2DSZA

Three dimensional structure of a goat signalling protein secreted during involution
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Carbohydrate-binding properties of goat secretory glycoprotein (SPG-40) and its functional implications: structures of the native glycoprotein and its four complexes with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
molecule tags Signaling protein
total genus 121
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dszA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dszA01
1E71M 3W82A 1GUVA 3ARSA 2QPSA 2WW5A 1ISXA 2J8FA 4H04A 4MJ2A 2VX5A 3VGEA 1CWYA 2XFYA 3QOMA 2E9BA 4WSJA 1D7FA 2YBTA 2CITA 2D3NA 3NYDA 2XIIA 5A2AA 1VBUA 1ODZA 2WNWA 5KZ6A 3SCVA 1C90A 1HVQA 4MADA 1BQCA 1GHRA 1NARA 4GI9A 1BYCA 4D6EA 2D0FA 4TTGA 3CLWA 4WSKA 3DECA 2VVNA 4U5IA 2J7HA 4BF7A 2DEPA 2WLYA 3II1A 3ZMRA 2ZE0A 2W91A 5JBDA 1DWAM 3VMPA 2DT2A 4W84A 3KZSA 2FH6A 2CXGA 3W28A 3M46A 3WEZA 5M3WA 1GOOA 2WMKA 1U33A 2CYGA 3AS2A 4RE4A 1UQYA 2X05A 4P8UA 5A6BD 1QOXA 1PX3A 2DGAA 3PZGA 3MMDA 1E70M 2VCAA 5BROA 3VM7A 4AW7A 3K4AA 2WZIA 4M8UA 3E1F1 4WLCA 1BGAA 1IZJA 1V0KA 4GKLA 2D22A 1QI2A 1CGVA 2GUYA 1J0HA 1NOUA 4GI8A 4NF7A 4ACZB 1VF8A 1V6UA 5FL0A 2WWCA 4D6FA 1E6ZA 1CDGA 3KEHA 5A6SA 2BHZA 1O7AA 4AD5A 1W9PA 3W0KA 3WD4A 3RCNA 4AIEA 3MKKA 5BXRA 2BVTA 1E55A 3GXFA 1UR0A 3WUFA 2VOTA 1UQZA 1QNOA 3AMKA 1KXQA 3AHVA 1JXJA 1M7XA 3NSNA 1EHNA 2JE8A 4QLKA 3N13A 2BVDA 5A6LA 2CEQA 5HPOA 2OLHA 1IT0A 1W3HA 3A6OA 1U30A 2XTKA 4W5UA 4PBGA 2XM2A 3N18A 4K68A 3K8LA 4DWSD 4H8UA 1VEMA 3WQ6A 1KXVA 2F8QA 4HPHA 1LQ0A 3CUFA 3A4AA 4PMQA 3WD0A 2WVSA 4PUEA 3F5KA 1KXHA 1W2PA 3DHUA 4S3KA 3L4XA 3W25A 2VCCA 4WKAA 4WJXA 1JIBA 5JUVA 3OBAA 3ZO9A 1EOKA 3BMVA 1E6XM 4CCDA 3CZJA 2PBGA 5A6KA 1ZJBA 5A8PA 2ZXBA 1PJ9A 4V28A 4PN2A 4LYPA 3ARPA 3IJ7A 2XPKA 2VT0A 3BXWA 3L4UA 1A3HA 4XX6A 4IM4A 4M82A 1ZS2A 2OYLA 4ACZA 3TA9A 1UR1A 2J7GA 3W6MA 4CCCA 2XYLA 4X9YA 4JAWA 2J7FA 2V3GA 3UR7A 3PZOA 4CU8A 1B90A 4H8HA 1GW1A 1CGTA 1E0XA 5GQBA 4TVDA 4S3JA 3SIMA 1I75A 2X1IA 2WVTA 4UR9A 1HP5A 4UQCA 3FXYA 4DM1A 4F8XA 1EOMA 1F4HA 1CBGA 5E70A 3VPLA 1OGSA 2GSJA 4J3SA 1LL6A 1Z32X 2VR5A 1UWIA 2YA1A 1PX8A 5AY7A 1G01A 1V3MA 3SCWA 2Y5EA 1KCKA 1ISYA 4EKJA 4MB3A 1EHAA 5LA1A 3OGVA 3QHNA 2X2YA 2WMIA 3THCA 2WHJA 4MPKA 1C3FA 5DT5A 5EFFA 1B0IA 3VDHA 4BZYA 3IANA 5A95A 1UD6A 4CN4A 3WH8A 1E4IA 1WZMA 3CUGA 2YA2A 1TZ7A 1KCLA 1VEPA 3CGTA 2F61A 1JG9A 4LXFA 5ABEA 4TOQA 1UWRA 2QF8A 2XVKA 3SCQA 3VIFA 4P8XA 5CPQA 5DT7A 3A4XA 1UWUA 3F5LA 4CN1A 3WF4A 3WQ4A 3WNPA 2XM1A 5DMYA 2FHFA 4QLLA 1D3CA 4N42A 1HJQA 1E5NA 3GH4A 1CLXA 5I24A 2PI6A 3JUGA 2CETA 2OWCA 7A3HA 1UD2A 3VIKA 1CGXA 2VX6A 5JIPA 1US2A 2J7CA 4AMCA 1PIFA 4GO9A 3DYMA 5CG0A 1E6QM 7CGTA 3PZVA 4J28A 1DTUA 1M04A 4QDMA 3L2LA 1BLIA 2VVSA 3ARXA 3EYPA 4M29A 1WB0A 2W66A 1JF6A 4WIWA 4U31A 3WBEA 2WCSA 5D9OA 1ITXA 4ATWA 3QR3A 1FH9A 2DQXA 1WDPA 3CHEA 1I1WA 3WL1A 1EO5A 4U2ZA 3WQWA 4MB1A 3OZOA 2YOCA 3AI0A 3NDZA 4PMNA 3U7BA 1B31A 3VNYA 5GNYA 3WH5A 1V0LA 1UZ1A 2WBKA 2JF7A 2VR4A 3M07A 4XZWA 1VRXA 4W89A 4AEEA 1LWJA 4WKFA 4OJYA 5A6AA 3WNOA 1SMAA 3VVGA 4AYSA 5A6MA 5HOSA 3WMSA 2EEXA 5IHSA 1ZU8A 1BHGA 4TX8A 3PHAA 2NT0A 2Z1KA 3N1AA 2NSXA 1GNXA 3VKKA 4JFTA 3TTQA 2XVPA 4EE9A 3T08A 1UKOA 2J47A 3WH7A 1HKMA 1UWTA 1JZ4A 1V3LA 5EFDA 1BGGA 3WY1A 4FLQA 1XH0A 1PX4A 2BXZA 1Q6DA 1TVNA 5I6SA 1NWSA 1KGXA 1OBAA 2WC7A 3AHYA 2VURA 2CIPA 2X0YA 1EXPA 2PC8A 2V5DA 2IXVA 2VRKA 1R87A 4D6CA 2BY0A 5E09A 5BXTA 4MB5A 4TXEA 1PIGA 4UOQA 1W3JA 2GJRA 4CGTA 4XUYA 5BWFA 3LPPA 2PF0A 4JL1A 3EDJA 4HMCA 4PTMA 1TA3A 4AWEA 3B9EA 3L4WA 3FNDA 4M56A 1J9YA 2DT1A 2J7DA 1NOFA 3WFZA 3RDKA 2XVLA 2DH3A 4J27A 1G9HA 2WPGA 2A3CA 3QHMA 2RGLA 3ARTA 3G6MA 2E9MA 1AQMA 2V38A 3I3DA 4NZCA 2OWWA 3MMWA 4PMXA 3WL0A 1QHPA 3CO4A 1FFRA 1Q6CA 2W5FA 1J0IA 4OBRA 4H7VA 1AQ0A 4J7RA 1V0NA 1JD7A 1HJVA 4W5ZA 5D8WA 2DSVA 4GQQA 4JZ5A 3OLGA 1UUQA 3MUY1 4H41A 3VGHA 3VDBA 1XSKA 2IXUA 3N15A 3CZKA 1EDTA 2DSKA 4J3UA 1ISZA 2UWFA 5ABFB 1QI0A 3DHPA 1J10A 4R27A 4HZ8A 1VFFA 1JFHA 1TR1A 4MDPA 1EDQA 3WUBA 3CZ8A 1NP2A 4D6JA 3OIHA 1EDGA 1SMDA 2UY5A 5E0CA 5HDRA 3HN3A 2D2OA 4CCEA 3AJ7A 3VOCA 3ZR6A 5A6JA 5DO8A 4W87A 4B3KA 1WAWA 1V3KA 2OWXA 1B30A 2F2HA 1N82A 1UH4A 3VGGA 1WDSA 2XVNA 3WD3A 1X6NA 2J7BA 1H0IA 2A3EA 1W1VA 2OSXA 4V2XA 1W1YA 3AZTA 4NRSA 3VDAA 1FH7A 1FOBA 1FP9A 5A69A 5JIWA 4UOZA 1HL8A 1CXKA 1QPKA 1XC6A 4H8VA 5JBFA 1UKPA 3POCA 1V6WA 4AD3A 2EPMX 4KRUA 4BS0A 2VUYA 4FLOA 2YL6A 1XYZA 5A8NA 4OBSA 5D9MA 3EDEA 1BTCA 2DSZA 3W38A 2CHNA 1E1EA 1O6IA 1H1NA 4J3WA 2X0HA 3WMCA 2ESCA 1A47A 1DHKA 5HNNA 3PZIA 4UQBA 5BYWA 2XWEA 3N04A 2WHMA 5C71A 4W93A 2WK2A 1BG9A 2XHYA 3K1DA 3VD9A 4MNMA 2EO7A 1QHZA 2Y2WA 3WEMA 1ZJAA 4UOJA 4ZE4A 6CGTA 1XCWA 4CVUA 2RGMA 3VDCA 5CLWA 1E56A 3RM8A 1UD8A 1JYWA 5E0FA 4JHOA 4PYSA 3AZRA 4E8CA 1OT1A 4P8WA 5ABFA 1QI4A 1HN1A 3AIWA 5I78A 4IPLA 4QP0A 3L4YA 3CH9A 5I77A 5HXMA 2PWEA 1CTNA 4P7LA 3PBGA 3IK2A 4JHZA 1UR2A 1WZKA 4F9DA 3AS3A 4EANA 3VIOA 1UH3A 1MFUA 1HJSA 4ACYA 5LA0A 3VD5A 1V6XA 1XH1A 1E3XA 3WBAA 4PMYA 3UG5A 2GJPA 3DC0A 3SUSA 3AMCA 1ZBVA 3ARUA 1RH9A 2EPOA 3GBDA 1UD4A 2J79A 2XFRA 2XIBA 1GQIA 3GM8A 4DWSC 2YIHA 2EPNA 3BC9A 2VRJA 1JGIA 4W85A 4BQ4A 4U3CA 4HZ7A 2ZIDA 4J3XA 3I3BA 3O6AA 1B3WA 1VFUA 3N12A 1NOWA 1TFVA 2VRQA 2ZUTA 2CBUA 3W4RA 1NQ6A 2D24A 1XYFA 4UFHA 4PSPA 4W7WA 1BYBA 1UA7A 1K6AA 2YDRA 3AYSA 4J3VA 3VIHA 4M1RA 1E0VA 1VAHA 3AMDA 4JFWA 3ARWA 1VBRA 2GDUA 3EMQA 3MMUA 2ZX9A 2BY1A 3EDDA 5DF0A 4JFUA 3RJYA 1B3XA 4OOZA 1V6VA 4MNJA 2DIJA 5ECUA 1HF6A 2VC9A 2CCRA 4PTVA 4D72A 4JKKA 3RM9A 3FN9A 2NW0A 3WF2A 4XZBA 1G1YA 2CPUA 3CBWA 1W91A 3BSGA 3BAJA 3WD2A 3DYOA 4GO8A 1NWRA 4TX6A 4R5EA 3NDYA 5D4YA 3CZEA 3OLIA 1HJUA 5A8MA 3BAKA 3WENA 2XG9A 1UR9A 3K46A 2WMIB 3N17A 4P7RA 3QOKA 1C7SA 2J8GA 3WH9A 4AEFA 2XGBA 1E6SM 1JF5A 3AXXA 1KR1A 3SCPA 2BS9A 1JI1A 2Q8XA 5DFAA 4Z2KA 5CQ1A 1JZ8A 3NSXA 1W32A 4KMQA 1JYVA 1J01A 4Z2GA 4QAWA 4AZ5A 2QHAA 2FDMA 4HOXA 1ZBCA 3ARQA 4D1JA 1VEOA 1W9DM 4F66A 1LLOA 1TUXA 4HU8A 2WM0A 1W9XA 1HJWA 2JEPA 3OLEA 2VCBA 3UCQA 1MW3A 2QV4A 2O9RA 4JIEA 1OCQA 2WC4A 3RM4A 3KL5A 3LMYA 1ZBWA 4WKHA 1J0ZA 1CXEA 4CUCA 4M81A 3BSHA 2XVGA 2HVMA 3FY1A 4PCTA 1E15A 2VZOA 5FD0A 3D3AA 2JIEA 3TP4A 5EB8A 5A8OA 1OGGA 1NWUA 3MU7A 4W88A 1GOMA 4PMZA 5A6BA 1B3ZA 2WCAA 2BXYA 1QNRA 4QCFA 3EBVA 3KL3A 4NRRA 4CD5A 4HU0A 1I1XA 2C0HA 4A4AA 4JFVA 3GH5A 4RE2A 3VILA 4H2CA 3BAWA 4WF7A 2E4TA 3ZJ6A 2FGLA 2EJ1A 1JZ6A 3F5JA 2MANA 3L2MA 3HMCA 1CENA 1LF1A 4YPJA 1KFWA 4LYQA 3T0DA 3AISA 2CERA 2ZUMA 4AZIA 1H41A 1XGZA 3PZMA 3WUGA 3SEPA 3K8MA 3POHA 1QBAA 1WDRA 3VIMA 4TVCA 3VMOA 5A2CA 2G3IA 4UFLA 1IZKA 3UEQA 1KWGA 5HPCA 1EA9C 4RL3A 3WD1A 1FP8A 4HP5A 2ZUUA 4W86A 2BHYA 1DWHM 2XSBA 3AHTA 2WMFA 4AZ7A 3S6TA 2BNJA 1FH8A 3SCRA 2ZOXA 2V3EA 5CLTA 2D23A 3AIBA 4KGJA 2G8ZA 1E6RA 2AMGA 3AMLA 3T0AA 2VL4A 4C7GA 3VO0A 1ECEA 3KWXA 3MSGA 3SCUA 4W7VA 5BXSA 2PB1A 3OLDA 1H49A 1ZL1A 2WHLA 4DWSA 3BH4A 4HMDA 3LPGA 1GCYA 2CNCA 3J7HA 2Y24A 1W3LA 2ZWZA 4XB3A 3RMEA 1MXDA 5F7UA 1YHTA 3ZSSA 3AFBA 1PZ3A 3SUUA 1QNQA 5I2UA 1QHOA 4P7OA 3GZAA 3AIQA 3BGAA 4E2OA 1OSEA 5CSUA 3HJEA 1GOKA 1KBBA 1OD0A 3VD7A 5AC5A 1JZ5A 1QI5A 4LX4A 3FAXA 1L0PA 1GORA 2A3AA 3T2OA 1MW2A 1TA3B 3TTSA 2QLYA 1QI3A 4D71A 1E6NA 4FLRA 3N11A 2OSYA 2D3LA 4N0RA 5M17A 4FMVA 1KBKA 4JCLA 4CD8A 2DPEA 1EQCA 3L4TA 1MW1A 1H5VA 5GNXA 2YJQA 3G6LA 3TONA 2PBOA 4HTYA 1ZBKA 3M6DA 4DUXA 5M5DA 2W62A 1E43A 3T2PA 1E3ZA 2PWHA 4HPGA 3CPUA 2ZUNA 4ZFMA 2WZHA 4CN6A 1XD0A 2YLLA 1GJWA 1W9UA 4D6GA 1XD1A 2VZUA 2O9PA 4Z2IA 3EDFA 1LWHA 3ZJKA 4LGXA 1C8XA 5E9AA 1JYNA 5IFTA 5BRPA 5ABGA 4ZXOA 1BF2A 4UQ9A 3W27A 3W81A 1OGBA 3L4ZA 2E40A 4AISA 2VZVA 1MQRA 4KGLA 1V3JA 1PAMA 2XWDA 3GXDA 5CSYA 2O9OA 4PEEA 1E6PA 4AD4A 3CIVA 5IXEA 4PMOA 3ARVA 3FAWA 2ZICA 1LL4A 1UHVA 2BY2A 2E9LA 2XFFA 4HA4A 3SUVA 4DUVA 3A47A 4HA3A 2YDSA 3CUJA 1VIWA 2X09A 2CBJA 5HBFA 3VD4A 3AMGA 2DSUA 4UFIA 1OT2A 3QHOA 3PZQA 2QPUA 2G4FA 1CPUA 3BLKA 1GHSA 3IAQA 5A3HA 4HOWA 1EH9A 3NSMA 3AZSA 3BCFA 1KGWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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