The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
160
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sequence length |
638
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structure length |
609
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Chain Sequence |
DHWSLRPEAPPEYRICEIKYSKFGVDDFDFGFFNNTPYPGLENNITNSYANSLLQVMHYTPLLRNMALQHAATACLADPCLLCELGYVFDMLQKGEGPSCHATNMLRALNHTSNASVSGVLEDIAKDKNPSTLVKNLTMFLFDKISQDYKGTPPISTELERTLFKLNQPPNPLDLVKRLLETDARYQIKCMHCQHVSPRTATTFVNKLCYPAQRITFSQVLKAGLENEAVNKGYCTKCQRYQNLDQRKIIFNIPAVLALCTEITTAEHRKLWSTPGWLPEEIGIIVDQGHVYCYEGDDLKLHLNRHNITVYSLVGTVVNVETKSPQKSHLVATVNVGRAEPESKDQDRWHLFNDFSVRGISKVEALTFNAAWKMPVVVMFQVKAANHRFNMDWKTRLDTSVLFRDNNPHALKTYELLDRETEIPGPDTVIAIDTEFIRLKISHAIARASVVRGQGSREGVAFIDDYIHIKETIVDYLTEWSGITPTDLDPINSQRNLVSPKTAYKKLWVLVNLGCKFLGHGLSQDFRVINIQVPRNQVIDTSIIFMKPPSQRKISLAFLAWYLLKEDIQQNTHDSIEDAQTALKLYRKYEEFMANGSFHDVLEALYKKG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
An Asymmetric Pan3 Dimer Recruits a Single Pan2 Exonuclease to Mediate Mrna Deadenylation and Decay.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Gene regulation
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| source organism |
Neurospora crassa
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| molecule keywords |
PAB-DEPENDENT POLY(A)-SPECIFIC RIBONUCLEASE SUBUNIT PAN2
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| total genus |
160
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| structure length |
609
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| sequence length |
638
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| ec nomenclature |
ec
3.1.13.4: Poly(A)-specific ribonuclease. |
| pdb deposition date | 2014-04-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00929 | RNase_T | Exonuclease |
| A | PF13423 | UCH_1 | Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3MHH A; 3P5V A; 2FYE A; 2JQG R; 2DJG B; 4PAD A; 1TLO A; 2IPP B; 3KSE A; 1CB5 A; 4W5C A; 2FRA A; 2DZZ A; 1SP4 B; 4YYS A; 1EWO A; 1CVZ A; 2R9O A; 2CB5 A; 1O0E A; 1F2A A; 1MEM A; 1PPD A; 3BOW A; 2O6X A; 4Q8G A; 3F5V A; 3K9M A; 4OEM A; 2GFO A; 4DMX A; 1NL6 A; 3DF0 A; 1ITO A; 4MSX A; 3KFQ A; 1PPO A; 3MHS A; 3OVX A; 2P7U A; 2R9C A; 3BWK A; 3CBK A; 4XUI A; 4I05 A; 1F29 A; 1IWD A; 1CS8 A; 1QMY A; 1QOL A; 3N4C A; 1CJL A; 1PPP A; 2FQ9 A; 2DC8 A; 1XKG A; 1HUC B; 3RVW A; 2C0Y A; 3ERV A; 5K16 A; 1CV8 A; 1DEU A; 1YK8 A; 2NQG A; 3H6S A; 1CSB B; 3K24 A; 3HD3 A; 1NLJ A; 3D6S A; 3NHE A; 1KXR A; 1AEC A; 2Y6E A; 2E02 A; 2DCD A; 2BDZ A; 2HH5 A; 2R6N A; 5EF4 A; 2DCC A; 4BQV A; 2DC9 A; 2XU1 A; 1PAD A; 2HXZ A; 3KW9 A; 1GMY A; 1PIP A; 1PPN A; 2VHS A; 4YYW A; 1U9W A; 2AS8 A; 2YJC A; 5PAD A; 3H8B A; 3BC3 A; 1MDW A; 2XU4 A; 2FUD A; 1AU4 A; 2DZY A; 1TU6 A; 4BSQ A; 2AYN A; 5FPW A; 1POP A; 1BY8 A; 3IEJ A; 1TL9 A; 2FTD A; 1MEG A; 3RVV A; 4CDC B; 1BGO A; 4N79 A; 2DCB A; 1F2B A; 1EWL A; 1AIM A; 3KX1 A; 1MS6 A; 3WXG A; 3WXE A; 1ATK A; 1FH0 A; 1A6R A; 1AU0 A; 2FT2 A; 4YVA A; 2HHN A; 3PDF A; 1K3B B; 2AUX A; 2AYO A; 1AYU A; 3QSD A; 4Q8H A; 1F2C A; 2XU3 A; 2DC7 A; 1NQC A; 4W4U A; 2DC6 A; 2E03 A; 4W5B A; 3HHI A; 4G54 A; 4QRG A; 3H7D A; 2F1G A; 1PBH A; 3BPF A; 3WXF A; 3H89 A; 2DCA A; 4PP2 E; 3IMA A; 1NPZ A; 3RVX A; 2R9M A; 1MHW A; 2ATO A; 3TNX A; 4I07 A; 2YJB A; 1JQP A; 2F7D A; 4CDE B; 1ICF A; 3O0U A; 3BPM A; 9PAP A; 4DMY A; 2NQI A; 1ME4 A; 3U8E A; 1STF E; 2YJ9 A; 2H7J A; 4QRX A; 3KWZ A; 3V6C A; 1NB5 A; 4AXM A; 3PNR A; 2NQA A; 2PRE A; 3M99 A; 4RY2 A; 1M6D A; 2WBF X; 3F75 A; 2OUL A; 2XU5 A; 1YAL A; 1KFU L; 4K7C A; 4YYR A; 2E01 A; 2R9N A; 3LXS A; 3HWN A; 5EGW A; 1QXP A; 4X6J A; 1VJV A; 3P5X A; 4QBB A; 4QRV A; 1U9Q X; 2ACT A; 2BDL A; 3OF8 A; 5JH3 A; 1BQI A; 3N3K A; 4MZS A; 4BS6 A; 3CH2 X; 2OP3 A; 1GEC E; 3CBJ A; 3P5U A; 3V6E A; 1PCI A; 4ZUX U; 1KHP A; 3GCB A; 3N3G A; 5F02 A; 3OIS A; 1YK7 A; 3USV A; 4MZO A; 1AYW A; 1DF0 A; 2AUZ A; 4AXL A; 4P6G A; 2GHU A; 1EWM A; 2PNS A; 1BP4 A; 1EF7 A; 5CVM A; 4PI3 A; 4YV8 A; 2IBI A; 2Y5B A; 1S4V A; 2PBH A; 3BCN A; 2R9F A; 1U9X A; 3OVZ A; 1PE6 A; 3MOR A; 3C9E A; 3S3Q A; 1ZIV A; 4WA6 A; 3H8C A; 4OEL A; 1KFX L; 2AIM A; 3S3R A; 4I04 A; 1X9Y A; 2FRQ A; 4N4Z A; 8PCH A; 3E1Z B; 2G6D A; 2HD5 A; 3ZUA A; 6PAD A; 2JQF R; 1ME3 A; 4YYQ A; 4X6H A; 3I06 A; 4FK5 A; 4P6E A; 1Y4H A; 3P5W A; 3PW3 A; 1GCB A; 1AU2 A; 1AU3 A; 3I3T A; 3IHP A; 2YJ8 A; 1KHQ A; 2DJF B; 1THE A; 3PBH A; 2AU1 A; 4X6I A; 3LFY A; 2B1N A; 2P0R A; 5CHT A; 4FIP A; 1EWP A; 4CDF B; 1U9V A; 2NQD B; 1GLO A; 2PAD A; 5A24 A; 7PCK A; 5CVO B; 4BPV A; 4YYU A; 3QJ3 A; 1YVB A; 4PP1 A; 4BS5 A; 1CQD A; 1U5I A; 2AVW A; 3B79 A; 5JA7 A; 1NB3 A; 2CIO A; 3KWB X; 1CTE A; 2YJ2 A; 2G8E A; 3OF9 A; 3AI8 A; 1CPJ A; 2G8J A; 1MIR A; 5J94 A; 3KKU A; 4QH6 A; 2FO5 A; 2OZ2 A; 4XR7 A; 3QT4 A; 1SNK A; 1QDQ A; 1Y08 A; 2B1M A; 4CDD B; 1VSN A; 5CVN B; 4N8W A; 1YT7 A; 3MTN A; 4CZW A; 1ZCM A; 3HHA A; 4HWY A; 3IUT A; 2ARY A; 2E00 A; 3IOQ A; 5CHV A; 4YYV A; 1PXV A; 2G7Y A; 4KLB A; 2VHF A; 3K8U A; 1AYV A; 2P86 A; 4FJC A; 3IV2 A; 1Q6K A; 3CH3 X; 3O1G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MM3 B; 3ZNH A; 3MHH A; 3IFU A; 3P5V A; 2FYE A; 2JQG R; 2DJG B; 3E9S A; 4PAD A; 1TLO A; 2IPP B; 3KSE A; 1CB5 A; 4D8I A; 4W5C A; 2FRA A; 2DZZ A; 1SP4 B; 4YYS A; 1EWO A; 4RF1 A; 1CVZ A; 2R9O A; 2AGA A; 2CB5 A; 1O0E A; 1F2A A; 4MI7 A; 1MEM A; 1PPD A; 3BOW A; 2UZJ A; 1PVJ A; 2O6X A; 4Q8G A; 3TRK A; 3F5V A; 3K9M A; 4OEM A; 2GFO A; 4DMX A; 1NL6 A; 3DF0 A; 1ITO A; 4MSX A; 3KFQ A; 1PPO A; 3MHS A; 3OVX A; 2P7U A; 2R9C A; 3BWK A; 4OVZ B; 3CBK A; 4XUI A; 4I05 A; 1F29 A; 1IWD A; 1CS8 A; 1QMY A; 4D8B A; 3B21 A; 1QOL A; 3N4C A; 1CJL A; 1PPP A; 1DKI A; 2FQ9 A; 2DC8 A; 1XKG A; 1HUC B; 3RVW A; 2DOS A; 2C0Y A; 3ERV A; 5K16 A; 3RNV A; 1CV8 A; 1DEU A; 1YK8 A; 2NQG A; 3H6S A; 5KO3 A; 1CSB B; 3K24 A; 3HD3 A; 1NLJ A; 3D6S A; 3NHE A; 1KXR A; 1AEC A; 2Y6E A; 2E02 A; 2DCD A; 2BDZ A; 2HH5 A; 2R6N A; 5EF4 A; 2DCC A; 4BQV A; 2DC9 A; 2XU1 A; 1PAD A; 2HXZ A; 4A5U A; 3KW9 A; 3W31 A; 1GMY A; 4OW0 A; 1PIP A; 1UKF A; 1PPN A; 2VHS A; 4YYW A; 1U9W A; 2AS8 A; 2YJC A; 5PAD A; 3H8B A; 3BC3 A; 1MDW A; 2XU4 A; 2FUD A; 1AU4 A; 2DZY A; 1TU6 A; 4BSQ A; 2AYN A; 5FPW A; 1POP A; 1BY8 A; 3IEJ A; 1TL9 A; 2FTD A; 1MEG A; 3RVV A; 4CDC B; 1BGO A; 2BU3 A; 4N79 A; 2DCB A; 3MP2 A; 1F2B A; 1EWL A; 4BOQ A; 1AIM A; 3KX1 A; 1MS6 A; 3WXG A; 3C0R A; 3WXE A; 1ATK A; 1FH0 A; 1A6R A; 1AU0 A; 2FT2 A; 4RKX A; 4YVA A; 2HHN A; 3PDF A; 4WUR A; 1K3B B; 2AUX A; 2AYO A; 1AYU A; 3QSD A; 5EZQ A; 4Q8H A; 1F2C A; 3PRM A; 2XU3 A; 2JTC A; 2DC7 A; 1NQC A; 4W4U A; 2DC6 A; 2E03 A; 4W5B A; 3HHI A; 4XZX A; 3PSE A; 4G54 A; 4QRG A; 3H7D A; 2J7Q A; 2F1G A; 1PBH A; 3BPF A; 3WXF A; 3H89 A; 2JRI A; 2DCA A; 4PP2 E; 3IMA A; 2J7Q C; 1NPZ A; 3RVX A; 2R9M A; 1MHW A; 2ATO A; 3TNX A; 4I07 A; 2YJB A; 1JQP A; 2F7D A; 3BBA A; 4CDE B; 3MTV A; 1ICF A; 4IUM A; 2FE8 A; 4PT5 A; 4M0W A; 3O0U A; 3BPM A; 9PAP A; 2BTW B; 4DMY A; 3TMP A; 2NQI A; 1ME4 A; 3U8E A; 1STF E; 2YJ9 A; 2H7J A; 4RNA A; 4QRX A; 3KWZ A; 3V6C A; 1NB5 A; 4AXM A; 2Z84 A; 3PNR A; 2NQA A; 2PRE A; 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2AU1 A; 3PHU A; 4X6I A; 3LFY A; 2B1N A; 4BOS A; 2P0R A; 5CHT A; 3PRP A; 4FIP A; 1EWP A; 4CDF B; 4REZ A; 1U9V A; 3MJ5 A; 2NQD B; 1GLO A; 2PAD A; 5A24 A; 7PCK A; 5CVO B; 4BPV A; 4YYU A; 3QJ3 A; 1YVB A; 3BB7 A; 4PP1 A; 4BS5 A; 1CQD A; 1U5I A; 2BTW A; 2AVW A; 3W30 A; 3B79 A; 5JA7 A; 4IP3 A; 1NB3 A; 2CIO A; 3KWB X; 3PT2 A; 1CTE A; 2YJ2 A; 2G8E A; 3OF9 A; 3AI8 A; 1CPJ A; 2G8J A; 1MIR A; 5EZS A; 5J94 A; 4BOU A; 3KKU A; 4QH6 A; 3OQC A; 2FO5 A; 2OZ2 A; 4XR7 A; 3QT4 A; 1SNK A; 1QDQ A; 1Y08 A; 2B1M A; 4CDD B; 1VSN A; 5CVN B; 4N8W A; 1YT7 A; 4BOZ A; 3MTN A; 4CZW A; 1ZCM A; 3HHA A; 4HWY A; 3IUT A; 2ARY A; 2E00 A; 3IOQ A; 5CHV A; 4YYV A; 1PXV A; 2G7Y A; 4KLB A; 2VHF A; 3K8U A; 1AYV A; 2P86 A; 4FJC A; 3IV2 A; 1YZB A; 1Q6K A; 3CH3 X; 3O1G A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3MHH A; 3P5V A; 2FYE A; 2JQG R; 2DJG B; 4PAD A; 1TLO A; 2IPP B; 3KSE A; 1CB5 A; 4W5C A; 2FRA A; 2DZZ A; 1SP4 B; 4YYS A; 1EWO A; 1CVZ A; 2R9O A; 2CB5 A; 1O0E A; 1F2A A; 1MEM A; 1PPD A; 3BOW A; 2O6X A; 4Q8G A; 3F5V A; 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