1ZBWA

Crystal structure of the complex formed between signalling protein from goat mammary gland (spg-40) and a tripeptide trp-pro-trp at 2.8a resolution
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signalling protein
publication title Crystal structure of the complex formed between signalling protein from goat mammary gland (SPG-40) and a tripeptide Trp-Pro-Trp at 2.8A resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
total genus 117
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1zbwA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1zbwA01
2CHOA 5EB8A 3EDDA 3VIJA 1EA9C 2WSKA 5JBEA 2BHUA 3CO4A 3WD1A 4CKQA 5AYBA 2WXDM 1XYFA 5A6MA 5HXMA 2W67A 2WC4A 4HZ8A 1XYZA 2VC9A 4JHOA 2FHBA 5I79A 1EDTA 4KWUA 4W93A 4F66A 1ZBWA 3U5YA 4MNJA 1W91A 4DWSD 2YDRA 2VJXA 2J7CA 3DHUA 1R86A 4AZCA 1DWAM 4J3UA 3L2LA 4BQ4A 3KEHA 3VU2A 1QI0A 2WW5A 4CCDA 1H41A 3W26A 1UD2A 3BLKA 4D6EA 3GM8A 2QPSA 1EXPA 4D6HA 5GNXA 1Q6CA 3VGEA 1UWRA 1UQZA 3OB8A 3ZJKA 4UCFA 1BQCA 2DSUA 1J0JA 4DUXA 4QLKA 1BG4A 2XGBA 4E2OA 5I3DA 3SUSA 2A3BA 2VCAA 1ECEA 1OD0A 1AQHA 4UFLA 1TFVA 3AJ7A 3BCFA 4ZXLA 4TTGA 2W63A 1CYGA 2JEQA 2XFYA 3GH4A 4KGJA 1BYAA 1DWGM 1XSJA 3UESA 1GHSA 1H2JA 1NWTA 1XD0A 4UOQA 2E3ZA 4DWSC 4X0NA 1K9DA 1KGUA 1KFWA 3A4AA 2O9RA 3CGTA 1GOQA 2CKSA 2DSZA 1FHLA 3N11A 4FK9A 4QP0A 4UQEA 3K8LA 1G1YA 4QLLA 2C8NA 4PMVA 1KBKA 1NQ6A 3MV01 4A3HA 2VZUA 3M7SA 1UWTA 3BAWA 3BMVA 4LXFA 5LYRA 4AD3A 1XGZA 3AFBA 4P8WA 1X6NA 3VILA 4ZE5A 2X0YA 2WC3A 3ECQA 2BXZA 1EDGA 5D8ZA 3I3EA 1E0WA 5FIPA 1JYNA 2WWCA 1HJSA 2NT0A 2W4XA 3NSNA 2D0HA 5I23A 4UNIA 1UA3A 2WYSA 1V0NA 2X05A 3WBEA 2NSXA 2WMHA 2IXUA 1JZ4A 3WNPA 1BGGA 2ZUWA 4J7RA 1U2YA 5I78A 3IAQA 3OBAA 1P6WA 3ZT5A 1BSIA 3SUTA 1GJWA 2YL9A 4OBRA 3QGVA 3RIKA 5CPQA 3VM5A 4W8LA 1C8XA 5TD4A 3QOKA 4TVCA 1EQCA 3CUJA 1MQRA 1UR4A 2Y4SA 4CCEA 3SCSA 1M04A 3ARQA 4H04A 2DSVA 2WMIA 1JNDA 4W5UA 2VQTA 5CSUA 4HMCA 3U57A 3VGHA 1WAWA 1QHPA 1KXVA 4U3CA 3N04A 3AMDA 3SIMA 1G01A 1HP5A 1ZS2A 1W1YA 1B3XA 1E4MM 2BS9A 2WHMA 1QPKA 1YQ2A 2JIWA 3WSUA 2WZHA 5D9MA 3ARTA 3GXDA 1VFUA 2ZXAA 2B31A 1GZJA 4V27A 3CUHA 4LYRA 4UOZA 2XM2A 2YDQA 3K1DA 2V5CA 1MXGA 5I2UA 1DEDA 1YHTA 3VDAA 3WEOA 5E9AA 1VBUA 4PCTA 2E4TA 3AQUA 2WHLA 3WQ4A 4BA0A 1CBGA 1HIZA 2WB5A 2UY5A 3WD0A 4TXEA 3TOPA 1UH2A 2VT0A 1OBAA 2ZXDA 4UQ9A 6CGTA 3CHDA 1JGIA 2E9LA 4ATLA 2ZUNA 1MFUA 2WCAA 4MJ4A 1JZ7A 1R87A 1DWHM 1UR9A 4JCMA 3WENA 3WMBA 2UY3A 2J7DA 3WH9A 1SFSA 1K6AA 3AXXA 1GJUA 3BAIA 3FAXA 3T09A 3EMQA 1HJUA 4M8UA 2D1ZA 2XVKA 2BVDA 1KXQA 2GDVA 3VIGA 5M03A 5IXEA 2WCSA 3F5LA 1BFNA 2ZXBA 3K8KA 2VRKA 2XUCA 1MXDA 4OOZA 4AISA 1L0PA 1MW0A 3I3BA 1W1PA 1ODZA 4MPKA 3UETA 2CCRA 1J11A 1J01A 1TZ7A 2WSPA 5A8PA 1Q6EA 1UH4A 4E8DA 4U31A 1G9HA 4XUYA 5CJ5A 1PIGA 1K9EA 1CGWA 1K9FA 1HX0A 1BF2A 1LLOA 2ZICA 3AMCA 1XSIA 3CBWA 3WELA 5I77A 1H3GA 1JZ3A 1NWSA 2WMJA 3WQ6A 1JAEA 2VX4A 1QNRA 3CUGA 3DYPA 4AIEA 3TONA 1ZBVA 1QNOA 2DH3A 4DM2A 2D3LA 3IJ9A 1NWUA 1WB0A 5BXTA 1HF6A 2PB1A 5CGTA 4NZCA 1GQKA 1NP0A 1KXTA 4GI8A 1ISYA 1V0MA 4UQAA 1IT0A 4XZWA 5A69A 1XRVA 1UWUA 3UR7A 1PBGA 3DECA 3CZJA 2Y8VA 4D6FA 1W1VA 4PYSA 3WEMA 3PTKA 3CHCA 4UR9A 1ZB5A 3IK2A 4PMYA 1HL8A 3G6MA 4FLRA 2WVVA 1V0KA 4JL2A 5M3WA 3AISA 3KWXA 2Z1SA 3RJXA 5EMYA 3OGRA 1BGAA 4CU6A 1AQ0A 5EFDA 4MB5A 4KH2A 1HL9A 4HA3A 1E0VA 4Z2JA 2W61A 6A3HA 2J7BA 2D0GA 5FD0A 2FH8A 1MVYA 5DO8A 3NJ3A 1PIFA 1VEMA 1VAHA 3WF0A 4AD2A 3WUEA 1LWJA 1E15A 4W84A 5BYWA 3SURA 2D20A 1QI4A 4U33A 4N42A 1OB0A 4HZ6A 2OWCA 1M53A 3EDFA 2F8QA 1OD8A 2V3FA 4H8UA 5ABFB 4K68A 2VL4A 2DGAA 3ZR5A 1UG6A 3ZJ7A 2DPEA 1ITCA 4PMRA 4A3YA 4UFMA 1ZU8A 4JFVA 5DT7A 1VEPA 5A8NA 4MNLA 3THCA 2D2OA 1JDDA 1H11A 2YJQA 2W91A 3WD4A 4GZJA 3WH5A 5BWFA 1UKQA 2XVPA 3POHA 5I5RA 1RP8A 3VIHA 1NOWA 3DHPA 3WDIA 1UKTA 1US2A 1VFFA 4GQQA 5CQ1A 2JE8A 3MMUA 3VDBA 2XVLA 3S6TA 1PEZA 2W62A 4M24A 4H8VA 5DMYA 3L4XA 4UQCA 5BXRA 3EMZA 5A6AA 1ISVA 1HP4A 5BROA 4AD1A 3VIFA 2DT0A 1XCXA 1B1YA 4DUWA 4PMDA 1XD1A 2WHJA 1GOWA 1V6XA 1F4HA 1EHNA 1C91A 4AY1A 3N17A 3PTMA 1Y7VA 3AZTA 1JXJA 4KRUA 1KCLA 3M6DA 1TE1A 1BYBA 4GI9A 4J27A 2X0HA 4ACYA 5CZKA 3VGFA 1I1XA 4L4PA 3S2CA 1QI2A 4AD4A 4P8UA 3PN8A 3VIIA 3FHAA 3EDJA 4J3SA 3SCOA 3WL1A 2ZX5A 3FN9A 2VNCA 3D5HA 4N0RA 2Y8KA 1JNEA 1LL4A 1B3WA 3WFLA 4ML4A 3VO0A 2VR5A 3O6AA 4W89A 3ZT6A 5HNNA 2G3IA 2PWEA 1CXIA 4DM1A 1MYRA 1WNOA 2OSWA 5CXPA 2XIBA 3ZIZA 3TTQA 2E0PA 2V5DA 3WEZA 3WF4A 1TG7A 2D23A 5LA0A 3AHXA 3KE0A 2W92A 1V02E 5IFPA 1WO2A 1JFHA 3W24A 5FCZA 4JHZA 4UFKA 4AD0A 1UKSA 2J7FA 3NDYA 3MMDA 5ECUA 4CGTA 2ZUMA 3ARXA 4P7NA 1DP0A 1TR1A 3DYOA 2E9MA 4W5ZA 4HU0A 3ARZA 1HJVA 2VX6A 2WBKA 5EFFA 2VTFA 3GXFA 1KGWA 4CD8A 4D1JA 4D1IA 5JBDA 5M5DA 9CGTA 3AXIA 3AYRA 4OJYA 3ALFA 5CPTA 3UG4A 1V3MA 1E70M 4B16A 1VEOA 3BGAA 2ZXQA 3CZGA 4IPNB 2J78A 1RH9A 2XHYA 1KB3A 1NM9A 1G5AA 1QNQA 1E9LA 3RM4A 4NSBA 2HISA 3CZKA 1WZLA 3PZGA 1UUQA 3GNRA 3WMSA 1VBRA 1JZ5A 3FNDA 2E8ZA 2DT2A 3VTRA 1TVNA 2CEQA 4GQRA 4E8CA 4X9YA 4HOXA 2JALA 4M81A 2AAAA 3EDKA 5A6JA 2CITA 2X8RA 2XWEA 3AS1A 4AD5A 4U3AA 2D24A 4CN6A 1XSKA 4ACZB 3PHAA 1H0IA 3T0AA 3VDHA 3PZMA 2GK1B 3AHTA 1V6WA 4QCEA 1W9UA 5D8WA 2TAAA 2J77A 4W7UA 1E5JA 1HVQA 4FLSA 1GOMA 1QI5A 2WVUA 2EPNA 2WLYA 4MJ2A 1LF1A 2J75A 2A3AA 3TTSA 2VZVA 4CU8A 1C8YA 5A6KA 2YLLA 1WZAA 4AEEA 1KQZA 1LWHA 1E1FA 2J47A 3CIVA 4CUCA 3RJYA 1Q6DA 4KRTA 4MDOA 3CHFA 3NIYA 1FP9A 1QBBA 2ZX7A 3SEPA 2EO7A 1CGUA 3NSMA 4JFUA 4M1RA 3AIEA 2WWDA 3AICA 1UD4A 1CLVA 1V0LA 1C92A 5FL1A 3G6LA 4U2YA 2YL8A 3MUY1 4S3KA 2CIPA 3CTTA 1ZBKA 1W9XA 2WPGA 1RPKA 1W9VA 1V6VA 3VGGA 3VD4A 3BAKA 1C93A 1PAMA 5JH8A 4WIWA 1B31A 1JG9A 1WZMA 1QHZA 2CYGA 1VIWA 1WDSA 1E72M 2VRJA 1E6PA 2Z1KA 4B3KA 2A3HA 3WNLA 1MQQA 3WNOA 3NYDA 3CMGA 2UY2A 4GZIA 1E5NA 4HA1A 5CG0A 2Y5EA 1E3ZA 2E9BA 1B3ZA 4TX8A 3CUIA 4Z2IA 3GYCA 1CGYA 3TTOA 3WFZA 2YA1A 4ZENA 5A3HA 1R7AA 1LG2A 4B9ZA 3SCPA 2CESA 1J9YA 3GH7A 5IFTA 1H4PA 7A3HA 1WDPA 3RILA 2J62A 1W3HA 3AS3A 1DWFM 1H09A 4ZEPA 4B9YA 3AIVA 3SCUA 5IHSA 3VUPA 5A8MA 4L4OA 5DT5A 3WQVA 1TCMA 1CNVA 1TVPA 5JBFA 1J18A 2J79A 2XJ7A 1FHDA 2J7HA 2VVSA 1H0GA 4QDMA 4CN4A 3PZIA 4F9DA 4PSRA 2ZUSA 4DWSB 2AOSA 5HDRA 4JKLA 2WHKA 3AXHA 3RCNA 2XSAA 1V3KA 3WDJA 4MDPA 4TOQA 3NUKA 2QHAA 5CSYA 3WF2A 1S46A 1XH1A 2FHFA 3OLDA 2W5FA 4LGXA 3RM9A 1W3KA 1JFXA 2UWFA 1VJZA 5JIWA 4ZXOA 1JZ6A 2X2YA 3AHZA 5M17A 4HPHA 1OWQA 3VNZA 4A4AA 3ARRA 3GXIA 3ZT7A 4CD5A 1GVYA 3GNOA 4JKKA 3W0KA 4WJXA 3TA9A 2FDMA 1E40A 3TTYA 5CLTA 2AMGA 3VIMA 4R27A 1D2KA 1R8LA 1B90A 3OLIA 1EHAA 2VI0A 4PTXA 4EKJA 5AYIA 3VM7A 4HOZA 1WE5A 3F5KA 1XV8A 3KL0A 3L4UA 1GQIA 2FH6A 1M03A 4PTVA 5A94A 4GKLA 2ZX8A 2EPLX 2G4FA 3OGVA 4WK9A 5CLWA 3CMJA 2JF6A 1JIBA 1QVBA 1GCYA 1QI3A 4FLOA 5ABGA 4W88A 4EK7A 4LQ1A 4J3VA 5BCAA 2O9PA 3WQWA 2YOCA 2WANA 4CN1A 6TAAA 3APGA 2MANA 1UWSA 3B9AA 2YLAA 3F4VA 4GZEA 4P7QA 3KL5A 3BSHA 1EIBA 3VIPA 3WD2A 3U7VA 1OIFA 2GDUA 1F4AA 1GOIA 1PX3A 5E6ZA 1EOMA 1WPCA 2DIJA 4WF7A 1W3JA 3AZSA 3AS2A 2BVTA 1IV8A 2QLYA 1BVZA 2BY1A 2F2HA 4UZUA 3WMCA 2CETA 2E8YA 3MKKA 1E73M 2ZE0A 3N15A 5FOOA 2VCBA 1DWIM 1MW2A 4AIOA 3SCRA 3WUBA 2ZUVA 3MU7A 4EANA 2VCCA 4F8XA 3L2MA 2A3EA 4P7RA 8A3HA 1CIUA 4W7WA 1VFMA 4NRSA 3W38A 5JIPA 3AZRA 3BCDA 3A4WA 4MADA 3N1AA 3WDRA 5ABFA 4PTMA 3WD3A 4KMQA 2WKLA 1W3LA 3AIUA 3NCOA 1FOBA 4RE3A 1C7SA 3AIRA 2D3NA 4GO9A 4J3XA 2O9TA 2F61A 3PZUA 1CTNA 2CBJA 2WNWA 5A2CA 3LMYA 5A6SA 4AYSA 4YPJA 4AC1X 2PF0A 1V6UA 4D71A 1KR1A 1NWRA 3VOCA 2WKGA 3B9DA 1BVNP 4AZ6A 2VX7A 3MS8A 3IANA 3WH8A 3OLEA 3FAWA 4UFHA 4GI6A 4MNKA 2CBUA 2XTKA 3AMKA 4QLJA 1FH9A 3VMOA 1CENA 2CERA 2D22A 2GJRA 3ZJ8A 1DHKA 1L8NA 4OIFA 2RGMA 2JEPA 4EAMA 1C8QA 1HN1A 3K4DA 5A2AA 3UG3A 2XFFA 1UD5A 3LPPA 3EMCA 1V02A 4BS0A 1Q4NX 3MO4A 3AMGA 3WL0A 1B0IA 4P8VA 2YKKA 2BHYA 2HVMA 3RM8A 1OGBA 4RE4A 1CXFA 3M46A 2J4GA 1MQPA 3ARYA 2OSYA 4M82A 2PBOA 3QHMA 3T2PA 5AY7A 3I3DA 2J25A 4CU7A 4H41A 2VO5A 1OCQA 1FP8A 1HJWA 2JFEX 1V3IA 3A6OA 4TTUA 4Y7EA 2YDSA 1B3VA 3W37A 3W28A 1CXKA 1LJYA 2QMJA 3PBGA 2YL5A 5C71A 3FW6A 3MUAA 1EO5A 3QR3A 4HP5A 3BC9A 1D7FA 1E6ZA 2WBGA 1W1TA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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