3RM8A

Amcase in complex with compound 2
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
377
structure length
377
Chain Sequence
YQLTCYFTNWAQYRPGLGRFMPDDINPCLCTHLIYAFAGMQNNEITTIEWNDVTLYQAFNGLKNKNSQLKTLLAIGGWNFGTAPFTAMVSTPENRQTFITSVIKFLRQYEFDGLDFDWEYPGSRGSPPQDKHLFTVLVQEMREAFEQEAKQINKPRLMVTAAVAAGISNIQSGYEIPQLSQYLDYIHVMTYDLHGSWEGYTGENSPLYKYPTDTGSNAYLNVDYVMNYWKDNGAPAEKLIVGFPTYGHNFILSNPSNTGIGAPTSGAGPAGPYAKESGIWAYYEICTFLKNGATQGWDAPQEVPYAYQGNVWVGYDNVKSFDIKAQWLKHNKFGGAMVWAIDLDDFTGTFCNQGKFPLISTLKKALGLQSASCTAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Identification and Characterization of Acidic Mammalian Chitinase Inhibitors
pubmed rcsb
molecule keywords Acidic mammalian chitinase
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 133
structure length 377
sequence length 377
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2011-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 3rm8A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3rm8A01
2X0HA 2GSJA 3ZSSA 4H04A 2JIEA 1E9LA 3AZTA 4W88A 4CGTA 3WF3A 2YL8A 1UR2A 1BYDA 4AZ7A 2DDXA 1GQJA 1ZU8A 1J10A 3VGDA 4UFLA 2PWHA 5A6LA 5A2AA 4CUCA 1H2JA 3U57A 6TAAA 3MKKA 5JH8A 4GQQA 1BTCA 2WNWA 2XWEA 5BWFA 1EIBA 5ABFA 5JUVA 3GTNA 2BXZA 3HMCA 1DWIM 2CKSA 2O9PA 2XUCA 4JFVA 3RIKA 1UWSA 1VENA 2E3ZA 3RO8A 1LG1A 2YDSA 4AC1X 1KB3A 1NWRA 1FH8A 4OBSA 1W91A 1VJSA 4LYQA 5E0CA 3OGRA 4GKLA 4JHZA 4V27A 2YLLA 4PMOA 4DWSD 3ZR5A 2Y24A 4MAVA 2JF6A 1NP2A 1WE5A 2IXVA 6A3HA 1NWUA 2W5FA 3GH4A 2VZOA 4LXFA 1HF6A 1HNYA 1FP8A 4GQRA 5M17A 1EO7A 1TUXA 3ARRA 3BGAA 1V03A 4GZIA 1FFRA 1B90A 1QNSA 1BYBA 1XV8A 1UKQA 4ACYA 2EPKX 3WF0A 2YL5A 3WL1A 2ZWYA 1CYGA 1BF2A 3D5HA 5LYRA 2JEQA 5EFDA 1JZ6A 3M7SA 2WVUA 2JF7A 3D3AA 1JYVA 3VGHA 1KCLA 3BAKA 3UESA 3RPMA 1UH2A 5EB8A 1EQPA 4XZBA 5GQBA 4E4PA 2G8ZA 2DH3A 1CZ1A 7TAAA 2VX6A 1UYQA 1DHKA 1HJWA 3SCRA 3AXXA 1ZBKA 1SMAA 1H3GA 2FGLA 3MMUA 4JFWA 4PMVA 2XG9A 1NWTA 1OGGA 2VO5A 5DF0A 5A95A 1R7OA 4V2XA 1HL9A 1UQYA 3BH4A 2VTFA 5IHSA 3SCVA 4DWSC 1AVAA 3AMKA 4AZ6A 3PZQA 3S2CA 2J8FA 4DUVA 2F2HA 3MSGA 3IK2A 5I0DA 1C93A 1GZJA 1JAEA 1B3YA 4X0NA 4MPKA 3CUHA 4JFUA 5IDIA 3ZO9A 4WIWA 4PMDA 1C7SA 1K9EA 1LLOA 2OLHA 1FA2A 3APGA 4JIEA 4N42A 1MQRA 3EMQA 4GI9A 3KE0A 2OYKA 4ATLA 3TA9A 3IANA 1W2PA 2QHAA 2ZX6A 3DHPA 5CG0A 1E4LA 3NSMA 5TD4A 3QR3A 1H5VA 3A4AA 1G1YA 4C7DA 1VBRA 2DPEA 4DM1A 3DHUA 3FN9A 3NIYA 2CBVA 2E8ZA 4PRWA 4ZEPA 1V02A 3W29A 1AQ0A 3ARTA 3WNKA 1J0HA 5D8ZA 5BRPA 3AROA 1EHNA 3AMCA 1L0PA 4J27A 4Z2IA 1QI2A 4BQ3A 3PZGA 2IXUA 3II1A 5C70A 4HZ6A 2V3FA 2QPUA 2WM0A 1MW1A 3VU2A 5I77A 2HISA 3CH9A 1GVIA 2W4XA 3ZJ6A 1QNRA 2CIPA 4F8XA 5AC4A 1CTNA 1UZ1A 1GQIA 4CKQA 2YBTA 3THDA 2QLYA 2WC3A 1WDSA 1ZB5A 1J0IA 4P7OA 2A3EA 2JALA 4LYPA 4AZHA 1JAKA 2WZEA 2PWEA 1A3HA 5GNXA 1DWAM 3WDQA 3J7HA 2W91A 4B16A 5BROA 1JNDA 3N04A 2BY3A 4C7GA 2DQXA 1VFOA 3KL0A 3VM7A 2OWWA 1E4NA 2JIWA 5CSUA 2WZIA 1V3IA 1JGIA 1JZ5A 1IZJA 3CZJA 1WDRA 4U2ZA 2BVYA 3OZPA 4LX4A 1R7AA 1JI1A 3W82A 3O9NA 1EDQA 1C91A 3L2MA 4MNKA 1JXKA 4PTXA 1I75A 1U2YA 2ZUNA 4CD4A 1GONA 1W9UA 3WEOA 3VGEA 3U7VA 3N1AA 1KXHA 4W8BA 3F5KA 2OWXA 1KCKA 2WCSA 1QOXA 2FHBA 4DUWA 2WAGA 1HJUA 4YN5A 1EGZA 3O2LA 2XM2A 2V3DA 3GXIA 4BZYA 2WMJA 2AMGA 1E71M 1JFHA 4ATDA 2ZUTA 3FXYA 1MFVA 4B9ZA 3BCDA 3AIVA 1XD0A 3W81A 3I3EA 4PTVA 1TA3B 4E8DA 1QW8A 1MQQA 3N13A 3VILA 4U33A 1QHZA 1EH9A 1JIBA 5E0FA 1RD6A 2J7HA 1E6RA 1E70M 1W1PA 1N82A 1MVYA 3NYDA 3AIWA 3VIGA 2O92A 1TVPA 5E70A 3VMOA 2D24A 1HKKA 5GPRA 1Q6CA 1H09A 4GINA 3VIMA 3POCA 3AHTA 3AS3A 1V6VA 3UG4A 5HBFA 4Y7EA 5BXTA 1AMYA 1KBBA 4EK7A 3AICA 4CU8A 2J77A 4BCEA 1PX3A 4P7RA 3WH9A 1W3JA 3BAXA 2YDRA 3BAJA 4J3UA 4OBRA 1JZ4A 4J3XA 2QV4A 1UD5A 1BAGA 2BVTA 4LYRA 3W38A 2GK1B 3AIEA 1CGTA 1GOWA 3SCSA 4JKKA 2DIEA 3PZTA 4FLQA 1MXDA 4KMQA 2Y5EA 1CWYA 3RMEA 1C3FA 5A6MA 3WUGA 3OLEA 1G0CA 1F4HA 3VMNA 1KWGA 3BAYA 1GOOA 5EMYA 4X9YA 3N9KA 4V28A 1W1VA 1UD8A 5LA1A 5C71A 3WQVA 4OJYA 3WF4A 3A6OA 2IUZA 1CEOA 4D71A 3L4VA 4MB4A 3PHAA 1IV8A 3MUIA 1V02E 1B31A 3WH6A 2WXDM 1V3HA 5I3DA 3TOPA 5M3WA 3SCNA 1OCQA 1G01A 1PJ9A 1K9FA 3LPOA 4MB3A 3BMWA 1WZMA 1HVXA 5KEZA 4QDMA 1PBGA 2QF8A 4BA0A 2XSBA 2VJXA 2AAAA 2WMGA 3ZJ8A 8A3HA 4WSKA 3ARWA 2PWDA 3CTTA 2EO7A 4UFIA 3ARQA 2CETA 1C7TA 3TTYA 1W9VA 4TTUA 3SCOA 5HPCA 2UY3A 3SUSA 2Y8VA 4IM4A 2JEPA 3O6AA 3ZQ9A 5CSYA 1SFSA 4JFSA 3AHZA 4HU8A 4P8VA 4BS0A 2DSUA 2CESA 3BAWA 3T0DA 4AMCA 4JL1A 4WK9A 1JL8A 4JKLA 1MFUA 3CUIA 1BVZA 2J4GA 1UA7A 1UUQA 3UERA 2CBUA 2VVSA 3W24A 3W26A 1CBGA 1OD8A 3AMGA 4GI6A 3MSDA 3T2PA 1KBKA 2YA0A 1LL7A 4ZXOA 4AISA 4GO8A 5CJ5A 2DSWA 1VFUA 1JZ3A 2VUYA 2E40A 4D1IA 4AWEA 1UR0A 4PTMA 3CHFA 2VCBA 3ARYA 1TG7A 3WDPP 5M5DA 1HP5A 1VEOA 1HIZA 1WZLA 2GFTA 4ZENA 4JHOA 2G3JA 1KGUA 5CXPA 3UCQA 4MADA 3ZM8A 2XVNA 1LQ0A 4JZ5A 2W67A 1UR9A 1MXGA 2RGLA 1W3LA 4M82A 3K1DA 1L8NA 1J0ZA 4QCFA 1J01A 5D4YA 4D6EA 4B9YA 4L4OA 1W3HA 5EFFA 3WQ5A 4JAWA 1LF1A 2YJQA 4AZIA 1EOMA 4UQAA 1JI2A 3SUTA 5FOOA 5EBAA 3TTSA 5ABEA 3T0BA 1QI0A 1MWOA 2FDMA 1VF8A 1W9PA 3NSNA 3W25A 1WZAA 1SR0A 3ZJKA 3VDAA 3WDJA 2A3CA 1EDGA 1Y7VA 3WD3A 1NM9A 3MUZ1 4GPNA 4HOWA 7CGTA 1K9TA 1ISZA 4UQEA 4DWSB 2RGMA 3U7BA 1XH1A 3SUWA 5BRQA 1W2VA 2VZTA 1EO5A 1TCMA 4NRRA 3CMJA 1KQZA 1M7XA 3PTQA 3CUJA 3ZT7A 4UQDA 2YA2A 1C8YA 2J7CA 3NJ3A 1CXEA 4MJ2A 4CN6A 4PEEA 3K8KA 5BCAA 4AD5A 1XSJA 1IT0A 3G6MA 1DTUA 2DT0A 1Z32X 1B9ZA 2J74A 4Q22A 2X8RA 4KGLA 4FK9A 4R5EA 2GJRA 3RM4A 4FLRA 3CO4A 5GNYA 1UD2A 3T2QA 1WCGA 2V3GA 1U33A 5I24A 1UR4A 2CYGA 3VD5A 3CZKA 1E5NA 3DYMA 4HMCA 3RJXA 1NWSA 2WC7A 5FD0A 3VIPA 2FHFA 1H4PA 1BSIA 3WD2A 3CHCA 2ZX5A 3LPPA 4MAZA 2EXOA 2WHKA 4TTGA 2D22A 2VR5A 1AQMA 1H41A 1HKIA 3GXFA 2WZHA 3OLGA 4UNIA 3HJEA 4PYSA 4J3SA 2DSVA 3L4UA 1JF5A 2PWFA 1G9HA 1W3KA 2HVMA 4UQCA 3WEZA 1E5JA 4P7LA 1QHOA 3EYPA 1GJWA 2WSPA 3AS1A 3U5UA 3AYSA 1VEMA 1XYFA 5HPOA 1PEZA 1YQ2A 4HMDA 1TFVA 4EANA 3WIJA 4E8CA 2WVSA 5CGTA 1CXKA 4W85A 1GHSA 1H1NA 3TONA 1JNEA 3W53A 3BCFA 3BC9A 5A6BA 2E0PA 5AYBA 3KWXA 2DIJA 4YPJA 1UH4A 1UA3A 2CHOA 2DSKA 3GH7A 1PIFA 3SCPA 3PZNA 3VIHA 4W89A 1CGYA 3WF1A 4AEFA 5DO8A 1E0WA 2WWCA 1NARA 4IPNB 2OSWA 3W4RA 3MV11 4BQ2A 4WKHA 1JG9A 4FLOA 2WCGA 2WKLA 3CHEA 3N18A 1D7FA 1E73M 4W84A 1PX4A 4FLSA 1E6XM 4FMVA 4CU7A 3AJ7A 3RILA 4AZCB 1KQYA 1HJVA 2EPLX 4X0VA 5I2UA 4URIA 3ZSTA 1J9YA 1V6UA 4GIAA 2DT1A 3WQ6A 3BLPX 4CCEA 2G3MA 5A6KA 4UCFA 1DWGM 3KEHA 5CPSA 4W86A 3WUBA 2ZX9A 2FH8A 2EPNA 3SUUA 4CN1A 4MJ4A 4AW7A 1CIUA 1DWJM 4F79A 1XCWA 2DGAA 4MDPA 2NW0A 1GOIA 3GXDA 3B9EA 3GNPA 3PZOA 3EDJA 3WSUA 4D6HA 5A1AA 1E55A 3UEQA 2J7FA 4OZOA 3CPUA 2BHYA 3ZR6A 3K8MA 2WVVB 1JZ8A 3L4WA 2WBGA 5IFPA 3PZ9A 4QFUA 1EDTA 2VR4A 1OGBA 1O6IA 3AOFA 3PN8A 2XHYA 2DT2A 1ITCA 1JXJA 1OSEA 1EXPA 1V08A 4HZ7A 4PMUA 1MYRA 2FGZA 1SMDA 2VNCA 2WMIB 3KZSA 4U2YA 4H8VA 3ARXA 5DFAA 3WF2A 3WQ8A 4D1JA 3N15A 4TUFA 4U3CA 2D3LA 4DUXA 5JBDA 2BY1A 1VB9A 3VGBA 2DH2A 4A4AA 4H8UA 3CIVA 5FIPA 3LMYA 2DT3A 5A8QA 1ODUA 1M03A 5AYIA 5ECUA 4HZ8A 1OT2A 1QW9A 3U5YA 5BXRA 1JDCA 2ZUUA 3MUY1 5E6ZA 2A3BA 1BG9A 1ISVA 5A3HA 1E56A 3PZMA 3ARZA 5F7UA 3GM8A 1RP9A 2W92A 4M80A 1KGXA 2D0GA 3ZJ7A 1KGWA 2J8GA 4UQBA 2W63A 4AZBA 4PSPA 5E09A 4M56A 5JIWA 3SCUA 5E9AA 4CU6A 2WSKA 4P8XA 1K6AA 4PMYA 1R85A 3T08A 2ZXBA 7A3HA 4RE3A 3LPFA 4CVUA 3OA5A 2XVPA 5A6JA 4ZE5A 2J47A 4P7QA 1KR1A 1HVQA 1LWHA 2GJXA 2AOSA 1Q6GA 1CGXA 1WP6A 3IJ9A 1XC6A 3SUVA 5D9NA 1DP0A 1QBBA 3WMCA 4ACZA 4KRUA 2GJPA 4GZEA 3BXWA 3IJ7A 2VX7A 1JYWA 4P8WA 3RCNA 2ZE0A 4BF7A 3ZOAA 4ATWA 2GDUA 2V38A 1JDDA 2E9BA 4A3YA 3VDBA 4YHGA 1EOKA 4M24A 4ZXLA 3QHMA 4MDOA 3VDCA 4AEEA 5ABFB 1NOUA 1OINA 2PWGA 3CMGA 3AZRA 3GBEA 1K9DA 4RL3A 1J0JA 1GHRA 3GNRA 3WUEA 9CGTA 1CENA 1X6NA 1CPUA 2WLYA 1R86A 2CNCA 3DC0A 3FAXA 4Q7NA 1VEPA 1UKOA 3FHAA 4TVUA 1LWJA 3VD3A 2A3HA 1QNPA 4B3KA 2J79A 3W27A 3TTQA 3VPLA 3B9DA 4P8UA 2WCAA 4CD8A 1E6NA 2ZXQA 2G4FA 5HOSA 3WH8A 4W87A 5GNZA 2WC4A 2PBOA 1US3A 2WLZA 2WBKA 4PN2A 3GZAA 1W1TA 2XIBA 5ABGA 1UWRA 1QPKA 1V0NA 3VDHA 2D0HA 4M8UA 1PPIA 1UQZA 2UY2A 4DM2A 5IXEA 2BNJA 2CKRA 1QI5A 3QOKA 3VD4A 2F61A 2NT1A 4TVDA 3ZIZA 4JL2A 2VVNA 1JYNA 4HTYA 4IISA 1LJYA 2O9TA 2PBGA 1BQCA 1UG6A 2XYLA 4JCMA 5A69A 4QP0A 2B31A 4EE9A 3DYOA 3HN3A 2JE8A 1HKMA 4MB1A 1MW2A 3OLIA 1AQHA 4TVCA 2ZIDA 4UOQA 2DEPA 1HJSA 3UR8A 3K4AA 1ISYA 3VD7A 3WFZA 1E0XA 2NT0A 3JUGA 1B3VA 4C7FA 5LA0A 1KWKA 1VFFA 3NSXA 2CXGA 1ODZA 2JFEX 1U30A 3MANA 4AZ5A 4BQ4A 1ZJAA 3AISA 1V6XA 3WD1A 5A6BD 1DEDA 4YHEA 1B2YA 1BHGA 1W9DM 1XSKA 1MW0A 2YOCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3I3B A;  1J6O A;  1ZAL A;  1KFC A;  1MI3 A;  1QR7 A;  3KDN A;  3DH7 A;  1XR2 A;  3GQY A;  3FJL A;  1EP1 A;  2CBJ A;  4US6 A;  4O1F A;  5CGM A;  4MVA A;  3O7U A;  2YDQ A;  1I1X A;  1CLX A;  3W7J A;  9XIM A;  3ALF A;  3GG8 A;  3WK1 A;  3LBC A;  4NZ1 A;  3KL5 A;  1TB3 A;  2OEL A;  3KRB A;  2Z26 A;  4XSM A;  1VBH A;  4MKS A;  3C5Q A;  4MNM A;  2VI0 A;  4AIO A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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