLJ A; 5CHV A; 1AU4 A; 2FT2 A; 1PPP A; 4BPV A; 2XU4 A; 3CBJ A; 5CHT A; 1AU2 A; 2G6D A; 5CVM A; 4YYS A; 3K8U A; 2GFO A; 2R9N A; 2BDL A; 4BS5 A; 3O1G A; 1HUC B; 2FQ9 A; 1CV8 A; 1MDW A; 4AXM A; 1NPZ A; 2JQF R; 3S3R A; 1MS6 A; 2R9F A; 3P5W A; 1S4V A; 1QXP A; 4W5C A; 4I04 A; 4YYR A; 2PBH A; 2H7J A; 1PPO A; 2Y5B A; 3IOQ A; 4PP2 E; 1YK7 A; 1Q6K A; 2ARY A; 1U9W A; 3N3G A; 1ATK A; 2G7Y A; 4N8W A; 1GCB A; 4I05 A; 2FRQ A; 1ITO A; 1BGO A; 3C9E A; 1FH0 A; 3H8B A; 2OP3 A; 1YAL A; 4QH6 A; 4Q8H A; 2XU5 A; 2YJB A; 2DCD A; 5CVO B; 2AIM A; 1M6D A; 1NB3 A; 1AEC A; 1KXR A; 2NQI A; 4P6G A; 3PW3 A; 2B1M A; 3H6S A; 2OUL A; 2HH5 A; 4YYU A; 2BDZ A; 3IUT A; 3BWK A; 5F02 A; 4OEL A; 3ZUA A; 3HWN A; 3IEJ A; 3I3T A; 4Q8G A; 3H8C A; 3RVX A; 1GMY A; 1TL9 A; 3KWZ A; 3TNX A; 3WXE A; 1PPD A; 2GHU A; 1MEM A; 4CDE B; 1AYV A; 3KWB X; 3B79 A; 1TLO A; 9PAP A; 3BPM A; 4CDD B; 5EGW A; 3CH2 X; 3PNR A; 4YVA A; 3PBH A; 2E01 A; 4P6E A; 3IV2 A; 1EWL A; 1EF7 A; 3BCN A; 1X9Y A; 8PCH A; 1ZIV A; 3QSD A; 4PI3 A; 2G8E A; 3HHI A; 3BPF A; 4XUI A; 1MEG A; 1DEU A; 1MIR A; 3KSE A; 5EF4 A; 1BP4 A; 2CIO A; 3LXS A; 1Y08 A; 2AS8 A; 4YYW A; 3QT4 A; 2DC9 A; 3QJ3 A; 3USV A; 1PE6 A; 4G54 A; 2F1G A; 4W4U A; 1PAD A; 1F2C A; 3WXF A; 1PBH A; 3O0U A; 1BQI A; 7PCK A; 4YV8 A; 2PRE A; 1ME4 A; 3MHS A; 1QOL A; 2YJ2 A; 1CQD A; 1KHP A; 2AYN A; 2C0Y A; 2OZ2 A; 2FUD A; 1BY8 A; 3H7D A; 1NQC A; 5FPW A; 1K3B B; 2NQD B; 2YJC A; 4PP1 A; 2CB5 A; 2FYE A; 3KW9 A; 2IBI A; 5JH3 A; 3MHH A; 5J94 A; 4YYV A; 2NQA A; 4QRV A; 3E1Z B; 3D6S A; 1YK8 A; 4N79 A; 1VSN A; 2ACT A; 4KLB A; 2FO5 A; 1CTE A; 3OF9 A; 1CVZ A; 3NHE A; 4BSQ A; 2AYO A; 3PDF A; 4MZO A; 4DMY A; 3BOW A; 6PAD A; 1PPN A; 1KFX L; 4OEM A; 4FK5 A; 2DC7 A; 3U8E A; 2FTD A; 1EWO A; 3N3K A; 1SP4 B; 1U9Q X; 3F5V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5JZE A; 3MTN A; 1A6R A; 3V6C A; 2XU1 A; 3C0R A; 2YJ9 A; 1PIP A; 2E00 A; 1AU3 A; 5E6J A; 2R9M A; 3P5U A; 2AU1 A; 3CBK A; 2DCB A; 1DKI A; 2DZY A; 3KX1 A; 3OVZ A; 1EWM A; 1Y4H A; 2P7U A; 1JQP A; 4RF1 A; 1F2B A; 2DZZ A; 1PXV A; 3F75 A; 1AYU A; 3CH3 X; 2G8J A; 3P5V A; 3M99 A; 2E02 A; 2DJG B; 4QRX A; 1SNK A; 3S3Q A; 4YYQ A; 2R9O A; 3BY4 A; 1VJV A; 1XKG A; 4RKX A; 1YVB A; 4OVZ B; 2DC8 A; 3V6E A; 1F2A A; 3WXG A; 3O65 A; 3RVW A; 1AU0 A; 4QRG A; 4BOU A; 4MSX A; 3RVV A; 3ERV A; 4X6J A; 1CSB B; 4PAD A; 3OVX A; 4BOZ A; 2YJ8 A; 4IUM A; 5A24 A; 5EZS A; 4I07 A; 2HHN A; 1ICF A; 2FE8 A; 2JRI A; 4M0W A; 2HWK A; 3H89 A; 3DF0 A; 1NL6 A; 3E9S A; 4BQV A; 1O0E A; 2NQG A; 2IPP B; 3I06 A; 2P86 A; 3K9M A; 1IWD A; 3HHA A; 1YT7 A; 4D8B A; 2ATO A; 3AI8 A; 4GUA A; 4MM3 B; 4R3D A; 4CZW A; 2O6X A; 2AVW A; 3K24 A; 2WBF X; 3PHU A; 1GLO A; 1PCI A; 1MHW A; 4HXD B; 2FRA A; 2Y6E A; 4WA6 A; 2DJF B; 1DF0 A; 2DCA A; 2R9C A; 4CDF B; 1STF E; 4BOS A; 1AYW A; 2DOS A; 1NB5 A; 4K7C A; 1KFU L; 3HD3 A; 2HD5 A; 1U9V A; 1THE A; 1GEC E; 4AXL A; 1ME3 A; 1POP A; 2AUX A; 5K16 A; 4QBB A; 2BTW B; 3OIS A; 4DMX A; 3KFQ A; 2DCC A; 2VHS A; 3IHP A; 5CVN B; 4D8E A; 3BC3 A; 3N4C A; 1KHQ A; 4XZX A; 2HXZ A; 4X6H A; 3P5X A; 2JQG R; 3IMA A; 3KKU A; 4X6I A; 4D8I A; 1TU6 A; 4FJC A; 4PT5 A; 1CPJ A; 4XR7 A; 2VHF A; 1CB5 A; 1CJL A; 1CS8 A; 2R6N A; 1U9X A; 1EWP A; 1QMY A; 5EZQ A; 4W5B A; 3LFY A; 1ZCM A; 4HWY A; 5JA7 A; 1AIM A; 1QDQ A; 2B1N A; 2DC6 A; 4N4Z A; 4BS6 A; 2F7D A; 2UZJ A; 2AUZ A; 1F29 A; 2PNS A; 3MOR A; 4CDC B; 4RY2 A; 2PAD A; 1U5I A; 4FIP A; 2P0R A; 4ZUX U; 4MZS A; 2BU3 A; 3OF8 A; 2XU3 A; 3W30 A; 5PAD A; 2E03 A; 3GCB A; 1NLJ A; 5CHV A; 1AU4 A; 2FT2 A; 1UKF A; 1PPP A; 4BPV A; 2XU4 A; 3CBJ A; 5CHT A; 1AU2 A; 2G6D A; 5CVM A; 4YYS A; 3K8U A; 2GFO A; 2R9N A; 3BB7 A; 2BDL A; 4BS5 A; 3O1G A; 1HUC B; 2FQ9 A; 1CV8 A; 1MDW A; 4AXM A; 1NPZ A; 2JQF R; 3B21 A; 3BBA A; 3S3R A; 1MS6 A; 2R9F A; 3P5W A; 1S4V A; 1QXP A; 4W5C A; 4I04 A; 4YYR A; 2PBH A; 2H7J A; 1PPO A; 2Y5B A; 3PHW A; 3IOQ A; 4PP2 E; 1YK7 A; 1Q6K A; 2ARY A; 1U9W A; 3N3G A; 4P16 A; 1ATK A; 2G7Y A; 4N8W A; 1GCB A; 3ZNH A; 4I05 A; 2FRQ A; 1ITO A; 1BGO A; 2Z84 A; 3C9E A; 1FH0 A; 2AGA A; 2OP3 A; 1YAL A; 3H8B A; 4RF0 A; 4QH6 A; 4Q8H A; 2XU5 A; 2YJB A; 3MJ5 A; 2DCD A; 5CVO B; 2AIM A; 1M6D A; 1NB3 A; 1AEC A; 1KXR A; 2NQI A; 4P6G A; 3PW3 A; 2B1M A; 3H6S A; 2OUL A; 3PRM A; 2HH5 A; 4YYU A; 2BDZ A; 3IUT A; 1PVJ A; 3BWK A; 5F02 A; 4OEL A; 3ZUA A; 3HWN A; 4BOP A; 2J7Q C; 3IEJ A; 3I3T A; 4Q8G A; 3H8C A; 3RVX A; 1GMY A; 3MP2 A; 1YZB A; 1TL9 A; 3KWZ A; 3TNX A; 3WXE A; 1PPD A; 2GHU A; 1MEM A; 4CDE B; 4WUR A; 1AYV A; 4RNA A; 3KWB X; 3B79 A; 1TLO A; 9PAP A; 3IFU A; 3BPM A; 4CDD B; 5EGW A; 3CH2 X; 3PNR A; 4YVA A; 3PBH A; 2E01 A; 4P6E A; 3TMP A; 3IV2 A; 1EWL A; 4BOQ A; 1EF7 A; 3BCN A; 1X9Y A; 3RNV A; 8PCH A; 1ZIV A; 3QSD A; 4PI3 A; 2G8E A; 3HHI A; 3BPF A; 4XUI A; 4OVZ A; 1MEG A; 1DEU A; 1MIR A; 3KSE A; 5EF4 A; 1BP4 A; 2CIO A; 3LXS A; 1Y08 A; 2AS8 A; 3PSE A; 4YYW A; 4MI7 A; 3QT4 A; 2DC9 A; 3QJ3 A; 3USV A; 1PE6 A; 4G54 A; 2F1G A; 4W4U A; 1PAD A; 1F2C A; 3WXF A; 1PBH A; 3O0U A; 1BQI A; 7PCK A; 4YV8 A; 2PRE A; 1ME4 A; 3MHS A; 1QOL A; 2YJ2 A; 1CQD A; 3MTV A; 1KHP A; 2AYN A; 2C0Y A; 2OZ2 A; 2FUD A; 1BY8 A; 3H7D A; 1NQC A; 5FPW A; 3PRP A; 1K3B B; 4ZTB A; 2NQD B; 5KO3 A; 2YJC A; 4PP1 A; 2CB5 A; 2FYE A; 3PHX A; 3KW9 A; 2IBI A; 5JH3 A; 3MHH A; 5J94 A; 4YYV A; 2NQA A; 4OW0 A; 3PT2 A; 3E1Z B; 4QRV A; 3TRK A; 3D6S A; 1YK8 A; 4N79 A; 1VSN A; 2ACT A; 4KLB A; 4IP3 A; 2J7Q A; 2FO5 A; 3W31 A; 1CTE A; 3OF9 A; 1CVZ A; 3NHE A; 4BSQ A; 2AYO A; 3PDF A; 4MZO A; 4DMY A; 2BTW A; 3BOW A; 6PAD A; 1PPN A; 1KFX L; 3OQC A; 4OEM A; 4FK5 A; 2DC7 A; 3U8E A; 2FTD A; 1EWO A; 4A5U A; 2JTC A; 3N3K A; 1SP4 B; 1U9Q X; 4REZ A; 3F5V A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3MTN A; 1A6R A; 3V6C A; 2XU1 A; 2YJ9 A; 1PIP A; 2E00 A; 1AU3 A; 2R9M A; 3P5U A; 2AU1 A; 3CBK A; 2DCB A; 4GUZ A; 2DZY A; 3KX1 A; 3OVZ A; 1EWM A; 1Y4H A; 2P7U A; 1JQP A; 1F2B A; 2DZZ A; 1PXV A; 3F75 A; 1AYU A; 3CH3 X; 2G8J A; 3P5V A; 3M99 A; 2E02 A; 2DJG B; 4QRX A; 1SNK A; 3S3Q A; 4YYQ A; 2R9O A; 1VJV A; 1XKG A; 1YVB A; 2DC8 A; 3V6E A; 1F2A A; 3WXG A; 3RVW A; 1AU0 A; 4QRG A; 4MSX A; 3RVV A; 3ERV A; 4X6J A; 1CSB B; 4PAD A; 3OVX A; 2BSZ A; 2YJ8 A; 5A24 A; 3LTW A; 4I07 A; 2HHN A; 1ICF A; 3H89 A; 3DF0 A; 1NL6 A; 4BQV A; 1O0E A; 2NQG A; 2IPP B; 4C5P A; 3I06 A; 2P86 A; 3K9M A; 4B55 A; 1IWD A; 3HHA A; 1YT7 A; 2ATO A; 3AI8 A; 4CZW A; 2O6X A; 2AVW A; 3K24 A; 2WBF X; 1GLO A; 1PCI A; 1MHW A; 2FRA A; 2Y6E A; 4WA6 A; 2DJF B; 1DF0 A; 2DCA A; 2R9C A; 4CDF B; 1STF E; 1AYW A; 1NB5 A; 4K7C A; 1KFU L; 3HD3 A; 2HD5 A; 1U9V A; 1THE A; 1GEC E; 4AXL A; 1ME3 A; 1POP A; 2AUX A; 5K16 A; 4QBB A; 3OIS A; 4DMX A; 3KFQ A; 2DCC A; 2VHS A; 1W6F A; 3IHP A; 5CVN B; 3BC3 A; 3N4C A; 1KHQ A; 2HXZ A; 4X6H A; 3P5X A; 4NV7 A; 2JQG R; 3IMA A; 3KKU A; 4X6I A; 1TU6 A; 4FJC A; 1CPJ A; 4XR7 A; 2VHF A; 1CB5 A; 1CJL A; 1CS8 A; 2R6N A; 1U9X A; 1EWP A; 1QMY A; 4W5B A; 3LFY A; 1ZCM A; 4HWY A; 5JA7 A; 1AIM A; 1QDQ A; 2B1N A; 2DC6 A; 4N4Z A; 4BS6 A; 2F7D A; 2AUZ A; 1F29 A; 2PNS A; 3MOR A; 4CDC B; 4RY2 A; 2PAD A; 1U5I A; 4FIP A; 2P0R A; 4ZUX U; 4MZS A; 3OF8 A; 2XU3 A; 5PAD A; 2E03 A; 3GCB A; 1NLJ A; 5CHV A; 1AU4 A; 2FT2 A; 1PPP A; 4BPV A; 2XU4 A; 3CBJ A; 5CHT A; 1AU2 A; 2G6D A; 5CVM A; 4YYS A; 3K8U A; 2GFO A; 2R9N A; 2BDL A; 4BS5 A; 3O1G A; 1HUC B; 4BGF A; 2FQ9 A; 1CV8 A; 1MDW A; 4AXM A; 1NPZ A; 2JQF R; 3S3R A; 1MS6 A; 2R9F A; 4NV8 A; 3P5W A; 1S4V A; 1QXP A; 4W5C A; 4I04 A; 4YYR A; 2PBH A; 2H7J A; 1PPO A; 2Y5B A; 3IOQ A; 4PP2 E; 3D9W A; 1YK7 A; 1Q6K A; 2ARY A; 1U9W A; 3N3G A; 1ATK A; 2G7Y A; 4N8W A; 1GCB A; 4I05 A; 2FRQ A; 1ITO A; 1BGO A; 3C9E A; 1FH0 A; 3H8B A; 2OP3 A; 1YAL A; 4QH6 A; 4Q8H A; 2XU5 A; 2YJB A; 2DCD A; 5CVO B; 2AIM A; 2VFC A; 1M6D A; 1NB3 A; 1AEC A; 1KXR A; 2NQI A; 4P6G A; 3PW3 A; 2B1M A; 3H6S A; 2OUL A; 2HH5 A; 4YYU A; 2BDZ A; 3IUT A; 3BWK A; 5F02 A; 4OEL A; 3ZUA A; 3HWN A; 3IEJ A; 3I3T A; 4Q8G A; 3H8C A; 3RVX A; 1GMY A; 1TL9 A; 3KWZ A; 1W4T A; 3TNX A; 3WXE A; 1PPD A; 2GHU A; 1MEM A; 4CDE B; 1AYV A; 3KWB X; 3B79 A; 1TLO A; 9PAP A; 3BPM A; 4CDD B; 5EGW A; 3CH2 X; 3PNR A; 4YVA A; 3PBH A; 1W5R A; 2E01 A; 4P6E A; 3IV2 A; 1EWL A; 1EF7 A; 3BCN A; 1X9Y A; 8PCH A; 1ZIV A; 3QSD A; 4PI3 A; 2G8E A; 3HHI A; 3BPF A; 4XUI A; 1MEG A; 1DEU A; 1MIR A; 3KSE A; 5EF4 A; 1BP4 A; 2CIO A; 2VFB A; 3LXS A; 1Y08 A; 2AS8 A; 4YYW A; 3QT4 A; 2DC9 A; 3QJ3 A; 3USV A; 1PE6 A; 4G54 A; 2F1G A; 4W4U A; 1PAD A; 1F2C A; 3WXF A; 1PBH A; 3O0U A; 1E2T A; 1BQI A; 7PCK A; 4YV8 A; 2PRE A; 1ME4 A; 3MHS A; 1QOL A; 2YJ2 A; 1CQD A; 1KHP A; 2AYN A; 2C0Y A; 2OZ2 A; 2FUD A; 1BY8 A; 3H7D A; 1NQC A; 5FPW A; 1K3B B; 2NQD B; 2YJC A; 4PP1 A; 2CB5 A; 2FYE A; 3KW9 A; 2IBI A; 5JH3 A; 3MHH A; 5J94 A; 4YYV A; 2NQA A; 4QRV A; 3E1Z B; 3D6S A; 1YK8 A; 4N79 A; 1VSN A; 2ACT A; 4KLB A; 2FO5 A; 1CTE A; 3OF9 A; 1CVZ A; 3NHE A; 4BSQ A; 2AYO A; 3PDF A; 4MZO A; 4DMY A; 3BOW A; 6PAD A; 1PPN A; 1KFX L; 4OEM A; 1GX3 A; 4FK5 A; 2DC7 A; 3U8E A; 2FTD A; 1EWO A; 3N3K A; 1SP4 B; 1U9Q X; 3F5V A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
