The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
40
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sequence length |
154
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structure length |
154
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Chain Sequence |
REVKLTKAGYERLMKQLEQERERLQEATKILQELMESSDDYDDSGLEAAKQEKARIEARIDSLEDVLSRAVILEEGTGEVIGLGSVVELEDPATGERLSVQVVSPAEASVLENPMKISDASPMGKALLGHRVGDVLSLDTPKGKKEFRVVAIHG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Thermus aquaticus Gfh1, a Gre-factor paralog that inhibits rather than stimulates transcript cleavage.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
|
| source organism |
Thermus aquaticus
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| molecule keywords |
anti-cleavage anti-GreA transcription factor Gfh1
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| total genus |
40
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| structure length |
154
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| sequence length |
154
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-10-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01272 | GreA_GreB | Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-term |
| A | PF03449 | GreA_GreB_N | Transcription elongation factor, N-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Transcription elongation factor, GreA/GreB, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EUL A; 3GTY X; 3BMB A; 2F23 A; 2ETN A; 2P4V A; 1GRJ A; 3GU0 A; 2PN0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4JPR A; 3C3T A; 2DT1 A; 4FM1 A; 1K5Q A; 1Q6U A; 2KR7 A; 3MHS C; 1W26 A; 4DWS B; 2LGW A; 2X6C A; 1AJN A; 4JZ2 A; 4X20 A; 1BE3 H; 2W0F C; 1E6Z A; 5KUM A; 3UQA A; 1F7Y A; 1K97 A; 1SKV A; 3K79 A; 3AG1 C; 1P84 F; 3GU0 A; 3JYJ A; 3FB5 C; 3RGB A; 3RYI B; 3IC7 A; 2UUA B; 1SQX H; 4P8U A; 5LHH A; 1FAP A; 3BAB A; 3K06 A; 2ZM6 O; 2VN1 A; 1JX9 A; 3JD1 A; 1M4U A; 2O92 A; 2PN0 A; 1LQ0 A; 4JI3 O; 4JAA A; 4O4I B; 1QVG U; 3RYH B; 2F95 B; 1HNW B; 4MTG A; 3AK3 A; 4B7E A; 3L74 H; 4CH5 A; 3WB1 A; 4U3F H; 1K4D C; 1XHG A; 4DRH A; 1IXM A; 1Q90 D; 2ATK C; 5JCO C; 3ZRW B; 4QE7 A; 1AVM A; 2ZE5 A; 4HBN A; 3CS5 A; 3LDD A; 4RUF A; 2V7Q G; 4WKA A; 4TT3 G; 3CME V; 4DH0 A; 1GRJ A; 1XDC A; 3K5N A; 4L87 A; 1XL4 A; 2YXH A; 1FKB A; 4MNK A; 5KAI Z; 1RPR A; 1S5L Z; 4JI5 B; 5B1B C; 4B3M B; 2P22 C; 3T4Z A; 3CWB H; 4WFG A; 2DQ3 A; 1WAZ A; 4DR1 O; 2YIA A; 4DWS A; 1H38 A; 5A9G A; 4I9Q A; 1ZL8 B; 2L2S A; 3RVZ A; 2QDO A; 4ODN A; 1KP2 A; 1IZ3 A; 1Y76 B; 4OPH A; 4UDM A; 4KP4 A; 1K5S A; 4DR7 B; 1XMQ O; 1I5Y A; 3B8S A; 3D3I A; 1VF7 A; 2ZE6 A; 3ZN0 A; 3UI6 A; 3W7U A; 2EBO A; 4LF7 B; 4P8W A; 1HNZ B; 3RYI A; 2Q73 A; 2G41 A; 1EZJ A; 4X88 A; 4F6E A; 4I0X A; 4JV5 O; 1V55 C; 2XT9 A; 4JI6 O; 3G6B A; 5BY1 A; 1OCZ C; 5JQG B; 1FS0 G; 5KX5 B; 4O4I A; 4K0K O; 3SJQ C; 4L8J A; 3SYP A; 2WA3 A; 1NH2 B; 4DV1 O; 3KAG A; 4DK1 A; 1Q81 W; 5EIB C; 3BVO A; 3UKM A; 4UV8 A; 1K33 A; 4IHJ A; 1H2N A; 1FXK B; 3WD0 A; 4ZPT R; 2PTM A; 4JI2 O; 2IH1 C; 2OIG A; 2QWR B; 3LSU A; 2YBU A; 1FXV A; 3B9D A; 2Q7E A; 1GKF A; 3BCC H; 2ZT9 B; 4HNA A; 2UUC O; 2M08 A; 1YJN V; 3T4D A; 2UU9 O; 2GV9 A; 1PM9 A; 2JS5 A; 4I4T B; 2VQF O; 5DIV A; 4ODO A; 3WKZ A; 3CH9 A; 4W9Q A; 3K5L A; 2JJ2 G; 5DM6 V; 2AWG A; 3K3W A; 1KT1 A; 1Y76 A; 5K1P A; 1M9N A; 1W9P A; 3WD2 A; 2QTS A; 5B1O A; 4OPA A; 4PI0 A; 2HJF C; 1OCO C; 1H2L A; 3ABK C; 2XPA A; 3O5O A; 4YJ3 B; 4DV6 B; 4K35 A; 4IIJ B; 3ABU A; 3ZED A; 4FFK A; 3O5F A; 4DXW A; 2ZD9 A; 3WD4 A; 5CB4 B; 1IBK B; 4GYC B; 4LF6 B; 4BWA A; 1VF6 C; 4DR5 O; 2RCV A; 2DSU A; 1AI6 A; 2EIM C; 5B5E Z; 5KLV H; 2HKO A; 1H2G A; 4OX9 O; 1I08 A; 1C9H A; 2XAG A; 3ZN1 A; 5IY5 C; 2OWO A; 4DRM A; 1NQT A; 4CS4 A; 1HW7 A; 4U84 A; 2QKC A; 1Q3E A; 2A3A A; 4DR3 O; 2N04 A; 1MG1 A; 2BTQ B; 1OZ0 A; 4F6R B; 3CRR A; 2LP7 A; 2WLI B; 3B9A A; 1GN4 A; 3K58 A; 4GX2 A; 3VQV A; 1TUB A; 5C8Y A; 3RYF A; 5GTH Z; 4MNJ A; 1MSD A; 4BIZ A; 4O2A B; 1EM1 A; 3EFF K; 3THO A; 2DT3 A; 1BL4 A; 1JR9 A; 3FAV B; 3IC9 A; 1PKX A; 2ITD C; 1Y74 A; 3AG4 C; 3CX5 F; 3HKE B; 4FVM A; 2XP6 A; 3BHP A; 2WLZ A; 1S72 V; 3DTU B; 2X6A A; 4ODP A; 4LF9 B; 3K04 A; 4R50 A; 1OGG A; 4CC5 A; 1G8M A; 4YHH B; 2C2A A; 3JSL A; 3Q4H B; 3JAW A; 1Q86 W; 5J6E A; 3CCL V; 1COW G; 3APO A; 1MZE A; 2BTO A; 4X89 A; 1GM8 A; 4WBN A; 3OA5 A; 1S5H C; 4Z2G A; 1FJG O; 4F4L A; 3EIP A; 4YJ3 A; 4W4K A; 1IUR A; 2JK5 C; 2PGG A; 4IIJ A; 1TVK B; 2Y69 B; 2YC0 A; 4LH7 A; 5CB4 A; 4DR1 B; 4FLW A; 4Z2I A; 2A0L A; 1OCC B; 2EIL B; 4NXN B; 3K57 A; 4Q7N A; 3K03 A; 3UQB A; 2BE3 A; 1WB7 A; 5L3E A; 2YIC A; 4LBE C; 4MVM A; 3T1H B; 1WNS A; 3QO5 A; 3WB0 A; 2AGA A; 5LXT A; 3ZMT A; 1VQL V; 4CC6 A; 3IAY A; 5DO2 A; 1TGO A; 2B1I A; 2JIZ G; 1K73 W; 2YI8 A; 4JF3 A; 4KUM A; 2YSU B; 5H9C A; 2Q8V A; 2Q6A A; 3OFN G; 4QGP A; 2CGO A; 4F6R A; 5IWA B; 4UCU A; 3UF8 A; 3CC7 V; 3CSX A; 4JV5 B; 1XUQ A; 3ZHS A; 3RFR A; 2F2D A; 5J2T B; 3ABL C; 1LJY A; 4LF5 O; 3VQY A; 2EIJ C; 3L9D A; 2A3C A; 3ASO B; 4B3R B; 2GTS A; 4EKW A; 4O2A A; 3KCY A; 3HR0 A; 4J42 A; 1FKH A; 1NBM G; 3CYO A; 1AI5 A; 3IFX A; 2HR3 A; 4FM0 A; 4XAK A; 4DV1 B; 1SF9 A; 4J9Y B; 4FAP A; 2JEU A; 3CXC U; 5JVD B; 1XHZ A; 2KG7 B; 4X8A A; 2Q0O C; 5B1A C; 2WA4 A; 2WM0 A; 2QM8 A; 3ABT A; 2BOC C; 3JSN A; 1DLB A; 4JI2 B; 3H9R B; 2WK2 A; 3O5D A; 4PDV A; 2QWO B; 2ZCE A; 1H8H G; 4DR2 B; 2BOB C; 1Z2G A; 4MSP A; 3GWK C; 1R6K A; 4BIO A; 2DE0 X; 1EYM A; 5BXJ A; 3E8G A; 4IQ2 A; 2UUC B; 3BMB A; 3DXR A; 4LH6 A; 4FLT A; 2UU9 B; 5KAF Z; 3SJC C; 1TVK A; 5HUA A; 2XND G; 1XNQ B; 4EB6 A; 4Z1M G; 2QGN A; 4X1K A; 1R3J C; 5KHJ A; 1P5Q A; 1ZK6 A; 2K9P A; 2KFW A; 4DT4 A; 2QF8 A; 2XTA A; 2MLY A; 3SPJ A; 1LG1 A; 3JCZ A; 2IH3 C; 4JFI A; 3EHB B; 1I94 O; 1VF8 A; 2PV2 A; 4XDK A; 3UQ8 A; 1YDX A; 1BMF G; 4RQF A; 4K3A A; 1SRY A; 3OTF A; 2ODM A; 1G4Y B; 1FFR A; 4PV1 B; 3OOB A; 2WLH A; 1Z5W A; 3ZIA G; 2N74 A; 1GUV A; 5DF0 A; 5LOV A; 2YXL A; 1FKF A; 1AP5 A; 2PI4 A; 3E8F A; 5J2T A; 1TAE A; 4YXW G; 1GK9 A; 1NR1 A; 1YW5 A; 3TJT A; 1ENV A; 4P30 A; 3KZ7 A; 1H2S B; 1XNR B; 3G67 A; 4FPP A; 4PA6 A; 3N2G A; 5HW7 A; 1VMG A; 1G6U A; 3KZI Z; 3KCE A; 1VAR A; 1ZCN A; 5HFL A; 5JVD A; 1TCO C; 2RSE A; 5GPG A; 2LW7 A; 1RPO A; 2DPE A; 1Y0O A; 2QKA A; 1FPO A; 4KXR A; 1UFI A; 5LP6 C; 4BF8 A; 4DUY B; 3L75 H; 4ZIB A; 4Z2L A; 2V4D A; 4ZI7 B; 2LJ2 A; 4TV9 B; 1JQ0 A; 1MOF A; 5IYB O; 2MW2 B; 3AG3 B; 1LUV A; 1E15 A; 3T2M A; 3TK1 A; 4J7Z A; 1FXH A; 4DV3 O; 2PUS A; 1QR8 A; 5EZY B; 4URI A; 3O5I A; 3DSQ A; 1FFX B; 2LO1 A; 1VQN V; 4KHP O; 1SYT A; 1K92 A; 3I56 V; 2Q9L A; 5JH7 B; 3AG2 C; 4DYL A; 1N36 O; 3ZHV A; 1HJW A; 3HKC B; 3TGU H; 4B3S B; 2F1M A; 5CBH A; 4J7J A; 1QPF A; 1I7F A; 1EBO A; 4DRI A; 3D3Q A; 1GMG A; 5EBM C; 3ZJZ A; 2EIK C; 2Q5Z A; 4U85 A; 3SYQ A; 3UM7 A; 4LNU B; 2KGJ A; 1WPB A; 2IJJ A; 4DWS D; 1SA0 B; 2N87 A; 3VAW A; 1CXZ B; 1ZUQ A; 4NTW A; 4Q6G A; 1UR8 A; 3RYC A; 2ZE8 A; 1M57 C; 3BFR A; 3VQW A; 1Q7Y W; 2A7W A; 4O4L A; 1P49 A; 3W7W A; 2ZDI C; 4FJC C; 1K4C C; 2QM4 A; 2FYU H; 5GW7 A; 2EIN B; 1FYJ A; 2BCC H; 5EC2 C; 1P4R A; 1U96 A; 4GX1 A; 1GPF A; 4FN2 A; 4X20 B; 4JI1 O; 1F8A B; 2O9O A; 3CCV V; 5IT9 N; 1M1K W; 3A8T A; 2IU3 A; 1D6O A; 2R9R B; 2NNU A; 5AG2 A; 4AQY O; 4C02 B; 1LR1 A; 3JCU Z; 2VRZ A; 4LFB O; 2PY5 A; 2HP8 A; 1I5X A; 3FYI B; 4PA9 A; 1R3L C; 4J7K A; 4FM2 A; 3RVY A; 4TV9 A; 2ADQ B; 3OE7 G; 1ROT A; 1SET A; 4JI8 O; 3ZCC A; 4DRK A; 4Z2W A; 3N2K A; 3STZ C; 4LR3 A; 3K9S A; 1NI8 A; 5EZY A; 4TUY B; 3NR7 A; 1EFR G; 1ROP A; 1YIJ V; 1W9U A; 1FFX A; 3I55 V; 2F21 A; 5JH7 A; 1YSC A; 3M7M X; 1E6R A; 1O9G A; 2RUC A; 2WAM A; 1ZSP A; 2WLK A; 3OM3 B; 1DK1 A; 1PL0 A; 5H2F Z; 3AQU A; 1P7G A; 1SES A; 1PL4 A; 4NXM B; 1W1V A; 3ARQ A; 3WH0 A; 4ZPV R; 4J11 A; 1AR5 A; 5LGU A; 3ZRX A; 4ZOL B; 5IJ0 A; 4D6T H; 2Y0I A; 1DGS A; 4JTA B; 4PJ0 Z; 1HNX O; 1EHN A; 4PA7 A; 4K8Z A; 4LNU A; 1W1P A; 4R7C A; 1WB8 A; 2CTQ A; 4IT4 A; 1KFW A; 3SGI A; 5JJJ B; 3JD3 A; 4DV2 O; 4MVU A; 4PI2 A; 2QJ1 A; 3APQ A; 2XP7 A; 3JAK A; 5IYZ A; 1WLE A; 4P2Z A; 4UCS A; 1SZX A; 4WFA V; 1FKD A; 3STL C; 2V1D A; 3N27 A; 3D8C A; 1L1P A; 5CMU A; 2F43 G; 2XAJ A; 5B8I C; 3HKB A; 3P32 A; 4PA4 A; 1NTZ H; 4GKJ O; 1E44 A; 3LDE A; 2CE4 A; 3OTO O; 1TA8 A; 2OCC C; 3B77 A; 1KEC A; 3A0B Z; 1YCI A; 2X7R B; 3ETG A; 3LUO A; 4I0X B; 4DIP A; 4NR1 A; 1IVS A; 1Q6H A; 3HB3 B; 2JDI G; 4DV5 B; 4TUY A; 1JFF A; 2ZQS A; 5LMN O; 1GAX A; 1D2D A; 4I7Z B; 4WKF A; 3JAS B; 1N32 O; 1JNS A; 2D2C B; 1NSG A; 2W6J G; 4E4E A; 2VQE O; 3L70 H; 2CTW A; 2X0L A; 1W9V A; 4MAV A; 5B1B B; 4LFC B; 2DWD C; 1NWR A; 1Y66 A; 2IJH A; 2WLM A; 4X66 O; 2PPP A; 3OEH G; 4IHJ B; 3LUT B; 4ZOL A; 2OLH A; 3ALF A; 4DZ2 A; 3LNM B; 4S3J A; 4O4H B; 3SPG A; 2XPB A; 2AOS A; 2E5L B; 5DN6 G; 4HAM A; 2KB1 A; 4KHP B; 1SER A; 2Q7H A; 3HKD A; 2NR5 A; 4HNA B; 1N36 B; 2OIE A; 2HVK C; 4MW3 A; 1L0N H; 1OGB A; 3EY6 A; 4XDJ A; 3U11 A; 3IKD A; 4UFZ A; 5L3F A; 3AS3 A; 1XMO O; 2IJI A; 4GIV A; 1D7J A; 4WFF A; 1GM7 A; 4JYY A; 3ZX6 A; 5GON B; 3F5W C; 4P9P A; 3WQW A; 1OV9 A; 3CC4 V; 1Z5V A; 3K0D A; 4W9O A; 3H9V A; 1SS3 A; 2PV3 A; 2QSA A; 2QE7 G; 2LFS A; 3GVM A; 3OAA G; 2RUR A; 2XAS A; 3OT7 A; 5LYJ B; 1YHQ V; 2PI5 A; 4JYA O; 3IGA C; 1WAW A; 3PJS K; 2F4V B; 2IF4 A; 3FXY A; 3U10 A; 4MTF A; 1KBH A; 2Q67 A; 3O5K A; 1QU7 A; 5KMG A; 3S3X A; 1XOU A; 2F93 B; 2WSS G; 2A3E A; 4IT6 A; 1PNM A; 1XRE A; 4DUZ O; 5J2U A; 3ARP A; 5JCO A; 2Y48 A; 2PPN A; 4ICG A; 1ORQ C; 1J4I A; 4JI1 B; 1JNT A; 4UB6 Z; 5BR8 O; 4QNH B; 1N8R W; 1NR7 A; 1KP3 A; 1Q8I A; 3JAS A; 5CBF A; 1WP8 A; 1E1Q G; 4AQY B; 4LF4 O; 1M93 A; 4B08 A; 4LFB B; 2RNB A; 3SPI A; 5IE9 A; 4JAS A; 4O4J A; 1KUQ A; 3KAI A; 3H1L H; 1FKR A; 1MMM A; 3BY6 A; 4ZBM A; 1PD3 A; 5LGT A; 3CCR V; 4ML4 A; 2KE0 A; 2PPO A; 2CAZ C; 2VS0 A; 3JYC A; 4O4H A; 1TUB B; 5C8Y B; 3RYF B; 1G1X B; 2YIB D; 4FFB A; 1PPJ H; 4JTD B; 5FNV A; 4KFM A; 4ASU G; 3NXS A; 5IJ9 B; 1U79 A; 3TDB A; 1AP6 A; 3JD2 A; 1Y74 B; 2KSD A; 2HEP A; 1RP3 B; 4FMT A; 4XDL A; 1OJH A; 3I5D A; 2A3Q A; 4N21 A; 1SZT A; 4MVR A; 4WJX A; 1QVF U; 3JAW B; 3OGI B; 3D36 C; 2ITC C; 1JND A; 3TXS A; 5GON A; 3ZMU A; 1HNX B; 4WBN B; 3MDY B; 2W6I G; 1HP8 A; 2EIM B; 4TOI A; 4CS3 A; 3CE2 A; 3T1Y B; 2R9A A; 1SR0 A; 1WA8 B; 4H44 B; 4MVQ A; 5IY5 B; 1Q1C A; 1FXK C; 4GZR B; 5LYJ A; 2DG3 A; 4PDL A; 1MSW D; 4HBE A; 4IT5 A; 1QNM A; 2R70 A; 1JMK C; 1JVW A; 4DV0 O; 3ETE A; 3SYO A; 5B1N A; 1ZB5 A; 3MDS A; 3RN4 A; 4DO2 A; 4ZHQ A; 4RQE A; 3B8N A; 4N23 A; 2Y0P A; 3H1J H; 1RFY A; 2XP3 A; 1WP7 A; 5LXT B; 3S3W A; 3ZBH A; 3OR6 C; 2L35 A; 4RO2 A; 1KQS U; 1CEZ A; 4DRP A; 4FLV A; 4UVA A; 4QZV B; 4E2L A; 3IK8 A; 3CHC A; 2DN9 A; 4LF8 O; 4QE9 A; 1JA8 A; 5LHG A; 1UR9 A; 4LFA O; 4W4L A; 2A3B A; 4UCV A; 1HR0 O; 3B9E A; 1LUW A; 1Y6X A; 1S0V A; 5DED A; 3F7V C; 5HW6 A; 2ZM6 B; 1XL6 A; 1UPG A; 5IJ9 A; 3AS2 A; 4JI3 B; 2Z0A A; 4FIP C; 1N32 B; 2ZKO A; 2DYS C; 4LC1 A; 5DIT A; 5LBQ A; 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