4ML4A

Crystal structure of the complex of signaling glycoprotein from buffalo (spb-40) with tetrahydropyran at 2.5 a resolution
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
publication title Crystal structure of the complex of signaling glycoprotein from buffalo (SPB-40) with tetrahydropyran at 2.5 A resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 122
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4ml4A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ml4A01
2XVKA 1W9PA 1TG7A 4Z2GA 3F5LA 4NI3A 4L4OA 1PAMA 1V6XA 2XJ7A 1TA3A 4WJXA 1O7AA 3RM4A 4UQCA 3PZIA 2CBVA 1V02A 4UQBA 1TA3B 4KRUA 1GUVA 4CN4A 4F66A 1XSIA 5A8PA 1KXHA 3S6TA 1G0CA 3DC0A 5DMYA 2JF7A 1GPFA 2J77A 5AY7A 4OOZA 2JEPA 1AMYA 2J7HA 1JXJA 4DWSB 4HMCA 1VJSA 2V3EA 4C7FA 5E6ZA 1LL6A 5D4YA 1U2YA 3WNMA 2VC9A 4D1JA 4OUEA 1LF1A 1OT2A 3AS1A 4PMNA 3VM7A 1NWSA 2C0HA 3T0DA 4HMDA 3BMWA 1JFHA 3QOMA 2YDSA 5FCZA 1WDPA 4J3TA 4UFJA 2O9OA 4EE9A 1BTCA 1E3XA 3SUVA 3VOCA 4GXPA 5JBFA 1JG9A 5JH8A 1J11A 1UR1A 4C7GA 3A3HA 2ZX7A 4JL1A 1DEDA 1MQPA 3VGHA 5ABHA 4GZEA 3WENA 2DT2A 1D3CA 1E0WA 1H3GA 2XIIA 2X2YA 1M04A 1MWOA 2WPGA 4C7DA 5CPQA 1E6PA 1VEPA 1W9DM 1QPKA 1JL8A 2WZIA 4YN5A 2V3FA 3W81A 5D9PA 2XFYA 3MUY1 3ZQ9A 1CGWA 1JF6A 1JZ5A 1GHRA 4QLJA 3O6AA 1E1EA 4WF7A 2WBKA 5CGTA 1UKSA 3SCOA 1FH9A 4Z2IA 3CMGA 4DM2A 2YJQA 2WBGA 3W29A 3N11A 2WKGA 3W24A 5C71A 1VF8A 2HVMA 2ZIDA 3WMSA 1E6SM 3PTKA 3AXXA 2VRKA 2VCAA 4MJ4A 2A3CA 1GOQA 4IM4A 3PZGA 4AD2A 2J8FA 3DYMA 4PUDA 4MPKA 3AMGA 4CU6A 2WVUA 1CEOA 2AAAA 2J7CA 4P8WA 2AMGA 2OSXA 1DHKA 4M24A 2EQDA 4OBRA 2YLLA 2BXYA 4KMQA 1GONA 5HXMA 3CZJA 4GZIA 4U3AA 3WQ4A 2F61A 1G01A 4CN1A 1OB0A 3AMDA 1KQYA 1VEOA 1QNPA 1V6VA 4JL2A 3J7HA 4MADA 2GDVA 2D20A 3SURA 1LJYA 1TFVA 3AS3A 1B1YA 1HVXA 1AQMA 1C7SA 3KE0A 1K9DA 4HOWA 1WZAA 4W8AA 2WVVA 4WSKA 1H2JA 3LMYA 2XWEA 4UQDA 1SR0A 4X0VA 1UQZA 1HJWA 1V0MA 3WF4A 3FXYA 2XPKA 3ALFA 2VUYA 2D1ZA 2WVVB 3TTOA 2WSPA 3EDFA 3L4VA 3NIYA 5I78A 2GDUA 4JFWA 2BS9A 3WQVA 1VEMA 3QOKA 3WQ5A 2VVSA 1W3KA 4UTFA 2W66A 3FNDA 2D2OA 3NSNA 1UWQA 5CPTA 1HJXA 2YLAA 1WZKA 3UR7A 1WDRA 2ZOXA 1A47A 3CUHA 4DUWA 3K4AA 1UH4A 2WC4A 1W2PA 2QF8A 1XD1A 1WO2A 3LPFA 3WDHA 1W2VA 3ALGA 3AS2A 3BGAA 1C90A 5HNNA 2XM2A 2DSWA 1HJUA 3VGGA 3N13A 3M46A 3AQUA 1XH1A 1PX3A 1VRXA 3GDBA 2FGZA 2XIBA 4MB3A 4Z2KA 3L4ZA 3NUKA 3MUIA 1F4AA 1SYTA 1P6WA 2DDXA 1QBAA 4R27A 3GTNA 3WL1A 3LPPA 4F8XA 3AXHA 5CLTA 3RPMA 1CPUA 1TVNA 1R86A 1FOBA 4D6JA 1BFNA 4GO9A 5M17A 1HL8A 4WK9A 1UR9A 3OBAA 2WMHA 1WCGA 4BCEA 3NSXA 1ISYA 2JF6A 4QP0A 3T0AA 4D6FA 2YOCA 3CZKA 1AQ0A 2X8RA 2UY5A 4PMVA 1OINA 4IUGA 1B30A 5E0FA 4GO8A 1OCQA 3AS0A 3FAXA 1EH9A 5ABEA 1ITCA 3VGEA 4OIFA 2VQTA 3T09A 4BA0A 2BVTA 3OB8A 4PCSA 3WSUA 2PBOA 2ZUWA 1UOKA 3VMPA 4D1IA 5BXTA 2D23A 3UETA 4GQQA 1CNVA 3WH8A 2VZSA 1DWAM 1W1PA 4XX6A 4QDMA 4JFUA 1KGXA 5CSYA 3S2CA 3ARYA 1VFFA 2VVNA 4CD4A 4AD5A 3HU7A 3TA9A 4HA3A 3ARUA 1FH7A 3WNNA 2ZX5A 1IT0A 5CGMA 3AZSA 4Z2JA 4B16A 1QI3A 3NCOA 4NF7A 3AOFA 6TAAA 5GNXA 4B9YA 3ZJ8A 2WMKA 3WNPA 3B8SA 3A6OA 3IJ9A 5DEZA 4W88A 1CGXA 4HOZA 5IFPA 1UKPA 2VR5A 4PEEA 1Q6GA 4HMEA 3OG2A 3MKKA 3WD2A 1RPKA 3DECA 1HT6A 4M1RA 1DWJM 3AZRA 3L2LA 1MW2A 5I0DA 2G3IA 4U5IA 1JIBA 3U5UA 3ZSSA 1V3KA 3VIPA 3L4TA 3VGFA 3CLWA 4QAWA 2WB5A 5JBEA 1H09A 4BQ3A 1GHSA 1SMAA 5GPRA 5BYWA 3AIRA 2FGLA 1W1TA 4WLCA 3AFBA 2W92A 3L4UA 1CXKA 4P7LA 4URIA 5M5DA 3W6LA 3TP4A 1Q6EA 1DWIM 3VTRA 1EHAA 4W7UA 3PTQA 2ZX9A 2A3AA 4QCFA 5IHRA 3CH9A 2WCGA 5A3HA 1PEZA 3MUAA 1JYWA 3T2OA 3VMNA 1V3LA 3IK2A 3L2MA 1KWGA 2ZUUA 4H7VA 2WAGA 3KZSA 1TUXA 3AROA 1WDQA 2O92A 5EFFA 3F4VA 3CHEA 4ATDA 4ATWA 1PZ2A 1MXGA 1Y7VA 3ZMRA 3VIGA 1OGGA 2J79A 3OZOA 3VNZA 2YA1A 3WQ6A 4Q7NA 3QHOA 4AZIA 1JZ4A 1ZL1A 3K8MA 5DT7A 2ZE0A 3WIJA 1CIUA 1W91A 1B2YA 3VUPA 4AEFA 1WKYA 3WY1A 3WDPP 4WIWA 1BLIA 3I3DA 1E55A 2BY3A 5BXSA 4W89A 2FH8A 3CZLA 2TAAA 3EMQA 1UKOA 3VNYA 4CN6A 2W63A 4IPNB 1GOOA 4V28A 5M03A 1NOWA 3PZUA 3RCNA 1FP8A 2YL9A 3CHDA 1CGTA 5A2CA 1BGAA 3A4XA 1WP6A 1AQHA 1GVYA 4ZFMA 4E8CA 3GH4A 1UQYA 1EXPA 3VDCA 1IZJA 4PTVA 4P8VA 5ABGA 2Y4SA 4AD3A 5CZKA 2W91A 4OKDA 2XFRA 2WW5A 2DT0A 4ZXLA 1J18A 1NM9A 1ODUA 4WSJA 5I3DA 3AZTA 3FAWA 1CXIA 3WBAA 1E73M 1UKTA 4D6IA 1QI2A 3AIWA 2EJ1A 2XM1A 3O9NA 3WKZA 3K4DA 2ZICA 4H8UA 3KWXA 5AYIA 2WLZA 1XCXA 3BSGA 3N1AA 2JEQA 3AIUA 3FHAA 1CTNA 2JE8A 4AIOA 3SCSA 3RO8A 5IHSA 3GH7A 1DWFM 2CBIA 4TX6A 2G4FA 1JZ7A 4TVUA 4P7NA 1HL9A 3CHCA 1HF6A 4FF5A 1ZJBA 3ZJ6A 4HZ7A 4UNIA 3W6MA 1QNQA 5CLWA 1E56A 2WLYA 4W93A 2BHYA 2PWDA 4AZCA 1EIBA 2BHUA 1UWSA 1UYQA 2XVNA 4L4PA 3A47A 3W82A 3OA5A 5D9MA 4AMCA 1BG9A 3W25A 4AZCB 1ZBWA 4UFLA 1ISVA 1H11A 1R7OA 1HN1A 3GNPA 1WDSA 2VR4A 4J3SA 1GOIA 4W5ZA 3VIJA 5GNZA 4M8UA 4JFTA 2DIEA 1JDCA 3F5JA 1I75A 4QCEA 1DWHM 4A3HA 5LA1A 1W9UA 3G6MA 1OGSA 3BAYA 2VZVA 3T2PA 2OSYA 3PZOA 1IZKA 3WN6A 1NWTA 1GVIA 3KEHA 4CU8A 3BC9A 4LYRA 2CEQA 4PBGA 4U33A 1QNRA 3WEZA 3WNLA 2WMJA 4JKMA 5M3WA 1OGBA 1A3HA 5CG0A 3B9AA 1CXFA 4LYPA 3DHUA 2YBUA 5FD0A 4F9JA 3WFZA 4K68A 4ZENA 1UD8A 1XSKA 2IXUA 4F79A 2OLHA 3MSDA 4UOZA 3WH5A 2UY3A 1KGUA 2NW0A 5I6SA 5CXPA 1SFSA 4MTVA 1TZ7A 4U2ZA 3GXIA 4EKJA 3PZTA 3SCNA 7CGTA 1VJZA 3N12A 4UFIA 5LA0A 4W7VA 3RIKA 3WH9A 2E0PA 2CNCA 1IV8A 5AC4A 3RMEA 4PYSA 1RD6A 2CETA 3T2QA 2PWHA 5IDIA 2E4TA 2GSJA 2VURA 3THDA 2RGLA 1E72M 1QVBA 4CUCA 1J0HA 6A3HA 1JZ3A 2D22A 1NQ6A 5E0CA 3BCDA 2VZOA 2WC7A 1NWUA 1UD2A 2DIJA 3WF1A 3OGRA 3VPLA 4W87A 4OZOA 4MNMA 2G3MA 1CXLA 4Z2LA 5ABFA 4X9YA 1ODZA 1ZBVA 3AIBA 3WD1A 4FK9A 4DUVA 2ZUSA 5ABFB 4F9DA 1E4MM 4P7OA 1CDGA 2W67A 4FMVA 1HX0A 2Y2WA 5GNYA 3AICA 1KBKA 4V2XA 3VIKA 1JI1A 2PC8A 3UG4A 3KL5A 1JYXA 2XFFA 2XG9A 4FLQA 3M7SA 3ZT5A 4PMXA 4PMOA 3EBVA 3BXWA 3I3BA 1E5JA 4DM1A 1XH2A 3SCUA 5AC5A 2CKSA 3TTSA 1EGZA 1MQQA 2BHZA 3TONA 2WCAA 3OLEA 2E9BA 1V0LA 3VD3A 4YHEA 3EDEA 3LPGA 2Z1KA 2Z1SA 1WZMA 2W62A 3CZGA 3NSMA 4TOQA 3EMZA 1VB9A 2CHNA 3WMCA 3VIFA 1LWJA 3TOPA 1H4PA 5I2UA 2YL5A 1CGVA 1EA9C 2CPUA 3BAIA 2VX7A 3VIIA 4D6GA 1J9YA 5D8ZA 3VIHA 2CIPA 1BPLB 1DTUA 1CWYA 1XRVA 2CERA 3SCPA 4H8HA 1DP0A 2O9PA 1J01A 4CD8A 4CKQA 4W86A 4HU8A 1UD3A 2WHKA 4ACYA 1KXTA 3WNOA 1X6LA 1EO7A 1GJUA 2VMFA 5A6AA 1E6RA 2E40A 3E1F1 2VZTA 3VX1A 1H0GA 2J8GA 2FDMA 4UQEA 5A1AA 4P7QA 3WUBA 3W37A 1GOKA 1B9ZA 1HKJA 3AMKA 1TR1A 4NZCA 3GXFA 1HJVA 1FH8A 3IAQA 5LA2A 2J25A 3DYOA 4PMZA 3VGBA 3PZVA 2G3NA 2ZWYA 2VTFA 1FHLA 3VDHA 1GQJA 2VX4A 1XYFA 5EMYA 2Y24A 2Q8XA 2OWWA 2UY4A 2XWDA 5ECUA 3W28A 1UG6A 3GBDA 3QR3A 1B31A 1W1VA 3RJXA 3UCQA 3BLKA 3VIOA 1M7XA 1US2A 1QHOA 1W9XA 1K9FA 3SUTA 2XVLA 2DPEA 1E0XA 3NDYA 2FHCA 1E3ZA 2J74A 1EQCA 1B3XA 3L4WA 2BY2A 1MVYA 4H2CA 4HTYA 4PSRA 2WSKA 5A8MA 1LG1A 5D9NA 4JCLA 4D71A 4AZ6A 1KGWA 3SUUA 4TXEA 1E6NA 2E8YA 4EK7A 1V3JA 1QHPA 4HU0A 3SCQA 2PWFA 4JZ5A 1JZ6A 3VDAA 2D3NA 1UWUA 2V3DA 3AHXA 3FN9A 1B3VA 2DEPA 3OGVA 1MW3A 2FH6A 3EDJA 4M82A 2WNWA 1G1YA 3ZSTA 4MJ2A 1CBGA 4HOXA 3IANA 4FLRA 4HA1A 4A3YA 3VINA 1UZ4A 3CO4A 4PTWA 1JXKA 1XC6A 1HP5A 3ZIZA 1UD6A 1TCMA 2A3BA 3CIVA 4B3LA 2YA2A 1EQPA 1E9LA 3CBWA 2BXZA 4V27A 1C8XA 4WKAA 4CCCA 3GXDA 3MU7A 5FL0A 5A95A 2WMGA 1GQKA 4U5KA 4ATLA 1KCKA 1R85A 3ZR5A 1FHDA 5A8QA 3VKKA 1K9TA 1JI2A 2ZXDA 2WWCA 3FHQA 4JAWA 3WF0A 1L0PA 4RE2A 3WDRA 1MYRA 1C7TA 1NH6A 1JD7A 3VIMA 3CZEA 5I24A 3AHYA 1V3HA 3BAJA 3WUFA 2F8QA 2J7BA 5HOSA 2D24A 2IXVA 5JIWA 3GZAA 4JHZA 4MB5A 1ZBKA 5BCAA 1VBRA 5LYRA 1HVQA 2WMIA 2XYLA 4D6HA 5BWFA 4XUYA 2EXOA 5A94A 2PWEA 2XHYA 4AZGA 5I79A 1PIFA 2WMIB 1X1NA 4JKLA 3UR8A 2BFGA 2XVGA 2OWCA 3LPOA 1LG2A 4BF7A 1B90A 1PZ3A 2J47A 4W7WA 1EOMA 3U5YA 1V08A 5EB8A 3W0KA 2XSBA 1GW1A 2W5FA 2QLYA 4AYSA 5JBDA 4RL3A 1F4HA 1EO5A 1B0IA 1WB0A 5A6KA 1E70M 5I77A 1BF2A 3WF3A 1CGYA 3MUZ1 2WM0A 5AYBA 4FLOA 2Y8KA 3MANA 1N82A 4XZWA 3N15A 5A2BA 2O9RA 4S3KA 4UQ9A 2O9TA 1PJ9A 3ARRA 1BG4A 2WMFA 5A2AA 3UESA 4U2YA 5A6BD 3WNKA 1V6UA 4DWSD 3VDBA 1QI5A 2QPUA 2VI0A 4ACZA 3SCRA 3ARXA 1C92A 3CUIA 1YHTA 4ACZB 2J7EA 1OD8A 4XV0A 3GM8A 2YKKA 4M56A 1JDAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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