The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
127
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structure length |
127
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Chain Sequence |
EQYYGTGRRKEAVARVFLRPGNGKVTVNGQDFNEYFQGLVRAVAALEPLRAVDALGHFDAYITVRGGGKSGQIDAIKLGIARALVQYNPDYRAKLKPLGFLTRDARVVERKKYGKHKARRAPQYSKR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
16S rRNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
25
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| structure length |
127
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| sequence length |
127
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| I | PF00380 | Ribosomal_S9 | Ribosomal protein S9/S16 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S5; domain 2 | Ribosomal Protein S5; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI7 E; 4LF7 E; 3PYD A; 2DEI A; 4ED4 A; 2E1R A; 2V2Q A; 2WW4 A; 2EFG A; 1H74 A; 4FWG A; 5IWA E; 1IBM I; 4PRX A; 4LF4 I; 4ZVI A; 2UXB I; 4PRV A; 4DUY I; 1FKA E; 1Z0W A; 4LFB E; 4DR2 I; 1Z5A A; 5FLX Q; 4LF6 I; 4KQV A; 1MU5 A; 2VF3 A; 4MYU A; 5A2Q C; 4JI8 I; 2UXC I; 2ZM6 E; 4DR5 E; 4JI6 E; 3ZKB A; 1ZXN A; 2V8P A; 4HY1 A; 1IBM E; 4JV5 I; 4DR7 E; 4LF4 E; 4DR6 I; 2DEJ A; 3QT7 A; 3T1H E; 4DV7 I; 3PYG A; 4X64 I; 1KVK A; 4DR2 E; 4JI2 E; 1HNZ E; 1XMO I; 1KTV A; 4LF6 E; 4OX9 E; 2UXD I; 4DU7 A; 4X65 E; 4JI8 E; 2LJP A; 4B3S I; 2UXC E; 4LF8 I; 4DPY A; 2HHH E; 1K47 A; 1IBK E; 1Z0C A; 3K1J A; 4UT4 A; 4M1K A; 3J81 Q; 3V5R A; 4FWH A; 4DR3 I; 1ZM3 A; 1RRE A; 4B3T E; 1EI1 A; 4DR6 E; 5BR8 I; 4LFA E; 1ZM9 A; 5LL6 R; 4DV2 E; 2E5L I; 1NHI A; 1H7S A; 5FLX C; 4DXL A; 4Z7C A; 4GKK I; 1HNX I; 1J5E I; 2UXD E; 1Z5C A; 1FI4 A; 1KKH A; 1N33 E; 4B3S E; 4LF8 E; 4X66 E; 4X62 I; 1IBL E; 4DPX A; 3B78 A; 2VQF I; 4DPT A; 1N0U A; 1D6T A; 1RR9 A; 2HK2 A; 4B3M I; 5BR8 E; 4DV3 I; 4XTJ A; 2V2V A; 2X7I A; 1XMQ I; 1N34 I; 2UUA I; 4GKK E; 1J5E E; 2UUC I; 1UEK A; 2BM0 A; 3T1Y I; 2R3V A; 1A6F A; 3ZZ0 A; 4LFC I; 1XNQ E; 4DV5 I; 2X36 A; 3LNU A; 4USK A; 1ZXM A; 3J80 C; 3M6A A; 1Z0T A; 1Z0G A; 4DV6 I; 4DV0 I; 2VQF E; 1HR0 I; 1BKN A; 4JI5 I; 4I3H A; 3JAM Q; 2UUC E; 1ELO A; 4K0K I; 3T1Y E; 1H7U A; 4FW9 A; 4AQY I; 4UTG A; 4DV5 E; 1B63 A; 2V34 A; 3V2U C; 2HFU A; 2UXB E; 4JI0 I; 4DUY E; 4KHP I; 4YHH I; 5IT9 Q; 4LF5 I; 3OTO I; 1HR0 E; 1N32 I; 4DUZ I; 4NXN I; 1B62 A; 1ZM4 A; 5LMN I; 2HK3 A; 1S16 A; 3GON A; 4DR4 I; 3HUL A; 4DPU A; 5LMU I; 4AQY E; 4DV1 I; 3D4J A; 1I94 I; 4JV5 E; 3PYE A; 3ZM7 A; 4NXM I; 4DV7 E; 1FWL A; 4R1F A; 2GS8 A; 3H4L A; 4X64 E; 4DV4 I; 1S4E A; 4Z7Y A; 1XMO E; 3OTO E; 2UU9 I; 4MYT A; 4NXN E; 5LMN E; 1XHK A; 2BM1 A; 1Z5B A; 3JAM C; 1N36 I; 2VQE I; 1HNW I; 2UUB I; 4DR1 I; 2A2D A; 1PKP A; 4DR4 E; 2ZIT A; 5LMU E; 2OI2 A; 2R42 A; 4JI7 I; 1NZ0 A; 4JI1 I; 4LF7 I; 4DR3 E; 1I94 E; 3J7A G; 4HYM A; 2HKE A; 2E5L E; 4EMD A; 4DV4 E; 1HNX E; 5IWA I; 1Z0E A; 1NHJ A; 4JI4 I; 2UU9 E; 4FN5 A; 3B82 A; 4LFB I; 1N36 E; 4GKJ I; 2VQE E; 3ZZU A; 1HNW E; 4DR1 E; 4FWD A; 4X62 E; 2HKJ A; 4JI3 I; 3LTO A; 3J81 C; 4JI1 E; 2Q2E B; 3K17 A; 2ZM6 I; 4HAC B; 4DR5 I; 4B3M E; 3PYF A; 4JI6 I; 3B8H A; 4HXZ A; 4DV3 E; 1N34 E; 1XMQ E; 2J7K A; 2UUA E; 1EA6 A; 2BV3 A; 3LPS A; 1VIS A; 1H73 A; 4DR7 I; 4JI4 E; 3T1H I; 2A2C A; 4P52 A; 3J7A M; 3Q1Q A; 4JI2 I; 4LFC E; 4GKJ E; 4HAC A; 1HNZ I; 2F4V I; 4USM A; 4OX9 I; 3WU5 A; 4JI3 E; 1XNR I; 4X65 I; 1H72 C; 4B3R I; 4DV6 E; 4DV0 E; 4YY3 I; 2HHH I; 1Z0V A; 1FWK A; 1IBK I; 1QZR A; 4P7A A; 4JI5 E; 4RPF A; 3QT6 A; 5GMD A; 3QT8 A; 4B3T I; 4K0K E; 3WU6 A; 4LFA I; 4DV2 I; 4WUB A; 1U2R A; 2F4V E; 1Z59 A; 3ZKD A; 4LF9 E; 1N0V C; 1XNR E; 2CZ9 A; 1KIJ A; 4DU8 A; 2ZBK B; 4B3R E; 1N33 I; 4JI0 E; 3ZZT A; 4KHP E; 4X66 I; 4YHH E; 4WUC A; 4JYA I; 4LF5 E; 4YY3 E; 1FJG I; 3F0N A; 1MX0 A; 1N32 E; 4DUZ E; 4JG4 A; 3J80 Q; 2XEX A; 5GME A; 4DPW A; 1IBL I; 1Z0B A; 1DAR A; 5L3J A; 1NHH A; 4LF9 I; 4URL A; 4WUD A; 4PU9 A; 3WU4 A; 5A2Q Q; 4DV1 E; 1MG7 A; 2NPF A; 1PIE A; 3CWV A; 3QT5 A; 4NXM E; 3WU3 A; 1XNQ I; 1ZM2 A; 5IT9 C; 4JYA E; 2AJ4 A; 1FJG E; 1FNM A; 1PVG A; 1WUU A; 2HFS A; 2V2Z A; 1OJ4 A; 2UUB E; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JI7 E; 4IFD D; 4LF7 E; 3PYD A; 2DEI A; 4ED4 A; 5FWK A; 3L7Z B; 2E1R A; 3PRY A; 3GME A; 4IFD C; 2V2Q A; 2WW4 A; 2EFG A; 1H74 A; 4FWG A; 5IWA E; 1IBM I; 4PRX A; 4LF4 I; 4ZVI A; 2UXB I; 2C39 B; 4PRV A; 2BA1 G; 4DUY I; 1FKA E; 1Z0W A; 4LFB E; 4DR2 I; 1Z5A A; 5FLX Q; 4LF6 I; 4KQV A; 3L7Z A; 1MU5 A; 2VF3 A; 3HJC A; 3DD6 A; 4MYU A; 5A2Q C; 4JI8 I; 2UXC I; 5K36 D; 2BA0 D; 4QNJ A; 2ZM6 E; 4DR5 E; 1UDO A; 2C39 A; 3P3G A; 3PS2 A; 4JI6 E; 2CGE A; 3ZKB A; 5K36 C; 1ZXN A; 2V8P A; 1OYS A; 4HY1 A; 3GLL A; 1IBM E; 2Z5C A; 4JV5 I; 4DR7 E; 4LF4 E; 2NN6 F; 2DEJ A; 3QT7 A; 4DR6 I; 3T1H E; 4DV7 I; 3PYG A; 4X64 I; 1KVK A; 4DR2 E; 4JI2 E; 3M85 G; 1HNZ E; 1XMO I; 1KTV A; 4LF6 E; 4OX9 E; 2UXD I; 4DU7 A; 4X65 E; 4JI8 E; 2O1T A; 1RHY A; 2LJP A; 4B3S I; 2UXC E; 4N3O A; 4LF8 I; 4IZJ B; 4DPY A; 2HHH E; 2IOP A; 1K47 A; 2Z5B B; 4MU4 A; 1IBK E; 1Z0C A; 3K1J A; 4UT4 A; 4M1K A; 3J81 Q; 3V5R A; 2JEB A; 4FWH A; 5DRP A; 4DR3 I; 1ZM3 A; 1RRE A; 5C0X B; 4B3T E; 1EI1 A; 5ELW A; 3P76 A; 4DR6 E; 4U3B A; 5BR8 I; 4LFA E; 1ZM9 A; 2NN6 B; 5LL6 R; 4DV2 E; 2E5L I; 1VI7 A; 1Y4S A; 1NHI A; 3P3E A; 1H7S A; 5FLX C; 4DXL A; 4Z7C A; 4GKK I; 3P3C A; 1J5E I; 1HNX I; 2Z5B A; 4OKG A; 2UXD E; 1Z5C A; 4NBQ A; 1FI4 A; 1KKH A; 1N33 E; 4B3S E; 5C0X A; 4LF8 E; 1Y6Z A; 4X66 E; 4X62 I; 5C0X E; 4BA2 B; 2WNR B; 2NN6 E; 4FW5 A; 1IBL E; 5JEA B; 1YHC A; 5DNL A; 4DPX A; 3B78 A; 2VQF I; 4DPT A; 2PO0 B; 1N0U A; 1D6T A; 2GO3 A; 1RR9 A; 2HK2 A; 3PS1 A; 3H1C A; 5BR8 E; 4B3M I; 4DV3 I; 4XTJ A; 2V2V A; 2X7I A; 1XMQ I; 1N34 I; 4OZE A; 2UUA I; 4GKK E; 3B4T A; 1J5E E; 2UUC I; 4BA2 A; 1UEK A; 2BM0 A; 3T1Y I; 2WNR A; 2R3V A; 1A6F A; 5JEA A; 3GCM A; 3ZZ0 A; 2AE8 A; 4LFC I; 1XNQ E; 5JEA E; 4DV5 I; 2PO0 A; 2X36 A; 3LNU A; 4USK A; 1ZXM A; 1E3P A; 2C37 B; 3J80 C; 2PNL A; 2BA1 D; 3M6A A; 1Z0T A; 1Z0G A; 3CDI A; 3P06 A; 2IES A; 4DV6 I; 5C0X D; 4DV0 I; 2VQF E; 1HR0 I; 4ISA A; 1BKN A; 2NN6 D; 4JI5 I; 2PNZ B; 1OYP A; 4OO1 F; 1UDS A; 5C0X C; 4I3H A; 3JAM Q; 2UUC E; 1ELO A; 2NN6 C; 4K0K I; 3T1Y E; 1H7U A; 1P42 A; 2JEA B; 4FW9 A; 4MU3 A; 4AQY I; 4UTG A; 4DV5 E; 4IFD F; 1B63 A; 2PNZ A; 2V34 A; 4U3D A; 3V2U C; 2HFU A; 2UXB E; 5JEA D; 2O1W A; 4MU0 A; 4JI0 I; 2GQ0 A; 5DNX A; 4DUY E; 4KHP I; 4YHH I; 3M85 D; 5IT9 Q; 4LF5 I; 3OTO I; 1HR0 E; 1USV A; 2JEA A; 1N32 I; 4IZK B; 4DUZ I; 5JEA C; 4NXN I; 1B62 A; 1ZM4 A; 2HK3 A; 5LMN I; 2IOQ A; 2J65 A; 4OO1 B; 3CDJ A; 1S16 A; 3GON A; 3M7N G; 4DR4 I; 3HUL A; 4DPU A; 5LMU I; 4AQY E; 4DV1 I; 4QNK A; 3D4J A; 4GQU A; 1I94 I; 4JV5 E; 3PYE A; 3ZM7 A; 4NXM I; 4DV7 E; 4LCH A; 1FWL A; 4R1F A; 2GS8 A; 3H4L A; 4X64 E; 4IZJ A; 4DV4 I; 4OO1 E; 1Y60 A; 1S4E A; 4Z7Y A; 1XMO E; 3OTO E; 4AID A; 2UU9 I; 4MYT A; 4NXN E; 5LMN E; 2CVE A; 1XHK A; 2BM1 A; 1Z5B A; 3JAM C; 2VES A; 1N36 I; 2VQE I; 1UDQ A; 1HNW I; 2UUB I; 4DR1 I; 2A2D A; 4FW4 A; 2NN6 A; 3K85 A; 1PKP A; 4DR4 E; 2ZIT A; 5LMU E; 2OI2 A; 2IER A; 2C38 B; 1R6L A; 1USU A; 3Q6M A; 2R42 A; 4JI7 I; 5EKW A; 1NZ0 A; 1R6M A; 4JI1 I; 4LF7 I; 4DR3 E; 1I94 E; 3J7A G; 2PO2 B; 4HYM A; 4AM3 A; 2HKE A; 2CG9 A; 2E5L E; 4EMD A; 4DV4 E; 1HNX E; 5IWA I; 1Z0E A; 4FW7 A; 3U1K A; 3Q6N A; 1NHJ A; 4JI4 I; 2UU9 E; 1OYR A; 4FN5 A; 3B82 A; 4OO1 D; 4LFB I; 1N36 E; 4GKJ I; 1HK7 A; 4IZJ D; 2VQE E; 2O3Z A; 5EL9 A; 3ZZU A; 1HNW E; 2PO2 A; 4DR1 E; 4FWD A; 4X62 E; 2HKJ A; 4JI3 I; 1Y5Y A; 3LTO A; 2F1D A; 4OO1 C; 3J81 C; 4JI1 E; 2Q2E B; 3K17 A; 2ZM6 I; 4HAC B; 4DR5 I; 4LOM A; 4B3M E; 3PYF A; 4JI6 I; 3B8H A; 4HXZ A; 4DV3 E; 1UDN A; 1N34 E; 1XMQ E; 2J7K A; 4MU1 A; 2UUA E; 1EA6 A; 2BV3 A; 4MDT A; 3LPS A; 1VIS A; 1H73 A; 2C37 A; 4DR7 I; 4JI4 E; 3T1H I; 5DRO A; 2A2C A; 4P52 A; 2WP8 B; 3J7A M; 3Q1Q A; 3U1Y A; 4JI2 I; 4LFC E; 4GKJ E; 4HAC A; 1HNZ I; 2F4V I; 4USM A; 4OX9 I; 3WU5 A; 3PS3 A; 4JI3 E; 1XNR I; 2Z5C B; 1YH8 A; 4X65 I; 1H72 C; 4B3R I; 4DV6 E; 4DV0 E; 2BA0 G; 4YY3 I; 2HHH I; 1Z0V A; 2JE6 B; 5K36 E; 1FWK A; 1IBK I; 1QZR A; 2WP8 A; 4P7A A; 2PO1 B; 4JI5 E; 5DRQ A; 4RPF A; 3QT6 A; 4AIM A; 5GMD A; 5C0X F; 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2V2Q A; 2WW4 A; 2EFG A; 1H74 A; 4FWG A; 5IWA E; 1IBM I; 4PRX A; 4LF4 I; 4ZVI A; 2UXB I; 4PRV A; 4DUY I; 1FKA E; 1Z0W A; 4LFB E; 4DR2 I; 1Z5A A; 5FLX Q; 4LF6 I; 4KQV A; 1MU5 A; 2VF3 A; 3HJC A; 4MYU A; 5A2Q C; 4JI8 I; 2UXC I; 2ZM6 E; 4DR5 E; 4JI6 E; 2CGE A; 3ZKB A; 1ZXN A; 2V8P A; 4HY1 A; 1IBM E; 2Z5C A; 4JV5 I; 4DR7 E; 4LF4 E; 4DR6 I; 2DEJ A; 3QT7 A; 3T1H E; 4DV7 I; 3PYG A; 4X64 I; 1KVK A; 4DR2 E; 4JI2 E; 1HNZ E; 1XMO I; 1KTV A; 4LF6 E; 4OX9 E; 2UXD I; 4DU7 A; 4X65 E; 4JI8 E; 2O1T A; 2LJP A; 4B3S I; 2UXC E; 4N3O A; 4LF8 I; 4IZJ B; 4DPY A; 2HHH E; 2IOP A; 1K47 A; 2Z5B B; 1IBK E; 1Z0C A; 3K1J A; 4UT4 A; 4M1K A; 3J81 Q; 3V5R A; 4FWH A; 4DR3 I; 1ZM3 A; 1RRE A; 4B3T E; 1EI1 A; 4DR6 E; 5BR8 I; 4LFA E; 1ZM9 A; 5LL6 R; 4DV2 E; 2E5L I; 1Y4S A; 1NHI A; 1H7S A; 5FLX C; 4DXL A; 4Z7C A; 4GKK I; 1J5E I; 1HNX I; 2Z5B A; 2UXD E; 1Z5C A; 1FI4 A; 1KKH A; 1N33 E; 4B3S E; 4LF8 E; 1Y6Z A; 4X66 E; 4X62 I; 1IBL E; 4DPX A; 3B78 A; 2VQF I; 4DPT A; 1N0U A; 1D6T A; 1RR9 A; 2HK2 A; 4B3M I; 5BR8 E; 4DV3 I; 4XTJ A; 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