1XRVA

Crystal structure of the novel secretory signalling protein from porcine (spp-40) at 2.1a resolution.
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGPQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGQEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGKSFTLASSKTDVGAPVSGPGIPGQFTKEKGILAYYEICDFLQGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
publication title Crystal Structure of the novel secretory signalling protein from Porcine (SPP-40) at 2.1A resolution.
rcsb
molecule keywords signal processing protein
total genus 116
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1xrvA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1xrvA01
2VR5A 2WLZA 5A8PA 4W8AA 3ZJ8A 1WCGA 3WQ4A 3WENA 3VGFA 4P8XA 1JAEA 1AQMA 1WP6A 3OLIA 3GBDA 3BLPX 1G01A 3ARTA 3BAKA 1JI2A 1MXGA 3WL0A 1JGIA 2WYSA 1N82A 1YHTA 3OGSA 2Y8VA 2VNCA 1WO2A 1LWJA 1PJ9A 3SUVA 3PZQA 5ABFB 1CGVA 1HN1A 1BQCA 2XJ7A 3U5UA 3GXMA 2PB1A 3SCTA 2ZWZA 1CGYA 1GJUA 4OJYA 2O9PA 3SCOA 3L4UA 3A4XA 2PI6A 1V6UA 3K4AA 2DH2A 1HJWA 1EH9A 4LPCA 4X9YA 4JAWA 5HPCA 1J18A 1UR1A 1VRXA 3OIHA 1JZ3A 2WHMA 3AIRA 5AC4A 1BLIA 1E72M 5CXPA 3QHOA 1EDGA 1E6ZA 3VD5A 3IAPA 4JKLA 4FMVA 4KH2A 1FFRA 1UWUA 3L4XA 5FL1A 3AJ7A 1RP8A 1IZKA 4OUEA 3QHMA 5CQ1A 2OYMA 5GNZA 4QFUA 1VB9A 1OB0A 1ITCA 3EDFA 1GUVA 4PTMA 1V0NA 5A8OA 1LQ0A 1CECA 1LG1A 4J27A 3VIGA 1E0XA 2J25A 3SUUA 1JAKA 1GJWA 5M3WA 3AHXA 1JZ5A 4B9ZA 4CN4A 1ECEA 4IPLA 3WQ6A 3CUIA 1UKPA 1ISWA 1CPUA 2AAAA 2CHOA 4AD4A 2VQUA 4CN6A 4HOXA 3N1AA 1E6RA 3CMGA 2VJXA 2ZIDA 2XWEA 1RP9A 4UR9A 4B15A 3KE0A 3UG5A 1W32A 3O9NA 5BXPA 2FHCA 3APGA 1VBRA 3WD2A 3CZKA 1NH6A 2NSXA 4B9YA 1C92A 5FIPA 1BYDA 4QLLA 2VCCA 4D6FA 2WHJA 4C7GA 3UG4A 2C7FA 4JHZA 4D6EA 2BNJA 3WH6A 4AISA 4E8DA 2ZICA 1V3LA 2D23A 3UCQA 1MW0A 2YDRA 3B8SA 1C90A 2WZHA 5A6BD 2CYGA 3BCDA 2VRJA 4RE4A 1V03A 3MS8A 3AMKA 1QHZA 2W5FA 2VZSA 2VVSA 3OLEA 2ZUTA 3AS0A 2A3EA 3T2OA 4PSRA 3WEOA 4X0VA 4Z2LA 1D7FA 3WKZA 4HZ7A 4AD3A 4EKJA 1BSIA 3ZO9A 3AXHA 3NUKA 2OYLA 2B31A 2E9LA 3BAYA 5A6KA 2AOSA 3QGVA 4AYSA 5A6LA 1K9DA 3DHUA 4DUWA 3LPGA 4CD4A 3ARUA 2Y8KA 2WW5A 4UQCA 5IFPA 3AS1A 4CCEA 4M81A 5BYWA 1QW9A 2OWCA 4W7UA 3WDQA 3MV01 1QI3A 2WVVA 2OWWA 3L4VA 2QPUA 2XGIA 3N18A 1C7TA 4JFUA 1JFXA 2GJXB 3T0DA 3BC9A 2A3CA 2XVKA 4FLOA 2VZVA 4M24A 1KQYA 2E3ZA 3T2PA 4ACZA 2JFEX 3RM8A 4IUGA 2J47A 4A4AA 1I1WA 3IJ9A 1W3HA 3MSGA 1FH8A 1PIFA 2XM2A 4JHOA 1BVNP 3RCNA 1EO7A 3CBWA 3LPFA 2ZXDA 3VIJA 2EPNA 1C91A 1LF1A 5D4YA 1WPCA 1OBAA 2V38A 2XGBA 5I78A 2GK1B 1JG9A 4HZ6A 1VJZA 1W1VA 2DIEA 1JZ4A 2VL4A 1R85A 2PWEA 1B30A 1V6XA 1JDDA 2CBJA 1C8XA 2BY2A 1J0ZA 1J11A 1HJQA 4D6JA 4ZEPA 3SCNA 3VDHA 3PHAA 1E71M 4HA1A 2X05A 3NIYA 2ZUNA 3CHFA 2JEQA 1UR0A 3K8LA 1VENA 3AMDA 1IT0A 5FD0A 1FH9A 1NQ6A 4PMNA 1E4NA 3N9KA 1CXFA 5CJ5A 3PTQA 3TP4A 2WZEA 2ZOXA 2WAGA 4UZSA 5BRQA 4E8CA 5GPRA 1ZBKA 1QNQA 2OLHA 4U5KA 4UQDA 3BH4A 3WDRA 3WL1A 4OOZA 4UFHA 1KBBA 1MQRA 3GNPA 4UQ9A 3WUGA 1OSEA 5CG0A 2OSYA 5AYBA 1HF6A 3T0AA 4ACYA 4UZUA 3ARYA 1PIGA 4AD0A 3ARPA 2JE8A 4JZ5A 4S3KA 1EDQA 4D6IA 4JKKA 3F4VA 4WSJA 1XD1A 1ESWA 2W91A 3CIVA 4V2XA 2X0YA 2WMIB 4EANA 2DT0A 1M01A 1NP2A 3DECA 4MNKA 4YN5A 2NW0A 5CLTA 1UHVA 1D2KA 1PPIA 1NWUA 1VAHA 4W7VA 4PBGA 1E1EA 2ZUWA 3O6AA 2XWDA 4DWSC 3FHQA 2D24A 4HOWA 3UERA 4GIAA 3AYRA 4JFVA 7CGTA 1W91A 2RGLA 2ZX7A 3K1DA 2BVYA 3DYMA 3FW6A 3PTMA 2D3LA 1E43A 2O9RA 3VGBA 1NWRA 3WMBA 1V0MA 3ALGA 3BCFA 4AZBA 2PWFA 1XYFA 1RH9A 3MV11 2EEXA 1WB0A 4OBSA 2BHZA 1CZ1A 1B2YA 3SUWA 2DGAA 2NT0A 3CUGA 1C93A 1U30A 4LYRA 3THCA 1JZ6A 1B90A 4AD5A 1XH1A 3RM9A 4L4OA 1EOMA 2CBIA 1HP4A 3WDHA 3KL0A 1SR0A 4Z2JA 2D0HA 4KRUA 3AZRA 3ZJ6A 4GKLA 5A2CA 2UY2A 4MB5A 1UH3A 3VIMA 3UETA 2J8GA 4PCTA 5DT5A 4QP0A 1VEMA 2BV9A 5C8BB 1E73M 1LL7A 4GI6A 3GBEA 1OD8A 1ZJBA 1VFFA 1K9TA 3K8MA 5D9OA 1K9FA 5CPQA 1JFHA 4UFLA 2VX5A 1ODUA 1X6NA 5BXSA 3KEHA 5BXRA 5CLWA 4H7VA 1KGUA 2EPOA 1ISYA 1VFOA 4PTWA 2EJ1A 4D6GA 3K4DA 4BS0A 1EHAA 1E3ZA 3GYCA 1M03A 1V6VA 4PMZA 2CHNA 3OGVA 1W1TA 1Q6CA 5GNXA 2ZXQA 4M8UA 1JNEA 2VUYA 2WCGA 1ZBWA 4CD8A 4B16A 1L0PA 2BHYA 1TR1A 1J0YA 1Q6EA 2J7EA 2EPKX 5IDIA 1KXTA 4AZGA 4AZ5A 4AIOA 5EB8A 3WDIA 2WK2A 1JL8A 3WNKA 1TE1A 1IV8A 1B31A 5E9AA 3UG3A 3GH5A 3AQUA 4ATWA 2WWDA 4PMOA 4UFMA 2EO7A 1HT6A 3WQ8A 2PBOA 1TVNA 1GZJA 4MJ4A 2WMGA 3WQVA 1LLOA 3TOPA 2D3NA 3PZ9A 3FXYA 3ALFA 1CGXA 1CGWA 5A6SA 2QV4A 4CCDA 1UD4A 4Y7EA 1E4LA 4WLCA 1UZ1A 4A3HA 3N11A 2YBTA 3WUBA 1H1NA 4FK9A 1M04A 4GO9A 2G3IA 2JALA 3IK2A 3B9DA 1PEZA 3PTKA 1UQYA 4LGXA 4XV0A 1XRVA 4GZJA 2G3JA 1G1YA 1OIFA 1MXDA 1O6IA 1UYQA 2BVTA 3L2MA 2GSJA 4JCLA 3W38A 4TVDA 5JBEA 1ZB5A 3MU7A 3BAXA 4A3YA 3FAWA 1A47A 1WKYA 1QW8A 5DO8A 4U5IA 3OB8A 2DSVA 1NWTA 1QNPA 1H5VA 1V3JA 3CMJA 4K68A 3DHPA 2GUYA 1IZJA 3I3BA 3GXDA 2VX7A 2XFYA 3W26A 2XM1A 1JXKA 1QBBA 4CU6A 3QOMA 4U33A 1B3WA 5DMYA 4MJ2A 3PZMA 1W9PA 2RGMA 4MB3A 3VDAA 2ZWYA 5JIPA 3T08A 4HOZA 1GQJA 1KCLA 4MDOA 3EBVA 3A4AA 1SYTA 1NOWA 3CZEA 3PZIA 4LQ1A 3CUFA 5I79A 4NI3A 4TTUA 5CSUA 1SFSA 2VRKA 4QDMA 4D71A 3VIKA 5BXTA 5I77A 3SCVA 1XSKA 1EXPA 1M7XA 2IXUA 1R7OA 4Q7NA 4W85A 2WWCA 1NOFA 1J01A 2Z1KA 3WSUA 3CPUA 2BY1A 1OGSA 4AMCA 2X2YA 2Y24A 3WNOA 1WAWA 3THDA 1B3XA 3AHTA 3AICA 1WDSA 4MAVA 3QHNA 4MNJA 4WKAA 3VD4A 3ARSA 4E4PA 4PRWA 5ECUA 3IJ8A 2MANA 4ZE4A 1JIBA 5DT7A 3VUPA 2CKSA 3EMCA 1B3VA 1JZ2A 4DWSA 4W8LA 6A3HA 2ZX6A 1GW1A 4UQEA 2XFRA 2XIIA 4BQ4A 1KR0A 1DP0A 2OWXA 2ZX5A 1BGGA 1UA7A 2CETA 3EYPA 2PWDA 3ZMRA 1SMAA 1HKKA 4U3CA 1CLXA 2E0PA 3AIQA 1KXQA 1P6WA 2YL8A 4H04A 1DEDA 3RPMA 2XG9A 4QCFA 1OWQA 3SUTA 3AYSA 2WVVB 1Z32X 5CPSA 2WHLA 5IXEA 2D2OA 2HISA 4F66A 4QLJA 1CGUA 2DIJA 3VM5A 3WDPP 5CZKA 1WZKA 4HP5A 2C0HA 1V3IA 4Z2IA 2DT2A 4H8UA 4XZBA 4ACZB 2V5DA 3BAIA 3E1F1 1GPFA 2ESCA 1SMDA 2YL6A 4LXFA 3VMOA 1NM9A 3SCRA 2WANA 2CPUA 3B9EA 4ZXLA 9CGTA 5HDRA 3BSGA 1Q6GA 6TAAA 1UR2A 1FP8A 1DWFM 4PUEA 1BYCA 2WHKA 3PZOA 3W53A 3MMDA 4J3XA 4CCCA 2YL5A 4AD1A 1XV8A 5GNYA 1CNVA 4AC1X 4FLQA 1ISZA 1Q6FA 3M07A 2J7FA 3N13A 1PX4A 1U33A 3N04A 1KGXA 4URIA 1VBUA 1WDQA 1MQQA 1ODZA 1V6WA 2YKKA 5A2AA 4XUYA 1JF6A 4BZYA 5A94A 3BXWA 1V3HA 3RILA 1GQLA 4J3UA 3HU7A 4TTGA 5KEZA 4DM1A 1H0GA 1W3KA 3VGGA 5ABFA 4CN1A 1ZS2A 4HPHA 1JYWA 2FHBA 1HL9A 2XVGA 3VX1A 2A3HA 3VNYA 3IJ7A 1US2A 3EDJA 2FGZA 3IANA 3WD1A 1TA3A 4TOQA 1JF5A 1GVYA 1JI1A 3CUJA 2VX4A 1LWHA 4CU8A 3ZR6A 3T2QA 1J0HA 1AVAA 4X0NA 1E0WA 3MSDA 1GONA 5A69A 2VCAA 4UFJA 2BHUA 2J7BA 1HP5A 1HX0A 1E0VA 1KBKA 1W3JA 2WBKA 1BHGA 3OA5A 5JIWA 1AMYA 4AEEA 1UKTA 2G3MA 4CGTA 3DYOA 3MUAA 4P8VA 3AXIA 3POHA 5DEZA 1UZ4A 2FH6A 1HKJA 1WDRA 3AROA 4MB1A 1JDAA 1ZBCA 3L4ZA 3T0BA 3VDBA 4MNLA 2J79A 4XX6A 1XYZA 3U57A 1DWGM 2EBNA 2WXDM 1BPLB 3VMNA 4BQ2A 1QVBA 1Y7VA 4HMCA 1TUXA 2ZX9A 3ZT5A 4TX8A 3PBGA 3F5LA 1XCWA 3ARQA 1GOOA 4YHEA 4UOQA 3S2CA 1DHKA 1JDCA 5CSYA 3LMYA 5A6BA 5I5RA 4H8HA 4PMYA 3MUZ1 1UR9A 3RM4A 3WBEA 1TMQA 3SIMA 1MW2A 4Q22A 1OT1A 2Y2WA 4H8VA 4CUCA 5M03A 1CBGA 4OBRA 2BXZA 5C71A 4JIEA 2WSPA 3ZQ9A 1EA9C 4BQ3A 1MYRA 1X1NA 4ZENA 1EO5A 3SUSA 1KCKA 3W37A 2XSAA 1UWTA 3U7VA 1E55A 4Z2HA 1KXVA 3HMCA 4JL1A 2GDVA 3VD3A 4W88A 1MW1A 1US3A 1DWJM 3ZJ7A 3ZOAA 2CITA 1GORA 1GHRA 1G9HA 1FFQA 3JUGA 4OIFA 5LA1A 1CEOA 5FKYA 4KWUA 7A3HA 4HMDA 3MMUA 1UKQA 2J7CA 3RO8A 1LG2A 3WMSA 1HIZA 1PZ3A 1B3ZA 2DEPA 5EBAA 2J7DA 1WZLA 4V28A 2J7GA 5EFDA 1W9UA 4GI8A 2VURA 4W87A 4RE3A 4R27A 4PSPA 4YPJA 5AYIA 1MVYA 4UCFA 3U7BA 4W8BA 1KWKA 1E6XM 2FDMA 1V08A 4UNIA 4TX6A 4GINA 3VU2A 5IHSA 3S6TA 2E9MA 1HL8A 5HNNA 1V02E 1E15A 1CDGA 2XUCA 1Q6DA 2W63A 4HA4A 2W4XA 4GZIA 2NT1A 4DUVA 5I2UA 3WIJA 1PAMA 2GJXA 2DSUA 4AXNA 2CBUA 1UR4A 3TONA 4XZWA 3ECQA 2Y4SA 1VFUA 3VPLA 4C7FA 2J7HA 1Q4NX 3T09A 3BLKA 2OSWA 3L4YA 2VCBA 2WKGA 1JYXA 1J0IA 3OG2A 3SEPA 2VMFA 2CXGA 2IXVA 2O9OA 4KGLA 3HJEA 4AZIA 1C8QA 4M56A 1W1YA 4AEFA 4CD6A 5E6ZA 2XYLA 3SCPA 1PX3A 4HU8A 2G41A 4HU0A 3ARWA 1E56A 1OGGA 2YBUA 2ZE0A 2VT0A 3SCSA 3VX0A 5C70A 3A47A 3BMVA 4TXEA 2JIWA 1XD0A 4F79A 4U2ZA 5A2BA 4B3LA 3VM7A 5A8MA 2WMHA 1V02A 3OLGA 3AI0A 1VEOA 4F9DA 1ZL1A 4Z2GA 1S46A 4V27A 2CCRA 3LPOA 4GQQA 4ML4A 3VIOA 2CBVA 3UR7A 1CTNA 3CHEA 4ATDA 1UWRA 4PTVA 3W29A 3AMCA 2CERA 3BGAA 3ZR5A 4MB4A 1H2JA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3NSX A;  3WFZ A;  1QBA A;  1JZ8 A;  3WF3 A;  4AIU A;  4MNM A;  1BYB A;  4QAW A;  4DM2 A;  1VFM A;  5ABE A;  1UUQ A;  2XVP A;  2X09 A;  4P7N A;  3ARV A;  3F5J A;  3BMW A;  2G8Z A;  3DC0 A;  5DF0 A;  5LYR A;  1UWS A;  1JND A;  2G4F A;  1ISV A;  1QNS A;  4GXP A;  2ZUM A;  2V5C A;  4DWS D;  3AOF A;  2J62 A;  2F61 A;  1W9X A;  4KMQ A;  2D22 A;  2VVN A;  3WF0 A;  2X0H A;  3VKK A;  1VEP A;  3II1 A;  3GDB A;  2VZO A;  1BTC A;  3NYD A;  5JUV A;  3WEM A;  3M7S A;  4NRR A;  3LPP A;  2ZUV A;  3SUR A;  1EGZ A;  5DFA A;  4HTY A;  4J3S A;  1UD2 A;  1LJY A;  3CZJ A;  3PZV A;  3AIU A;  8A3H A;  1EQC A;  3UR8 A;  1E6S M;  4U2Y A;  2HVM A;  4HA3 A;  3WNM A;  5HXM A;  3WH7 A;  1AQ0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4MG4 A;  5FEP A;  3W74 A;  4P8X A;  2QJG A;  1JAE A;  3C3U A;  1GRJ A;  1WP6 A;  1GZG A;  3BLP X;  1J4H A;  3ART A;  1JI2 A;  1MXG A;  4DZ3 A;  3WL0 A;  3DCP A;  2Y6Z A;  4HVX A;  5K4X A;  1NQK A;  1YHT A;  4X63 A;  1LWJ A;  3SUV A;  1CGV A;  1LUC A;  1IGW A;  1FCQ A;  2PB1 A;  4PFM A;  3QZ6 A;  1R3V A;  4YTU A;  3PBM A;  1TTQ A;  2O9P A;  3PK7 A;  1KFL A;  1XR2 A;  3A4X A;  4HNC A;  1V6U A;  3K4A A;  2PD5 A;  3AUJ A;  4RUB A;  1EH9 A;  4LPC A;  4JAW A;  4ZO7 A;  3KCE A;  1FWW A;  3MW7 A;  1OAB A;  4YYC A;  4DY1 A;  2WHM A;  1WA3 A;  2XN0 A;  3AIR A;  3E0L A;  2OX4 A;  1EDG A;  4JKL A;  4FMV A;  4KH2 A;  1VYS X;  1UWU A;  2PGF A;  2I57 A;  1IZK A;  2FZN A;  4OUE A;  3F2C A;  1SSG A;  4UTI A;  5LGX A;  3ONC A;  2OYM A;  5GNZ A;  1VB9 A;  3LXA A;  1ITC A;  3PAN A;  1GUV A;  4FB7 A;  1GGO A;  1V0N A;  3JW7 A;  1CEC A;  3VIG A;  1E0X A;  3SY1 A;  2J25 A;  4ROP A;  1JAK A;  1US0 A;  2HQA A;  4LBS A;  4PCF A;  1GJW A;  4H7C A;  5B7Z A;  5D2T A;  3CQJ A;  3AHX A;  1GOX A;  1QWK A;  1R2T A;  1ECE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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