1HJWA

Crystal structure of hcgp-39 in complex with chitin octamer
Total Genus 125
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
125
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
publication title Structure and Ligand-Induced Conformational Change of the 39-kDa Glycoprotein from Human Articular Chondrocytes
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE-3 LIKE PROTEIN 1
total genus 125
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1hjwA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1hjwA01
1OB0A 3ARWA 2ZUVA 1BYBA 1WDQA 5D8ZA 1NP0A 4OIFA 2DT3A 1XHGA 2VCCA 3W53A 1HNYA 4AWEA 4ACZB 2YL6A 4U3AA 4BS0A 2CERA 2EPMX 4CU7A 5CGTA 4XUYA 4PRWA 1C92A 4P7LA 3HMCA 4UQAA 2WC7A 3WL1A 1VFOA 3TONA 4JKMA 4JAWA 4JKKA 1W1YA 1J12A 1DWGM 5I5RA 1V6WA 1E56A 1UR1A 2XVPA 2XYLA 2G4FA 2YDSA 1C7SA 1CIUA 3VM7A 3WUGA 2XJ7A 3ARSA 1BLIA 1WZLA 5A6BD 2PI6A 1FA2A 2WSPA 1JG9A 1JYNA 2WAGA 3VNZA 1X6NA 1EDTA 1V0NA 2CXGA 5IDIA 3NYDA 4UQ9A 3AZRA 4B16A 5IFPA 4J3WA 5BCAA 2J7BA 3ZIZA 3SIMA 3RILA 4KRUA 3AS2A 4PMVA 2QPUA 3UG4A 3POCA 1K9DA 1AVAA 3BH4A 1E6ZA 3ZMRA 3BSHA 1OT1A 3W26A 2BHYA 1JDAA 1NOUA 4P7RA 1ISYA 1QI0A 3VIJA 1HL8A 1HXJA 3K46A 1UKTA 3OGVA 1HKIA 3ARYA 1V3KA 4MNLA 4W7UA 3WMSA 4L4PA 4DUXA 4Y7EA 1Q4NX 5LA2A 1H11A 3N9KA 2VX6A 3N18A 1UZ1A 1JYVA 2UY3A 1GOQA 3OZOA 4M82A 1D7FA 2D2OA 5A8QA 1ISVA 2X05A 2W66A 4GKLA 2VL4A 4MNMA 1DP0A 3M7SA 3IJ8A 1F4AA 2F8QA 3VIHA 5CLWA 1E4NA 1TR1A 3SCSA 5CJ5A 1NOWA 1JZ6A 1MQRA 1H4PA 2E8YA 4Z2LA 1ITCA 4P7NA 1JYXA 2YKKA 3POHA 5I77A 2FH8A 3OG2A 1MW3A 3NIYA 4CD4A 1DWHM 2VCBA 3OBAA 1I1XA 3PZUA 4QCEA 3AISA 2WWDA 1W9PA 1M04A 4HPGA 2WM0A 3QOKA 2HVMA 5HXMA 4D6DA 1JD9A 3SCUA 2WSKA 5D8WA 1GCYA 1BG9A 1BHGA 2Y2WA 4S3KA 2WKGA 5DF0A 1UH4A 5JH8A 2FH6A 1XSIA 2OWWA 3SCPA 1JZ3A 4DWSB 4P7OA 3T2OA 3BCDA 1ISWA 5AYBA 4IM4A 4IPNB 1ZS2A 3VIIA 4UQBA 5A6BA 3IK2A 1P6WA 1ITXA 4B9ZA 4HOXA 1UYQA 2YL5A 4BQ5A 1NM9A 1Q6DA 2JFEX 1AMYA 4AZ6A 4AZCA 3AXIA 2X0HA 4U33A 5LA1A 1UWSA 1L8NA 3WNOA 3LPFA 3RO8A 4MB3A 4UZSA 2XSAA 3WF4A 4AD2A 5HNNA 2GJRA 4TTGA 2YDRA 5A6LA 1JGIA 4OOUA 3FAWA 3OLEA 4PSPA 4F79A 3A4XA 4W86A 1GOIA 2ZX6A 3AS0A 4HZ7A 3UETA 3RM9A 1E6SM 4ZXLA 4F8XA 1J0IA 3QHNA 4FLQA 4AEEA 1FP8A 2XVLA 1UR2A 1DTUA 2FGZA 3GNPA 4WLCA 4AC1X 1QPKA 3VKKA 3GH5A 1XYZA 3BAIA 2CNCA 5TD4A 1M01A 4IPLA 3UERA 3AHYA 1W1TA 4P7QA 1JDDA 2OSWA 1V03A 5CQ1A 5FKYA 1US2A 1OIFA 1E73M 5JUVA 1QHZA 2WMGA 3L4TA 4PMUA 3VDCA 1CXLA 4D6IA 2GJXA 1UQYA 3SCWA 2PC8A 3DHUA 1WAWA 3WMCA 3GH4A 2X2YA 3E1F1 3VDHA 4HZ8A 2WVVA 2PWGA 1UUQA 2E40A 3GYCA 3VTRA 2QMKA 3I3DA 1V6UA 1GHRA 5C71A 2W4XA 1WDSA 1JF5A 4GXPA 2ZUTA 1HN1A 3FHAA 2ZWZA 3WD3A 2WPGA 1OD0A 4HZ6A 4W5UA 4U5IA 3AIQA 2VQUA 4CCEA 3BAWA 5A94A 2EO7A 1HJXA 4PMXA 2VJXA 4PBGA 2J7FA 4CN1A 4MJ4A 2E3ZA 3VDAA 2V5DA 1HKKA 1V3HA 1W9XA 4W84A 3PZNA 2WW5A 1WKYA 1NWRA 4AW7A 5BXRA 1AQHA 5HPOA 3WH7A 3AFBA 2QMJA 4PUDA 1W91A 1HKMA 1GJWA 3L2MA 2XHYA 4DWSC 5IXEA 3GNOA 2Y5EA 2DDXA 2VO5A 3PN8A 1PZ3A 3VD9A 5A6SA 1TFVA 2GDUA 1G01A 3VGEA 1GHSA 1I1WA 5LA0A 4RE4A 1UKOA 4CD5A 1KBKA 2WNWA 4AZ7A 4UZUA 2WCSA 4MNJA 4M81A 1WPCA 3SUTA 1LL6A 3T2QA 1UWRA 2YA0A 3BGAA 1E3XA 1UR8A 2J7EA 3GXIA 4V28A 2A3BA 1TVPA 3PBGA 4YHGA 5EB8A 1UOKA 3WEOA 4W89A 1O6IA 3MMUA 3ZSTA 1TZ7A 1J0HA 4UFIA 4QAWA 1NARA 4OUEA 3VM5A 4UNIA 4PMYA 2OYLA 3RPMA 3EDJA 3WKZA 3WQWA 4V27A 1A47A 4TVCA 2Z1KA 4QLLA 1WDPA 1WZAA 3WH8A 1HJWA 2WKLA 2VVSA 3KEHA 1QNSA 2YLAA 3CUJA 3BXWA 3AXXA 4UFMA 1WCGA 1MW2A 1H2JA 3HJEA 1OT2A 5DEZA 3VUPA 2WVSA 2W62A 5I78A 2MANA 3VO0A 4PTVA 1EQCA 2EBNA 5D9OA 2ZX5A 3PTKA 3VIFA 2VZSA 6CGTA 4OKDA 3AJ7A 1R85A 4XZBA 4LX4A 1PIGA 1W3KA 2PWFA 2CYGA 1BPLB 1RP8A 3MUY1 1LWHA 4FK9A 3VOCA 3AMDA 2BHUA 3AMGA 2D3LA 4UFJA 2F61A 4UQCA 1EOKA 5HOSA 1KBBA 3TTSA 1FH9A 1FHLA 1ISZA 4FLOA 2G3IA 4MB5A 4B9YA 3MSGA 4AZGA 5GQBA 1PBGA 3L4UA 1JFXA 1PX3A 2WK2A 4HMEA 4D1IA 2F2HA 4JFTA 4YHEA 1VRXA 2CETA 3N15A 1E6RA 4JFUA 4ACYA 3AMKA 3OLDA 5GNZA 3WQ8A 1H5VA 1ZJAA 2WZHA 3AHZA 3EMCA 2VQTA 4HA1A 4PSRA 4KH2A 3CHFA 3CMGA 3VD7A 4R5EA 5BRQA 3UR7A 2BNJA 1XH2A 1EHAA 3W25A 4J28A 4F9JA 2QPSA 1VBRA 4FLRA 4TX8A 2QF8A 2J25A 2ZUMA 2AMGA 4AIEA 3WEMA 3VD4A 1E55A 2WHJA 1GOWA 1B3ZA 3MMDA 1W9DM 1W3LA 3THCA 1ZBCA 4AD4A 1CWYA 3VIKA 5EFDA 4LXFA 3O6AA 3DC0A 5DO8A 2VMFA 1UHVA 2CBJA 2O9RA 1B3WA 1XCXA 2YA1A 2TAAA 3QHMA 3WUFA 2GFTA 1OIMA 4OBRA 5KZ6A 1FFRA 2JEPA 1HT6A 1KQZA 4MNKA 1KWKA 3AYSA 1LL7A 2WMKA 1O7AA 1HP4A 1GUVA 3ZSSA 5AY7A 3CLWA 2JF6A 1Y7VA 3SCTA 3FN9A 1DWAM 1DWFM 4C7FA 4UFHA 3AHTA 3GDBA 4FF5A 3ARPA 2PWEA 1CXIA 1EH9A 5D9PA 3BAYA 2OYMA 4N42A 5EFFA 3WBAA 5A2BA 1TMQA 4WKHA 1C7TA 1QNQA 2QV4A 3WBEA 4H2CA 3RM4A 4WF7A 1OGBA 1WO2A 2NT1A 1HJQA 1TCMA 2J62A 1UQZA 2PBGA 3AICA 3WH5A 4LYRA 3N12A 4D6GA 2DSKA 5AYIA 1ZBKA 1PPIA 5BROA 5A6AA 1B3XA 1NP2A 3RJXA 4AZIA 2W5FA 4EANA 3WUEA 5ABGA 3VD3A 3AHVA 1CEOA 5A6KA 1CGVA 4TOQA 3EDDA 1H09A 1JAEA 1C93A 5BYWA 1XCWA 4TXEA 2WBKA 3IAPA 2PB1A 2G3JA 2VVNA 1KGWA 3PZGA 5DT7A 1Z32X 2JEQA 4ZFMA 5M3WA 2CBIA 5ABFA 1EGZA 5A8NA 2VZVA 1W1PA 3MUAA 2VX4A 1V3IA 1BQCA 1W9BM 4EAMA 1VIWA 5D9NA 1D2KA 3MO4A 4U3CA 2WCAA 5D9MA 1BG4A 2YDQA 3CO4A 2G41A 1KXHA 1UH2A 1OD8A 2EJ1A 5M17A 2B31A 4UFLA 3AZTA 2DIEA 4ZENA 1DHKA 2D1ZA 4D6JA 4GI9A 3SUWA 4CU8A 4XV0A 1UH3A 2ZUUA 1NWTA 4OZOA 3A6OA 4GZEA 3SCVA 4W88A 1TA3A 3VINA 1BTCA 3PZTA 1WZMA 1WZKA 3AQUA 4H8HA 2VOTA 1HKJA 3II1A 3T2PA 3TTQA 5I79A 4FLSA 3MV01 4CCDA 1BYDA 3VIOA 5F7UA 3T08A 3K8KA 1E43A 3SCNA 1MQPA 1ZL1A 3W0KA 1QI3A 3CUFA 4D71A 4BF7A 4LYPA 8CGTA 1V3JA 2ZXQA 2YJQA 3S2CA 4NF7A 3VX0A 1OWQA 1EXPA 9CGTA 4HU8A 4BQ4A 1UA7A 2EPLX 4W87A 3QHOA 2VURA 3OLIA 1BF2A 2WWCA 3WF3A 1XV8A 3M07A 1V6YA 4H8VA 2BY0A 1PEZA 1QHOA 1W2PA 2WHKA 5DT5A 3WDPP 1JD7A 4KWUA 3AROA 3EBVA 4W8AA 1PX4A 5AC5A 1XGZA 3K4DA 5CPSA 5CLTA 2AAAA 1K6AA 1MVYA 2J47A 3ZJ7A 4LGXA 1EDGA 5HDRA 1EA9C 3WDRA 1CENA 1MFVA 1E15A 1AQMA 1U30A 3AMLA 3AIEA 4M8UA 3SURA 2EQDA 3MS8A 5JIWA 3MUIA 3ARZA 5BRPA 2BHZA 3HN3A 2QHAA 3WQ5A 3K4AA 1J11A 4CGTA 1V0LA 3AHXA 1GVYA 4JFVA 1GQIA 4ZXOA 5E0CA 2ZX7A 4W8LA 3GZAA 1VAHA 5M03A 1E4IA 2ZICA 1AQ0A 2GDVA 4Q7NA 1RH9A 1R87A 2UY4A 4DUWA 1OGSA 3EDKA 4JHOA 1JAKA 1KCKA 3U7BA 4JCLA 3ZT5A 1QI5A 2CPUA 5IHSA 1MXDA 4M24A 1VFMA 1G1YA 3IANA 4JFWA 1E71M 2WMIA 3IJ7A 2YIHA 1PJ9A 1TVNA 4PUEA 1J9YA 2CKSA 1WE5A 2E9BA 4PEEA 1S46A 3CUHA 3EDEA 4QFUA 3W4RA 3FAXA 4R27A 1JNDA 5A8PA 1V0KA 1VB9A 4W7WA 1VJSA 3TOPA 3PZVA 1W9UA 2CESA 3GBDA 2E9MA 2AOSA 2XUCA 1N82A 4M80A 4Z2HA 3AYRA 1OSEA 2EXOA 3WEZA 1KCLA 2O9PA 1DWJM 3WDJA 3S6TA 3W27A 3ECQA 1V6XA 1NOFA 3RJYA 4E2OA 5AC4A 3LPOA 1SFSA 2EPKX 1FP9A 4C7DA 4AZCB 5I6SA 1WNOA 3L4ZA 1RP9A 3VGDA 1E4MM 2DQXA 4K68A 3FXYA 2ZX8A 3ZQ9A 3VGGA 3VU2A 1QBAA 3WD4A 2WB5A 2C7FA 1OM0A 4MAZA 3BC9A 4F66A 3AIWA 3BAXA 4BA0A 4X0NA 2Y4SA 2E0PA 1X6LA 5A1AA 1VJZA 3BLPX 3CHDA 4F9DA 3NSMA 1G5AA 1UD2A 1NWSA 3EMZA 1JZ2A 3K8MA 2OWCA 1KFWA 1E0VA 1E5NA 2BY1A 2XFRA 2A3EA 2XFYA 1ZBWA 1B0IA 3ZT6A 4ZE5A 1HL9A 1K9FA 2PBOA 3ZT7A 1E6PA 4H7VA 3F4VA 1BGAA 4KMQA 5CG0A 1GORA 2E8ZA 3CGTA 4D6FA 2W67A 3VGFA 3B9DA 3L4YA 2BY3A 1H0GA 3GXFA 1SR0A 1UG6A 3AIVA 1MXGA 4L4OA 1ECEA 1HJUA 3AS1A 3ARXA 1XSJA 4JFSA 4PMDA 3CIVA 1EQPA 2XVNA 2GJXB 4NRSA 2ZXAA 2NT0A 4AIUA 1VFFA 4W85A 1VFUA 5A3HA 3GTNA 3ZR5A 3CUIA 4MTVA 2GK1A 2WVVB 1UR0A 2OYKA 1QVBA 3SCQA 2CEQA 5FL1A 4DM1A 1MWOA 1QW8A 1JZ5A 3NDYA 4OBSA 4PMQA 2GUYA 3B9EA 1CBGA 2UWFA 2W91A 1LL4A 2DSVA 4ATDA 5ABHA 1W32A 1MW1A 1U33A 3NCOA 4RL3A 4CVUA 3VILA 2O9TA 4W5ZA 3CHCA 4QLKA 3BAJA 1QOXA 3AS3A 4D1JA 3WH9A 2JIWA 1EHNA 1HP5A 1L0PA 2BY2A 3ALFA 4H04A 2FHFA 1CNVA 3W6LA 1B3VA 3VPLA 3BMWA 4NSBA 5I23A 2O92A 4JKLA 1E40A 3PHAA 2BFGA 4A4AA 2FDMA 3CZLA 1SMDA 1ZU8A 5JBFA 3OB8A 5A6MA 2WLYA 3T09A 5CPTA 3EMQA 2WANA 2FGLA 3TTOA 4D72A 2XIIA 4W8BA 2X1IA 3M46A 1XSKA 4CVWA 1R86A 2V5CA 4GO9A 2IXVA 3MMWA 2XTKA 1G94A 4MAVA 3WF2A 3MSDA 2D3NA 4P8XA 4MPKA 3ARUA 4BZYA 1BVNP 2W63A 2ZX9A 2WHMA 2GSJA 1KXVA 2X8RA 2DT0A 3NUKA 2XM2A 3ARQA 2XWEA 3WF1A 3WDQA 2WXDM 4EE9A 3I3BA 2VRKA 4N0RA 1OCQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3OZO A;  3MPG A;  4GKL A;  4JN8 A;  3LSC A;  3URN A;  4DBW A;  2F8Q A;  1TR1 A;  2PRL A;  4QSF A;  5HWN A;  3V3W A;  1H4P A;  3DAQ A;  3UXK A;  3NR0 A;  4P7N A;  2YKK A;  3KCE A;  2HK0 A;  2FH8 A;  3G1Y A;  4CD4 A;  1DWH M;  3MC5 A;  1I1X A;  3UR5 A;  2QF7 A;  4OBT A;  2ZC8 A;  1W9P A;  3KVK A;  3RK8 A;  1W1I E;  1IR1 A;  2WM0 A;  1QCW A;  4AH7 A;  1JD9 A;  3Q67 A;  1GCY A;  3DKL A;  2QCE A;  4FI4 A;  4S3K A;  1HW6 A;  5DF0 A;  2D2J A;  1CB7 B;  1YDY A;  4DWD A;  1OX6 A;  2ZTJ A;  5A6B A;  3HIJ A;  4HOX A;  3H53 A;  3HF3 A;  1NM9 A;  2PDH A;  4AZC A;  3AXI A;  3M64 A;  2X0H A;  1THF D;  3V5C A;  1UWS A;  3DN5 A;  4AWU A;  1AZ2 A;  3WNO A;  2PDU A;  1A5U A;  3QST A;  1XQL A;  4UZS A;  4AD2 A;  2GJR A;  2BGS A;  4GUG A;  3PC0 A;  1P6B A;  4HCH A;  3GXP A;  3I6C A;  1RV8 A;  3TDB A;  3G5E A;  2B7Q A;  1Y5X A;  3UET A;  1E6S M;  3IJI A;  1K70 A;  1XIJ A;  4F8X A;  3B0P A;  4L9X A;  1ONX A;  4IMF A;  2BXV A;  3NZR A;  5JQ9 A;  4FLQ A;  1FP8 A;  3T55 A;  1RCO B;  2HDJ A;  3LD5 A;  1XYZ A;  1X7I A; 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 4TVU A;  1KR0 A;  2PGW A;  1EC9 A;  1H7X A;  3TFC A;  2VX5 A;  1ZPT A;  1S2U A;  4H3D A;  3W7P A;  3QR0 A;  1NFG A;  3H7R A;  1UWQ A;  1SSG A;  4HYW A;  2XVG A;  5LYR A;  3THU A;  3W7L A;  4KES A;  3I3E A;  3CWH A;  4CN6 A;  2JZV A;  2FTY A;  3E0L A;  4QLJ A;  1PZ2 A;  4DF0 A;  1PCK A;  4GIS A;  2VZO A;  3DFH A;  3DEC A;  3A5F A;  3UA3 A;  4LSB A;  4W93 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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