The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
124
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structure length |
124
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Chain Sequence |
MKFLTSNFVQCASKQCVSSGNAFPLTFSALEMVQQEAEFDPEFLVSMLERIDWAALVKVANDLGNESLPDVKPEIDEPFAEGNQGLLQELHSLLIETCIVEGTMKCENCGHTYFIKNSIPNFLL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Insights into molecular plasticity in protein complexes from Trm9-Trm112 tRNA modifying enzyme crystal structure.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TRNA METHYLTRANSFERASE
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| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Yarrowia lipolytica clib122
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| total genus |
29
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| structure length |
124
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| sequence length |
124
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-07-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| M | PF03966 | Trm112p | Trm112p-like protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ML8 A; 3M3Y I; 4A3D I; 1L1O C; 2P3Y A; 4NBA A; 4A3E I; 2JA7 I; 4Y7N I; 3GTL I; 4QTU A; 3EER A; 2RBL A; 1Y1V S; 1ZB9 A; 3GTM S; 1Y1V I; 2DE7 A; 5FLM I; 3GTM I; 1USP B; 2E2H I; 1N2F A; 4Y52 I; 1NUI A; 4X6A I; 1I50 I; 4A3I I; 2BJO A; 4BBS I; 1I3Q I; 1PFT A; 2R92 I; 4XX2 A; 5C44 I; 4BY7 I; 1R9T I; 3GTK I; 3CQZ I; 5IP7 I; 3H0G I; 2KPI A; 3Q87 A; 3VB9 A; 4A93 I; 1WW9 A; 3S16 I; 4NB8 A; 2DE6 A; 5C4J I; 4A3C I; 3ESW A; 1RO4 A; 4NBF A; 1I6H I; 4A3L I; 4BBR I; 3S1N I; 1X3Z A; 3S1Q I; 2JA6 I; 2HF1 A; 3GTP I; 3H3V J; 3LUS A; 1QYP A; 2F4O A; 3VMG A; 4A3J I; 2NVQ I; 1TWA I; 4BXX I; 3S17 I; 3VMH A; 4NBC A; 3GTO I; 3U50 C; 1TWC I; 2F4M A; 1YUA A; 3GCF A; 4BY1 I; 3S2D I; 4NBG A; 1Y1W I; 1WCM I; 5CM2 M; 4NBB A; 4NBD A; 2YU9 I; 3S2H I; 5IP9 I; 2JR6 A; 1TFI A; 3S1R I; 1RLY A; 2JNY A; 1USP A; 4NBH A; 1ZB8 A; 4A3F I; 3HOW I; 4A3G I; 3S1M I; 2AKL A; 3FKI I; 4A3M I; 3RZO I; 3PO3 S; 4NBE A; 5C4X I; 2NVT I; 3I4N I; 3GKQ A; 3PO3 I; 2J6A A; 3GTJ I; 2VUM I; 3VMI A; 3HOX I; 1DL6 A; 3M4O I; 3HOU I; 4A3B I; 1TWF I; 2B63 I; 1VLA A; 2R7Z I; 4NOZ A; 2K5R A; 1K83 I; 2NVY I; 4QTT A; 3GTG I; 2E2I I; 2NVX I; 3I4M I; 3K7A I; 3HOZ I; 1LQL A; 3D6W A; 3I07 A; 2JA8 I; 2DE5 A; 2E2J I; 3RZD I; 3S15 I; 1X3W A; 1TWH I; 2JS4 A; 1SFO I; 5C3E I; 2R93 I; 4A3K I; 3S14 I; 1TWG I; 2JA5 I; 3HOV I; 3GTQ I; 3PO2 I; 3HOY I; 4NB9 A; 4MH4 A; 2PK7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4E2Y A; 3CCU 1; 2P3Y A; 3I56 1; 4Y7N I; 3GTL I; 2RHB A; 2Q51 A; 4QTU A; 3CXC Z; 2VPZ A; 5FLM I; 1Q81 2; 1WJ2 A; 4RVD A; 4E33 A; 4Y52 I; 1I50 I; 2BJO A; 2V3V A; 2VF1 A; 2GTH A; 1KC8 1; 2HU9 A; 4HGZ A; 1WW9 A; 4NB8 A; 2VPW A; 3ESW A; 3MZL B; 4NBF A; 3CCR 1; 1WII A; 2HF1 A; 2OTL Z; 1KD1 2; 1JJ2 Y; 3I55 Z; 2PM9 A; 4A3J I; 3OW2 Z; 3S17 I; 1YHQ Z; 4DK1 A; 3VMH A; 2W03 A; 3U50 C; 2QEX 1; 1TWC I; 2F4M A; 2H85 A; 3CC7 1; 2GTI A; 4DGL A; 1QVF Y; 4E2Z A; 3G71 1; 5T67 A; 3S2H I; 2JR6 A; 1RLY A; 2JNY A; 3KIH A; 1VQO Z; 1M90 1; 4A3G I; 4A3M I; 1VQ9 Z; 1VQ7 1; 3FQM A; 3PO3 I; 3MON A; 3KIF A; 3CXC Y; 3D2L A; 4A3B I; 1TWF I; 2QLV B; 2B63 I; 2R7Z I; 3J80 f; 1YIJ Z; 2E2I I; 2NVX I; 1YJ9 Z; 2RT9 A; 3I07 A; 2JA8 I; 1VQ5 Z; 2LIY A; 1Z03 A; 3CCU Z; 1P9N A; 3I56 Z; 2R93 I; 5AN9 F; 1YJN 1; 2QRC B; 4NH1 C; 1VQK 1; 3HOY I; 4MH4 A; 3IF8 A; 1N8R 2; 1Z01 A; 3CC4 Z; 1L1O C; 2OOY B; 2JA7 I; 1VQL 1; 1Y1V S; 4EWC A; 1NJI 1; 3GTM S; 2DE7 A; 3CCE 1; 5IT9 f; 3F3P C; 3CPW Y; 2E2H I; 1YJW 1; 4MD8 A; 1Y8C A; 4A3I I; 1I3Q I; 1QVF Z; 2R92 I; 5C44 I; 1K73 2; 1M1K 2; 4E2W A; 4E32 A; 1Q81 1; 3CQZ I; 2VUG A; 1VQ4 1; 1X0T A; 3Q87 A; 3T4N B; 5D1O A; 1VQN Z; 4A93 I; 3J80 b; 1RO4 A; 1I6H I; 3CD6 Z; 3S1N I; 2QEX Z; 4HH4 A; 2WAQ A; 2JA6 I; 2QRD B; 1VQ8 Z; 5T64 A; 1VQ6 Z; 3CCJ 1; 3CCV Z; 4HGY A; 3VMG A; 2GU2 A; 4BXX I; 2M6N A; 2QRE B; 3CCQ 1; 1VQP 1; 1QXF A; 2IZ4 A; 1VQ7 Z; 1KD1 1; 3GCF A; 4NBG A; 4E30 A; 4NBB A; 3NH8 A; 3NH4 A; 1NP6 A; 2YU9 I; 5IP9 I; 2VPY A; 3CMA 1; 2P28 A; 3S1R I; 3CCS Z; 4A3F I; 2JUB A; 1K8A 2; 5IT9 b; 3S1M I; 2AKL A; 3CCM Z; 1VQM 1; 4AYB A; 3RZO I; 4NBE A; 5C4X I; 3I4N I; 4MON A; 2JIM A; 3VMI A; 3CPW Z; 2PMZ A; 1QF8 A; 4MD9 A; 2EGT A; 4RV9 A; 2QA4 1; 2WB1 A; 3I4M I; 3K7A I; 3HOZ I; 3BG1 B; 1LQL A; 1ZH1 A; 5FLX f; 3RZD I; 1SFO I; 5C3E I; 3S14 I; 3CCE Z; 1S72 1; 2JA5 I; 4NB9 A; 2K5R A; 3CC2 1; 1ML8 A; 3M3Y I; 1Q86 1; 2K3R A; 4A3D I; 3NFZ A; 4NBA A; 1K9M 2; 3EER A; 3CCL Z; 4S1T A; 2JIP A; 1QVG Y; 1Y1V I; 3G6E Z; 2I3C A; 3GTM I; 1N2F A; 1AA6 A; 4MD7 A; 1NUI A; 4X6A I; 4NFR A; 1PFT A; 1Q7Y 2; 2RIQ A; 4TNU A; 2O53 A; 1Q82 2; 1FDO A; 2QR1 B; 1R9T I; 3GTK I; 2RPR A; 5IP7 I; 2KPI A; 3H0G I; 1M90 2; 3NH5 A; 3VB9 A; 1K73 1; 3NDI A; 3S16 I; 2DE6 A; 4A3C I; 3CCQ Z; 1VQP Z; 1YHQ 1; 2G2K A; 3S1Q I; 2JMO A; 5FLX b; 2OTJ 1; 3GTP I; 3H3V J; 3CCR Z; 3GTO I; 1VQM Z; 2V8J A; 2V8I A; 3S2D I; 2AYD A; 4DQY B; 5CM2 M; 4NBD A; 1YUK A; 1WZN A; 2KI7 B; 1SIW A; 1USP A; 4NBH A; 3FKI I; 4E31 A; 1RNI A; 2QA4 Z; 2NVT I; 3CC7 Z; 3GKQ A; 3F3F C; 1YJ9 1; 3GTJ I; 1QVG Z; 3BG0 B; 3G71 Z; 2VUM I; 1NJI 2; 3QWU A; 1VQ5 1; 1K8A 1; 1YIT 1; 3CME 1; 3NDJ A; 2NAP A; 3MZK B; 3M4O I; 1S7M A; 1VLA A; 3G4S 1; 1KQS Z; 4NOZ A; 1K83 I; 2NVY I; 3FQQ A; 2OOX B; 1S72 Z; 3D6W A; 2DE5 A; 2E2J I; 3CC2 Z; 1X3W A; 3IX0 A; 2JS4 A; 3HKZ A; 3CC4 1; 2OZK A; 3JAM f; 5A2Q f; 2E7Z A; 1TWG I; 2LFU A; 2E9H A; 2ZAE B; 1RO0 A; 3TDH B; 4A3E I; 5D1O B; 2RBL A; 1YJN Z; 2QKD A; 3J7A 4; 1ZB9 A; 1JWH C; 4MRI A; 1VQK Z; 1USP B; 1KC8 2; 1YI2 1; 2R6M A; 5LL6 f; 3TE5 B; 1K9M 1; 1VQN 1; 4BBS I; 4RVG A; 4XX2 A; 5D1P A; 1VQL Z; 4BY7 I; 3CD6 1; 1YJW Z; 1VQ8 1; 2OTJ Z; 1RO2 A; 1Q7Y 1; 1VQ6 1; 3CCV 1; 1W2B Z; 1Q82 1; 5C4J I; 3J81 f; 1RQF A; 5T6B A; 2Y0S A; 4A3L I; 2IZ3 A; 2V45 A; 3IR7 A; 2W04 A; 1X3Z A; 4BBR I; 2YAD A; 1N8R 1; 1VQ4 Z; 1Q16 A; 2LEX A; 3LUS A; 1KQS Y; 1QYP A; 2F4O A; 2IV2 X; 3JAM b; 2NVQ I; 1TWA I; 5A2Q b; 2JIO A; 4NBC A; 3CCS 1; 3D9X A; 1YUA A; 3CCM 1; 4BY1 I; 3CCJ Z; 2OTL 1; 1Y1W I; 1WCM I; 1M1K 1; 2JIR A; 3I55 1; 2M48 A; 1YIT Z; 3CME Z; 1TFI A; 1ZB8 A; 2O4H A; 3HOW I; 3G4S Z; 1Q86 2; 3PO3 S; 4RVF A; 1FDI A; 2J6A A; 2VPX A; 4RVH A; 3P5J B; 3CMA Z; 3HOX I; 1Z02 A; 1DL6 A; 1VQO 1; 3VTN A; 4CL1 A; 3HOU I; 1JJ2 Z; 1VQ9 1; 4QTT A; 3GTG I; 2Q4Z A; 3OW2 Y; 2V8K A; 4E2X A; 3J81 b; 3S15 I; 1TWH I; 3EED A; 4RS4 A; 3IFU A; 4A3K I; 1YIJ 1; 4MXU A; 3CCL 1; 1W2B Y; 3HOV I; 3GTQ I; 2JIQ A; 3G6E 1; 1KRL A; 3PO2 I; 1YI2 Z; 2PK7 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4E2Y A; 3CCU 1; 2P3Y A; 3I56 1; 4Y7N I; 3GTL I; 2RHB A; 2Q51 A; 4QTU A; 3CXC Z; 5FLM I; 1Q81 2; 4RVD A; 4E33 A; 4Y52 I; 1I50 I; 2BJO A; 2VF1 A; 2GTH A; 1KC8 1; 2HU9 A; 4HGZ A; 1WW9 A; 4NB8 A; 3ESW A; 3MZL B; 4NBF A; 3CCR 1; 1WII A; 2HF1 A; 2OTL Z; 1KD1 2; 1JJ2 Y; 3I55 Z; 2PM9 A; 4A3J I; 3OW2 Z; 3S17 I; 1YHQ Z; 4DK1 A; 3VMH A; 2W03 A; 3U50 C; 2QEX 1; 1TWC I; 2F4M A; 2H85 A; 3CC7 1; 2GTI A; 4DGL A; 1QVF Y; 4E2Z A; 3G71 1; 5T67 A; 3S2H I; 2JR6 A; 2JNY A; 1RLY A; 3KIH A; 1VQO Z; 1M90 1; 4A3G I; 4A3M I; 1VQ9 Z; 1VQ7 1; 3FQM A; 3PO3 I; 3MON A; 3KIF A; 3CXC Y; 4A3B I; 1TWF I; 2QLV B; 2B63 I; 2R7Z I; 3J80 f; 1YIJ Z; 2E2I I; 2NVX I; 1YJ9 Z; 2RT9 A; 3I07 A; 2JA8 I; 1VQ5 Z; 2LIY A; 1Z03 A; 3CCU Z; 1P9N A; 3I56 Z; 2R93 I; 5AN9 F; 1YJN 1; 2QRC B; 4NH1 C; 1VQK 1; 3HOY I; 4MH4 A; 3IF8 A; 1N8R 2; 1Z01 A; 3CC4 Z; 1L1O C; 2OOY B; 2JA7 I; 1VQL 1; 1Y1V S; 4EWC A; 1NJI 1; 3GTM S; 2DE7 A; 3CCE 1; 5IT9 f; 3F3P C; 3CPW Y; 2E2H I; 1YJW 1; 4MD8 A; 4A3I I; 1I3Q I; 1QVF Z; 2R92 I; 5C44 I; 1K73 2; 1M1K 2; 4E2W A; 4E32 A; 1Q81 1; 3CQZ I; 2VUG A; 1VQ4 1; 1X0T A; 3Q87 A; 3T4N B; 5D1O A; 1VQN Z; 4A93 I; 3J80 b; 1RO4 A; 1I6H I; 3CD6 Z; 3S1N I; 2QEX Z; 4HH4 A; 2WAQ A; 2JA6 I; 2QRD B; 1VQ8 Z; 5T64 A; 1VQ6 Z; 3CCJ 1; 3CCV Z; 4HGY A; 3VMG A; 2GU2 A; 4BXX I; 2M6N A; 2QRE B; 3CCQ 1; 1VQP 1; 2IZ4 A; 1VQ7 Z; 1KD1 1; 3GCF A; 4NBG A; 4E30 A; 4NBB A; 3NH8 A; 3NH4 A; 1NP6 A; 2YU9 I; 5IP9 I; 3CMA 1; 2P28 A; 3S1R I; 3CCS Z; 4A3F I; 2JUB A; 1K8A 2; 5IT9 b; 3S1M I; 2AKL A; 3CCM Z; 1VQM 1; 4AYB A; 3RZO I; 4NBE A; 5C4X I; 3I4N I; 4MON A; 3VMI A; 3CPW Z; 2PMZ A; 1QF8 A; 4MD9 A; 2EGT A; 4RV9 A; 2QA4 1; 2WB1 A; 3I4M I; 3K7A I; 3HOZ I; 3BG1 B; 1LQL A; 1ZH1 A; 5FLX f; 3RZD I; 1SFO I; 5C3E I; 3S14 I; 3CCE Z; 1S72 1; 2JA5 I; 4NB9 A; 2K5R A; 3CC2 1; 1ML8 A; 3M3Y I; 1Q86 1; 2K3R A; 4A3D I; 3NFZ A; 4NBA A; 1K9M 2; 3EER A; 3CCL Z; 4S1T A; 1QVG Y; 1Y1V I; 3G6E Z; 2I3C A; 3GTM I; 1N2F A; 4MD7 A; 1NUI A; 4X6A I; 4NFR A; 1PFT A; 1Q7Y 2; 2RIQ A; 4TNU A; 2O53 A; 1Q82 2; 2QR1 B; 1R9T I; 3GTK I; 2RPR A; 5IP7 I; 2KPI A; 3H0G I; 1M90 2; 3NH5 A; 3VB9 A; 1K73 1; 3NDI A; 3S16 I; 2DE6 A; 4A3C I; 3CCQ Z; 1VQP Z; 1YHQ 1; 2G2K A; 3S1Q I; 2JMO A; 5FLX b; 2OTJ 1; 3GTP I; 3H3V J; 3CCR Z; 3GTO I; 1VQM Z; 2V8J A; 2V8I A; 3S2D I; 4DQY B; 5CM2 M; 4NBD A; 1YUK A; 2KI7 B; 1USP A; 4NBH A; 3FKI I; 4E31 A; 1RNI A; 2QA4 Z; 2NVT I; 3CC7 Z; 3GKQ A; 3F3F C; 1YJ9 1; 3GTJ I; 1QVG Z; 3BG0 B; 3G71 Z; 2VUM I; 1NJI 2; 3QWU A; 1VQ5 1; 1K8A 1; 1YIT 1; 3CME 1; 3NDJ A; 3MZK B; 3M4O I; 1S7M A; 1VLA A; 3G4S 1; 1KQS Z; 4NOZ A; 1K83 I; 2NVY I; 3FQQ A; 2OOX B; 1S72 Z; 3D6W A; 2DE5 A; 2E2J I; 3CC2 Z; 1X3W A; 3IX0 A; 2JS4 A; 3HKZ A; 3CC4 1; 2OZK A; 3JAM f; 5A2Q f; 1TWG I; 2LFU A; 2E9H A; 2ZAE B; 1RO0 A; 3TDH B; 4A3E I; 5D1O B; 2RBL A; 1YJN Z; 2QKD A; 3J7A 4; 1ZB9 A; 1JWH C; 4MRI A; 1VQK Z; 1USP B; 1KC8 2; 1YI2 1; 2R6M A; 5LL6 f; 3TE5 B; 1K9M 1; 1VQN 1; 4BBS I; 4RVG A; 4XX2 A; 5D1P A; 1VQL Z; 4BY7 I; 3CD6 1; 1YJW Z; 1VQ8 1; 2OTJ Z; 1RO2 A; 1Q7Y 1; 1VQ6 1; 3CCV 1; 1W2B Z; 1Q82 1; 5C4J I; 3J81 f; 1RQF A; 2Y0S A; 5T6B A; 4A3L I; 2IZ3 A; 4BBR I; 2W04 A; 1X3Z A; 2YAD A; 1N8R 1; 1VQ4 Z; 3LUS A; 1KQS Y; 1QYP A; 2F4O A; 3JAM b; 2NVQ I; 1TWA I; 5A2Q b; 4NBC A; 3CCS 1; 3D9X A; 1YUA A; 3CCM 1; 4BY1 I; 3CCJ Z; 2OTL 1; 1Y1W I; 1WCM I; 1M1K 1; 3I55 1; 2M48 A; 1YIT Z; 3CME Z; 1TFI A; 1ZB8 A; 2O4H A; 3HOW I; 3G4S Z; 1Q86 2; 3PO3 S; 4RVF A; 2J6A A; 4RVH A; 3P5J B; 3CMA Z; 3HOX I; 1Z02 A; 1DL6 A; 1VQO 1; 3VTN A; 4CL1 A; 3HOU I; 1JJ2 Z; 1VQ9 1; 4QTT A; 3GTG I; 2Q4Z A; 3OW2 Y; 2V8K A; 4E2X A; 3J81 b; 3S15 I; 1TWH I; 3EED A; 4RS4 A; 3IFU A; 4A3K I; 1YIJ 1; 4MXU A; 3CCL 1; 1W2B Y; 3HOV I; 3GTQ I; 3G6E 1; 1KRL A; 3PO2 I; 1YI2 Z; 2PK7 A;
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