The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
194
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structure length |
194
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Chain Sequence |
NGVELSAVGVLLPVLMDSGRRISGGAFMAVKGDLSEHIKNPKNTRIAQTVAGGTIYGLSEMVNIDEAEKLPIKGAITVLPVVQATATSILVPDNQPQLAFNSWEAAACAADTLESQQTPFLMVTGAVESGNLSPNLLAVQKQLLVAKPAGIGLAANSDRALKVVTLEQLRQVVGDKPWRKPMVTFSSGKNVAQA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of a Viral Protease Intramolecular Acyl-enzyme Complex: INSIGHTS INTO cis-CLEAVAGE AT THE VP4/VP3 JUNCTION OF TELLINA BIRNAVIRUS.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Tellina virus 1
|
| molecule keywords |
VP4 protein
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| total genus |
48
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| structure length |
194
|
| sequence length |
194
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.115: Infectious pancreatic necrosis birnavirus Vp4 peptidase. |
| pdb deposition date | 2010-09-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4IZK A; 4IZJ B; 4IZK B; 2PNL A; 3P06 A; 4IZJ D; 4IZJ A; 2PNM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FWK A; 4DV5 E; 3DD6 A; 4LFB I; 2AJ4 A; 4P52 A; 4JI2 E; 2UUC E; 1Z5A A; 1UDN A; 1H74 A; 2GS8 A; 4IZJ A; 4BA2 A; 3T1H E; 2PNZ A; 2V2Z A; 2NN6 C; 2CZ9 A; 2BR2 A; 4HY1 A; 4LF9 E; 3ZZ0 A; 1YH8 A; 4FW5 A; 1IBM I; 2BA0 G; 5IWA I; 1QZR A; 2WW4 A; 2C37 A; 3PRY A; 4WUD A; 4JI5 I; 2UXD I; 4DV4 E; 1OYP A; 4DV3 I; 1FKA E; 5C0X C; 3ZZT A; 4NXM E; 5JEA A; 2CVE A; 2WNR A; 1E3H A; 5EL9 A; 5DRR A; 2HHH I; 4LF4 I; 3H1C A; 3K85 A; 2NN6 E; 4LFC E; 2PO0 B; 2J7K A; 2O1W A; 2BA1 D; 1P42 A; 1MX0 A; 3CWV A; 2PNM A; 4MU4 A; 2O1V A; 1IBL I; 4DV1 I; 3J81 Q; 3V5R A; 2VF3 A; 4FWH A; 1Z0E A; 5C0X E; 1VI7 A; 4LF8 I; 2HFS A; 4FW6 A; 4IFD B; 4JI1 I; 1XNQ I; 2ZM6 E; 4FWG A; 1EA6 A; 5LMN I; 4DV7 E; 4MU1 A; 2GO4 A; 2UUB E; 4USK A; 4WUB A; 3D4J A; 1I94 E; 1RRE A; 2Z5C B; 1KIJ A; 2VQE E; 2F1D A; 4DPX A; 4X65 I; 5K36 F; 1N34 I; 1N32 I; 3GON A; 3P06 A; 1RR9 A; 5LMN E; 5LMU I; 2NN6 A; 1FWL A; 3PS1 A; 4X62 I; 2UU9 I; 3LPS A; 3P76 A; 2PNL A; 2Z5E A; 1H7U A; 4LF5 E; 4LCG A; 1FJG I; 4OO1 D; 2HFU A; 1Y4U A; 5IT9 C; 3T1Y E; 2IOQ A; 1Z0C A; 4GQU A; 3PS3 A; 5L3J A; 1UEK A; 1K47 A; 3PS2 A; 5C0X A; 3CDJ A; 4WUC A; 4DUZ E; 2LJP A; 2C39 A; 4RPF A; 2UUA I; 4DR4 E; 4ZVI A; 4AIM A; 4FW7 A; 3GCM A; 1YHC A; 3M85 G; 1NZ0 A; 3ZKD A; 2PO2 B; 3J80 C; 1Y4S A; 5FWK A; 1H72 C; 4DR6 E; 4DXL A; 4DV2 I; 4DR1 E; 4B3S E; 4U3B A; 1NHJ A; 1NHI A; 1ZM4 A; 1N33 E; 1IBK I; 2GQ0 A; 2UXB I; 4OO1 C; 1XMO E; 4DV6 I; 1Z0W A; 2OI2 A; 3B82 A; 2Z5C A; 4B3M I; 2BA0 D; 2O1U A; 4YHH E; 2JEA B; 2V2Q A; 4LF6 E; 4JI7 I; 5FLX C; 1HNW E; 4IZK B; 1ZM9 A; 1Z0B A; 1J5E I; 2R3V A; 4Z7Y A; 3QT5 A; 4B3R I; 4LPF A; 1XMQ I; 1HR0 E; 1ZM2 A; 1EI1 A; 4NBQ A; 1N36 E; 2BV3 A; 1USU A; 4LFA E; 4IFD D; 3B8H A; 4DR2 I; 1E3P A; 4OX9 I; 1UDS A; 4LFB E; 4OO1 E; 2NN6 F; 4XTJ A; 1Z0T A; 4JG4 A; 4LOM A; 4HXZ A; 2GO3 A; 4GKJ I; 2X36 A; 4FN5 A; 4BA1 B; 1FI4 A; 4GKK I; 4MYU A; 4PU9 A; 2DEJ A; 1KTV A; 5A2Q C; 1IBM E; 4X64 I; 4DV0 I; 5IWA E; 3H4L A; 3WU6 A; 5ELW A; 1WUU A; 5C0X F; 2AE8 A; 2X7I A; 3JAM Q; 5BR8 I; 4JI5 E; 3L7Z A; 2UXD E; 4DV3 E; 4DR7 I; 3QT8 A; 2HKE A; 4OKG A; 1USV A; 3WU3 A; 4DU8 A; 2HHH E; 4LF4 E; 4JI8 I; 4AQY I; 4YY3 I; 1ZXM A; 4OO1 A; 1R6M A; 4AM3 A; 4IFD C; 2Z5B B; 3B4T A; 1N0U A; 2XEX A; 1IBL E; 1HNZ I; 4DV1 E; 1XXE A; 3JAM C; 5IT9 Q; 2CG9 A; 2JEB B; 4K0K I; 2JEA A; 4HAC B; 3F0N A; 2BM0 A; 2WP8 B; 4LF8 E; 4IZK A; 1R6L A; 2UXC I; 2R42 A; 1KKH A; 4JI1 E; 4EMD A; 1XNQ E; 4FW4 A; 3B78 A; 2A2D A; 1HNX I; 1Z5C A; 4FWD A; 1DAR A; 4MDT A; 4JYA I; 5K36 B; 4LF7 I; 4IFD E; 2BA1 G; 1XNR I; 2O1T A; 2V8P A; 4X65 E; 2UXC E; 1N34 E; 4PRX A; 1N32 E; 3M85 D; 5DNX A; 3UHM A; 3J80 Q; 4JI4 I; 3PYD A; 5LMU E; 1NHH A; 1RHY A; 4X62 E; 2UU9 E; 1U2R A; 3CDI A; 3PYE A; 1FJG E; 1KVK A; 4ISA A; 2BM1 A; 4J3D A; 4JI6 I; 4JV5 I; 5DRQ A; 2PO0 A; 3K17 A; 4DPY A; 4DUY I; 2C38 B; 4R1F A; 2UUA E; 4KHP I; 5JEA F; 4DPU A; 4DR5 I; 4PRV A; 5FLX Q; 4USM A; 2Q2E B; 4DR3 I; 3WU4 A; 3M7N G; 2VQF I; 4B3T I; 4IFD A; 3U1Y A; 4MYT A; 2F4V I; 3LNU A; 3V2U C; 4X66 I; 4MQY A; 4QNJ A; 4NXN I; 3OTO I; 2JEB A; 4JI3 I; 2WP8 A; 4DR3 E; 4DV2 E; 1S16 A; 4OZE A; 4KQV A; 4OO1 F; 2IES A; 2A2C A; 4LCF A; 3GME A; 1Y5Y A; 1IBK E; 2UXB E; 4MU0 A; 4DV5 I; 5A2Q Q; 4DV6 E; 3HKM A; 4ED4 A; 4JI2 I; 1UDQ A; 2UUC I; 4B3M E; 2JT2 A; 2E5L I; 3T1H I; 4JI7 E; 1Y6Z A; 1UDO A; 1BKN A; 1J5E E; 4B3R E; 1XMQ E; 4LF9 I; 3WU5 A; 2VES A; 4LCH A; 2IOP A; 3U1K A; 4DR2 E; 4IS9 A; 4U3D A; 2E5L E; 3P3C A; 4OX9 E; 3P3G A; 1PIE A; 2NN6 B; 4DV4 I; 2PO1 B; 3LTO A; 2O3Z A; 2C38 A; 3PYF A; 4NXM I; 4P7A A; 5K36 D; 4GKJ E; 4AID A; 1FNM A; 2E1R A; 2PO2 A; 3Q6N A; 4GKK E; 1S4E A; 4LFC I; 3J7A M; 4X64 E; 4DV0 E; 1ELO A; 5C0X B; 3Q6M A; 5DRP A; 2ZBK B; 2C39 B; 4DPW A; 5BR8 E; 2HK2 A; 4DR7 E; 4IZJ D; 2DEI A; 3J7A G; 4IFD F; 4JI8 E; 4AQY E; 2ZM6 I; 4DV7 I; 5DNL A; 1B63 A; 4YY3 E; 3ZKB A; 5EKW A; 2UUB I; 1MG7 A; 1H73 A; 5GME A; 1I94 I; 3QT7 A; 1MU5 A; 2VQE I; 1HNZ E; 3PYG A; 1OJ4 A; 1PVG A; 2CGE A; 4K0K E; 4UT4 A; 5JEA D; 1N0V C; 1VIS A; 5K36 C; 3NZK A; 2HKJ A; 3HJC A; 2V34 A; 1B62 A; 2JE6 B; 4LF5 I; 1HNX E; 4BA1 A; 3QT6 A; 2NPF A; 3T1Y I; 3J81 C; 1A6F A; 5GMD A; 4JYA E; 4FW9 A; 2IER A; 4LF7 E; 4URL A; 1XNR E; 4DU7 A; 3M7N D; 4IZJ B; 2PO1 A; 4BA2 B; 2J65 A; 2V2V A; 3GLL A; 4DUZ I; 1Z0G A; 5LL6 R; 4JI4 E; 1Z0V A; 2PNZ B; 4DR4 I; 2ZIT A; 4MU3 A; 5K36 E; 2BR2 B; 4M1K A; 1PKP A; 4HYM A; 1XHK A; 4JI6 E; 4UTG A; 2C37 B; 4JV5 E; 1H7S A; 3M6A A; 4FW3 A; 5DRO A; 4DUY E; 2Z5B A; 1ZXN A; 3ZZU A; 4DR6 I; 4JI0 I; 2HK3 A; 5JEA B; 5JEA C; 2WNR B; 2NN6 D; 3P3E A; 4KHP E; 2EFG A; 4B3S I; 4DR1 I; 4DR5 E; 3ZM7 A; 1D6T A; 3KRN A; 1N33 I; 4HAC A; 3K1J A; 1Y60 A; 4QNK A; 2VQF E; 1Z5B A; 1ZM3 A; 3L7Z B; 4I3H A; 4B3T E; 1XMO I; 2F4V E; 4X66 E; 4JI0 E; 3Q1Q A; 4NXN E; 3OTO E; 5C0X D; 4YHH I; 1Z59 A; 4JI3 E; 4LF6 I; 3HUL A; 1HNW I; 5K36 A; 1OYS A; 4OO1 B; 4DPT A; 1HK7 A; 4N3O A; 5JEA E; 1HR0 I; 1N36 I; 4LFA I; 4Z7C A; 1OYR A; 2JE6 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1FWK A; 4DV5 E; 4LFB I; 2AJ4 A; 4P52 A; 4JI2 E; 2UUC E; 1Z5A A; 1H74 A; 2GS8 A; 4IZJ A; 3T1H E; 2V2Z A; 2CZ9 A; 4HY1 A; 4LF9 E; 3ZZ0 A; 1IBM I; 5IWA I; 1QZR A; 2WW4 A; 3PRY A; 4WUD A; 4JI5 I; 2UXD I; 4DV4 E; 4DV3 I; 1FKA E; 3ZZT A; 4NXM E; 2HHH I; 4LF4 I; 3K85 A; 4LFC E; 2J7K A; 2O1W A; 1MX0 A; 3CWV A; 2PNM A; 2O1V A; 1IBL I; 4DV1 I; 3J81 Q; 3V5R A; 2VF3 A; 4FWH A; 1Z0E A; 4LF8 I; 2HFS A; 4JI1 I; 1XNQ I; 2ZM6 E; 4FWG A; 1EA6 A; 5LMN I; 4DV7 E; 2UUB E; 4USK A; 4WUB A; 3D4J A; 1I94 E; 1RRE A; 2Z5C B; 1KIJ A; 2VQE E; 4DPX A; 4X65 I; 1N34 I; 1N32 I; 3GON A; 3P06 A; 1RR9 A; 5LMN E; 5LMU I; 1FWL A; 4X62 I; 2UU9 I; 3LPS A; 2PNL A; 2Z5E A; 1H7U A; 4LF5 E; 1FJG I; 2HFU A; 1Y4U A; 5IT9 C; 3T1Y E; 2IOQ A; 1Z0C A; 5L3J A; 1UEK A; 1K47 A; 4WUC A; 4DUZ E; 2LJP A; 4RPF A; 2UUA I; 4DR4 E; 4ZVI A; 1NZ0 A; 3ZKD A; 3J80 C; 1Y4S A; 5FWK A; 1H72 C; 4DR6 E; 4DXL A; 4DV2 I; 4DR1 E; 4B3S E; 1NHJ A; 1NHI A; 1ZM4 A; 1N33 E; 1IBK I; 2GQ0 A; 2UXB I; 1XMO E; 4DV6 I; 1Z0W A; 2OI2 A; 3B82 A; 2Z5C A; 4B3M I; 2O1U A; 4YHH E; 2V2Q A; 4LF6 E; 4JI7 I; 5FLX C; 1HNW E; 4IZK B; 1ZM9 A; 1Z0B A; 1J5E I; 2R3V A; 4Z7Y A; 3QT5 A; 4B3R I; 1XMQ I; 1HR0 E; 1ZM2 A; 1EI1 A; 1N36 E; 2BV3 A; 1USU A; 4LFA E; 3B8H A; 4DR2 I; 4OX9 I; 4LFB E; 4XTJ A; 1Z0T A; 4JG4 A; 4HXZ A; 4GKJ I; 2X36 A; 4FN5 A; 1FI4 A; 4GKK I; 4MYU A; 4PU9 A; 2DEJ A; 1KTV A; 5A2Q C; 1IBM E; 4X64 I; 4DV0 I; 5IWA E; 3H4L A; 3WU6 A; 1WUU A; 2X7I A; 5BR8 I; 3JAM Q; 4JI5 E; 2UXD E; 4DV3 E; 4DR7 I; 3QT8 A; 2HKE A; 1USV A; 3WU3 A; 4DU8 A; 2HHH E; 4LF4 E; 4JI8 I; 4AQY I; 4YY3 I; 1ZXM A; 2Z5B B; 1N0U A; 2XEX A; 1IBL E; 1HNZ I; 4DV1 E; 5IT9 Q; 3JAM C; 2CG9 A; 4K0K I; 4HAC B; 3F0N A; 2BM0 A; 4LF8 E; 4IZK A; 2UXC I; 2R42 A; 1KKH A; 4JI1 E; 4EMD A; 1XNQ E; 3B78 A; 2A2D A; 1HNX I; 1Z5C A; 4FWD A; 1DAR A; 4JYA I; 4LF7 I; 1XNR I; 2O1T A; 2V8P A; 4X65 E; 2UXC E; 1N34 E; 4PRX A; 1N32 E; 3J80 Q; 4JI4 I; 3PYD A; 5LMU E; 1NHH A; 4X62 E; 2UU9 E; 1U2R A; 3PYE A; 1FJG E; 1KVK A; 2BM1 A; 4JI6 I; 4JV5 I; 3K17 A; 4DPY A; 4DUY I; 4R1F A; 2UUA E; 4KHP I; 4DPU A; 4DR5 I; 4PRV A; 5FLX Q; 4USM A; 2Q2E B; 4DR3 I; 3WU4 A; 2VQF I; 4B3T I; 4MYT A; 2F4V I; 3LNU A; 3V2U C; 4X66 I; 4NXN I; 3OTO I; 4JI3 I; 4DR3 E; 4DV2 E; 1S16 A; 4KQV A; 2A2C A; 1IBK E; 2UXB E; 4DV5 I; 5A2Q Q; 4DV6 E; 4ED4 A; 4JI2 I; 2UUC I; 4B3M E; 2E5L I; 3T1H I; 4JI7 E; 1Y6Z A; 1BKN A; 1J5E E; 4B3R E; 1XMQ E; 4LF9 I; 3WU5 A; 2IOP A; 4DR2 E; 2E5L E; 4OX9 E; 1PIE A; 4DV4 I; 3LTO A; 3PYF A; 4NXM I; 4P7A A; 4GKJ E; 1FNM A; 2E1R A; 3Q6N A; 4GKK E; 1S4E A; 4LFC I; 3J7A M; 4X64 E; 4DV0 E; 1ELO A; 3Q6M A; 2ZBK B; 4DPW A; 5BR8 E; 2HK2 A; 4DR7 E; 4IZJ D; 2DEI A; 3J7A G; 4JI8 E; 4AQY E; 2ZM6 I; 4DV7 I; 1B63 A; 4YY3 E; 3ZKB A; 2UUB I; 1MG7 A; 1H73 A; 5GME A; 1I94 I; 3QT7 A; 1MU5 A; 2VQE I; 1HNZ E; 3PYG A; 1OJ4 A; 1PVG A; 2CGE A; 4K0K E; 4UT4 A; 1N0V C; 1VIS A; 2HKJ A; 3HJC A; 2V34 A; 1B62 A; 4LF5 I; 1HNX E; 3QT6 A; 2NPF A; 3T1Y I; 3J81 C; 1A6F A; 5GMD A; 4JYA E; 4FW9 A; 4LF7 E; 4URL A; 1XNR E; 4DU7 A; 4IZJ B; 2V2V A; 4DUZ I; 1Z0G A; 5LL6 R; 4JI4 E; 1Z0V A; 4DR4 I; 2ZIT A; 4M1K A; 1PKP A; 4HYM A; 1XHK A; 4JI6 E; 4UTG A; 4JV5 E; 1H7S A; 3M6A A; 4DUY E; 2Z5B A; 1ZXN A; 3ZZU A; 4DR6 I; 4JI0 I; 2HK3 A; 4KHP E; 2EFG A; 4B3S I; 4DR1 I; 4DR5 E; 3ZM7 A; 1D6T A; 1N33 I; 4HAC A; 3K1J A; 2VQF E; 1Z5B A; 1ZM3 A; 4I3H A; 4B3T E; 1XMO I; 2F4V E; 4X66 E; 4JI0 E; 3Q1Q A; 4NXN E; 3OTO E; 4YHH I; 1Z59 A; 4JI3 E; 4LF6 I; 3HUL A; 1HNW I; 4DPT A; 1HK7 A; 4N3O A; 1HR0 I; 1N36 I; 4LFA I; 4Z7C A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
