4Q7NA

Crystal structure of the complex of buffalo signalling protein spb-40 with 4-n-trimethylaminobutyraldehyde at 1.79 angstrom resolution
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
publication title Crystal structure of the complex of Buffalo Signalling protein SPB-40 with 4-N-trimethylaminobutyraldehyde at 1.79 Angstrom Resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 129
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4q7nA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4q7nA01
2XVKA 4DWSC 1N82A 2YIHA 3CPUA 3CMGA 1B1YA 3K8MA 5GQBA 4PRWA 1QNPA 1NWTA 4P8VA 1UKTA 3T0BA 3IJ9A 4DUVA 3LPOA 3VDAA 5TD4A 3AZTA 3ARZA 1V3LA 3ZJ6A 4D6DA 3GNOA 2CITA 4J3UA 3VIPA 4B9ZA 2DSZA 1GORA 1V0LA 3KZSA 1W2PA 2VRKA 2WHJA 2EPLX 2Y4SA 1JIBA 1UHVA 3SCUA 3T0DA 1U33A 1DEDA 1L8NA 5GNZA 3WD2A 1CLVA 2QLYA 1UR4A 4MDOA 1M03A 4HA1A 1HJXA 3MMWA 1JYNA 1GOOA 2UWFA 5E0FA 4U31A 2XSBA 2WMGA 1E4MM 2O9OA 1Q6CA 5DT5A 4TX6A 1NWRA 1OSEA 2ZUWA 4CU6A 2VURA 1UZ4A 1MW1A 1CXHA 4MNMA 2C0HA 1PZ2A 5IHSA 2GFTA 5AY7A 1JGIA 1K9FA 2BVTA 2UY5A 1W1TA 2XTKA 3O2LA 3WUFA 1M53A 1XGZA 2FH8A 3NDZA 3SEPA 2CKSA 1TZ7A 1UYQA 1UWIA 3ARQA 1HJVA 1XD0A 1ZJAA 2EPMX 1GVIA 4KRTA 2J7HA 2GK1A 1RP9A 5A95A 1B2YA 1BPLB 4JFVA 3AS3A 4PMXA 4S3JA 4B16A 3GXMA 4M8UA 2E9MA 4J3XA 3ZSTA 2UY2A 3GYCA 4M1RA 2E4TA 3UESA 2WBGA 2W66A 2WC3A 1XC6A 3WKZA 2DIJA 1GJUA 1E4IA 2YDSA 1W9PA 1JZ7A 1R85A 4MTVA 5A1AA 3KL5A 5DF0A 1EHNA 1QW9A 4BQ3A 3ARUA 3FXYA 2ZUUA 3SCTA 1KCKA 1E6QM 1VRXA 4J3TA 5FKYA 3VGFA 3SIMA 1HKJA 1H0IA 2ZUSA 1E5JA 4XX6A 4FLRA 2X0YA 3FNDA 2OYLA 4TTGA 1KWGA 3N9KA 2WW5A 4PN2A 3KL3A 2BXZA 4PMYA 3F5KA 2UY3A 2A3HA 2WLZA 5BRPA 4U5IA 1CLXA 1VAHA 3GNRA 2QV4A 1E70M 1XSKA 5CZKA 1H3GA 4R27A 4UFMA 1JZ6A 1HX0A 4D6EA 1BVNP 1KR0A 2YA1A 3OBAA 1G5AA 1JDCA 1UG6A 2Y8KA 3SCPA 4GIAA 1W2VA 3AOFA 1EDTA 3MANA 1M7XA 5JBFA 3L4TA 3W29A 4CD7A 3AICA 1QNRA 4PCSA 4WSJA 2CNCA 4C7FA 1UA3A 2Z1KA 4H8VA 4TX8A 1V3IA 3MMDA 2DPEA 2A3AA 2WBKA 4PTVA 4UCFA 1Q6DA 2VUYA 3BLPX 5CSYA 1PX3A 1YHTA 2DGAA 2YL6A 3RM9A 4U33A 3CUJA 1MW0A 2D0FA 4Z2IA 4ACZB 3VD4A 2ZX6A 4MPKA 4DWSB 3VM5A 3S2CA 4M81A 4IPNB 1JDAA 1GHSA 1MXDA 5AYBA 4H8HA 1E6PA 4PMUA 3ALFA 4V27A 4U2ZA 3EMQA 4FLQA 3GXDA 2W5FA 3ZIZA 2CESA 2RGLA 5E6ZA 1VBRA 2ZUTA 3CUFA 1X6LA 1WZAA 2VMFA 1OIFA 5D9OA 4JKMA 1J0JA 2WB5A 1TCMA 2F61A 1GCYA 1XRVA 1QNQA 2X09A 2G4FA 2GUYA 1QNOA 2XIIA 1E1EA 1KXTA 2J7BA 4CN1A 1E3ZA 1E0WA 5BROA 1ZB5A 1W3KA 3UR8A 3WH5A 4RE3A 4HP5A 4PMOA 1H4PA 4MDPA 4P8UA 3PZQA 1G94A 2WMFA 3BXWA 3TTSA 3WD1A 3LMYA 3F5LA 5I2UA 1SR0A 4JKLA 4E4PA 2D0GA 2VCCA 1CDGA 4E8CA 4CKQA 3ZT7A 3OZOA 4UNIA 2ZWZA 5JBEA 1E6ZA 1GNXA 1NH6A 2D22A 4PYSA 3AMDA 1OD0A 2YJQA 3WQWA 2Y8VA 3WDJA 1PZ3A 1E43A 2YL9A 4JL2A 2XWDA 3NSXA 4TUFA 2Y2WA 3CH9A 4P7NA 4PTXA 5BRQA 4P8XA 1TVPA 5FIPA 1H09A 3VIIA 4D6IA 3WD3A 1J11A 1EQCA 3TOPA 2O9TA 5HPOA 1UUQA 3BSHA 4FMVA 3SURA 2XIBA 1W91A 3VO0A 4MAZA 1F4AA 2ZUMA 1GHRA 1DWAM 3ZJKA 1TA3A 4P7QA 2E40A 2CKRA 3QHNA 1Y7VA 9CGTA 5IXEA 1ISZA 1MVYA 3M7SA 3AIBA 3L2LA 2AAAA 1ESWA 2WHLA 1VENA 2GJXB 4HA3A 4HMDA 1WE5A 1CXFA 3CHEA 4D6GA 1CGVA 2J74A 4UOQA 1J0HA 1PX8A 2WHMA 3FHQA 5A6MA 2FHFA 3TTOA 3VX1A 3ZO9A 2BVDA 5E6YA 2E3ZA 4F79A 2WVSA 2VR5A 1HVXA 3NJ3A 3WNNA 3WQVA 3VX0A 2XVPA 1HJUA 3VDBA 1XCXA 2DQXA 2WZEA 4ZXLA 3CZ8A 2CCRA 1GQJA 2ZXDA 5A6BD 5GPRA 3J7HA 1J9YA 2CPUA 4LPCA 1CNVA 4PTWA 3NDYA 4CN6A 3W24A 4CD4A 3M6DA 4N0RA 3L4XA 3WQ5A 3WENA 5C70A 1X6NA 1D7FA 1EHAA 1WO2A 4CGTA 4ZE4A 4Z2LA 1CXIA 3A6OA 3U5YA 1VJSA 2DT2A 3ZMRA 1WZLA 4BQ2A 1JL8A 5D8WA 4JZ5A 3VD5A 1VB9A 1CGXA 2D1ZA 1LL4A 2J47A 4W93A 4NRRA 3WF3A 2WPGA 2JIEA 1IV8A 3CHCA 3PTKA 4K68A 2YDQA 5AC4A 3T2QA 6A3HA 3AS0A 1H2JA 1UWRA 1LJYA 1QVBA 1G0CA 4XZWA 1KR1A 4LX4A 4QLKA 2OSYA 4AEFA 3WD0A 4BZYA 1KBKA 3QHMA 3WEOA 4J3WA 4JFWA 3VD7A 3WQ4A 1MQRA 5LYRA 4YPJA 4H04A 1E6NA 4J27A 2VRJA 1RD6A 3AHVA 2DT0A 3PZMA 3QR3A 1BYAA 2CHOA 5A6JA 1I1XA 1DWJM 1H49A 3AIWA 1MYRA 1JXKA 1E4LA 1GOKA 2BY1A 1VEPA 1WZMA 1HN1A 3AHYA 2ZXAA 4ATLA 1CGTA 1CGUA 1FP8A 4JHZA 1HJQA 2D3NA 4JFUA 1NP2A 2BHYA 2BHUA 5A8MA 4ACZA 4EE9A 1WDRA 2VVNA 3GM8A 3GBEA 3GDBA 3NSNA 5AYIA 3OG2A 1W9DM 1XCWA 1HKKA 4GI8A 7A3HA 3T2OA 3ZJ7A 3WF0A 1IZKA 3A4XA 1C7TA 3AIEA 4W8BA 2WWDA 3WBAA 1RH9A 8CGTA 4W5ZA 2G3NA 4UQCA 3FY1A 2J62A 3APGA 2AOSA 1GONA 4BQ5A 3GNPA 2QPUA 4HPGA 1V6WA 4MNLA 1M04A 3RPMA 2VR4A 2F2HA 3WUEA 3AYRA 2GJRA 1BLIA 5ABHA 4KH2A 4ZE5A 4WK9A 1J0ZA 1CENA 1ODZA 4CCCA 1NWUA 1ZL1A 1SYTA 1J18A 1XD1A 4AZ6A 1V3MA 2X1IA 2PI6A 4LXFA 4Q7NA 1ODUA 1VEMA 4S3KA 5ABFB 1JFHA 1UOKA 2FHCA 1E73M 3SCOA 4MB4A 1QBBA 2VX4A 3RJYA 5ECUA 1FFQA 2ZUNA 1ZBKA 2DH3A 1S46A 4ML4A 5BXRA 3HMCA 1ZU8A 1E6XM 4PMZA 5I0DA 2EPKX 2JALA 3WNOA 4CVUA 2J75A 1J0KA 2VX6A 1E4NA 1JZ4A 4W84A 4IM4A 1GW1A 3CLWA 1TVNA 4V28A 2Q8XA 1D2KA 1E6SM 2ZUVA 1DTUA 4UFKA 1WZKA 3VNZA 3F4VA 1JF5A 2ZOXA 4WSKA 4J28A 4UOJA 1KB3A 2WCAA 1SMDA 5D9MA 2D0HA 3DYOA 3T08A 1JD9A 2J78A 1NP0A 2ZX8A 1QNSA 3KE0A 1CGWA 1JDDA 4ZFMA 3T09A 1K9TA 1XV8A 3GXFA 1H11A 2ZE0A 2WMJA 4MJ2A 4W7WA 2O9RA 1OIMA 2ZX5A 1UKPA 4U3CA 1JNDA 1UWTA 4IISA 4CUCA 4EANA 2A3CA 5A8PA 1ISVA 5DEZA 3VD3A 3RILA 5LA2A 5A8OA 2IXVA 5ABEA 1DWHM 1A47A 3HJEA 1LL6A 5CPTA 2EO7A 4TTUA 1VFUA 2GJXA 3L4WA 4OUEA 1OGSA 1VIWA 5D9NA 4OJYA 4DM1A 3NUKA 2J7GA 3VUPA 4AISA 2GDUA 1B30A 3DYPA 1E56A 1WPCA 4HA4A 2VX5A 5I5RA 2XWEA 4UQDA 1BYCA 2CBIA 4CD6A 3VOCA 1EA9C 2VVSA 4MAVA 1FFRA 3W38A 4NZCA 2CIPA 4QAWA 3EMZA 4XB3A 3BGAA 3CUIA 4E8DA 3LPFA 3AIVA 4RE2A 4CN4A 1LWHA 3OLEA 4C7GA 1LLOA 5C8BB 1JG9A 3WNLA 2QPSA 3PZUA 3NIYA 2EQDA 3K4AA 1QHOA 3KL0A 3PZ9A 3ZR5A 4BQ4A 2WM0A 3AZRA 1UA7A 2WSKA 1B90A 3SCSA 1B31A 4U2YA 2XSAA 4AXNA 3N17A 2VCBA 1CXLA 2ZWYA 3O9NA 4WKFA 1MFUA 3SCRA 4PTMA 3BMVA 2NSXA 3GTNA 2VNCA 1EIBA 1TFVA 2WHKA 2XVLA 3ARSA 2WKGA 1LL7A 5A2BA 3AQUA 4M82A 4HOWA 3RCNA 1V0KA 3WEZA 1CTNA 1E0XA 4ATDA 1HIZA 4L4PA 4AD0A 3WDHA 2ZXBA 1B0IA 4AZGA 4HMCA 2EEXA 5DT7A 1OBAA 3PZIA 5JIWA 3WBEA 3BCFA 2X2YA 2FDMA 3BMWA 1OGGA 4AYSA 3WFLA 4L4OA 4PCTA 2WMIB 3VIGA 1FH9A 1Q4NX 4UR9A 1HP5A 3MO4A 3AISA 2FGLA 1V08A 2Y5EA 4AZ7A 4AD2A 3QHOA 4H7VA 2WLYA 4CU8A 4UZUA 3WQ6A 4A3YA 1C3FA 5E09A 2PBOA 4Z2KA 1JFXA 1WB0A 4BS0A 2J79A 4GZJA 1KQYA 4J3SA 4A3HA 2BY3A 3AYSA 2OLHA 2XPKA 3M07A 4LYPA 5FD0A 1FH7A 1MQQA 3AIQA 1W1YA 2DT1A 1CIUA 4C7DA 3VDHA 4X0VA 1OB0A 1GOWA 1U30A 3POCA 3AIRA 1GVYA 4MB3A 4ATWA 3T0AA 3N1AA 4UQEA 1QHPA 5FL1A 1I75A 4Y7EA 3EDEA 4MJ4A 5CXPA 3ECQA 3I3BA 3PTMA 1DWGM 4TVDA 3WH9A 2BXYA 2J8GA 1WDQA 2WVTA 2JIWA 1B3ZA 2VCAA 4AD4A 3CZKA 2J8FA 2WVVB 1VBUA 3EDFA 3N04A 3MUY1 3PZGA 5EFFA 3VGEA 4F8XA 3WNPA 2YDRA 1X1NA 5DO8A 3GZAA 1JAEA 3GBDA 2OYMA 1GOMA 2JF7A 3PZTA 5JBDA 1BF2A 2WK2A 3PBGA 5GNYA 2W67A 1GOIA 4NSBA 1WNOA 2GDVA 3POHA 4B9YA 2WMKA 3WH6A 4N42A 2OWXA 3MV11 4B15A 2WCSA 5ABFA 2YLAA 3SUVA 5BXSA 2C8NA 5GNXA 1E6RA 3AS1A 1ISXA 3BSGA 3EBVA 1EOMA 1J01A 2XUCA 3WEMA 2HISA 4MNJA 2GSJA 1UD5A 2D23A 5HBFA 1QOXA 2XFFA 4AY1A 1UWSA 4BCEA 2YA2A 4X9YA 1ITCA 4LQ1A 3L2MA 4QP0A 4HOXA 1XYZA 4GO8A 4P7LA 1OGBA 2J7CA 1Z32X 2XG9A 1R86A 1B9ZA 5CG0A 2X0HA 1L0PA 4M56A 2YBUA 3ZM8A 2XFYA 1P6WA 1F4HA 1US3A 1KCLA 2CERA 3EYPA 1PEZA 3W27A 2WC4A 1PPIA 1VFMA 1HL9A 1KFWA 3MU7A 4XZBA 2WKLA 1ZS2A 5IHRA 2WSPA 3CHFA 1V6UA 1C93A 3OLDA 4AZHA 4BF7A 3UETA 1E55A 1CXKA 1LG2A 1R7AA 1JYXA 3RM4A 4QLLA 1BYBA 2C7FA 3A4WA 2GK1B 1QI3A 1UKSA 1KGWA 4PEEA 2J25A 3CZJA 3CUGA 3WL1A 4D6CA 1OINA 2XGIA 1OT2A 1R8LA 4DWSD 3FHAA 4B3KA 1O6IA 3WN6A 1GZJA 1CXEA 4CD5A 3PZVA 2V3FA 3VGGA 1HT6A 1LG1A 2VQTA 2J77A 4U3AA 1QW8A 3VM7A 5CLWA 1W1PA 1AQ0A 3K46A 5FOOA 2V3DA 3SCVA 5FCZA 3SUTA 2YKKA 1EGZA 4U5KA 4CCEA 2QHAA 4PMNA 5M5DA 4AIUA 1V6YA 1JZ5A 4OIFA 4DUWA 5A8QA 3MKKA 3VTRA 5A94A 1G01A 4UFLA 2F8QA 3DHUA 4UFHA 4YN5A 3IANA 3VVGA 4FLOA 3PHAA 4M80A 1B3YA 4UQ9A 4AD3A 4AIEA 1E15A 5I24A 1E71M 4URIA 1NOUA 2A3BA 2ZXQA 1E5NA 2WAGA 3OB8A 4GI6A 3N11A 4JCMA 3W81A 1JYWA 2VL4A 3VPLA 2VQUA 3VINA 4RE4A 2G41A 1FHLA 3N12A 3NCOA 4OBRA 2PF0A 1J0IA 2WANA 2J7FA 1UR9A 1BHGA 1OM0A 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 3RO8 A;  3VIF A;  2X8R A;  5CGT A;  4CVW A;  5BXT A;  1JYV A;  4HZ8 A;  4LGX A;  1NAR A;  3OLI A;  1KXV A;  2D20 A;  4Z2G A;  4JL1 A;  1BQC A;  2VZO A;  2FHB A;  1ZBW A;  1C8Y A;  4GXP A;  2JE8 A;  1UWU A;  2GVY A;  3WD4 A;  1Q6G A;  3DYM A;  1HJS A;  2BFG A;  4TXE A;  5BWF A;  1BTC A;  5EFD A;  2VTF A;  3D3A A;  2ESC A;  4Z2J A;  2WCG A;  3A4A A;  1DWI M;  4P7O A;  2G3M A;  5A6B A;  5LA1 A;  5FL0 A;  4HTY A;  4AZ5 A;  1GOQ A;  4HU8 A;  4P8W A;  3AHT A;  3RDK A;  3VMP A;  4JHO A;  2J4G A;  3W4R A;  1ISW A;  4W88 A;  2YL8 A;  1NOW A;  2VRQ A;  2ZX9 A;  1V03 A;  4PUD A;  3B9A A;  3B9E A;  1UR2 A;  3BH4 A;  1A3H A;  4CCD A;  1H5V A;  4LYR A;  4UFJ A;  4QCF A;  3VGH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3UWV A;  2YCK X;  3K8M A;  4PRW A;  3OIX A;  1NWT A;  1JCM P;  5AHE A;  4DUV A;  2Z6I A;  1YTK A;  3VDA A;  2O55 A;  5TD4 A;  4OTK A;  4JN6 A;  3WLR A;  2I1O A;  2VGG A;  4RPP A;  5MKG B;  3GNO A;  4E2B A;  1C9W A;  3KBV A;  1YMY A;  2DSZ A;  2MPH A;  1GOR A;  1V0L A;  3TWB A;  2C0A A;  4DRJ A;  1XQL A;  4RLI A;  4I9A A;  3SCU A;  1Y5W A;  3NQ6 A;  1DED A;  1L8N A;  3WD2 A;  1S38 A;  3TSB A;  2ZRV A;  1LRQ A;  1M03 A;  4HA1 A;  3DEN A;  4NNA A;  3P2V A;  3MMW A;  1L8P A;  1GOO A;  4U31 A;  1DJI A;  1SR9 A;  1ROU A;  2BB0 A;  2XSB A;  3RLU A;  1DHP A;  3GNX A;  3ITX A;  2O9O A;  4JEJ A;  1PUD A;  5DBU A;  3GIP A;  4LCS A;  4TX6 A;  3PTD A;  1T40 A;  1RJQ A;  2RAG A;  2OQY A;  1MW1 A;  1CXH A;  4MNM A;  1XBX A;  3WQF A;  2C0H A;  3THU A;  2UY5 A;  3C2R A;  2G3F A;  1J4H A;  2JKE A;  4K8G A;  3HBL A;  3KS5 A;  1TZ7 A;  4FOJ A;  4KRT A;  4CNN A;  9RUB A;  1GVI A;  3TR9 A;  3I6T A;  4XO7 A;  5A95 A;  1B2Y A;  4O57 A;  4JFV A;  4S3J A;  4Q8N A;  3TML A;  3N4E A;  2E9M A;  2I56 A;  2VEP A;  2EG8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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 1CGX A;  2D1Z A;  1LL4 A;  2J47 A;  1J4R A;  4W93 A;  4NRR A;  3WF3 A;  4ODN A;  2WPG A;  3O5R A;  2JIE A;  1IV8 A;  3CHC A;  3PTK A;  4K68 A;  2YDQ A;  5AC4 A;  4DRM A;  3T2Q A;  6A3H A;  3AS0 A;  1H2J A;  1UWR A;  1LJY A;  1QVB A;  3MDY B;  1G0C A;  4XZW A;  1KR1 A;  4LX4 A;  4QLK A;  2OSY A;  4AEF A;  3WD0 A;  4BZY A;  1KBK A;  3QHM A;  3WEO A;  4J3W A;  4JFW A;  3VD7 A;  3WQ4 A;  1MQR A;  5LYR A;  4YPJ A;  4H04 A;  1E6N A;  4J27 A;  2VRJ A;  1RD6 A;  3AHV A;  2DT0 A;  3PZM A;  4TW7 A;  3QR3 A;  1BYA A;  2CHO A;  5A6J A;  1I1X A;  1DWJ M;  1H49 A;  3AIW A;  1MYR A;  1JXK A;  1E4L A;  1GOK A;  2BY1 A;  1VEP A;  1WZM A;  1HN1 A;  3AHY A;  2ZXA A;  4ATL A;  1CGT A;  1CGU A;  1FP8 A;  4JHZ A;  1HJQ A;  2D3N A;  4JFU A;  1FKK A;  1NP2 A;  2BHY A;  2BHU A;  5A8M A;  4ACZ A;  4EE9 A;  1WDR A;  2VVN A;  3CGN A;  3GM8 A;  5HWB A;  3GBE A;  2XP4 A;  3GDB A;  3NSN A;  5AYI A;  3OG2 A;  1YW5 A;  1W9D M;  5HTG A;  1XCW A;  1HKK A;  3O5E A;  4JFL A;  4GI8 A;  7A3H A;  2OFN A;  3T2O A;  3ZJ7 A;  3WF0 A; 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