1NWUA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39) in complex with chitotetraose
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure and carbohydrate-binding properties of the human cartilage glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
total genus 132
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwuA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwuA01
4D6DA 2QF8A 4M56A 4YHGA 3SCPA 2XYLA 4JFVA 3OZPA 3WIJA 3MUAA 3RO8A 1QNRA 1HP5A 1KXHA 4AEFA 2B31A 1VFUA 2YDQA 1HX0A 3VGEA 4FLSA 3N1AA 4J3VA 3UERA 5JUVA 1IT0A 5AYBA 3A47A 1XCXA 3WDRA 1UZ1A 1YQ2A 5I24A 1CGWA 2PWHA 4JKMA 5A2AA 1B3ZA 4PMOA 3VIJA 3VMPA 1KBKA 3ARUA 4PRWA 3L4UA 2WBKA 1JDDA 2E4TA 4UQEA 1NP0A 1WZKA 2G3IA 4MB4A 3ZJ8A 1H1NA 3RILA 1EQCA 2VRKA 3WMCA 3GXDA 4D6FA 1W3KA 1QVBA 3NSMA 4TXEA 1XSJA 3NSNA 2A3AA 1WDQA 2EO7A 1NP2A 3AISA 2DQXA 1H11A 3E1F1 2UY3A 1GOIA 4BZYA 4F9DA 3HU7A 3AS1A 1C7SA 1E5NA 2GJXB 3BMVA 1K9DA 4BQ4A 4MJ4A 1K6AA 5CJ5A 2J75A 1R7OA 4OKDA 5CLTA 4CN4A 3DECA 4P8WA 3GNPA 1WDRA 1OCQA 3AIVA 3N13A 3RMEA 1HL9A 2WMFA 1K9EA 1XYFA 3MU7A 4ZXLA 1LJYA 1EDTA 3N12A 1UYQA 2FHFA 1UG6A 3GZAA 3MV01 1E55A 4PSRA 4TX6A 4OIFA 4X0NA 4AD1A 2E8YA 2VVNA 2DT3A 3CBWA 5E6ZA 1HNYA 4U5KA 4Z2KA 2ZXQA 4C7GA 1JGIA 5AYIA 4DWSC 4M1RA 4JCMA 4MNKA 5CPQA 3SUWA 3POHA 3AHXA 3MMWA 4PMXA 2ZXDA 4ZENA 5KZ6A 3QHOA 1ZBKA 1C92A 1UKSA 4OUEA 3DYOA 3F5JA 1GOOA 2VMFA 1TUXA 2W66A 1B31A 4W88A 2ZX8A 1U30A 1Q6CA 1S46A 4B3KA 2ZICA 4PMRA 3CO4A 4D6EA 3ZT7A 2XTKA 1GOWA 4UQDA 2YOCA 1E56A 4GZJA 1I75A 3WMSA 1WE5A 1J0YA 1UR0A 2DH3A 4MJ2A 2WSKA 1GZJA 3WEZA 3EDJA 4KGJA 2XVLA 2WLYA 2OWWA 3W37A 1H2JA 1GOKA 3AIEA 1PX3A 1UWIA 3T0AA 1FFRA 1EHAA 1US2A 2FHBA 3UG4A 1E4NA 4D6IA 5BRQA 1ISVA 2ZWZA 1NWTA 2FH6A 4W7UA 4UOZA 1B3WA 1J10A 3AYSA 4MNMA 2WNWA 3GXMA 4AISA 1W1TA 1KGWA 2ZUSA 3VD7A 2W61A 5A6KA 1V08A 4AZHA 1DP0A 1B2YA 1SFSA 5D8WA 3NUKA 4P7OA 3W24A 5HXMA 3ZMRA 2J79A 3WUGA 2VVSA 3THCA 4AW7A 4CCDA 1EXPA 1JF6A 5HBFA 4E8DA 4AWEA 5BWFA 3W29A 1GJWA 4FK9A 3WH5A 1OGBA 1VBUA 1J0JA 1B90A 1VFOA 1V3KA 1J0KA 4Q7NA 5C8BB 1UH4A 1HKMA 4CUCA 5DO8A 2VO5A 5JIPA 2D3LA 2QMJA 4B9YA 2GK1A 1H49A 4XUYA 2WVUA 1H4PA 1SMAA 1L0PA 3SIMA 1CENA 5A6BD 4AD0A 2XVPA 1V6YA 2ZX5A 5HNNA 3AHYA 5A6MA 1Y7VA 2Y8VA 1E9LA 1TVNA 1CXIA 1GCYA 3OB8A 2YL5A 4A3YA 1V6UA 2WPGA 1TCMA 5A6AA 3ZJKA 1G94A 4CCCA 2VX5A 3KWXA 1K9TA 4DWSB 2BY3A 4XZWA 4CVWA 4MNLA 4EAMA 1X6NA 1E6RA 1CXEA 1C8YA 4PMVA 1HJUA 1MFVA 4LQ1A 2WWDA 1KXQA 3LPPA 4GI9A 4PCSA 2VT0A 3WN6A 5FD0A 3EBVA 3IJ8A 2VZTA 1QNSA 1ZJBA 2GJPA 1E43A 1JYWA 3BAKA 1LL4A 1BLIA 2V3GA 2VX7A 1W1PA 2X05A 2WKGA 3W4RA 4AD3A 5E6YA 1JAKA 4EKJA 4A3HA 2XVGA 1W1VA 3RPMA 2UY2A 5GNXA 2XGBA 2DPEA 5GNZA 3GXIA 4PTMA 4HMEA 4HU8A 2CESA 1UR2A 2OWCA 1MQQA 4IUGA 1XHGA 3UR7A 2HISA 1J0HA 3DYPA 3AIUA 2JF6A 1BYAA 1JF5A 3BSHA 1HJSA 1X1NA 3ZT5A 4HPGA 3RM8A 3PN8A 3PTMA 5EFDA 2XPKA 3KL0A 1FP9A 2E40A 3WNKA 2ZE0A 2WCSA 4GZIA 4GI6A 5E70A 1UKQA 3BH4A 2BXZA 1TE1A 4JHOA 1AQ0A 2D3NA 1PJ9A 2OWXA 3ZJ6A 1PEZA 5FL1A 2W92A 1G01A 5EFFA 4KGLA 1JXKA 1QI0A 4JL2A 5A2CA 2EPKX 3SCVA 3AOFA 4J3SA 5A95A 1B1YA 4UOJA 3N9KA 3I3BA 1W9XA 2JEPA 4U33A 2CCRA 2J7FA 4UFJA 2OYKA 1L8NA 1IZJA 4YPJA 4Z2HA 2VZOA 1XH0A 4AZ5A 2V38A 2CIPA 2BVDA 3EMCA 2EPNA 4N0RA 1XD1A 3T08A 3SUVA 3SCTA 2ZIDA 3ZQ9A 4CD8A 2WYSA 2A3EA 3WUFA 1QBAA 5GPRA 3DC0A 3O2LA 2GUYA 3THDA 4AXNA 2D2OA 5JBFA 3GTNA 3WD1A 1ISZA 1UKOA 5A8PA 3QGVA 3WF3A 3MMUA 3B9AA 2CBUA 2XUCA 5JIWA 1V0LA 1GUVA 2IXVA 1AMYA 3PHAA 2PF0A 2XSBA 3W53A 1XGZA 2W91A 1XSIA 2WW5A 2DSVA 2XVKA 3SUUA 3LPFA 5BXSA 5BXTA 2D0FA 3WH6A 3WEOA 2A3HA 3AS3A 4U31A 2E9LA 3A3HA 5ABHA 2EQDA 1R87A 3WBAA 4WSKA 3VU2A 1GW1A 3T0DA 2WZHA 3EDEA 3CUJA 2WWCA 3VIPA 1JAEA 1V0MA 1HXJA 4IPNB 2W62A 1V6VA 2ZX7A 2F61A 4PTVA 5I77A 2BVTA 3AYRA 2OYMA 3APGA 3SCWA 3MSGA 1FH8A 2JIWA 4H41A 1GORA 3WBEA 4KMQA 2DT1A 4UNIA 2WSPA 5DT5A 1E15A 1UH2A 1CWYA 2WMKA 3QHNA 2J77A 4AMCA 1KXVA 2PBOA 1CBGA 4JFTA 1LG1A 3BAIA 5LA1A 4CU6A 3CTTA 3IAQA 2XHYA 3GH7A 3VPLA 2WLZA 2BFGA 1TA3A 4ATLA 2BVYA 4UR9A 3M46A 3ZSTA 3KEHA 5I5RA 2WB5A 1JZ8A 2J7BA 4AZ6A 1HKJA 1G1YA 5A6JA 4F9JA 3LMYA 4M82A 1R7AA 5IHSA 3WQ6A 1CLXA 4WF7A 1V6WA 1LLOA 4J3WA 1P6WA 3L4VA 4CGTA 2G4FA 4CN6A 2J8FA 4UQCA 5HPCA 3MV11 1HT6A 1UWQA 4D6GA 1QI4A 3N17A 3OGRA 4ACZA 1CXKA 2D22A 1HKKA 3FNDA 4WK9A 3K1DA 5CPSA 2J74A 3CPUA 4DWSA 1SR0A 2OLHA 2X0YA 4OJYA 4ZFMA 1V3HA 4MB5A 3PZUA 2WVVA 3SCNA 4QCEA 1QNQA 2YBTA 2NT1A 3IK2A 2VZVA 1E40A 1ZJAA 4WKFA 4JKLA 3WDQA 4WSJA 1NOWA 4D71A 2DH2A 2W4XA 1UHVA 3EMQA 2VX6A 5A2BA 2A3CA 3RIKA 1EA9C 1NQ6A 3ARYA 2WK2A 1ODZA 2UWFA 3GM8A 2J8GA 3L4WA 1JI1A 1WKYA 2V5CA 3QHMA 2PI6A 3ZO9A 3OLEA 7TAAA 1KB3A 3QR3A 4DWSD 4HZ7A 2O9TA 1JYNA 3LPGA 1BVZA 1JDCA 1MW0A 1TZ7A 2YBUA 4D6CA 3FHQA 3W82A 3ZR5A 4U3AA 1UR8A 1OIFA 3NCOA 2G41A 1HF6A 2V3DA 2YKKA 2EJ1A 5I79A 1EHNA 1JIBA 3AXIA 5A69A 3WF2A 3VIHA 5GQBA 3AMCA 3ARTA 3FN9A 4AD4A 2YA0A 6CGTA 2YL9A 4HA4A 3K46A 3BAJA 2WHLA 4UFLA 1NWRA 1C93A 4UFIA 1E6QM 5IFPA 1EQPA 5A6LA 4XB3A 3O9NA 1KCKA 1VF8A 1UQYA 1UD2A 3S2CA 3BSGA 4TVUA 3TTQA 1M04A 1EO5A 3WSUA 4OOZA 2DSWA 3VIKA 1E5JA 4CCEA 3RM4A 1B0IA 1MYRA 4IM4A 3IAPA 3CZEA 1E4MM 1CPUA 3GH5A 8CGTA 2BNJA 3VDCA 1CGXA 3VIOA 4TTUA 2J78A 2WXDM 3CZLA 2WC7A 3VM7A 3EMZA 3QOMA 4HTYA 4GI8A 1TFVA 3CHDA 3OG2A 4MDPA 3UETA 4LYRA 3CHEA 1R8LA 3NYDA 1D7FA 2WVSA 4LGXA 3ECQA 4W8AA 2WCGA 3DYMA 4UZSA 2CYGA 4CN1A 3I3EA 4BQ3A 2E0PA 3VILA 1MQRA 2BHZA 5BCAA 2ZOXA 1HJWA 3WF0A 3WNOA 5CGMA 1VJSA 2XGIA 3MUZ1 1HKIA 3GNOA 3JUGA 1GVYA 2D1ZA 3PZGA 2V5DA 2EPMX 3AXXA 4NRSA 2VCBA 9CGTA 4GPNA 3AROA 3K4DA 2CPUA 2WMIB 2UY5A 4AC1X 1ISXA 4F79A 5DFAA 5AC4A 3CH9A 2Y5EA 1RP9A 4WJXA 1ZBCA 3WH9A 3U5UA 5CSYA 3WUBA 1O6IA 3L4TA 4U2ZA 2VTFA 1LL6A 2X09A 4AZCA 3WNPA 3PZVA 1QBBA 4JFSA 1JZ4A 2BS9A 3ALGA 1UD5A 2IXUA 2ZWYA 1FOBA 1LWJA 4Y7EA 2FH8A 1QNPA 2WAGA 1W1YA 4D6HA 4MADA 3MKKA 4P8VA 3PZQA 3WNNA 2J4GA 2VI0A 4X0VA 2PWEA 2DT2A 1XCWA 3B9EA 3TTOA 3VX1A 2YDSA 7CGTA 1E1EA 5CSUA 3GYCA 2CNCA 4KRTA 1JL8A 4V28A 1UQZA 1H5VA 3NDYA 5M03A 4Z2GA 3OBAA 1EDGA 1NWSA 1RP8A 2CKSA 2J7CA 2VR4A 4PMQA 3W38A 3FAXA 2D24A 3AIQA 1MW1A 5A8QA 1DWHM 3B9DA 1H41A 3RM9A 1E0XA 4D72A 2WKLA 4ZEPA 4DUWA 2VNCA 3VVGA 5FOOA 3WD4A 4W84A 2E9BA 4B16A 4UQBA 1U33A 3AS0A 1V02A 2XIIA 2CBJA 1G5AA 3KZSA 1WZAA 3PZTA 1PZ3A 2C7FA 1PBGA 5A3HA 2Z1SA 5D8ZA 1BYDA 1JXJA 2JF7A 5E9AA 1UWTA 4TVCA 3RDKA 1JZ6A 1KXTA 5D9MA 2XM2A 8A3HA 1RD6A 2WHMA 3W28A 3AICA 4HZ8A 2DEPA 2W67A 5LYRA 3VDAA 2W5FA 1BPLB 2ZUNA 3U57A 4HZ6A 4WIWA 1QW8A 4U5IA 5BROA 1DEDA 1UD6A 3ARRA 4Z2JA 2PBGA 1CXFA 2WMGA 3A6OA 3AMDA 1CECA 3BGAA 4K68A 1GVIA 3FHAA 2QPUA 2E3ZA 1YHTA 4LYQA 1W2PA 3EDFA 3HMCA 4W93A 4L4PA 3VGHA 2XWDA 2J62A 4J3XA 1UWRA 2V3EA 5BXPA 3VGGA 2J7DA 1J18A 2WM0A 1CXLA 1HVQA 3A4XA 2YLLA 4OBSA 4KRUA 2VUYA 4P7LA 1OIMA 1UD3A 1VENA 2GFTA 2YDRA 3EDDA 4M8UA 4UQ9A 1J0ZA 4WLCA 3VIMA 3ARWA 3WQ5A 3WH7A 4UFMA 2TAAA 2VRQA 1VAHA 4HP5A 2CETA 3BAYA 2FGLA 1ZU8A 3ALFA 1XH1A 4Q22A 1C8QA 3VO0A 3T09A 3T2OA 4MNJA 4H8VA 3CMJA 3ARVA 1ODUA 2CKRA 2JFEX 3OIHA 2EPLX 1CZ1A 4GO9A 5CG0A 4C7DA 3N15A 3SCQA 3FW6A 3CIVA 3BCFA 1OM0A 1WCGA 4M24A 3PZIA 2GJXA 1D2KA 2CITA 5JBEA 4GIAA 1E6ZA 4HOXA 1N82A 2WHKA 1C91A 3AXHA 4CD7A 2EPOA 3VKKA 2YJQA 5I6SA 4PYSA 3S6TA 1W2VA 2CEQA 1DWIM 4UFHA 3WDHA 3KE0A 1GONA 4NRRA 1PX4A 2DDXA 3VMOA 2ZUWA 4UQAA 4DUXA 2O92A 1Q4NX 4AIUA 4BS0A 5FKYA 1QW9A 2WC3A 3CUFA 3QOKA 1ISWA 4GKLA 1UH3A 4BQ2A 1CXHA 1D3CA 1XYZA 1GPFA 1OT2A 5FIPA 3MS8A 2RGMA 4IISA 5ABFB 1WZMA 1J12A 1M01A 2BV9A 1HJQA 4AIOA 3PBGA 1GQJA 1KWKA 3TA9A 3WQWA 2X1IA 1EO7A 2DIEA 3IJ9A 4TX8A 1AVAA 1F4HA 4W5UA 3BCDA 2QLYA 2O9PA 3CZKA 3D5HA 2BY1A 1WO2A 2E8ZA 4UOQA 4FLQA 3L4ZA 3GH4A 2VX4A 2QV4A 3AJ7A 1JZ5A 1W3LA 2CXGA 1VIWA 4FLRA 5A94A 4PMZA 1VJZA 2CBVA 1EDQA 5A1AA 1UR1A 2G3MA 3PZ9A 4OOUA 4JHZA 3WF1A 1M53A 1SYTA 2J7HA 5E09A 2Z1KA 3TP4A 4F8XA 1PIGA 4AYSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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