2DT3A

Crystal structure of the complex formed between goat signalling protein and the hexasaccharide at 2.28 a resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
publication title Carbohydrate-binding properties of goat secretory glycoprotein (SPG-40) and its functional implications: structures of the native glycoprotein and its four complexes with chitin-like oligosaccharides
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 123
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dt3A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dt3A01
3G6MA 2QLYA 3WF1A 1W1YA 4DWSC 4ZXLA 2GDVA 1ZJAA 2YIHA 1KR1A 1NARA 4UZUA 1QHPA 5AYIA 1UYQA 3UG5A 5BWFA 2W5FA 2J8FA 1EDGA 4NF7A 1NWRA 4AZBA 4AZ6A 1BYCA 2FH8A 1X6NA 4Z2GA 4P7RA 4FK9A 5A2BA 4MB4A 4PSPA 3G6LA 1W2PA 3SCVA 3A3HA 4CCDA 4Z2HA 3ARQA 1CZ1A 4UQDA 3VM7A 2XTKA 4P8XA 1GCYA 5M03A 2RGLA 2A3EA 1UZ1A 3AS0A 3N11A 5A6BA 3WDRA 2CCRA 2YLAA 1J0KA 3K4DA 2BXZA 3WNKA 4HPHA 5LA0A 3KL3A 2CERA 1UKOA 3EDEA 2F8QA 1VBUA 1W9BM 1J0HA 3AHTA 2VZSA 2JIEA 2O9RA 4GI6A 2XIIA 3NSMA 1KGWA 4F8XA 3E1F1 4JKLA 3VMOA 4EANA 4H41A 1NWSA 4TX6A 5E6YA 2WMIB 5GNZA 2EQDA 1HXJA 2WVTA 3VIMA 1FHDA 2E9MA 5DT7A 4EKJA 3WQ5A 4W5UA 1IT0A 2V3EA 4CUCA 3WNPA 4DWSA 2CITA 4AEFA 1K9EA 2CPUA 3AIUA 3KWXA 4WKFA 3VD3A 5FIPA 2WVVB 3L2LA 2YA0A 1PAMA 3UETA 4D6GA 1BPLB 1JZ2A 1E3XA 3AHZA 2XFRA 3WQWA 1CXHA 1E6XM 1QNOA 4FMVA 1WCGA 3TP4A 4BCEA 1HJQA 1WZMA 4UFKA 1H5VA 3M7SA 5ABGA 3VDCA 1U30A 3ARVA 3L4UA 1G1YA 4LQ1A 4PMZA 4GINA 4EAMA 4D6CA 2VURA 2XWEA 3MKKA 1DEDA 2WHMA 4EK7A 4AD1A 4YHGA 3PHAA 5I5RA 2VVNA 2VO5A 2WVVA 4MAZA 4D6DA 2D1ZA 3NSXA 5JIWA 4GO9A 2YL5A 1TE1A 1C7TA 1W91A 2ZX5A 1WB0A 2ZICA 5TD4A 5A6SA 1RP9A 1V3IA 1UOKA 5EFFA 5IXEA 4J3TA 1OGSA 2J7FA 4GPNA 2PB1A 5M5DA 1VB9A 3CIVA 2VX5A 4HMDA 3DC0A 3MUY1 1PZ3A 3VNZA 4E2OA 1KR0A 4PMNA 3BAYA 3L4XA 1UHVA 5HXMA 3VDHA 5IFPA 1RP8A 3VDBA 2BVDA 1FHLA 4U5IA 1KXVA 1QI2A 4AISA 2VX6A 5D9PA 3L2MA 3W38A 2W67A 1ODUA 1M53A 1OINA 2G3IA 2WSKA 3RILA 1ZBCA 2ZXAA 2X1IA 2JF6A 1LL6A 4M80A 5I24A 2G3MA 2DT0A 4JFTA 4W87A 3WH7A 2QHAA 4UR9A 1Y7VA 1LL7A 3FN9A 1KXQA 3BAKA 1CIUA 2ZE0A 7A3HA 5A8OA 3F5JA 1Q4NX 1SFSA 2GDUA 3UG3A 3VD9A 4KGLA 1UH4A 2VTFA 1MQPA 1ISXA 1GJWA 3WIJA 2WVSA 4MB5A 4QAWA 4C7DA 5I23A 1UR9A 1JAKA 3IAPA 3ZT5A 3W4RA 2O92A 4UCFA 3KEHA 3FHAA 2UY4A 4P7QA 3SCNA 2FGZA 1CXIA 1FH7A 5GPRA 3SUWA 3PZIA 1B0IA 1E4IA 3DECA 3ARSA 1KGXA 2HISA 4W93A 5DMYA 1MXGA 1ZJBA 5HDRA 3AI0A 1EQPA 2DIEA 4KGJA 2VZTA 3VDAA 3M46A 3AXIA 4F66A 3SCTA 2CEQA 5A2CA 3OLIA 1JZ5A 3CUGA 1V0LA 2CBVA 1TG7A 3ZQ9A 3BGAA 3LMYA 1ESWA 2NT0A 4X9YA 1E15A 4QCFA 4JAWA 2E8ZA 3AXHA 2DT2A 1J0JA 3SUUA 1UWSA 4UQCA 2PWDA 1XSJA 4BQ3A 4JCLA 1W1PA 2YL8A 3W0KA 1WZLA 3OZOA 5HPOA 1ZB5A 2E9LA 1V3KA 2BY0A 2W4XA 1GVIA 3AIWA 1SMAA 5E6ZA 1KFWA 4LGXA 4E8DA 1O7AA 1XYZA 5LA2A 2VRJA 2WHKA 2BY2A 1HJSA 4C7FA 2G8ZA 1E0XA 3ARXA 1CTNA 2VL4A 4D72A 1VF8A 1E4LA 3SIMA 3VO0A 2BVYA 2CESA 1UWUA 1U2YA 1H4PA 4YHEA 4WF7A 2PBGA 1BAGA 4MNJA 4W88A 2C0HA 4D6IA 1K9FA 4UNIA 3AS3A 3N12A 2YL6A 3VGHA 1K6AA 5ECUA 3VMNA 4W8AA 5A94A 2VC9A 1MW2A 4JIEA 5BROA 3N1AA 2XSBA 5BXRA 3CZGA 4X0VA 1DWJM 3VNYA 1UD6A 1R87A 1QBAA 1G01A 3SEPA 4NSBA 5DF0A 2G3NA 1RD6A 1JD7A 2GJXB 3PTKA 4JKKA 4HOWA 4CCEA 2V3DA 4BQ4A 3AHVA 2J75A 1VIWA 2JFEX 1V0KA 1G5AA 1CDGA 4AD2A 2DSUA 3ECQA 4MNKA 1A47A 4DUXA 3AOFA 3AISA 1TUXA 4U3AA 1XYFA 2WXDM 4MDOA 3O9NA 1XH1A 1XC6A 2WWCA 4AZ7A 4AC1X 3I3EA 2YA2A 3VILA 1GQLA 5CLWA 3AFBA 1E6RA 1C8XA 2ZUSA 2OSXA 2EO7A 5ABHA 1ISYA 2X2YA 1WNOA 1JYXA 4UFLA 1QNSA 3VVGA 1TA3B 4OJYA 2GJXA 1JYNA 3RDKA 1WDQA 2ZUTA 4FF5A 4CGTA 3WELA 2EEXA 5AC5A 3PZMA 1GHSA 2WMJA 3WD4A 2A3HA 4BF7A 4V28A 1BGAA 1V3LA 1W3LA 2VX7A 6A3HA 1J9YA 3UEQA 1UR2A 4IPNB 3VMPA 3WDPP 1NP2A 1GHRA 1CECA 1CWYA 2Y8KA 3S2CA 2V5CA 2C8NA 5CJ5A 4AZIA 1HKIA 3MV01 3JUGA 4MDPA 3MSGA 4HPGA 3W81A 5A3HA 3WF2A 1W3HA 3TA9A 1WDPA 3VX0A 3F4VA 1TA3A 3SCUA 2D23A 3U7BA 2XHYA 1QI4A 1KBBA 4HU0A 5GNXA 4UZSA 3T09A 1PPIA 3SCPA 4AY1A 3WBAA 1HP4A 4NZCA 4TTUA 2VUYA 3L4TA 1GNXA 2O9TA 1Z32X 3ARWA 1E72M 1L8NA 3D5HA 3N04A 2WZHA 3T2OA 1NM9A 4GQQA 5FOOA 1BG4A 4QLJA 4GI9A 3VIIA 2XVGA 1GUVA 5LYRA 3OZPA 1HVQA 6CGTA 1LQ0A 3AS1A 3AZTA 3WMBA 4UFHA 4HA1A 3WMSA 2XGBA 4HZ6A 3GH7A 4HP5A 4XUYA 2NT1A 3KL5A 1D2KA 2VQTA 4IISA 2PWEA 2WLZA 3N17A 5HOSA 3KZSA 4OBSA 1DTUA 2GUYA 4M82A 3AMKA 1GOIA 2E4TA 4BQ5A 2VR4A 5CGMA 4JKMA 3W6LA 1MYRA 1E6NA 1UR1A 3WDQA 1XH2A 3GTNA 3AYSA 3POCA 1V3JA 2J7BA 4J3XA 1H1NA 1UD4A 5KZ6A 3VGEA 2WKGA 2WVUA 2XFFA 2BS9A 1BSIA 1V6WA 3M6DA 1FFQA 1EH9A 3QOKA 3EDDA 2QF8A 5I77A 4PMRA 1NOWA 4E4PA 3NDYA 1HKKA 4W5ZA 3WQ8A 3CUIA 5BCAA 2YDSA 2YOCA 3O6AA 1VEPA 2QPSA 3AIQA 4PMUA 2D0GA 5CQ1A 1CXEA 1V6YA 3AMLA 1PX8A 3D3AA 3OIHA 1UD5A 1C93A 1MXDA 2WZIA 4JL2A 3CZJA 3CMGA 4XZWA 2C7FA 3W24A 1B90A 1TMQA 3IK2A 4PN2A 2CBUA 2J78A 1GZJA 3BSHA 1WKYA 1V03A 3APGA 4ATWA 3K4AA 4MNLA 1VBRA 4GO8A 1GONA 2PWGA 3L4VA 5A8MA 1HKMA 4PTXA 4B16A 3WL0A 1FFRA 2WBKA 1B1YA 3CLWA 2WHLA 3WD1A 2PWHA 1M03A 4ZE5A 4HTYA 1G0CA 1BG9A 3WY1A 4W7WA 3WKZA 4AYSA 2QV4A 1QHOA 3A4AA 5JH8A 2CNCA 1MQRA 4W8BA 1CLXA 2GK1B 1EHNA 1ISWA 2E3ZA 4AEEA 1JG9A 2W63A 1C8QA 1W32A 1BLIA 1PIFA 4IM4A 2MANA 2WBGA 3TOPA 2YBUA 3ARYA 3BCFA 2J7EA 3PZNA 1V6XA 5CLTA 2XVPA 4PRWA 1W3JA 5M17A 3PTQA 4AD3A 1VFUA 2GSJA 1UWIA 3ARUA 3I3DA 1GOKA 3GH5A 1MW1A 5A6KA 1RH9A 4Q22A 1QW9A 1XSKA 3CZLA 1UQYA 1KGUA 1OGGA 1JZ6A 2G41A 2PC8A 2ZIDA 2GK1A 4H04A 1UWRA 1UKSA 2CHNA 4W7UA 5IHRA 3QR3A 2XFYA 2EXOA 2OYKA 1VRXA 3AZRA 4J7RA 5HNNA 3MMUA 1MWOA 3L4ZA 3ZSSA 1E0WA 3QHOA 5D9MA 2V5DA 4MPKA 3NIYA 1QPKA 2WMIA 1ZS2A 1EXPA 3MS8A 3QHMA 4AMCA 5C70A 4HA3A 3CGTA 5D9NA 2W61A 1CGUA 1AQ0A 4UQBA 1HJXA 1A3HA 1F4AA 4WSKA 4MB3A 5DO8A 3CUHA 3QOMA 5IFTA 1JZ4A 1EHAA 3VU2A 1J0IA 3DYMA 1V6UA 4MNMA 1LF1A 1H0GA 4PMXA 3RJYA 3WEMA 3WNMA 2IXUA 1HN1A 1B3ZA 3BH4A 3N13A 4U31A 4P8VA 2FHFA 3CPUA 3WUEA 1H3GA 1SMDA 5IHSA 3PTMA 1R85A 1BFNA 1UKQA 2V3FA 1CYGA 1TR1A 4UTFA 1JZ3A 1TFVA 3BCDA 2Y4SA 3VIFA 4M56A 3MUZ1 5D8ZA 1UWQA 4DM2A 5A6JA 4ACZB 2YL9A 5FKYA 1EO5A 2OSWA 3B9AA 3U5YA 1XSIA 3F5LA 2TAAA 2V38A 2VMFA 4XZBA 1E56A 3T0AA 5GQBA 2DH2A 1GJUA 4CVWA 3BMWA 3S6TA 2XGIA 1AVAA 3WUBA 5A2AA 2X8RA 3EMCA 3KL0A 5ABEA 1E55A 4B15A 3EDJA 3L4WA 4W86A 1B3WA 3EDKA 4CU7A 3AXXA 2F61A 2ZUWA 1V3MA 4P7OA 2VRKA 4AD0A 1V6VA 2IXVA 1W1VA 1DWHM 1UWTA 4OKDA 3TTYA 5F7UA 1C91A 1VFMA 4PSRA 3NCOA 2VCBA 2WLYA 2ZXQA 4W84A 3CUFA 3EYPA 1E6QM 1WPCA 1FOBA 3UESA 1W9DM 1R7AA 4W85A 1NOUA 2E9BA 2ZX9A 3A47A 1OBAA 2BHYA 5EFDA 5I79A 4PCTA 1PX3A 3FW6A 3UCQA 6TAAA 3VGDA 3L4YA 2AMGA 1BGGA 4AD4A 4D1IA 3MV11 4OIFA 3AICA 4PMVA 5EMYA 1Q6CA 4GIAA 4HZ7A 4Z2JA 3SCSA 1ITCA 2WMHA 3ZR5A 2DPEA 1B3VA 1H49A 2WNWA 3GBDA 1OGBA 2DIJA 2A3AA 2ZX7A 1GOWA 1LLOA 2JEPA 4S3JA 1C92A 1V0NA 1HP5A 3MUAA 3RIKA 1K9TA 4GI8A 1JNDA 2BNJA 5I6SA 3VD7A 1E43A 2XJ7A 3T0DA 3EBVA 4P8UA 1UD8A 4F9JA 2E40A 2O9PA 4LX4A 3WFZA 1KWKA 4LYPA 4A3HA 2CIPA 1XH0A 3VIGA 2YA1A 1NQ6A 3IAQA 4HU8A 4KRTA 4HOXA 5A6AA 2VT0A 4OZOA 2V3GA 2IUZA 1ISVA 2XM2A 3GNPA 3W82A 1OWQA 2AAAA 3NDZA 4J3UA 3KE0A 2YLLA 1JI1A 3CUJA 1QHZA 2VI0A 3PN8A 3WH9A 2CKSA 3PZQA 2WAGA 4ATLA 3WQ4A 5DFAA 2DSZA 1LJYA 1R86A 3ZT6A 3FAXA 3O2LA 1KBKA 2G4FA 1MVYA 5JBDA 1C7SA 4PMOA 3SCOA 1BTCA 3WEOA 1HX0A 4FLOA 3BMVA 1WO2A 4UFJA 2E0PA 5A69A 1EA9C 2WMKA 3PBGA 4J27A 3VINA 4WSJA 1XCXA 2XYLA 4QLLA 1CBGA 5A6BD 4XB3A 4ML4A 1HNYA 4JFUA 1EIBA 3MMDA 1UUQA 4CN1A 4FLRA 2D0FA 5EB8A 4V27A 2W92A 1ODZA 4CU8A 1GOOA 3GNOA 3RCNA 2YDQA 4R5EA 3HJEA 3OGRA 4PMQA 1DWAM 4UFIA 2XIBA 2OYLA 3PZTA 1E5NA 3WNLA 3SCRA 3VGGA 2W62A 1B3XA 3A4WA 3WUGA 5CGTA 2W66A 3W6MA 5CPSA 2XVKA 1JDDA 2WSPA 4AZHA 3GNRA 4CD7A 3AZSA 4JZ5A 4P7LA 3VOCA 3ZT7A 1SYTA 4KMQA 4P7NA 4WKAA 4DWSD 3I3BA 4XV0A 3N15A 4AIEA 1EDTA 3ARZA 3WF0A 3LPOA 3WH5A 1LL4A 3RM9A 4L4PA 1GORA 3WNOA 4M1RA 4AIOA 2ZXDA 3VX1A 2GJRA 1HJWA 2ZX8A 1H2JA 1KCKA 3HMCA 3RMEA 3CTTA 5BXSA 1E4MM 3ZJKA 4CD8A 3WL1A 3T2PA 1CNVA 4XX6A 4UQAA 1PZ2A 2EJ1A 1NOFA 2VNCA 3BAJA 4LXFA 2X05A 4AWEA 3N18A 3ARPA 3TONA 1UKPA 4JFSA 1PJ9A 1JXKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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