The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
70
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structure length |
70
|
Chain Sequence |
MESRLLDILVCPVCKGRLEFQRAQAELVCNADRLAFPVRDGVPIMLEAEARSLDAEAPAQPSLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR Solution Structure of Bordetella bronchiseptica protein BB2007.
rcsb |
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| source organism |
Bordetella bronchiseptica rb50
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| molecule keywords |
UPF0434 protein BB2007
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| total genus |
7
|
| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03966 | Trm112p | Trm112p-like protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1L1O C; 3PO2 I; 1LQL A; 3EER A; 1TWF I; 4NOZ A; 3GCF A; 2DE5 A; 3HOW I; 2F4M A; 2R92 I; 3GTL I; 3RZD I; 3GTO I; 4NBH A; 1N2F A; 3HOV I; 4A3L I; 3K7A I; 2JR6 A; 3CQZ I; 4BBS I; 1X3Z A; 4A3I I; 5C44 I; 1RLY A; 2BJO A; 5C4X I; 1Y1V I; 5IP7 I; 1WW9 A; 4BY1 I; 1TFI A; 1TWA I; 1RO4 A; 1Y1V S; 2R7Z I; 3S2D I; 4XX2 A; 3GTM S; 2JA8 I; 4A3B I; 2J6A A; 2KPI A; 3GTP I; 4NBG A; 1TWH I; 2RBL A; 1WCM I; 3H3V J; 3S15 I; 3GTJ I; 4BXX I; 4Y52 I; 4A3F I; 1VLA A; 3S1M I; 2K5R A; 2F4O A; 2NVY I; 3HOY I; 3S14 I; 2DE6 A; 2P3Y A; 3H0G I; 4NB9 A; 2E2I I; 5CM2 M; 3S2H I; 1NUI A; 3VMH A; 3S17 I; 3FKI I; 3HOZ I; 3GTQ I; 4NBA A; 1I3Q I; 1ZB9 A; 3HOU I; 3PO3 I; 3PO3 S; 2E2J I; 1I6H I; 1YUA A; 4NB8 A; 3RZO I; 1USP A; 4QTU A; 2E2H I; 4NBC A; 1TWC I; 3VMI A; 1Y1W I; 3GKQ A; 4A3J I; 1USP B; 3M3Y I; 1X3W A; 2B63 I; 2NVT I; 2YU9 I; 4A3K I; 3U50 C; 2HF1 A; 1ML8 A; 4A3C I; 3S1R I; 4X6A I; 5FLM I; 1PFT A; 3S16 I; 3S1Q I; 1DL6 A; 2R93 I; 4A3M I; 4BY7 I; 3ESW A; 3GTG I; 2AKL A; 3VB9 A; 2DE7 A; 3HOX I; 1R9T I; 4NBF A; 1ZB8 A; 4NBB A; 4A93 I; 3D6W A; 4Y7N I; 2JS4 A; 5IP9 I; 3I4N I; 4A3D I; 1QYP A; 3VMG A; 2JA7 I; 5C3E I; 3Q87 A; 3LUS A; 4A3G I; 4QTT A; 1I50 I; 1SFO I; 1TWG I; 1K83 I; 3I4M I; 5C4J I; 4BBR I; 3I07 A; 4MH4 A; 2JA6 I; 3GTM I; 2VUM I; 3S1N I; 2JA5 I; 2NVX I; 3GTK I; 4NBD A; 4A3E I; 2JNY A; 2NVQ I; 4NBE A; 2PK7 A; 3M4O I; #chains in the Genus database with same CATH topology 2AYD A; 1VQ6 1; 1TWF I; 3MZK B; 1VQN 1; 3J7A 4; 2R92 I; 4NBH A; 2QKD A; 5D1O A; 1X0T A; 3CQZ I; 1RLY A; 3IF8 A; 1Y1V I; 1Y1V S; 2RIQ A; 2J6A A; 2KPI A; 1Q82 1; 1WCM I; 2QLV B; 3IX0 A; 1YJN 1; 1VLA A; 2RPR A; 3QWU A; 2JIM A; 3VTN A; 2NVY I; 1YIJ 1; 2P3Y A; 1S7M A; 1YJW Z; 2E2I I; 1VQO Z; 3S2H I; 1YI2 1; 2QRC B; 3KIH A; 3CC4 1; 3FKI I; 1K73 1; 3HOZ I; 3CPW Y; 2OTJ 1; 4NBA A; 3J80 f; 3OW2 Z; 4S1T A; 1KQS Z; 1K8A 1; 1VQP 1; 1VQL 1; 4E2X A; 3TDH B; 1QXF A; 2V8J A; 1Q86 2; 3NDI A; 1YHQ Z; 2V3V A; 4MRI A; 1Y1W I; 2OTL Z; 1Z02 A; 3CMA 1; 4A3J I; 3CCU 1; 3M3Y I; 1Q16 A; 3I55 Z; 2I3C A; 2YU9 I; 3J80 b; 1KC8 1; 2RT9 A; 1VQ7 1; 3EED A; 4RV9 A; 3S1Q I; 2R93 I; 4A3M I; 4BY7 I; 2O4H A; 2AKL A; 3VB9 A; 2DE7 A; 2PM9 A; 1R9T I; 2E9H A; 3CCQ 1; 3D6W A; 5IP9 I; 1QYP A; 5C3E I; 1YJ9 Z; 1Q7Y 2; 1SFO I; 1Q81 2; 4RVD A; 2OZK A; 4E31 A; 5T64 A; 1QVG Z; 4BBR I; 3G6E Z; 2PMZ A; 2K3R A; 2EGT A; 1VQ5 Z; 2JNY A; 4NFR A; 4A3B I; 1L1O C; 1NJI 1; 2IZ3 A; 1LQL A; 4RS4 A; 1YIT 1; 4RVG A; 2VPZ A; 1VQ4 1; 4NOZ A; 1S72 Z; 2DE5 A; 3HOW I; 4TNU A; 3CCJ 1; 4MXU A; 2QA4 Z; 3GTL I; 3OW2 Y; 3GTO I; 3K7A I; 3HKZ A; 4E2Y A; 1KQS Y; 4BBS I; 3CD6 Z; 3CCS 1; 1VQ8 1; 3S2D I; 1VQN Z; 2QRE B; 2JA8 I; 5D1O B; 1N8R 2; 1TWH I; 3I56 Z; 1NP6 A; 3NFZ A; 1JJ2 Y; 3D9X A; 3CME Z; 1WII A; 3S1M I; 2F4O A; 5A2Q f; 4MD8 A; 4NB9 A; 2M48 A; 5CM2 M; 4RVH A; 3CXC Z; 1ZH1 A; 3NDJ A; 1QVF Z; 1I3Q I; 3CC7 Z; 1ZB9 A; 3CCL 1; 2NAP A; 1YUK A; 3FQQ A; 1VQK Z; 1I6H I; 4NB8 A; 2E2H I; 4NBC A; 3CC4 Z; 2JIR A; 3D2L A; 2Y0S A; 4DGL A; 5A2Q b; 1FDI A; 2VUG A; 1QVG Y; 3GKQ A; 2WB1 A; 2KI7 B; 2B63 I; 2NVT I; 4AYB A; 1K9M 2; 2GTI A; 5D1P A; 3CCV 1; 1PFT A; 3S16 I; 3GTG I; 1M1K 2; 3CCE Z; 4A93 I; 1ZB8 A; 2GU2 A; 2JS4 A; 4A3D I; 1P9N A; 1VQ9 Z; 4A3G I; 4QTT A; 3F3F C; 1I50 I; 1JJ2 Z; 1WJ2 A; 1TWG I; 3I07 A; 1WZN A; 3CCQ Z; 2JA6 I; 3GTM I; 4DK1 A; 3S1N I; 2JA5 I; 1VQO 1; 4NBE A; 2LFU A; 2NVQ I; 2GTH A; 3M4O I; 3G4S Z; 3EER A; 4E2Z A; 2V8K A; 3KIF A; 1M90 1; 3IR7 A; 3CXC Y; 3CCM 1; 3RZD I; 3G71 1; 1QVF Y; 1N2F A; 2RHB A; 1VQM Z; 1X3Z A; 4A3I I; 1RNI A; 2P28 A; 5C4X I; 1YHQ 1; 1WW9 A; 4BY1 I; 1TFI A; 2OTL 1; 1RO4 A; 2R7Z I; 4XX2 A; 1FDO A; 3MON A; 3CCJ Z; 3T4N B; 2QEX Z; 4NBG A; 3I55 1; 1KD1 2; 3GTJ I; 2IZ4 A; 3BG0 B; 2K5R A; 3CCR 1; 1RQF A; 2Q4Z A; 2VPY A; 3P5J B; 1Q7Y 1; 4MD9 A; 2ZAE B; 3VMH A; 4E30 A; 5IT9 f; 1VQ6 Z; 1YJ9 1; 4E32 A; 1YUA A; 3RZO I; 1USP A; 2H85 A; 4QTU A; 3G6E 1; 1TWC I; 1VQ5 1; 3VMI A; 3JAM f; 1SIW A; 2JUB A; 2V8I A; 2G2K A; 5IT9 b; 4A3K I; 4RVF A; 1YJN Z; 3S1R I; 1S72 1; 4X6A I; 5FLM I; 2QA4 1; 1KRL A; 1DL6 A; 1N8R 1; 1YIJ Z; 1Q82 2; 3CC2 1; 5LL6 f; 3CD6 1; 1YI2 Z; 4CL1 A; 3JAM b; 4Y7N I; 1Z03 A; 3VMG A; 2OTJ Z; 2JA7 I; 3CCV Z; 3Q87 A; 3LUS A; 2YAD A; 3I56 1; 5T6B A; 2WAQ A; 4NH1 C; 1VQP Z; 1VQL Z; 1K83 I; 3CME 1; 1K73 2; 4MH4 A; 1Y8C A; 2VUM I; 3GTK I; 4A3E I; 3TE5 B; 1K8A 2; 3CMA Z; 4Y52 I; 2VPW A; 2PK7 A; 2BJO A; 3CCU Z; 3PO2 I; 2OOX B; 3MZL B; 4E33 A; 3CC7 1; 3NH4 A; 1VQ7 Z; 3GCF A; 1VQK 1; 2F4M A; 1W2B Z; 3NH5 A; 4EWC A; 3HOV I; 4A3L I; 1RO2 A; 4E2W A; 2JR6 A; 1K9M 1; 5C44 I; 3NH8 A; 5IP7 I; 1KC8 2; 1TWA I; 3GTM S; 3CCM Z; 3GTP I; 3G71 Z; 2RBL A; 1YJW 1; 3H3V J; 3S15 I; 1M1K 1; 4BXX I; 4A3F I; 2V45 A; 2R6M A; 1Q86 1; 1M90 2; 3HOY I; 3S14 I; 4HGY A; 2QRD B; 2DE6 A; 3H0G I; 2VF1 A; 4HH4 A; 1NUI A; 3S17 I; 1Z01 A; 3CCE 1; 2LEX A; 3GTQ I; 2LIY A; 1VQ9 1; 3CCR Z; 2W03 A; 1YIT Z; 3HOU I; 3PO3 I; 1VQ4 Z; 2QR1 B; 1QF8 A; 2E2J I; 3PO3 S; 2OOY B; 1NJI 2; 5AN9 F; 3CCS Z; 1VQ8 Z; 1USP B; 1X3W A; 3G4S 1; 5FLX f; 1Q81 1; 2IV2 X; 4DQY B; 2O53 A; 3U50 C; 2HF1 A; 1ML8 A; 4A3C I; 2Q51 A; 2W04 A; 1KD1 1; 2VPX A; 3CPW Z; 3J81 f; 3ESW A; 1VQM 1; 2JIO A; 3IFU A; 3HOX I; 4NBF A; 4NBB A; 1W2B Y; 3FQM A; 3I4N I; 4HGZ A; 2JIQ A; 2QEX 1; 2HU9 A; 4MON A; 1JWH C; 5FLX b; 3CCL Z; 2M6N A; 1RO0 A; 5T67 A; 3BG1 B; 3CC2 Z; 4MD7 A; 3I4M I; 5C4J I; 3F3P C; 1AA6 A; 2JIP A; 2E7Z A; 2NVX I; 4NBD A; 2JMO A; 3J81 b; #chains in the Genus database with same CATH homology 1VQ6 1; 1TWF I; 3MZK B; 1VQN 1; 3J7A 4; 2R92 I; 4NBH A; 2QKD A; 5D1O A; 1X0T A; 3CQZ I; 1RLY A; 3IF8 A; 1Y1V I; 1Y1V S; 2RIQ A; 2J6A A; 2KPI A; 1Q82 1; 1WCM I; 2QLV B; 3IX0 A; 1YJN 1; 1VLA A; 2RPR A; 3QWU A; 3VTN A; 2NVY I; 1YIJ 1; 2P3Y A; 1S7M A; 1YJW Z; 2E2I I; 1VQO Z; 3S2H I; 1YI2 1; 2QRC B; 3KIH A; 3CC4 1; 3FKI I; 1K73 1; 3HOZ I; 3CPW Y; 2OTJ 1; 4NBA A; 3J80 f; 3OW2 Z; 4S1T A; 1KQS Z; 1K8A 1; 1VQP 1; 1VQL 1; 4E2X A; 3TDH B; 2V8J A; 1Q86 2; 3NDI A; 1YHQ Z; 1Y1W I; 4MRI A; 2OTL Z; 1Z02 A; 3CMA 1; 4A3J I; 3CCU 1; 3M3Y I; 3I55 Z; 2I3C A; 2YU9 I; 3J80 b; 1KC8 1; 2RT9 A; 1VQ7 1; 3EED A; 4RV9 A; 3S1Q I; 2R93 I; 4A3M I; 4BY7 I; 2O4H A; 2AKL A; 3VB9 A; 2DE7 A; 2PM9 A; 1R9T I; 2E9H A; 3CCQ 1; 3D6W A; 5IP9 I; 1QYP A; 5C3E I; 1YJ9 Z; 1Q7Y 2; 1SFO I; 1Q81 2; 4RVD A; 2OZK A; 4E31 A; 5T64 A; 1QVG Z; 4BBR I; 3G6E Z; 2PMZ A; 2K3R A; 2EGT A; 1VQ5 Z; 2JNY A; 4NFR A; 4A3B I; 1L1O C; 1NJI 1; 2IZ3 A; 1LQL A; 4RS4 A; 1YIT 1; 4RVG A; 1VQ4 1; 4NOZ A; 1S72 Z; 2DE5 A; 3HOW I; 4TNU A; 3CCJ 1; 4MXU A; 2QA4 Z; 3GTL I; 3OW2 Y; 3GTO I; 3K7A I; 3HKZ A; 4E2Y A; 1KQS Y; 4BBS I; 3CD6 Z; 3CCS 1; 1VQ8 1; 3S2D I; 1VQN Z; 2QRE B; 2JA8 I; 5D1O B; 1N8R 2; 1TWH I; 3I56 Z; 1NP6 A; 3NFZ A; 1JJ2 Y; 3D9X A; 3CME Z; 1WII A; 3S1M I; 2F4O A; 5A2Q f; 4MD8 A; 4NB9 A; 2M48 A; 5CM2 M; 4RVH A; 3CXC Z; 1ZH1 A; 3NDJ A; 1QVF Z; 1I3Q I; 3CC7 Z; 1ZB9 A; 3CCL 1; 1YUK A; 3FQQ A; 1VQK Z; 1I6H I; 4NB8 A; 2E2H I; 4NBC A; 3CC4 Z; 2Y0S A; 4DGL A; 5A2Q b; 1QVG Y; 2VUG A; 3GKQ A; 2WB1 A; 2KI7 B; 2B63 I; 2NVT I; 4AYB A; 1K9M 2; 2GTI A; 5D1P A; 3CCV 1; 1PFT A; 3S16 I; 3GTG I; 1M1K 2; 3CCE Z; 4A93 I; 1ZB8 A; 2GU2 A; 2JS4 A; 4A3D I; 1P9N A; 1VQ9 Z; 4A3G I; 4QTT A; 3F3F C; 1I50 I; 1JJ2 Z; 1TWG I; 3I07 A; 3CCQ Z; 2JA6 I; 3GTM I; 4DK1 A; 3S1N I; 2JA5 I; 1VQO 1; 4NBE A; 2LFU A; 2NVQ I; 2GTH A; 3M4O I; 3G4S Z; 3EER A; 4E2Z A; 2V8K A; 3KIF A; 1M90 1; 3CXC Y; 3CCM 1; 3RZD I; 3G71 1; 1QVF Y; 1N2F A; 2RHB A; 1VQM Z; 1X3Z A; 4A3I I; 1RNI A; 2P28 A; 5C4X I; 1YHQ 1; 1WW9 A; 4BY1 I; 1TFI A; 2OTL 1; 1RO4 A; 2R7Z I; 4XX2 A; 3MON A; 3CCJ Z; 3T4N B; 2QEX Z; 4NBG A; 3I55 1; 1KD1 2; 3GTJ I; 2IZ4 A; 3BG0 B; 2K5R A; 3CCR 1; 1RQF A; 2Q4Z A; 3P5J B; 1Q7Y 1; 4MD9 A; 2ZAE B; 3VMH A; 4E30 A; 5IT9 f; 1VQ6 Z; 1YJ9 1; 4E32 A; 1YUA A; 3RZO I; 1USP A; 2H85 A; 4QTU A; 3G6E 1; 1TWC I; 1VQ5 1; 3VMI A; 3JAM f; 2JUB A; 2V8I A; 2G2K A; 5IT9 b; 4A3K I; 4RVF A; 1YJN Z; 3S1R I; 1S72 1; 4X6A I; 5FLM I; 2QA4 1; 1KRL A; 1DL6 A; 1N8R 1; 1YIJ Z; 1Q82 2; 3CC2 1; 5LL6 f; 3CD6 1; 1YI2 Z; 4CL1 A; 3JAM b; 4Y7N I; 1Z03 A; 3VMG A; 2OTJ Z; 2JA7 I; 3CCV Z; 3Q87 A; 3LUS A; 2YAD A; 3I56 1; 5T6B A; 2WAQ A; 4NH1 C; 1VQP Z; 1VQL Z; 1K83 I; 3CME 1; 1K73 2; 4MH4 A; 2VUM I; 3GTK I; 4A3E I; 3TE5 B; 1K8A 2; 3CMA Z; 4Y52 I; 2BJO A; 2PK7 A; 3CCU Z; 3PO2 I; 2OOX B; 3MZL B; 4E33 A; 3CC7 1; 3NH4 A; 1VQ7 Z; 3GCF A; 1VQK 1; 2F4M A; 1W2B Z; 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