2DT0A

Crystal structure of the complex of goat signalling protein with the trimer of n-acetylglucosamine at 2.45a resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Carbohydrate-binding properties of goat secretory glycoprotein (SPG-40) and its functional implications: structures of the native glycoprotein and its four complexes with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 123
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dt0A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dt0A01
4UZSA 2EPLX 1R87A 2IXUA 1GOIA 3EYPA 3N17A 4J3SA 4MB3A 1E55A 1FHLA 1MFVA 2XM1A 4PMUA 3UR8A 4BZYA 3UETA 3L4XA 1E70M 1FH8A 3AMDA 2BS9A 4U3AA 3SCTA 3SEPA 1JYVA 1VEMA 4QP0A 5FCZA 1JIBA 2PC8A 2O9TA 3ZMRA 4CD8A 4HZ8A 4P8UA 2CKRA 4E4PA 2G3NA 3J7HA 4P8XA 3RJYA 1X6NA 4EANA 3CUIA 1A3HA 1GQLA 4GO8A 4PMRA 1QNOA 4P7NA 1W1PA 5A6KA 3VGBA 3PTKA 5HPOA 1GORA 4J3VA 1EA9C 3PZQA 4LX4A 1FOBA 1DWJM 1LG2A 1BF2A 1TE1A 2G3MA 4LPCA 1HJWA 5ABFA 4MNMA 2D0GA 3PZOA 4AEEA 4QAWA 3PZMA 5A6BD 1OGBA 1V6VA 1UD5A 1VB9A 4FLSA 3BCFA 3AYSA 4UOQA 1ZBVA 2ZIDA 2VOTA 5DT7A 4ZEPA 9CGTA 3L2LA 4YHGA 2WNWA 4JHOA 1V6YA 3ARRA 1PZ2A 3ECQA 2OYKA 1VF8A 1VBUA 1ZBCA 1US3A 2J7EA 2YIHA 2GDUA 1QNPA 3IJ8A 4F79A 2ZUWA 3VKKA 4CGTA 4CD4A 2VT0A 4YHEA 3FAXA 1CXIA 4JFUA 3A3HA 2DSUA 2VNCA 3HU7A 2J8FA 2V5DA 2J7GA 3WH9A 2PWEA 2WVVA 3QHNA 3MO4A 3THCA 2YDRA 3W0KA 3PTQA 4OZOA 3OLGA 4S3JA 3II1A 2GUYA 3AIQA 1V02E 3NSMA 4HPGA 4IISA 1VIWA 2Y24A 1O6IA 1OB0A 5BYWA 3FHAA 1C8XA 3VIKA 1CBGA 5I0DA 1GQJA 1G1YA 1BYBA 3WBEA 2G8ZA 2F8QA 3PZVA 3OGRA 5A6JA 1VENA 2GJRA 4AWEA 1AQMA 3WNLA 5D9OA 1B3XA 1PZ3A 3VGHA 3OZOA 2D20A 2VZTA 3LPGA 3BXWA 3VVGA 2DEPA 1GZJA 4W87A 3TP4A 2FGZA 5HOSA 2WM0A 5IXEA 5BXSA 1QHOA 2YL5A 4HMEA 5D9PA 1UKPA 3WNNA 3U5YA 1E4LA 1J0KA 4U31A 5IFPA 4W7VA 1LF1A 1KXQA 8A3HA 5A8MA 4UTFA 1QHZA 1MW3A 4PMZA 5CXPA 1E4NA 4Z2LA 1CLVA 4MNKA 4JCLA 4OBSA 4NSBA 2E9LA 3B9AA 5E9AA 4P8WA 4DWSA 4JKMA 4GPNA 4D6HA 5CLWA 3WQ4A 1BYAA 4OOZA 3IAQA 2XUCA 1TZ7A 3GTNA 5AY7A 2ZXAA 2BY2A 3WF2A 1G0CA 4MB5A 4PBGA 2VL4A 1HN1A 2WMHA 3AHXA 4CN4A 3WD2A 3OGVA 4XV0A 4MDPA 1LLOA 4X0NA 2UY2A 1ZL1A 4H41A 1PEZA 1J0JA 4KGJA 3ZT6A 2JEPA 5IHSA 2JEQA 2CEQA 3WFLA 2DSWA 4Z2JA 2UY3A 1ESWA 4GZIA 3AIBA 1R7AA 1LWJA 4QCFA 3ARZA 4U2YA 5E6ZA 3KL5A 4AYSA 2CIPA 1EOMA 3MANA 4A3YA 2WMKA 3DHPA 3WDPP 1TVNA 1UWUA 1J18A 3VDCA 2O9OA 1UOKA 2WCAA 4WKAA 3EMZA 4U2ZA 3CTTA 1SMAA 3WH7A 1DWFM 3PZIA 3I3EA 1HJXA 3OZPA 5I23A 1NQ6A 1W9BM 2YJQA 2A3CA 3BC9A 3W38A 1RH9A 1U33A 1R86A 2YA0A 4WKHA 5C71A 3CPUA 4AMCA 3CZ8A 1Q4NX 2ZUVA 4M82A 1UWTA 2DGAA 3CBWA 5BCAA 1WE5A 1RP9A 1B9ZA 3VUPA 1KB3A 2QV4A 2QMJA 1IZJA 3U5UA 2VMFA 3MMDA 3WDIA 2WC7A 2PWDA 4JHZA 1VFOA 2NSXA 1J9YA 2XSAA 3ARTA 4D1IA 3WD4A 1NARA 1UD4A 1C92A 3VTRA 3K8LA 1QPKA 2W61A 1ISVA 3OLDA 5A2CA 3WDHA 3L2MA 2EPMX 4DM1A 3LPFA 5A1AA 4GO9A 1H4PA 4ACZA 2V5CA 2XFYA 1EGZA 3T08A 4WJXA 5FL1A 1JYXA 2WBKA 3BLKA 3CUHA 3EDDA 2WBGA 2WWCA 3VNZA 1SFSA 1HL9A 5CZKA 1HNYA 2D0FA 2MANA 3AICA 5A2BA 1DWHM 3IK2A 4HOZA 4CU6A 3K4DA 3PZNA 4OUEA 3ZR6A 5HDRA 3WH6A 2PBOA 3NDZA 3WQWA 2ZX7A 5A6SA 3WF3A 1W2PA 3ZSSA 2WZIA 3AIUA 2BVTA 1CGUA 3WF1A 3WNKA 2YLLA 1CGYA 3BSHA 5BXTA 3CZKA 1LL4A 1QI2A 2YL8A 3TTQA 3W81A 1RPKA 2YL6A 2PBGA 4D6GA 2JF6A 4R27A 4JFTA 2CXGA 5E6YA 1E73M 1XSKA 3NDYA 3CUGA 3WUFA 7A3HA 3N12A 3LPPA 4PCTA 1US2A 1ITCA 1G5AA 4EKJA 3WN6A 3N04A 1OT1A 4M56A 3TONA 3VGDA 3VILA 1CZ1A 2J47A 1X1NA 1JYWA 4Z2HA 3VDAA 4P7OA 2J75A 5A69A 4ATLA 2DSVA 1ITXA 1B2YA 1J12A 4B3KA 2OLHA 4LXFA 1KFWA 1B0IA 1UH2A 3A4XA 3WFZA 1UWQA 3TA9A 1X6LA 3CZGA 5I24A 5I3DA 4N0RA 3AIVA 1AQHA 3POCA 1EO5A 4EE9A 3VIPA 5I79A 1BVZA 4DUWA 4MNJA 5BXRA 4FK9A 1C91A 4AZIA 3ZT7A 5BROA 1JNEA 4RL3A 2ZX8A 2ZXQA 4Q22A 4ATWA 4PTMA 2W66A 3CHCA 3B8SA 5A2AA 1VBRA 4LGXA 2CBVA 4M80A 3OLIA 4UQEA 4QLKA 1QW9A 5D8ZA 2XG9A 4J27A 2JE8A 2QF8A 1JXKA 1Q6GA 4J3UA 5CPSA 4JCMA 4WIWA 5BWFA 3F5KA 2VR4A 3MUIA 4HU8A 3WF0A 1PX3A 4P7QA 3FXYA 4XX6A 1E56A 1EDTA 5GPRA 4E2OA 1L0PA 1HJUA 1KR1A 2EPKX 3W24A 2WSKA 4PMOA 2VTFA 4U3CA 3KL3A 3AIRA 1FFRA 1W9PA 1E3ZA 2D24A 3K4AA 1E5NA 4XB3A 4IM4A 1FH7A 3M07A 4PTWA 5GQBA 1XC6A 1V0NA 3WQ8A 4AIEA 1W9UA 2J4GA 5ABHA 1BSIA 2C8NA 4PEEA 4ACYA 4NRSA 1J10A 2PWHA 4PTXA 1EHNA 3W27A 2WVTA 4QDMA 4AZCA 1W1VA 1EQCA 3GXDA 1ZB5A 2ZX9A 1JGIA 2X1IA 3T0BA 2E9MA 1ODUA 4MADA 2YBTA 2XVLA 1DWIM 4GQQA 1V6XA 1OM0A 1JDAA 3WD3A 3DECA 4AZBA 5FL0A 4ZENA 1GUVA 2EPNA 3W6MA 3UERA 3AQUA 2DIJA 2Y2WA 3VMPA 2YBUA 4U33A 2BNJA 3IAPA 1F4AA 3SCOA 3AZTA 4Z2KA 3PZGA 3F5LA 4DM2A 1E9LA 3ZJ6A 4C7DA 4FLRA 4UR9A 3VIHA 4PTVA 4C7FA 4W85A 1CDGA 3RDKA 2BXYA 3EDEA 3ZSTA 1UWSA 1EIBA 3GH5A 3T2OA 5JBDA 2BY3A 1JDCA 3CO4A 3CGTA 1E0WA 3A47A 5BRQA 1G9HA 1B31A 1BTCA 2XTKA 4W5ZA 2XVPA 3VIJA 2VX5A 1AVAA 2G41A 2VCCA 1JFXA 2J7BA 4MAVA 3NSXA 3W6LA 3T2PA 1JZ5A 2VRJA 1W32A 4UFKA 3UCQA 3M6DA 2D0HA 1XHGA 4WKFA 1NOFA 5A94A 3APGA 1BAGA 1H11A 2ESCA 3EMCA 1PBGA 4AD2A 4FLQA 4CN6A 3ZO9A 3AS3A 4UQCA 1UD8A 5CLTA 4RE4A 2VVNA 3LPOA 1VJSA 3ARWA 2NW0A 2EQDA 1SMDA 4F9JA 1UR9A 3GDBA 1D2KA 3ARQA 3WH5A 4HPHA 3VD3A 5LA0A 1B3YA 5E0CA 1LQ0A 1WP6A 1XYFA 1OD0A 1ZU8A 4M1RA 4PCSA 1MYRA 4M24A 4GZEA 1JD7A 3PZUA 3WDQA 2W91A 4P7LA 1V3LA 2E4TA 1E40A 2IUZA 3BAWA 2VQUA 1GOQA 3CMGA 5GNXA 3ARVA 1HJSA 1V3MA 3W53A 5HPCA 4V27A 1B3ZA 2VZOA 3BCDA 4UFMA 3KWXA 4UCFA 2D22A 1DEDA 1UD2A 3ARYA 1PAMA 3ZIZA 3MS8A 4LYRA 1E6RA 3SCUA 4W8AA 2ZOXA 2YDSA 3OBAA 1KGWA 3AS0A 2J8GA 2G4FA 2FHCA 3GYCA 4U5IA 3SUWA 2VO5A 6CGTA 2ZXDA 1GOMA 1V6WA 1C7TA 5ECUA 1JAKA 4GZJA 4NI3A 1EO7A 3AHTA 2OSXA 3MV01 3WL0A 2CBUA 2E0PA 3A4WA 3EBVA 3FNDA 4D6EA 1E71M 3KE0A 3WF4A 3CIVA 4FLOA 4PRWA 4BS0A 2FH6A 1NP0A 1QHPA 3AS2A 1OT2A 1WZAA 4D1JA 1RD6A 4D6FA 2X0HA 3FAWA 1EDQA 1ZBKA 2BY1A 1R7OA 2QPSA 1UZ4A 1HJVA 3QHMA 1JI1A 2FDMA 2X09A 4KWUA 1IZKA 1QBAA 1KQZA 2WSPA 2CBIA 4JFVA 4IUGA 3GBEA 1PPIA 1HIZA 3MV11 4MPKA 2J62A 4S3KA 3RM4A 1E5JA 4BF7A 1JZ8A 2AAAA 3VDHA 2BXZA 4KH2A 3AOFA 1C7SA 1XD0A 3L4YA 2BHZA 2O9RA 2V3EA 5E09A 3GNPA 4QLLA 1HXJA 1XRVA 4GQRA 2ZXBA 1ODZA 2GK1B 8CGTA 1KGUA 3QOKA 3AI0A 3U7VA 3OA5A 1PX8A 2A3AA 1CECA 1V0MA 4D6CA 3OGSA 3BAKA 3A4AA 2J74A 1K6AA 4AISA 4ZXLA 4WK9A 1HVXA 1QOXA 4HOXA 3VMNA 4ATDA 2W5FA 4MB4A 1HKIA 5KEZA 3AXIA 3CMJA 1JF6A 1FH9A 2GJXB 4WSJA 5A6BA 3BMWA 5DEZA 1W1YA 1V0KA 4RE2A 4AC1X 1V08A 2WWDA 1HJQA 1CGXA 1E6XM 3WMBA 1CIUA 3ZT5A 2ZE0A 2EBNA 4U5KA 1HL8A 5AC4A 1HP5A 3BH4A 3TTOA 5CQ1A 1W9VA 4HTYA 3UG3A 3T09A 3AJ7A 1E1FA 3QOMA 1LL7A 5DFAA 3WENA 4Z2GA 1E6SM 1BGAA 2D23A 3AXXA 1IT0A 3NSNA 3BAIA 3S2CA 4KMQA 4PUDA 4F8XA 2WZEA 3AISA 4UFIA 3VDBA 2GDVA 4M81A 2WKLA 5D9NA 1JNDA 2WW5A 4JL2A 1JZ7A 3PHAA 3VD9A 1M53A 3CUFA 3SUUA 1H2JA 4AIOA 2QPUA 2Y8VA 3SCQA 3PZ9A 2CNCA 1GVYA 3AHYA 1QW8A 4AZ5A 1C8QA 4TX6A 1EDGA 1QI5A 3WELA 1UYQA 4X9YA 5JBFA 2OSWA 3ARXA 1YQ2A 1M04A 2WMFA 1XD1A 4LYQA 2WHKA 3GXMA 1JI2A 4AZ6A 3SCSA 1W91A 2J7FA 2WCGA 4H8HA 4NF7A 4H04A 3N15A 4AD4A 1GW1A 7CGTA 3GNOA 2HVMA 3AZSA 2W92A 1Z32X 1GPFA 5HNNA 1E6NA 1UH3A 4PYSA 1CPUA 3ALFA 1ZS2A 4CD7A 2DDXA 5CSUA 3AMLA 3RILA 5A8OA 3O9NA 4KGLA 3DC0A 1E6QM 4D6DA 2ZUTA 1YHTA 1U2YA 3WEZA 2QLYA 4GI6A 2DT3A 3WMCA 4W8BA 3SCNA 1TUXA 4GXPA 2X2YA 5DT5A 1ZJAA 5JIPA 4TXEA 4CN1A 2VX4A 1NOUA 1WCGA 4E8CA 3WH8A 3THDA 3VMOA 2WK2A 4XZBA 4LYPA 1WNOA 3EDKA 2FH8A 3W37A 3T2QA 3RIKA 2CBJA 2ZWYA 3S6TA 5M17A 1UWRA 1XCXA 1OWQA 2Q8XA 1AMYA 4BQ3A 1WZMA 3E1F1 2XWDA 2VQTA 2ZUMA 3QR3A 2FGLA 2WZHA 5ABEA 5LA1A 5FD0A 4PMNA 3WD1A 2DPEA 5D4YA 5FOOA 5JH8A 4EK7A 3WQVA 1FP8A 3W29A 4FF5A 3UG4A 3SURA 3TOPA 1EXPA 2C0HA 3BMVA 3B9EA 2VVSA 3IANA 3A6OA 2J78A 3ZQ9A 1QVBA 3WL1A 2Z1SA 1KR0A 2OWXA 2ZUUA 5A8NA 3GNRA 4UOZA 5CG0A 4AZHA 1UHVA 1KWKA 4WSKA 2VUYA 1NWRA 4J28A 1XV8A 5DF0A 1WDSA 3DHUA 4H2CA 3KL0A 5M3WA 1UR1A 2DQXA 5EFDA 4AY1A 3VM7A 2GVYA 2XWEA 3GZAA 6A3HA 2AOSA 1JZ3A 2VRKA 3HMCA 4JKKA 5CSYA 1OGSA 1V03A 4OKDA 1MXGA 2XPKA 2HISA 3OG2A 4W7WA 3WMSA 1EH9A 2ZUSA 3ZOAA 5JUVA 3WY1A 3WNMA 4E8DA 4B15A 2BFGA 1BYCA 2UY4A 4AD0A 1NM9A 2YA1A 1TG7A 5CPQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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