The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
108
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sequence length |
416
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structure length |
405
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Chain Sequence |
VLFPGDLRTNLTDRQLAEEYLYRYGYTLGPALLLLQKQLSLPETGELDSATLKAMRTPRCGVPDLGRFQTFEGDLKWHHHNITYWIQNYSEDLPRAVIDDAFARAFALWSAVTPLTFTRVYSRDADIVIQFGVAEHGDGYPFDGKDGLLAHAFPPGPGIQGDAHFDDDELWSLGKGVVVPTRFGNADGAACHFPFIFEGRSYSACTTDGRSDGLPWCSTTANYDTDDRFGFCPSERLYTRDGNADGKPCQFPFIFQGQSYSACTTDGRSDGYRWCATTANYDRDKLFGFCPTRADSTVMGGNSAGELCVFPFTFLGKEYSTCTSEGRGDGRLWCATTSNFDSDKKWGFCPDQGYSLFLVAAHEFGHALGLDHSSVPEALMYPMYRFTEGPPLHKDDVNGIRHLYG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the C-terminally truncated human ProMMP9, a gelatin-binding matrix metalloproteinase.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Matrix metalloproteinase-9
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| total genus |
108
|
| structure length |
405
|
| sequence length |
416
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.24.35: Gelatinase B. |
| pdb deposition date | 2002-03-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00040 | fn2 | Fibronectin type II domain |
| A | PF00413 | Peptidase_M10 | Matrixin |
| A | PF01471 | PG_binding_1 | Putative peptidoglycan binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 | PGBD-like superfamily/PGBD | ||
| Mainly Beta | Ribbon | Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) | Fibronectin, type II, collagen-binding | ||
| Mainly Beta | Ribbon | Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) | Fibronectin, type II, collagen-binding | ||
| Mainly Beta | Ribbon | Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) | Fibronectin, type II, collagen-binding | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Collagenase (Catalytic Domain) | Collagenase (Catalytic Domain) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1GE5 A; 2CKI A; 1S4B P; 2Y6D A; 3L0T A; 5BOY A; 1PWP A; 3DWB A; 1I1I P; 3KME A; 3N2U A; 2OVX A; 2A8H A; 1FBL A; 2I47 A; 3SHI A; 5I43 A; 3B92 A; 1E88 A; 1MMR A; 5BOT A; 4IJO A; 4L63 A; 5I2Z A; 1EUB A; 3KRY A; 3HBV P; 4WZV A; 3O2X A; 1IAG A; 2QPJ A; 2FV9 A; 2OXW A; 1JAP A; 4ILW D; 5I4O A; 4AYK A; 1SU3 A; 3RTT A; 1ZTQ A; 1EAK A; 1Y8J A; 3B2Z A; 2WO8 A; 3HYG A; 1UMS A; 2X3B A; 3F17 A; 4GR3 A; 3WV1 A; 3RTS A; 1KAP P; 2J0T A; 1OO9 A; 1UTT A; 3M7P A; 1KBC A; 1MMQ A; 1PWW A; 3E8R A; 5BPA A; 4DPE A; 4WKE A; 1FLS A; 1GE7 A; 1JIW P; 1G9K A; 1USN A; 4I03 A; 4Q1L A; 1OMJ A; 1QJI A; 1QJJ A; 1AST A; 1PWU A; 4H30 A; 2USN A; 2W14 A; 3Q2H A; 2WO9 A; 2RJQ A; 1MMP A; 4H1Q A; 1BQQ M; 3GBO A; 1OS2 A; 3N2V A; 3LJG A; 5I0L A; 3HDB A; 3F16 A; 3L0V A; 2OVZ A; 1BKC I; 1BZS A; 3DSL A; 2DW1 A; 3ZUK A; 2O3E A; 1YCM A; 4PKW A; 1D8M A; 5L7F A; 4JP4 A; 4XM8 A; 1R1I A; 1XFW A; 3KEJ A; 4GQL A; 3EDZ A; 2TCL A; 2MLR A; 5D2B A; 4WF6 A; 3G5C A; 1XFV A; 3I7I A; 3D2Z A; 3K7N A; 1HTD A; 2YIG A; 3VI1 A; 1HFC A; 1SLN A; 1CXW A; 4BJ4 A; 4A7B A; 1GO7 P; 1YOU A; 3D2Y A; 2W0D A; 3EWJ A; 1KS0 A; 4H84 A; 4FXY P; 1K7G A; 1A86 A; 1PWQ A; 3LKA A; 830C A; 4PKT A; 2OI0 A; 1L6J A; 2D1O A; 1PWV A; 1I73 A; 2JSD A; 1ZS0 A; 2JT6 A; 4BXE A; 2SRT A; 3USN A; 4DV8 A; 3TVC A; 4H82 A; 4BOL A; 4EFS A; 1BQO A; 1GXD A; 1IAE A; 3DL1 A; 1DMT A; 1OM7 A; 1BM6 A; 1GKC A; 3P24 A; 4GR8 A; 1D7X A; 5CUH A; 2D1N A; 1G12 A; 1G05 A; 4CTH A; 3KMC A; 2BH7 A; 3F15 A; 3HDA P; 1ZXC A; 3LEA A; 1ATL A; 3MQL A; 2CLT A; 1QIB A; 3AIG A; 1IAB A; 1R1J A; 4BPA A; 3WV3 A; 1AYK A; 3KWV C; 1QO6 A; 1ROS A; 2E2D A; 1HFS A; 2XS4 A; 1FM1 A; 3B8Z A; 2Y6C A; 3CKI A; 3HY7 A; 2DW0 A; 3LIK A; 5D7W A; 456C A; 3LIL A; 1XFX A; 1GE6 A; 1OS9 A; 3LQB A; 1QIA A; 3ELM A; 4JPA A; 2OXZ A; 2W12 A; 1EB6 A; 4R3V A; 1B8Y A; 2ERP A; 4AIG A; 2WKX A; 1Y93 A; 4G54 A; 1IAD A; 4HMA A; 1R55 A; 4A3W A; 4PKR A; 2MZH A; 1KUK A; 4BXJ A; 4ZR5 A; 4FU4 A; 2DDY A; 3HY9 A; 2V5O A; 3KEK A; 3BKV A; 4AUO A; 4IUW A; 3WV2 A; 2K2G A; 1CK7 A; 2DDF A; 2X3A A; 1O0T A; 4DF9 A; 3TT4 A; 1JKY A; 1SAT A; 3EDI A; 4PKV A; 2W13 A; 3LK8 A; 1ZP5 A; 2Z2D A; 4PKU A; 4QKZ A; 2MZE A; 4PKS A; 1XUR A; 1MMB A; 3LUN A; 1ZXV A; 4XM7 A; 2K9C A; 3LE9 A; 4BXD A; 4XBH A; 4FVL A; 1YQY A; 3AYK A; 966C A; 1BKC E; 1A85 A; 4FXQ A; 1IAC A; 1C7K A; 1BSW A; 2DW2 A; 1BKC A; 1CXV A; 4H3X A; 1UEA A; 3EDG A; 1CGL A; 1HOV A; 3AYU A; 4IN9 A; 2OZR A; 4LPQ A; 2PJT A; 1JAQ A; 2E3X A; 3LJZ A; 3OHL A; 2OY4 A; 4AXQ A; 1LBU A; 5CZM A; 3BA0 A; 4GR0 A; 5JMY A; 4WKI A; 2ERQ A; 1SMP A; 1K7Q A; 3I7G A; 1AF0 A; 1BIW A; 3NX7 A; 3EDH A; 1Q3A A; 1J7N A; 4JA1 A; 3P1V A; 4L6T A; 2OY2 A; 3OHO A; 2W15 A; 1CAQ A; 3LQ0 A; 3EHY A; 2MLS A; 3V96 B; 1GKD A; 3DPF A; 4H49 A; 1G4K A; 5B5O A; 1R1H A; 5H8X A; 4HX3 A; 1JAO A; 1HV5 A; 1PDC A; 2POJ A; 1JK3 A; 2JIH A; 2AYK A; 2HU6 A; 3BKH A; 5B5P A; 3LMC A; 1Z3J A; 3ZVS A; 1G49 A; 1SRP A; 2MZI A; 1OM8 A; 3F1A A; 1SLM A; 3LUM A; 1I76 A; 1JIZ A; 1AKL A; 1XFU A; 2OW0 A; 5L79 A; 3K7L A; 1C3I A; 1CQR A; 3KHI A; 1K7I A; 4L19 A; 3MA2 A; 2OW1 A; 4GUY A; 3DNG A; 1XUC A; 4XCT A; 5D3C A; 2OW9 A; 1XFY A; 1JJ9 A; 2FN2 A; 1XUD A; 1YP1 A; 1R54 A; 4PKQ A; 1UTZ A; 3HBU P; 1B3D A; 1RM8 A; 1ZVX A; 1IAA A; 1ND1 A; 1JH1 A; 1RMZ A; 3G42 A; 1OM6 A; 1Y0V A; 3DPE A; 4G9L A; 4XM6 A; 2ERO A; 3TSK A; 2YB9 A; 1H8P A; 1O0Q A; 4JQG A; 1BUV M; 1D5J A; 2AIG P; 2L0R A; 2X7M A; 4H2E A; 3O64 A; 4I35 A; 1UMT A; 3LIR A; 3LGP A; 1C8T A; 5D1U A; 4JIJ A; 5D1S A; 1MNC A; 2JT5 A; 2O36 A; 3EHX A; 4DD8 A; 3KEC A; 3UVC A; 5CXA A; 2OW2 A; 1JAN A; 4H76 A; 2V4B A; 1KUH A; 3F19 A; 5I3M A; 1QUA A; 5I12 A; 2N8R A; 3LJT A; 1H71 P; 4GF1 A; 2RJP A; 1J7M A; 3VTG A; 2X3C A; 1DTH A; 1KUG A; 3U1R A; 4WK7 A; 2WOA A; 2J83 A; 3F18 A; 4J4M A; 4G0D A; 3ZXH A; 1QIC A; 2KRJ A; 1BUD A; 4GWM A; 1CGF A; 2FV5 A; 1E8B A; 1KUI A; 1GO8 P; 2OXU A; 5LAB A; 3HB2 P; 1D8F A; 1XFZ A; 2JNP A; 1KUF A; 1WNI A; 1CGE A; 3TS4 A; 3Q2G A; 1CIZ A; 1HY7 A; 4GWN A; 4ON1 A; 2XS3 A; 5D1T A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1GE5 A; 2CKI A; 1S4B P; 2Y6D A; 1W1P A; 3L0T A; 5BOY A; 1PWP A; 3DWB A; 1I1I P; 3KME A; 3N2U A; 2OVX A; 2A8H A; 1FBL A; 2I47 A; 1W1Y A; 1OZ9 A; 3SHI A; 5I43 A; 3B92 A; 1E88 A; 1MMR A; 5BOT A; 4IBE A; 4IJO A; 4L63 A; 5I2Z A; 1EUB A; 3KRY A; 3HBV P; 3DTI A; 4WZV A; 3O2X A; 1IAG A; 2QPJ A; 2FV9 A; 2OXW A; 1H0I A; 1JAP A; 4ILW D; 5I4O A; 3HSH A; 4AYK A; 1SU3 A; 3RTT A; 2Y2H A; 3WX7 A; 1ZTQ A; 1EAK A; 1Y8J A; 3B2Z A; 2WO8 A; 3HYG A; 1XAX A; 1UMS A; 2X3B A; 3F17 A; 4GR3 A; 3WV1 A; 3RTS A; 1KAP P; 2J0T A; 3L28 A; 1OO9 A; 1UTT A; 2Y2L A; 3M7P A; 1KBC A; 1MMQ A; 1PWW A; 3E8R A; 5BPA A; 4DPE A; 4QNL A; 4WKE A; 1FLS A; 1GE7 A; 1YU2 A; 1JIW P; 1G9K A; 4HMC A; 1USN A; 2XD5 A; 4I03 A; 4Q1L A; 1OMJ A; 1QJI A; 1QJJ A; 1ED7 A; 1AST A; 1PWU A; 4H30 A; 2USN A; 2W14 A; 3Q2H A; 2WO9 A; 4IBF A; 2RJQ A; 1MMP A; 4H1Q A; 1E15 A; 1BQQ M; 3GBO A; 1OS2 A; 3N2V A; 3KS4 A; 3LJG A; 5I0L A; 1YU0 A; 3HDB A; 3F16 A; 3FKE A; 3L0V A; 2OVZ A; 1BKC I; 1TVI A; 1BZS A; 3DSL A; 2DW1 A; 3ZUK A; 2O3E A; 1YCM A; 4PKW A; 1D8M A; 5L7F A; 4HME A; 4JP4 A; 4XM8 A; 1R1I A; 1XFW A; 3KEJ A; 4GQL A; 3EDZ A; 2TCL A; 2RTS A; 2MLR A; 5D2B A; 4WF6 A; 1XFV A; 3G5C A; 3I7I A; 3D2Z A; 1GOI A; 3K7N A; 1HTD A; 2YIG A; 3VI1 A; 1HFC A; 1SLN A; 1CXW A; 4BJ4 A; 4A7B A; 1GO7 P; 1YOU A; 3D2Y A; 2W0D A; 3EWJ A; 1KS0 A; 4H84 A; 4FXY P; 1OGG A; 1UR9 A; 1O6I A; 1K7G A; 1A86 A; 1PWQ A; 1H0G A; 3LKA A; 830C A; 4PKT A; 4OJP A; 2OI0 A; 1L6J A; 2D1O A; 1PWV A; 1I73 A; 2JSD A; 1ZS0 A; 4NYU A; 2JT6 A; 4BXE A; 2SRT A; 3USN A; 4DV8 A; 3TVC A; 4H82 A; 4BOL A; 4EFS A; 1BQO A; 1GXD A; 1IAE A; 3DL1 A; 3KS8 A; 1DMT A; 1OM7 A; 1BM6 A; 1GKC A; 3P24 A; 4GR8 A; 1D7X A; 5CUH A; 2D1N A; 2JE5 A; 1G12 A; 1G05 A; 4CTH A; 3KMC A; 3HON A; 3L2A A; 2BH7 A; 3F15 A; 3HDA P; 1ZXC A; 3LEA A; 1ATL A; 3MQL A; 2CLT A; 1QIB A; 3AIG A; 4LG2 A; 1IAB A; 1R1J A; 4BPA A; 3WV3 A; 2XD1 A; 1AYK A; 3KWV C; 1QO6 A; 1ROS A; 2E2D A; 1HFS A; 2XS4 A; 1FM1 A; 4Z2J A; 3B8Z A; 2Y6C A; 3CKI A; 3HY7 A; 2Y2I A; 2DW0 A; 3LIK A; 5D7W A; 456C A; 3LIL A; 1W1V A; 1XFX A; 1GE6 A; 1OS9 A; 3LQB A; 1QIA A; 3ELM A; 4JPA A; 2OXZ A; 2W12 A; 1EB6 A; 4R3V A; 1B8Y A; 2ERP A; 4AIG A; 2WKX A; 1Y93 A; 4G54 A; 4NZ4 A; 1IAD A; 4HMA A; 1R55 A; 4A3W A; 4PKR A; 2MZH A; 1KUK A; 4BXJ A; 4ZR5 A; 4FU4 A; 2DDY A; 3HY9 A; 2V5O A; 4IBI A; 3KEK A; 3DTE A; 3BKV A; 4GHA A; 4AUO A; 4IUW A; 3WV2 A; 4IBG A; 1CK7 A; 2DDF A; 2K2G A; 2X3A A; 4MB4 A; 1O0T A; 4GH9 A; 4IBJ A; 2Y2J A; 3DTK A; 4DF9 A; 3TT4 A; 1JKY A; 1YU3 A; 1SAT A; 3EDI A; 4PKV A; 2W13 A; 3LK8 A; 1ZP5 A; 2Z2D A; 4PKU A; 4QKZ A; 2MZE A; 4PKS A; 1XUR A; 4IJE A; 1MMB A; 3LUN A; 5BPV A; 1ZXV A; 1E6Z A; 4XM7 A; 2K9C A; 3LE9 A; 4BXD A; 4XBH A; 4FVL A; 1YQY A; 3AYK A; 966C A; 1BKC E; 1A85 A; 1OGB A; 2BG1 A; 3WD0 A; 2IOU A; 4OJ6 A; 3L29 A; 4FXQ A; 1IAC A; 1C7K A; 4Z2K A; 2Y2P A; 1BSW A; 3WD4 A; 2DW2 A; 1BKC A; 1CXV A; 4H3X A; 1UEA A; 3EDG A; 1CGL A; 1HOV A; 1E6R A; 3AYU A; 4IN9 A; 2OZR A; 4MB5 A; 4LPQ A; 3WD1 A; 2PJT A; 1JAQ A; 2E3X A; 3LJZ A; 3OHL A; 2OY4 A; 4AXQ A; 4OJL A; 1LBU A; 5CZM A; 3BA0 A; 4GR0 A; 5JMY A; 4WKI A; 2ERQ A; 1SMP A; 3L25 A; 1K7Q A; 3I7G A; 1AF0 A; 1BIW A; 3NX7 A; 3EDH A; 2Y2K A; 1Q3A A; 1J7N A; 4JA1 A; 3P1V A; 4L6T A; 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