2B31A

Crystal structure of the complex formed between goat signalling protein with pentasaccharide at 3.1 a resolution reveals large scale conformational changes in the residues of tim barrel
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTALVKEMKAEFAREAQAGTERLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNSDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the complex formed between goat signalling protein with pentasaccharide at 3.1 A resolution reveals large scale conformational changes in the residues of TIM barrel
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1, SPG-40
molecule tags Signaling protein
total genus 116
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2b31A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2b31A01
2WM0A 1UR0A 4MDPA 1J18A 3VILA 4BQ5A 4JHOA 1W9DM 3CZLA 3F4VA 2O92A 4CVWA 5JIWA 1IZJA 4W5UA 1KXQA 1TR1A 4H2CA 3WEZA 2DSKA 1EHNA 1PBGA 1JI1A 1LWHA 1H09A 2CIPA 3AICA 4IM4A 4YN5A 4PUDA 1VIWA 3ARPA 1C3FA 3SIMA 3AXXA 3OBAA 4WKAA 4AD2A 1K6AA 3CUHA 1Z32X 3BMWA 1QOXA 2YJQA 3O9NA 1KBKA 1NWSA 1JYWA 3EMQA 1ZBKA 3CBWA 4PMYA 3UESA 3AIBA 1MVYA 4W84A 4WSKA 1SR0A 3NSMA 1OGSA 1GOIA 4PSPA 1E4LA 5DFAA 2BHUA 2IUZA 2PC8A 3AS2A 3T0DA 5EFDA 4UFJA 5I24A 4D6DA 1RPKA 2XFFA 3RMEA 4WSJA 1GQLA 1B3ZA 5DEZA 4R27A 2QLYA 2OLHA 1KFWA 2CETA 4J3XA 3BSGA 3VTRA 1OCQA 3EDFA 4JZ5A 1V3LA 1QNPA 4GIAA 1TA3A 4UOZA 1M53A 1KWGA 4DWSD 1JF6A 1FHLA 4X0VA 1GPFA 3T0BA 3W28A 3VGDA 1E6ZA 2WPGA 4GPNA 2YL9A 2BHZA 1HJWA 2BXYA 3QGVA 1J11A 1UD6A 1AQHA 2X09A 4OBRA 3B9EA 1QHOA 3DYPA 4GINA 1XYZA 1CXFA 1WKYA 2C8NA 1CTNA 3DYMA 2HVMA 4W8BA 2YBTA 4OJYA 1HIZA 2VCBA 2C7FA 1CPUA 5DT7A 4MPKA 4S3JA 3OA5A 4W86A 1ISWA 1ISZA 5AC4A 2O9RA 1CENA 4UQEA 4AMCA 1YHTA 1BYBA 2WZIA 2OYKA 3WH8A 3RM4A 4H7VA 1EGZA 2XVGA 6CGTA 2PWHA 3N18A 2YL6A 4XZBA 3WMSA 1QI0A 3PTQA 3WENA 4DWSB 4W88A 2DT2A 3O6AA 4URIA 4JKKA 2XVLA 3GM8A 4AZCB 1OGBA 1BYDA 3OIHA 1VEOA 4DUXA 4P8UA 3WEMA 3SCTA 5HPOA 3CZ8A 2CBJA 3F5KA 1XSIA 1FA2A 3CZJA 3L4TA 4M56A 3WNPA 4K68A 1JAKA 1U33A 4EE9A 2CKSA 4PMQA 3WIJA 1B3VA 4B3LA 4D1JA 1HJVA 1E0VA 3CUGA 4WLCA 1QPKA 1HXJA 4U3AA 2VX6A 5FOOA 3AIWA 1OSEA 1K9TA 3WY1A 5BWFA 2VI0A 2W67A 3MO4A 3WD0A 1ODUA 2WHJA 1VFMA 3FN9A 3K8KA 1JF5A 1C91A 3GH4A 2JEQA 1QI5A 2ZUTA 4HZ6A 1QI3A 4AZIA 1ODZA 1HP5A 4J3SA 1UWIA 1DTUA 1H2JA 3W6MA 4LX4A 1R86A 4ZE4A 1G01A 3PZOA 3QHNA 3ZM8A 2J7BA 5A6JA 1C7SA 1DWJM 2WVTA 3AIRA 4TTGA 2WMHA 3ZSSA 4N0RA 1TCMA 1EO7A 3CHDA 4FMVA 3VU2A 3RPMA 4PMVA 3AMGA 4PUEA 4W7VA 1WDRA 2ZX9A 3MSDA 2CBIA 4CD4A 3PZQA 4PMOA 4U31A 3RDKA 4CD5A 4NRRA 5I78A 4FLOA 3GDBA 1NWTA 2DH2A 1SMAA 1UKQA 2YLLA 3ECQA 3EDEA 2QMJA 4KGLA 1UR2A 5BRQA 4ZXOA 3NDZA 4IISA 1B90A 3T2PA 4C7DA 2DT0A 4E2OA 2D20A 5BXRA 2WC4A 1RD6A 1LJYA 1VF8A 3NIYA 1BTCA 2J8FA 4JL1A 3VUPA 4WF7A 3SUVA 3VD3A 1E0WA 4MTVA 1G1YA 5CLWA 2J7DA 3DHUA 4NF7A 1GOWA 1MFVA 1R7AA 1ZJBA 4U2YA 1CXIA 4JAWA 4W5ZA 3TOPA 4GO8A 1XRVA 1Q6EA 1BFNA 2J7CA 4DM1A 2GJXA 2GVYA 4ZFMA 3CO4A 2PF0A 2Y8KA 1HP4A 1WDPA 4UFKA 2Y4SA 1V6UA 4MDOA 2CHNA 1JYNA 5M17A 5FL0A 2VURA 3RO8A 3FAXA 4D6JA 4D6EA 4UFMA 2GJRA 1BYAA 2WYSA 4PRWA 1H1NA 3KEHA 1C90A 1UYQA 3CUJA 3CZEA 5ECUA 3PZVA 3M7SA 3WFZA 1ITXA 1GVYA 4QLLA 3VMOA 3AZRA 1V0MA 1DHKA 2VZUA 1XSKA 3CPUA 4Z2GA 3VD4A 5HXMA 3MMDA 1D3CA 2W63A 5EMYA 4TXEA 1V3MA 3GBDA 2V5CA 2J79A 3NCOA 4HU0A 1QI2A 4AZHA 3VIMA 3L4ZA 5E6YA 3WUFA 4Q22A 3A47A 2OWXA 4RE3A 4P8VA 3SCRA 1CGVA 2BVTA 1AMYA 3CHFA 2PBOA 3W26A 5D9OA 3B9DA 4PSRA 1UWRA 4B3KA 2CYGA 3VGBA 2WMKA 2VQTA 2WHMA 4PTVA 3UG3A 1E4IA 4TVUA 2DT1A 1H49A 1GJWA 3THCA 4QAWA 2XGBA 2D1ZA 2E40A 4HOZA 1G9HA 1CWYA 4ZENA 3GTNA 2YKKA 1VRXA 4EAMA 2VNCA 1PZ3A 1R85A 2XVPA 4LYQA 5C8BB 2BY3A 3FY1A 2ZX6A 3W29A 1E6PA 2CEQA 2UY4A 5ABFB 1UH2A 1KQYA 3PTMA 1GOKA 3KL0A 5E09A 1X6NA 4JCLA 1JZ5A 3IAPA 3VMPA 2ZUUA 5ABGA 4UFLA 4MAZA 1W2VA 2VZTA 2CBUA 1W9VA 4UFHA 3E1F1 5LA0A 4W8LA 4GZIA 1NOUA 4H8VA 1XD1A 1MW2A 1DWFM 3ARQA 3II1A 4N42A 1GOQA 1OT2A 3TTSA 3MMWA 2WMGA 1N82A 4MNKA 1M04A 1QNQA 3N1AA 4C7GA 1EDQA 1WPCA 2E0PA 4CU6A 2ZUWA 5DF0A 4E8CA 3WH5A 1VB9A 1JDCA 3WD4A 3AHTA 1PEZA 1WO2A 3WMCA 3GNRA 2TAAA 5A94A 2ZX8A 2BHYA 1V0KA 1JD7A 3G6LA 1UOKA 1BSIA 2XJ7A 3BXWA 3VPLA 3MUY1 3M6DA 1I1XA 4F79A 3WDIA 1MXDA 4PMRA 4AD4A 5EBAA 1XCWA 3EMCA 3PZMA 1NM9A 1RP9A 1BYCA 5A2CA 5IFPA 4A3YA 1CXKA 2JF6A 2FHBA 2WWCA 2QF8A 3WF0A 5C71A 3VD5A 1QW8A 1UKSA 5CGTA 1XYFA 1UR9A 2ZWYA 1XCXA 4M29A 2WK2A 5BCAA 1KGXA 1GJUA 3AS0A 1E6XM 4YHGA 5GNYA 1TVNA 2G8ZA 3WMBA 1NARA 3IJ9A 4GXPA 1JZ6A 1J0KA 3W24A 1MW0A 5KEZA 4AZGA 3WDHA 2BXZA 4CCCA 1JZ7A 4UR9A 2W4XA 3B9AA 1V6WA 1QNSA 3OZOA 1E71M 5A8MA 3I3DA 1LG2A 1XSJA 2D0HA 1K9FA 5A6LA 2UY2A 2XSAA 1KBBA 3SCPA 4J27A 2GUYA 1HVQA 1GHRA 1V03A 1VENA 3SCNA 4DUVA 4PMZA 5A69A 4F66A 4AD1A 3BMVA 2XIIA 2V5DA 2W5FA 5BXPA 2QPUA 4AW7A 2ZUNA 4J28A 2AOSA 4KGJA 2GK1B 3WUGA 4D71A 1GHSA 3VDBA 5D9PA 3VKKA 4YHEA 3W0KA 3AS1A 1VBUA 3K1DA 3ZT6A 2GDUA 4WKHA 1ESWA 1VEPA 3NJ3A 1QNOA 2WANA 1MFUA 1O7AA 2BY2A 3VM7A 4PYSA 6TAAA 5BYWA 1CXLA 1M7XA 2E9LA 3GXDA 3WQ4A 1JXKA 4P7QA 3N13A 1JD9A 2WSKA 4OUEA 1CLVA 1JG9A 3VDAA 3PZUA 3SUTA 4AD0A 2JEPA 2OSWA 3ZQ9A 1FH9A 1LWJA 3L4YA 1W3LA 3OGVA 3AROA 4V2XA 1XH2A 1LL4A 3WQ5A 1V0NA 1W91A 4PMUA 1Q6FA 5A8NA 3WL0A 1W9UA 2CPUA 2EQDA 7CGTA 2BNJA 2PWDA 4UCFA 1HJUA 4LGXA 1DWIM 3RJXA 1JDDA 3SCUA 3FXYA 3LPGA 1FFQA 2VMFA 1L0PA 3VNYA 4GI9A 3WNLA 3WF3A 3WSUA 3L4XA 3OB8A 2OSYA 2J7EA 3MU7A 1JDAA 2J7HA 4UZUA 3PHAA 4MB5A 2VX7A 5F7UA 1JXJA 2FH6A 3TTQA 1BPLB 2X05A 3WNKA 4D1IA 4CCEA 1TMQA 3AIUA 2VZVA 3MV01 3WQ8A 3LPPA 1VJZA 4MB4A 4BQ3A 3SUUA 4PTMA 4DUWA 3ARXA 1FP9A 3ZJ7A 2JIWA 2GK1A 3CH9A 1VJSA 5I6SA 1KR0A 1W1TA 5CPTA 1CBGA 2X0YA 2XIBA 1M03A 2DDXA 5CPQA 5M03A 1CGTA 4TOQA 3IK2A 1KR1A 4MNLA 2D24A 1GUVA 3SCQA 2JE8A 3WFLA 4E4PA 4FLSA 4D6IA 1E4MM 3BAJA 4AYSA 3WDRA 4TVCA 4CD6A 4HZ8A 1H3GA 3AS3A 1UD2A 2DSZA 1P6WA 5A95A 3AYSA 1R87A 2E4TA 1J9YA 4CKQA 5A8PA 3N17A 2BV9A 1C93A 1FFRA 1EQCA 5IDIA 4P7OA 4UNIA 2ZUMA 2WMIB 2VRKA 1B3WA 1BGAA 5A6BD 3WELA 5TD4A 4AD5A 3BCFA 4KWUA 3VM5A 3ALGA 4J3WA 1TG7A 3VDHA 1WDQA 1IT0A 5I3DA 4W87A 5CQ1A 4XB3A 3UERA 4JCMA 2NT1A 1EH9A 1UR8A 1KGWA 4CN6A 5GNZA 1UQYA 5AY7A 5BXSA 4UQAA 3BH4A 2J7FA 2G4FA 3WD3A 3S6TA 3ZJ6A 1B30A 5EB8A 3CIVA 3SEPA 2YDRA 2VX5A 5GPRA 2FGLA 1F4AA 1SMDA 2EEXA 5CZKA 3WQWA 1GOMA 1J0JA 5CG0A 1NWRA 1D7FA 3VOCA 2OYMA 5E70A 5HOSA 1JIBA 4NSBA 4M8UA 2VCCA 3GXFA 3M46A 1OBAA 1J12A 3ZMRA 3MV11 2OYLA 3A4AA 2VRJA 5FCZA 3ZR5A 1WZAA 3WUBA 1LF1A 4P7RA 4HMDA 3ZT5A 1HJSA 4J3TA 1CIUA 4ATWA 2VRQA 3K8LA 4H41A 3GYCA 1GZJA 2Y8VA 3BCDA 4FK9A 3M07A 4DWSA 4R5EA 5CLTA 3WBAA 4UTFA 1E43A 3TA9A 3U5YA 5I79A 2VT0A 2CHOA 2NSXA 2DIEA 5LYRA 3W6LA 3ZJKA 4J3VA 3MS8A 4AY1A 4JL2A 4AZCA 1EIBA 4M1RA 4WKFA 1C8QA 2WC7A 1JNDA 4Z2JA 2WCAA 1UQZA 5E0CA 4AWEA 3DHPA 2VR5A 2BVDA 2WVSA 5AYBA 1CYGA 2JIEA 3OLIA 2J47A 1R8LA 2EPLX 3QR3A 3CMGA 3SURA 3N04A 4ZEPA 1DWAM 2B31A 1D2KA 3RJYA 3IJ8A 1HT6A 1UD5A 3VVGA 1EQPA 1MW3A 5GNXA 3LPFA 1XHGA 2XWEA 1QW9A 1UKTA 2ZXBA 4L4OA 3AMDA 3WDJA 1HKMA 5I5RA 3AHXA 5LA2A 1TZ7A 1JFHA 1PAMA 3ZO9A 1DP0A 2PWEA 4A4AA 1WAWA 4P8XA 3T2OA 3RM8A 1BF2A 2CBVA 2AAAA 5A6AA 4CU7A 3SUWA 4S3KA 4PCSA 3AMKA 3W81A 1B3XA 2JF7A 1UH4A 5A3HA 1UWSA 4BZYA 1WZMA 4UOQA 3PZ9A 3T0AA 2Y24A 4J3UA 5CGMA 1V02A 1QI4A 4ATLA 3ARSA 3AHYA 4CN4A 2OSXA 1PJ9A 1DWGM 3VGHA 2NW0A 3HN3A 4J7RA 1GQIA 1CXHA 3HJEA 5I2UA 2XUCA 2WMJA 2YBUA 3OLEA 4Y7EA 2ZIDA 4KMQA 3W4RA 3GXMA 3N15A 3WD2A 4D6FA 4EK7A 2DSVA 1UR1A 3K4AA 9CGTA 1H0GA 1E3ZA 3LPOA 1LQ0A 1BHGA 4CCDA 5FL1A 1V3IA 1TUXA 3GNOA 1GNXA 5ABEA 1WP6A 4QFUA 3VD9A 4PTWA 1GCYA 3NSXA 1H0IA 3EDKA 3PN8A 1UD8A 4PBGA 3DYOA 1OIMA 1LG1A 2BY0A 4WIWA 2PBGA 2XTKA 1HL9A 1KXVA 4QCFA 3FHQA 1JNEA 4LPCA 2BS9A 2VR4A 1FP8A 3MKKA 3ALFA 2Z1SA 1NH6A 3ARTA 1E40A 2D2OA 1C7TA 2ZUSA 5DT5A 5CPSA 1M01A 3BLPX 3UR7A 1U2YA 2W61A 2Q8XA 3K4DA 4HPHA 2VOTA 5CJ5A 1JAEA 1L8NA 3AMCA 1CXEA 4OKDA 4JFWA 1QBBA 3O2LA 4A3HA 1E6QM 1OB0A 1E9LA 1UA7A 2O9OA 2WXDM 1Y7VA 3AFBA 4OIFA 3PZIA 1QHZA 1UZ4A 4UQCA 1GQKA 1BGGA 2IXVA 5JUVA 5JBDA 4F8XA 4KH2A 3WD1A 3VGEA 4CVUA 2WB5A 4U33A 2XPKA 4PMNA 2OWCA 1WCGA 3ARYA 1UA3A 3BAIA 3NUKA 1PPIA 2YDQA 1LLOA 3MUZ1 1ISVA 4AZ7A 1K9EA 1E72M 2XFYA 4Z2HA 3WNMA 4HU8A 4W8AA 1HNYA 1IZKA 3GH5A 5FD0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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