1VF8A

The crystal structure of ym1 at 1.31 a resolution
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
373
structure length
373
Chain Sequence
YQLMCYYTSWAKDRPIEGSFKPGNIDPCLCTHLIYAFAGMQNNEITYTHEQDLRDYEALNGLKDKNTELKTLLAIGGWKFGPAPFSAMVSTPQNRQIFIQSVIRFLRQYNFDGLNLDWQYPGSRGSPPKDKHLFSVLVKEMRKAFEEESVEKDIPRLLLTSTGAGIIDVIKSGYKIPELSQSLDYIQVMTYDLHDPKDGYTGENSPLYKSPYDIGKSADLNVDSIISYWKDHGAASEKLIVGFPAYGHTFILSDPSKTGIGAPTISTGPPGKYTDESGLLAYYEVCTFLNEGATEVWDAPQEVPYAYQGNEWVGYDNVRSFKLKAQWLKDNNLGGAVVWPLDMDDFSGSFCHQRHFPLTSTLKGDLNIHSASC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Immune system
publication title The crystal structure of Ym1 at 1.31 A resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords secretory protein
total genus 137
structure length 373
sequence length 373
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2004-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1vf8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1vf8A01
1XRVA 2W63A 1I75A 1WDPA 3EMZA 3WIJA 1VEOA 4JL2A 4CD8A 3VGDA 5GQBA 5ABFB 1W9DM 3GBEA 3WEZA 2WPGA 2DSUA 3BCFA 2B31A 1GQJA 3FW6A 3AOFA 1ESWA 2ZWYA 5FL0A 1CENA 1HJXA 1BFNA 1ZBKA 1LG1A 3NIYA 1UKPA 4X9YA 2EPNA 2F2HA 3VNZA 4WKFA 1DHKA 5A2BA 3VDAA 5IXEA 4WIWA 1Q6DA 2XGIA 1KGUA 2MANA 3KZSA 2WVUA 4E4PA 1W91A 1XH2A 2XTKA 4QDMA 1WE5A 4UZSA 4MB4A 1GOIA 2VCAA 3DYPA 3BLKA 4U5KA 1PX8A 3HJEA 2XHYA 3VINA 2RGLA 3AROA 5KZ6A 1WDRA 4H8VA 3QHNA 1G5AA 2CIPA 3FHQA 2FDMA 1CBGA 1BYAA 4UZUA 1W2PA 3AS1A 3AIVA 3D3AA 4LQ1A 2XIBA 3WEOA 4PMYA 3WDRA 1GOMA 5I0DA 4YHGA 2YL9A 4RL3A 1BSIA 3AIBA 3TONA 1HL8A 3PTMA 4J3XA 4HPGA 4Q7NA 1AQHA 5E6ZA 3SUSA 2VVNA 1ITCA 3ARVA 1VB9A 1JDCA 4CCEA 1JZ5A 1GVYA 4EE9A 5ABHA 4PMRA 4HA4A 2ESCA 1K9DA 5I5RA 1PX3A 3T0DA 4H41A 2J7HA 2WVVA 2BVDA 4CU6A 1J01A 3NSXA 2CCRA 3SUTA 1B3XA 1E6SM 1BG4A 3ALGA 2W91A 2WWCA 4HZ6A 1JNEA 1NH6A 1KQZA 1HKMA 1E0WA 3BXWA 2WC4A 1DWHM 1O7AA 4CD6A 3EDEA 4MNMA 4UOZA 4DM1A 1QW9A 3UCQA 1W9UA 3AISA 4WSKA 3APGA 4W89A 3W6MA 1R87A 3THCA 3AYSA 2PWGA 1V3KA 4LPCA 1HJVA 3AHVA 3VNYA 2PI6A 3A3HA 3WNOA 4HOXA 4GZJA 2GJXA 4W8AA 2YOCA 1KGWA 2WKLA 3QOMA 4IUGA 1JYXA 2WNWA 1JZ7A 4D1IA 1E1EA 1H0GA 1WO2A 3GXDA 4M1RA 3CHDA 2E8YA 4LX4A 2VCCA 2GJRA 4PTMA 3ZIZA 3NYDA 3AXXA 3TTQA 4CD4A 1KCKA 3VILA 4X0VA 4FK9A 4BQ2A 1US2A 1UR2A 2DQXA 2EPMX 3UETA 1UWIA 1KXTA 2OWCA 3WSUA 1E55A 5BXTA 1W1VA 3K8MA 4JFUA 3LPPA 1QHOA 3VD7A 4MJ4A 3VVGA 5I24A 5C71A 4L4PA 3SCTA 2YJQA 3RO8A 1GW1A 3MSDA 4DWSC 3K8LA 4U33A 1CGYA 2QPUA 1J18A 3JUGA 1L8NA 3WF2A 1PX4A 5EFFA 3G6LA 3L4VA 2OSYA 5D4YA 1TE1A 2DT2A 3MV11 1W3JA 2CHOA 4WSJA 2O9OA 2CBVA 2BY1A 3SCVA 1JYWA 4WKHA 1ECEA 3UG3A 1E4LA 1GORA 2EPLX 2GDUA 9CGTA 1JXJA 1K9FA 3UEQA 5M17A 2XPKA 3L4TA 3VD3A 1WKYA 4PCTA 4CVWA 3CUGA 3OGRA 5LA0A 1RP9A 1V6VA 3QHOA 1QNSA 1K9EA 2VC9A 1ISYA 3MKKA 4HTYA 3UG5A 3WDPP 1ZBWA 1HF6A 4M56A 2ZIDA 1WZLA 4MJ2A 1MFVA 1CXKA 4GQQA 1Q6GA 1HKKA 3MMWA 4E8DA 1HJUA 1SMDA 1UD4A 1E0VA 2J7FA 5F7UA 4B16A 2WYSA 4OBRA 3KL3A 5HOSA 2DPEA 3T0AA 1D3CA 1QNPA 1B30A 2G3NA 1J0JA 1C91A 3UR7A 4YPJA 1GQLA 3VGGA 1H41A 1HXJA 3BAWA 2NT1A 2Y8KA 3AHZA 3CUFA 1E3ZA 4NF7A 2VZVA 8CGTA 1VBUA 1J11A 1MXGA 3AMDA 2VRQA 4HMDA 4Y7EA 3SUVA 1FOBA 3BSHA 5JIPA 7CGTA 3T09A 2PBGA 3N12A 3NDYA 5C70A 4W7VA 1OT2A 2ZUTA 3FAXA 4V28A 4L4OA 2VI0A 1JIBA 4TX6A 1LWHA 4CD5A 3PBGA 3SCUA 1HKIA 1UKOA 2ZXAA 3ARTA 1ISVA 2XM1A 2GK1B 3VTRA 3ARSA 1DWFM 3THDA 4JHOA 1GQIA 3WFZA 1XYFA 3IAPA 1R85A 2ZUVA 1BVNP 2BY3A 4DWSA 5GPRA 4W8BA 5I2UA 1IZKA 2VQUA 4IISA 1XC6A 4W88A 3FN9A 3SUUA 1E43A 4Q22A 2EPKX 3QGVA 1WB0A 1ZBCA 2CETA 5DT5A 2X0HA 2XWDA 2O92A 1JZ2A 3IJ9A 4FLOA 3RDKA 3WH6A 1W9PA 2FH8A 2DSWA 4H8UA 1BGAA 1VBRA 3LPGA 3AHYA 4Z2KA 4W7UA 4F66A 4N0RA 4AZ6A 2OWWA 5BXPA 1RH9A 3M07A 4UCFA 2WMIB 1CXIA 1KBBA 1CNVA 5E09A 5E70A 2E9MA 4EANA 3N18A 4W93A 4OOZA 1A47A 4DUVA 3WMSA 1ISWA 3WH9A 4KGJA 2DT3A 2J77A 1TA3A 2XSBA 2ZX8A 1WNOA 4ACZB 2WBKA 5FIPA 2CPUA 2CYGA 3CHCA 4Z2JA 1KR0A 1UH3A 3W82A 3CTTA 5DO8A 4UQBA 2O9RA 3MMDA 2XJ7A 2WHMA 4KMQA 4CN4A 2A3AA 8A3HA 3CO4A 3GXFA 1EDGA 4IPNB 5LYRA 1VJSA 5A6JA 3KL0A 1L0PA 4WK9A 3OGSA 4H04A 5CPSA 1B0IA 2VURA 4P8UA 2YDQA 5IHSA 4ZE4A 3FXYA 1WCGA 2JFEX 2FHCA 1UQYA 3VD4A 2DGAA 1B90A 2XYLA 2EO7A 1TMQA 1Y7VA 3TOPA 1VF8A 4GI6A 2OYMA 3MO4A 3EBVA 3A4XA 5E6YA 4TUFA 1UWQA 2ZUSA 1Q6EA 3W38A 4PMOA 3RPMA 1NWSA 1W3KA 4D6HA 1UWSA 1B2YA 1W9BM 1H4PA 3QR3A 1VAHA 4P8XA 4TTUA 3W6LA 2DSZA 3AJ7A 3SCQA 4PBGA 2WC3A 3OGVA 2G4FA 4JHZA 3GNPA 1AVAA 1VENA 1TUXA 3MUAA 1V6XA 4BF7A 2WXDM 3AZSA 4WLCA 3B9AA 4URIA 5A1AA 3WNPA 2D23A 1B3YA 2O9TA 3QOKA 2JIWA 2WVSA 1E4IA 1PEZA 1M7XA 2ZX5A 3W53A 4QCFA 2D0FA 3UERA 1UUQA 4W8LA 1HP4A 4PSRA 5EFDA 1XSIA 3ARQA 1XHGA 3U57A 3WF0A 5EBAA 7TAAA 4QLJA 4FF5A 1ZU8A 1EO5A 2WMJA 3WELA 2J79A 4QCEA 1V3IA 2WSKA 2ZX6A 4NRRA 2XVGA 2PB1A 1LLOA 1ISZA 1V3HA 4QFUA 5C8BB 5M03A 3VIMA 2X2YA 2YDSA 4AZBA 3AFBA 2CITA 4KRTA 2G3JA 2QMJA 3WDIA 2QHAA 1V0KA 2Y8VA 3EMCA 2CKRA 1KB3A 1OINA 3AI0A 2GDVA 4GKLA 3WBAA 1M04A 3ZR6A 3GTNA 1LG2A 1QHZA 2WWDA 3ZT7A 1EDQA 1ISXA 2PC8A 1UG6A 5FD0A 5CQ1A 3SCOA 1H49A 4JFTA 5A8PA 4MPKA 1KWKA 1OSEA 2CHNA 5TD4A 1US3A 5BRQA 1RD6A 1JI2A 2C7FA 1GHRA 2G3MA 2ZUWA 5CSYA 3RM9A 1E70M 1EQCA 3GBDA 1C90A 3M46A 4HMEA 2ZX9A 1MW2A 3ARUA 1EHNA 3B8SA 1JF5A 3NUKA 4F9JA 1UR8A 2EXOA 3L4WA 4JZ5A 4B3KA 3U7VA 4AZIA 1KXVA 1NWTA 4CU8A 2OYKA 4J27A 2QV4A 4TOQA 4AY1A 1CLXA 3A4WA 1GOKA 3CMGA 4B9YA 4XB3A 1G0CA 4AMCA 2VO5A 1UWRA 2FGLA 2YLAA 5CJ5A 1MXDA 2WK2A 4GXPA 1W9XA 2JEQA 1QNOA 3WEMA 4FLRA 2WANA 5BYWA 3LPFA 1JZ6A 2G8ZA 2WZHA 3KE0A 3IAQA 2D3LA 1XCWA 3WQ6A 3ZJ7A 2W66A 3RILA 2AMGA 4ZXOA 4CD7A 1UD5A 4DM2A 1D7FA 1H5VA 3VM7A 4HZ8A 3N13A 4BQ4A 4BZYA 4UOJA 1WZAA 3PZQA 2ZXBA 3ZT5A 4JFSA 2NW0A 1BHGA 4P7NA 3WQWA 4PUEA 3AXIA 3NSNA 1UR0A 1YHTA 3ZM8A 4KGLA 1KXHA 1TFVA 4P8WA 1HIZA 3OLDA 2XG9A 3GXMA 3BC9A 2UWFA 5A6MA 3ARWA 2D22A 5JBEA 1OGGA 1XH1A 3W27A 4A4AA 1UH4A 1KBKA 1TVPA 5CPTA 3CZJA 1ZS2A 4Z2GA 3U7BA 2WB5A 3L4YA 3PZIA 2OYLA 4FLSA 1QNQA 2J4GA 1LQ0A 4WJXA 5I23A 2J7EA 1UOKA 3RCNA 3RIKA 1E6RA 4UFHA 3OZOA 4E8CA 3VIKA 1GOWA 1IV8A 2J8GA 2BV9A 4UFIA 2J25A 1HP5A 1HNYA 2TAAA 3PZNA 2YLLA 3F5JA 3CZEA 1E73M 5KEZA 1QNRA 3F4VA 3AYRA 2WAGA 3L4XA 5D9NA 3W4RA 4TVCA 2YDRA 3ZMRA 2VX6A 4MNLA 4LYQA 2VOTA 1DWIM 4D1JA 1B1YA 2J78A 5DEZA 1BQCA 1OGBA 3HMCA 1HJWA 1E0XA 1PZ2A 4AZCA 3PZOA 1J0HA 1O6IA 1V03A 1NQ6A 1MWOA 3ARYA 3S2CA 1H0IA 1NWRA 2AOSA 2XWEA 3T0BA 1V02E 3PZTA 3VIOA 3VDBA 1CDGA 4AZGA 3K4AA 1GZJA 3ECQA 1D2KA 4OKDA 1CXLA 5A6BA 2OSXA 4CVUA 1R86A 2DT0A 1FH8A 1CECA 4JL1A 2W67A 2V3GA 3CUHA 4DUXA 4B15A 5D8WA 2ZUMA 2W92A 1XGZA 3GH4A 3W37A 2DH2A 1XH0A 2OLHA 2CBJA 3EDFA 1K6AA 6CGTA 4GZEA 3WD2A 1C8YA 1OWQA 2VRKA 1MQRA 3BMWA 1JZ3A 4ZXLA 4JKLA 2VR5A 3OBAA 2F61A 5BXRA 3KEHA 1J0KA 4AD1A 1NOWA 3N1AA 2ZXDA 4J3VA 2YIHA 1XSKA 4DUWA 5CSUA 3CHEA 2XSAA 2D0HA 5A8QA 1CPUA 3WY1A 2D2OA 4ACYA 3BGAA 2BXZA 3GYCA 4QP0A 4UFMA 2Z1SA 3WQ8A 2ZX7A 1QPKA 3N15A 2J7BA 3DHUA 2X0YA 3RJYA 1C8XA 4U3AA 3VD9A 1MVYA 2WVVB 2YKKA 6TAAA 2CBIA 2BNJA 2UY4A 1EIBA 4UTFA 3CIVA 1UA7A 1V3JA 3SUWA 2JEPA 4YN5A 2YBUA 4AEEA 3GH7A 2RGMA 2PWFA 1R7OA 3MUZ1 5FCZA 4AISA 4HU0A 1Q6FA 5HPOA 2UY2A 4AZ7A 2O9PA 2HISA 2ZWZA 5HBFA 3VGHA 5M5DA 3BMVA 2X09A 5E0CA 5A95A 3WH5A 1DP0A 3AIRA 1CGVA 4KWUA 1IT0A 1UZ4A 4ZENA 3RM8A 3WUBA 5A8MA 3OG2A 4YHEA 4AIOA 1G01A 1JXKA 2ZUUA 3W25A 2X1IA 4PMXA 1EDTA 1BYCA 1PIGA 2YL6A 1CGUA 1SFSA 3PZUA 3POHA 1W2VA 1NWUA 4UR9A 2F8QA 4CUCA 4ZE5A 3VOCA 4F79A 3UR8A 4JFVA 2GFTA 5CXPA 2E40A 5AY7A 2Y5EA 1QBAA 4CN6A 1GCYA 3ARZA 3AMGA 1OD0A 1QW8A 4W85A 1JD7A 4CGTA 1E5JA 2UY3A 1V02A 2GUYA 4H8HA 4NSBA 3EDKA 4AD4A 2YL5A 5EMYA 3VIHA 3VX1A 1W9VA 1W3LA 2BVYA 2V3DA 1W1PA 3WD0A 3VD5A 3AXHA 4PMVA 1V3MA 1JYNA 3VO0A 3VIFA 3G6MA 2PWHA 2WHLA 1HKJA 1UH2A 3CZKA 1JZ8A 5ABGA 3M6DA 6A3HA 2VZOA 2FHBA 4IPLA 5DF0A 5JBFA 4QAWA 4MNKA 3RMEA 1C3FA 3D5HA 3O2LA 5CG0A 2CKSA 1E1FA 1S46A 4D6CA 1GOOA 1I1WA 4X0NA 3GH5A 5A8OA 1NARA 3CMJA 2XIIA 2DH3A 4HP5A 2IXVA 1PAMA 4C7GA 5CLTA 3PZMA 4ATWA 4GZIA 5GNYA 3U5YA 5A2AA 2J7DA 5AYIA 2DSKA 1ZJAA 1GJUA 3VIPA 2Y24A 2VRJA 2XUCA 5E9AA 3MANA 1WDQA 3TTSA 3WNNA 2Z1KA 1J9YA 1EO7A 3CGTA 4J3UA 4PCSA 2EPOA 4Z2LA 2VMFA 2VT0A 1NP0A 1V0LA 2DSVA 3E1F1 1TVNA 1UQZA 4KH2A 3T2OA 1B9ZA 2E9LA 1F4HA 4PUDA 3PN8A 2BY0A 1H2JA 1KFWA 1CTNA 1U2YA 2BHUA 5LA1A 1QI3A 1WP6A 3GDBA 2D24A 4N42A 2WHJA 1PIFA 4PMQA 1VFMA 1SYTA 1MW0A 1JAEA 1E3XA 4RE3A 2WMGA 3K1DA 1JDDA 5E0FA 1QI2A 2FHFA 1ODUA 4A3HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3MSG A;  3OLI A;  2QMK A;  4MB3 A;  1XD0 A;  3MS8 A;  3WUF A;  1VEM A;  3BAX A;  3K46 A;  5FKY A;  3NCO A;  1DWG M;  2CXG A;  4ZFM A;  2GVY A;  3K4D A;  4MB1 A;  3ALF A;  3AML A;  2VVS A;  3W0K A;  1IZJ A;  4GIA A;  4J3W A;  1NP2 A;  4MDP A;  3MV0 1;  3WNL A;  3IJ8 A;  2WMK A;  3BLP X;  2HVM A;  2Q8X A;  5JBD A;  3OLE A;  1H09 A;  4XZW A;  4J3S A;  1CIU A;  2XFR A;  4W5Z A;  2G41 A;  1KXQ A;  2VJX A;  3WQ4 A;  1CXE A;  3MMU A;  2XVP A;  2D1Z A;  4A3Y A;  1J0I A;  1V3L A;  4EAM A;  4LYP A;  4JCM A;  4MAV A;  2WW5 A;  3AIE A;  3N04 A;  1G1Y A;  4AW7 A;  3GNR A;  3CZ8 A;  3BH4 A;  1W1Y A;  1NOF A;  4UQC A;  2OSW A;  1VFU A;  5BRP A;  4J7R A;  4LXF A;  5I6S A;  5HDR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2R1L A;  4IIH A;  1FWR A;  4IFK B;  1IE7 C;  1WDP A;  2CLF A;  3DHD A;  5GQB A;  1BEU A;  2DZS A;  3GBE A;  3BGG A;  1FWW A;  4JYS A;  4FOJ A;  2B31 A;  1GQJ A;  1XGD A;  1KBI A;  1H1Y A;  2ZWY A;  1CEN A;  4U4M A;  4DI9 A;  2BOG X;  3GDL A;  1OFP A;  3KAO A;  2AKZ A;  3KTS A;  1FKS A;  5I3F A;  1XLC A;  3MDU A;  5IXE A;  2POZ A;  3W7P A;  1KGU A;  2MAN A;  1EJW C;  1FCQ A;  3LD5 A;  3VKJ A;  3WLQ A;  4RUB A;  1FBA A;  4QDM A;  4XUG A;  3O6D A;  4M51 A;  4MB4 A;  1GOI A;  3GW0 A;  2VCA A;  3TU9 A;  4YVX A;  3MYP A;  1DJX A;  1SW0 A;  3S9Z A;  4L56 A;  1GT8 A;  4LBU A;  5DBT A;  2CIP A;  4EWJ A;  1FQ0 A;  3H8A A;  1CX9 A;  4K38 A;  1XQK A;  3FFS A;  3MY9 A;  3S1U A;  3DIP A;  4HPN A;  1ECQ A;  2X0S A;  1Z48 A;  4DJD A;  3UI6 A;  4DPQ A;  3AUO A;  2R14 A;  1XLI A;  3MQT A;  5I0D A;  2V2D A;  4GC3 A;  4YHG A;  3H24 A;  5I3I A;  4DRO A;  1M7O A;  4IQL A;  1H7R A;  3BJS A;  3UWW A;  2D2J A;  4XD6 A;  1XIC A;  5CZT A;  1ITC A;  5D37 A;  1JDC A;  5HUL A;  1FWJ C;  1GVY A;  1KRB C;  3EX3 A;  2XP7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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