The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
182
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structure length |
182
|
Chain Sequence |
RVGQVTGLAWTEVGGDLLTIETACVPGKGKLTYTGSLGEVMQESIQAALTVVRARAEKLGINPDFYEKRDIHVHVPEGATPKDGPAAGIAMCTALVSCLTGNPVRADVAMTGEITLRGQVLPIGGLKEKLLAAHRGGIKTVLIPFENKRDLEEIPDNVIADLDIHPVKRIEEVLTLALQNEP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The catalytic domain of Escherichia coli Lon protease has a unique fold and a Ser-Lys dyad in the active site
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
ATP-dependent protease La
|
| total genus |
58
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| structure length |
182
|
| sequence length |
182
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.53: Endopeptidase La. |
| pdb deposition date | 2003-12-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4ED4 A; 1S4E A; 1Z0C A; 4YY3 E; 1FKA E; 1N36 I; 3V5R A; 1PKP A; 2E5L I; 2ZBK B; 4DV0 I; 1XNR I; 4DV4 E; 1XMQ I; 2XEX A; 4YHH I; 3ZZT A; 1KVK A; 4DV3 E; 4RPF A; 4LFB E; 2WW4 A; 1OJ4 A; 4JI6 E; 4KHP I; 4B3S I; 4DPU A; 1BKN A; 1EI1 A; 4DPT A; 3PYF A; 4URL A; 4DR5 E; 1HR0 I; 1Z0E A; 2V34 A; 3J7A G; 2HFS A; 1Z5B A; 1FJG I; 4X64 I; 4DR3 E; 5IWA I; 4DV1 E; 4WUC A; 2HK2 A; 2DEI A; 1MG7 A; 3WU6 A; 4JV5 E; 4LF8 E; 1VIS A; 1Z0T A; 4I3H A; 2J7K A; 1N32 E; 4JI5 I; 2LJP A; 2ZM6 E; 1DAR A; 4FWG A; 3OTO I; 1H72 C; 1NZ0 A; 4DR4 E; 4DV6 E; 2HHH I; 4X66 I; 1FWL A; 2UXC I; 1FWK A; 4B3M E; 1N33 E; 4JI4 E; 4DUZ I; 4LF5 E; 3T1Y I; 4LFA E; 4JI0 E; 1ELO A; 4DPW A; 5LMU E; 4DR7 E; 4DV5 I; 3LPS A; 4PU9 A; 1J5E E; 2HK3 A; 4HAC A; 4DR1 I; 5BR8 I; 3JAM Q; 1XNQ I; 4DV2 I; 1HNW E; 1B63 A; 4DR6 E; 5IT9 Q; 1IBL I; 2UXB I; 2X36 A; 4LF4 I; 3J7A M; 4X62 I; 4NXN I; 4DR2 E; 4JI7 E; 4DUY E; 4LF9 I; 1MU5 A; 1ZM9 A; 4LF6 E; 2AJ4 A; 3H4L A; 2UU9 E; 2EFG A; 3WU5 A; 4JYA E; 4DU7 A; 4EMD A; 1S16 A; 4JI2 I; 1IBK E; 1H73 A; 2A2D A; 2V2V A; 4Z7C A; 4JI8 I; 4JI1 I; 2UUA I; 3GON A; 4OX9 I; 1N36 E; 4GKJ I; 1Z59 A; 4DV3 I; 4LFC I; 1ZM3 A; 2E5L E; 4DV0 E; 1XMQ E; 1PVG A; 3PYE A; 4YHH E; 1EA6 A; 3PYG A; 2VQF I; 1UEK A; 2NPF A; 4FW9 A; 3T1H I; 4R1F A; 1KIJ A; 4B3S E; 1Z0W A; 1N34 I; 5FLX Q; 4UT4 A; 1U2R A; 4PRX A; 4B3T I; 4LF7 E; 1HR0 E; 4K0K E; 1NHJ A; 4USM A; 3M6A A; 1N0U A; 3V2U C; 5FLX C; 2R3V A; 1FJG E; 2UUC I; 4X64 E; 5IWA E; 2R42 A; 1I94 I; 4MYU A; 1ZXM A; 3QT7 A; 4JI3 E; 1FI4 A; 5LMN I; 3HUL A; 2UUB E; 2HKE A; 1HNZ I; 1H74 A; 1H7U A; 3LNU A; 2ZIT A; 3OTO E; 2VF3 A; 4LF5 I; 4X66 E; 1XMO I; 2F4V I; 4GKK I; 2UXC E; 4X65 I; 5LMU I; 3J81 Q; 4DXL A; 4DUZ E; 4ZVI A; 2CZ9 A; 1J5E I; 4DPY A; 1B62 A; 3T1Y E; 4MYT A; 4HY1 A; 4DV5 E; 1PIE A; 4HAC B; 3J81 C; 4DV7 I; 4NXM E; 4DR1 E; 2GS8 A; 3K17 A; 3JAM C; 4B3R I; 5BR8 E; 3K1J A; 2HKJ A; 1HNX I; 4DPX A; 1KKH A; 3B82 A; 1XNQ E; 2VQE I; 4DV2 E; 1Z5C A; 5IT9 C; 1IBM I; 2DEJ A; 3QT5 A; 3D4J A; 1IBL E; 4FWD A; 2UXB E; 2E1R A; 4YY3 I; 3ZZU A; 4LF4 E; 1N0V C; 4X62 E; 2UXD E; 4NXN E; 4DU8 A; 4AQY E; 4LF9 E; 3LTO A; 4DV4 I; 4WUB A; 4JI2 E; 1A6F A; 3B78 A; 4FWH A; 3PYD A; 1ZXN A; 3QT6 A; 2OI2 A; 4LFB I; 4UTG A; 1XNR E; 2BV3 A; 4HXZ A; 1Z0G A; 4JI6 I; 4JI8 E; 4Z7Y A; 4M1K A; 2UUA E; 4JI1 E; 4OX9 E; 5GMD A; 4GKJ E; 4LFC E; 4KHP E; 2V8P A; 4PRV A; 1NHH A; 4DR5 I; 4P52 A; 2VQF E; 1FNM A; 2HFU A; 4FN5 A; 1XHK A; 3T1H E; 4DR3 I; 1D6T A; 4DV1 I; 1ZM4 A; 4JV5 I; 4LF7 I; 4LF8 I; 4K0K I; 1N32 I; 1MX0 A; 1N34 E; 2V2Z A; 1QZR A; 3J80 Q; 2ZM6 I; 4B3T E; 1RRE A; 4JI3 I; 4P7A A; 2UUB I; 5GME A; 4DR4 I; 4JI5 E; 4DV6 I; 2UUC E; 3J80 C; 3ZKD A; 4B3M I; 1I94 E; 1N33 I; 5LMN E; 1K47 A; 4JI4 I; 3Q1Q A; 3WU3 A; 2HHH E; 1RR9 A; 4LFA I; 4JI0 I; 1HNZ E; 4HYM A; 5L3J A; 4DR7 I; 1Z0B A; 1Z0V A; 3F0N A; 2Q2E B; 1WUU A; 1Z5A A; 3QT8 A; 1XMO E; 2F4V E; 4GKK E; 4X65 E; 1HNW I; 4DR6 I; 4NXM I; 1KTV A; 4WUD A; 3ZM7 A; 5A2Q Q; 2A2C A; 1H7S A; 4DR2 I; 1NHI A; 3ZZ0 A; 4JI7 I; 3CWV A; 4DUY I; 4LF6 I; 4DV7 E; 3ZKB A; 2BM0 A; 2UU9 I; 2X7I A; 3WU4 A; 4B3R E; 4JYA I; 1HNX E; 2V2Q A; 5LL6 R; 5A2Q C; 4USK A; 2VQE E; 1ZM2 A; 2BM1 A; 4JG4 A; 2UXD I; 1IBK I; 1IBM E; 4XTJ A; 4KQV A; 4AQY I; 3B8H A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PO0 A; 2PNZ B; 4ED4 A; 1S4E A; 1Z0C A; 4YY3 E; 1FKA E; 3H1C A; 2BA0 D; 1N36 I; 3V5R A; 1PKP A; 2E5L I; 2ZBK B; 2JEB B; 4DV0 I; 1XNR I; 4DV4 E; 1XMQ I; 2XEX A; 5K36 D; 3M85 D; 4LCF A; 5DRQ A; 4YHH I; 4MU3 A; 4IZJ B; 3ZZT A; 1KVK A; 1E3P A; 4DV3 E; 4RPF A; 4LFB E; 2WW4 A; 1VI7 A; 2NN6 D; 1OJ4 A; 4JI6 E; 4KHP I; 4B3S I; 4DPU A; 4IFD C; 2GO4 A; 1BKN A; 3UHM A; 3M7N D; 2F1D A; 1EI1 A; 4DPT A; 4IFD B; 3PYF A; 4URL A; 3NZK A; 3P3E A; 4DR5 E; 1HR0 I; 1Z0E A; 2V34 A; 4U3D A; 2BA1 G; 3J7A G; 2HFS A; 1Z5B A; 1FJG I; 4X64 I; 2GO3 A; 5FWK A; 4DR3 E; 5IWA I; 4DV1 E; 4WUC A; 2HK2 A; 2DEI A; 2Z5B B; 3PS1 A; 1MG7 A; 3WU6 A; 4JV5 E; 4LF8 E; 5K36 B; 1VIS A; 1Z0T A; 4I3H A; 2J7K A; 1N32 E; 4QNJ A; 3M85 G; 4MQY A; 4JI5 I; 2JE6 B; 2LJP A; 2ZM6 E; 4BA1 A; 1DAR A; 1UDS A; 4FWG A; 2NN6 B; 3OTO I; 4FW5 A; 1H72 C; 1NZ0 A; 2JT2 A; 4MDT A; 4DR4 E; 4DV6 E; 2HHH I; 4OO1 D; 5C0X D; 4X66 I; 1FWL A; 5DRO A; 2UXC I; 1FWK A; 4B3M E; 1N33 E; 4JI4 E; 2JEA B; 4DUZ I; 4LF5 E; 4LCH A; 3L7Z A; 3T1Y I; 4JI0 E; 4LFA E; 1ELO A; 4DPW A; 5LMU E; 4ISA A; 4DR7 E; 4DV5 I; 3LPS A; 4PU9 A; 1UDQ A; 1J5E E; 2HK3 A; 4HAC A; 4DR1 I; 4LPF A; 5BR8 I; 3JAM Q; 1XNQ I; 1OYS A; 2PO2 A; 4AIM A; 4U3B A; 1UDO A; 4DV2 I; 1HNW E; 1B63 A; 5DNX A; 4DR6 E; 1USV A; 5IT9 Q; 1IBL I; 3P3G A; 5JEA C; 2UXB I; 2O1T A; 2X36 A; 2WNR B; 4LF4 I; 3J7A M; 2O1W A; 5JEA B; 4X62 I; 4OO1 B; 5C0X B; 4NXN I; 4DR2 E; 4JI7 E; 2C38 A; 4DUY E; 4LF9 I; 1MU5 A; 1ZM9 A; 4LF6 E; 2AJ4 A; 3H4L A; 2UU9 E; 4J3D A; 2EFG A; 3WU5 A; 4BA2 B; 4JYA E; 4DU7 A; 4EMD A; 1S16 A; 4JI2 I; 2Z5C B; 4IS9 A; 3DD6 A; 2CG9 A; 1IBK E; 2PO0 B; 1H73 A; 2A2D A; 2V2V A; 4Z7C A; 4JI8 I; 4JI1 I; 2UUA I; 3GON A; 4OX9 I; 4IZK A; 1N36 E; 4GKJ I; 3K85 A; 2IOQ A; 4MU1 A; 1Z59 A; 5EKW A; 4DV3 I; 4LFC I; 3KRN A; 1ZM3 A; 2E5L E; 4MU0 A; 4DV0 E; 1PVG A; 1YHC A; 3PYE A; 1XMQ E; 4YHH E; 1EA6 A; 3PYG A; 3HJC A; 2VQF I; 4IFD F; 1UEK A; 2NPF A; 4FW9 A; 2VES A; 3P06 A; 3T1H I; 4R1F A; 4FW6 A; 1KIJ A; 2BR2 A; 4B3S E; 1Z0W A; 3U1K A; 1N34 I; 5FLX Q; 4UT4 A; 2AE8 A; 5K36 C; 2BA0 G; 1U2R A; 4PRX A; 4B3T I; 4LF7 E; 1HR0 E; 2C37 A; 2WP8 A; 2C39 A; 4K0K E; 1NHJ A; 4USM A; 3M6A A; 1N0U A; 3V2U C; 2CVE A; 2NN6 C; 5FLX C; 2R3V A; 1FJG E; 2UUC I; 4X64 E; 5IWA E; 2R42 A; 1I94 I; 1ZXM A; 4MYU A; 3QT7 A; 4JI3 E; 1FI4 A; 5LMN I; 3HUL A; 2UUB E; 2HKE A; 3PS3 A; 3M7N G; 1HNZ I; 4BA1 B; 1H74 A; 1H7U A; 3LNU A; 2ZIT A; 3OTO E; 2PNM A; 2VF3 A; 1Y5Y A; 5EL9 A; 4LF5 I; 4X66 E; 2O3Z A; 1XMO I; 2F4V I; 1OYP A; 2GQ0 A; 4GKK I; 2UXC E; 4X65 I; 5LMU I; 2PNL A; 3J81 Q; 4DXL A; 4DUZ E; 4ZVI A; 2CZ9 A; 1J5E I; 4DPY A; 3L7Z B; 1B62 A; 2IER A; 3T1Y E; 4MYT A; 4IFD E; 4HY1 A; 4LCG A; 1USU A; 4OZE A; 4DV5 E; 1PIE A; 4FW4 A; 4HAC B; 3J81 C; 4DV7 I; 4NXM E; 4DR1 E; 4NBQ A; 2GS8 A; 4OO1 C; 5C0X C; 3K17 A; 3JAM C; 4B3R I; 5BR8 E; 3K1J A; 2HKJ A; 3GME A; 1HNX I; 4DPX A; 1KKH A; 3B82 A; 5JEA F; 2PO2 B; 1XNQ E; 4FW3 A; 2PO1 A; 2VQE I; 4DV2 E; 1Z5C A; 5IT9 C; 4AM3 A; 4AID A; 1IBM I; 2DEJ A; 3QT5 A; 1HK7 A; 3D4J A; 1IBL E; 4FWD A; 5K36 E; 2UXB E; 2E1R A; 2PNZ A; 4YY3 I; 3ZZU A; 4LF4 E; 1N0V C; 4X62 E; 2C38 B; 2UXD E; 4NXN E; 2PO1 B; 4DU8 A; 4AQY E; 4LF9 E; 2NN6 E; 3LTO A; 2JEB A; 1Y6Z A; 4LOM A; 4DV4 I; 4WUB A; 2BA1 D; 1RHY A; 1Y4S A; 4JI2 E; 3U1Y A; 1XXE A; 4IZJ A; 1A6F A; 3B78 A; 3GLL A; 4FWH A; 3PYD A; 1ZXN A; 3QT6 A; 4AQY I; 2OI2 A; 4LFB I; 2IES A; 4UTG A; 1XNR E; 2BV3 A; 4HXZ A; 1Z0G A; 4JI6 I; 4JI8 E; 4Z7Y A; 4M1K A; 2UUA E; 4JI1 E; 4IZK B; 4QNK A; 4OX9 E; 5GMD A; 4GKJ E; 3GCM A; 4IFD A; 4LFC E; 4KHP E; 2V8P A; 4PRV A; 1NHH A; 4FW7 A; 4DR5 I; 4P52 A; 2VQF E; 1FNM A; 2HFU A; 4FN5 A; 3P3C A; 1XHK A; 3T1H E; 4DR3 I; 1D6T A; 4DV1 I; 2BR2 B; 5K36 F; 1ZM4 A; 4JV5 I; 4LF7 I; 2Z5B A; 4LF8 I; 5K36 A; 4K0K I; 5JEA E; 4OO1 E; 1N32 I; 5C0X E; 1MX0 A; 1N34 E; 2V2Z A; 1QZR A; 4OKG A; 3PRY A; 2JE6 A; 3J80 Q; 2NN6 F; 2ZM6 I; 4B3T E; 2CGE A; 2C37 B; 1RRE A; 2C39 B; 2WP8 B; 2IOP A; 2NN6 A; 4JI3 I; 1OYR A; 5DRR A; 4P7A A; 2UUB I; 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2E5L I; 2ZBK B; 4DV0 I; 1XNR I; 4DV4 E; 1XMQ I; 2XEX A; 4YHH I; 4IZJ B; 3ZZT A; 1KVK A; 4DV3 E; 4RPF A; 4LFB E; 2WW4 A; 1OJ4 A; 4JI6 E; 4KHP I; 4B3S I; 4DPU A; 1BKN A; 1EI1 A; 4DPT A; 3PYF A; 4URL A; 4DR5 E; 1HR0 I; 1Z0E A; 2V34 A; 3J7A G; 2HFS A; 1Z5B A; 1FJG I; 4X64 I; 5FWK A; 4DR3 E; 5IWA I; 4DV1 E; 4WUC A; 2HK2 A; 2DEI A; 2Z5B B; 1MG7 A; 3WU6 A; 4JV5 E; 4LF8 E; 1VIS A; 1Z0T A; 4I3H A; 2J7K A; 1N32 E; 4JI5 I; 2LJP A; 2ZM6 E; 1DAR A; 4FWG A; 3OTO I; 1H72 C; 1NZ0 A; 4DR4 E; 4DV6 E; 2HHH I; 4X66 I; 1FWL A; 2UXC I; 1FWK A; 4B3M E; 1N33 E; 4JI4 E; 4DUZ I; 4LF5 E; 3T1Y I; 4LFA E; 4JI0 E; 1ELO A; 4DPW A; 5LMU E; 4DR7 E; 4DV5 I; 3LPS A; 4PU9 A; 1J5E E; 2HK3 A; 4HAC A; 4DR1 I; 5BR8 I; 3JAM Q; 1XNQ I; 4DV2 I; 1HNW E; 1B63 A; 4DR6 E; 1USV A; 5IT9 Q; 1IBL I; 2UXB I; 2O1T A; 2X36 A; 4LF4 I; 3J7A M; 2O1W A; 4X62 I; 4NXN I; 4DR2 E; 4JI7 E; 4DUY E; 4LF9 I; 1MU5 A; 1ZM9 A; 4LF6 E; 2AJ4 A; 3H4L A; 2UU9 E; 2EFG A; 3WU5 A; 4JYA E; 4DU7 A; 4EMD A; 1S16 A; 4JI2 I; 2Z5C B; 2CG9 A; 1IBK E; 1H73 A; 2A2D A; 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