The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
113
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sequence length |
367
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structure length |
351
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Chain Sequence |
ERRVKILGIDRSENSPVLTYMSKLAAAPHTVHMMDSGFLAINRQCLVKGKAILAREPKSSNEHMIDDLPKHAHDQHTLSILRDFIDQLKLHNVYEINFYDPLDSSGKLAVIPMLIALWKCMLASETDICDQEVLKSIMNSVIAKFELQIPCKNAVIDATLSGSREEVHIIAESNGTTEHFNKKHDLVFVKTDLHPEDFTPQMFPSQAKAKLLRDAFNNEEDEDTFPDILVPAYMTAHSKNRVRQEDYTCLEVEFDSQVALEKLMNEHEQVEGFEVQQGGILVALKKDSFFDDELIEKIAIAIATESRQSVSSVSFDLLKLGPGASLVTLANSRRFEPECRVVLQIEVKPVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
molecule keywords |
early switch protein xol-1 2.2k splice form
|
publication title |
XOL-1, primary determinant of sexual fate in C. elegans, is a GHMP kinase family member and a structural prototype for a class of developmental regulators
pubmed doi rcsb |
source organism |
Caenorhabditis elegans
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molecule tags |
Gene regulation
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total genus |
113
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structure length |
351
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sequence length |
367
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2002-08-14 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF09108 | Xol-1_N | Switch protein XOL-1, N-terminal |
A | PF09109 | Xol-1_GHMP-like | Switch protein XOL-1, GHMP-like |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Switch protein XOL-1, GHMP-like | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K47 A; 4OX9 I; 4P52 A; 3LNU A; 1FI4 A; 2HFU A; 5FLX Q; 1FWL A; 4DR1 I; 1H72 C; 2VQF E; 2VQE I; 3T1H I; 1S16 A; 1HR0 E; 5BR8 I; 1D6T A; 4DV7 E; 1N36 E; 1XMO E; 4JI6 E; 2F4V E; 5L3J A; 3J7A M; 4JV5 I; 1IBL I; 4HY1 A; 1PKP A; 4LF6 I; 1ZM2 A; 4JI8 E; 2E5L E; 1A6F A; 4DR2 I; 1KTV A; 1MG7 A; 4DR7 I; 4LFC E; 3Q1Q A; 4XTJ A; 1XNQ E; 1N32 I; 2UUB E; 1S4E A; 2UXB I; 4B3M E; 4JI0 I; 3K1J A; 4DV6 I; 3T1Y E; 4LF8 E; 3ZM7 A; 4DV4 I; 3ZZU A; 4B3T I; 1HNZ E; 2BV3 A; 4DUY I; 4DPY A; 4LFB E; 4DPW A; 1N0U A; 4UTG A; 1RR9 A; 4X62 I; 4DV3 E; 2X7I A; 1H7S A; 2ZBK B; 2HK2 A; 3F0N A; 1HNW E; 4ZVI A; 3WU4 A; 1BKN A; 5LMN I; 1IBM I; 2UXC E; 1J5E I; 4DR5 E; 1MU5 A; 4X66 E; 2UU9 I; 4LF9 I; 3GON A; 4FWD A; 2UUA E; 1B63 A; 3H4L A; 4JI3 E; 1Z5B A; 2ZIT A; 3PYG A; 4DV0 I; 4JG4 A; 2UXD E; 1I94 I; 2ZM6 E; 1NHH A; 3JAM Q; 4JI1 I; 4Z7C A; 5IWA E; 4NXM E; 1FJG I; 2WW4 A; 2Q2E B; 1DAR A; 4HAC B; 1XMQ E; 4FWH A; 2HHH I; 1NHI A; 4DPU A; 1XHK A; 4LFA E; 3J80 C; 4YHH I; 1XNR I; 1OJ4 A; 2V2V A; 4DUZ I; 2E1R A; 3PYD A; 4OX9 E; 4K0K I; 4JI5 I; 3B82 A; 1ELO A; 4DR1 E; 5GMD A; 4GKK I; 1NHJ A; 2VQE E; 1Z0B A; 2HK3 A; 3T1H E; 5BR8 E; 1N34 E; 2V34 A; 4X65 I; 1HNX I; 2A2D A; 4JV5 E; 4GKJ I; 2CZ9 A; 1IBL E; 1MX0 A; 1H74 A; 2V2Q A; 4DV1 I; 4LF6 E; 4LF7 I; 4DR2 E; 1H7U A; 4DV5 I; 2AJ4 A; 4X64 E; 1N32 E; 2V8P A; 4YY3 I; 4JI0 E; 2EFG A; 4DV6 E; 4JYA I; 3D4J A; 4DV4 E; 4B3T E; 3M6A A; 2BM1 A; 4AQY E; 4DUY E; 1ZXM A; 3ZKD A; 3K17 A; 4B3M I; 3J81 Q; 3QT6 A; 3JAM C; 1PVG A; 3V2U C; 4X62 E; 3LPS A; 4NXN I; 1KKH A; 4LFB I; 4JI2 I; 4DR3 I; 4DR4 I; 5LMU I; 1EA6 A; 4USK A; 1IBM E; 5LMN E; 4KHP I; 4DU8 A; 4MYT A; 2UUC E; 2UU9 E; 4LF5 I; 4HAC A; 4WUD A; 5IT9 Q; 4B3R I; 2LJP A; 4LF9 E; 3WU6 A; 5FLX C; 4FWG A; 2NPF A; 1NZ0 A; 4DR5 I; 1Z0G A; 1Z0E A; 4P7A A; 4DV0 E; 1U2R A; 4DV2 I; 4DR6 I; 1I94 E; 1IBK E; 2DEJ A; 2VF3 A; 4B3S I; 4JI1 E; 4JI7 E; 4KQV A; 3ZZT A; 1FJG E; 1ZM4 A; 2HFS A; 2HKE A; 2UXD I; 2HHH E; 3OTO I; 4RPF A; 4DPX A; 4JI4 I; 1N33 I; 4DU7 A; 4YHH E; 1XNR E; 4DUZ E; 1Z0C A; 3QT7 A; 1FKA E; 4R1F A; 1ZM9 A; 4LF4 I; 4K0K E; 4JI5 E; 4GKK E; 4PRX A; 1QZR A; 1N0V C; 3J81 C; 3PYF A; 4M1K A; 4X65 E; 4EMD A; 1WUU A; 1HNX E; 2VQF I; 4GKJ E; 4MYU A; 4FW9 A; 1Z0W A; 1ZXN A; 4DV1 E; 4LF7 E; 1HR0 I; 1KIJ A; 4Z7Y A; 4DV7 I; 1XMO I; 2HKJ A; 1N36 I; 4JI6 I; 2XEX A; 1N34 I; 2F4V I; 3ZZ0 A; 4DR7 E; 3CWV A; 4DV5 E; 5A2Q Q; 2UXB E; 1Z0T A; 4ED4 A; 4DPT A; 1RRE A; 4YY3 E; 5IT9 C; 3ZKB A; 4I3H A; 5LL6 R; 4JI8 I; 2E5L I; 4PU9 A; 1Z0V A; 4JYA E; 4LFC I; 1Z59 A; 3B78 A; 1VIS A; 1XNQ I; 4X64 I; 2UUB I; 4PRV A; 5GME A; 3J80 Q; 1UEK A; 3T1Y I; 4LF8 I; 4NXN E; 1HNZ I; 4HXZ A; 4AQY I; 3WU3 A; 4JI2 E; 4DR3 E; 1FNM A; 4WUB A; 3V5R A; 4DR4 E; 3HUL A; 5LMU E; 4DV3 I; 2J7K A; 2GS8 A; 1J5E E; 1H73 A; 4KHP E; 2V2Z A; 4USM A; 4LF5 E; 4FN5 A; 1HNW I; 4B3R E; 2DEI A; 4UT4 A; 2UXC I; 1B62 A; 1FWK A; 3QT5 A; 4X66 I; 2UUC I; 4DV2 E; 4DR6 E; 1Z5A A; 2UUA I; 2R3V A; 1Z5C A; 1PIE A; 4B3S E; 4JI3 I; 2OI2 A; 2R42 A; 1EI1 A; 1ZM3 A; 4URL A; 3QT8 A; 2ZM6 I; 3PYE A; 3WU5 A; 2A2C A; 3OTO E; 1IBK I; 3B8H A; 5IWA I; 4NXM I; 4JI4 E; 4JI7 I; 5A2Q C; 1N33 E; 1XMQ I; 3J7A G; 1KVK A; 4HYM A; 4WUC A; 2X36 A; 4LF4 E; 3LTO A; 4LFA I; 4DXL A; 2BM0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HFV A; 3A8K A; 4AL6 A; 1S6P A; 1EX8 A; 4XAK A; 2QLJ B; 4NML A; 2ZE2 B; 4GVB A; 3K8W A; 3TYT A; 5GAH I; 3MUM P; 2MHE A; 4NA3 A; 2OO4 A; 2DXD A; 2CQH A; 4NYZ A; 4HR2 A; 1HBN A; 2J9C A; 1I51 B; 4CM0 A; 4DUZ F; 3EZO A; 1RAJ A; 1X7V A; 3SMZ A; 2Z58 B; 1D8Y A; 5E0O A; 1RAI B; 4F26 A; 4WXW A; 1SQF A; 1YSJ A; 2PO0 B; 5C0X C; 4RW8 B; 4KJI A; 2V0N A; 3DCA A; 3K1J A; 4W92 B; 2O5D A; 3P3E A; 3QSY B; 3T6B A; 4MU4 A; 1MLA A; 1U25 A; 5ETO A; 2IM1 A; 2LEB A; 4RLE A; 1RHM B; 1ZPW X; 4RX6 A; 3O8W A; 4KTQ A; 2D1C A; 2QE5 A; 1M5S A; 2OEJ A; 5EX3 A; 4CT9 A; 2DGQ A; 2ROP A; 4CWB A; 3EGZ A; 3X3U A; 1X4A A; 3PNI A; 4U8V A; 4H4O B; 2HVH A; 3AOC A; 1TV6 A; 4Q2L A; 1S1V B; 4M5M A; 2WVF A; 4DBQ A; 3KK3 B; 2CQ3 A; 4CYU B; 2NPI A; 2QA4 S; 3CJR A; 3BQ0 A; 1WKJ A; 1E6V B; 4M95 A; 1B7Y B; 4NCG B; 2OD6 A; 4FVC A; 4KV8 A; 3KG4 A; 4C11 A; 3NLC A; 1FE0 A; 4PCQ A; 1FCA A; 2C38 B; 2G2Y A; 4K0K I; 3TAM B; 5GMD A; 3TZZ A; 1Z0B A; 1T9U A; 1H0H B; 1VRU A; 2E5H A; 3DMJ B; 2FC9 A; 4X65 I; 4DR4 J; 1ZBT A; 1QM9 A; 3QBC A; 3CCU S; 2W1B A; 5KT4 A; 3H90 A; 6FDR A; 4U3B A; 1T0T V; 5DDR C; 1C1B A; 1DTT A; 3DLG A; 1XQI A; 4EZ6 A; 4DR6 J; 3HVT A; 5CYM A; 3VGT A; 2BM1 A; 3J7Y I; 3CF5 Q; 3H42 A; 3V2U C; 3CD0 A; 4TKT A; 2HMI B; 1VI7 A; 2HQ3 A; 3Q8R B; 3O1L A; 1IM6 A; 3RB4 A; 1TK8 A; 1V3S A; 1N8R T; 2LEP A; 3T6J A; 1QLN A; 1TL4 A; 3GII A; 3GZ7 A; 2MZT A; 1R8B A; 1Z1Z A; 3P76 A; 3A12 A; 2RUS A; 4X4O A; 1T03 A; 4DMZ A; 1Q86 T; 1FJG E; 1HQE A; 1JJH A; 3P06 A; 1IR1 A; 5IT0 A; 4OYP A; 1SC3 B; 4AND A; 2UUC F; 2FHK A; 5G0R A; 2MLX A; 1XNQ J; 1OSC A; 5KFZ A; 2YKM A; 2P9G A; 2ABY A; 1QSY A; 4TY8 A; 4J5O A; 2GQQ A; 1FT8 A; 4ZP7 A; 1VLO A; 2FJV A; 4GKK E; 3CIZ A; 3I5B A; 2DO4 A; 1RWM B; 1DFD A; 1IR2 A; 5DG7 A; 3E2E A; 4GKJ E; 3CCJ S; 5GAE I; 4ZPT R; 2EFQ A; 4QYZ K; 3DYA B; 3LGN A; 2RQC A; 3CDB A; 2RSQ A; 1TUG B; 2BJ3 A; 2FJA B; 2QYC A; 1V5V A; 5HAO A; 3R5B A; 2C2Z B; 1PBA A; 5H9F J; 3MM7 B; 2IY5 B; 1TUW A; 2V4J B; 1SC1 B; 3BYP A; 3G2X A; 1WI6 A; 1LWF B; 1FNX H; 1HL6 A; 1N5S A; 2CPE A; 1R0B G; 5BR8 F; 1HBU B; 3BH7 B; 1H2V Z; 2ZC3 A; 1NHU A; 4KAI A; 2D3U A; 2YWH A; 3CJT A; 1SI9 A; 3WU3 A; 1CJT A; 2WZ1 A; 2MKI A; 2E5G A; 4HVZ A; 1QVG R; 3C6T B; 2R7U A; 1KRP A; 1R7I A; 4RW4 A; 1D8Z A; 4JI0 F; 3QO9 A; 4ELU A; 2M2B A; 3W61 A; 1ZTT A; 5KT3 A; 2DD8 S; 1U47 A; 4J3D A; 2DTJ A; 5F0W A; 1NPR A; 4LMZ A; 2PE8 A; 2BDP A; 1S1W A; 3ETM A; 2B9W A; 2C2E A; 3RGI A; 3JQK A; 4Y0F A; 5D3G A; 4MTP A; 2F4V J; 1ZM3 A; 1UET A; 4OZ3 A; 3H5U A; 4ZVT B; 2EC0 A; 2M70 A; 4ZPD A; 2ZE2 A; 4DSJ A; 3RW7 A; 3G6X A; 4AFF A; 3MGJ A; 3T19 A; 2IM3 A; 3CXC R; 2ADB A; 2J7U A; 5T41 A; 4J9M A; 1GNK A; 3Q0A A; 3W60 A; 3D67 A; 3KTQ A; 1VR6 A; 3LNU A; 1RJJ A; 2ZC4 A; 4MIA A; 4TU7 A; 1U45 A; 2V68 A; 3CJ4 A; 2HRT A; 1RUS A; 1RTZ A; 3OFF A; 2P8I A; 2R7R A; 2YWG A; 2GO4 A; 3SDE B; 2QL9 B; 3K7R A; 3BS9 A; 3FDS A; 4DV7 E; 3MAQ A; 4EBC A; 3CPW R; 3DOM B; 3K57 A; 4ZCI A; 4FYX B; 8ATC B; 5IT4 A; 4GC7 A; 4LSZ B; 2CQC A; 2NYI A; 3IP0 A; 4NYO A; 4G1Q B; 4PG6 A; 2H5I B; 1SL0 A; 4XTJ A; 4LVO P; 4PKD B; 2UXB I; 3KUG A; 4NLD A; 2H1Y A; 3FZ2 A; 1SV5 A; 4FW4 A; 4LF8 E; 3ZM7 A; 4K4T A; 3BF4 A; 1R6Y A; 1AW0 A; 2BV3 A; 4CP5 A; 2EPI A; 2MST A; 3SV3 A; 1EP4 B; 3O2I A; 3HT3 A; 2IC3 A; 5HJY A; 3SCK E; 4YR3 A; 2X7I A; 3F56 A; 4ETZ A; 4C3K A; 4OKG A; 2Q43 A; 1KNZ A; 2G1H A; 2OPP A; 1NDP A; 3D5M A; 4DPO A; 1QAY A; 2DR7 A; 1FRJ A; 3C14 B; 2FVP A; 2R7Q A; 3D2W A; 1Z5B A; 4ZJQ A; 3O44 A; 5KT2 A; 1I94 I; 1F2H A; 3SSS A; 2M5Y A; 5IWA E; 1EET B; 3OHA A; 4GQU A; 1VGY A; 3C6U A; 3PV8 A; 1NPK A; 4J9L A; 4FWH A; 2DGO A; 2HHH I; 1EIY B; 4O3R A; 3LP0 A; 3T3F A; 4Y6I A; 2JOQ A; 2IBK A; 3WQP A; 5J1N A; 2O01 C; 4LF1 A; 1T95 A; 3G8S A; 1RU1 A; 3PRV A; 4XO0 A; 2GC8 A; 4TU9 A; 4K59 A; 3MUT P; 3DFE A; 3IBC B; 1N48 A; 2A18 A; 1Q78 A; 3SSR A; 3JSM A; 3K59 A; 4ZHR A; 1RWN B; 1FK9 B; 3OQ2 A; 1HNX I; 4L3K A; 3FSY A; 2XUL A; 1HD1 A; 1U1M A; 4DV1 I; 2BBE A; 4IG3 B; 1LNQ A; 4QWA A; 3LUY A; 3GE9 A; 1X0F A; 2HRY A; 1AUD A; 5L8R C; 4ID5 B; 3IO1 A; 1VQK S; 4OZN A; 5F3Z A; 3S8S A; 1JLE A; 1M5K C; 4JYA I; 2RDJ A; 1BXN A; 2XMU A; 1KFS A; 2BA9 A; 3M8Q A; 1RT1 B; 3DRY A; 2HQD A; 1BQN B; 1N6Q A; 3LPS A; 2XTJ P; 2OGU A; 3V6K A; 3AHP A; 2WNR B; 1OY8 A; 4YR0 A; 1JLC B; 2WBR A; 4ZIV A; 4USJ C; 1IR0 A; 4IFD F; 3OJU A; 2HQG A; 4B3R I; 2V4Q A; 3AXM A; 1HNZ F; 2NPF A; 3WDO A; 1Q82 T; 4WII A; 1OQ3 A; 2JVO A; 5L9N A; 3OL6 A; 2QL5 B; 1JLF B; 1NZ8 A; 3ONQ A; 2ILY A; 3CO0 P; 4R8U B; 1VQM S; 2D3O 1; 1F6T A; 4ED7 A; 3L7P A; 2VF3 A; 2MDA A; 3H4D A; 3R5J B; 3F41 A; 2CNN B; 3WX8 A; 4H4K C; 1WKK A; 2LA6 A; 3K58 A; 4J9K A; 2UXC F; 1T3O A; 3QJJ A; 2N3O A; 3HHE A; 3DXS X; 4P9S A; 2DNQ A; 4DUT A; 3I31 A; 3DYA A; 1Z0C A; 2B8P A; 5DNL A; 1ZOT A; 3QFH A; 3T1Y J; 2W01 A; 4IFD C; 1WHW A; 4YQW A; 3NG8 A; 2O1V A; 1IKY B; 4RO0 A; 1NM2 A; 5EX0 A; 3RRK A; 3KLG B; 2DIT A; 3D1H A; 4DV3 J; 2HRU A; 1HHS A; 2HHH F; 1Z0W A; 2DKO B; 4K4X A; 4LF7 E; 1FO1 A; 2D41 A; 4FPI A; 9RUB A; 3J80 Y; 1IJE B; 1VCT A; 2OD4 A; 1Q7Y T; 2HKJ A; 3AB2 B; 3GME A; 3ILO A; 3MM9 B; 4X66 J; 3VAF A; 5LL6 R; 4JI8 I; 4DR1 F; 2N4D A; 4J9P A; 5HLF A; 1CQM A; 5D8H B; 4B08 A; 3G86 A; 5CZV A; 2N3L A; 2VA3 A; 4UZC A; 2JNJ A; 4WUB A; 1TKD A; 4KKO A; 1S6O A; 5IV3 A; 2O1P A; 3BEG B; 2BKO A; 3RAM A; 3K5L A; 2Y0S D; 4TLR A; 2MTL A; 4OI2 A; 4I4B A; 3PDN A; 4TLQ A; 1FTR A; 4DUY F; 2PEH A; 3I0R A; 3SBM A; 4CIO A; 3JAM Y; 2GZO A; 4JUZ A; 4V19 J; 3AAW B; 2MSS A; 2WVE A; 2BW7 A; 3TUZ C; 2UUA I; 1SQG A; 1XR5 A; 4RKU C; 4B3S E; 4K4S A; 4JI3 I; 3M4X A; 5CA5 A; 3UR0 A; 4R25 A; 1YIT S; 4URL A; 4OV6 A; 3M30 B; 2PO2 A; 2KVI A; 1Q7L B; 3I87 A; 1XEZ A; 2DXF A; 4HHJ A; 2XYG B; 2NXN A; 3B8H A; 3CNQ P; 4NXM I; 3N01 A; 4OZL A; 1GEH A; 1J5O A; 4F7V A; 4IKA A; 4B3R F; 1KVK A; 1YWX A; 3M8R A; 1F5C A; 4FW6 A; 2DGX A; 4LFA I; 1NDK A; 1ZAV A; 3BKU A; 2IRY A; 3PX4 A; 3QLH B; 2E29 A; 4I6W A; 3GFX A; 2GJI A; 5FLX Q; 2IOQ A; 4CTA A; 4LJM A; 1XIQ A; 4J90 A; 2RIL A; 1RDR A; 3RAX A; 1PC4 A; 2R9L A; 4YHH F; 4MFB B; 2KJV A; 3FMW A; 1IBL I; 5C24 A; 5KG2 A; 2PFF B; 2FJD B; 3I55 S; 1FFW B; 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