The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
125
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structure length |
125
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Chain Sequence |
AMKDPLLNSLIYVSRYYGLANSPEALVNGLPLSDGKLTPFLLPRAAERAGLVAKENRAELEKISSLILPAILVLKGGDSCVLNSINMETREAEVTTLESGMVPISIPLEDLLEQYTGRYFLVKKQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the N-terminal peptidase C39 like domain of the toxin secretion ATP-binding protein from Vibrio parahaemolyticus.
rcsb |
| molecule keywords |
Toxin secretion ATP-binding protein
|
| molecule tags |
Nucleotide binding protein
|
| source organism |
Vibrio parahaemolyticus rimd 2210633
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| total genus |
32
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| structure length |
125
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| sequence length |
125
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-10-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1PIP A; 1K3B B; 4G54 A; 4I04 A; 1MEM A; 3IHP A; 1F2A A; 2AIM A; 1IWD A; 1PPD A; 4I07 A; 5JH3 A; 3H8B A; 4I05 A; 3MHH A; 1CJL A; 5JA7 A; 1CSB B; 2AYN A; 2BDZ A; 1F2B A; 1EWP A; 4QH6 A; 5A24 A; 3H8C A; 3ZUA A; 3TNX A; 2XU3 A; 3C9E A; 1GLO A; 2VHS A; 3F75 A; 1TLO A; 2FO5 A; 2AVW A; 2G8J A; 4HWY A; 1NB3 A; 1ATK A; 2YJ2 A; 3I3T A; 1AU0 A; 4MZS A; 5CVN B; 2NQA A; 1EF7 A; 3KKU A; 2OP3 A; 3OIS A; 4PI3 A; 3GCB A; 4P6G A; 3IMA A; 2PNS A; 2BDL A; 2E01 A; 1O0E A; 5PAD A; 1AU2 A; 2FRA A; 1NLJ A; 2DCD A; 4X6I A; 2DC8 A; 2FQ9 A; 1MDW A; 1STF E; 8PCH A; 2R9N A; 4YYW A; 3HD3 A; 3QT4 A; 3P5W A; 1BY8 A; 3CH3 X; 1AYU A; 2XU5 A; 3AI8 A; 4QRV A; 4DMX A; 4YYV A; 2P86 A; 1NB5 A; 1FH0 A; 4FK5 A; 1POP A; 5CHT A; 1SP4 B; 4CDD B; 1U9Q X; 3BWK A; 1ME4 A; 4YYQ A; 2Y5B A; 1F29 A; 3V6E A; 4YVA A; 3OVZ A; 1QMY A; 2DC7 A; 1ICF A; 3P5X A; 3NHE A; 4CDC B; 2AUX A; 1S4V A; 3RVX A; 4ZUX U; 1CTE A; 2YJ9 A; 4Q8G A; 2DCC A; 1QDQ A; 2FT2 A; 4AXM A; 4FJC A; 1U9X A; 3BPM A; 9PAP A; 3QJ3 A; 3RVV A; 1CQD A; 3F5V A; 4QBB A; 4N8W A; 3MOR A; 1PBH A; 2AYO A; 4FIP A; 4MZO A; 1DEU A; 3D6S A; 5J94 A; 1TL9 A; 3WXG A; 2XU4 A; 1BQI A; 3KWZ A; 1NL6 A; 4YYS A; 2ATO A; 4AXL A; 1KHP A; 1CB5 A; 1A6R A; 1AYW A; 3PNR A; 4Q8H A; 3IV2 A; 2FRQ A; 3KW9 A; 1M6D A; 3MTN A; 2DCA A; 1ME3 A; 1Y4H A; 5CVM A; 1F2C A; 2PRE A; 3MHS A; 1GCB A; 2OUL A; 1XKG A; 2ACT A; 1MEG A; 1JQP A; 2GHU A; 1CPJ A; 1CS8 A; 4MSX A; 3OVX A; 2PAD A; 1ZIV A; 4RY2 A; 3KX1 A; 1Q6K A; 2DCB A; 3P5U A; 3PDF A; 1PAD A; 4K7C A; 1KFU L; 5EGW A; 3KFQ A; 4WA6 A; 4CDF B; 3DF0 A; 2VHF A; 2YJC A; 3BCN A; 2FYE A; 4QRG A; 3USV A; 1THE A; 2YJ8 A; 2JQG R; 4YYR A; 1HUC B; 2R9C A; 2YJB A; 1KFX L; 1GEC E; 2Y6E A; 1PCI A; 3K9M A; 4CZW A; 2DC9 A; 2PBH A; 4CDE B; 2AS8 A; 3LXS A; 3P5V A; 1EWL A; 3IEJ A; 2FUD A; 3M99 A; 1ITO A; 1YK7 A; 4DMY A; 2R9F A; 3BPF A; 1AU3 A; 3ERV A; 2ARY A; 5CVO B; 1MHW A; 4XR7 A; 2JQF R; 3HHA A; 4PP1 A; 1AIM A; 2CB5 A; 1YT7 A; 2G6D A; 2WBF X; 4P6E A; 3IOQ A; 3BC3 A; 2R9M A; 3OF9 A; 3PW3 A; 5F02 A; 2HXZ A; 1Y08 A; 3QSD A; 2E03 A; 3N3G A; 5CHV A; 1AYV A; 4PP2 E; 2XU1 A; 4PAD A; 2DZY A; 3WXE A; 2R6N A; 5FPW A; 1PPP A; 1AU4 A; 4BS6 A; 2AUZ A; 2E00 A; 4YYU A; 3PBH A; 4OEL A; 3O1G A; 4N79 A; 2FTD A; 2B1N A; 2C0Y A; 5K16 A; 1MS6 A; 3O0U A; 1NQC A; 4BS5 A; 3WXF A; 2F1G A; 3LFY A; 3IUT A; 1YAL A; 3V6C A; 1EWO A; 4W5C A; 1YVB A; 3HHI A; 2AU1 A; 3S3R A; 2DZZ A; 2O6X A; 1KHQ A; 1KXR A; 2IPP B; 3KWB X; 1BP4 A; 4BQV A; 3E1Z B; 1AEC A; 3B79 A; 3H89 A; 7PCK A; 1ZCM A; 3H6S A; 2R9O A; 3K8U A; 1DF0 A; 2P7U A; 1CVZ A; 2G7Y A; 3OF8 A; 3S3Q A; 1VSN A; 4QRX A; 1TU6 A; 4X6H A; 3RVW A; 2B1M A; 2NQG A; 2IBI A; 1PPO A; 2DC6 A; 6PAD A; 1YK8 A; 2OZ2 A; 4XUI A; 3CH2 X; 2F7D A; 3N3K A; 3KSE A; 1BGO A; 5EF4 A; 1PE6 A; 4YV8 A; 2HD5 A; 2CIO A; 2P0R A; 1U9V A; 4W4U A; 1VJV A; 1MIR A; 1QXP A; 1QOL A; 1PPN A; 3CBK A; 2G8E A; 3I06 A; 1PXV A; 1U9W A; 2DJG B; 4X6J A; 4W5B A; 1CV8 A; 2GFO A; 2E02 A; 3H7D A; 2DJF B; 4KLB A; 1U5I A; 3CBJ A; 4BSQ A; 3BOW A; 2NQI A; 2H7J A; 4N4Z A; 1NPZ A; 2HHN A; 1SNK A; 3K24 A; 2NQD B; 4BPV A; 3N4C A; 1X9Y A; 1GMY A; 2HH5 A; 3HWN A; 1EWM A; 3U8E A; 4OEM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3BBA A; 1PIP A; 1K3B B; 4G54 A; 4I04 A; 1MEM A; 3IHP A; 1F2A A; 2AGA A; 2AIM A; 1IWD A; 1PPD A; 4I07 A; 3W31 A; 5JH3 A; 3H8B A; 4I05 A; 3MHH A; 1CJL A; 5JA7 A; 1CSB B; 2AYN A; 2BDZ A; 1F2B A; 1EWP A; 4QH6 A; 5A24 A; 3PHU A; 3H8C A; 3ZUA A; 3TNX A; 2XU3 A; 3C9E A; 4RF1 A; 4D8E A; 4A5U A; 1GLO A; 2VHS A; 3F75 A; 1TLO A; 2FO5 A; 2AVW A; 2G8J A; 4HWY A; 5KO3 A; 1NB3 A; 1ATK A; 2YJ2 A; 3I3T A; 4RF0 A; 1AU0 A; 4OVZ A; 4MZS A; 5CVN B; 2NQA A; 5EZS A; 1EF7 A; 3KKU A; 2OP3 A; 3OIS A; 4BOU A; 4D8I A; 4PI3 A; 3GCB A; 3PHX A; 2DOS A; 5E6J A; 4P6G A; 4XZX A; 3IMA A; 2PNS A; 2BDL A; 2E01 A; 1O0E A; 5PAD A; 4OW0 A; 4GUA A; 4M0W A; 1AU2 A; 2FRA A; 1NLJ A; 2DCD A; 4X6I A; 3TRK A; 2DC8 A; 4RNA A; 2FQ9 A; 1MDW A; 1STF E; 8PCH A; 2R9N A; 4YYW A; 3HD3 A; 3QT4 A; 3P5W A; 1BY8 A; 2Z84 A; 3CH3 X; 1AYU A; 2XU5 A; 3AI8 A; 4QRV A; 4DMX A; 4YYV A; 2P86 A; 1NB5 A; 3MJ5 A; 1FH0 A; 4FK5 A; 4RKX A; 1POP A; 5CHT A; 1SP4 B; 4CDD B; 1U9Q X; 3BWK A; 1ME4 A; 4BOZ A; 4YYQ A; 2Y5B A; 1F29 A; 3V6E A; 4YVA A; 3OVZ A; 1QMY A; 2DC7 A; 1ICF A; 3P5X A; 3NHE A; 4IP3 A; 4CDC B; 2AUX A; 1S4V A; 3RVX A; 3W30 A; 4ZUX U; 4R3D A; 1CTE A; 2YJ9 A; 3BB7 A; 4Q8G A; 2DCC A; 1QDQ A; 2FT2 A; 4AXM A; 4FJC A; 1U9X A; 3BPM A; 3TMP A; 9PAP A; 2UZJ A; 3QJ3 A; 3RVV A; 1CQD A; 3F5V A; 4QBB A; 4N8W A; 3MOR A; 1PBH A; 2AYO A; 4D8B A; 4FIP A; 4MZO A; 1DEU A; 3D6S A; 2JRI A; 5J94 A; 5JZE A; 1TL9 A; 3WXG A; 2XU4 A; 1BQI A; 3KWZ A; 1NL6 A; 4YYS A; 2ATO A; 4AXL A; 1KHP A; 1CB5 A; 1A6R A; 2BTW B; 1AYW A; 3PNR A; 4Q8H A; 3IV2 A; 2FRQ A; 3KW9 A; 1M6D A; 3MTN A; 2DCA A; 1ME3 A; 1Y4H A; 5CVM A; 1F2C A; 2PRE A; 3MHS A; 5EZQ A; 1GCB A; 2HWK A; 2OUL A; 1XKG A; 2ACT A; 1MEG A; 1JQP A; 2GHU A; 1CPJ A; 1CS8 A; 4MSX A; 3OVX A; 2PAD A; 1ZIV A; 4RY2 A; 3KX1 A; 1Q6K A; 2DCB A; 3P5U A; 3IFU A; 3PSE A; 3PDF A; 1PAD A; 4K7C A; 3C0R A; 1KFU L; 5EGW A; 3KFQ A; 4WA6 A; 4CDF B; 3DF0 A; 2VHF A; 2YJC A; 3BCN A; 2FYE A; 4QRG A; 3USV A; 1THE A; 2YJ8 A; 2JQG R; 4YYR A; 1HUC B; 2R9C A; 3RNV A; 2YJB A; 1KFX L; 1GEC E; 2Y6E A; 1PCI A; 3K9M A; 4CZW A; 2DC9 A; 2PBH A; 4CDE B; 2AS8 A; 3LXS A; 3P5V A; 1EWL A; 3OQC A; 3IEJ A; 2FUD A; 3M99 A; 1ITO A; 1YK7 A; 3PRP A; 4DMY A; 2R9F A; 3BPF A; 1AU3 A; 3ERV A; 2ARY A; 5CVO B; 1MHW A; 3E9S A; 4XR7 A; 2JQF R; 2J7Q C; 3HHA A; 4ZTB A; 4PP1 A; 1AIM A; 2CB5 A; 1YT7 A; 2G6D A; 3PT2 A; 2WBF X; 4P6E A; 4P16 A; 4BOQ A; 3IOQ A; 4OVZ B; 3BC3 A; 4HXD B; 3ZNH A; 2R9M A; 3OF9 A; 3PW3 A; 5F02 A; 2HXZ A; 1Y08 A; 1DKI A; 2J7Q A; 3QSD A; 2E03 A; 2BU3 A; 3N3G A; 5CHV A; 1AYV A; 4PP2 E; 2XU1 A; 4PAD A; 2DZY A; 3WXE A; 2R6N A; 5FPW A; 1PPP A; 1AU4 A; 4BS6 A; 2AUZ A; 2E00 A; 4YYU A; 3PBH A; 4OEL A; 3O1G A; 4N79 A; 2FTD A; 2B1N A; 2C0Y A; 5K16 A; 1MS6 A; 4IUM A; 3O0U A; 1NQC A; 4BS5 A; 3WXF A; 2JTC A; 2F1G A; 4PT5 A; 4MM3 B; 3LFY A; 3IUT A; 1YAL A; 3MP2 A; 3V6C A; 4MI7 A; 2FE8 A; 1EWO A; 4WUR A; 4W5C A; 1YVB A; 3HHI A; 3BY4 A; 4REZ A; 2AU1 A; 3S3R A; 2DZZ A; 2O6X A; 1KHQ A; 1KXR A; 2IPP B; 3KWB X; 1BP4 A; 4BQV A; 3E1Z B; 3PRM A; 1AEC A; 3B79 A; 3H89 A; 7PCK A; 1ZCM A; 3H6S A; 2R9O A; 3K8U A; 1DF0 A; 2P7U A; 1CVZ A; 2G7Y A; 3OF8 A; 3S3Q A; 1VSN A; 4QRX A; 1TU6 A; 3PHW A; 4X6H A; 3RVW A; 2B1M A; 2NQG A; 2IBI A; 1PPO A; 2DC6 A; 6PAD A; 1YK8 A; 2OZ2 A; 4XUI A; 3CH2 X; 2F7D A; 3N3K A; 3B21 A; 3KSE A; 1BGO A; 5EF4 A; 2BTW A; 1PE6 A; 4YV8 A; 2HD5 A; 2CIO A; 2P0R A; 1U9V A; 1YZB A; 4W4U A; 4BOS A; 1VJV A; 1MIR A; 1QXP A; 1QOL A; 1PPN A; 3CBK A; 3MTV A; 2G8E A; 3I06 A; 1PXV A; 1U9W A; 2DJG B; 4X6J A; 4W5B A; 1CV8 A; 2GFO A; 2E02 A; 3H7D A; 2DJF B; 4KLB A; 1U5I A; 3CBJ A; 1UKF A; 4BSQ A; 3BOW A; 2NQI A; 4BOP A; 2H7J A; 4N4Z A; 1NPZ A; 2HHN A; 1SNK A; 3K24 A; 1PVJ A; 2NQD B; 3O65 A; 4BPV A; 3N4C A; 1X9Y A; 1GMY A; 2HH5 A; 3HWN A; 1EWM A; 3U8E A; 4OEM A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1PIP A; 1K3B B; 4G54 A; 4I04 A; 1MEM A; 3IHP A; 1F2A A; 2AIM A; 1IWD A; 1PPD A; 4I07 A; 5JH3 A; 3H8B A; 4I05 A; 3MHH A; 1CJL A; 5JA7 A; 1CSB B; 2AYN A; 2BDZ A; 1F2B A; 1EWP A; 4QH6 A; 5A24 A; 3H8C A; 3ZUA A; 3TNX A; 1GX3 A; 2XU3 A; 3C9E A; 1GLO A; 2VHS A; 3F75 A; 1TLO A; 2FO5 A; 2AVW A; 2G8J A; 4HWY A; 1NB3 A; 1ATK A; 2YJ2 A; 3I3T A; 1AU0 A; 4MZS A; 5CVN B; 2NQA A; 1EF7 A; 3KKU A; 2OP3 A; 3OIS A; 4PI3 A; 3GCB A; 1E2T A; 4P6G A; 3IMA A; 2PNS A; 2BDL A; 2E01 A; 1O0E A; 5PAD A; 1AU2 A; 2FRA A; 1NLJ A; 2DCD A; 4X6I A; 2DC8 A; 2FQ9 A; 1MDW A; 1STF E; 8PCH A; 2R9N A; 4YYW A; 3HD3 A; 3QT4 A; 3P5W A; 1BY8 A; 3D9W A; 3CH3 X; 1AYU A; 2XU5 A; 3AI8 A; 4QRV A; 4DMX A; 4YYV A; 2P86 A; 1NB5 A; 1FH0 A; 4FK5 A; 1POP A; 5CHT A; 1SP4 B; 4CDD B; 1U9Q X; 3BWK A; 1ME4 A; 4YYQ A; 2Y5B A; 1F29 A; 3V6E A; 4YVA A; 3OVZ A; 1QMY A; 2DC7 A; 1ICF A; 3P5X A; 3NHE A; 4CDC B; 2AUX A; 1S4V A; 3RVX A; 4ZUX U; 1CTE A; 2YJ9 A; 4Q8G A; 2DCC A; 1QDQ A; 2FT2 A; 4AXM A; 4FJC A; 1U9X A; 3BPM A; 9PAP A; 3QJ3 A; 3RVV A; 1CQD A; 3F5V A; 4QBB A; 4N8W A; 3MOR A; 1PBH A; 2AYO A; 4GUZ A; 4FIP A; 4MZO A; 1DEU A; 3D6S A; 4BGF A; 5J94 A; 1TL9 A; 3WXG A; 2XU4 A; 1BQI A; 3KWZ A; 1NL6 A; 4YYS A; 2ATO A; 4AXL A; 1KHP A; 1CB5 A; 1A6R A; 1AYW A; 3PNR A; 4Q8H A; 3IV2 A; 2FRQ A; 4C5P A; 3KW9 A; 1M6D A; 3MTN A; 2VFB A; 2DCA A; 1ME3 A; 1Y4H A; 5CVM A; 1F2C A; 2PRE A; 3MHS A; 1GCB A; 2OUL A; 1XKG A; 2ACT A; 1MEG A; 1JQP A; 4NV8 A; 2GHU A; 1CPJ A; 1CS8 A; 4MSX A; 3OVX A; 2PAD A; 1ZIV A; 4RY2 A; 3KX1 A; 1Q6K A; 2DCB A; 3P5U A; 3PDF A; 1PAD A; 4K7C A; 1KFU L; 1W6F A; 5EGW A; 3KFQ A; 4WA6 A; 4CDF B; 3DF0 A; 2VHF A; 2YJC A; 3BCN A; 2FYE A; 4QRG A; 3USV A; 1THE A; 2YJ8 A; 2JQG R; 4YYR A; 1HUC B; 2R9C A; 2YJB A; 1KFX L; 1GEC E; 2Y6E A; 1W5R A; 1PCI A; 3K9M A; 4CZW A; 2DC9 A; 2PBH A; 4CDE B; 2AS8 A; 3LXS A; 3P5V A; 1EWL A; 3IEJ A; 2FUD A; 3M99 A; 1ITO A; 4B55 A; 1YK7 A; 4DMY A; 2R9F A; 3BPF A; 1AU3 A; 3ERV A; 2ARY A; 5CVO B; 1MHW A; 4XR7 A; 2JQF R; 3HHA A; 4PP1 A; 1AIM A; 2CB5 A; 1YT7 A; 2G6D A; 2WBF X; 4P6E A; 3IOQ A; 3BC3 A; 2R9M A; 3OF9 A; 3PW3 A; 4NV7 A; 5F02 A; 2HXZ A; 1Y08 A; 3QSD A; 2E03 A; 3N3G A; 5CHV A; 1AYV A; 4PP2 E; 2VFC A; 2XU1 A; 4PAD A; 2DZY A; 3WXE A; 2R6N A; 5FPW A; 1PPP A; 1AU4 A; 3LTW A; 4BS6 A; 2AUZ A; 2E00 A; 4YYU A; 3PBH A; 4OEL A; 3O1G A; 4N79 A; 2FTD A; 2B1N A; 2C0Y A; 5K16 A; 1MS6 A; 3O0U A; 1NQC A; 4BS5 A; 3WXF A; 2F1G A; 3LFY A; 3IUT A; 1YAL A; 3V6C A; 1EWO A; 2BSZ A; 4W5C A; 1YVB A; 3HHI A; 2AU1 A; 3S3R A; 2DZZ A; 2O6X A; 1KHQ A; 1KXR A; 2IPP B; 3KWB X; 1BP4 A; 4BQV A; 3E1Z B; 1AEC A; 3B79 A; 1W4T A; 3H89 A; 7PCK A; 1ZCM A; 3H6S A; 2R9O A; 3K8U A; 1DF0 A; 2P7U A; 1CVZ A; 2G7Y A; 3OF8 A; 3S3Q A; 1VSN A; 4QRX A; 1TU6 A; 4X6H A; 3RVW A; 2B1M A; 2NQG A; 2IBI A; 1PPO A; 2DC6 A; 6PAD A; 1YK8 A; 2OZ2 A; 4XUI A; 3CH2 X; 2F7D A; 3N3K A; 3KSE A; 1BGO A; 5EF4 A; 1PE6 A; 4YV8 A; 2HD5 A; 2CIO A; 2P0R A; 1U9V A; 4W4U A; 1VJV A; 1MIR A; 1QXP A; 1QOL A; 1PPN A; 3CBK A; 2G8E A; 3I06 A; 1PXV A; 1U9W A; 2DJG B; 4X6J A; 4W5B A; 1CV8 A; 2GFO A; 2E02 A; 3H7D A; 2DJF B; 4KLB A; 1U5I A; 3CBJ A; 4BSQ A; 3BOW A; 2NQI A; 2H7J A; 4N4Z A; 1NPZ A; 2HHN A; 1SNK A; 3K24 A; 2NQD B; 4BPV A; 3N4C A; 1X9Y A; 1GMY A; 2HH5 A; 3HWN A; 1EWM A; 3U8E A; 4OEM A;
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