1W1VA

Crystal structure of s. marcescens chitinase b in complex with the cyclic dipeptide inhibitor cyclo-(l-arg-l-pro) at 1.85 a resolution
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
TRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPASRAKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTITDGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKVTNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPSTDYWLVGCEECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Serratia marcescens
publication title Structure-Based Exploration of Cyclic Dipeptide Chitinase Inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE B
total genus 165
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2004-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 1w1vA03
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1w1vA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w1vA01
1B3YA 3PZMA 2XJ7A 1VJZA 2GFTA 4JL1A 4M8UA 5AC5A 2VO5A 3M46A 1WP6A 1GORA 1FP9A 4JFUA 1V3IA 3AHXA 1CPUA 4W85A 1SMAA 4TVCA 4N0RA 1OWQA 1W3JA 2JFEX 4HZ7A 2WMGA 1E4IA 3W38A 3VIKA 3BAWA 1LLOA 3WDHA 1C8XA 2XM2A 1S46A 1NP0A 3MV11 4XX6A 2BS9A 2WHJA 3SUVA 2BVDA 1UWQA 4D72A 1JXJA 1XRVA 1C90A 3MMDA 3GNPA 3WF3A 3WD0A 1A3HA 1TVNA 1UR8A 2XFFA 4U5KA 4ZFMA 2ZUWA 4HMDA 1NM9A 3ARTA 1PBGA 2WVSA 1KXVA 3WQVA 4J3XA 3LPGA 4PSPA 3WH9A 1VEPA 3VIOA 1W1PA 3CO4A 2GK1B 3IAPA 1QNRA 1R8LA 3N13A 3DYOA 1UD8A 3AIBA 4QFUA 1VF8A 1GHRA 2EPLX 2D24A 1V3HA 6A3HA 3KZSA 3EYPA 5CGTA 2Y8VA 1VFFA 1GHSA 1DWJM 3WF2A 3AQUA 2JEQA 4OUEA 1AIWA 4AIEA 3CZGA 2BVYA 2J7DA 5D9MA 1C8YA 2XSAA 2YBUA 7TAAA 1LG1A 1UR9A 4CD4A 1MQRA 1JYNA 1XSJA 5ABEA 4PMUA 4AEEA 3TTSA 2WW5A 4DWSD 3N12A 3VD9A 2A3HA 2MANA 2VR5A 4UFHA 2BHYA 1GJUA 3SURA 3WEZA 1D2KA 3BGAA 4C7FA 1BYCA 1CWYA 5A2BA 1KQZA 4U2ZA 3SEPA 4AZ6A 1J9YA 1LWHA 4H04A 1R87A 1BYDA 1OGSA 3TTOA 4WKFA 2C8NA 1L0PA 3OGSA 1Q6CA 1TA3A 1QNPA 2D1ZA 2NT0A 4CU8A 2E9MA 5JBEA 5GPRA 3VDHA 1OSEA 1B31A 2XUCA 2G3IA 2A3CA 2DT0A 1UR2A 4HU8A 1QNSA 2XFYA 1MQQA 4Z2IA 1I1WA 1HT6A 1ZS2A 3QR3A 4IUGA 1M03A 5A6MA 1VFMA 1MXGA 5M03A 3EMCA 2WKLA 1XV8A 1W9DM 2O9PA 1BVNP 3CMJA 1XD1A 3ARSA 3W24A 3ARRA 3WIJA 3UERA 2VT0A 1J0JA 5C71A 4FLOA 2YBTA 1DWFM 2X0HA 3NCOA 4FMVA 4UR9A 1JDDA 3WNNA 4CU7A 5A6BD 4MB1A 2C7FA 2VX6A 1UYQA 1UA7A 3VGDA 4U3CA 5BXTA 3FAWA 1UWTA 2J74A 3WQ5A 3RM8A 5E6ZA 3T0AA 3IJ8A 4UFIA 5CZKA 2DQXA 1HL9A 4NSBA 2ZX6A 3VIHA 2VX5A 4FK9A 3QOKA 1BAGA 3O2LA 4MNKA 2BV9A 1J18A 3AICA 2ZXBA 1VB9A 2ZWZA 3AIEA 3MSDA 1ISWA 4YHEA 1DWGM 1KWKA 2YL6A 5I3DA 1H3GA 5I23A 2BY2A 2WLZA 1E43A 5LA1A 1UWRA 4Z2KA 1UZ1A 1ED7A 2WMHA 4TOQA 4ATWA 2GDUA 4CVUA 1OM0A 3VILA 2A3EA 2CITA 1GQLA 1B3WA 4YN5A 1K9FA 4QCEA 3VGFA 2PWDA 1UKPA 5CSUA 3GYCA 4WKHA 1KR1A 1W1VA 3ARUA 2WVVA 1XH2A 1AQ0A 4K68A 4LYPA 3ZJ7A 5JH8A 2VZVA 4HOWA 3D3AA 3AIRA 1PX8A 3WQWA 4XB3A 1KGXA 1PX4A 1BHGA 2D2OA 4UQAA 4JHZA 4U31A 2CCRA 1JD7A 1ZBWA 1KXQA 4UQDA 4RE3A 3CMGA 3VVGA 5A69A 1V6YA 2WLYA 2CIPA 1U30A 1ISVA 1M53A 3BAIA 5CQ1A 3MUIA 4H8VA 4BZYA 4GINA 3BSHA 1E4MM 3F5LA 2ZXAA 3EDEA 3OLEA 2D22A 3WF0A 4OBRA 4MJ4A 1MW3A 1TMQA 3F5KA 4TTUA 2E9LA 3EMZA 1FA2A 1H0GA 4NZCA 3RDKA 1US3A 3RJYA 4W87A 2J47A 5FKYA 3T09A 4EK7A 4MDPA 1HVQA 1EHNA 1MVYA 5GNZA 1HP5A 2J7CA 3AXHA 4Q7NA 1UH2A 1QW8A 4H41A 1UKQA 1J0ZA 4M1RA 2WYSA 4KWUA 3W81A 3CBWA 4AISA 1PEZA 1HNYA 2VC9A 1JI1A 3CUHA 1OIFA 2XYLA 2QHAA 1MWOA 3WL1A 3AIWA 3VMNA 2DH3A 3ECQA 8A3HA 1UQYA 4OJYA 3IANA 1W91A 3VIFA 2B31A 1V3JA 2FHFA 1CLVA 1KWGA 3M6DA 3FW6A 3LMYA 3ARQA 3ZT5A 5I2UA 3WH6A 2EJ1A 4CCDA 5HDRA 1VIWA 2XWEA 4GZEA 3SCTA 1Q6DA 4LYRA 4CD8A 3SCOA 7CGTA 3DYMA 3W26A 3PZ9A 1K9TA 3GNOA 4JKLA 4AIUA 5EMYA 4BF7A 2OLHA 1GQJA 1JZ4A 2FH8A 3CH9A 2VI0A 1EDGA 3MUY1 1FFQA 2E8ZA 4BA0A 1W1TA 3W82A 3VIJA 4J28A 1KGWA 1VEOA 4C7DA 1XD0A 3W28A 2VTFA 4Q22A 2XIBA 3WBAA 1UR1A 4TTGA 1H2JA 4WLCA 1U33A 3IJ9A 4DUWA 2JF7A 4P7LA 3NSMA 1V6UA 5A2CA 1HJVA 2DSZA 2WC7A 3SUUA 4IPLA 2WCAA 3AS2A 5GNXA 4GZIA 3VINA 3AFBA 4W93A 5A3HA 4UOJA 4JCLA 2FDMA 5HXMA 1GOIA 1BPLB 1JF5A 2QV4A 4URIA 1MFUA 4FLQA 2WZIA 2VURA 3RM4A 1B1YA 3IJ7A 4E4PA 4V27A 1FHLA 1M01A 3FY1A 1QI5A 2VRKA 2QMJA 4AZCA 2CNCA 5E0FA 3A6OA 4JKKA 3UG4A 3MUZ1 5AYBA 2D23A 1Z32X 1U2YA 3CGTA 4AC1X 1SFSA 1XH0A 1CGYA 1UD5A 4D6IA 5FL0A 5A8NA 4QLKA 1E3XA 1CGUA 1QI2A 3W37A 1UKTA 5FL1A 2Z1KA 2QF8A 3NIYA 3PZVA 1BYAA 1BQCA 4X0VA 1WDQA 4OBSA 5AYIA 2NW0A 4TX8A 3GXFA 3OGRA 3W53A 2AOSA 1A47A 1ZBCA 3RMEA 3WFZA 4HOXA 2DIJA 5A6KA 4D6CA 1UKOA 3CPUA 3SCRA 1MW1A 3TTYA 1UHVA 2GVYA 4HA1A 2CETA 1VAHA 4AXNA 3HMCA 1EA9C 3L4WA 4NF7A 4PTMA 1H5VA 1N82A 3RILA 3VDCA 1B30A 4OIFA 4V2XA 1NARA 3T0DA 1E0WA 3VGHA 1UD2A 4QLLA 4QLJA 2XIIA 3NUKA 3D5HA 2RGMA 3U5UA 4JFTA 3UR7A 3MMUA 4D6DA 5M5DA 3CHFA 2V38A 1B3XA 5JBDA 4BQ5A 3K8KA 1W2VA 1FH7A 3WH8A 1I1XA 3OIHA 3VD4A 4GI9A 1TR1A 2YIHA 2Z1SA 1OGGA 1QNOA 3PZIA 1CGVA 2VRJA 4GZJA 5I78A 3VNYA 3AMGA 4L4OA 3ZSTA 1E0VA 3WELA 5GQBA 2WM0A 4JZ5A 5CLWA 5DF0A 5CG0A 1V02A 1QBAA 2J77A 5I79A 4F8XA 2D49A 1ZU8A 1DTUA 3VIPA 2EPOA 2PWGA 1SYTA 1JIBA 2VNCA 2FH6A 1E5NA 3PTMA 2V5DA 4BCEA 3VGBA 2YA0A 4A3YA 2WMKA 4J7RA 1Q6EA 1EDTA 2J7EA 2YL9A 3QHMA 4P8WA 3AHTA 3VM7A 3UESA 4LPCA 1ZBVA 4W8AA 3AMKA 3POCA 1UA3A 4L4PA 3L2MA 3VMOA 4XZWA 1E1FA 2GJPA 4UFJA 4PMYA 2W92A 5D9NA 1WZAA 3VPLA 2ESCA 1E1EA 1OBAA 3BLKA 3WUEA 4P7RA 4W5UA 4JCMA 4P7OA 1RPKA 5D9PA 2CXGA 1UWSA 1G1YA 3AIQA 3BAXA 4LX4A 1BFNA 1TA3B 1HKIA 2ZX9A 3AZSA 2JIEA 2YOCA 1WB0A 1WZMA 1BG9A 3N17A 4CD6A 1XSKA 3WNPA 3VOCA 2O9TA 4GO8A 1W9VA 4U5IA 1E72M 5BXRA 4W88A 3KL0A 5CLTA 4NI3A 3ZR6A 2YL5A 4D1IA 3SUWA 2CEQA 3O6AA 3GXIA 3M07A 1HJSA 4AD5A 1V02E 1ESWA 1H49A 3QHOA 3K4DA 4GI8A 5TD4A 4F66A 1RD6A 4AD3A 1GNXA 1QOXA 1JZ2A 1B9ZA 5BRQA 2XSBA 5A95A 2VJXA 2VQTA 4AYSA 2UY5A 3NYDA 3S2CA 3K8LA 1WO2A 2NT1A 5EFFA 4OKDA 3NDZA 2UY4A 1JZ3A 1ISZA 5F7UA 4FLSA 2BNJA 1G94A 1KXHA 3L4VA 3VIIA 3K1DA 3OG2A 5ABHA 4GKLA 4XUYA 3ZQ9A 1OD0A 3WQ8A 4CCEA 1KCKA 1US2A 1RH9A 3WUFA 1R7OA 2HVMA 1GOMA 4B16A 3NJ3A 2V3FA 1QBBA 3KL5A 2W5FA 4PMDA 2JEPA 3EDFA 4ZXLA 4ML4A 2WMIA 5A8OA 2X8RA 3WBEA 1QHOA 3FHAA 4JFSA 3GXDA 4AY1A 1OT1A 1EO5A 3PZTA 1CXIA 4MJ2A 4B3LA 1HF6A 2WXDM 2CBJA 1PZ3A 1ITCA 4W8LA 1QI4A 5EB8A 1ZBKA 3PZUA 5DO8A 3UETA 3W4RA 2WWDA 3AMDA 2W63A 1JNEA 1XYZA 3DECA 4H8UA 3N9KA 5EFDA 3NSXA 2YLLA 4GQQA 3SCVA 2Y24A 1LQ0A 3VUPA 1TG7A 2CHNA 1W1YA 4IISA 5I24A 3ARXA 1JZ8A 3VIGA 2VCBA 4E8CA 1EO7A 2NSXA 5ABFA 2WNWA 4DUXA 4PCTA 2C0HA 5D9OA 2ZICA 2DSVA 3MMWA 2DSUA 3GBDA 1ODZA 5IFTA 1WCGA 2WVTA 5A2AA 4R5EA 3N18A 2Y5EA 4GPNA 2OWXA 2G3MA 2XVLA 4HMEA 1E9LA 9CGTA 3GTNA 2VMFA 3N11A 2GJXA 1CYGA 1E4LA 3AS3A 4Z2GA 1MW0A 2IXUA 1QHZA 5CSYA 4UOZA 4B3KA 3FXYA 2CYGA 4HA3A 4CU6A 3EDDA 3PZGA 1VJSA 2VVNA 3HU7A 5FD0A 3RJXA 1HXJA 1IZJA 1H1NA 1FH9A 3HJEA 4CKQA 5M17A 5E0CA 1CXFA 4AD1A 4D6GA 3GH7A 3VTRA 4CVWA 3U7VA 3UG5A 2EBNA 3A3HA 1R7AA 1Q6FA 1W9UA 5IDIA 1GPFA 1LWJA 1Y7VA 3WD2A 1NQ6A 3A4XA 3GH4A 4XV0A 4PUDA 1NOUA 3ARPA 2PC8A 2FGZA 2XFRA 2G3NA 1FOBA 5FOOA 4TVUA 4AZBA 3U57A 3L2LA 2UWFA 1H0IA 3A4AA 4AEFA 1E3ZA 4AW7A 4J3WA 4NRRA 1Q4NX 2PWFA 1CECA 2RTSA 1WDRA 1DP0A 1WE5A 2PF0A 2VR4A 2FHBA 4V28A 1CIUA 5D4YA 1CLXA 5C70A 1WDSA 4HPGA 1CNVA 3EDKA 3E1F1 1CXLA 5BYWA 1JL8A 4PMNA 5IHRA 2JIWA 3A4WA 4KGLA 4JL2A 2J8FA 3MU7A 3ALFA 1E40A 1OB0A 4X9YA 3BXWA 2ZXDA 1MQPA 4KRTA 2YL8A 1HKMA 2EEXA 2Q8XA 3WEMA 2DH2A 2CKSA 3B9AA 3WDRA 3BCDA 4TUFA 1E6ZA 3UEQA 3THDA 1XC6A 1IT0A 3THCA 4GIAA 3FN9A 4F9JA 1HL8A 2V3GA 4P8VA 2ZOXA 1UZ4A 1ISYA 1B0IA 1P6WA 4KMQA 4ATLA 1FH8A 2O92A 4AZCB 4CD5A 1DEDA 1L8NA 4AZ7A 1AQMA 3APGA 4PUEA 2X09A 4D1JA 3LPPA 2CESA 1NOWA 3W29A 4AMCA 2GDVA 2EPNA 1X6NA 1RP8A 2WK2A 5I6SA 1BTCA 1BSIA 2G3JA 1BGGA 1VFOA 4ACZB 4BQ3A 3FNDA 1IV8A 2BHZA 1W3HA 2XGBA 1R85A 1B3ZA 2W62A 5BROA 1M7XA 2J7BA 1PAMA 4M81A 4FLRA 4A3HA 4C7GA 1HN1A 3W6MA 1GOKA 2QPSA 1CBGA 4CN4A 1LG2A 3ZM8A 3JUGA 3PTKA 4NRSA 1HP4A 2WHLA 2W67A 3WUGA 2OSWA 3ARVA 1WZLA 5CPQA 3WDPP 3ARWA 3DHPA 2XVNA 1WKYA 4F79A 1OINA 2O9RA 3WD4A 2J75A 3AZRA 2E9BA 2IXVA 3DC0A 3B8SA 1V0LA 1PIFA 5EBAA 1F4HA 2OSYA 1MXDA 3T2OA 2EQDA 2TAAA 1V6XA 5LA0A 1NWSA 3AZTA 2WMJA 1JAKA 3J7HA 2VOTA 4M82A 4P7QA 2DT2A 5CJ5A 2A3BA 5A94A 5HOSA 5DEZA 3CLWA 3ALGA 3MS8A 1UR0A 1JYVA 4DWSA 1E73M 2X0YA 3K8MA 2D3LA 4AZGA 3PN8A 4UZUA 3CZLA 4CN6A 4HZ8A 3VGEA 4KGJA 3WNOA 4GXPA 2W61A 2A3AA 1E6RA 2DT1A 4Y7EA 1UD6A 1LL7A 3OZOA 1MYRA 4GI6A 3NDYA 2E0PA 2DPEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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