The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
122
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structure length |
122
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Chain Sequence |
MNGEVAPPKEDPVPLPELPCEKSDAYFVLRDGAAGVFLAANTFPKSRETRAPLVEELYRFRDRLPEKLRYLADAPQQDPEGNKTMVRFSRKTKQQYVSSEKDGKATGWSAFYVDGKWVEGKK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of the C-terminal single-stranded DNA-binding domain of Escherichia coli topoisomerase I.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TOPOISOMERASE I
|
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
12
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| structure length |
122
|
| sequence length |
122
|
| ec nomenclature |
ec
5.99.1.2: Transferred entry: 5.6.2.2. |
| pdb deposition date | 1995-03-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08272 | Topo_Zn_Ribbon | Topoisomerase I zinc-ribbon-like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Bacterial Topoisomerase I; domain 1 | Bacterial Topoisomerase I, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TFI A; 1TWG I; 4BXX I; 1RLY A; 1TWC I; 2JA8 I; 3M4O I; 4A3B I; 4A3D I; 3S17 I; 3CQZ I; 4A93 I; 2F4O A; 4BY1 I; 3PO3 S; 1X3W A; 3ESW A; 4A3E I; 2E2H I; 3PO2 I; 3S14 I; 3GTP I; 2VUM I; 3HOX I; 4A3F I; 3VB9 A; 3VMH A; 2R93 I; 4A3C I; 5C44 I; 1I50 I; 4A3M I; 5IP9 I; 1PFT A; 2P3Y A; 2NVX I; 2DE7 A; 4NBF A; 2JR6 A; 1YUA A; 3Q87 A; 3GTO I; 3I4M I; 3HOY I; 4A3K I; 3K7A I; 3S2H I; 3S1M I; 3S1R I; 3S2D I; 5C4J I; 3VMG A; 3GTM I; 1ZB9 A; 4NB9 A; 4NOZ A; 3HOV I; 3GKQ A; 2NVY I; 2NVQ I; 3I4N I; 5FLM I; 3S1Q I; 3U50 C; 2KPI A; 1Y1W I; 3S1N I; 4NBE A; 5C4X I; 2AKL A; 2BJO A; 1K83 I; 1TWF I; 3HOU I; 4NBD A; 4BBS I; 3GTJ I; 5IP7 I; 2HF1 A; 4QTU A; 1RO4 A; 3D6W A; 1L1O C; 3H0G I; 1X3Z A; 3PO3 I; 3H3V J; 1Y1V S; 1TWA I; 4A3I I; 3S15 I; 2E2I I; 4A3G I; 1WCM I; 1USP A; 4NBH A; 2F4M A; 2JA7 I; 2R7Z I; 3GTQ I; 3HOW I; 3I07 A; 3LUS A; 4X6A I; 2E2J I; 4NBB A; 4Y52 I; 4NB8 A; 3RZD I; 2NVT I; 2DE5 A; 4NBC A; 4QTT A; 2K5R A; 4XX2 A; 1QYP A; 1VLA A; 1I3Q I; 1ZB8 A; 4NBG A; 1R9T I; 4A3J I; 5CM2 M; 3EER A; 2R92 I; 2DE6 A; 4BY7 I; 5C3E I; 1WW9 A; 4A3L I; 3GTG I; 4NBA A; 4MH4 A; 3VMI A; 4Y7N I; 3HOZ I; 1DL6 A; 3M3Y I; 2JNY A; 2J6A A; 2RBL A; 1ML8 A; 3RZO I; 3S16 I; 3GCF A; 1SFO I; 3FKI I; 1LQL A; 3GTK I; 1N2F A; 3GTM S; 1Y1V I; 4BBR I; 1TWH I; 1I6H I; 2JA6 I; 2PK7 A; 2B63 I; 1NUI A; 2YU9 I; 1USP B; 2JS4 A; 2JA5 I; 3GTL I; #chains in the Genus database with same CATH topology 1KD1 1; 2QA4 Z; 1VQ7 1; 3CXC Y; 2O4H A; 3GTP I; 2RHB A; 3IR7 A; 3CCS Z; 4A3F I; 1KC8 1; 3F3F C; 5C44 I; 1I50 I; 1PFT A; 2H85 A; 2Y0S A; 2NVX I; 4NBF A; 3Q87 A; 2V3V A; 4TNU A; 3GTO I; 3CME Z; 3HOY I; 3S2H I; 5IT9 f; 3S1M I; 3VMG A; 3G6E Z; 3D9X A; 3CPW Z; 1SIW A; 1YIT Z; 1Y1W I; 2IV2 X; 2AKL A; 3CCE 1; 1TWF I; 2YAD A; 4RVF A; 3GTJ I; 1QVG Z; 1VQO Z; 3IX0 A; 1VQP Z; 1L1O C; 1X3Z A; 1Y1V S; 1M1K 2; 3J7A 4; 1WCM I; 1USP A; 4NBH A; 2VPY A; 1VQL 1; 1JJ2 Z; 1YI2 1; 1N8R 2; 2R7Z I; 1Q7Y 1; 3GTQ I; 1AA6 A; 2EGT A; 2I3C A; 2RIQ A; 4X6A I; 4Y52 I; 1P9N A; 1NJI 1; 3CCJ Z; 3RZD I; 2NVT I; 1RQF A; 1QYP A; 1VLA A; 4NBG A; 5LL6 f; 1R9T I; 4A3J I; 1X0T A; 3NH5 A; 1VQ7 Z; 1QVG Y; 5C3E I; 3CCM 1; 2RT9 A; 2WAQ A; 4MH4 A; 1Q7Y 2; 4Y7N I; 1Q81 2; 2JIR A; 1DL6 A; 3M3Y I; 2JNY A; 3CCR 1; 1JJ2 Y; 2RBL A; 3RZO I; 3S16 I; 2LFU A; 1SFO I; 2K3R A; 1NJI 2; 1Q82 2; 1N2F A; 1S72 Z; 1TWH I; 2JA6 I; 2GU2 A; 2OTL 1; 2W03 A; 1K8A 2; 1TFI A; 1TWG I; 4BXX I; 3M4O I; 4A3D I; 3S17 I; 3CCE Z; 1Z03 A; 1VQO 1; 4DGL A; 1RO2 A; 4MON A; 1K73 2; 3CCV Z; 4BY1 I; 3PO3 S; 3ESW A; 4A3E I; 1M90 1; 4MRI A; 1YJN 1; 3VB9 A; 2V8J A; 5IP9 I; 1VQL Z; 5IT9 b; 2DE7 A; 1Q16 A; 1YI2 Z; 3CCL 1; 1YUA A; 3I4M I; 2G2K A; 2KI7 B; 4RVD A; 3KIH A; 3S2D I; 4NB9 A; 1Q86 1; 2M48 A; 4RS4 A; 2GTH A; 3I4N I; 4NBE A; 5C4X I; 2BJO A; 2RPR A; 2VUG A; 3HOU I; 4NBD A; 4BBS I; 2ZAE B; 3CCM Z; 2HF1 A; 2O53 A; 4QTU A; 2VPX A; 5D1O B; 1W2B Z; 2Q4Z A; 2JIP A; 3H3V J; 3CMA 1; 3CCR Z; 1TWA I; 5T67 A; 3S15 I; 3HKZ A; 3IF8 A; 1S72 1; 3NH8 A; 2F4M A; 1KD1 2; 2W04 A; 2OTL Z; 3D2L A; 3G4S 1; 4NB8 A; 3JAM f; 5T6B A; 1KC8 2; 2DE5 A; 4NBC A; 4QTT A; 1I3Q I; 3CCV 1; 1YHQ 1; 5A2Q f; 1Z01 A; 3KIF A; 3EER A; 2R92 I; 1YJW 1; 3CD6 Z; 1YJN Z; 1VQ9 1; 4E2X A; 1WW9 A; 3GTG I; 2J6A A; 2JMO A; 3CCL Z; 2AYD A; 3P5J B; 1LQL A; 4MD8 A; 3NH4 A; 3CPW Y; 1I6H I; 3EED A; 1FDO A; 2B63 I; 4NFR A; 3CCU 1; 5D1O A; 1TWC I; 5FLX f; 2JA8 I; 4A3B I; 3T4N B; 2M6N A; 4A93 I; 2IZ3 A; 2JIQ A; 3S14 I; 2VUM I; 1YIJ 1; 3FQQ A; 3HOX I; 1Y8C A; 2GTI A; 3CMA Z; 4E33 A; 3VTN A; 3NDI A; 3CC4 1; 1VQM 1; 1WII A; 2HU9 A; 4A3K I; 3K7A I; 1QXF A; 3G4S Z; 3BG1 B; 2QRD B; 4EWC A; 3GTM I; 1ZB9 A; 1WZN A; 3HOV I; 1YHQ Z; 2NVY I; 2NVQ I; 5FLM I; 3U50 C; 2Q51 A; 1VQN 1; 2KPI A; 4NH1 C; 3S1N I; 3CD6 1; 1K9M 1; 3IFU A; 1QVF Z; 2JIO A; 1YJW Z; 1QF8 A; 2OOX B; 3BG0 B; 1VQ9 Z; 3NDJ A; 2VPW A; 3H0G I; 3CC7 1; 4DQY B; 3CXC Z; 4A3I I; 2E2I I; 2QRC B; 3J80 f; 1FDI A; 3JAM b; 2LEX A; 1S7M A; 4E31 A; 3LUS A; 1VQ5 1; 2QR1 B; 5A2Q b; 1M90 2; 4DK1 A; 3G71 1; 4RVG A; 1WJ2 A; 2QLV B; 3CCU Z; 4XX2 A; 1ZB8 A; 2JIM A; 3I56 Z; 3F3P C; 5CM2 M; 1QVF Y; 1JWH C; 1VQ6 1; 3J81 f; 1YIJ Z; 3CCQ 1; 1KQS Z; 1VQ4 Z; 2P28 A; 1Q86 2; 3VMI A; 3GCF A; 4HH4 A; 2V8K A; 2QEX 1; 3NFZ A; 3CC4 Z; 3FKI I; 1VQ8 1; 1VQM Z; 3CC2 1; 1Y1V I; 5FLX b; 1ZH1 A; 2PK7 A; 2R6M A; 4E2Z A; 3OW2 Z; 2JS4 A; 3I55 1; 2JA5 I; 3GTL I; 2QKD A; 1M1K 1; 1VQK 1; 1VQN Z; 2JUB A; 1RLY A; 3CQZ I; 1W2B Y; 1KRL A; 1N8R 1; 2F4O A; 1X3W A; 2E2H I; 3PO2 I; 1KQS Y; 3TDH B; 4MXU A; 1RO0 A; 3CC7 Z; 4S1T A; 3VMH A; 2R93 I; 2PM9 A; 4A3C I; 4A3M I; 2QRE B; 2P3Y A; 3MON A; 2JR6 A; 2OOY B; 1VQ5 Z; 3TE5 B; 2NAP A; 3G71 Z; 2OTJ Z; 4E30 A; 3OW2 Y; 3S1R I; 5C4J I; 4NOZ A; 1Q81 1; 3I56 1; 1YJ9 1; 3GKQ A; 4RV9 A; 3S1Q I; 4HGY A; 1Q82 1; 4E2W A; 2IZ4 A; 1VQ6 Z; 1K83 I; 1VQ4 1; 2QA4 1; 3QWU A; 3CCQ Z; 3J80 b; 5IP7 I; 1RO4 A; 3D6W A; 3MZK B; 3CCS 1; 2WB1 A; 5T64 A; 1K8A 1; 4CL1 A; 3PO3 I; 4A3G I; 2VF1 A; 2E9H A; 2QEX Z; 2LIY A; 4HGZ A; 5AN9 F; 1VQ8 Z; 3CC2 Z; 1K73 1; 2JA7 I; 4AYB A; 3HOW I; 3I07 A; 2E7Z A; 3CME 1; 3FQM A; 2E2J I; 4NBB A; 3I55 Z; 2PMZ A; 1VQK Z; 2OZK A; 2K5R A; 3J81 b; 3G6E 1; 4RVH A; 1YIT 1; 1YUK A; 1NP6 A; 3MZL B; 2DE6 A; 2V8I A; 4MD7 A; 4BY7 I; 4A3L I; 4NBA A; 3HOZ I; 1VQP 1; 4E2Y A; 1ML8 A; 2OTJ 1; 1Z02 A; 3GTK I; 2V45 A; 3GTM S; 2VPZ A; 1K9M 2; 4BBR I; 1RNI A; 5D1P A; 4E32 A; 1NUI A; 4MD9 A; 2YU9 I; 1USP B; 1YJ9 Z; 3CCJ 1; #chains in the Genus database with same CATH homology 1KD1 1; 2QA4 Z; 1VQ7 1; 3CXC Y; 2O4H A; 3GTP I; 2RHB A; 3CCS Z; 4A3F I; 1KC8 1; 3F3F C; 5C44 I; 1I50 I; 1PFT A; 2H85 A; 2Y0S A; 2NVX I; 4NBF A; 3Q87 A; 4TNU A; 3GTO I; 3CME Z; 3HOY I; 3S2H I; 5IT9 f; 3S1M I; 3VMG A; 3G6E Z; 3D9X A; 3CPW Z; 1YIT Z; 1Y1W I; 2AKL A; 3CCE 1; 1TWF I; 2YAD A; 4RVF A; 3GTJ I; 1QVG Z; 1VQO Z; 3IX0 A; 1VQP Z; 1L1O C; 1X3Z A; 1Y1V S; 1M1K 2; 3J7A 4; 1WCM I; 1USP A; 4NBH A; 1VQL 1; 1JJ2 Z; 1YI2 1; 1N8R 2; 2R7Z I; 1Q7Y 1; 3GTQ I; 2EGT A; 2I3C A; 2RIQ A; 4X6A I; 4Y52 I; 1P9N A; 1NJI 1; 3CCJ Z; 3RZD I; 2NVT I; 1RQF A; 1QYP A; 1VLA A; 4NBG A; 5LL6 f; 1R9T I; 4A3J I; 1X0T A; 3NH5 A; 1VQ7 Z; 1QVG Y; 5C3E I; 3CCM 1; 2RT9 A; 2WAQ A; 4MH4 A; 1Q7Y 2; 4Y7N I; 1Q81 2; 1DL6 A; 3M3Y I; 2JNY A; 3CCR 1; 1JJ2 Y; 2RBL A; 3RZO I; 3S16 I; 2LFU A; 1SFO I; 2K3R A; 1NJI 2; 1Q82 2; 1N2F A; 1S72 Z; 1TWH I; 2JA6 I; 2GU2 A; 2OTL 1; 2W03 A; 1K8A 2; 1TFI A; 1TWG I; 4BXX I; 3M4O I; 4A3D I; 3S17 I; 3CCE Z; 1Z03 A; 1VQO 1; 4DGL A; 1RO2 A; 4MON A; 1K73 2; 3CCV Z; 4BY1 I; 3PO3 S; 3ESW A; 4A3E I; 1M90 1; 4MRI A; 1YJN 1; 3VB9 A; 2V8J A; 5IP9 I; 1VQL Z; 5IT9 b; 2DE7 A; 1YI2 Z; 3CCL 1; 1YUA A; 3I4M I; 2G2K A; 2KI7 B; 4RVD A; 3KIH A; 3S2D I; 4NB9 A; 1Q86 1; 2M48 A; 4RS4 A; 2GTH A; 3I4N I; 4NBE A; 5C4X I; 2BJO A; 2RPR A; 2VUG A; 3HOU I; 4NBD A; 4BBS I; 2ZAE B; 3CCM Z; 2HF1 A; 2O53 A; 4QTU A; 5D1O B; 1W2B Z; 2Q4Z A; 3H3V J; 3CMA 1; 3CCR Z; 1TWA I; 5T67 A; 3S15 I; 3HKZ A; 3IF8 A; 1S72 1; 3NH8 A; 2F4M A; 1KD1 2; 2W04 A; 2OTL Z; 3G4S 1; 4NB8 A; 3JAM f; 5T6B A; 1KC8 2; 2DE5 A; 4NBC A; 4QTT A; 1I3Q I; 3CCV 1; 1YHQ 1; 5A2Q f; 1Z01 A; 3KIF A; 3EER A; 2R92 I; 1YJW 1; 3CD6 Z; 1YJN Z; 1VQ9 1; 4E2X A; 1WW9 A; 3GTG I; 2J6A A; 2JMO A; 3CCL Z; 3P5J B; 1LQL A; 4MD8 A; 3NH4 A; 3CPW Y; 1I6H I; 3EED A; 2B63 I; 4NFR A; 3CCU 1; 5D1O A; 1TWC I; 5FLX f; 2JA8 I; 4A3B I; 3T4N B; 2M6N A; 4A93 I; 2IZ3 A; 3S14 I; 2VUM I; 1YIJ 1; 3FQQ A; 3HOX I; 2GTI A; 3CMA Z; 4E33 A; 3VTN A; 3NDI A; 3CC4 1; 1VQM 1; 1WII A; 2HU9 A; 4A3K I; 3K7A I; 3G4S Z; 3BG1 B; 2QRD B; 4EWC A; 3GTM I; 1ZB9 A; 3HOV I; 1YHQ Z; 2NVY I; 2NVQ I; 5FLM I; 3U50 C; 2Q51 A; 1VQN 1; 2KPI A; 4NH1 C; 3S1N I; 3CD6 1; 1K9M 1; 3IFU A; 1QVF Z; 1YJW Z; 1QF8 A; 2OOX B; 3BG0 B; 1VQ9 Z; 3NDJ A; 3H0G I; 3CC7 1; 4DQY B; 3CXC Z; 4A3I I; 2E2I I; 2QRC B; 3J80 f; 3JAM b; 1S7M A; 4E31 A; 3LUS A; 1VQ5 1; 2QR1 B; 5A2Q b; 1M90 2; 4DK1 A; 3G71 1; 4RVG A; 2QLV B; 3CCU Z; 4XX2 A; 1ZB8 A; 3I56 Z; 3F3P C; 5CM2 M; 1QVF Y; 1JWH C; 1VQ6 1; 3J81 f; 1YIJ Z; 3CCQ 1; 1KQS Z; 1VQ4 Z; 2P28 A; 1Q86 2; 3VMI A; 3GCF A; 4HH4 A; 2V8K A; 2QEX 1; 3NFZ A; 3CC4 Z; 3FKI I; 1VQ8 1; 1VQM Z; 3CC2 1; 1Y1V I; 5FLX b; 1ZH1 A; 2PK7 A; 2R6M A; 4E2Z A; 3OW2 Z; 2JS4 A; 3I55 1; 2JA5 I; 3GTL I; 2QKD A; 1M1K 1; 1VQK 1; 1VQN Z; 2JUB A; 1RLY A; 3CQZ I; 1W2B Y; 1KRL A; 1N8R 1; 2F4O A; 1X3W A; 2E2H I; 3PO2 I; 1KQS Y; 3TDH B; 4MXU A; 1RO0 A; 3CC7 Z; 4S1T A; 3VMH A; 2R93 I; 2PM9 A; 4A3C I; 4A3M I; 2QRE B; 2P3Y A; 3MON A; 2JR6 A; 2OOY B; 1VQ5 Z; 3TE5 B; 3G71 Z; 2OTJ Z; 4E30 A; 3OW2 Y; 3S1R I; 5C4J I; 4NOZ A; 1Q81 1; 3I56 1; 1YJ9 1; 3GKQ A; 4RV9 A; 3S1Q I; 4HGY A; 1Q82 1; 4E2W A; 2IZ4 A; 1VQ6 Z; 1K83 I; 1VQ4 1; 2QA4 1; 3QWU A; 3CCQ Z; 3J80 b; 5IP7 I; 1RO4 A; 3D6W A; 3MZK B; 3CCS 1; 2WB1 A; 5T64 A; 1K8A 1; 4CL1 A; 3PO3 I; 4A3G I; 2VF1 A; 2E9H A; 2QEX Z; 2LIY A; 4HGZ A; 5AN9 F; 1VQ8 Z; 3CC2 Z; 1K73 1; 2JA7 I; 4AYB A; 3HOW I; 3I07 A; 3CME 1; 3FQM A; 2E2J I; 4NBB A; 3I55 Z; 2PMZ A; 1VQK Z; 2OZK A; 2K5R A; 3J81 b; 3G6E 1; 4RVH A; 1YIT 1; 1YUK A; 1NP6 A; 3MZL B; 2DE6 A; 2V8I A; 4MD7 A; 4BY7 I; 4A3L I; 4NBA A; 3HOZ I; 1VQP 1; 4E2Y A; 1ML8 A; 2OTJ 1; 1Z02 A; 3GTK I; 3GTM S; 1K9M 2; 4BBR I; 1RNI A; 5D1P A; 4E32 A; 1NUI A; 4MD9 A; 2YU9 I; 1USP B; 1YJ9 Z; 3CCJ 1;
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