1HJWA

Crystal structure of hcgp-39 in complex with chitin octamer
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure and Ligand-Induced Conformational Change of the 39-kDa Glycoprotein from Human Articular Chondrocytes
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE-3 LIKE PROTEIN 1
molecule tags Sugar binding protein
total genus 125
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1hjwA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1hjwA01
1BHGA 1WE5A 5DF0A 2D2OA 4PTXA 3ALFA 3VIPA 1TA3B 3RM9A 1Q6CA 2O9PA 4PMVA 3NJ3A 1LLOA 2VZTA 3VDHA 3ZJKA 3VNYA 5D9PA 1G5AA 4J3VA 3W25A 5AC4A 3HN3A 3FAXA 3N15A 4AC1X 5M5DA 1HL9A 3GTNA 4UQAA 3AIBA 2D0FA 1PX3A 4DWSC 1MFVA 1KFWA 3SUUA 3W26A 2WHKA 2OSWA 4PCSA 2WNWA 4H8VA 4GXPA 2WBKA 3WD2A 3WL1A 4QP0A 5JIWA 1C8QA 3TONA 3AHZA 2BS9A 4PRWA 2W63A 2VX5A 3SCVA 2G3NA 3L4UA 1XHGA 3N1AA 2XVLA 1UR8A 4JKMA 3PTMA 4BCEA 5EFFA 2WPGA 1GQIA 3WELA 2D24A 3SURA 3PTQA 1JYNA 2CXGA 2VRJA 2W5FA 1UR4A 1M01A 5D4YA 2GUYA 2VRKA 4HU8A 1AVAA 3OLIA 4W5UA 3AXXA 3LPPA 5FOOA 3WFLA 4UTFA 3WN6A 3PZVA 5DFAA 3WH9A 1C3FA 3VILA 5ABFA 2YL8A 3ARVA 3ZO9A 3AIWA 5E6ZA 1EDTA 3CMGA 2ZX9A 3W81A 4AISA 4D6DA 8CGTA 1WDSA 3VD7A 1QNOA 1ODZA 1XV8A 2XVGA 4W84A 5I2UA 1JIBA 2WZEA 4V2XA 5ABEA 1J11A 4RE4A 1HJWA 2VZOA 1HIZA 2AOSA 1WDRA 1PIGA 5D9NA 3M6DA 4CD7A 2ZXQA 3U5YA 3APGA 1BF2A 3PZUA 1EGZA 2A3EA 1AQMA 1BYBA 2XIBA 4B15A 2WYSA 4BQ3A 4JFSA 4M80A 5AYIA 4CUCA 1JYVA 4LYPA 3VDBA 1KQYA 2DSVA 5KEZA 4Q22A 3CTTA 3EDFA 1CGYA 1HL8A 3IK2A 3EDEA 4LQ1A 3VIIA 9CGTA 3N04A 1CPUA 4XB3A 4AD3A 3F5LA 2VVSA 3PZGA 3T2QA 1E6XM 1MXGA 2DIEA 1GCYA 2OSXA 1W9DM 3AIEA 3WUFA 2CHOA 1GNXA 3CO4A 1OT2A 3EYPA 3AQUA 1NARA 1B2YA 3N17A 5A2CA 3SCTA 5A8OA 1HP5A 1W9UA 1LF1A 1D7FA 4EKJA 2F8QA 3UCQA 4P7NA 1EO7A 4HA3A 1WNOA 2EPMX 1Z32X 2PF0A 1E55A 3OG2A 4RE2A 3MMWA 1K9DA 1X6LA 1K9FA 4E4PA 1JL8A 1RD6A 4TUFA 3VIHA 4CU8A 4PN2A 2BY0A 3CH9A 5F7UA 4ZXLA 1TR1A 1W32A 5M3WA 3I3BA 1V3KA 1HVXA 2D20A 3NSMA 3BC9A 3L4YA 3WY1A 3K8LA 3BCDA 3ZT6A 4P8WA 3VX1A 1XSJA 1XYFA 3CZEA 1C7TA 5C71A 4AZCB 1Q6EA 4D6EA 5IDIA 4KRTA 1H2JA 3I3EA 4OUEA 2PWGA 4KH2A 4WLCA 3K1DA 1UKPA 4DWSA 3VIFA 1US2A 1EIBA 4MAZA 3CHCA 5KZ6A 4V28A 2WHMA 2XWEA 1PZ3A 1PZ2A 1VENA 5DMYA 3AMLA 4HZ6A 3ARQA 3PZQA 4ML4A 1DWAM 2WB5A 4KWUA 1MXDA 3B9AA 1VJZA 1UWRA 3W29A 2DIJA 2ZX6A 4JHOA 2EEXA 4MJ2A 2J77A 2V5DA 1LL7A 4D1IA 1UD8A 2WMFA 4QFUA 1QHZA 2D0HA 2E40A 3VVGA 2XIIA 7A3HA 3WMSA 5FD0A 3WF3A 1E3XA 4EK7A 1GOWA 1JXJA 2CBIA 4TVUA 3WDQA 3NUKA 2WMIB 4CN4A 2JEPA 3WNMA 1C8YA 3PZMA 5A3HA 4WSJA 2E4TA 1UQZA 5E70A 3ARYA 3POHA 4B9ZA 1HKIA 2DPEA 2J7CA 1VEMA 2J8GA 1CXLA 5I78A 4Z2LA 3CZKA 4QLJA 1JAKA 2BY2A 3SEPA 1QHPA 2EPOA 3VINA 1GOOA 3EMQA 2F61A 1Q4NX 2EQDA 1JYXA 4FLOA 3KE0A 2C8NA 2XUCA 2G3JA 2QLYA 4EE9A 1X1NA 2XJ7A 1QBBA 1HJXA 2CBJA 4HPHA 4CVUA 4GQRA 3QHOA 4GO8A 4PBGA 1JZ4A 1ITCA 2GJXA 4IUGA 2XM1A 3OGRA 2DT3A 2X0YA 1HKJA 4CU6A 1UG6A 5CJ5A 2D0GA 1E56A 3WQ5A 4HZ7A 4K68A 4N42A 3VIJA 3VNZA 1KR1A 3PZOA 4JFVA 4W8AA 3THDA 5GNYA 1MFUA 3ZR5A 1H4PA 2PWEA 3ZT7A 4CGTA 3A6OA 1CXKA 2CNCA 3DECA 3BAJA 1KXQA 1H3GA 1DWIM 4HMCA 2Z1KA 1A3HA 2W91A 1QI2A 2VQTA 1RP9A 3CHEA 3FW6A 5AYBA 5HBFA 2YL9A 1E9LA 3WEZA 1UWUA 2OYLA 3DYOA 4OJYA 4AZGA 1VAHA 4W85A 5CQ1A 5DT5A 4W7WA 1WZKA 1OWQA 3GDBA 1M7XA 2XM2A 3KL3A 2G8ZA 2JALA 2WCSA 2W62A 2JIEA 4NF7A 3S2CA 1HN1A 1JFXA 2WM0A 1V02A 4ZE4A 2VJXA 1BAGA 1CGTA 1HKMA 2XG9A 2YL5A 1E5NA 1B9ZA 1CXHA 3VGGA 1E0VA 1BYAA 4CD6A 4FLRA 1H0IA 1ZL1A 3WNLA 2DH3A 2WCGA 1OIMA 2UY3A 4BS0A 2G4FA 2XWDA 3TP4A 4AEEA 3T0BA 2PWDA 4UQ9A 4ZXOA 5I0DA 1US3A 1UWQA 4M24A 4H2CA 2JFEX 3L2MA 4R27A 1VFFA 2VTFA 5A95A 2WZIA 5ABFB 3CUJA 4JFWA 2OWCA 4IM4A 1UR9A 3MUIA 3RPMA 1PJ9A 1J01A 1VBUA 3BCFA 1O6IA 4HMEA 4WKAA 3VDAA 2CHNA 4P8VA 5EFDA 4JHZA 3ZR6A 4YHGA 4MADA 2WC7A 2A3AA 3T0DA 1W9BM 3PZNA 1XH1A 3ARSA 5I77A 1P6WA 1VFOA 4MB5A 2WC3A 4GINA 3LPOA 4J28A 3VU2A 3OB8A 4AXNA 1UOKA 1V6VA 4DUXA 4L4OA 2J8FA 5BXSA 3EMZA 1CWYA 1XD0A 1C90A 3TA9A 3ZQ9A 4M1RA 3NSNA 2CBUA 1UH2A 1V02E 1G1YA 5I23A 4XX6A 3L4XA 1VEPA 4CD4A 4KGJA 2BVTA 2AAAA 1XCXA 4OBSA 1YHTA 2IUZA 1JNDA 4AW7A 1EOMA 1FH8A 1XH0A 1KBKA 2CCRA 1V0LA 1J9YA 4PMDA 3LPGA 4ATWA 3GH5A 5A6BA 5IXEA 3ARZA 4X9YA 1KGXA 1CBGA 1QVBA 1TCMA 4FLQA 5A94A 1EQPA 2VZUA 5BCAA 4PTVA 1UA7A 1VBRA 4AZHA 4WJXA 2E8ZA 2C7FA 4WKFA 5FCZA 2GK1A 1EOKA 2WLZA 3CZ8A 5TD4A 1CLXA 3HU7A 1JI1A 1XC6A 1LQ0A 3B9EA 2E3ZA 4HTYA 5EBAA 5A1AA 1E71M 1M04A 5ABGA 2DGAA 2XYLA 4MTVA 3A4WA 1B3WA 1GHRA 1NWRA 1R7OA 1V6YA 3CUIA 4A3YA 4MAVA 1KXHA 4DUWA 4ZE5A 1W1TA 1W3JA 3ZJ6A 3BAXA 1TG7A 1PIFA 3VUPA 1J0YA 4UCFA 1PBGA 2OWWA 2WXDM 4W93A 3ARRA 3GXMA 1GQJA 1OBAA 1UD6A 1V3LA 2G41A 4H7VA 4D6CA 3II1A 1CXEA 3VIKA 5BWFA 4AZIA 5D9OA 3ARUA 3KZSA 5E0FA 1B31A 2J25A 1ZS2A 1J0ZA 1MQQA 2HVMA 3AZSA 1J0IA 3U7VA 1JZ3A 5JIPA 3G6MA 2BNJA 4GIAA 4DWSB 4AZ6A 3GBEA 4TX6A 2YA2A 1E4LA 2ZX8A 1C8XA 3KWXA 3WNKA 4H04A 4AD1A 4H8HA 2YLAA 2V3GA 4CN6A 2VURA 4MNLA 5GPRA 2WCAA 4M82A 1E4NA 4J3XA 3TOPA 1LWHA 3PHAA 5LA0A 3DYPA 2DSUA 3THCA 1Q6GA 2EO7A 2DSKA 3OZOA 3TTOA 3NIYA 4Y7EA 4HMDA 4PMUA 2D3NA 4JAWA 5JBEA 3F5JA 4BZYA 1X6NA 1VRXA 1B3XA 3DC0A 3WQ4A 1FA2A 1E15A 2DT0A 4UQEA 5FKYA 3CPUA 1OM0A 1VF8A 2FHBA 4GKLA 3POCA 3W27A 4B3KA 2ZICA 3L4ZA 4BQ2A 4FK9A 3VD9A 1K6AA 2ZX5A 1L0PA 3W24A 1XD1A 1GJWA 3M46A 2J62A 3K8KA 1NP2A 5E0CA 1ITXA 3VD3A 3BAIA 4MDPA 2E8YA 4PUDA 2W67A 3BSGA 1JDAA 3ZOAA 1KWKA 1LJYA 1GPFA 2WWCA 3N12A 4GI9A 2UWFA 6TAAA 2CEQA 5EB8A 4Z2KA 2Q8XA 4AD4A 3WQWA 2CKSA 3CUHA 4OKDA 4CN1A 3MUZ1 2PWFA 2EPLX 4D6JA 3NDYA 1OD8A 2PBGA 4AIUA 4LGXA 4B16A 1HXJA 3MKKA 3ARPA 4MPKA 1BG4A 3ARWA 1WZAA 2J4GA 1ESWA 3BAWA 4C7DA 2BHZA 3W37A 3GXDA 2GJXB 1J0KA 2JF7A 2BHUA 4GO9A 2J7EA 4N0RA 1UR1A 5HXMA 4D1JA 1H5VA 2YDQA 2WKGA 1E4IA 5I5RA 1LG2A 3WQ6A 4DUVA 2AMGA 2ZUVA 3MMUA 2ZUSA 4Z2GA 1PPIA 3EDKA 1UWIA 1CXIA 3AS1A 1FFRA 3K4AA 4HA4A 3SCQA 1IZJA 2EJ1A 3WD1A 1R87A 5CXPA 5IFPA 4AMCA 1UKQA 2Y2WA 3SCUA 3WMBA 3WUEA 1E0XA 1E43A 3MSGA 4ATLA 3IANA 2X05A 3WF4A 5M17A 5GNXA 4LYQA 1NWUA 5I3DA 3MS8A 3WUGA 3UESA 2F2HA 3N9KA 1JZ8A 1ZBVA 3FHAA 3WKZA 1GZJA 3AMDA 3VIOA 2JF6A 4UFJA 7TAAA 1QW8A 4OOZA 4B3LA 3RM4A 4IPLA 2TAAA 2NW0A 1FH7A 3T08A 1HT6A 1DWHM 1CGXA 5CGMA 1J0JA 2EBNA 4F9DA 3WD0A 3MV01 1V6XA 1JDCA 1KQZA 3VDCA 2QPUA 3W53A 1XYZA 3GBDA 4AEFA 1CIUA 2DQXA 1B3ZA 3VGDA 1KXTA 2J7DA 4PEEA 2VI0A 1DWFM 4GZEA 3RM8A 2IXUA 3WQVA 3AROA 4H41A 3UG5A 1H0GA 4TTUA 5D8WA 2VR5A 3ZM8A 2C0HA 4H8UA 2ZUMA 1TVNA 5E6YA 2WSKA 4C7FA 2WK2A 1E6ZA 4UOQA 3WF2A 1B1YA 1DWJM 3CZGA 2WANA 1W1YA 1TUXA 2YBTA 4DWSD 3O9NA 2A3CA 1B3VA 1E1FA 3WDIA 3WH6A 5BROA 4Z2IA 5ECUA 3OIHA 3WF0A 4HU0A 1QOXA 3K46A 1GOQA 4CCEA 1I1WA 1W2PA 1NP0A 2XFYA 3WF1A 4BQ5A 3ZIZA 4W87A 1CZ1A 5A2AA 2ZXDA 3O6AA 1ECEA 4F8XA 1SMDA 3B9DA 2BHYA 1UWTA 1IV8A 2GSJA 4W5ZA 4GQQA 1ZJAA 3CHDA 1BLIA 2B31A 4URIA 2YLLA 3VIGA 2QMJA 1VFUA 1A47A 1UA3A 3WH5A 2W92A 2X8RA 3QGVA 1EQCA 4GI8A 4OBRA 2WVVA 1CNVA 4PMQA 2E0PA 3L2LA 4M56A 4JKKA 1NWTA 1C91A 1YQ2A 2V38A 1JD9A 4FLSA 4QLLA 2O9OA 3VGEA 1K9EA 1ZBWA 1E0WA 4JIEA 4LYRA 1VFMA 2XVNA 3FHQA 4CU7A 1JDDA 2QV4A 4UOJA 2CBVA 1CTNA 4OZOA 3KEHA 3WNPA 1WDPA 1Q6FA 1BVZA 2GK1B 2DT2A 1GONA 1KGUA 2OYKA 2VX4A 5A2BA 3ARXA 2GVYA 1D3CA 3J7HA 3GXFA 1UZ1A 5JBFA 1CXFA 1CECA 1HKKA 4B9YA 3CZLA 4M81A 1HJSA 2BXZA 4FF5A 1WAWA 2G3IA 2J74A 1U30A 3RJXA 2XGIA 2WBGA 3CIVA 3VPLA 3TTYA 1NM9A 1E6RA 2X0HA 5LA1A 4E2OA 2ZIDA 2W66A 5EMYA 2OLHA 3WNOA 2DT1A 3AIQA 5DT7A 1FHDA 3WUBA 1E40A 1M53A 1HF6A 3WQ8A 1AQ0A 4RE3A 1BGGA 2ZXBA 2VCCA 2Y24A 1V6WA 4P7QA 3DHPA 2PC8A 2D1ZA 2ESCA 1JGIA 1JYWA 1EDQA 3DYMA 1C92A 3UR8A 4P7LA 3AHXA 3SCSA 2ZE0A 2CESA 1G01A 2YKKA 3N18A 3WMCA 1V6UA 2J7FA 3SCNA 1FOBA 5BYWA 2WWDA 1K9TA 1G94A 3M7SA 2BVDA 1W1VA 3RO8A 3BMVA 4JL2A 5C70A 1E70M 2YDSA 2YL6A 4UZUA 1JZ6A 5CGTA 1ISZA 3SUVA 3EDDA 1AQHA 1GJUA 1H1NA 3WDPP 2FHFA 3WDHA 2YDRA 4S3JA 3CGTA 4UFLA 2QHAA 2DSZA 1E6SM 1D2KA 3B8SA 1CGWA 4TX8A 2FDMA 1R7AA 1W91A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2Q8Z A;  1HJU A;  2CPU A;  3HPA A;  1QNS A;  4G7E A;  4N9C A;  4LJ3 A;  5DO8 A;  4IL2 A;  2GUB A;  3QQ1 A;  1EP3 A;  1QPR A;  3ZJ7 A;  4JR5 A;  4U86 A;  1UWS A;  4DF0 A;  4XZL X;  3W86 A;  1XLI A;  1EXB A;  4NNC A;  1T5A A;  4MB4 A;  4J4N A;  1RJQ A;  1BPL B;  4KBX A;  1PZ0 A;  3UT0 A;  3UI4 A;  4A3U A;  3AHT A;  3FY1 A;  1TPV A;  1T7L A;  4CNT A;  4W7V A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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 3ARV A;  3ZO9 A;  3AIW A;  2M1I A;  5E6Z A;  1EDT A;  3CMG A;  2ZX9 A;  3W81 A;  4AIS A;  4D6D A;  8CGT A;  2PV1 A;  1WDS A;  3VD7 A;  1QNO A;  1J4I A;  1ODZ A;  1XV8 A;  2XVG A;  4W84 A;  2AWG A;  3ODK A;  5I2U A;  1JIB A;  2WZE A;  4V2X A;  5ABE A;  1J11 A;  4RE4 A;  2XP8 A;  4ODR A;  3O5M A;  1HJW A;  2VZO A;  1HIZ A;  2AOS A;  1WDR A;  3IK8 A;  1PIG A;  5D9N A;  3UQI A;  3M6D A;  4CD7 A;  2ZXQ A;  3U5Y A;  3APG A;  1BF2 A;  3PZU A;  1EGZ A;  2A3E A;  1AQM A;  1BYB A;  2XIB A;  4B15 A;  2WYS A;  3O5Q A;  3CGN A;  4BQ3 A;  1FKD A;  4JFS A;  4M80 A;  5AYI A;  4CUC A;  1NSG A;  1JYV A;  4LYP A;  3O5D A;  3VDB A;  1KQY A;  2DSV A;  5KEZ A;  4Q22 A;  3CTT A;  3EDF A;  1CGY A;  1HL8 A;  3IK2 A;  3EDE A;  4LQ1 A;  3PRB A;  3VII A;  9CGT A;  3EY6 A;  3N04 A;  3CGM A;  1CPU A;  4XB3 A;  4AD3 A;  3F5L A;  3TDB A;  2VVS A;  3PZG A;  3T2Q A;  1E6X M;  1MXG A;  2DIE A;  1GCY A;  2OSX A;  1W9D M;  3AIE A;  3WUF A;  2MLX A;  2CHO A;  1GNX A;  3CO4 A;  1OT2 A;  3EYP A;  3AQU A;  1NAR A;  2XPB A;  1B2Y A; 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