1GPFA

Chitinase b from serratia marcescens in complex with inhibitor psammaplin
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
TRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPASRAKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTITDGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKVTNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPSTDYWLVGCEECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Serratia marcescens
publication title Psammaplin A, a Chitinase Inhibitor Isolated from the Fijian Marine Sponge Aplysinella Rhax
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE B
total genus 163
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2001-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 1gpfA03
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1gpfA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1gpfA01
4YPJA 4AIEA 2Y5EA 4U3AA 4B16A 2WLZA 2E40A 4FF5A 3UCQA 1AQMA 2D3LA 3EMCA 1E4IA 2GFTA 2PWHA 5A6AA 1JD7A 1QNQA 5LA2A 1WAWA 4GQQA 5LA1A 1M03A 1V0NA 2J77A 4E4PA 4AEFA 4JKKA 2QPSA 3W82A 2XM2A 5CPQA 5CJ5A 5I2UA 3OGRA 3RIKA 2EQDA 3AMLA 1JIBA 2YA2A 2WCSA 2ZUWA 4W84A 5DF0A 4ZXLA 2XWDA 3FN9A 3MMUA 1GJUA 3OLGA 1WZMA 1E72M 4WSKA 2A3CA 2BVDA 4HTYA 1E15A 1XH0A 4NZCA 3SUTA 5JH8A 3T0DA 1B90A 5HNNA 2ZWYA 4JKLA 1JYWA 3E1F1 1X1NA 4PN2A 3VMOA 1HKKA 1J11A 4CN1A 4B9ZA 4CN4A 3PZOA 2W92A 5HPOA 5A2BA 3W25A 3M46A 2WBGA 4A4AA 1XSJA 5BXPA 4Z2HA 1OGBA 1GOMA 1E71M 1HP4A 4AD0A 1E73M 2XFFA 3HU7A 3EDEA 2RTSA 2RGLA 3AHXA 1SR0A 2G4FA 3WUFA 1XC6A 3VGGA 4XZBA 3VIHA 4ML4A 2CBJA 3VKKA 3WBEA 1ISXA 1NWUA 4MB3A 1FOBA 3MU7A 2XFYA 3L4TA 1KCLA 1WDQA 5DFAA 1QI5A 2QHAA 1XH1A 1VJSA 2OWXA 2VR4A 2WNWA 3KWXA 4RE4A 4PBGA 3F5JA 5GNXA 3WH5A 3BC9A 1JNDA 1S46A 3VMPA 1XD0A 4ZE5A 1C3FA 5D9PA 4CCEA 1YHTA 1UOKA 3EMQA 3KEHA 1M53A 1JDDA 4JHOA 3D5HA 3N04A 1LWHA 4IISA 1O6IA 6TAAA 4J7RA 1VJZA 3NSMA 1ECEA 1E6PA 1K9TA 3ALGA 1OCQA 1UWUA 4JFVA 1V3KA 3PZMA 1B3WA 2O9TA 5ABGA 3T2PA 3MSDA 5CGTA 2UY5A 2E9MA 3VNYA 4JIEA 2BHYA 3WNNA 4P7RA 1LJYA 3W6LA 3PTQA 3BLPX 1JZ5A 4PMQA 2G8ZA 4RL3A 1GQKA 4KRUA 3GXFA 5A6JA 5D8ZA 4P8VA 2CITA 1HKJA 1R7OA 1XRVA 2VTFA 3UR8A 2AAAA 1MXDA 4GZIA 2DIJA 4RE2A 3N17A 3AMCA 3NDZA 1B3YA 1JAEA 3F5KA 2W5FA 1JXKA 1VFUA 2G3IA 1P6WA 2E0PA 5BYWA 5A8MA 5BXTA 4JCLA 2WHKA 3IJ9A 3U7BA 2V38A 3WNOA 1UA3A 3WFZA 1HXJA 4AY1A 2EEXA 5I6SA 4PSPA 3VX0A 2G3MA 2XVNA 2WMHA 1J12A 1NOWA 4AZHA 5ABHA 3B9EA 1V6YA 3ARYA 2VT0A 1QPKA 1QHOA 4CD6A 1BYAA 4PMOA 3AZTA 4QLLA 4WLCA 2CPUA 3MMDA 4U5IA 2YBTA 4J3VA 5I0DA 1J0YA 4TVCA 4HMCA 2Z1KA 2G3JA 2W91A 4DWSC 3W6MA 1V6WA 4HA1A 5JBDA 4AD1A 3VGFA 2DIEA 1NWTA 1CZ1A 4QLKA 4W88A 2OSWA 2VCAA 2OWWA 3VOCA 2FHBA 5CSYA 4OBRA 2E8YA 5DT7A 3B8SA 1Q4NX 1GCYA 1KGXA 5D8WA 3AISA 1UD2A 3NYDA 3W24A 7A3HA 2VNCA 1UQYA 5HBFA 2WYSA 4HOXA 1UR2A 4BCEA 3AIQA 4WK9A 2CBVA 1KXQA 4AIOA 4AMCA 3SIMA 3I3EA 1FP8A 3ARPA 1L0PA 5AY7A 4OZOA 1V0KA 3BSGA 2DSUA 1JL8A 4QFUA 3VVGA 4JFWA 4W7UA 2X1IA 4MAVA 1OD8A 1QW8A 1R85A 2CERA 1CXEA 3W28A 1QNRA 1V02A 1KFWA 1VFOA 2C7FA 2A3HA 2GJRA 5IHSA 3WH8A 3N18A 4TXEA 2ZUMA 2E3ZA 1JZ4A 3OLIA 3L4WA 1E43A 2VCBA 1VF8A 4MNKA 4IM4A 1A47A 1E0VA 2D1ZA 2W67A 1EO7A 2GDVA 4GZJA 4FLQA 2EPKX 2Y8VA 3ALFA 3WF4A 2Y2WA 2BNJA 1GHSA 1PPIA 1D7FA 1J10A 3WH6A 4OBSA 2X0YA 5ECUA 1RD6A 1H1NA 1E4MM 4FLOA 2VOTA 3EBVA 4E8DA 4AXNA 1H0IA 5A6BD 1VENA 1MQRA 2DEPA 1PX8A 3WQ8A 1W1VA 4J3XA 4ZE4A 1EGZA 1VBRA 4CU7A 4OKDA 2XVKA 3WD0A 1J18A 3AMDA 3GXIA 4AD4A 2V3DA 4UQAA 3WDPP 1CGTA 5E70A 4PTWA 4HMDA 4YHGA 4FMVA 1KBKA 2J7CA 2YKKA 2DT0A 3QHNA 1PZ2A 3BAXA 4W87A 4FLRA 4PMNA 3WL0A 3GXDA 3K46A 5E0CA 3GNPA 2YL9A 1LL4A 2DSZA 2CHNA 1ESWA 4BZYA 3DHPA 2B31A 4M29A 1EOMA 4CD8A 3WQ6A 3VO0A 3PZTA 1VEPA 4WKFA 2JF6A 2VQTA 5AYIA 3LPOA 3W29A 2XHYA 2XSBA 4L4PA 1NARA 2WW5A 2Q8XA 2X8RA 4U2YA 3TA9A 3W53A 3U5YA 4PTMA 4K68A 1UHVA 1CBGA 1V03A 3VDAA 3WDIA 3NJ3A 3IJ7A 3VDBA 2O9OA 2ZICA 3SCOA 1OWQA 5AC5A 5CPSA 2CBIA 5BRQA 5DEZA 2WWDA 3VIPA 4DM2A 1NWSA 4V28A 3GNRA 3OB8A 3SCNA 1JI1A 5A1AA 1JYXA 3TTOA 3GYCA 3QR3A 2W4XA 4CU8A 4UOZA 4W89A 4BQ4A 1V0LA 3BSHA 2VJXA 3HMCA 5F7UA 1ED7A 2WB5A 1UD6A 5I23A 3FAXA 3L4XA 2QPUA 4CGTA 1UH3A 1UKTA 1XHGA 2J7FA 2ZE0A 1EHAA 5C8BB 4ZEPA 3IJ8A 1NQ6A 2OLHA 3AIEA 4PUEA 4U31A 1M04A 1WZAA 1E70M 4TUFA 1E0XA 1WZLA 4CD4A 1R8LA 3PZVA 2V3FA 1KCKA 4D72A 2GJXA 2D0HA 3CGTA 5IFTA 3PZ9A 1I1XA 3VIOA 3W26A 2BVTA 3VGBA 1Q6FA 1ZB5A 1IZKA 1EH9A 4OUEA 5CG0A 2DT2A 1DEDA 1GQIA 1UA7A 3VGDA 2W62A 3AICA 3VDCA 4GQRA 2IXVA 1H11A 2JE8A 1ZBCA 1KWKA 3AIBA 4Z2JA 3PZUA 4UFIA 1PZ3A 4XX6A 3WH9A 3K4AA 3ARVA 2OSXA 3AFBA 4GZEA 1CGVA 3W37A 5C71A 4PSRA 1UZ1A 2J47A 2ZUTA 2WM0A 5A6SA 2E8ZA 2WMIA 1GHRA 1E6RA 2V3GA 2QLYA 2WMIB 1B31A 8A3HA 3BAYA 3K8MA 4CVUA 5EB8A 3NDYA 2BY2A 1HJSA 1W32A 3EDDA 1HJXA 1TZ7A 1Q6CA 3APGA 1KXHA 2EJ1A 3DYMA 4GKLA 1SMDA 1JYNA 2D24A 3RO8A 1J01A 3TTYA 2Y4SA 1DP0A 1YQ2A 4KRTA 5JIPA 3ARRA 1UR0A 1W9BM 2ZXDA 3LPPA 4CCCA 1PJ9A 3KL5A 3VDHA 1MVYA 2X09A 2VO5A 2XPKA 2WK2A 4RE3A 1ITCA 4PMYA 2VX6A 3RMEA 3POCA 3W4RA 3MO4A 1KQZA 1CGXA 3WF0A 3A4AA 1JZ8A 1OB0A 1MYRA 3QOMA 1HKMA 3WENA 1C92A 5ABEA 1FHDA 2XTKA 4LQ1A 5GPRA 3PHAA 4NI3A 2C8NA 3MUZ1 2EPMX 4UQCA 2ZX5A 3BMWA 1NM9A 1E4LA 5DMYA 4UOQA 4ATDA 1JZ6A 3BLKA 2E9LA 1JZ7A 5JIWA 1WKYA 1G1YA 4XV0A 1HVXA 2ZWZA 4GXPA 1KB3A 4Q22A 2VZTA 3WSUA 4S3KA 2UY4A 3VD4A 5EMYA 1EQPA 2FH6A 1QW9A 3UETA 4KMQA 1OINA 1WB0A 4JHZA 3EDKA 1H4PA 2CESA 3WEOA 1HVQA 4HPHA 3DC0A 1WE5A 1EIBA 1W3KA 5A3HA 2G41A 2C0HA 2NT1A 2CETA 2D49A 1ZBVA 3CHCA 3JUGA 3N15A 4D1JA 3WD4A 2VVNA 2ZX7A 1FA2A 1BFNA 2TAAA 2IUZA 4WF7A 2HISA 3BAJA 2UY3A 4H8UA 4ATWA 2BS9A 2WMFA 1BF2A 2D20A 1ISWA 2VMFA 3PTKA 2BVYA 5DO8A 1J0IA 3AIVA 3TP4A 1OT1A 4ACZA 3GBEA 3F5LA 5E9AA 4ACZB 5CLWA 1CXKA 1HN1A 2QMJA 1V6VA 4D6IA 3G6LA 2CEQA 3QHMA 3VMNA 3CUIA 5HOSA 1O7AA 2QMKA 1UR9A 4NRSA 3BAIA 3U57A 2YLLA 1LL7A 2E9BA 3LMYA 4YHEA 1GQLA 3ARSA 3AXXA 2ZUSA 1C8XA 3GDBA 3SCUA 3UERA 3B9DA 2HVMA 1ITXA 5FOOA 2DQXA 4P8WA 1Q6DA 2OWCA 5A95A 4JFUA 3SCVA 1VEOA 2VZSA 4Z2IA 4UQEA 2XIBA 3VM7A 4MJ4A 1ISYA 2YA1A 1W1PA 3AYRA 2OYLA 5A8QA 3A4XA 3SCSA 3UG4A 1FH8A 2XGBA 1LF1A 3I3BA 4DWSA 1M7XA 1JF6A 2A3AA 1AIWA 4DWSB 1EA9C 3ZSTA 1VB9A 5JBEA 1Z32X 4GI9A 1V3IA 3AI0A 3SURA 5CSUA 1HJUA 2BHZA 5IFPA 5FKYA 1HJQA 3U7VA 2GVYA 1LL6A 3WD3A 2V3EA 2O9RA 3SCPA 2F8QA 2GDUA 4P7LA 3T0AA 4HZ6A 2XVLA 2ESCA 4W7VA 4HPGA 1LG1A 1E9LA 2XGIA 4KH2A 4D1IA 2WZHA 1E0WA 4HMEA 4WKHA 2D23A 4C7DA 1WP6A 1D3CA 1JNEA 1EDGA 5D4YA 1M01A 1BG9A 1W1YA 5A8PA 3CUJA 3IAPA 1TUXA 1W2PA 3CHEA 4W5ZA 1C91A 3VPLA 3A3HA 1DWGM 4MNLA 1E6QM 1HT6A 3MSGA 3GH4A 3IAQA 5JBFA 2WVTA 1EOKA 1A3HA 1BAGA 4MTVA 4MB1A 3WNPA 2NW0A 4F8XA 1KGWA 1ZU8A 5IHRA 3SCWA 2VZOA 5TD4A 1I1WA 2EXOA 4PCSA 3AOFA 4W86A 1BHGA 3HJEA 4H8HA 3BGAA 4AZIA 4MNMA 5CPTA 1PX4A 1DWIM 3PZNA 3I3DA 4WSJA 3WQVA 1PX3A 1UWQA 2J78A 3CPUA 3VD7A 1E5NA 2YL8A 3CTTA 1UQZA 3QHOA 1V3MA 1TFVA 3CZ8A 3TONA 1L8NA 3W38A 4A3HA 1XGZA 5ABFA 2GSJA 3SUSA 4M8UA 5ABFB 4QCEA 2WVSA 4NSBA 4J3UA 2YDQA 4CD7A 3SCRA 1KR1A 1UH2A 2YBUA 1JZ2A 3WKZA 4B9YA 1C93A 4H7VA 1OD0A 3BAKA 4AZCA 2E4TA 3WIJA 4AZCB 3WUBA 2VRJA 3SUWA 2VX5A 3KL0A 4AD3A 4UFLA 4MJ2A 5BROA 1HF6A 4AD5A 5I78A 2PI6A 2WPGA 1EXPA 1V3LA 1BGGA 2PB1A 3WH7A 4HU0A 2VC9A 4ACYA 1OGGA 2WZEA 2PWGA 3AXHA 3CHFA 1CGUA 3CBWA 2BY1A 1LLOA 1SMAA 2W63A 5CQ1A 3VIMA 1UD5A 4LXFA 4NRRA 2YOCA 4AD2A 3CUHA 2J62A 4BA0A 2OSYA 3WDRA 1H41A 1BQCA 3CZEA 4XB3A 1C7SA 5HDRA 2WLYA 1NOFA 8CGTA 1GNXA 3ZJ8A 3ZJ6A 2YLAA 3ARWA 1QI4A 1WPCA 2JIWA 3L2MA 1CYGA 1E6SM 1E3XA 4MPKA 1MQQA 3CZGA 4D6DA 3A47A 4BQ3A 1QVBA 2D0GA 2BFGA 3N12A 1CPUA 3AS0A 4CN6A 2XVPA 2YA0A 4IPNB 4QAWA 3L4ZA 1JI2A 3ZT6A 1LQ0A 4MAZA 2WC4A 2CKSA 2WCAA 1AVAA 3AIUA 4ZFMA 1VRXA 1E4NA 3N11A 4C7FA 4AISA 3LPGA 3WMCA 2VRQA 3ZR6A 1CLXA 1J0JA 2CBUA 3AZRA 4B15A 1J0ZA 4MADA 4TX8A 4W7WA 1UH4A 4PTVA 1GOIA 3N1AA 4UQ9A 3OBAA 5M3WA 4WJXA 5D9NA 3PZIA 4AZ5A 3VX1A 5GNYA 1TVNA 1GJWA 3RM4A 2YDSA 4P7OA 2D2OA 1GOQA 1B3ZA 4HZ8A 3VIFA 1XYZA 3AMGA 1OIFA 1VBUA 3L4YA 2O9PA 3A4WA 4S3JA 1B3XA 1C7TA 3WQ4A 3PBGA 2VVSA 4B3LA 1U30A 3L4VA 2V5DA 4Q7NA 1DTUA 3D3AA 2IXUA 4CU6A 4D6JA 4TVDA 1HL9A 1BSIA 1BVNP 1JYVA 5BXRA 1CXFA 1X6NA 4E2OA 4M81A 2WHLA 4N42A 1XV8A 2WANA 4L4OA 5CZKA 4A3YA 1UZ4A 5A69A 1D2KA 1QBAA 3A6OA 2XYLA 1J0KA 1CNVA 1AMYA 4FK9A 4PUDA 3S6TA 1PIGA 3BAWA 4TTGA 2WC7A 2DH3A 2EPLX 3WF1A 3IK2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1XSK A;  3OG2 A;  2DDX A;  1QI3 A;  4D71 A;  2XII A;  4XZW A;  4BF7 A;  2VR5 A;  3K1D A;  3BH4 A;  1LWJ A;  1GPF A;  4LGX A;  3ZIZ A;  3OGS A;  4DUW A;  4UTF A;  1GW1 A;  2EPN A;  4D6G A;  4LYP A;  2YL6 A;  4Y7E A;  1OT2 A;  3UES A;  1OBA A;  1MFU A;  4CVW A;  2X2Y A;  3ZQ9 A;  4AZ6 A;  3RCN A;  3RIL A;  3T09 A;  1U2Y A;  2XG9 A;  2YDR A;  3DYP A;  5D9O A;  1NOU A;  3OLE A;  1BLI A;  3MUI A;  3WBA A;  3CO4 A;  4U5K A;  1HX0 A;  1W9U A;  2J7B A;  2JAL A;  1HJW A;  4DUX A;  4H2C A;  4URI A;  1UD8 A;  5A6K A;  2FDM A;  1ISZ A;  4TOQ A;  2WWC A;  1EDQ A;  3L2L A;  4MDP A;  4OJY A;  1RPK A;  3AHY A;  3MKK A;  3K4D A;  3SUU A;  2ZX9 A;  4J28 A;  1QNO A;  2VUR A;  1H3G A;  5BRP A;  3AYS A;  2GK1 A;  1V3J A;  2BHU A;  1W1T A;  2PF0 A;  2GK1 B;  3PTM A;  3VIJ A;  1RP9 A;  1FHL A;  3MMW A;  3CZJ A;  3OGV A;  3EDJ A;  4M24 A;  4U3C A;  2FGL A;  1E3Z A;  3GH5 A;  3VM5 A;  4GI6 A;  1B9Z A;  4GPN A;  6CGT A;  3NCO A;  2J7D A;  4PMV A;  5BXS A;  5E6Z A;  2W66 A;  3BXW A;  2DPE A;  3CIV A;  5GNZ A;  5M5D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1ISZ A;  3ZLH A;  2VFI A;  1EDQ A;  2YCK X;  1RXO B;  1JEZ A;  4OJY A;  1RPK A;  3LBO A;  3SEC A;  4O1C A;  2QYG A;  4FX8 A;  4LBU A;  4O2T A;  1TVL A;  5K7J A;  1BWL A;  5BRP A;  4S3B A;  3EOE A;  4FNR A;  3W1T A;  3ZLG A;  1XR2 A;  2J9Z A;  2GK1 A;  2X1T A;  1W1T A;  3PTM A;  1RP9 A;  4WUI A;  3MMW A;  3OGV A;  1YU1 A;  4M24 A;  3U2E A;  4U3C A;  1V51 A;  1N7K A;  2OVL A;  3VM5 A;  3UQA A;  4GY7 A;  4GUJ A;  4AF0 B;  3TZN A;  5E6Z A;  2W66 A;  1YKW A;  3UJR A;  3TJL A;  4UTT A;  1Q6E A;  5F2L A;  2VEN A;  3LPF A;  5IDZ A;  4KS0 A;  2ZXB A;  2F6U A;  5A6L A;  1R7A A;  1J9Y A;  5FF7 A;  4W93 A;  4JL1 A;  5E6Y A;  5DIU A;  3T1G A;  1GEH A;  1DQX A;  4PL2 A;  3PNU A;  2OEM A;  3W85 A;  4DEF A;  1V8E A;  4PYS A;  1KWG A;  2WVU A;  1QXL A;  1E40 A;  1JGI A;  3UPW A;  1KBB A;  2PZ0 A;  1A53 A;  4F48 A;  1XLH A;  3EMZ A;  4Z2L A;  5K4Z A;  3EB4 A;  4AWE A;  2C0A A;  2F2K A;  2J7E A;  3GTH A;  4MJZ A;  1QOQ A;  4L6D A;  4YTQ A;  2HTM A;  4I5R A;  1UKQ A;  1W56 A;  2Y2G A;  4UZU A;  1ZJA A;  4KFN A;  2E1D A;  3EWY A;  5FJJ A;  5LIK X;  2D9F A;  4IUG A;  5HQM A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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