The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
109
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Knots found |
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sequence length |
316
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structure length |
301
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Chain Sequence |
IVGYSQNDLTSTERLIQLFESWMLKHNKIYKNIDEKIYRFEIFKDNLKYIDETNKKNNSYWLGLNVFADMSNDEFKEKYTGSYTTTEVNIPEYVDWRQKGAVTPVKNQGSCGSAWAFSAVSTIESIIKIRTGNLNEYSEQELLDCDRRSYGCNGGYPWSALQLVAQYGIHYRNTYPYEGVQRYCRSREKGPYAAKTDGVRQVQPYNEGALLYSIANQPVSVVLEAAGKDFQLYRGGIFVGPCGNKVDHAVAAVGYGPNYILIRNSWGTGWGENGYIRIKRGTGNSYGVCGLYTSSFYPVKN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Papain
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| publication title |
Pro-peptide regulates the substrate specificity and zymogen activation process of papain: A structural and mechanistic insight
rcsb |
| source organism |
Carica papaya
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| total genus |
109
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| structure length |
301
|
| sequence length |
316
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| chains with identical sequence |
B
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| other databases |
 KnotProt 2.0: K -31 -31 -31
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| ec nomenclature |
ec
3.4.22.2: Papain. |
| pdb deposition date | 2014-07-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00112 | Peptidase_C1 | Papain family cysteine protease |
| A | PF08246 | Inhibitor_I29 | Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3P5U A; 2DCD A; 1Q6K A; 1CQD A; 1F2B A; 3F75 A; 5A24 A; 3PW3 A; 3MTN A; 2XU5 A; 2CB5 A; 2G7Y A; 3OF9 A; 1AYV A; 1QDQ A; 1O0E A; 4PP1 A; 4BQV A; 2R9F A; 1VJV A; 3B79 A; 4YV8 A; 2F7D A; 4N79 A; 2DZY A; 4YYS A; 1KHP A; 3BOW A; 3KWZ A; 1F29 A; 2PNS A; 3V6C A; 5J94 A; 1PAD A; 3QT4 A; 2JQG R; 3IUT A; 5EF4 A; 3LXS A; 1BQI A; 4YVA A; 3KWB X; 4W5B A; 1YK7 A; 1DEU A; 4YYV A; 2B1M A; 3HWN A; 4I07 A; 3S3Q A; 1AU4 A; 1S4V A; 2VHF A; 1CTE A; 1EWO A; 4HWY A; 1ATK A; 1F2C A; 3P5V A; 4DMY A; 9PAP A; 3P5W A; 4MSX A; 1PCI A; 3I3T A; 1ITO A; 4X6I A; 2E01 A; 4W5C A; 3RVX A; 2Y6E A; 1AEC A; 2DCA A; 1JQP A; 2R9M A; 4CDE B; 1PIP A; 3TNX A; 4QRV A; 1ICF A; 4OEM A; 3WXE A; 1YAL A; 1THE A; 2JQF R; 1CJL A; 2AUZ A; 3M99 A; 4PI3 A; 3IOQ A; 1NB3 A; 4P6G A; 5CHT A; 3F5V A; 4X6H A; 1NQC A; 5K16 A; 3IV2 A; 1ME3 A; 2FT2 A; 2OUL A; 1BGO A; 4XR7 A; 3KSE A; 2YJ8 A; 8PCH A; 4FJC A; 2AVW A; 3WXF A; 1EF7 A; 1CVZ A; 1BY8 A; 1NLJ A; 2HD5 A; 3PBH A; 3PDF A; 3ERV A; 2PAD A; 1U9W A; 4Q8G A; 3BPM A; 1MHW A; 4BS6 A; 4PP2 E; 3ZUA A; 3E1Z B; 4DMX A; 5CVM A; 3U8E A; 1FH0 A; 4K7C A; 1CS8 A; 1CSB B; 1A6R A; 3S3R A; 3N3G A; 4CZW A; 2YJC A; 3OF8 A; 4N4Z A; 4G54 A; 3KX1 A; 1EWL A; 1YK8 A; 2ARY A; 3O0U A; 3H8B A; 3PNR A; 1TU6 A; 3HHA A; 3K8U A; 1CB5 A; 5F02 A; 3P5X A; 2DC7 A; 2OZ2 A; 2E02 A; 2GFO A; 1GMY A; 4BPV A; 2H7J A; 3IHP A; 4MZS A; 2FYE A; 1GCB A; 2P86 A; 3KFQ A; 2G6D A; 2OP3 A; 3LFY A; 6PAD A; 1TLO A; 4FIP A; 1PBH A; 3KKU A; 2AUX A; 2BDZ A; 2NQI A; 1CPJ A; 1X9Y A; 3NHE A; 1EWM A; 4QRX A; 1CV8 A; 2FUD A; 1AU3 A; 2WBF X; 1ZIV A; 1Y4H A; 4XUI A; 2Y5B A; 4RY2 A; 5JH3 A; 3KW9 A; 3QSD A; 3OVZ A; 3IMA A; 2AU1 A; 3RVW A; 4QBB A; 3K9M A; 3BPF A; 4ZUX U; 2XU1 A; 1GEC E; 1AU0 A; 2R6N A; 3O1G A; 4QH6 A; 1MS6 A; 2DC8 A; 4YYQ A; 5PAD A; 1ME4 A; 3CH2 X; 1DF0 A; 3BC3 A; 3K24 A; 1F2A A; 4PAD A; 4CDD B; 4QRG A; 1K3B B; 4KLB A; 2BDL A; 3GCB A; 4BS5 A; 1KFX L; 1NL6 A; 4W4U A; 2DJF B; 4AXM A; 3AI8 A; 3I06 A; 2YJ9 A; 1U5I A; 1PPO A; 2G8E A; 3D6S A; 5EGW A; 2C0Y A; 1SP4 B; 1ZCM A; 1QMY A; 4FK5 A; 5JA7 A; 2AYN A; 1QOL A; 2DCB A; 2NQA A; 1U9X A; 3RVV A; 1KHQ A; 3MHS A; 3H6S A; 4MZO A; 2FO5 A; 1GLO A; 2CIO A; 2YJB A; 3C9E A; 1BP4 A; 2AYO A; 2FRQ A; 3MOR A; 1QXP A; 2DCC A; 4AXL A; 1KXR A; 3IEJ A; 2G8J A; 2R9C A; 1HUC B; 1MEG A; 3WXG A; 1STF E; 3N4C A; 2PRE A; 1YT7 A; 2VHS A; 3BWK A; 4N8W A; 1YVB A; 2ACT A; 2E00 A; 1SNK A; 3USV A; 2AIM A; 2DJG B; 2XU3 A; 2DC9 A; 1NPZ A; 2E03 A; 2O6X A; 4YYW A; 2ATO A; 3N3K A; 3H8C A; 2NQD B; 2DC6 A; 2XU4 A; 3HHI A; 2F1G A; 3H7D A; 1AIM A; 3BCN A; 4BSQ A; 1XKG A; 1MEM A; 3V6E A; 5CVN B; 1PXV A; 2GHU A; 2FRA A; 5FPW A; 2HH5 A; 2DZZ A; 3QJ3 A; 3MHH A; 1MDW A; 1PPP A; 4I04 A; 4Q8H A; 5CHV A; 4WA6 A; 4YYR A; 4OEL A; 1IWD A; 1TL9 A; 2FTD A; 3HD3 A; 5CVO B; 3CBK A; 3DF0 A; 4X6J A; 2P0R A; 1NB5 A; 1U9V A; 2R9O A; 2PBH A; 2HHN A; 1POP A; 1Y08 A; 4CDF B; 4CDC B; 3H89 A; 1PPD A; 1VSN A; 2HXZ A; 2R9N A; 4I05 A; 1AYW A; 2P7U A; 7PCK A; 1PPN A; 2AS8 A; 1AU2 A; 1PE6 A; 1M6D A; 2IPP B; 2YJ2 A; 3OVX A; 1AYU A; 1U9Q X; 2NQG A; 3CH3 X; 4YYU A; 3CBJ A; 3OIS A; 1KFU L; 4P6E A; 2B1N A; 1EWP A; 2FQ9 A; 1MIR A; 2IBI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3P5U A; 2DCD A; 1Q6K A; 1CQD A; 1F2B A; 3PHX A; 3F75 A; 5A24 A; 3PW3 A; 3MTN A; 2XU5 A; 2CB5 A; 2G7Y A; 3OF9 A; 1AYV A; 1QDQ A; 1O0E A; 4PP1 A; 4BQV A; 2R9F A; 1VJV A; 4P16 A; 3B79 A; 4YV8 A; 4RKX A; 2F7D A; 3OQC A; 4N79 A; 2DZY A; 4YYS A; 1KHP A; 4PT5 A; 3BOW A; 3KWZ A; 1F29 A; 2PNS A; 3V6C A; 3PHW A; 2DOS A; 5J94 A; 1PAD A; 3QT4 A; 2J7Q C; 2JQG R; 3IUT A; 5EF4 A; 3LXS A; 1BQI A; 4YVA A; 3KWB X; 4W5B A; 3BY4 A; 1YK7 A; 1DEU A; 4YYV A; 2B1M A; 3HWN A; 4I07 A; 3S3Q A; 1AU4 A; 1S4V A; 2VHF A; 1CTE A; 1EWO A; 4HWY A; 1ATK A; 1F2C A; 3P5V A; 4DMY A; 9PAP A; 3P5W A; 4D8E A; 4MSX A; 1PCI A; 3I3T A; 1ITO A; 4X6I A; 2E01 A; 4W5C A; 3RVX A; 3C0R A; 2Y6E A; 4HXD B; 1AEC A; 2DCA A; 1JQP A; 2J7Q A; 2R9M A; 4CDE B; 1PIP A; 3TNX A; 4QRV A; 1ICF A; 3TRK A; 4OEM A; 2HWK A; 3WXE A; 1YAL A; 1THE A; 2JQF R; 3O65 A; 1CJL A; 2AUZ A; 3M99 A; 4PI3 A; 3IOQ A; 1NB3 A; 4P6G A; 5CHT A; 3F5V A; 4X6H A; 1NQC A; 5K16 A; 3IV2 A; 1ME3 A; 2FT2 A; 2OUL A; 3PT2 A; 1BGO A; 4XR7 A; 3KSE A; 2YJ8 A; 8PCH A; 4FJC A; 3MJ5 A; 2AVW A; 3WXF A; 1EF7 A; 1CVZ A; 1BY8 A; 1NLJ A; 4RF0 A; 2HD5 A; 3PBH A; 5KO3 A; 3PDF A; 3ERV A; 2PAD A; 1U9W A; 4Q8G A; 3BPM A; 5JZE A; 1MHW A; 2JTC A; 4BS6 A; 4PP2 E; 3ZUA A; 3E1Z B; 4DMX A; 3B21 A; 5CVM A; 4M0W A; 3U8E A; 4REZ A; 1FH0 A; 4K7C A; 1CS8 A; 5E6J A; 1CSB B; 1A6R A; 3S3R A; 3N3G A; 4CZW A; 2YJC A; 3OF8 A; 4R3D A; 4N4Z A; 4G54 A; 3KX1 A; 1EWL A; 1YK8 A; 4RNA A; 4XZX A; 2ARY A; 3MTV A; 3O0U A; 3W30 A; 3H8B A; 3PNR A; 1TU6 A; 3HHA A; 3K8U A; 1CB5 A; 5F02 A; 3P5X A; 2DC7 A; 2OZ2 A; 2E02 A; 2GFO A; 1GMY A; 4BPV A; 2H7J A; 3IHP A; 4MZS A; 2FYE A; 1GCB A; 2FE8 A; 2P86 A; 3KFQ A; 2G6D A; 2OP3 A; 3LFY A; 3PHU A; 6PAD A; 1TLO A; 4FIP A; 1PBH A; 3KKU A; 3PRM A; 2AUX A; 2BDZ A; 2NQI A; 1CPJ A; 1X9Y A; 3NHE A; 1EWM A; 4RF1 A; 4QRX A; 1CV8 A; 2FUD A; 1AU3 A; 2WBF X; 1ZIV A; 1Y4H A; 4XUI A; 2Y5B A; 4RY2 A; 5JH3 A; 3KW9 A; 3QSD A; 3OVZ A; 3IMA A; 2AU1 A; 3RVW A; 4QBB A; 3K9M A; 4ZTB A; 3BB7 A; 3IFU A; 3BPF A; 4ZUX U; 2XU1 A; 1GEC E; 1AU0 A; 2R6N A; 3O1G A; 4QH6 A; 4A5U A; 1MS6 A; 2DC8 A; 4YYQ A; 4BOP A; 5PAD A; 1ME4 A; 3CH2 X; 1DF0 A; 3BC3 A; 2JRI A; 4OVZ B; 3K24 A; 1F2A A; 4PAD A; 4CDD B; 4QRG A; 1K3B B; 4KLB A; 2BDL A; 3GCB A; 4BS5 A; 4OW0 A; 1KFX L; 1NL6 A; 4W4U A; 2DJF B; 3ZNH A; 4AXM A; 3AI8 A; 3I06 A; 2YJ9 A; 1U5I A; 1PPO A; 2G8E A; 3D6S A; 5EGW A; 2C0Y A; 1SP4 B; 1ZCM A; 1QMY A; 3E9S A; 4FK5 A; 5JA7 A; 2UZJ A; 2AYN A; 1QOL A; 2BTW B; 2DCB A; 2NQA A; 4IP3 A; 1U9X A; 3RVV A; 1KHQ A; 3MHS A; 3H6S A; 4BOQ A; 4MZO A; 2FO5 A; 1GLO A; 2CIO A; 2YJB A; 3C9E A; 1BP4 A; 2AYO A; 2FRQ A; 3MOR A; 1QXP A; 1UKF A; 2DCC A; 4AXL A; 1KXR A; 3IEJ A; 2G8J A; 2R9C A; 1HUC B; 1MEG A; 3WXG A; 1STF E; 3N4C A; 2PRE A; 1YT7 A; 2VHS A; 3BWK A; 4N8W A; 4BOU A; 1YVB A; 2ACT A; 2E00 A; 1SNK A; 3USV A; 2AIM A; 2DJG B; 2XU3 A; 2DC9 A; 1NPZ A; 2E03 A; 2O6X A; 4YYW A; 2ATO A; 3N3K A; 4MI7 A; 1DKI A; 3H8C A; 3RNV A; 2NQD B; 4D8I A; 2DC6 A; 2XU4 A; 3PRP A; 3HHI A; 2F1G A; 3H7D A; 1AIM A; 3BCN A; 4BSQ A; 1XKG A; 1MEM A; 3V6E A; 5CVN B; 1PXV A; 4BOS A; 2GHU A; 2FRA A; 5FPW A; 2HH5 A; 3MP2 A; 2DZZ A; 3QJ3 A; 3MHH A; 4OVZ A; 1MDW A; 3PSE A; 1PPP A; 4I04 A; 4Q8H A; 4GUA A; 5CHV A; 3BBA A; 1YZB A; 4WA6 A; 4YYR A; 4OEL A; 1IWD A; 1TL9 A; 2FTD A; 5EZS A; 3HD3 A; 4MM3 B; 5CVO B; 3CBK A; 3DF0 A; 4X6J A; 2Z84 A; 2BTW A; 2P0R A; 1NB5 A; 1U9V A; 2R9O A; 2AGA A; 2PBH A; 2HHN A; 1POP A; 4WUR A; 1Y08 A; 4CDF B; 4CDC B; 3H89 A; 1PPD A; 1VSN A; 2HXZ A; 2R9N A; 4I05 A; 1AYW A; 2P7U A; 7PCK A; 4IUM A; 1PPN A; 2AS8 A; 1AU2 A; 1PE6 A; 1M6D A; 4D8B A; 2IPP B; 2YJ2 A; 3OVX A; 1AYU A; 3W31 A; 1U9Q X; 2NQG A; 3CH3 X; 4YYU A; 3CBJ A; 2BU3 A; 3OIS A; 1KFU L; 4P6E A; 2B1N A; 3TMP A; 1EWP A; 1PVJ A; 2FQ9 A; 5EZQ A; 4BOZ A; 1MIR A; 2IBI A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3P5U A; 2DCD A; 1Q6K A; 1CQD A; 1F2B A; 3F75 A; 5A24 A; 3PW3 A; 3MTN A; 4NV7 A; 2XU5 A; 2CB5 A; 2G7Y A; 3OF9 A; 1AYV A; 1QDQ A; 1O0E A; 4PP1 A; 4BQV A; 2R9F A; 1VJV A; 3B79 A; 1E2T A; 4YV8 A; 2F7D A; 2VFC A; 4N79 A; 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