2O9OA

Crystal structure of the buffalo secretory signalling glycoprotein at 2.8 a resolution
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
publication title Structure of the buffalo secretory signalling glycoprotein at 2.8 A resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 124
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2o9oA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2o9oA01
1TA3B 1HIZA 1TG7A 3LPOA 1WZMA 1JYXA 5CZKA 2C0HA 2J79A 1C90A 2X8RA 3WD1A 2D0HA 5A95A 1MQPA 3SCRA 3FAXA 1M53A 4FMVA 3T09A 3U7BA 3GBEA 2E4TA 2WC4A 4FLQA 1P6WA 3KWXA 2ZUSA 3GM8A 3APGA 3PZMA 1VEOA 4W7UA 5IDIA 1CLVA 2DT0A 1QNOA 1UH2A 1EQCA 2ZXQA 3M07A 2EO7A 3W28A 2BY2A 2RGLA 4P8UA 1OWQA 4M56A 3W53A 5ABEA 2ZXBA 1JZ5A 4B3KA 4D6HA 4D6IA 5IXEA 3W6LA 2YDRA 3RPMA 3UESA 2DIJA 3VNZA 3VPLA 3AMLA 1L8NA 3ARZA 3VIHA 3BGAA 2GFTA 2W67A 3MUIA 3DYPA 1I75A 1GOQA 3N04A 3WN6A 4OIFA 4J3UA 3SUUA 3WELA 1KQYA 3AYRA 1W9DM 4D6GA 1HJXA 2WZEA 4DWSA 2ZX5A 5ABHA 1UR4A 1VB9A 3W25A 1QHZA 5EB8A 2JF7A 2WC7A 2X05A 1H41A 1UZ1A 3VGHA 3S2CA 1OGGA 4J3VA 1E73M 1UZ4A 4OBSA 2XSAA 1WO2A 3W0KA 1WCGA 4WLCA 5A2CA 1UH4A 4ZXLA 4D1JA 2XM2A 3WH8A 1H0GA 3DHUA 3VGBA 1OBAA 2WKLA 1E4IA 1GHRA 1UD5A 1VFMA 4W88A 4PCSA 3EBVA 3BAIA 3LPGA 1U33A 4BZYA 4DUVA 1NOWA 3BCFA 1LG1A 2XVLA 1V6UA 4D6JA 4IUGA 5BRPA 1R86A 2J25A 1NH6A 2QMKA 3ECQA 4AD0A 1BVNP 1EDQA 1LWHA 1G0CA 2W5FA 4U33A 2E9LA 4IPNB 1C3FA 5BCAA 4LX4A 1BPLB 1IV8A 4AZIA 1WPCA 1L0PA 4U5IA 3AZSA 2UWFA 3RM9A 3NSNA 2O9RA 2ZOXA 4J3TA 1IT0A 1PJ9A 6CGTA 4LYQA 1WDQA 2VVNA 3WQ5A 3OZPA 2GDVA 1QNSA 2AAAA 1JYNA 2PC8A 3OLGA 5KZ6A 1Q6DA 1EOKA 2BV9A 2VI0A 1SMDA 4W86A 4BF7A 4E2OA 5EFFA 3PZTA 1QI2A 3A47A 4ACZA 4CVUA 1H11A 3AS2A 3CIVA 5ABGA 4XB3A 1OIFA 4Y7EA 1UWQA 1JAEA 4W5UA 3FNDA 3BAXA 4XV0A 4FLRA 4J3SA 4NSBA 4TVCA 1PBGA 2QMJA 3GNRA 1ZBVA 5FCZA 1E4NA 4MB4A 4U5KA 1R8LA 3L2MA 1US2A 2IUZA 1EHNA 3D5HA 4UQDA 2OSXA 3K4AA 5DT5A 1HVQA 1XYFA 3IJ7A 3OGRA 4TVDA 1BTCA 3WL1A 1JD7A 3AIVA 3FXYA 4NRSA 2W66A 1Y7VA 3IJ8A 4QDMA 2WHLA 3MMUA 4QFUA 2PBOA 4W89A 4F66A 3WSUA 1B31A 4GI9A 1HNYA 5GNZA 4H7VA 4EKJA 5I78A 1O7AA 5IHRA 5D9MA 1CYGA 1V0LA 2VURA 3AIWA 3W81A 1PX4A 4EAMA 2VX7A 1UA7A 2OYMA 1V02A 2Q8XA 1ZJBA 5TD4A 5CLWA 1JIBA 3W6MA 2DEPA 1CBGA 3E1F1 6A3HA 1UD3A 1GVYA 1QI0A 2A3AA 5E0CA 2GSJA 3AS0A 4PMZA 2XGIA 3WQ4A 3BXWA 3RJYA 1HVXA 4D6FA 4K68A 2JALA 4OBRA 1CECA 1V6XA 1CGXA 8A3HA 1X6NA 4GINA 2X2YA 4B15A 4HMDA 4M29A 2OSYA 2JEPA 2YLLA 4PMVA 2CEQA 1H4PA 1JG9A 1M7XA 3PZOA 1R7AA 3T2OA 4PUEA 1WDPA 3TTOA 4PYSA 2G4FA 3WDPP 4AMCA 1TA3A 1UKQA 1XH1A 4BQ2A 1FFQA 5JBFA 2DGAA 5E0FA 4JFWA 3VD5A 2FHBA 1WZLA 1D3CA 2WNWA 3SCQA 1IZJA 1QOXA 1E70M 2VVSA 3HU7A 1B9ZA 1W32A 3M46A 1JL8A 1W3JA 1J0HA 3T2QA 4WK9A 2DSWA 1GJWA 4MB3A 2Z1SA 3OIHA 4RL3A 5BWFA 3POHA 4QAWA 4ZFMA 3ZMRA 3BLPX 1QBBA 3I3BA 4CCEA 4CCDA 2DQXA 1WNOA 4PRWA 2WWDA 3KL3A 5DO8A 2ZUNA 2FGZA 2GJRA 1J10A 7A3HA 5LA1A 5I79A 2WCAA 1CENA 4EK7A 3AOFA 2WHMA 3AXXA 1ZS2A 1J0ZA 2IXVA 3FAWA 3WIJA 2J62A 3ARTA 3ARUA 1QW8A 1XD0A 3K1DA 2F8QA 1BG9A 1PPIA 3VGEA 1ZBWA 4LPCA 3ZT6A 2XM1A 1H3GA 4PSPA 2CIPA 1UWUA 4Z2LA 3PZGA 4IISA 3BAWA 5FL1A 3NSMA 1G5AA 4HOWA 2J7FA 2J75A 5CPTA 3UEQA 4PBGA 5CXPA 1VAHA 4WJXA 2O92A 2GK1B 2YOCA 2JF6A 2OYLA 2D3LA 1JDAA 2J74A 4HOXA 3CZKA 1GONA 6TAAA 3GBDA 1XCXA 1QVBA 3SIMA 1MQQA 2VX6A 3VD4A 2O9TA 1GNXA 2G8ZA 2CXGA 4XZBA 1AQMA 5E9AA 2F2HA 1QI5A 1CGTA 1F4AA 2UY4A 3K8MA 2MANA 4AEFA 5JBEA 1CLXA 1W9XA 1UA3A 2BHYA 3PZNA 1E4LA 1A47A 4UTFA 4PUDA 3VD7A 2XUCA 4WKFA 1GUVA 4F8XA 2NT1A 1QNRA 1X1NA 4QLLA 4D1IA 1MW2A 3AMGA 3RCNA 3WF4A 3OBAA 4GZEA 5CG0A 1G94A 4X0NA 4EANA 3AROA 4EE9A 5E6ZA 4TX8A 4UFLA 1FFRA 4H2CA 3GXMA 1DWAM 3BMVA 4PTMA 2EQDA 2YL5A 1J0YA 3SCPA 2WW5A 3HJEA 1JFHA 2CHNA 2WVVB 4YHGA 3SUTA 1CTNA 5E70A 4HU0A 1H1NA 4JIEA 2WMHA 2OYKA 3B9DA 4AZCA 1ZL1A 5C70A 5AY7A 1PIFA 5I5RA 3VIFA 3SCOA 2YL8A 3VMNA 1VJSA 1H0IA 2G41A 4AY1A 3K8LA 3WD3A 1UOKA 1VF8A 3FHQA 3MUZ1 5I0DA 4GIAA 2ZX9A 4ZXOA 2FHCA 3MUY1 3T08A 3WMBA 4JFVA 5I3DA 4RE4A 2WANA 5I6SA 2Y4SA 3W26A 3EDFA 1V3MA 4C7DA 4H41A 3VIPA 1BYCA 3VX1A 1JI2A 1KGXA 1RP9A 4GI8A 1MVYA 3MV01 2J4GA 1W9BM 4CU8A 3VTRA 2YDQA 1B3YA 3PZVA 2OWCA 1HN1A 2VZVA 2ZICA 3QHMA 2CESA 1ITCA 3U7VA 3SCNA 2Y2WA 2A3EA 4U3AA 1VENA 5DT7A 5BXRA 1TR1A 3OLDA 3WNNA 2V3FA 4AD1A 3EDJA 1V6VA 2DSKA 4PMQA 2ZIDA 1NP2A 1QW9A 3UG5A 1ISZA 2WBGA 2BNJA 2PF0A 3DECA 5A1AA 1VIWA 3CHCA 4W84A 3VOCA 1E3ZA 1E9LA 4HA4A 1NOUA 1BYBA 4KGJA 3EDDA 4AIOA 1XC6A 5DMYA 2XIIA 1SFSA 1GVIA 3K4DA 4JKLA 4J27A 3G6LA 1Q6FA 1B30A 1PX3A 1JYWA 2BXZA 5HXMA 3M7SA 3MU7A 1V0MA 2D0FA 3TA9A 3IK2A 1BQCA 2VC9A 1MFUA 4JKMA 2GDUA 5IFPA 2B31A 4W85A 7TAAA 3W4RA 1NOFA 1H2JA 2WPGA 1ESWA 4YN5A 4QLJA 5D9PA 4KRTA 3F4VA 3ZT7A 3ZIZA 4HPHA 2BXYA 1OINA 2AOSA 1DP0A 3GH7A 3TP4A 4GKLA 2V3GA 1CXEA 3RM8A 3VVGA 1E5JA 3AJ7A 1CZ1A 3AMDA 1XCWA 4ATDA 3DYMA 4WKAA 4UR9A 3UG4A 2XVKA 4R27A 3AIEA 4R5EA 4CD7A 4ACYA 3ZJ8A 2RGMA 3N18A 4AC1X 2YBTA 4P7QA 1V3LA 4AD4A 3T0AA 4F9JA 4H8VA 4XZWA 3WNLA 3WD2A 4L4OA 4HPGA 2A3BA 4GI6A 1VFOA 4AYSA 2VMFA 4ZENA 1OIMA 1HP5A 1ISWA 4MNKA 1V6YA 5CGTA 3RILA 3VGFA 1JYVA 2DPEA 2CBJA 3ZOAA 4GQQA 3LMYA 3A4XA 3L4XA 3EMQA 4JHOA 1UQYA 3TTSA 2ZWZA 1FH8A 3GXIA 1C93A 4JAWA 2XFYA 2V3DA 1TE1A 4UFHA 3CGTA 3FHAA 3CUJA 4B3LA 3ARPA 1MXGA 3JUGA 2WZIA 1MQRA 2G3IA 1GOIA 3PZUA 2EPMX 1OD0A 1C91A 2ZWYA 2XTKA 3MSDA 5D9OA 3KL0A 4NZCA 1B3ZA 5BRQA 2UY3A 3ZJKA 2ZXDA 3VIKA 3UCQA 2WWCA 4MAVA 2WLYA 1UKTA 2GJXB 1J0JA 2NSXA 1BGAA 1WKYA 4UQEA 3VDCA 4AIEA 1Q6EA 3WBAA 3NDZA 4LXFA 5DEZA 5A8QA 1W1VA 3ZT5A 5JH8A 1EA9C 2UY5A 2NT0A 3CHFA 3EDEA 3AIQA 2XYLA 2WVVA 1PIGA 4S3KA 1ITXA 2HVMA 3RO8A 4TTUA 1XSJA 2J47A 2ZX8A 1FOBA 2YBUA 3PN8A 1UR1A 1GHSA 1GQKA 3CUHA 3AQUA 3CZGA 1F4HA 3DC0A 4BCEA 4Z2KA 3ALFA 4HP5A 2WM0A 4P8XA 1TZ7A 5F7UA 4BQ3A 4FLOA 4W87A 1KXHA 4PMDA 1ZBKA 1NM9A 1V02E 2YL6A 1JAKA 4IPLA 1BF2A 1XH2A 3WDIA 4AEEA 3TTQA 3T0DA 4MB5A 3ZR6A 3ZO9A 3AISA 1E15A 1K9EA 3RM4A 3VIIA 5M5DA 3IAPA 3ARWA 1CGUA 1NQ6A 4ATLA 3OGVA 1LJYA 1MW0A 2BVYA 1E0XA 1CDGA 1EIBA 3U5UA 4BS0A 2J7CA 5AC5A 2DIEA 2X09A 1TFVA 1DWGM 1NWTA 1R85A 3CO4A 1BFNA 1KR0A 2UY2A 2J7DA 4Z2IA 3AICA 2J7BA 3CZ8A 3CUIA 1KBKA 1LLOA 2X0HA 2CBVA 1CGVA 1JXJA 3N9KA 1RD6A 1D2KA 2XHYA 3QGVA 4ML4A 5CSYA 3WF3A 2WYSA 4AD2A 2W61A 3GYCA 4AWEA 1OGSA 4HMCA 5A8MA 1K6AA 2FH8A 4OOUA 1BSIA 1U2YA 1UD6A 2WMIB 4KWUA 4X0VA 2QLYA 2YA1A 4M1RA 4UOJA 5ECUA 1FHLA 4GZIA 2VOTA 3G6MA 1B3WA 2XFFA 1NP0A 3PZQA 4OUEA 5EMYA 3W38A 3CZEA 2DSVA 1I1XA 3SUWA 1FHDA 2WHKA 4WSJA 3WQ8A 2DSUA 1MWOA 3AMCA 1JNDA 3AIUA 1E71M 3ARYA 1BGGA 4TTGA 3SURA 2WK2A 1WZKA 5C8BB 5EFDA 1WZAA 2JEQA 9CGTA 3AI0A 4D6CA 3WEOA 4JL1A 4U2ZA 1E6RA 1OSEA 2D1ZA 3B9EA 4J7RA 1J01A 3PTMA 1JZ3A 3K46A 1FP8A 4W8LA 2QV4A 1A3HA 4N0RA 3RIKA 4MPKA 1WE5A 1WP6A 3GH5A 5HDRA 2PBGA 1C92A 5BXPA 3WF2A 3WDRA 4JFSA 1HJWA 1E6SM 5I2UA 4H04A 4CU6A 2FHFA 2GJPA 4E8DA 3W37A 4DUWA 3VIGA 2A3HA 4MNLA 5GQBA 5FD0A 3CZJA 4UQBA 2XWEA 2BY3A 2CNCA 3GTNA 1GQIA 4B9ZA 3A3HA 1WB0A 1Q6CA 1W1PA 4GO8A 3ARQA 1TVNA 3BSGA 2WAGA 4CCCA 2XVPA 4N42A 5A6BD 4B9YA 5CJ5A 3N15A 2VZUA 1ISYA 3VD3A 2W92A 4V28A 5CPQA 2E9BA 1CIUA 1CXLA 1CXKA 3CHDA 4D72A 1UR2A 4CD6A 2QF8A 2E40A 2WB5A 5E09A 2BY0A 4JCMA 3GDBA 4CN4A 4DWSB 2VZOA 2W4XA 2IXUA 1HP4A 1JZ2A 2VTFA 4WSKA 3F5LA 2X0YA 1QI4A 1JXKA 1M01A 3ZSTA 4KRUA 2WVSA 4HZ8A 1US3A 1G01A 2WLZA 3BAYA 2E8ZA 2XPKA 4V2XA 4E8CA 1R87A 3B8SA 4CN6A 5IFTA 3CBWA 4NRRA 4DM1A 4TX6A 3DYOA 1HF6A 5CLTA 2GJXA 4HA1A 2WVTA 4OZOA 3KE0A 3AIRA 1LQ0A 1GOOA 3OLIA 1E3XA 3WUBA 2ZXAA 1E0WA 2EEXA 3NDYA 3O6AA 2VCBA 3AFBA 4QCEA 1H49A 5LA0A 1CXFA 3TOPA 4JCLA 3AHVA 4AZ6A 1ODZA 3WF0A 1Q6GA 5A69A 2PWEA 1DWJM 5HPOA 4PMRA 5FOOA 4W8BA 1JI1A 4UFJA 3WNMA 2V5DA 3LPPA 4WIWA 4CUCA 5A6JA 3F5KA 5A3HA 1OD8A 3VGDA 2A3CA 3AXHA 1BG4A 1KB3A 3MO4A 3QOMA 3SCSA 3WH5A 1B90A 1JF5A 1E6XM 3I3DA 4HU8A 1WAWA 2G3JA 4CD5A 1E1FA 2WMKA 1KGUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2GUY A;  2YDS A;  3SCU A;  2VRK A;  3PHA A;  4YPJ A;  2YA2 A;  4TXE A;  3WQV A;  1XD1 A;  5A94 A;  2E9M A;  2CBU A;  2TAA A;  8CGT A;  3WUF A;  3WMC A;  1UWI A;  1JZ6 A;  3N13 A;  3A4A A;  1HX0 A;  3OB8 A;  1GOW A;  4PMU A;  3BCD A;  3VUP A;  4AW7 A;  3L4U A;  4LQ1 A;  5A2A A;  3EMZ A;  1E6Z A;  2W91 A;  2CER A;  4B16 A;  2ESC A;  4CVW A;  2ZUU A;  5HPC A;  3U5Y A;  3ZJ6 A;  1K9D A;  1B2Y A;  1PX8 A;  3POC A;  2PWH A;  3SEP A;  1XHG A;  3BAJ A;  2CYG A;  3ARS A;  4UOQ A;  4MDP A;  4Z2G A;  1X6L A;  3VDH A;  3VGG A;  5M3W A;  3BC9 A;  3WQW A;  1KWG A;  1ECE A;  4HZ7 A;  4W93 A;  2Y24 A;  4HTY A;  3EMC A;  3MMD A;  4L4P A;  3KZS A;  3SCW A;  1BAG A;  1E5N A;  4PMN A;  3AIB A;  1AVA A;  4CU7 A;  1JZ7 A;  3PTK A;  4D6E A;  1E0V A;  5D8W A;  1XV8 A;  2XVN A;  3NJ3 A;  1JZ8 A;  5FKY A;  4BQ4 A;  4JFT A;  2CPU A;  1VBR A;  4F79 A;  1W3K A;  5A8N A;  1B1Y A;  1XGZ A;  3OG2 A;  1V3J A;  1HXJ A;  1E43 A;  2YJQ A;  1Z32 X;  2WMI A;  3TON A;  1E6N A;  2DT2 A;  2PWF A;  2E3Z A;  3B9A A;  5JUV A;  4MB1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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