The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
106
|
structure length |
106
|
Chain Sequence |
GSHMQATWKEKDGAVEAEDRVTIDFTGSVDGEEFEGGKASDFVLAMGQGRMIPGFEDGIKGHKAGEEFTIDVTFPEEYHAENLKGKAAKFAINLKKVEERELPELT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase
|
| molecule keywords |
trigger factor
|
| publication title |
Solution Structure of the Closed Form of a Peptidyl-Prolyl Isomerase Reveals the Mechanism of Protein Folding
rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
8
|
| structure length |
106
|
| sequence length |
106
|
| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2002-02-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00254 | FKBP_C | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NRK A; 3ODK A; 4W9P A; 4MSP A; 4DRI A; 1ROT A; 3O5Q A; 4TX0 A; 4U86 A; 4TNS A; 2DG3 A; 2PPN A; 2KGJ A; 4TW6 A; 1B6C A; 1A7X A; 2RUR A; 5HT1 A; 2D9F A; 3UQB A; 1Q6U A; 1FAP A; 5DIU A; 4W9O A; 4JFK A; 3O5E A; 3GPK A; 2KR7 A; 3OOB A; 2KO7 A; 4FN2 A; 1PIN A; 4QT2 A; 4DH0 A; 4DT4 A; 4DRJ A; 2KE0 A; 2LJ4 A; 2MLY A; 1FKJ A; 1R9H A; 1C9H A; 1M5Y A; 1FKL A; 2N87 A; 3CGM A; 3LUO A; 3O5M A; 2RUQ A; 1JNT A; 1Q1C A; 1J4R A; 2UZ5 A; 3B7X A; 1D7H A; 2KFW A; 3EY6 A; 3IHZ A; 3KAH A; 1NMV A; 4ITZ A; 4LAW A; 1HXV A; 2DG4 A; 4DRH A; 3IKG A; 3PRB A; 4G50 A; 2RUC A; 5DIT A; 4TW7 A; 1FJD A; 2ZQT A; 1KT0 A; 3TCZ A; 3UI4 A; 2IF4 A; 1FKR A; 5GPG A; 1F8A B; 2PV1 A; 2JZV A; 2XPA A; 4JFI A; 2RUD A; 2Q5A A; 2ZR6 A; 4J4N A; 4ODQ A; 3WH0 A; 5HW8 A; 3UI5 A; 2ZR5 A; 1J4H A; 3O5G A; 1YAT A; 1N1A A; 3KAC A; 1FKB A; 3O5L A; 1L1P A; 3JXV A; 1Q6H A; 4GGQ A; 1TCO C; 2LKN A; 4BF8 A; 3KAI A; 2VCD A; 2MLX A; 2ZQU A; 3VAW A; 5B8I C; 3O5P A; 4QIB A; 4JYS A; 2FKE A; 4DRM A; 4R0X A; 1FKI A; 2LGO A; 3NTP A; 3O5O A; 4DRN A; 2PBC A; 4GIV A; 5D75 A; 2M08 A; 4ODO A; 5HW7 A; 1D7I A; 4U85 A; 2XP7 A; 1T11 A; 2MLZ A; 4DIP A; 2RSE A; 1FKF A; 3RFW A; 2F4E A; 5HW6 A; 2XP5 A; 4ODL A; 4TW8 A; 1NSG A; 3O5D A; 4DRQ A; 3KAD A; 2FAP A; 1P5Q A; 1F40 A; 2KI3 A; 2MF9 A; 2PPO A; 3IK8 A; 3KAG A; 4MGV A; 4NNR A; 3TDB A; 5HUA A; 5I98 A; 1Q6I A; 3H9R B; 3KZ7 A; 1JNS A; 2ZR4 A; 4LAV A; 2L2S A; 2ZQS A; 5HTG A; 2LPV A; 2Y78 A; 5DIV A; 4DRK A; 4IPX A; 4QT3 A; 2XP4 A; 1FKT A; 2XPB A; 1J4I A; 2F21 A; 3O5J A; 4N19 A; 2M1I A; 1U79 A; 4J4O A; 2XP9 A; 2M2A A; 3UQI A; 2PPP A; 1KT1 A; 1ZK6 A; 3PA7 A; 4DZ2 A; 1Y0O A; 5BXJ A; 1FKS A; 2XP3 A; 3TC5 A; 3O5F A; 1FKD A; 1JVW A; 1FKK A; 1NMW A; 3FAP A; 1ROU A; 3CGN A; 3MDY B; 3UF8 A; 1EYM A; 1FKH A; 2ITK A; 4JFL A; 4C02 B; 3O5K A; 1FKG A; 5J6E A; 3O5I A; 1J6Y A; 1QPF A; 3I6C A; 4ODP A; 4ODN A; 1D6O A; 1BL4 A; 4DZ3 A; 4LAX A; 4DRO A; 2OFN A; 5HKG A; 3JYJ A; 4ODM A; 1W26 A; 4IQ2 A; 3IKD A; 3KAF A; 1ZCN A; 2PV3 A; 4ODK A; 3UI6 A; 3UQA A; 3RGC A; 2PV2 A; 3KAB A; 4G2P A; 5HWB A; 4O2T A; 4LAY A; 4W9Q A; 4U84 A; 2XP6 A; 4IQC A; 2MNT A; 4JFM A; 1BKF A; 1QPL A; 4ODR A; 2DG9 A; 3KCE A; 1D7J A; 2AWG A; 4DRP A; 1EQ3 A; 1QZ2 A; 3JYM A; 4FAP A; 2MPH A; 1PBK A; 1YW5 A; 2XP8 A; 2VN1 A; 1FD9 A; 2K8I A; 4TYO A; 3NI6 A; 3O5R A; 3PRD A; 5HWC A; 2RQS A; 2F2D A; 4JFJ A; 2ZQV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XRV A; 3NRK A; 1H0I A; 3O5Q A; 1OGB A; 2PI6 A; 4TW6 A; 1H0G A; 2D9F A; 3PRA A; 1Q6U A; 4W5U A; 5DIU A; 1ZL1 A; 4W9O A; 4JFK A; 3WD1 A; 3GPK A; 3OOB A; 2KO7 A; 1LL6 A; 4DH0 A; 1UR8 A; 2MLY A; 4MPK A; 1FKL A; 2IUZ A; 1LG2 A; 1OGG A; 1J4R A; 3IHZ A; 3B7X A; 1D7H A; 1HXV A; 1NMV A; 3AS0 A; 4ITZ A; 4DRH A; 1W9U A; 4TW7 A; 4Z2L A; 1WNO A; 3UI4 A; 2IF4 A; 5GPG A; 2WLY A; 1F8A B; 2PV1 A; 3OA5 A; 4ODQ A; 2DT0 A; 3RM4 A; 2ZR5 A; 1YAT A; 1L1P A; 3KAI A; 2VCD A; 3O5P A; 4QIB A; 4R0X A; 1ZBC A; 1FKI A; 3CHF A; 5HW7 A; 1D7I A; 2XP7 A; 1ZBW A; 3ARR A; 2PN0 A; 3WQW A; 3CHE A; 2F4E A; 5HW6 A; 4ODL A; 3O5D A; 2DSZ A; 1P5Q A; 2FAP A; 3KAD A; 4P8W A; 2KI3 A; 3KAG A; 1F40 A; 4MGV A; 3TDB A; 1Q6I A; 3H9R B; 2O92 A; 1JNS A; 4KR0 B; 5GPR A; 4IT6 A; 4IPX A; 2F21 A; 5HBF A; 2ETN A; 3ARZ A; 2M2A A; 3UQI A; 1WB0 A; 2AOS A; 4DZ2 A; 1Y0O A; 2ESC A; 1NWU A; 3TC5 A; 3O5F A; 4S3J A; 4MNM A; 1O6I A; 4C02 B; 3O5K A; 1FKG A; 1EIB A; 5J6E A; 3ARS A; 3I6C A; 4Z2G A; 4NZC A; 4DZ3 A; 1E6R A; 5HKG A; 3JYJ A; 1GUV A; 4ODM A; 1E9L A; 4IQ2 A; 3KAF A; 3ALF A; 1ZCN A; 3KAB A; 3ARP A; 4G2P A; 2DSW A; 2DT3 A; 2XP6 A; 3RME A; 1SYT A; 1YW5 A; 4TYO A; 1JCH B; 3CHD A; 5HWC A; 2G41 A; 1K9T A; 4MSP A; 1WAW A; 3ARU A; 4TNS A; 2DG3 A; 2KGJ A; 3RM9 A; 3O5E A; 2DSU A; 4WJX A; 2LJ4 A; 3W4R A; 1E15 A; 2RUQ A; 3EY6 A; 2DG4 A; 2O9O A; 2ZQT A; 1KT0 A; 2WK2 A; 1HKJ A; 2A3B A; 3TCZ A; 1FKR A; 1ITX A; 2XPA A; 2JZV A; 3WH0 A; 2RUD A; 2A3E A; 2ZR6 A; 2B5U B; 3KAC A; 3O5L A; 3JXV A; 1Q6H A; 2LKN A; 2ZQU A; 3ARO A; 2FKE A; 4Q22 A; 4HBO A; 4URI A; 3AQU A; 4GIV A; 5D75 A; 2M08 A; 4ODO A; 3WIJ A; 4U85 A; 1LL4 A; 2DT2 A; 2MLZ A; 3ARV A; 4DRQ A; 2MF9 A; 2PPO A; 4NNR A; 1JND A; 1IX5 A; 3KZ7 A; 2DSV A; 2ZR4 A; 5HTG A; 5DIV A; 3CH9 A; 2XP4 A; 2XPB A; 1J4I A; 3O5J A; 4J4O A; 2PPP A; 2DT1 A; 4ZPW R; 1FFR A; 5GQB A; 1JVW A; 1ROU A; 1FKH A; 2ITK A; 4JFL A; 3O5I A; 1E6N A; 4Z2K A; 4ODP A; 2OFN A; 1W26 A; 1NH6 A; 3IKD A; 1W1Y A; 4QZV B; 3UQA A; 3CZ8 A; 2PV2 A; 1RD6 A; 1W1P A; 5HWB A; 4O2T A; 4LAY A; 1QPL A; 3BMB A; 3WD0 A; 4ODR A; 2DG9 A; 2AWG A; 1EQ3 A; 1QZ2 A; 2MPH A; 2XP8 A; 2VN1 A; 4S3K A; 4L3N A; 2F2D A; 4DRJ A; 4MNJ A; 4Q7N A; 4AY1 A; 4DRI A; 1ROT A; 4TX0 A; 1B6C A; 2OLH A; 2RUR A; 5HT1 A; 3WL1 A; 1FAP A; 5DO2 A; 2KR7 A; 4FN2 A; 1PIN A; 4QT2 A; 3RM8 A; 2N87 A; 1GOI A; 3O5M A; 3CGM A; 1Q1C A; 4LAW A; 4WKH A; 4G50 A; 2RUC A; 1KFW A; 5DIT A; 1FJD A; 1W1V A; 3AS1 A; 1EDQ A; 3AS3 A; 4JFI A; 2Q5A A; 2F23 A; 4J4N A; 1LG1 A; 1J4H A; 3O5G A; 1HJV A; 4ZS6 A; 4GGQ A; 1HKI A; 1OWQ A; 5B8I C; 3VAW A; 3WQV A; 3ARQ A; 3GU0 A; 4JYS A; 4XAK A; 4Z2H A; 4DWS A; 2LGO A; 4DRN A; 3NTP A; 2PBC A; 1T11 A; 4DWS D; 1JNE A; 2RSE A; 2XP5 A; 4R5E A; 2A3A A; 1W9V A; 3WKZ A; 2L2S A; 2A3C A; 4DRK A; 3ARW A; 1FKT A; 2M1I A; 2WM0 A; 1U79 A; 4NSB A; 1E6P A; 2XP9 A; 1KT1 A; 1E44 A; 1ZK6 A; 2B31 A; 1HKK A; 1FKS A; 5BXJ A; 1GPF A; 2YBT A; 4P8U A; 3FAP A; 3BXW A; 4MAV A; 1SR0 A; 3CGN A; 3MDY B; 1EHN A; 1EYM A; 3UF8 A; 3GTY X; 4Z2J A; 1QPF A; 4ODN A; 1BL4 A; 4DRO A; 3ALG A; 1ZBV A; 1VF8 A; 1W9P A; 3UI6 A; 3FXY A; 3RGC A; 4W9Q A; 4U84 A; 1GRJ A; 2MNT A; 1LJY A; 1ZU8 A; 1D2K A; 1CTN A; 1D7J A; 4DRP A; 1PBK A; 1FD9 A; 1W1T A; 2K8I A; 3PRD A; 3WL0 A; 4JFJ A; 2ZQV A; 4L72 B; 3ODK A; 4W9P A; 4HBE A; 4U86 A; 2PPN A; 1A7X A; 3B9E A; 3UQB A; 1LL7 A; 4MNK A; 1XHG A; 2YBU A; 2WLZ A; 4DT4 A; 1NWR A; 2KE0 A; 3WD3 A; 5JH8 A; 1FKJ A; 1R9H A; 1C9H A; 1M5Y A; 3LUO A; 1JNT A; 2UZ5 A; 3KAH A; 2KFW A; 1ZB5 A; 1ZBK A; 3G6L A; 3IKG A; 3PRB A; 4MTV A; 2G8Z A; 1LQ0 A; 2EUL A; 1HJW A; 5HW8 A; 3UI5 A; 3QOK A; 3WD4 A; 1N1A A; 5DF0 A; 1FKB A; 3FY1 A; 1NWS A; 1X6L A; 1TCO C; 4BF8 A; 2MLX A; 4WKA A; 4DRM A; 3O5O A; 4WK9 A; 4DIP A; 2DPE A; 1FKF A; 3RFW A; 4TW8 A; 1NSG A; 5I98 A; 3IK8 A; 5HUA A; 4P8V A; 3PR9 A; 3AS2 A; 4LAV A; 2QF8 A; 4ML4 A; 2ZQS A; 2LPV A; 2Y78 A; 4DWS C; 4QT3 A; 5DEZ A; 1FFQ A; 4N19 A; 1E6Z A; 3EIP A; 3ARX A; 3PA7 A; 4ZPV R; 2XP3 A; 4PTM A; 4LGX A; 1NWT A; 1FKD A; 1FKK A; 1NMW A; 4DWS B; 1J6Y A; 3ART A; 1UR9 A; 1D6O A; 4LAX A; 1HKM A; 4P8X A; 4HAR A; 3ARY A; 2PV3 A; 4ODK A; 3WD2 A; 4Z2I A; 1TFV A; 3CHC A; 4IT4 A; 2FDM A; 4KQZ A; 3B9A A; 4IQC A; 4JFM A; 1BKF A; 4MNL A; 4UDM A; 3KCE A; 3B9D A; 4WKF A; 3JYM A; 4FAP A; 1X6N A; 3B8S A; 2P4V A; 3G6M A; 3NI6 A; 3O5R A; 2RQS A; 1HJX A; 4ZPT R; 4WIW A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1XRV A; 3NRK A; 1H0I A; 3O5Q A; 1OGB A; 2PI6 A; 4TW6 A; 1H0G A; 2D9F A; 3PRA A; 1Q6U A; 4W5U A; 5DIU A; 1ZL1 A; 4W9O A; 4JFK A; 3WD1 A; 3GPK A; 3OOB A; 2KO7 A; 1LL6 A; 4DH0 A; 1UR8 A; 2MLY A; 4MPK A; 1FKL A; 2IUZ A; 1LG2 A; 1OGG A; 1J4R A; 3IHZ A; 3B7X A; 1D7H A; 1HXV A; 1NMV A; 3AS0 A; 4ITZ A; 4DRH A; 1W9U A; 4TW7 A; 4Z2L A; 1WNO A; 3UI4 A; 2IF4 A; 5GPG A; 2WLY A; 1F8A B; 2PV1 A; 3OA5 A; 4ODQ A; 2DT0 A; 3RM4 A; 2ZR5 A; 1YAT A; 1L1P A; 3KAI A; 2VCD A; 3O5P A; 4QIB A; 4R0X A; 1ZBC A; 1FKI A; 3CHF A; 5HW7 A; 1D7I A; 2XP7 A; 1ZBW A; 3ARR A; 3WQW A; 3CHE A; 2F4E A; 5HW6 A; 4ODL A; 3O5D A; 2DSZ A; 1P5Q A; 2FAP A; 3KAD A; 4P8W A; 2KI3 A; 3KAG A; 1F40 A; 4MGV A; 3TDB A; 1Q6I A; 3H9R B; 2O92 A; 1JNS A; 4KR0 B; 5GPR A; 4IT6 A; 4IPX A; 2F21 A; 5HBF A; 3ARZ A; 2M2A A; 3UQI A; 1WB0 A; 2AOS A; 4DZ2 A; 1Y0O A; 2ESC A; 1NWU A; 3TC5 A; 3O5F A; 4S3J A; 4MNM A; 1O6I A; 4C02 B; 3O5K A; 1FKG A; 1EIB A; 5J6E A; 3ARS A; 3I6C A; 4Z2G A; 4NZC A; 4DZ3 A; 1E6R A; 5HKG A; 3JYJ A; 1GUV A; 4ODM A; 1E9L A; 4IQ2 A; 3KAF A; 3ALF A; 1ZCN A; 3KAB A; 3ARP A; 4G2P A; 2DSW A; 2DT3 A; 2XP6 A; 3RME A; 1SYT A; 1YW5 A; 4TYO A; 3CHD A; 5HWC A; 2G41 A; 1K9T A; 4MSP A; 1WAW A; 3ARU A; 4TNS A; 2DG3 A; 2KGJ A; 3RM9 A; 3O5E A; 2DSU A; 4WJX A; 2LJ4 A; 3W4R A; 1E15 A; 2RUQ A; 3EY6 A; 2DG4 A; 2O9O A; 2ZQT A; 1KT0 A; 2WK2 A; 1HKJ A; 2A3B A; 3TCZ A; 1FKR A; 1ITX A; 2XPA A; 2JZV A; 3WH0 A; 2RUD A; 2A3E A; 2ZR6 A; 3KAC A; 3O5L A; 3JXV A; 1Q6H A; 2LKN A; 2ZQU A; 3ARO A; 2FKE A; 4Q22 A; 4HBO A; 4URI A; 3AQU A; 4GIV A; 5D75 A; 2M08 A; 4ODO A; 3WIJ A; 4U85 A; 1LL4 A; 2DT2 A; 2MLZ A; 3ARV A; 4DRQ A; 2MF9 A; 2PPO A; 4NNR A; 1JND A; 1IX5 A; 3KZ7 A; 2DSV A; 2ZR4 A; 5HTG A; 5DIV A; 3CH9 A; 2XP4 A; 2XPB A; 1J4I A; 3O5J A; 4J4O A; 2PPP A; 2DT1 A; 4ZPW R; 1FFR A; 5GQB A; 1JVW A; 1ROU A; 1FKH A; 2ITK A; 4JFL A; 3O5I A; 1E6N A; 4Z2K A; 4ODP A; 2OFN A; 1W26 A; 1NH6 A; 3IKD A; 1W1Y A; 4QZV B; 3UQA A; 3CZ8 A; 2PV2 A; 1RD6 A; 1W1P A; 5HWB A; 4O2T A; 4LAY A; 1QPL A; 3WD0 A; 4ODR A; 2DG9 A; 2AWG A; 1EQ3 A; 1QZ2 A; 2MPH A; 2XP8 A; 2VN1 A; 4S3K A; 4L3N A; 2F2D A; 4DRJ A; 4MNJ A; 4Q7N A; 4AY1 A; 4DRI A; 1ROT A; 4TX0 A; 1B6C A; 2OLH A; 2RUR A; 5HT1 A; 3WL1 A; 1FAP A; 5DO2 A; 2KR7 A; 4FN2 A; 1PIN A; 4QT2 A; 3RM8 A; 3O5M A; 1GOI A; 2N87 A; 3CGM A; 1Q1C A; 4LAW A; 4WKH A; 4G50 A; 2RUC A; 1KFW A; 5DIT A; 1FJD A; 1W1V A; 3AS1 A; 1EDQ A; 3AS3 A; 4JFI A; 2Q5A A; 4J4N A; 1LG1 A; 1J4H A; 3O5G A; 1HJV A; 4ZS6 A; 4GGQ A; 1HKI A; 1OWQ A; 5B8I C; 3VAW A; 3WQV A; 3ARQ A; 4JYS A; 4XAK A; 4Z2H A; 4DWS A; 2LGO A; 4DRN A; 3NTP A; 2PBC A; 1T11 A; 4DWS D; 1JNE A; 2RSE A; 2XP5 A; 4R5E A; 2A3A A; 1W9V A; 3WKZ A; 2L2S A; 2A3C A; 4DRK A; 3ARW A; 1FKT A; 2M1I A; 2WM0 A; 1U79 A; 4NSB A; 1E6P A; 2XP9 A; 1KT1 A; 1ZK6 A; 2B31 A; 1HKK A; 1FKS A; 5BXJ A; 1GPF A; 2YBT A; 4P8U A; 3FAP A; 3BXW A; 4MAV A; 1SR0 A; 3CGN A; 3MDY B; 1EHN A; 1EYM A; 3UF8 A; 4Z2J A; 1QPF A; 4ODN A; 1BL4 A; 4DRO A; 3ALG A; 1ZBV A; 1VF8 A; 1W9P A; 3UI6 A; 3FXY A; 3RGC A; 4W9Q A; 4U84 A; 2MNT A; 1LJY A; 1ZU8 A; 1D2K A; 1CTN A; 1D7J A; 4DRP A; 1PBK A; 1FD9 A; 1W1T A; 2K8I A; 3PRD A; 3WL0 A; 4JFJ A; 2ZQV A; 4L72 B; 3ODK A; 4W9P A; 4HBE A; 4U86 A; 2PPN A; 1A7X A; 3B9E A; 3UQB A; 1LL7 A; 4MNK A; 1XHG A; 2YBU A; 2WLZ A; 4DT4 A; 1NWR A; 2KE0 A; 3WD3 A; 5JH8 A; 1FKJ A; 1R9H A; 1C9H A; 1M5Y A; 3LUO A; 1JNT A; 2UZ5 A; 3KAH A; 2KFW A; 1ZB5 A; 1ZBK A; 3G6L A; 3IKG A; 3PRB A; 4MTV A; 2G8Z A; 1LQ0 A; 1HJW A; 5HW8 A; 3UI5 A; 3QOK A; 3WD4 A; 1N1A A; 5DF0 A; 1FKB A; 3FY1 A; 1NWS A; 1X6L A; 1TCO C; 4BF8 A; 2MLX A; 4WKA A; 4DRM A; 3O5O A; 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