1WB0A

Specificity and affinity of natural product cyclopentapeptide inhibitor argifin against human chitinase
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
AKLVCYFTNWAQYRQGEARFLPKDLDPSLCTHLIYAFAGMTNHQLSTTEWNDETLYQEFNGLKKMNPKLKTLLAIGGWNFGTQKFTDMVATANNRQTFVNSAIRFLRKYSFDGLDLDWEYPGSQGSPAVDKERFTTLVQDLANAFQQEAQTSGKERLLLSAAVPAGQTYVDAGYEVDKIAQNLDFVNLMAYDFHGSWEKVTGHNSPLYKRQEESGAAASLNVDAAVQQWLQKGTPASKLILGMPTYGRSFTLASSSDTRVGAPATGSGTPGPFTKEGGMLAYYEVCSWKGATKQRIQDQKVPYIFRDNQWVGFDDVESFKTKVSYLKQKGLGGAMVWALDLDDFAGFSCNQGRYPLIQTLRQEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specificity and Affinity of Natural Product Cyclopentapeptide Inhibitors Against Aspergillus Fumigatus, Human and Bacterial Chitinases
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITOTRIOSIDASE 1
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 128
structure length 364
sequence length 364
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2004-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
A PF01607 CBM_14 Chitin binding Peritrophin-A domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1wb0A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1wb0A01
4OKDA 3CMJA 1JNDA 1XSIA 1GJUA 5EMYA 1OT1A 2CHNA 2O9OA 5FL1A 4UR9A 2DT1A 1FP9A 3OGRA 4P7QA 1ISXA 4CN4A 4ACZA 2OSXA 5A6JA 5FIPA 1U2YA 1AVAA 1U30A 2OWWA 4FLRA 2WVUA 1OD0A 4PMZA 1HT6A 1C3FA 1MFUA 4D6IA 5FCZA 3AIRA 3WH6A 3EDJA 1JZ5A 3ZT7A 5LYRA 4UFKA 4DM2A 3WD2A 1JZ8A 1VB9A 3ZSTA 3ARWA 2VI0A 5I79A 1V0NA 3W29A 1GQLA 3SCNA 4Z2JA 1OGBA 1AQ0A 1J0IA 3AZRA 3ZM8A 4W5UA 4LX4A 2CERA 3WQ4A 1JD9A 1VEMA 3M46A 2XHYA 1GOIA 2WVVB 1FFRA 1JZ3A 3GNRA 3GM8A 3EDKA 1ODZA 2CEQA 3T0BA 3CZKA 3NUKA 2ZX5A 2BVDA 1GOMA 3I3DA 3POHA 2J8FA 5HPOA 2AAAA 2UY4A 4JHOA 1NP2A 1W91A 3N18A 2X0YA 3VD9A 4UFJA 3W24A 1V3KA 3FHAA 1MW3A 3KZSA 1UWSA 1HIZA 2XG9A 4QLLA 5A6SA 2WNWA 3WELA 2EPLX 2V5DA 1MWOA 1DWHM 3D3AA 3ZMRA 5DMYA 1V0MA 3VD4A 2YLLA 3W26A 3AHTA 2WMFA 4HZ6A 2XGBA 3M07A 3CUIA 3FHQA 1WDPA 4U5IA 4J28A 4A3HA 4PMNA 3CZEA 3U57A 5F7UA 2VURA 3PTMA 1WPCA 4W86A 4BQ5A 3MS8A 4U2YA 2YA1A 4MNLA 5AYIA 5CQ1A 3CUGA 1UWRA 2W63A 1OB0A 3GNPA 2J7GA 2WB5A 4WKFA 2V38A 3RM8A 1J11A 2XWDA 1B3WA 1CEOA 1BG4A 2XGIA 3OLGA 1EOKA 3PZQA 2HISA 3CMGA 4IISA 3S6TA 3U5YA 3VGEA 3L4XA 2A3HA 4QFUA 2XFFA 1ECEA 3UCQA 3HJEA 4CD7A 4D6JA 3BCFA 2D2OA 2E40A 1G94A 1B3XA 1UA7A 4JL2A 4JKLA 3A47A 1K9DA 4E2OA 2WMIB 2WCSA 2WANA 1EA9C 3K8MA 1K9EA 5CJ5A 4Z2IA 3AROA 3BSHA 1TZ7A 3L4YA 2AOSA 1LWJA 3PZMA 2FHFA 3NSMA 2OLHA 3WDIA 1BGAA 3THCA 3CHCA 1UUQA 5I23A 3UG3A 1UOKA 1W9VA 1OD8A 1ZB5A 2XM2A 2Y5EA 1R85A 2J25A 2X2YA 3WFLA 2CKRA 2CPUA 4KRTA 4M82A 3N9KA 3OIHA 4AEFA 3K4AA 1KWKA 3T08A 1HXJA 2XTKA 3A4WA 5M5DA 3A4XA 4JHZA 1B2YA 3D5HA 4FF5A 3UG5A 3WMBA 1EH9A 3GXFA 1IZJA 2WMGA 4ZE5A 3K4DA 4JZ5A 3N13A 3W6LA 3VM7A 3JUGA 5ABFA 2WCAA 1B1YA 1GW1A 3WNLA 2J7DA 1H0GA 1CGWA 1UHVA 3WMSA 3UETA 3OLDA 1BAGA 2J47A 3GBDA 4GO9A 3W81A 3WD4A 3IJ8A 4GQQA 2YKKA 4OBRA 3NJ3A 4U2ZA 1VEOA 3N15A 3NIYA 4NF7A 3RCNA 1EHNA 2VO5A 1I75A 1WZMA 1V3LA 4MB5A 1SYTA 1JYVA 2E9MA 4LPCA 4ZENA 4MDPA 4UFHA 2PC8A 2GJPA 4X9YA 5GQBA 3F4VA 3VIHA 4KGLA 3SCOA 5A8PA 2ZUNA 3WDRA 5A3HA 3VOCA 2CESA 2PB1A 2Z1KA 3TA9A 1W2VA 4UTFA 6A3HA 2D1ZA 3KL5A 1UH2A 1BFNA 2JE8A 2WBGA 3W37A 3WENA 4J3VA 4BZYA 1EIBA 4GZIA 1W32A 3AHVA 3EYPA 4W7VA 1XSJA 4AZGA 3W0KA 1ESWA 2WYSA 4JFWA 3MO4A 5I24A 2A3CA 1W9PA 1E3XA 2VOTA 1FHDA 1QNOA 1CGYA 2WLZA 3ALFA 1D7FA 3WNNA 2VR5A 2Y24A 1Z32X 5C71A 1UKTA 1KGUA 3GBEA 3L4ZA 1VRXA 4JAWA 4J3TA 3BAJA 2DSVA 2GJXA 4P8XA 3VD7A 4ZXLA 3MU7A 2G41A 1IT0A 4QDMA 1CDGA 2B31A 4H7VA 3WMCA 1SMAA 2CBUA 4AIEA 4PMQA 2XJ7A 1CIUA 1NQ6A 1KR1A 3GZAA 2V3DA 4WKAA 3WUFA 5D9PA 1SFSA 2OSYA 4DM1A 1KB3A 2HVMA 1CNVA 3T0AA 1C7SA 3F5JA 4HU0A 2GVYA 5ABEA 1F4AA 6CGTA 3PZIA 4HOZA 5HBFA 3VVGA 3QHOA 4P7RA 1Q6EA 3UR8A 3WD3A 4D6FA 3ZJKA 1PIGA 5IFPA 1V0KA 1VFOA 1UKQA 3UESA 1JFXA 1B9ZA 3T2QA 3VD3A 2VX6A 2YA2A 1GHRA 3IJ7A 1VEPA 1XH2A 2E3ZA 1MQQA 1VJZA 3NDZA 4H8HA 3T2PA 1UKSA 1TUXA 1E6PA 4DWSC 3NDYA 3NCOA 1BF2A 2FGLA 2CBJA 1QNSA 2ZE0A 5EFFA 3BCDA 3WD0A 3WNOA 1UR8A 1W1YA 1UWUA 2WHMA 4U3AA 4CCDA 3MKKA 1M7XA 1MW2A 3SUWA 1ZJAA 2BY2A 1ZS2A 4GKLA 3VMOA 3WL1A 2MANA 1E0XA 1GOQA 2EPMX 3FAWA 2ZX6A 1GORA 5JH8A 1RP8A 1B30A 2WZEA 2XFRA 3WH5A 4KRUA 3W4RA 2BXZA 2E4TA 1GHSA 1JZ6A 1J18A 1DEDA 1LL6A 1QW8A 3WEMA 1GVYA 5D8ZA 3A4AA 1QI5A 2A3EA 1A47A 1JDCA 4HPHA 1AQMA 1W2PA 1W9XA 4PMUA 2WKGA 3VMNA 3L2LA 4D1IA 1M01A 2QMKA 4OBSA 1E4NA 3WD1A 3ZT6A 1UA3A 1HL9A 4J3UA 2CHOA 1Q4NX 4W84A 4IPNB 2QPSA 3VX0A 2RGMA 5E09A 4GO8A 4HTYA 5D8WA 3RDKA 4L4PA 1V0LA 1UD6A 2G3IA 5E0CA 2O9TA 4PMRA 4JKKA 4EK7A 4AW7A 1V02E 1XH1A 2A3BA 2DSWA 4OUEA 4CVWA 2J7BA 4AWEA 1UH3A 5M03A 4R5EA 4AD3A 3W82A 4DWSB 1CZ1A 3K8KA 1ISZA 3ARZA 4PMDA 4WIWA 1UQZA 3OA5A 4TX8A 4PBGA 4CVUA 4CGTA 4JCLA 2BY3A 2QLYA 4U33A 1E1EA 4E4PA 1E43A 2VCCA 1P6WA 4CCEA 4MAVA 3CUJA 1ISWA 1WDSA 2EJ1A 4NZCA 2YL8A 5JBEA 4GZEA 4OOUA 4PRWA 1JL8A 4AD1A 3NSNA 3AS2A 2VQTA 2VRKA 1E5NA 4TTGA 3N1AA 1E72M 1V3MA 3OB8A 5M3WA 4D6CA 5LA1A 3AFBA 4NSBA 1QBAA 3SCSA 2Y8VA 3CH9A 1W3KA 3APGA 2XSAA 1W1PA 1B31A 1BG9A 3WSUA 3WY1A 4D6GA 5D4YA 4PYSA 1Q6DA 4L4OA 3BMWA 4BQ4A 1WE5A 2VX7A 5EB8A 1RPKA 4MNJA 4U3CA 5GPRA 5FD0A 1GUVA 1JZ2A 1QHOA 1J0ZA 1BTCA 2W61A 4FMVA 1MXDA 1Q6FA 2G4FA 4D71A 2X09A 1KQYA 1BYBA 2EPOA 3RM9A 4QAWA 2GSJA 2V3EA 1C7TA 4UQAA 1Y7VA 5I78A 9CGTA 1K9TA 4IM4A 2YBTA 5A8OA 1L8NA 1EHAA 1LF1A 4MTVA 2WWCA 2PWFA 5FKYA 3ARRA 3O9NA 2JFEX 4BS0A 1C92A 4W89A 3G6LA 5FOOA 1HF6A 1QPKA 3BLKA 1FOBA 3VIPA 4MDOA 3SUVA 5BYWA 1HL8A 1NOFA 4F9DA 3GNOA 3MMUA 3SCWA 1BVNP 1H41A 4AEEA 1QW9A 5CSYA 4TVDA 4CUCA 2J78A 2A3AA 1JAKA 1HX0A 2WSKA 5CPTA 2WHJA 1I1WA 5A8NA 1C90A 1EXPA 1GQJA 2Q8XA 4H2CA 2D22A 1CGXA 2WC4A 1JYNA 2CIPA 3AMLA 1OIMA 1ZBVA 5D9NA 4PCTA 4AYSA 5C8BB 1EDQA 1Q6GA 1X6LA 2V5CA 3KL3A 1OT2A 3TTQA 1HKIA 2CITA 3FY1A 2EXOA 4MADA 2EO7A 1UD2A 4YHGA 3AQUA 5CPSA 3KWXA 1E9LA 2J79A 1NM9A 3VIOA 2WVSA 2OYMA 2VZVA 4KWUA 4CD8A 3RILA 3MV01 1HJXA 1JG9A 3BAIA 4AD4A 2DQXA 1BHGA 1R8LA 4HOWA 1V6WA 5HXMA 4UQDA 3RO8A 4H8VA 4TOQA 3IJ9A 1H09A 3WF1A 4UOZA 2VRQA 1JXJA 2WM0A 1X6NA 1VBRA 2F2HA 3LPFA 1OBAA 4QLKA 1ODUA 2WMKA 2ZX8A 2X1IA 2J7CA 5CGTA 1R7AA 3WNKA 3FNDA 1UR4A 3SUUA 4AZCA 2NW0A 2BHUA 1E1FA 3AHZA 5A1AA 2OYKA 5BRQA 2E9BA 4GPNA 3B9EA 3ARSA 1BQCA 1PBGA 3T2OA 5GNZA 1TA3B 4FLQA 5A6AA 4EE9A 1H3GA 1E70M 3AIUA 1OIFA 3ZQ9A 3ZR5A 4R27A 4F8XA 2J7EA 4P8WA 7A3HA 8A3HA 1NWRA 3RPMA 1ZBKA 5DEZA 1U33A 2XVKA 3GH4A 1XCWA 1GZJA 1JZ4A 1MVYA 1EO5A 1G1YA 2ZX7A 1LQ0A 3FXYA 1PAMA 5A8MA 1XV8A 3AS0A 3PZGA 3N04A 4J3XA 5DT5A 3CLWA 2PWHA 1TE1A 3WH8A 2PBOA 1FH9A 3L4WA 3KL0A 3MANA 2VL4A 3PZNA 4TXEA 4XB3A 1M04A 2ZIDA 3VNZA 3AMKA 3ARQA 2VCAA 4PTXA 4W7UA 3GTNA 2QF8A 3OBAA 1G01A 4YHEA 2IXUA 1E4IA 4J27A 4ACZB 1TCMA 3L4UA 1XGZA 1XD1A 2ZUUA 4U5KA 5D9OA 1ISVA 1VENA 5BXTA 1LWHA 4CN1A 4E8CA 3AMCA 3J7HA 2W92A 4W8AA 1S46A 5JBDA 2J7HA 4QCFA 5HOSA 3SUTA 3VDBA 1HKMA 4UQBA 4ZEPA 5GNXA 3PN8A 2D24A 1FH7A 3WDJA 4D6HA 3BMVA 2YDRA 1HVQA 1LLOA 2WSPA 5HNNA 4TTUA 3I3EA 4AD5A 5A2AA 1PPIA 3ARVA 1ITXA 1JF6A 1HJSA 3PTKA 4PTVA 4LYRA 2C8NA 1VF8A 1MQRA 2BHYA 2PWEA 2XSBA 2CXGA 1CGVA 3IANA 5DF0A 4GINA 3B9DA 2WWDA 4AD2A 4EKJA 2XUCA 2WMHA 5I3DA 3SURA 5I2UA 2W5FA 1CXKA 3O2LA 1XC6A 4PUEA 4W87A 2VZTA 3WIJA 3TONA 2WPGA 4BA0A 3QOKA 1BYCA 1VBUA 4JKMA 4IUGA 1C8XA 4JL1A 1GQKA 3AHYA 2YIHA 1LG1A 3M7SA 1VFUA 3TTSA 2DIJA 2ZXBA 2D0HA 3VIFA 3MSGA 2QPUA 5HDRA 1XRVA 1JAEA 4XZBA 4HP5A 4MAZA 2GK1A 4RL3A 1NARA 1KCLA 1NOWA 4FLSA 4J3SA 2VVSA 2GFTA 3AIBA 4UOQA 4B3LA 4UFMA 3ALGA 1US3A 3BLPX 4BF7A 3GXDA 1E6NA 2XM1A 5A69A 1H11A 3VGBA 3VIGA 1E15A 1PX8A 3AYRA 1QNQA 3UERA 3OZPA 3OG2A 5A95A 1H2JA 2OSWA 3ZJ6A 1J0KA 2YJQA 3L2MA 3VO0A 2FHCA 3VUPA 1CXHA 1VJSA 2VVNA 4NI3A 4MPKA 3PZUA 4Z2KA 5A2BA 5BCAA 1CPUA 3ECQA 1KGWA 2VRJA 3F5KA 1EQPA 3SCQA 1C93A 1FH8A 3EMCA 4UCFA 3WNPA 1K6AA 1H49A 1QNPA 4JFVA 3NYDA 2J8GA 2OWCA 2VMFA 3WL0A 3TP4A 3WUEA 4UOJA 3UR7A 4AD0A 5CLWA 4AY1A 4M1RA 4QP0A 7TAAA 3LMYA 4DUWA 1JFHA 4KH2A 5IHSA 1TVPA 2PBGA 3EMZA 1H1NA 4HMCA 1M03A 4HOXA 1DHKA 1UD5A 1RP9A 5JBFA 1WO2A 1V02A 1JYWA 4BCEA 2GUYA 1OM0A 3AI0A 1PZ2A 4LXFA 3CO4A 2WMJA 3WDPP 4AZHA 1XYZA 3MUZ1 3PBGA 2VJXA 5ABFB 3WH7A 2ZUMA 2ZWZA 2G8ZA 2OYLA 4M8UA 1HJQA 1UR9A 1ZU8A 4HZ7A 3VDCA 3CZ8A 4PMVA 2G3MA 3LPGA 4J7RA 4Q22A 3AISA 4F9JA 1IV8A 1UG6A 5FL0A 1HKKA 4C7DA 1ZBWA 1JXKA 4ATLA 2Y2WA 1E5JA 1PZ3A 2W62A 4AZIA 1E71M 4CKQA 1WB0A 1GQIA 3U7VA 1QI4A 4HA1A 4TUFA 1L0PA 4HU8A 3BXWA 2E0PA 4MNMA 4Z2LA 4AZBA 5I77A 4PSRA 4PEEA 3HU7A 2ZX9A 3A6OA 2GDUA 1UWTA 1UD8A 4IPLA 3N11A 1GVIA 3MUIA 1BSIA 8CGTA 5BROA 1KXHA 4X0NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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