The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
53
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sequence length |
198
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structure length |
195
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Chain Sequence |
KLFITEGYEVGRVNGLAVIGESAGIVLPIIAEVTPSMEGRVIATGRLQEIAREAVMNVSAIIKKYTGRDISNMDVHIQFVGTYEGVEGDSASISIATAVISAIEGIPVDQSVAMTGSLSVKGEVLPVGGVTQKIEAAIQAGLKKVIIPKDNIDDVLLDAEHEGKIEVIPVSRINEVLEHVLEDGKKKNRLMSKFK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Pathological crystallography: case studies of several unusual macromolecular crystals.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Putative protease La homolog type
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Archaeoglobus fulgidus
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| total genus |
53
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| structure length |
195
|
| sequence length |
198
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.53: Endopeptidase La. |
| pdb deposition date | 2005-03-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3B78 A; 1NZ0 A; 3F0N A; 3QT8 A; 4USM A; 1KVK A; 4RPF A; 3QT6 A; 1ZM2 A; 4X64 I; 2BM1 A; 3LTO A; 4DV4 E; 4DV6 I; 5BR8 I; 4PU9 A; 3ZM7 A; 1FWK A; 4JI5 I; 4USK A; 4JI3 I; 5LMN I; 4UTG A; 2ZM6 E; 1MG7 A; 2EFG A; 2WW4 A; 1QZR A; 3J7A M; 2HFU A; 2Q2E B; 1Z0V A; 4LF6 I; 1NHH A; 2VF3 A; 1DAR A; 4Z7Y A; 4DR6 E; 1XNR E; 4DU8 A; 4DV5 E; 1FJG I; 4DR2 I; 2XEX A; 1PVG A; 2A2D A; 2UXB E; 3V5R A; 1HNW E; 1I94 E; 4B3S E; 3LNU A; 5L3J A; 4Z7C A; 4DXL A; 4DV1 I; 4GKJ E; 3K17 A; 1FWL A; 2UUC I; 4B3M E; 1HR0 E; 1ELO A; 1FKA E; 4DV4 I; 1Z5A A; 4JI4 E; 2BM0 A; 3OTO E; 5FLX C; 2HHH E; 1OJ4 A; 4AQY E; 1N34 E; 4DV3 E; 2ZM6 I; 5LL6 R; 4EMD A; 4MYU A; 3GON A; 2AJ4 A; 1XHK A; 4DR6 I; 4DR3 I; 2LJP A; 2CZ9 A; 2VQE E; 1XNR I; 2ZIT A; 4B3R E; 4DV5 I; 4PRX A; 2VQF E; 4DR7 E; 3J80 Q; 4LFC E; 2R3V A; 1XMQ E; 1HNW I; 2A2C A; 1I94 I; 4B3S I; 3ZZT A; 4LFB I; 3QT7 A; 2V2Q A; 1Z0B A; 4JI7 I; 3K1J A; 4GKJ I; 1WUU A; 4KQV A; 4DPX A; 1XNQ E; 3B82 A; 1HR0 I; 4LF5 E; 1RR9 A; 3ZZ0 A; 1Z0T A; 2UXC E; 4JI4 I; 3OTO I; 2GS8 A; 1H73 A; 2HHH I; 3J7A G; 1H7S A; 4JI6 E; 2J7K A; 4FWD A; 5IWA I; 4AQY I; 4DV3 I; 1Z59 A; 4DV0 E; 1ZM3 A; 4LF4 E; 3ZKD A; 2F4V E; 5IT9 C; 3PYD A; 4X66 E; 3V2U C; 1IBM I; 1FI4 A; 2V2Z A; 5FLX Q; 2VQF I; 2X7I A; 4DR7 I; 4NXN E; 4LFC I; 1HNZ E; 4JI8 E; 3WU5 A; 4URL A; 3J81 C; 2R42 A; 3QT5 A; 2V34 A; 4JI2 E; 1XNQ I; 3WU4 A; 1B62 A; 4K0K E; 4LF9 E; 4DV2 E; 3PYG A; 2UXC I; 4LFA I; 4FWG A; 4FW9 A; 1NHJ A; 4DU7 A; 2BV3 A; 4JI6 I; 2V2V A; 4KHP E; 4DV0 I; 4GKK E; 1Z0W A; 1N36 E; 2ZBK B; 1N0U A; 4ED4 A; 1H7U A; 1PKP A; 2F4V I; 4DV7 E; 1Z5B A; 2UU9 E; 4LF7 E; 2UXD E; 4JI1 E; 1IBL E; 4HY1 A; 1EA6 A; 4NXN I; 4M1K A; 1HNZ I; 4LF8 E; 4JI8 I; 4DPU A; 1IBK E; 4DPY A; 3LPS A; 4JV5 E; 5A2Q C; 1ZM9 A; 2HK2 A; 4JI2 I; 5IT9 Q; 4PRV A; 1KTV A; 2E1R A; 1J5E E; 3T1H E; 1KIJ A; 1ZXN A; 1A6F A; 1K47 A; 3WU6 A; 4LF9 I; 4K0K I; 4DV2 I; 3PYE A; 2UXB I; 1VIS A; 4DUY E; 4FN5 A; 4DR4 E; 1ZM4 A; 3J81 Q; 3JAM C; 4X64 E; 3T1Y E; 4GKK I; 1N36 I; 1ZXM A; 4B3M I; 2E5L E; 5LMN E; 4DV7 I; 2UU9 I; 4LF7 I; 4B3T E; 2UXD I; 4JI1 I; 4DUZ E; 1N34 I; 1IBL I; 4X65 E; 1HNX E; 4XTJ A; 4HXZ A; 4LF8 I; 1IBK I; 1EI1 A; 2OI2 A; 3ZZU A; 4NXM E; 3HUL A; 2NPF A; 5LMU E; 1N32 E; 2HK3 A; 5GMD A; 2HKE A; 3M6A A; 2VQE I; 1J5E I; 3T1H I; 4JG4 A; 4B3R I; 1N0V C; 4YY3 E; 1RRE A; 1XMO E; 4OX9 E; 1MU5 A; 4DV1 E; 3ZKB A; 2V8P A; 1XMQ I; 2UUC E; 4DUY I; 1MX0 A; 4HYM A; 4DR4 I; 5A2Q Q; 3T1Y I; 1Z5C A; 1S4E A; 1BKN A; 4P52 A; 5GME A; 1Z0G A; 2UUB E; 4HAC A; 4HAC B; 4P7A A; 2E5L I; 3J80 C; 4LF5 I; 4DPT A; 4WUC A; 4JI0 E; 4B3T I; 2HKJ A; 1PIE A; 4YHH E; 1Z0C A; 4DUZ I; 4X65 I; 3JAM Q; 4DR1 E; 1HNX I; 4DR3 E; 4X62 E; 3H4L A; 4WUB A; 4JYA E; 4ZVI A; 4LF4 I; 1Z0E A; 4NXM I; 5LMU I; 1N32 I; 4X66 I; 1B63 A; 2UUA E; 4WUD A; 1N33 E; 2HFS A; 1FNM A; 2DEJ A; 4LFB E; 4YY3 I; 1H74 A; 1XMO I; 4OX9 I; 4JI7 E; 3PYF A; 4DPW A; 3CWV A; 2UUB I; 3Q1Q A; 4DR5 E; 5IWA E; 1NHI A; 4JI0 I; 4UT4 A; 4FWH A; 2DEI A; 4YHH I; 4KHP I; 4DR1 I; 4MYT A; 4DV6 E; 5BR8 E; 1IBM E; 4X62 I; 4JI5 E; 4JI3 E; 4JYA I; 1D6T A; 1U2R A; 4I3H A; 1KKH A; 4LF6 E; 2UUA I; 1N33 I; 1UEK A; 2X36 A; 3D4J A; 3WU3 A; 4JV5 I; 1H72 C; 1FJG E; 4DR2 E; 4R1F A; 3B8H A; 1S16 A; 4LFA E; 4DR5 I; #chains in the Genus database with same CATH topology 5JEA E; 3B78 A; 4MU1 A; 1NZ0 A; 1Y4U A; 3F0N A; 3QT8 A; 4USM A; 1KVK A; 4RPF A; 3QT6 A; 2PO1 A; 4IZJ B; 1ZM2 A; 5K36 B; 4OO1 F; 2PNM A; 4X64 I; 2BM1 A; 3LTO A; 4DV4 E; 4DV6 I; 5BR8 I; 4PU9 A; 5DRQ A; 3ZM7 A; 1YH8 A; 1FWK A; 4JI5 I; 4USK A; 2IOQ A; 2O1U A; 4JI3 I; 5LMN I; 4UTG A; 2ZM6 E; 1MG7 A; 2EFG A; 2IER A; 4MU4 A; 4IFD A; 4IFD B; 2WW4 A; 1QZR A; 3J7A M; 2HFU A; 2Q2E B; 1Z0V A; 3HKM A; 4LF6 I; 1NHH A; 2VF3 A; 1DAR A; 4Z7Y A; 4DR6 E; 3P3E A; 1XNR E; 4DU8 A; 2WP8 B; 4DV5 E; 1FJG I; 2PO2 A; 4DR2 I; 2PO2 B; 2XEX A; 1PVG A; 1UDN A; 2A2D A; 2UXB E; 3V5R A; 1HNW E; 1I94 E; 2BA0 G; 4B3S E; 3LNU A; 5L3J A; 4MDT A; 4GQU A; 4Z7C A; 4DXL A; 4U3D A; 4DV1 I; 4GKJ E; 3K17 A; 4FW6 A; 4ISA A; 5K36 F; 1Y6Z A; 1FWL A; 2UUC I; 1XXE A; 3PS3 A; 4B3M E; 2C37 A; 1HR0 E; 2C37 B; 2PNZ A; 1ELO A; 1FKA E; 4IZK A; 4OO1 E; 4DV4 I; 1Z5A A; 4JI4 E; 2BM0 A; 3OTO E; 5FLX C; 2HHH E; 1OJ4 A; 1E3H A; 1R6M A; 2JE6 A; 4IFD F; 3PRY A; 4AQY E; 4MU3 A; 1N34 E; 4DV3 E; 2ZM6 I; 5LL6 R; 4EMD A; 4MYU A; 1USU A; 3GON A; 3B4T A; 2O1T A; 4QNK A; 2CG9 A; 2AJ4 A; 1XHK A; 3P76 A; 4DR6 I; 4DR3 I; 2LJP A; 2CZ9 A; 2VQE E; 1XNR I; 2ZIT A; 4B3R E; 4DV5 I; 4PRX A; 2VQF E; 4DR7 E; 2C39 A; 3J80 Q; 4LFC E; 2R3V A; 1XMQ E; 1HNW I; 2A2C A; 1I94 I; 2F1D A; 4B3S I; 2Z5B A; 3ZZT A; 2Z5B B; 3QT7 A; 4LFB I; 2V2Q A; 3HJC A; 1Z0B A; 4JI7 I; 2GO3 A; 3K1J A; 5C0X A; 4GKJ I; 1WUU A; 4KQV A; 4DPX A; 1XNQ E; 3B82 A; 2JT2 A; 2JEB A; 1HR0 I; 4LF5 E; 1RR9 A; 4N3O A; 3ZZ0 A; 1Z0T A; 2AE8 A; 2UXC E; 5K36 C; 4JI4 I; 3OTO I; 2GS8 A; 1H73 A; 2HHH I; 3J7A G; 4OO1 D; 1H7S A; 4JI6 E; 2J7K A; 4FWD A; 2NN6 C; 2O1V A; 5IWA I; 4AQY I; 4IFD E; 4DV3 I; 4BA2 A; 1Z59 A; 4DV0 E; 3NZK A; 4NBQ A; 1USV A; 3U1K A; 1ZM3 A; 2PO1 B; 5JEA C; 4LF4 E; 3ZKD A; 2F4V E; 5IT9 C; 1UDO A; 3PYD A; 4X66 E; 3V2U C; 1IBM I; 1FI4 A; 1OYP A; 2V2Z A; 5ELW A; 5FLX Q; 3PS1 A; 1OYR A; 2VQF I; 2X7I A; 4DR7 I; 4NXN E; 2C38 A; 4LFC I; 2IES A; 1HNZ E; 4JI8 E; 3WU5 A; 4URL A; 3J81 C; 2R42 A; 3M85 G; 3PS2 A; 3QT5 A; 2V34 A; 4JI2 E; 3P06 A; 4FW7 A; 4AM3 A; 1XNQ I; 3WU4 A; 1B62 A; 4K0K E; 4IZJ D; 4LF9 E; 4DV2 E; 3PYG A; 5K36 D; 2UXC I; 1RHY A; 3L7Z A; 4LFA I; 4FWG A; 4BA1 A; 4FW9 A; 4BA1 B; 1NHJ A; 4DU7 A; 2BV3 A; 2NN6 D; 4JI6 I; 2V2V A; 4KHP E; 4DV0 I; 4GKK E; 1Z0W A; 1N36 E; 2ZBK B; 5JEA D; 1N0U A; 4ED4 A; 1H7U A; 1PKP A; 2PNZ B; 2F4V I; 4DV7 E; 1Z5B A; 4LOM A; 4IZK B; 2UU9 E; 2BA1 G; 4LF7 E; 3M7N G; 2UXD E; 4OO1 C; 2JE6 B; 4JI1 E; 1IBL E; 1VI7 A; 4HY1 A; 1EA6 A; 3K85 A; 4NXN I; 1R6L A; 4M1K A; 1HNZ I; 4LF8 E; 5EL9 A; 4JI8 I; 4DPU A; 1IBK E; 4DPY A; 3LPS A; 4JV5 E; 5A2Q C; 1ZM9 A; 5DRR A; 5C0X E; 2HK2 A; 4JI2 I; 5IT9 Q; 2J65 A; 4PRV A; 1KTV A; 2E1R A; 1J5E E; 3T1H E; 1KIJ A; 1ZXN A; 1A6F A; 1Y5Y A; 4LCH A; 2WNR A; 1K47 A; 3WU6 A; 2CVE A; 4LF9 I; 4K0K I; 2C39 B; 3PYE A; 4DV2 I; 2UXB I; 1VIS A; 2O3Z A; 4J3D A; 4DUY E; 4FN5 A; 4DR4 E; 1ZM4 A; 2PO0 A; 2PO0 B; 3J81 Q; 2VES A; 3JAM C; 4X64 E; 3T1Y E; 4AIM A; 5C0X B; 4GKK I; 1N36 I; 1ZXM A; 4U3B A; 4FW3 A; 4B3M I; 3KRN A; 2E5L E; 5LMN E; 2JEB B; 4DV7 I; 2UU9 I; 4LF7 I; 4B3T E; 2CGE A; 2UXD I; 4JI1 I; 4DUZ E; 1N34 I; 1IBL I; 2JEA A; 2JEA B; 4X65 E; 4BA2 B; 1HNX E; 4XTJ A; 4HXZ A; 4LF8 I; 1IBK I; 4IFD C; 1EI1 A; 3GLL A; 2OI2 A; 3GCM A; 3ZZU A; 1Y60 A; 4NXM E; 3HUL A; 2NPF A; 5LMU E; 1HK7 A; 1N32 E; 4LCG A; 2HK3 A; 5GMD A; 2HKE A; 3M6A A; 3CDI A; 2VQE I; 3T1H I; 1J5E I; 4JG4 A; 4B3R I; 1N0V C; 4YY3 E; 1RRE A; 1XMO E; 4OX9 E; 1MU5 A; 4DV1 E; 2C38 B; 1UDQ A; 3ZKB A; 2V8P A; 1XMQ I; 1Y4S A; 2UUC E; 4DUY I; 1MX0 A; 4HYM A; 4IZJ A; 4DR4 I; 3UHM A; 5K36 A; 5C0X F; 5A2Q Q; 3M85 D; 3T1Y I; 1Z5C A; 1S4E A; 3CDJ A; 1BKN A; 4OZE A; 4P52 A; 5GME A; 5FWK A; 1Z0G A; 5DRO A; 2NN6 A; 2NN6 B; 2UUB E; 4OKG A; 4HAC A; 4HAC B; 4P7A A; 2E5L I; 3J80 C; 4LF5 I; 4DPT A; 4WUC A; 4JI0 E; 3Q6M A; 5JEA A; 5JEA B; 2Z5C A; 2Z5C B; 3L7Z B; 4B3T I; 2BR2 A; 2BR2 B; 2HKJ A; 1PIE A; 2BA0 D; 4YHH E; 2IOP A; 1Z0C A; 4DUZ I; 4X65 I; 3JAM Q; 4DR1 E; 1HNX I; 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