4S3KA

Crystal structure of the bacillus megaterium qm b1551 spore cortex-lytic enzyme slel
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
433
structure length
429
Chain Sequence
GGFAQIYTVKAGDSIYSIAKQFRIDAGKIIRANELPNPNQLVIGQSMVIPINGTYYTVKAGDTIWKVGRKLGVSYQAIANANNVSVTAPLTPGRRILIPPSPNKRNGEFLGYVETSNRKITPQTEKMINQNAKYLTYLGPANFEVQKDGSLKAPPLNNLGSIAKENDVIFLMVLANIENGAFSDEVGRAILNNKDVQDTLLNNIVKTAKEQNFRDIHFDFEFLRPADKEAYIAFLQKAKKRLQDEQLLMSVALAPKTSRDQKGKWYEAHDYKAIGEIANFVVPMTYEGGPPMAVSPIGPVRDVLEYAVSEIPSSKIIMGQNLYGYDWTLPYKPGGEYAKAISPQRAIELAARYKVAIQYDNKAQAPFFRYKDEQQRTHEVWFEDARSIQAKFDLIKELKLRGMAYWKLGLDFPQNWLLIEDNFKITKRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacillus megaterium
publication title Structural and functional analysis of SleL, a peptidoglycan lysin involved in germination of Bacillus spores.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Spore germination protein YaaH
total genus 142
structure length 429
sequence length 433
ec nomenclature ec 3.2.1.-:
pdb deposition date 2015-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
A PF01476 LysM LysM domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4s3kA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4s3kA02
2ESCA 4AZ6A 4TVCA 2XSBA 2QHAA 5FOOA 3T2PA 4TVUA 1MQRA 1OWQA 3W6LA 1FHDA 3BAXA 3ARUA 3T0AA 3VGBA 4UFIA 1MW1A 3EMCA 5A1AA 4AD4A 4HMCA 2IXVA 1BGGA 3W27A 3U5YA 4V2XA 3WUEA 4MDPA 5BRQA 5CZKA 2BVYA 1V6YA 4E4PA 1UR8A 1W1VA 4TVDA 2ZE0A 3UG3A 2Y24A 1GONA 8A3HA 2UY4A 3CZJA 3W6MA 3QHMA 1N82A 1CGVA 1K9TA 2VQTA 3WH7A 5FKYA 3PZQA 2F8QA 3AIBA 4AEEA 2DQXA 2CHOA 4DUWA 2C0HA 2WCGA 4OIFA 1V3MA 1SR0A 2QMJA 1ISYA 4D6IA 5BROA 2FGLA 1U33A 3L4WA 3WBAA 2XHYA 3ZM8A 4NRSA 1JDCA 4FMVA 3ZR6A 2FH8A 4PTWA 2XFFA 2OWXA 4ACZA 1W32A 3W4RA 1TZ7A 1UQYA 4P7NA 2TAAA 2DT0A 1J0JA 1SFSA 1CIUA 1H09A 3VILA 3N18A 1UWTA 2RGMA 1OIFA 1W2VA 1W1TA 1RH9A 3SCNA 2GFTA 1DEDA 4PSPA 2WVUA 4UFHA 3D5HA 1CXIA 4PMRA 4AISA 5A8PA 3F5JA 1J12A 2ZX5A 1E73M 2EPOA 2OWWA 3WD1A 2YLLA 1PJ9A 4FK9A 4CCCA 4KMQA 3FY1A 3KE0A 1E0WA 3APGA 3ZSTA 3AZTA 1TE1A 2NT0A 5BRPA 4IPNB 1E71M 2WMFA 1CXLA 5HDRA 4NRRA 1NOFA 2ZIDA 1E4LA 5TD4A 1X6LA 1VAHA 4ACYA 4PUEA 4AZCB 5D4YA 4M29A 1GVIA 5CPTA 2A3AA 3DHUA 3F5KA 2YKKA 1E43A 1OD0A 2DSWA 2ZUVA 2DGAA 3AXHA 1HVQA 2A3BA 2PWDA 3AHTA 1MWOA 1D3CA 4IPLA 3WF3A 3B8SA 3MUZ1 3EYPA 4OZOA 1CPUA 3SIMA 4J27A 2GDVA 3M6DA 4E8DA 3UERA 1CZ1A 2CKSA 4F9JA 4HTYA 2YA0A 3WMCA 4HZ8A 4GQRA 1UD8A 3L4UA 4MJ4A 4JFVA 3W25A 5EMYA 3L2LA 3CLWA 3IK2A 2WMGA 2YBUA 3MV01 3RMEA 4PCSA 1B3XA 1XH1A 3MSDA 1W1PA 3TTOA 3GXIA 5ABEA 5DF0A 1FA2A 1U30A 3TTSA 4W7WA 2DIEA 1ZU8A 2XM2A 2WMJA 3WQWA 2EPNA 3ZT6A 3MUAA 1G1YA 3NSXA 4IISA 1BYAA 4GZJA 1VFOA 1JIBA 5CSYA 4GI9A 4WLCA 5AC5A 3ZJKA 4YN5A 5GNXA 1LWJA 2CBVA 3WD4A 2J7BA 4WKAA 2JEQA 5DEZA 4AW7A 1JZ6A 2J8GA 3UG4A 8CGTA 2JEPA 4FLQA 1XSIA 1TFVA 2X09A 3CHCA 3TA9A 1JAKA 1V3KA 2YBTA 2V3DA 5A95A 2DEPA 2GJXA 1QBAA 1HT6A 2WKLA 1J0ZA 4UQCA 2QPUA 2VUYA 1LLOA 1K9EA 4ZXLA 4WIWA 1SYTA 5A6SA 1VEPA 3O9NA 3HJEA 5DMYA 3KZSA 4ATWA 3TONA 3A6OA 4YPJA 2CBJA 4PTMA 2Z1SA 3AIQA 3PZNA 4E2OA 2W92A 3OLDA 1PAMA 2WBGA 2CETA 1UZ1A 1GJUA 4AIOA 1HJVA 4X0VA 2YL5A 3VDCA 1CWYA 2AMGA 2YDSA 2ZUNA 3VMPA 2OYKA 1V6UA 2UY2A 2EXOA 1HP5A 1E72M 4PMOA 1GOIA 1DWGM 3CHEA 3BAWA 1J0YA 2WWCA 2WC3A 1JDAA 4J3VA 3WDPP 4Z2HA 1V3LA 4HP5A 1OT1A 4DM1A 1E56A 4M8UA 4FF5A 1D2KA 2ZUWA 1FP9A 3ZR5A 1E6NA 1H5VA 1I1XA 1OB0A 1WZKA 2WCAA 3WDHA 4D6HA 5GNZA 4GO8A 1UKSA 3OG2A 3VIHA 3QOMA 1W9VA 3WQ6A 4ML4A 5HPOA 3PHAA 4TOQA 2BS9A 1B3ZA 3BAJA 1UYQA 3I3EA 2ZX9A 4Z2KA 4CUCA 3AS1A 2J62A 3BMVA 3O2LA 2NSXA 2WVVB 5IFTA 1GORA 4W5UA 2O9TA 4P7OA 1SMDA 3II1A 2J7GA 4DWSB 2J74A 2EEXA 1J18A 1IZKA 2XVNA 3OLGA 4R27A 1Q6GA 3UG5A 4B16A 5JIWA 1UD3A 4XV0A 5A8OA 4AXNA 5C70A 3JUGA 1HXJA 5LA2A 3CIVA 4N0RA 3VINA 4AYSA 3VGEA 2CIPA 1X6NA 5JBEA 3U5UA 1V0KA 4V28A 3ZT7A 1GQLA 2G4FA 4D72A 3OA5A 4GKLA 5CLWA 4QCEA 4PSRA 3PZUA 1EDGA 1ZBWA 2J7EA 4UFJA 3VGGA 4U33A 5I6SA 3VGFA 1AVAA 2PWFA 3WEZA 3DYMA 4YHEA 1MW2A 2XVPA 2WC7A 3T2OA 2EO7A 4PYSA 3WNNA 1US2A 1WKYA 3CUIA 4UFKA 2D22A 3SUVA 4HOZA 2D3LA 5ABFA 5HOSA 2HVMA 2VCCA 3S2CA 1BYCA 1F4AA 4X0NA 1E6RA 4OKDA 1GPFA 3ALGA 1UKPA 3VIOA 1VFUA 1B90A 1CNVA 1OD8A 4W7VA 1KBBA 2WMIA 4HMEA 1JFXA 4MB1A 4PUDA 5LA0A 3MV11 3WQ8A 1YHTA 2J7FA 1BSIA 1ZS2A 2D1ZA 2DH3A 3BGAA 5A2AA 3RILA 4OJYA 2XUCA 1JYWA 4GIAA 1BQCA 1J0HA 1M03A 3ZO9A 1Z32X 3AMDA 2UY5A 3WQ5A 3AIWA 2FDMA 1BG4A 2CPUA 1KGWA 1KQYA 2BVDA 5A2CA 1TA3B 3VIMA 1UA7A 1E6XM 4NI3A 5DO8A 4CKQA 1BF2A 2VC9A 3PZOA 3SCVA 4QP0A 5C8BB 4LQ1A 1QNQA 3LPPA 2EQDA 2VZSA 3MO4A 1TVNA 2WXDM 2XIBA 1MQPA 1UWRA 3ARQA 1ITCA 1O7AA 3VUPA 1ZL1A 1E55A 1UH3A 5E9AA 2G8ZA 1HJXA 2YDRA 3BCFA 1CBGA 1UOKA 1EHAA 4H8HA 1KXTA 1S46A 1WDQA 1EOKA 5EFFA 2V5DA 1D7FA 2PF0A 3WH5A 2J4GA 1LG1A 2BVTA 2Y8VA 4F79A 3WQVA 3WUBA 2E9BA 1QNRA 1R85A 3RM4A 1U2YA 3WIJA 2E8ZA 4JIEA 2E0PA 4RE2A 1E6QM 4QLLA 5AYIA 3AZRA 5IDIA 4CN6A 1UD2A 1M7XA 3VDAA 2WSPA 2D2OA 1WZAA 4GI6A 4W8BA 2ZUSA 4MTVA 3BLKA 3B9EA 1BYBA 4KRTA 3AOFA 2W66A 4P8VA 2D23A 3MS8A 1JZ4A 7CGTA 2BY3A 1ZBCA 3W26A 1ISVA 5A69A 3ARPA 3VNZA 3WSUA 2XFYA 4FLOA 4HPGA 3W24A 1UH2A 1JI2A 4AMCA 1B1YA 1K9FA 4U5KA 2Q8XA 3K8KA 3ZJ8A 1JYXA 1C93A 1CLXA 2D0FA 1BVNP 4EK7A 2DT1A 1QHZA 2GUYA 4B3KA 5GNYA 2DDXA 1XCWA 1KWGA 3N9KA 1HP4A 5I3DA 2W67A 1ODUA 1G01A 4PMNA 2BXZA 4H8VA 4BQ4A 3QOKA 1OT2A 4UOQA 3DHPA 3N12A 4BZYA 1VRXA 3AHYA 2WANA 4AZBA 4H04A 1CXKA 3HN3A 2WLZA 1UR0A 3AS0A 4PCTA 4LYPA 4WSJA 2OSWA 4DUXA 1GZJA 1R86A 4B15A 1WPCA 2IUZA 1EHNA 3UESA 3SURA 4WJXA 3K46A 1CGUA 5CLTA 4CD4A 1EH9A 2XTKA 2XYLA 1B31A 3GBDA 4B9YA 1GCYA 1FP8A 1KR0A 5AC4A 3KEHA 3VO0A 1H49A 3AS2A 1XCXA 1ZBKA 2VR4A 4JFUA 3CUHA 4U2YA 2ZOXA 3IANA 3CGTA 2D0GA 3FW6A 4AD0A 2J75A 3BXWA 3KL3A 3BAKA 3CMGA 1HVXA 2EJ1A 5CPSA 1Q6EA 2X0YA 3ECQA 4HPHA 2BXYA 5GQBA 3WL1A 1GOMA 4CD8A 1H2JA 3VTRA 1J11A 4P8UA 5D8ZA 4AWEA 1V3IA 1WCGA 1XGZA 2V3EA 2Z1KA 1QHPA 1KXQA 4UTFA 3SCWA 1E4NA 4DWSD 4LPCA 4QAWA 2VZVA 4ACZB 3VIJA 2PWGA 1VJZA 1M01A 1HL8A 1MXGA 2V38A 3VD7A 2A3EA 1HJWA 2YA1A 4XZBA 2ZX7A 1NH6A 2VVSA 4W8LA 2WB5A 2BY1A 4AZ5A 1XD1A 4CD5A 4W89A 4Q7NA 1FOBA 2DSKA 1E5NA 3M46A 2VURA 2QV4A 3U57A 1PBGA 1A47A 1TUXA 1VB9A 4U31A 2BNJA 1AQMA 4R5EA 1ZB5A 1A3HA 1UZ4A 1HJUA 3BLPX 5D9OA 1NWUA 2YL9A 1CXHA 3MMDA 4AD2A 3RJXA 1PZ2A 3OB8A 3AJ7A 5JBFA 3NDYA 3PBGA 3SUTA 1CECA 2CHNA 3QHNA 2VT0A 4GXPA 2XPKA 3E1F1 3HMCA 3U7VA 2WLYA 1UD6A 1E0VA 1EO7A 1FH8A 4CU8A 5IHSA 1QVBA 1H41A 1UR2A 4CVUA 3CH9A 1E70M 3CZKA 4J28A 1DWIM 3K1DA 3TOPA 3AICA 1JFHA 1JDDA 3FHAA 3CHFA 2E40A 5D9MA 1E1EA 3VMOA 2YOCA 1KB3A 1E1FA 1UG6A 3BAIA 3BCDA 1JZ7A 1YQ2A 1WDPA 5A6AA 5BWFA 4AZCA 5A6JA 1EQCA 4CGTA 3ARYA 1CGYA 3WFLA 2VO5A 1X1NA 4UOJA 1W3JA 2WPGA 3ZIZA 2XGBA 2ZICA 2XG9A 3D3AA 3WH8A 4GI8A 1W3HA 4W8AA 2VRJA 1UWQA 1KXHA 1WE5A 3CO4A 3AMLA 2VX7A 4HZ7A 4ZE5A 3BSGA 3M07A 3PZVA 1O6IA 1C7SA 4MNKA 2J79A 1EDQA 3B9AA 1B2YA 1R7OA 1W9UA 3GH4A 3IJ9A 3WNKA 3VIGA 1VEMA 2PWEA 1E6SM 4LYRA 2X05A 1KWKA 2D3NA 3A47A 4UQDA 1V6XA 4JKLA 3CUFA 1XYZA 2W62A 3K8MA 4J3XA 2AOSA 4D71A 4P7QA 2BHUA 2EPLX 4UZUA 5E70A 1W9XA 2E9LA 3AISA 3CBWA 2RGLA 4OBSA 3N13A 2JALA 4BCEA 2ZX8A 4TXEA 4D6DA 1V6WA 4GO9A 4K68A 1XH2A 1PEZA 1BYDA 3N04A 5ABHA 1Q6CA 3ARRA 3T2QA 2GJXB 2WW5A 5M03A 2CNCA 5JIPA 1GOOA 1CGXA 1HJQA 1V0LA 1QI3A 1XH0A 5FL0A 1ECEA 3AMGA 4H41A 4PRWA 5EBAA 3W28A 2G3MA 2WMHA 3AIEA 4OBRA 4CU6A 7A3HA 3WNPA 5LA1A 5I2UA 1HKJA 5I79A 1DHKA 3OZPA 3AIUA 3PZMA 2VZUA 5FL1A 3WEOA 1AMYA 1VFMA 4PMXA 3K4AA 1NP2A 3NSNA 4AEFA 2NW0A 4X9YA 1KCKA 1W9PA 1QI2A 4IUGA 2PBGA 2GK1B 2XVLA 3AROA 3B9DA 3GH5A 2VNCA 2FHFA 1C90A 4B9ZA 4N42A 4GINA 3EDKA 3T0BA 3EBVA 4AIEA 1V0MA 1C8YA 2NT1A 3WH6A 1Q6FA 2PWHA 1G0CA 4LYQA 1PX8A 2OYLA 2XWDA 2G3JA 2DT3A 4JKKA 5I77A 2YL8A 1NP0A 5HNNA 1ITXA 1W3LA 4F8XA 4MAZA 3IJ8A 4C7GA 4UQ9A 3SCPA 3W81A 1M53A 1CLVA 4JHOA 1WDRA 2CERA 2BY2A 2BFGA 3FAXA 3AMCA 1Q4NX 1J0IA 1DWAM 4LX4A 3QGVA 5BYWA 1E40A 2GVYA 1CXEA 3TTYA 4P7LA 5A8QA 3W29A 1V3JA 4U3AA 2GJRA 2VRKA 2YJQA 3WEMA 3MSGA 2IXUA 5A6KA 4AZGA 3ARXA 3PZGA 4C7DA 3LPOA 3GM8A 1PX3A 1OINA 4RE4A 5D9PA 4QLKA 2ZXBA 4DWSA 2VL4A 3SEPA 2CXGA 5A3HA 1QOXA 1IV8A 1WZLA 4AZ7A 2ZX6A 4PMZA 5BXRA 3VOCA 4TTGA 4TTUA 1MQQA 5ABFB 1G5AA 3L4YA 2XVGA 1OGSA 1UUQA 3K4DA 3RO8A 1CENA 3SCQA 3CPUA 3VGDA 4HU8A 1E6ZA 1P6WA 1DP0A 4Q22A 3OBAA 2PC8A 4PMYA 1W9DM 1VJSA 2WMIB 1FHLA 4CD7A 3EDDA 2VX6A 3WF2A 2VCBA 2JFEX 2C8NA 4W85A 3T08A 1G9HA 3VD5A 1EO5A 4NSBA 3LPFA 3WNOA 4UQBA 3A4XA 4DM2A 1GOKA 2ZWYA 3EDJA 3PTQA 4M1RA 1CDGA 3WMBA 4L4PA 3ALFA 1H3GA 1XD0A 5I24A 1EA9C 1NM9A 4PEEA 1GW1A 1BPLB 2E8YA 2BV9A 1CEOA 2WVSA 5FIPA 2E3ZA 1MW3A 2CBIA 4ZEPA 1H0GA 5ABGA 1IZJA 2WK2A 4F66A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4OOU A;  4A4A A;  4L4O A;  1E3X A;  5DT5 A;  4D6J A;  2CYG A;  2WVT A;  3UCQ A;  4JZ5 A;  3RJY A;  1GOW A;  3SCR A;  5FD0 A;  1Y7V A;  5E6Y A;  3F5L A;  3BH4 A;  2EBN A;  1UHV A;  1KQZ A;  2Y4S A;  3VGH A;  4WKH A;  3WUF A;  2WAG A;  4Z2I A;  1GUV A;  1C8Q A;  4Z2L A;  4HZ6 A;  1HKI A;  4PTX A;  1J9Y A;  2VI0 A;  1XRV A;  2WM0 A;  3L4X A;  1OIM A;  2FHC A;  2PB1 A;  3OLE A;  1RP9 A;  4C7F A;  1ESW A;  4D1I A;  1JI1 A;  2JIW A;  4TX6 A;  1CGT A;  1H1N A;  3VKK A;  1JAE A;  5IXE A;  3VDB A;  2BHZ A;  5LYR A;  1XSJ A;  2J25 A;  4KGJ A;  3VD9 A;  3AI0 A;  4PMQ A;  4PTV A;  3VIK A;  4LGX A;  2WHJ A;  3DYO A;  1L8N A;  2J7C A;  2X1I A;  1LQ0 A;  4AIU A;  3RDK A;  1W3K A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2Z4G A;  4AZ6 A;  2QHA A;  4DYJ A;  3T2P A;  2A21 A;  3UYC A;  2VEF A;  2J8T A;  1TSI A;  2ZYF A;  3THU A;  3HG5 A;  3WLH A;  2P0O A;  1MW1 A;  1O94 A;  3EMC A;  5A1A A;  4HMC A;  3LI1 A;  1I8J A;  2POD A;  4BJH A;  3W27 A;  5BRQ A;  4DEL A;  4NXS A;  4RXF A;  2BVY A;  1V6Y A;  1VC4 A;  1A5B A;  3UG3 A;  2UY4 A;  3W6M A;  1CGV A;  2I9U A;  1EJR C;  3T81 A;  3WH7 A;  3PZQ A;  3A24 A;  4DUW A;  1VBJ A;  2WCG A;  4OIF A;  1ISY A;  2VEK A;  4KCU A;  1OFE A;  4ODM A;  3ZM8 A;  7ENL A;  4HCL A;  4LT9 A;  1ENU A;  3W23 A;  1D8W A;  3H24 A;  3ZR6 A;  4IPI A;  3IGS A;  1L6W A;  3HGS A;  4DRN A;  4IMG A;  3TQ0 A;  2XFF A;  1M9H A;  1PHQ A;  2OWX A;  4ACZ A;  4ZL1 A;  3W4R A;  1TZ7 A;  3DI0 A;  2P3E A;  3ATZ A;  2RJG A;  1F3W A;  4R85 A;  1UQY A;  1BWK A;  2DT0 A;  2R1K A;  1CIU A;  5HW7 A;  3QXB A;  3N73 A;  1RY0 A;  4UTT C;  2J88 A;  1VS1 A;  1DED A;  4NU7 A;  2WVU A;  3BW3 A;  5REQ A;  3F5J A;  2JKP A;  4LH8 A;  2PLJ A;  1XJB A;  3W75 A;  3W7L A;  2ZX5 A;  3SQS A;  2PDU A;  5D38 A;  4I90 A;  1AOD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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