The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
145
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structure length |
145
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Chain Sequence |
INPNKLELEERVVAVNRVAKVVKGGRRLRFSALVVVGDKNGHVGFGTGKAQEVPEAIRKAIEDAKKNLIEVPIVGTTIPHEVIGHFGAGEIILKPASEGTGVIAGGPARAVLELAGISDILSKSIGSNTPINMVRATFDGLKQLK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The structure of ribosomal protein S5 reveals sites of interaction with 16S rRNA.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
RIBOSOMAL PROTEIN S5
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| molecule tags |
Ribosomal protein
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| source organism |
Geobacillus stearothermophilus
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| total genus |
37
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| structure length |
145
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| sequence length |
145
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1993-08-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00333 | Ribosomal_S5 | Ribosomal protein S5, N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Double Stranded RNA Binding Domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KHX A; 4JI1 E; 1H73 A; 4LF7 I; 2F4V E; 4DV6 E; 3PYD A; 3J80 C; 4I3H A; 1UEK A; 4PU9 A; 2LRS A; 1I94 E; 4NXN E; 3B78 A; 4X64 I; 4HY1 A; 1YYW A; 4DR7 I; 4JI5 E; 4ED4 A; 4HAC B; 4B3R E; 1N34 E; 1J26 A; 3ZKB A; 4LFB E; 4EMD A; 4NXM I; 1BKN A; 1HNX I; 4UT4 A; 4DR2 I; 2HK2 A; 1NHH A; 5IWA E; 2DIX A; 4LF8 E; 3HTX A; 4JI1 I; 3T1H E; 2F4V I; 1XMO E; 4DV6 I; 3D4J A; 4DV5 I; 5L3J A; 1FKA E; 4X8W A; 1O0W A; 1YZ9 A; 4NXN I; 1I94 I; 2N3G A; 3J81 Q; 4JI5 I; 4DV1 E; 2VQF E; 4B3R I; 1N34 I; 4DU7 A; 4DR1 E; 4LFB I; 1ZBT A; 4X65 E; 5IWA I; 2ZM6 E; 4JI3 E; 4RPF A; 4LF8 I; 1MU5 A; 5LMU E; 2BV3 A; 3JAM Q; 1B63 A; 3T1H I; 1XMO I; 4MYT A; 2B7V A; 3T1Y E; 2LTS A; 1X47 A; 4DV1 I; 4JYA E; 2VQF I; 4FWG A; 2CPN A; 2ZBK B; 4DR1 I; 3V5R A; 4XTJ A; 4DR5 E; 4OOG C; 4X65 I; 2NPF A; 2X36 A; 2ZM6 I; 2A2D A; 4JI3 I; 3LTO A; 2JY9 A; 1HNZ E; 5LMU I; 3Q1Q A; 1QU6 A; 2J7K A; 2R3V A; 1IBK E; 2BM0 A; 2HKE A; 3T1Y I; 3HUL A; 4DV0 E; 1Z0B A; 2UUA E; 4LFC E; 4DV7 E; 4B3T E; 5FLX Q; 1PIE A; 4AQY E; 4JYA I; 3WU6 A; 1ZXN A; 1IBM E; 2VF3 A; 3C4T A; 2HFS A; 2L3J A; 1DI2 A; 2N3H A; 1A6F A; 4DR5 I; 2DEI A; 5IT9 Q; 1WUU A; 4KQV A; 2DB2 A; 1XNR E; 1HNZ I; 1H7U A; 4LF4 E; 5A2Q Q; 4DKK A; 1GQE A; 3WU4 A; 2HFU A; 4DV0 I; 3J7A M; 4LFC I; 2UUA I; 4DV7 I; 4B3T I; 1KKH A; 3F0N A; 4AQY I; 3WU3 A; 3LPS A; 1IBM I; 3J80 Q; 4Z7C A; 1J5E E; 1PVG A; 2ZIT A; 2LUQ A; 4DPU A; 1XNR I; 2RS6 A; 4LF4 I; 2HK3 A; 4DUY E; 1EA6 A; 4M30 A; 2OI2 A; 2L33 A; 2BM1 A; 3H4L A; 4OX9 E; 3VYX A; 1KTV A; 4DPW A; 4FN5 A; 1Z0E A; 1J5E I; 3QT6 A; 2IHR 1; 4KHP E; 4USM A; 5LL6 R; 4DU8 A; 1YYK A; 2UXB E; 1T4N A; 2V2Q A; 1VIS A; 1Z0G A; 1NHI A; 1STU A; 1FNM A; 3PYF A; 3VYY A; 3LNU A; 1S4E A; 4DUY I; 4LF6 E; 2NA2 A; 2E1R A; 1RC7 A; 4JI0 E; 3B82 A; 1UHZ A; 4OX9 I; 2MDR A; 1YYO A; 4JI8 E; 1NHJ A; 4JI2 E; 4LFA E; 1ZXM A; 3ZM7 A; 2YT4 A; 3PYG A; 3ZZT A; 4FWH A; 1ELO A; 4KHP I; 5BR8 E; 1MG7 A; 2UXB I; 4WUC A; 2LBS B; 3CWV A; 2UU9 E; 4PRV A; 4LF6 I; 3QT5 A; 2LTR A; 4JI0 I; 4JV5 E; 1OJ4 A; 1Z5A A; 2V2V A; 2LJP A; 2RS7 A; 4HXZ A; 2VQE E; 1X48 A; 4JI8 I; 2UUB E; 1HNW E; 3K17 A; 3QT7 A; 4JI2 I; 4LFA I; 3J7A G; 1Z5B A; 2NUF A; 4PRX A; 5GMD A; 3ADL A; 3M6A A; 2LUP B; 5BR8 I; 5LMN E; 2A2C A; 4X62 E; 1XMQ E; 2UU9 I; 4P52 A; 4DPT A; 4DR6 E; 4URL A; 4JV5 I; 3J7Y p; 2UXC E; 1FJG E; 2V8P A; 1X49 A; 3WU5 A; 2VQE I; 2UUB I; 1HNW I; 4GKJ E; 1IBK I; 4JI6 E; 3ZZU A; 4DV4 E; 1Z0T A; 5LMN I; 1DAR A; 4X62 I; 1XMQ I; 1H72 C; 4FW9 A; 3V2U C; 4JI7 E; 4DR6 I; 4Z7Y A; 2X7I A; 2UXC I; 4P7A A; 1FJG I; 1HR0 E; 4GKJ I; 4JI6 I; 2RSM A; 1D6T A; 2R42 A; 1XNQ E; 4X66 E; 2WW4 A; 1N33 E; 1RQ0 A; 4DPY A; 2NUG A; 4WFT A; 1T4O A; 4YY3 E; 3QT8 A; 1MX0 A; 4DV5 E; 4M1K A; 2DEJ A; 2EFG A; 4JI7 I; 4DV2 E; 5CFF E; 2L2N A; 1K47 A; 1HR0 I; 2V34 A; 3B8H A; 1IBL E; 4GKK E; 4B3M E; 1WHQ A; 4USK A; 1XNQ I; 3ADI A; 4X66 I; 1N33 I; 2GS8 A; 1KVK A; 4B3S E; 4YY3 I; 1N32 E; 3GON A; 1N0V C; 4DV2 I; 2DMY A; 1EKZ A; 3PYE A; 2UXD E; 4DR4 E; 2Q2E B; 1ZM9 A; 1FI4 A; 1RRE A; 1IBL I; 4GKK I; 4B3M I; 3ZKD A; 4LF9 E; 2L2M A; 3J81 C; 4HAC A; 4HYM A; 1NZ0 A; 4DV3 E; 2L3C A; 1Z0V A; 1PKP A; 3OTO E; 2HHH E; 1U2R A; 1EI1 A; 4UTG A; 1UIL A; 4B3S I; 4M2Z A; 1Z5C A; 2LJH A; 3ADJ A; 1N32 I; 4WYQ B; 4WUB A; 3JAM C; 1WHN A; 2NUE A; 2UUC E; 2UXD I; 4DR4 I; 2E5L E; 4ZVI A; 4DR3 E; 3LLH A; 3ADG A; 4JI4 E; 4K0K E; 3P1X A; 4LF9 I; 1N36 E; 2HKJ A; 1Z0W A; 3K1J A; 1XHK A; 4DV3 I; 1Z0C A; 4FWD A; 3OTO I; 2HHH I; 3C4B A; 1N0U A; 1H74 A; 2V2Z A; 1FWL A; 4LF5 E; 2CZ9 A; 4WUD A; 1Z59 A; 4DPX A; 4DUZ E; 1ZM4 A; 4DXL A; 2AJ4 A; 2UUC I; 2EZ6 A; 1RR9 A; 2E5L I; 4JG4 A; 4DR3 I; 4YHH E; 4JI4 I; 1B62 A; 2RTX A; 4K0K I; 5GME A; 5FLX C; 1N36 I; 1FWK A; 2B3T B; 4LF7 E; 1ZM2 A; 1KIJ A; 4MYU A; 2B7T A; 1T4L B; 1H7S A; 5IT9 C; 4R1F A; 4LF5 I; 4X64 E; 4DR7 E; 2L2K B; 1S16 A; 1QZR A; 2XEX A; 4DUZ I; 3ZZ0 A; 5A2Q C; 4NXM E; 1ZM3 A; 2JVA A; 4DV4 I; 1HNX E; 4DR2 E; 4YHH I; #chains in the Genus database with same CATH topology 3AUZ A; 2BA1 G; 2G7H A; 5DNY A; 2O1T A; 1ZBQ A; 2KHX A; 4JI1 E; 1EH6 A; 1H73 A; 3NZK A; 4LF7 I; 2F4V E; 4DV6 E; 3PYD A; 4FW4 A; 3J80 C; 2GPI A; 1YUI A; 4MU3 A; 2NN6 C; 2LO3 A; 4I3H A; 4FW3 A; 1UEK A; 2NN6 B; 4PU9 A; 4AM3 A; 3HJC A; 2LRS A; 1I94 E; 4NXN E; 2LMZ A; 2GO4 A; 3B78 A; 4X64 I; 4HY1 A; 1YYW A; 5C0X D; 4AIM A; 4DR7 I; 2ENH A; 4O4K A; 5KL4 A; 2YU5 A; 4JI5 E; 3HKM A; 4ED4 A; 2NAB A; 4HAC B; 1YH8 A; 5DNX A; 3KZY A; 3VHT B; 5KL3 A; 1YSA C; 3ZOQ B; 4B3R E; 2R1F A; 2DRP A; 2EN7 A; 1WRJ A; 1N34 E; 1J26 A; 3ZKB A; 4LFB E; 4EMD A; 5A6B A; 2O3Z A; 4NXM I; 5LLQ A; 3VK6 A; 1BKN A; 2HGH A; 1HNX I; 3CDI A; 4UT4 A; 5AC4 A; 2HK2 A; 4DR2 I; 1NHH A; 5IWA E; 1SFE A; 2F1D A; 2DIX A; 4N3O A; 5ELW A; 3PRY A; 4LF8 E; 3HTX A; 4R2Q A; 2GQ0 A; 5AE1 A; 4JI1 I; 2EOJ A; 2EPM X; 3T1H E; 1RMD A; 2F4V I; 2EN3 A; 1XMO E; 4IZK A; 5A6A A; 3D4J A; 2KOU A; 4DV5 I; 2EQ3 A; 2WP8 B; 5DRO A; 4DV6 I; 5L3J A; 1JK1 A; 1FKA E; 4X8W A; 2ELZ A; 1O0W A; 1YZ9 A; 4TUI A; 2WNR A; 4NXN I; 1I94 I; 4QNK A; 2N3G A; 1SR9 A; 1JK2 A; 2HJJ A; 3J81 Q; 2DSY A; 1R6L A; 4DV1 E; 2IER A; 4JI5 I; 2VQF E; 2EOM A; 4B3R I; 4L8N A; 2C38 B; 1N34 I; 4DU7 A; 4DR1 E; 4O5G A; 2PRT A; 1ZBT A; 2AE8 A; 4LFB I; 4LOM A; 4R03 A; 2YRK A; 5AC5 A; 4X65 E; 1RHY A; 5K36 C; 5IWA I; 1X6H A; 2Q8U A; 2ZM6 E; 4JI3 E; 5K36 B; 4RPF A; 4LF8 I; 1MU5 A; 2BA0 G; 2EOZ A; 2PNM A; 5LMU E; 2IOQ A; 2BV3 A; 2IOP A; 3JAM Q; 2PO0 A; 1B63 A; 1BB8 A; 3T1H I; 5TSE A; 1XMO I; 1MEY C; 2ENA A; 4MYT A; 2FGG A; 2A25 A; 2B7V A; 5A6B D; 3T1Y E; 1G2F C; 1IMU A; 5C0X C; 5C0X B; 2YTO A; 2LTS A; 4IZJ B; 1X47 A; 1A1J A; 1Y4U A; 4DV1 I; 2JEA B; 2CVE A; 2EWL A; 4JYA E; 4FWG A; 2CPN A; 4IS9 A; 2VQF I; 2ZBK B; 2EMK A; 4DV3 I; 1E3P A; 3Q6M A; 4DR1 I; 3V5R A; 5F3W A; 4XTJ A; 4DR5 E; 5JEA D; 4OOG C; 3H1C A; 4O24 A; 4F6M A; 5A69 A; 4X65 I; 2NPF A; 2X36 A; 2ZM6 I; 2A2D A; 4JI3 I; 3LTO A; 2HC5 A; 5K36 E; 2JY9 A; 1HNZ E; 5LMU I; 3Q6N A; 1QU6 A; 2J7K A; 5JEA F; 3Q1Q A; 2EPZ A; 2V89 A; 2R3V A; 4R2C A; 1IBK E; 2YTD A; 2Z5B B; 2GHF A; 2V88 A; 4NHR A; 4ZYH A; 2PO2 B; 2BR2 A; 2BM0 A; 4GZN C; 2HKE A; 2EN1 A; 2EN6 A; 4BS9 A; 3T1Y I; 3HUL A; 4DV0 E; 1QNT A; 1EH8 A; 1Z0B A; 2UUA E; 4LFC E; 4DV7 E; 1A1H A; 4GEQ B; 4B3T E; 5FLX Q; 5KL6 A; 1PIE A; 1A1G A; 3F6G A; 2CGE A; 4AQY E; 4JYA I; 3WU6 A; 1ZXN A; 3C6M A; 1IBM E; 5EKW A; 2C37 A; 2VF3 A; 3C4T A; 2HFS A; 3IWB A; 2L3J A; 1DI2 A; 1R6M A; 2N3H A; 1A6F A; 3KWR A; 2DEI A; 1Y5Y A; 1A1K A; 4DR5 I; 1WUU A; 5IT9 Q; 1X5W A; 4BC9 A; 2EOF A; 4Q28 A; 4R2A A; 4KQV A; 2EL6 A; 2DB2 A; 2EPC A; 1VI7 A; 1XNR E; 4F54 A; 1HNZ I; 4LTY A; 3P3C A; 2MKN A; 1H7U A; 1Z1B A; 4LF4 E; 1X3C A; 2FTX B; 5A2Q Q; 4NZV A; 4DKK A; 1GQE A; 3WU4 A; 5DRP A; 1YHC A; 1NEI A; 2HFU A; 4MU1 A; 2EL4 A; 2YRH A; 2M9A A; 4DV0 I; 4F9B B; 3J7A M; 1WXR A; 4X9J A; 4LFC I; 2UUA I; 2O1U A; 3GME A; 4ISA A; 4DU8 A; 4DV7 I; 4MU4 A; 2WBT A; 2EM6 A; 1TN9 A; 1KKH A; 3F0N A; 4BA1 A; 1UN6 B; 4J3D A; 4AQY I; 2V83 A; 3DD6 A; 3LPS A; 3WU3 A; 1IBM I; 1TF3 A; 2JR1 A; 4IZK B; 4OO1 C; 1YUJ A; 5DNL A; 3J80 Q; 4OO1 B; 2I9I A; 3IWD A; 4IS1 C; 2R76 A; 2PNZ A; 4R8O A; 1X6E A; 3L7Z B; 5KL5 A; 4Z7C A; 2EM3 A; 1J5E E; 2WNR B; 1PVG A; 5ADZ A; 2MKD A; 4IFD C; 2ZIT A; 2LUQ A; 2YPN A; 2YWQ A; 4IFD B; 4DPU A; 1XNR I; 5AE3 A; 2RS6 A; 4LF4 I; 3HQ1 A; 2O1W A; 3K6Q A; 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