The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
160
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structure length |
160
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Chain Sequence |
NIFAPEGNYRYLTYGAEKLPGGSYALRVQGEPAKGEMLAGTAVYNGEVLHFHTENGRPYPTRGRFAAKVDFGSKSVDGIIDSGDDLHMGTQKFKAAIDGNGFKGTWTENGGGDVSGRFYGPAGEEVAGKYSYRPTDAEKGGFGVFAGKKEQDLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the C-terminal Domain of Neisseria Heparin Binding Antigen (NHBA), One of the Main Antigens of a Novel Vaccine against Neisseria meningitidis.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Gna2132
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| molecule tags |
Membrane protein
|
| source organism |
Neisseria meningitidis
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| total genus |
22
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| structure length |
160
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| sequence length |
160
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01298 | TbpB_B_D | C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Porin | Porin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HOL A; 3PQU A; 4AYM C; 2W80 C; 5T5F A; 2W81 C; 4AYN A; 2LFU A; 3V8U A; 4Z3T A; 4O3X B; 4QQ1 A; 3HOE A; 4AYD C; 2YPV A; 3VE1 A; 2KDY A; 2KC0 A; 3UAQ A; 4O3Y A; 4U9C A; 3VE2 A; 4O4U A; 2Y7S A; 5EE2 A; 1YS5 A; 4O3W A; 4O3Z A; 4AYI D; 3KVD D; 4O4X A; 4AYE C; 4O49 A; 3PQS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4LSF A; 2KPI A; 3I56 Z; 3EMN X; 4A3K I; 1KD1 1; 3VY9 X; 3UPG A; 1KQS Y; 1QJ8 A; 1ZB8 A; 2W04 A; 2K5R A; 3MZK B; 2VF1 A; 4NBC A; 4AUI A; 3VZU X; 2LHF A; 1VQN 1; 2J1N A; 1IZN B; 1VQ7 Z; 1HXX A; 3F3P C; 1VQP Z; 4QQ1 A; 3AA0 A; 2R7Z I; 3NDI A; 4O3Y A; 3PGS A; 8PRN A; 4NFR A; 2NVY I; 1P4T A; 5G38 A; 2Y0L A; 3POQ A; 4S1T A; 4NOZ A; 2BJO A; 4FZM A; 5CM2 M; 4HGZ A; 5AFU K; 3ESW A; 2IZ4 A; 1YIT 1; 2K4T A; 3RBH A; 2RIQ A; 1FDO A; 1RQF A; 3A2S X; 4GCQ A; 2X27 X; 1VQ8 1; 4NBE A; 3CCJ Z; 3GTM I; 2AXT O; 3VZW X; 4NB9 A; 5D1O A; 1NJI 2; 1FDI A; 3HOW I; 3I4M I; 3PRN A; 3NJT A; 4E30 A; 1ZHZ A; 3J7A 4; 4UB6 O; 4AFK A; 3U50 C; 4GCP A; 1VQ6 1; 4PJ0 O; 4BY1 I; 3AA1 A; 2YAD A; 3GTG I; 4G75 A; 1RLY A; 3AA6 A; 2F1C X; 4E33 A; 3GKQ A; 3KIF A; 3GCF A; 3DZM A; 3NSG A; 4JFB A; 1K9M 1; 1I6H I; 1Q86 2; 2KZ7 A; 3S14 I; 2P3Y A; 3LK4 1; 3CCR Z; 2X9K A; 1QYP A; 1I3Q I; 2YNK A; 2FGR A; 3PGU A; 1G90 A; 4A93 I; 1K73 1; 3GTL I; 1TWF I; 3I56 1; 2IWV A; 2OOX B; 2V45 A; 2E2H I; 1YJN Z; 3AA7 B; 2KC0 A; 3JCU O; 4MH4 A; 3CC7 1; 3NDJ A; 2JMO A; 1QXF A; 1USP A; 4NBB A; 4DK1 A; 4JCH A; 5G26 A; 3QWU A; 4PUX A; 1VQ7 1; 5TIS O; 2ODJ A; 2JNY A; 1VQP 1; 3GTQ I; 3S1M I; 3A0H O; 2ZLD A; 4HH4 A; 3I4N I; 5IT9 b; 2G2K A; 3GTP I; 2M07 A; 4O4X A; 1N8R 2; 4E31 A; 4A3C I; 4FQE A; 2JA5 I; 4X6A I; 2P28 A; 4CL1 A; 1GFM A; 2JS4 A; 3T0S A; 2RBL A; 2F1T A; 2PRN A; 2R4P A; 1T1L A; 3VY8 X; 3S1N I; 3S16 I; 2JA6 I; 2JIO A; 1M1K 2; 1RO0 A; 5G39 A; 3SYS A; 2E2J I; 3CCJ 1; 3PO3 I; 3BRY A; 3VMG A; 4MD8 A; 1R9T I; 2PK7 A; 1YIT Z; 4O3Z A; 1PHO A; 1PRN A; 3H3V J; 4AYB A; 2KXP A; 1VQ8 Z; 3HOL A; 2Q4Z A; 2K3R A; 3CCV 1; 4RLB A; 1L1O C; 3HOY I; 4FOZ A; 3PGR A; 3S1R I; 3CC4 1; 4F4B A; 1WJ2 A; 4BBS I; 1H6S 1; 2WVP A; 4QTU A; 5FLX b; 3GP6 A; 2LEX A; 4XX2 A; 2WAQ A; 5E79 O; 5B66 O; 3CCR 1; 4FRX A; 1W2B Z; 4E2Z A; 4FZL A; 3BG0 B; 4RL9 A; 3JAM b; 2Y0S A; 4D5U A; 5T64 A; 5DL6 A; 1NJI 1; 1RO2 A; 4KRA A; 1SIW A; 5ADX K; 3CCE 1; 1VQ4 1; 1Z01 A; 4A3D I; 1NP6 A; 2JIP A; 1X3Z A; 2R4N A; 3CCU Z; 2R8A A; 2M06 A; 2W80 C; 3G7G A; 4RS4 A; 1Q9G A; 1QJP A; 3FQQ A; 2XE1 A; 2ZFG A; 2OTJ Z; 1ORM A; 1QVG Z; 3S2H I; 3MON A; 3CC7 Z; 5A2Q b; 2DE6 A; 1Q82 2; 4KR4 A; 2KI7 B; 2V8J A; 1Y1V I; 5KAI O; 1Q86 1; 2GTI A; 3DA4 A; 2KDY A; 2OZK A; 3EED A; 4RV9 A; 4RJW A; 3LK2 A; 1KRL A; 2LIY A; 4Y7N I; 1Q9F A; 3AAA B; 6PRN A; 3IX0 A; 3HWB A; 4A3E I; 1YJ9 Z; 2ERV A; 1PFT A; 2NVQ I; 5ADX L; 5B5E O; 1X3W A; 3TE5 B; 4NBG A; 2Y0H A; 3DWO X; 3AAE A; 3QRC A; 1ZH1 A; 3CC2 Z; 4AKM A; 2J4U P; 2OOY B; 4NBD A; 2JIM A; 5C4X I; 2E9H A; 1N8R 1; 2V8K A; 4EWC A; 3C5O A; 4LSI A; 7PRN A; 1ZHT A; 2M48 A; 1N2F A; 3CD6 1; 3LK3 A; 1GFQ A; 1VQL 1; 3F3F C; 3UU2 A; 3BS0 A; 4A3F I; 2E2I I; 3PO3 S; 1GFN A; 1MM5 A; 1RNI A; 4NBF A; 3J81 f; 1VQM 1; 3CCV Z; 1W2B Y; 4FMS A; 4FRT A; 2E7Z A; 3CC4 Z; 1M1K 1; 1Z03 A; 5D5D A; 2K0L A; 4XNL A; 3G4S 1; 3G71 Z; 3IF8 A; 5IP7 I; 3HOV I; 3OW2 Z; 1S72 1; 4N74 A; 3T4N B; 3J80 b; 4D65 A; 4DQY B; 2QRD B; 2QA4 Z; 2R6M A; 3M4O I; 2IWW A; 4C4V B; 4O3X B; 3CCU 1; 4C00 A; 1QVG Y; 3POR A; 1VQK Z; 2OTJ 1; 4DGL A; 1YI2 Z; 3DWN A; 5DL5 A; 4CTD A; 4BXX I; 5EE2 A; 3CCE Z; 1VQ4 Z; 3CPW Y; 1GFP A; 4FT6 A; 2JUB A; 2NVX I; 4AYI D; 1QJ9 A; 5T67 A; 5G3A A; 1WII A; 2AKL A; 3T24 A; 1Q81 1; 4O49 A; 5PRN A; 1IZN A; 4A3M I; 2R88 A; 2Y0K A; 3TZG A; 4Y52 I; 1T16 A; 1DL6 A; 4MD7 A; 3SZV A; 3SZD A; 1YJ9 1; 5DL8 A; 1WZN A; 4AKR B; 4E2W A; 2XTR A; 3RZO I; 4D64 A; 3CMA Z; 3NH4 A; 3FKI I; 5FLX f; 1Y1V S; 3Q87 A; 1VQO 1; 2QKD A; 3PO2 I; 3CC2 1; 4E1T A; 1ZHW A; 3WI4 A; 3S17 I; 1HXT A; 1MM4 A; 2WJR A; 2HF1 A; 5LL6 f; 3SY9 A; 1Q82 1; 4TNU A; 1E54 A; 3HOZ I; 3AA0 B; 1WCM I; 3VTN A; 4IL6 O; 4A3G I; 1Z02 A; 1QF8 A; 2VUM I; 3CD6 Z; 4AZL A; 1VQL Z; 3IR7 A; 3VZT X; 2FGQ X; 2O53 A; 1YIJ 1; 5T6B A; 3G71 1; 3OW2 Y; 4A3I I; 2R93 I; 3GTM S; 1K8A 2; 2V8I A; 5A2Q f; 1THQ A; 3PF1 A; 3H0G I; 2QRC B; 1VQM Z; 3T20 A; 3FYX A; 2VPX A; 2VPZ A; 1TWG I; 2QA4 1; 4XNK A; 2N2L A; 3CCM Z; 1K9M 2; 3G4S Z; 2VUG A; 2GTH A; 5IP9 I; 2JA8 I; 2XE3 A; 1BH3 A; 2W03 A; 4PR7 A; 1BT9 A; 3RZD I; 1S72 Z; 1S5L O; 5D1O B; 3WI5 A; 2J6A A; 3CQZ I; 1VQK 1; 5DL7 A; 4AYE C; 3I55 1; 1YI2 1; 3NFZ A; 3GTO I; 1SFO I; 5FLM I; 3AA1 B; 2XTQ A; 3AA7 A; 3SY7 A; 1WW9 A; 3V8U A; 3AA6 B; 1YUK A; 4Z3T A; 1ML8 A; 3JTY A; 2KZ7 B; 2NAP A; 4GHB A; 3CPW Z; 5GV0 A; 4E2X A; 3VMI A; 3G6E Z; 3DA3 A; 4U9C A; 3HOX I; 2GE4 A; 3CME 1; 2R4O A; 2PMZ A; 1AA6 A; 1MPF A; 3CMA 1; 2HU9 A; 3TDH B; 5AN9 F; 1M90 2; 4G76 A; 3WU2 O; 1VLA A; 3CCQ Z; 1OPF A; 2MHL A; 3IFU A; 1BXW A; 2GU2 A; 2RHB A; 2M6N A; 4A3L I; 4AYM C; 1USP B; 1Y1W I; 1VQO Z; 4NBA A; 3CCL Z; 1YUA A; 3D2L A; 4RJX A; 1YJW Z; 5T5F A; 2W81 C; 3J80 f; 2JQY A; 4N75 A; 2LFU A; 2IV2 X; 1VQ9 1; 4B61 A; 1HXU A; 2OMF A; 4FZN A; 1ZHX A; 2YPV A; 4K3C A; 1YHQ 1; 4E1S A; 4O4U A; 2Q51 A; 5C4J I; 1RO4 A; 2ZAE B; 3S2D I; 3A0B O; 2XE5 A; 4FSP A; 4O3W A; 1KC8 2; 3KVD D; 1Q7Y 2; 1TWC I; 4LSH A; 4MRI A; 2I3C A; 3I07 A; 3CCM 1; 2WJQ A; 1YIJ Z; 4FUV A; 5IT9 f; 3KZI O; 2OTL Z; 2YU9 I; 3SYB A; 4FES A; 2N2M A; 3D9X A; 3EER A; 1K83 I; 4C69 X; 2KXP B; 2RPR A; 2V3V A; 5H2F O; 1TFI A; 4N58 A; 3K7A I; 4AYD C; 2IZ3 A; 3I55 Z; 1JJ2 Z; 4MON A; 2B63 I; 2VPY A; 1P9N A; 1KD1 2; 4RLC A; 1K8A 1; 2QEX 1; 5AFU L; 2R89 A; 2F1V A; 3VMH A; 1OSM A; 3G6E 1; 3S1Q I; 4QTT A; 3CCS 1; 2EGT A; 2POR A; 5C3E I; 3O0E A; 4E32 A; 2JIR A; 1ZB9 A; 4K3B A; 1QVF Z; 3CCQ 1; 3FQM A; 2JA7 I; 3P5J B; 2NVT I; 3AAA A; 2XG6 A; 4NH1 C; 3CME Z; 4FSO A; 4BUM X; 1VQ5 Z; 3S15 I; 3CXC Z; 1JWH C; 3QRA A; 3CCL 1; 3POU A; 1YJW 1; 3GTJ I; 3UAQ A; 4RVF A; 4A3J I; 3J81 b; 1TWH I; 4BBR I; 2RT9 A; 3VB9 A; 1YS5 A; 2R4L A; 3JAM f; 5IYU A; 4KR8 A; 1KQS Z; 5FVN A; 1TWA I; 1VQN Z; 4UB8 O; 1VQ9 Z; 3LK2 B; 1GFO A; 1M90 1; 4N59 A; 4BY7 I; 1Q16 A; 2QTK A; 3HW9 A; 1YHQ Z; 3K19 A; 4MXU A; 4RVG A; 2JR6 A; 4MD9 A; 1ZHY A; 4GCS A; 4A3B I; 2R92 I; 3AAE B; 3NH8 A; 2OTL 1; 3GTK I; 2O4H A; 4GF4 A; 3KIH A; 2Y7S A; 4HGY A; 5KAF O; 3LK4 2; 5GTH O; 3D6W A; 4NBH A; 1JJ2 Y; 3LK3 B; 4RVH A; 2F4O A; 2QRE B; 1K73 2; 3M3Y I; 4NB8 A; 3PQS A; 1X0T A; 5GTI O; 4C4V A; 3POX A; 3PQU A; 1Y8C A; 2QR1 B; 3HOU I; 1KC8 1; 2XMX A; 1Q7Y 1; 2Y2X A; 5C44 I; 4AYN A; 3BRZ A; 4LSE A; 2XE2 A; 1VQ6 Z; 2JMM A; 2WB1 A; 2DE5 A; 1QVF Y; 1Q81 2; 3LUS A; 3HOE A; 4E2Y A; 1LQL A; 2VPW A; 2F4M A; 2QEX Z; 2O4V A; 3VE1 A; 5JDP A; 1NUI A; 2H85 A; 3VE2 A; 2JIQ A; 3BG1 B; 3CXC Y; 3MZL B; 1S7M A; 5D1P A; 1I50 I; 3CCS Z; 2QLV B; 2AYD A; 1VQ5 1; 2PM9 A; 1YJN 1; 2DE7 A; 2MNH A; 4RVD A; 4AKR A; 3NH5 A; 3HKZ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4LSF A; 2KPI A; 3I56 Z; 3EMN X; 4A3K I; 1KD1 1; 3VY9 X; 3UPG A; 1KQS Y; 1QJ8 A; 1ZB8 A; 2W04 A; 2K5R A; 3MZK B; 2VF1 A; 4NBC A; 4AUI A; 3VZU X; 2LHF A; 1VQN 1; 2J1N A; 1IZN B; 1VQ7 Z; 1HXX A; 3F3P C; 1VQP Z; 4QQ1 A; 3AA0 A; 2R7Z I; 3NDI A; 4O3Y A; 8PRN A; 4NFR A; 2NVY I; 1P4T A; 2Y0L A; 3POQ A; 4S1T A; 4NOZ A; 2BJO A; 4FZM A; 5CM2 M; 4HGZ A; 5AFU K; 3ESW A; 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