2OLHA

Crystal structure of a signalling protein (spg-40) complex with cellobiose at 2.78 a resolution
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a signalling protein (SPG-40) complex with cellobiose at 2.78 A resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-01-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2olhA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2olhA01
3QHOA 2V38A 3ZM8A 5JBEA 1E5NA 2QPUA 3IJ7A 2V3EA 2WCGA 2OWCA 1UKQA 2ZXAA 2RGMA 1QNPA 2XVLA 1KGWA 1FH8A 5A6MA 3GH5A 4PSRA 1J0HA 1PJ9A 2GJXB 4JCLA 3SUVA 2J75A 4K68A 3ZIZA 1JAKA 4HZ7A 5BXPA 1VEMA 5CPQA 2BVTA 3ARPA 3SUTA 1KR0A 4KRTA 1WE5A 2X0YA 3SUSA 3UG3A 1R7AA 4GZEA 4TVDA 2JE8A 1UA3A 1Q6DA 3W24A 1EIBA 2D23A 1XRVA 1GJWA 3GXDA 3DYOA 4QLKA 1IT0A 5M03A 1H0GA 4PSPA 1V0LA 3MSDA 4MTVA 5IHRA 2XM1A 1QBBA 3BCFA 8CGTA 1J01A 3BLKA 5CGMA 2O9TA 1H0IA 4UOZA 3MUIA 1LLOA 4P8XA 3CLWA 3ALFA 1ZBKA 1Z32X 4GIAA 3M07A 1E73M 2GJPA 2V3DA 3MV11 5E9AA 1HL8A 2VR5A 4WSJA 1UKPA 4QDMA 3W37A 1OD0A 3ARYA 5JUVA 2VO5A 4CD8A 5CGTA 3EDJA 3AZRA 1V02E 3VILA 5I2UA 4CUCA 4Y7EA 1AQMA 3THDA 4EAMA 1GQLA 3BLPX 2GK1A 4JCMA 1B30A 3AXIA 2ZUNA 1UOKA 2CETA 1FFRA 2AMGA 1GQIA 3OGSA 2V3GA 1HKJA 2J25A 2UWFA 3WDQA 4M24A 1TVPA 1X6LA 2Q8XA 3PZ9A 4LPCA 2CKRA 3WUBA 1DWHM 3KL5A 5C70A 4U2ZA 1B90A 1C8YA 2VCCA 2GDUA 4W7VA 1H11A 1R7OA 3TP4A 4HPGA 1O6IA 5FOOA 3AICA 4W87A 4C7GA 2D24A 3AMCA 1CYGA 5AC4A 4U5IA 5HDRA 4H8VA 3CHEA 1DWFM 5IXEA 3AIVA 1K9DA 1EGZA 2E8ZA 4GQRA 4UFMA 2XWDA 2OWWA 2DEPA 4HA4A 3I3EA 1UG6A 1VRXA 4UQCA 1BAGA 1BVZA 4AIEA 4P8WA 5CJ5A 3AIRA 4OBSA 1KXVA 1F4AA 1TA3B 4Z2LA 2VC9A 1UR2A 2VUYA 1QHOA 1H41A 2IXVA 1IZJA 4PMNA 3WNLA 3GH7A 4ATDA 4TTUA 1E70M 1KB3A 3WN6A 1MFUA 3WD4A 3ARWA 1G0CA 1V0MA 3VPLA 5FKYA 1GONA 1J10A 1JAEA 1Q6FA 5A6LA 5IHSA 1ITCA 1JDDA 2DT1A 3WNPA 3AS3A 3LPOA 4CD7A 1CGXA 1MYRA 2WK2A 1XSIA 2QF8A 1ZJBA 4CU6A 1CXIA 3L4YA 2EPMX 3BAIA 5A1AA 2O9OA 2VZTA 2VZVA 3ZOAA 4LX4A 1UR8A 2VVNA 1OIMA 1DWGM 1OSEA 3CUJA 4DWSC 2WC7A 3CTTA 5A8OA 3VM5A 4PTMA 5BCAA 1W9DM 3FY1A 3WQ5A 4P7LA 5CLTA 3B9AA 1E43A 4WIWA 2Z1KA 3PTQA 5E70A 3AHVA 4Z2JA 3W27A 1HJXA 1CENA 1V3IA 3WMCA 2F61A 1JL8A 4V2XA 3KZSA 1UWIA 4N42A 1SYTA 1UUQA 1XYFA 2XPKA 2C8NA 1K9EA 5DFAA 1CGTA 5GNYA 2EBNA 5DMYA 5AYBA 2A3CA 2CBUA 3U57A 3WH5A 5HPCA 1PBGA 2WW5A 1CDGA 4W8AA 3N18A 1AQ0A 1NH6A 4J3XA 1AMYA 4PEEA 1CWYA 3IAQA 1GOIA 5ABGA 2QV4A 4UFIA 4BF7A 1JZ2A 3WQ6A 2CBIA 2WMFA 3UESA 2XTKA 4UOJA 1NARA 1U30A 2OSXA 4J27A 4AZCB 3GNPA 3WL1A 1XSJA 1W2VA 2DH3A 1FH9A 2FDMA 1WKYA 1G9HA 4ATWA 1W2PA 5ABFB 2J7DA 1C91A 2ZXBA 4PMVA 3ZO9A 1E0XA 4PMOA 1EXPA 4P7QA 5CSUA 5A6SA 1D2KA 1ZL1A 1CXHA 1CLXA 1HIZA 1MWOA 3MO4A 4MNMA 3MMUA 1NWTA 3CZEA 3UERA 4BQ2A 3WDRA 5F7UA 4W8LA 4AD5A 2QMKA 3WNKA 5A94A 2Y5EA 4MAZA 4PTWA 5AC5A 1KXHA 4GZJA 1ZU8A 4LYRA 2EEXA 4OBRA 3ZMRA 4U5KA 4BZYA 1M04A 3GXIA 2Y8VA 3VNZA 2X05A 5LA2A 3ZJKA 4DUWA 5AY7A 2EPLX 4AEEA 1VJZA 5I6SA 4GQQA 1UD2A 1B31A 1JFHA 4B9ZA 4RE2A 5I5RA 3AS0A 4URIA 3N15A 2NSXA 3IK2A 3AI0A 1BSIA 1ISZA 1GPFA 2CERA 3MS8A 4CVWA 1VB9A 1HKIA 2YA1A 3CUHA 5CSYA 1ISVA 1WZMA 1GOKA 3OGVA 3POCA 4XUYA 2GDVA 4AMCA 3AHYA 4UFHA 2NT0A 2WHLA 3RCNA 1JG9A 4P7NA 1C90A 1QNQA 4CKQA 5FL0A 1JDCA 1N82A 1JXKA 2GSJA 3AIUA 2VRKA 1E4MM 4H8UA 5ECUA 3NYDA 4P7RA 1E4LA 1W9XA 1W9UA 1W9BM 2AOSA 4HOZA 2YL6A 2ZX9A 1UH4A 1MW1A 1BQCA 3KE0A 2DSWA 1JGIA 3OB8A 1WDSA 1G94A 2F2HA 2WBKA 1WPCA 3RPMA 2YDQA 1J11A 3ARSA 2ZUTA 2VNCA 2WSKA 1QI3A 4ZE4A 2DT2A 3UR7A 2WZHA 2VX5A 1FHDA 1BYCA 3GYCA 2XIIA 3RDKA 1QOXA 3WQ8A 4AZ6A 3VGDA 2XJ7A 2X2YA 4YHGA 1V6YA 2PWGA 4PMDA 1DP0A 4S3KA 1TVNA 5HPOA 2JIWA 4PMYA 1TE1A 3FXYA 4ACZA 1CIUA 2D20A 2WZEA 4ZEPA 1RP8A 2D3LA 3FHAA 3ZT7A 4WKFA 3W25A 3WMSA 5EBAA 2FHFA 3AHXA 3SCVA 1E1EA 4HZ6A 4CD5A 3MKKA 2BV9A 2OSWA 3UR8A 3EDEA 4B9YA 2CXGA 3QOMA 3WD1A 1A3HA 2IXUA 3ZT5A 1E6NA 4WF7A 1RP9A 2VVSA 5AYIA 4TX6A 4AIOA 2E9BA 3WBAA 4YHEA 3WSUA 1J0YA 5FD0A 3CO4A 5A3HA 4D1JA 1W1YA 2W91A 2VMFA 3M46A 1H49A 4GI9A 1C7TA 1FHLA 3WQWA 4A3YA 1UWTA 3W6LA 3CBWA 1UH2A 5E6ZA 1DTUA 4OIFA 3VD4A 5CXPA 2BY1A 1NOFA 2DDXA 3PZOA 1VF8A 1OIFA 5D9OA 2VR4A 2XSAA 1B3VA 1RH9A 3CUFA 4W85A 1Q6CA 2VZUA 4WLCA 4AZIA 3WF0A 1E4NA 2DH2A 4AY1A 3T0BA 2X0HA 4MJ4A 1K9FA 2W92A 2YBUA 3K4DA 3MANA 1ZB5A 2WLZA 3A4WA 1HP5A 1WZKA 4U2YA 1E56A 2X8RA 1H2JA 1NWUA 2A3HA 1M7XA 1O7AA 3EMZA 2W4XA 2ZXDA 4AYSA 4QLJA 3BAJA 1LQ0A 3CUGA 5A69A 4JKKA 3VD3A 1K9TA 4W89A 1XD0A 3L4TA 2V5CA 4TVCA 3CHDA 3PZMA 1C8QA 4JFUA 3EMQA 3GBDA 1JYXA 1HKKA 1MW3A 4OOZA 3T2PA 4FLOA 4W5UA 4PCSA 1UKSA 2DGAA 3AMLA 1TCMA 1OCQA 3QHNA 1XD1A 4MNKA 2BVYA 3QGVA 1LWHA 4JAWA 2WAGA 1A47A 5I3DA 1VJSA 5D8ZA 3WEZA 3ZQ9A 2XVGA 3WFLA 1U33A 2YL9A 1V3MA 1W32A 3WDPP 3AROA 2CYGA 4CD6A 3VIGA 4NRRA 2E4TA 2EPNA 2ZOXA 4JHZA 3K8KA 2W66A 1LL4A 1BGAA 2WMHA 1X6NA 4XV0A 1C93A 2J7EA 1H3GA 3VD5A 3WQ4A 1NM9A 2ZIDA 2J8GA 2ZUMA 2W5FA 2XIBA 6TAAA 2UY2A 2AAAA 1QPKA 4X0NA 3L4VA 4AD0A 5D9MA 3WH8A 2ESCA 2YLAA 3AS1A 3D5HA 1E40A 3A4XA 3TTSA 1UD5A 1E9LA 3WH6A 3SCOA 1WP6A 4Z2KA 3JUGA 2WXDM 4PCTA 1QW8A 1QNSA 4DM1A 1B3ZA 4M8UA 1ODUA 1EQPA 4Z2HA 3U7BA 3VMOA 5I79A 4AW7A 5KZ6A 2EO7A 2XFFA 1GOQA 2D3NA 1XHGA 2FHBA 4JKLA 1V3KA 1GOWA 3N12A 4EANA 1FH7A 5A2BA 4QCFA 4ZXLA 4HU8A 2A3BA 2YBTA 4J3SA 4U33A 4CN6A 3K8LA 3OIHA 4C7DA 3ZSSA 1WZLA 1C3FA 3K1DA 3T09A 4BCEA 4JFVA 1MXDA 1UD3A 5LA0A 4MB1A 4E2OA 4OZOA 3UEQA 1R85A 4XX6A 4W93A 2WC4A 2DIJA 3DHUA 2DQXA 4N0RA 3BH4A 5DF0A 3ARQA 3THCA 2WVSA 1HF6A 3ARXA 1JF5A 4CCEA 5GNXA 4FLQA 4CU7A 2GJRA 3POHA 4GO9A 2XUCA 5A6AA 1BYDA 3NJ3A 2VL4A 2DSUA 3PZGA 3AZSA 4D1IA 3ARTA 1D3CA 4UFKA 1YHTA 4D72A 4HMDA 1QNOA 1E72M 3AIWA 4UZSA 1JZ3A 1UKTA 3AMKA 4H2CA 4KRUA 1NWRA 2Y24A 1PX4A 1MW2A 3VU2A 4OOUA 3S6TA 3O2LA 3WUEA 3VGHA 1C7SA 3SUWA 3LPFA 2PBGA 1H4PA 3AMDA 2VT0A 1OBAA 1EHNA 1UR1A 1V02A 2NT1A 2XM2A 3OGRA 6CGTA 2EJ1A 8A3HA 5JBFA 2VRQA 4E4PA 3GBEA 2MANA 5D8WA 2QLYA 7TAAA 1HXJA 5D9PA 3MSGA 4KGJA 1MQRA 3VGFA 2WVTA 4NZCA 3AIQA 3VD7A 1V08A 3ZJ8A 5JIWA 3WD0A 2BHYA 5DT7A 5A8MA 2J7BA 3T08A 3OZOA 5M3WA 3VKKA 3PZIA 4AD4A 3VIHA 1OT2A 4KH2A 4LYQA 4PBGA 5CPTA 4ACZB 1UD8A 3W6MA 1ESWA 2YLLA 1E55A 1EOKA 4MB4A 3L4XA 3WQVA 2UY3A 2WANA 1MFVA 4Z2GA 4PMXA 1CBGA 1ITXA 2B31A 1US2A 2CPUA 3RJYA 4YN5A 2NW0A 1VAHA 1K6AA 2PC8A 2WM0A 3QOKA 4MAVA 1QI4A 1HKMA 2CBVA 2FGZA 3SCQA 3DYPA 4IM4A 1V3LA 3AHZA 3RM4A 3ZSTA 5D4YA 1Q6GA 1V0KA 1W3LA 1WCGA 3HN3A 3K4AA 3NDYA 3WL0A 3VDCA 3CZGA 1BYAA 4F9DA 1H1NA 5CZKA 4NI3A 3RILA 1GUVA 2VOTA 1CXEA 3AIEA 4IPLA 2YA0A 4D6GA 2VI0A 2PBOA 3CGTA 4E8CA 1JZ5A 1EDQA 4AC1X 5FL1A 2PWDA 3WF1A 5HOSA 3EBVA 2WB5A 1HX0A 1XYZA 3WDIA 3VIFA 2D0FA 3VVGA 3ZR5A 3S2CA 3SCPA 4AZHA 2VZOA 3GXMA 3ZJ6A 3WENA 2WMJA 2GFTA 2PWEA 5BWFA 4CU8A 2O92A 1RD6A 4YPJA 4QP0A 4GZIA 4HMEA 2CEQA 1XH2A 2HVMA 3OBAA 3B8SA 3NUKA 5CPSA 3L4WA 3N1AA 4XZBA 1EDGA 1OT1A 1TG7A 3WUFA 1ISYA 1J0ZA 4UNIA 2OYKA 1WDPA 3PHAA 2ZE0A 3WD2A 3KEHA 1EA9C 1PX3A 5CG0A 2J7HA 3A47A 4V27A 1E71M 4HPHA 2WSPA 3FAWA 3L2MA 2WLYA 1S46A 3WEOA 4U31A 3VUPA 2PF0A 3F4VA 1XCWA 2G3IA 4MDPA 4MNJA 3WDHA 4RE4A 4GO8A 2JF7A 1G5AA 3VD9A 5ABHA 2EPOA 1UR9A 3VDBA 4GKLA 2J7FA 3N11A 2FH6A 5A6BD 1JFXA 1LL7A 4ZFMA 1Y7VA 1KR1A 3SIMA 1JZ8A 1X1NA 3CZ8A 3WMBA 5ABEA 3W38A 4JFSA 4P8UA 2XG9A 5EFFA 1GHRA 3HU7A 3GNOA 3OLGA 4D6JA 1WNOA 4RL3A 3T0DA 1HJSA 3W81A 5A95A 2WBGA 2JEPA 5EMYA 3OG2A 1MW0A 2J62A 4J3UA 4ZE5A 4JL2A 1KXTA 1HP4A 1OM0A 2ZXQA 1BGGA 1GQKA 1BF2A 1VFFA 1B3WA 4H8HA 3VDAA 2YIHA 5BXSA 3AZTA 5I24A 4CGTA 1ZBCA 1CGWA 1W1VA 4GINA 1F4HA 1V3HA 3CIVA 3PBGA 3VINA 1PEZA 2Z1SA 1NWSA 3OLEA 1P6WA 1OINA 2WWDA 1CXKA 3APGA 4W7UA 3M7SA 3SCTA 1VBUA 1UWQA 4A3HA 4QLLA 4AXNA 3RIKA 1KWGA 1CNVA 3VIKA 5JBDA 4AZ5A 3IJ9A 3BAKA 2BNJA 2W62A 4PUEA 3ZJ7A 4PMRA 5E0FA 4D6DA 4F9JA 1SR0A 2BY2A 4UCFA 3AFBA 3AS2A 2GK1B 4NRSA 3DYMA 1JYNA 1NOWA 2BS9A 3AISA 4W84A 3UG4A 3TTOA 4FK9A 1HJUA 2WNWA 3J7HA 1QI2A 1C8XA 1VBRA 3L2LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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