The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
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sequence length |
137
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structure length |
137
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Chain Sequence |
HYKLVPQIDTRDCGPAVLASVAKHYGSNYSIAYLRELSKTNKQGTTALGIVEAAKKLGFETRSIKADMTLFDYNDLTYPFIVHVIKGKRLQHYYVVYGSQNNQLIIGDPDPSVKVTRMSKERFQSEWTGLAIFLAPQ
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the peptidase domain of Streptococcus ComA, a bifunctional ATP-binding cassette transporter involved in the quorum-sensing pathway
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Streptococcus mutans
|
| molecule keywords |
Putative ABC transporter, ATP-binding protein ComA
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| total genus |
39
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| structure length |
137
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| sequence length |
137
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-10-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03412 | Peptidase_C39 | Peptidase C39 family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 9PAP A; 3MHH A; 2F1G A; 4W5C A; 2XU4 A; 2DJG B; 3CBK A; 2HH5 A; 1YT7 A; 1MS6 A; 3KWZ A; 1AU4 A; 1KFX L; 1U9Q X; 4YV8 A; 4W4U A; 4N8W A; 1MHW A; 2R9M A; 1QMY A; 2IPP B; 2AU1 A; 3K24 A; 1BGO A; 2ATO A; 2XU5 A; 1ZCM A; 2DCB A; 3F5V A; 2GHU A; 1QOL A; 3HHA A; 1U9V A; 8PCH A; 3KKU A; 2G7Y A; 3ZUA A; 2AVW A; 3BWK A; 2E01 A; 1YK8 A; 1ICF A; 2P0R A; 2AYO A; 4YYV A; 2F7D A; 2R6N A; 4AXM A; 3OVX A; 5J94 A; 3BOW A; 2AS8 A; 3IV2 A; 4Q8G A; 1SP4 B; 2DC9 A; 1NB3 A; 2VHF A; 2NQA A; 2R9O A; 2DZY A; 3KWB X; 1SNK A; 1Y08 A; 3N3K A; 1BQI A; 1EF7 A; 2DC7 A; 5CVM A; 3N4C A; 3CBJ A; 1IWD A; 1CPJ A; 2NQD B; 3PNR A; 2CB5 A; 2G8E A; 5JA7 A; 3V6C A; 3BPF A; 2BDZ A; 4QBB A; 4X6I A; 1TL9 A; 1Y4H A; 1AU0 A; 3H89 A; 1TU6 A; 4WA6 A; 1NLJ A; 1A6R A; 3QJ3 A; 3HWN A; 2B1N A; 2FRA A; 1GLO A; 4QH6 A; 5CHV A; 3QT4 A; 4YYR A; 3N3G A; 2ACT A; 2C0Y A; 5FPW A; 1PPN A; 1YAL A; 3IMA A; 4DMX A; 4MZS A; 2FQ9 A; 2FT2 A; 1YK7 A; 3K9M A; 3KX1 A; 1EWL A; 5K16 A; 1VJV A; 4KLB A; 3H7D A; 4I07 A; 4BPV A; 2AYN A; 2YJB A; 2XU3 A; 5CVO B; 4AXL A; 3E1Z B; 5PAD A; 1KHQ A; 3HD3 A; 4CDD B; 4CDE B; 4RY2 A; 3K8U A; 2AUX A; 4MZO A; 2P7U A; 1ATK A; 3IEJ A; 2OZ2 A; 2OP3 A; 1ZIV A; 2PRE A; 4W5B A; 2IBI A; 2PNS A; 4FK5 A; 2DCC A; 4CDC B; 2E03 A; 4P6G A; 4ZUX U; 4CZW A; 3PBH A; 4QRV A; 2AIM A; 3H8B A; 2FRQ A; 2DJF B; 4BQV A; 7PCK A; 4K7C A; 3CH3 X; 3USV A; 1MDW A; 3LFY A; 1F2A A; 4BS6 A; 2Y5B A; 3RVV A; 1AYV A; 2CIO A; 2PBH A; 4YVA A; 2E02 A; 5JH3 A; 2Y6E A; 2G8J A; 1PBH A; 3RVW A; 3IOQ A; 3PDF A; 1M6D A; 1PPD A; 4OEL A; 3BC3 A; 3NHE A; 1TLO A; 3MHS A; 1NB5 A; 1X9Y A; 2VHS A; 4FJC A; 4XR7 A; 5CHT A; 4PP1 A; 1VSN A; 1MEM A; 1AIM A; 4N79 A; 3MTN A; 3KFQ A; 2PAD A; 1XKG A; 3I06 A; 3OVZ A; 3O1G A; 4P6E A; 1DEU A; 3DF0 A; 3C9E A; 3WXE A; 4QRX A; 3B79 A; 4XUI A; 4Q8H A; 2R9F A; 1NPZ A; 4MSX A; 4YYU A; 1F2B A; 3IHP A; 1GEC E; 1AU3 A; 2NQI A; 1GMY A; 2FO5 A; 2WBF X; 6PAD A; 1F29 A; 1ME3 A; 3V6E A; 1BP4 A; 2HD5 A; 2HHN A; 4YYS A; 2R9N A; 1MIR A; 2DC6 A; 3D6S A; 1AYW A; 1K3B B; 4N4Z A; 1THE A; 3HHI A; 3P5W A; 4YYQ A; 3OIS A; 2YJ9 A; 1EWP A; 2YJ8 A; 3I3T A; 3KSE A; 1QDQ A; 2OUL A; 1PXV A; 3AI8 A; 3PW3 A; 1KFU L; 1KHP A; 2JQG R; 1AU2 A; 1CVZ A; 1MEG A; 4BS5 A; 4YYW A; 2FYE A; 2G6D A; 1PIP A; 3LXS A; 1NQC A; 3S3R A; 5EGW A; 1U9X A; 3BCN A; 2BDL A; 4I05 A; 1QXP A; 1BY8 A; 1CS8 A; 1KXR A; 3P5U A; 4DMY A; 3IUT A; 1CV8 A; 5EF4 A; 2JQF R; 4QRG A; 1CSB B; 1CTE A; 2DZZ A; 4I04 A; 1PAD A; 1PE6 A; 3H8C A; 2GFO A; 2FUD A; 3MOR A; 1NL6 A; 3RVX A; 2HXZ A; 1CJL A; 3QSD A; 4X6H A; 1JQP A; 1O0E A; 1CQD A; 3CH2 X; 2E00 A; 3P5V A; 1F2C A; 3ERV A; 3OF8 A; 1GCB A; 2DCA A; 3O0U A; 3S3Q A; 3BPM A; 1AEC A; 2YJC A; 1U5I A; 3OF9 A; 1PPP A; 1YVB A; 3F75 A; 1CB5 A; 1PCI A; 2O6X A; 3P5X A; 2B1M A; 1Q6K A; 1S4V A; 3GCB A; 5CVN B; 4HWY A; 3WXG A; 2AUZ A; 2P86 A; 1DF0 A; 3M99 A; 4CDF B; 1EWO A; 1EWM A; 2FTD A; 1HUC B; 4X6J A; 2DC8 A; 5F02 A; 3U8E A; 3WXF A; 5A24 A; 1POP A; 4FIP A; 2NQG A; 1ME4 A; 1STF E; 4PAD A; 1PPO A; 2YJ2 A; 3TNX A; 2DCD A; 4G54 A; 4BSQ A; 4PI3 A; 4OEM A; 4PP2 E; 2H7J A; 2ARY A; 3H6S A; 2XU1 A; 1ITO A; 2R9C A; 1U9W A; 1AYU A; 3KW9 A; 1FH0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IP3 A; 9PAP A; 3MHH A; 1UKF A; 2F1G A; 2DOS A; 3PRP A; 4W5C A; 2XU4 A; 2DJG B; 3CBK A; 2HH5 A; 4D8E A; 1YT7 A; 1MS6 A; 3KWZ A; 1AU4 A; 1KFX L; 1U9Q X; 4YV8 A; 4W4U A; 4N8W A; 1MHW A; 2R9M A; 3BBA A; 1QMY A; 2UZJ A; 2IPP B; 2AU1 A; 3K24 A; 1BGO A; 2ATO A; 2XU5 A; 1ZCM A; 2DCB A; 3F5V A; 2GHU A; 1QOL A; 3HHA A; 4OW0 A; 1U9V A; 8PCH A; 3KKU A; 2G7Y A; 3ZUA A; 2JTC A; 2AVW A; 3BWK A; 3W31 A; 4OVZ B; 2E01 A; 3MJ5 A; 1YK8 A; 1ICF A; 2P0R A; 2AYO A; 4YYV A; 2F7D A; 2R6N A; 4AXM A; 3OVX A; 5J94 A; 3BOW A; 2AS8 A; 3IV2 A; 5EZQ A; 4Q8G A; 1SP4 B; 2DC9 A; 1NB3 A; 5E6J A; 2VHF A; 2NQA A; 2R9O A; 2DZY A; 4WUR A; 3KWB X; 1SNK A; 1Y08 A; 3N3K A; 1BQI A; 1EF7 A; 2DC7 A; 5CVM A; 3N4C A; 4BOU A; 4GUA A; 3CBJ A; 1IWD A; 1CPJ A; 2NQD B; 3MP2 A; 3PNR A; 2CB5 A; 2G8E A; 5JA7 A; 3V6C A; 3BPF A; 2BDZ A; 4QBB A; 4X6I A; 1TL9 A; 3B21 A; 1Y4H A; 1AU0 A; 3H89 A; 1TU6 A; 4WA6 A; 1NLJ A; 1A6R A; 4ZTB A; 3QJ3 A; 3HWN A; 4IUM A; 2B1N A; 2FRA A; 1GLO A; 3O65 A; 4QH6 A; 5CHV A; 4BOQ A; 3QT4 A; 4YYR A; 3N3G A; 2ACT A; 2C0Y A; 3OQC A; 5FPW A; 1PPN A; 1YAL A; 3IMA A; 4DMX A; 4MZS A; 2FQ9 A; 2FT2 A; 1YK7 A; 3K9M A; 3KX1 A; 3C0R A; 1EWL A; 5K16 A; 3MTV A; 1VJV A; 4KLB A; 3H7D A; 4I07 A; 4BPV A; 2AYN A; 2YJB A; 5KO3 A; 2XU3 A; 5CVO B; 4A5U A; 4AXL A; 3E1Z B; 5PAD A; 1KHQ A; 3HD3 A; 4CDD B; 4CDE B; 4RY2 A; 3K8U A; 3E9S A; 4RKX A; 2AUX A; 4MZO A; 2P7U A; 1ATK A; 3IEJ A; 2OZ2 A; 2J7Q C; 2OP3 A; 1ZIV A; 2PRE A; 4W5B A; 4BOP A; 2IBI A; 2BTW A; 2PNS A; 4FK5 A; 2DCC A; 2Z84 A; 4REZ A; 4CDC B; 2E03 A; 4P6G A; 4ZUX U; 4CZW A; 3PBH A; 4QRV A; 2AIM A; 3H8B A; 3PHU A; 2FRQ A; 2DJF B; 4BQV A; 7PCK A; 4K7C A; 4HXD B; 1PVJ A; 3CH3 X; 4RNA A; 3USV A; 1MDW A; 3LFY A; 1F2A A; 4RF0 A; 4BS6 A; 2Y5B A; 3RVV A; 1AYV A; 2CIO A; 2PBH A; 4YVA A; 2E02 A; 5JH3 A; 2Y6E A; 2G8J A; 1PBH A; 4BOS A; 3RVW A; 3IOQ A; 3PDF A; 1M6D A; 1PPD A; 1DKI A; 4OEL A; 3BC3 A; 3NHE A; 4BOZ A; 1TLO A; 2AGA A; 3MHS A; 1NB5 A; 1X9Y A; 2VHS A; 3IFU A; 4FJC A; 3ZNH A; 4XR7 A; 5CHT A; 2HWK A; 4PP1 A; 1VSN A; 3PT2 A; 1MEM A; 1AIM A; 4N79 A; 3MTN A; 3KFQ A; 2PAD A; 1XKG A; 3I06 A; 3OVZ A; 3O1G A; 4P6E A; 1DEU A; 3DF0 A; 3C9E A; 3WXE A; 4QRX A; 3B79 A; 4XUI A; 4Q8H A; 2R9F A; 1NPZ A; 4MSX A; 3TRK A; 1F2B A; 4YYU A; 3IHP A; 4R3D A; 2BTW B; 1GEC E; 1AU3 A; 2NQI A; 1GMY A; 2FO5 A; 2WBF X; 6PAD A; 1F29 A; 1ME3 A; 3V6E A; 1BP4 A; 2HD5 A; 2HHN A; 4D8I A; 4YYS A; 2R9N A; 1MIR A; 2DC6 A; 3D6S A; 1AYW A; 1K3B B; 3TMP A; 4N4Z A; 1THE A; 4XZX A; 3HHI A; 2JRI A; 3P5W A; 4YYQ A; 3OIS A; 4M0W A; 2YJ9 A; 1EWP A; 2YJ8 A; 3I3T A; 3KSE A; 1QDQ A; 2FE8 A; 2OUL A; 1PXV A; 3AI8 A; 3PW3 A; 1KFU L; 1KHP A; 2JQG R; 1AU2 A; 4MI7 A; 1CVZ A; 3W30 A; 1MEG A; 4BS5 A; 4YYW A; 4D8B A; 5JZE A; 2FYE A; 2G6D A; 1PIP A; 3LXS A; 1NQC A; 3PHW A; 4PT5 A; 3S3R A; 5EGW A; 1U9X A; 3BCN A; 5EZS A; 2BDL A; 4I05 A; 1QXP A; 4MM3 B; 1BY8 A; 1CS8 A; 1KXR A; 3P5U A; 4DMY A; 3IUT A; 1CV8 A; 5EF4 A; 2JQF R; 4QRG A; 1CSB B; 1CTE A; 2DZZ A; 4I04 A; 1PAD A; 1PE6 A; 2J7Q A; 3H8C A; 2GFO A; 2FUD A; 3MOR A; 1NL6 A; 3BB7 A; 3RVX A; 2HXZ A; 4P16 A; 1CJL A; 3QSD A; 3RNV A; 4X6H A; 1JQP A; 1O0E A; 1CQD A; 3CH2 X; 2E00 A; 3P5V A; 1F2C A; 3ERV A; 3OF8 A; 1GCB A; 2DCA A; 3O0U A; 3S3Q A; 3PRM A; 3BPM A; 1AEC A; 2YJC A; 1U5I A; 3OF9 A; 1PPP A; 1YVB A; 3F75 A; 1CB5 A; 1PCI A; 2O6X A; 3P5X A; 1YZB A; 1Q6K A; 2B1M A; 1S4V A; 3GCB A; 5CVN B; 4HWY A; 3WXG A; 2AUZ A; 2P86 A; 4OVZ A; 1DF0 A; 4RF1 A; 3M99 A; 4CDF B; 1EWO A; 1EWM A; 2FTD A; 1HUC B; 4X6J A; 2DC8 A; 3PHX A; 5F02 A; 3U8E A; 3WXF A; 5A24 A; 1POP A; 4FIP A; 3PSE A; 2BU3 A; 2NQG A; 1ME4 A; 1STF E; 4PAD A; 1PPO A; 2YJ2 A; 3TNX A; 2DCD A; 4G54 A; 4BSQ A; 4PI3 A; 4OEM A; 4PP2 E; 2H7J A; 2ARY A; 3H6S A; 2XU1 A; 1ITO A; 2R9C A; 1U9W A; 3BY4 A; 1AYU A; 3KW9 A; 1FH0 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 9PAP A; 3MHH A; 2F1G A; 4W5C A; 2XU4 A; 2DJG B; 4NV7 A; 3CBK A; 2HH5 A; 1YT7 A; 1MS6 A; 3KWZ A; 1AU4 A; 1KFX L; 1U9Q X; 4YV8 A; 4W4U A; 4N8W A; 1MHW A; 2R9M A; 1QMY A; 1E2T A; 2IPP B; 2AU1 A; 3K24 A; 1BGO A; 2ATO A; 2XU5 A; 1ZCM A; 2DCB A; 3F5V A; 2GHU A; 1QOL A; 3HHA A; 1U9V A; 8PCH A; 3KKU A; 2G7Y A; 3ZUA A; 4GUZ A; 2AVW A; 3BWK A; 2E01 A; 2VFB A; 1YK8 A; 1ICF A; 2P0R A; 2AYO A; 4YYV A; 2F7D A; 2R6N A; 4AXM A; 3OVX A; 5J94 A; 3BOW A; 2AS8 A; 3IV2 A; 4Q8G A; 1SP4 B; 2DC9 A; 1NB3 A; 2VHF A; 2NQA A; 2R9O A; 2DZY A; 3KWB X; 1SNK A; 1Y08 A; 3N3K A; 1BQI A; 1EF7 A; 2DC7 A; 5CVM A; 3N4C A; 3CBJ A; 1IWD A; 1CPJ A; 2NQD B; 3PNR A; 2CB5 A; 2G8E A; 5JA7 A; 3V6C A; 3BPF A; 2BDZ A; 4QBB A; 4X6I A; 1TL9 A; 1Y4H A; 1AU0 A; 3H89 A; 1TU6 A; 4WA6 A; 1NLJ A; 1A6R A; 3QJ3 A; 3HWN A; 2B1N A; 4NV8 A; 2FRA A; 1GLO A; 4QH6 A; 5CHV A; 3QT4 A; 4YYR A; 3N3G A; 2ACT A; 2C0Y A; 5FPW A; 1PPN A; 1YAL A; 3IMA A; 4DMX A; 4MZS A; 2FQ9 A; 2FT2 A; 1YK7 A; 3K9M A; 3KX1 A; 1EWL A; 5K16 A; 1VJV A; 4KLB A; 3H7D A; 4I07 A; 4BPV A; 2AYN A; 2YJB A; 2VFC A; 2XU3 A; 5CVO B; 4AXL A; 3E1Z B; 5PAD A; 1KHQ A; 3HD3 A; 4CDD B; 4CDE B; 4RY2 A; 3K8U A; 2AUX A; 4MZO A; 2P7U A; 1ATK A; 3IEJ A; 2OZ2 A; 2OP3 A; 1ZIV A; 2PRE A; 4W5B A; 2IBI A; 2PNS A; 4FK5 A; 2DCC A; 4CDC B; 2E03 A; 4P6G A; 4ZUX U; 4CZW A; 3PBH A; 4QRV A; 2AIM A; 3H8B A; 2FRQ A; 2DJF B; 4BQV A; 7PCK A; 4K7C A; 4BGF A; 3CH3 X; 3USV A; 1MDW A; 3LFY A; 1F2A A; 4BS6 A; 2Y5B A; 3RVV A; 1AYV A; 2CIO A; 2PBH A; 4YVA A; 2E02 A; 5JH3 A; 1W4T A; 2Y6E A; 2G8J A; 1PBH A; 3RVW A; 3IOQ A; 3PDF A; 1M6D A; 1PPD A; 2BSZ A; 4OEL A; 3BC3 A; 3NHE A; 3LTW A; 1TLO A; 3MHS A; 1NB5 A; 1X9Y A; 2VHS A; 4FJC A; 4XR7 A; 5CHT A; 4PP1 A; 1VSN A; 1MEM A; 1AIM A; 4N79 A; 3MTN A; 3KFQ A; 2PAD A; 1XKG A; 3I06 A; 3OVZ A; 3D9W A; 3O1G A; 4P6E A; 1DEU A; 3DF0 A; 3C9E A; 1W6F A; 3WXE A; 4QRX A; 3B79 A; 4XUI A; 4Q8H A; 2R9F A; 1NPZ A; 4MSX A; 4YYU A; 1F2B A; 3IHP A; 1GEC E; 1AU3 A; 2NQI A; 1GMY A; 2FO5 A; 2WBF X; 6PAD A; 1F29 A; 4C5P A; 1ME3 A; 3V6E A; 1BP4 A; 2HD5 A; 2HHN A; 4YYS A; 2R9N A; 1MIR A; 2DC6 A; 3D6S A; 1AYW A; 1K3B B; 4N4Z A; 1THE A; 3HHI A; 3P5W A; 4YYQ A; 3OIS A; 2YJ9 A; 1EWP A; 2YJ8 A; 3I3T A; 3KSE A; 1QDQ A; 2OUL A; 1PXV A; 3AI8 A; 3PW3 A; 1KFU L; 1KHP A; 2JQG R; 1AU2 A; 1CVZ A; 1MEG A; 4BS5 A; 4YYW A; 2FYE A; 2G6D A; 1PIP A; 3LXS A; 1NQC A; 3S3R A; 5EGW A; 1U9X A; 3BCN A; 2BDL A; 4I05 A; 1QXP A; 1BY8 A; 1CS8 A; 1KXR A; 3P5U A; 4DMY A; 3IUT A; 1CV8 A; 5EF4 A; 2JQF R; 4QRG A; 1CSB B; 1CTE A; 2DZZ A; 4I04 A; 1PAD A; 1PE6 A; 3H8C A; 2GFO A; 2FUD A; 3MOR A; 1NL6 A; 3RVX A; 2HXZ A; 1CJL A; 3QSD A; 4X6H A; 1JQP A; 1O0E A; 1CQD A; 3CH2 X; 2E00 A; 3P5V A; 1F2C A; 3ERV A; 3OF8 A; 1GCB A; 2DCA A; 3O0U A; 3S3Q A; 1GX3 A; 3BPM A; 1AEC A; 2YJC A; 1U5I A; 3OF9 A; 1PPP A; 1YVB A; 3F75 A; 1CB5 A; 1PCI A; 2O6X A; 3P5X A; 2B1M A; 1Q6K A; 1S4V A; 3GCB A; 5CVN B; 4HWY A; 1W5R A; 3WXG A; 2AUZ A; 2P86 A; 1DF0 A; 3M99 A; 4CDF B; 1EWO A; 1EWM A; 2FTD A; 1HUC B; 4X6J A; 2DC8 A; 5F02 A; 3U8E A; 3WXF A; 5A24 A; 1POP A; 4FIP A; 2NQG A; 1ME4 A; 1STF E; 4PAD A; 1PPO A; 2YJ2 A; 3TNX A; 2DCD A; 4G54 A; 4BSQ A; 4PI3 A; 4OEM A; 4PP2 E; 2H7J A; 2ARY A; 3H6S A; 2XU1 A; 1ITO A; 2R9C A; 1U9W A; 1AYU A; 4B55 A; 3KW9 A; 1FH0 A;
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