1ZB5A

Recognition of peptide ligands by signalling protein from porcine mammary gland (spp-40): crystal structure of the complex of spp-40 with a peptide trp-pro-trp at 2.45a resolution
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGPQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGQEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGKSFTLASSKTDVGAPVSGPGIPGQFTKEKGILAYYEICDFLQGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLARA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
source organism Sus scrofa
publication title Recognition of peptide ligands by signalling protein from porcine mammary gland (SPP-40): Crystal structure of the complex of SPP-40 with a peptide Trp-Pro-Trp at 2.45A resolution
rcsb
molecule keywords signal processing protein
total genus 122
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-04-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1zb5A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1zb5A01
1WZMA 4FLOA 4LYPA 4W87A 4W7WA 2WMIA 3JUGA 1J01A 2ZE0A 1NWTA 4KGJA 4AXNA 1UR8A 1E72M 2EO7A 3PTMA 1WE5A 2WMIB 2ZUVA 2VCCA 1XH2A 3RM8A 2WCSA 4CD8A 4GZEA 1GCYA 1Y7VA 1JFHA 4MB4A 4UR9A 4Z2JA 3WUGA 3PZ9A 1JXJA 2F8QA 5EFDA 2CKSA 1JD9A 3VIFA 5EMYA 2GUYA 1PPIA 1C93A 1L8NA 3ALFA 2OWWA 1M04A 1KXQA 2F2HA 2ZX7A 4MB3A 1US2A 3IK2A 3WD0A 1J10A 4Y7EA 3ZT7A 3RILA 3AHYA 3AIWA 2BNJA 4WLCA 4E8CA 4ZEPA 4XUYA 2XSBA 1H3GA 2PWGA 2QLYA 4QAWA 3GH4A 1KQYA 2WPGA 3WDHA 1C8XA 1E6XM 3RCNA 1D3CA 3RJYA 3BXWA 1V3LA 2WSPA 2JIEA 3BAWA 4P8WA 4OOZA 1JF5A 3VTRA 3L4WA 1CNVA 4U5KA 3CUJA 2WMHA 1EDGA 3T09A 1V02A 4MNLA 4IM4A 4CCDA 1XD1A 5E0CA 3SUVA 4MADA 1GOIA 1SYTA 1GHSA 1BSIA 1DWJM 3U5UA 3EDFA 3ZJKA 2WVSA 3ZSSA 3BSGA 1B3XA 1YQ2A 2GFTA 2V3FA 2XM2A 2W63A 1MQRA 4UQEA 1E4NA 1KQZA 1NOUA 1UKSA 1W32A 3LPGA 3ARWA 5A6SA 1X6LA 2D1ZA 3W4RA 4W8LA 4PTXA 1B3VA 1E5JA 1NM9A 4RE2A 3B9EA 3WNNA 3WF0A 4AEEA 4PEEA 2IUZA 2GDUA 3U7VA 1V6WA 2VR4A 2OWXA 4DM2A 2YBTA 1JZ2A 1CGTA 3ARZA 3ZM8A 1NP0A 4OBSA 2C7FA 4AZIA 4DWSD 3WDRA 2FHBA 4BS0A 4WF7A 3SCPA 2WZHA 3VIHA 3N1AA 4AIUA 2ZXBA 1H49A 1ISZA 1JF6A 1B3WA 1EOMA 2G3NA 1KCLA 2W61A 1L0PA 2J7CA 4B9ZA 1E5NA 1AMYA 2VR5A 1VBRA 1TE1A 3FHQA 4CU7A 2BY0A 3FW6A 4CD4A 2UWFA 1QNRA 2ZXQA 4V28A 1CXEA 3MMWA 4ACYA 1DWHM 1HJXA 1U33A 4AD0A 1V0LA 2Q8XA 4GI9A 2WHMA 4OUEA 3WDPP 1W91A 4PN2A 2AOSA 2BXZA 4ZXLA 1UH4A 3SURA 1R7AA 2VRQA 3AOFA 3BAJA 2O9OA 4FK9A 4R5EA 1W9XA 1NARA 1OGSA 1JG9A 1J18A 1Q4NX 3SCQA 3WD3A 2A3CA 2BFGA 3CPUA 4JFTA 4UFKA 4WK9A 2ZUMA 5ABEA 1KWGA 3APGA 3VDBA 1E9LA 3WQ8A 1E6RA 2VT0A 3CO4A 1TA3A 2BVDA 4PSPA 4W7UA 3VILA 4NRSA 1UH3A 3WELA 8A3HA 5CLTA 2ZUTA 3TOPA 4BZYA 3GTNA 4ZFMA 1UD2A 3BLKA 1ESWA 2GK1A 1N82A 1E15A 2VUYA 1K9EA 1CWYA 4AYSA 5M5DA 1BVNP 1MQQA 1HNYA 2D24A 2VX6A 3GXIA 2E9BA 4RL3A 3WF4A 1LWJA 4PMYA 2DSUA 3EDJA 3N15A 2GK1B 1V6YA 1E6NA 1DWIM 5DEZA 4TX6A 3KL5A 2X09A 3D5HA 1V0NA 2D23A 2YL9A 2DT1A 3AHVA 2D0GA 4CN1A 1D7FA 2A3AA 1X6NA 2WBGA 4LYRA 1E3XA 2YL8A 2FGLA 4NZCA 1IZKA 2IXUA 1J0YA 3VX1A 4CD7A 1FH9A 3WSUA 2HVMA 2WAGA 1BTCA 1OWQA 4JCMA 1GOOA 4MB1A 1UR1A 1DWFM 4CN4A 1V6UA 3II1A 1ZBVA 1E40A 1GQIA 3ZQ9A 1ZU8A 1PJ9A 2WC3A 1JXKA 1Z32X 5FKYA 1B31A 1H11A 1HIZA 4ZXOA 5DMYA 1CGWA 3QHMA 1H0IA 5BWFA 2VURA 4TTGA 3AYRA 2EPKX 2DSKA 3VKKA 2VZUA 1QI3A 2VCAA 3WD2A 3PZGA 4EKJA 1UR0A 5A8OA 3CZLA 2VL4A 4AZ6A 2X1IA 1J9YA 4JFSA 4TTUA 3OA5A 4CN6A 4BQ4A 4QLKA 4XB3A 3UR7A 2CCRA 4W88A 3N17A 1TFVA 2JE8A 3MSDA 2WLYA 4DM1A 2AMGA 2YLAA 1VFOA 1E4IA 3AS3A 3OLEA 1OT1A 4U3CA 1PEZA 3AIQA 5ECUA 4J27A 3AIEA 3AHZA 3VIJA 1ZBCA 4X0VA 3VGEA 1BGAA 1ISVA 5D8WA 2XVKA 5A8MA 3NSNA 4NRRA 2RGMA 2WHJA 4D6HA 4PTVA 1ZL1A 1C91A 1LL4A 2WMFA 2ZX8A 1GZJA 2NT0A 3ECQA 1QW9A 2QHAA 3QHNA 2Y8KA 3FY1A 1QW8A 3TTYA 2XHYA 1CEOA 3VGHA 3WUFA 1QPKA 1B30A 3WUEA 1QNOA 4MDOA 3QHOA 1WZAA 3T2PA 3F5JA 4D72A 1JZ7A 1GONA 1C92A 3AXHA 2VZSA 3LPFA 3T0DA 3PBGA 5C71A 1J11A 2XVLA 2WXDM 1JI1A 5HPCA 4FMVA 2VVSA 2PWFA 1UR9A 2BHYA 2JIWA 1QI5A 5HDRA 4RE4A 3W25A 3GBEA 1KBBA 2BY2A 1EHAA 1US3A 1E4LA 4LYQA 2WMKA 4W93A 1GJUA 3WF2A 3L4XA 2EQDA 1NP2A 3EDKA 4C7DA 2E9LA 5E0FA 3GXMA 1UWQA 2QF8A 3D3AA 2GJRA 7CGTA 4X0NA 4CVUA 1C8YA 4IPNB 1TCMA 4Z2GA 1OBAA 2DSWA 1C8QA 2J7DA 2EPNA 3BH4A 1MW3A 4LPCA 4BF7A 5ABFB 1UH2A 4HA4A 3F5LA 3WDIA 3VD9A 2XTKA 3WENA 1VFUA 2J7GA 4CU6A 1V3IA 4KGLA 2CHOA 3SCSA 2D2OA 2WBKA 1XHGA 3U57A 1UD5A 2CBIA 4QLJA 4L4PA 3VIIA 5A6MA 1G1YA 5A6BD 2WC4A 2B31A 4M24A 4MJ2A 1R8LA 2D3LA 2V3EA 2CNCA 5LA1A 5I23A 1OIMA 3W29A 4ATLA 3RPMA 1GOWA 5CZKA 1WCGA 4OIFA 3PZNA 2XFRA 2VTFA 2WLZA 2BXYA 2CBVA 5JIWA 1TG7A 2OSYA 3AYSA 1OGBA 2EPMX 3OGVA 1J0ZA 3VDCA 4PTMA 4QLLA 2DSVA 3K1DA 5AC4A 4UQBA 3K46A 4AEFA 1MWOA 1HVXA 4GXPA 1Q6DA 2ZUSA 3WEOA 2RGLA 3IJ7A 1CLXA 3SCRA 1C3FA 2YBUA 2D22A 4AD4A 4HZ7A 3WUBA 4WKAA 1GW1A 3TTOA 3WF1A 2D3NA 4GINA 5EFFA 1GVIA 2J7EA 4EK7A 1CPUA 4ZE4A 2WMGA 4P8VA 3N11A 1QI4A 5JIPA 5I78A 4W86A 3BCDA 2QV4A 2DSZA 1H1NA 3GNRA 2DDXA 2X05A 3NSXA 1ZS2A 8CGTA 4U33A 4JKLA 3W81A 1R7OA 2BV9A 3SUWA 4MAZA 3AMKA 1KGXA 2ZX9A 5CPTA 1GVYA 1LF1A 1WDSA 1O6IA 3SUSA 4ATWA 1KB3A 1GQLA 1PAMA 2EEXA 1UD8A 1K9FA 4NI3A 2EXOA 5JBFA 2DIJA 1B2YA 4Z2IA 4KH2A 1UD6A 4EAMA 3OB8A 3W28A 4YHEA 1HP4A 1UD3A 4PCTA 2XVNA 3FXYA 3NUKA 3W53A 3QOKA 1J12A 1CXFA 2D20A 5A6AA 1GPFA 1KBKA 3N12A 3FAXA 1XGZA 3OGSA 1C7TA 4B16A 2FDMA 3WH9A 1TMQA 3UCQA 3I3DA 5JUVA 3NIYA 3AS0A 3AQUA 4WJXA 5GNZA 3WMBA 4AZCA 1V3JA 5M17A 1G0CA 4AZBA 1RP9A 1BVZA 4MDPA 4FLRA 1ISXA 2WCAA 1LQ0A 4GO9A 1VAHA 4P7NA 3SUTA 1XV8A 3A4XA 1JZ6A 1G5AA 3ZT5A 4UQDA 1CGUA 2CXGA 1D2KA 1XH1A 1JDAA 4W85A 4Z2KA 2WW5A 3CMGA 4OOUA 1JYWA 4AIOA 2YL5A 3EDDA 2CETA 3AS1A 3MV01 3MMUA 3WEZA 1W1YA 3BAXA 5CPQA 2WCGA 1EOKA 5HPOA 3EMZA 3G6LA 3O2LA 3T0BA 3PZVA 5JH8A 3BAKA 2XJ7A 4JL2A 5IFPA 2OSWA 1X1NA 3ZJ6A 2XWDA 5A6JA 1UQYA 3WEMA 1HP5A 2OSXA 4W8AA 1MFUA 3LPPA 3EBVA 1PX8A 4UFLA 3AXIA 4HPGA 2EPLX 2A3HA 2GDVA 1V3HA 2DQXA 3AHXA 3GH5A 3N9KA 2E8ZA 2WKLA 1QI2A 1U30A 1J0KA 4J3TA 1EH9A 2E0PA 2VVNA 2CPUA 4DWSC 1JI2A 3ZSTA 2VCBA 1XSIA 1NH6A 2VRJA 1J0IA 5AYIA 3WH5A 3VGDA 4V27A 2WYSA 2IXVA 4CVWA 3MS8A 1BPLB 3G6MA 1E6SM 2XVGA 3UERA 4EE9A 4N0RA 4YHGA 2X8RA 3PZTA 1V6XA 4KMQA 4UZUA 2J78A 1A47A 1A3HA 4DWSA 1E4MM 4YPJA 2W5FA 3ARXA 2UY4A 2DH2A 1UZ4A 3UR8A 2WKGA 4HMDA 4D6CA 1UHVA 3WFLA 1BF2A 1JZ3A 4J3UA 5IDIA 3CHCA 4UQCA 4W5ZA 1HKKA 5ABGA 1CTNA 3VINA 4JL1A 4FF5A 3KL3A 3T2QA 4MNKA 1UZ1A 3CGTA 4LXFA 1DWGM 1KWKA 1WNOA 5E6ZA 3NDYA 2J47A 3BCFA 1WZLA 2XIIA 2ZIDA 3M46A 2X2YA 2NW0A 2J25A 1TVPA 3RMEA 5AC5A 3GM8A 3WNMA 3WBEA 1NOFA 1E0WA 2XGBA 3VDHA 2Y5EA 4P8XA 4M8UA 4XX6A 3VD5A 1KXTA 4JZ5A 2WNWA 1NOWA 2VZOA 1BYCA 3WNKA 2OYKA 3AS2A 1ODZA 5A8QA 1HX0A 2YDRA 5LYRA 2XFYA 4OBRA 1RD6A 3WQ5A 2V5DA 4P8UA 3RIKA 2JEQA 4W84A 3AMGA 1JZ4A 2PWDA 4E2OA 3VX0A 1JL8A 1TR1A 2YDSA 3ZMRA 2Y24A 2OWCA 4BCEA 5C8BB 5CJ5A 1Q6CA 3AMCA 2PWEA 2VNCA 4J28A 2TAAA 4LGXA 1WDPA 1XC6A 3CIVA 3CUGA 1WP6A 4A3YA 1V0KA 4ACZA 4HOXA 1TA3B 3MSGA 4TVCA 3VVGA 2PBOA 1ZBKA 4BQ3A 1UKQA 1EQCA 5A6KA 1LG1A 2HISA 3BSHA 2UY5A 1FP9A 4PMVA 4ACZB 3A4WA 1UWTA 1VIWA 3A47A 3S2CA 1E56A 2WVUA 1G01A 3UETA 4D6FA 4CD6A 3HJEA 4B3KA 4AD2A 3WD4A 4BQ5A 3IANA 3U7BA 5CG0A 1EHNA 1U2YA 1VJSA 4UQ9A 4CCCA 5GNYA 2YJQA 4P7OA 2W67A 3DHUA 3W26A 5I79A 1JGIA 3DHPA 3VOCA 4P7QA 1KR0A 2VC9A 3WNLA 3TONA 1TUXA 1W3KA 3LPOA 5DO8A 1O7AA 2O9TA 1MW2A 1R87A 2CBJA 3NCOA 4OJYA 1JYVA 3ARQA 2O92A 5E70A 2V38A 3WN6A 4MTVA 3VD4A 3TTSA 4CGTA 4XZWA 3CUFA 3UG4A 1CDGA 2W66A 5IXEA 2BHUA 4D1IA 2BVTA 2PF0A 3KEHA 3RO8A 5I3DA 4MPKA 5DT5A 2ZX6A 3TTQA 1XYFA 4CD5A 1UWIA 4IISA 3IJ8A 1K9DA 1RH9A 1ZJBA 1LJYA 4S3JA 1HJUA 2VX4A 5HOSA 7TAAA 2DPEA 1PZ2A 2E8YA 1E73M 4WSKA 3PN8A 4PMXA 2V5CA 2WHLA 1DP0A 1GOQA 1SMDA 1B1YA 1ECEA 3GXDA 3K4AA 3WQ4A 3VGBA 5I0DA 4UOZA 1OINA 2PWHA 3EDEA 2PC8A 3AZTA 3L4VA 3RJXA 4WKHA 4AZ7A 1H5VA 3ZR5A 4P7RA 1I1WA 2J7FA 1MW1A 4PMRA 1QVBA 1QHOA 1BFNA 3PZOA 3EMQA 5CSYA 3VMNA 1M01A 1WDRA 1W3LA 3AIRA 4QP0A 1ZBWA 5CGMA 3PTQA 1EIBA 1GOMA 5BRQA 4JHOA 4U2YA 2X0HA 3OZPA 5HNNA 1MVYA 4HU8A 1ZB5A 1C7SA 2WC7A 3SCTA 3VM5A 1J0HA 3W6MA 2FH8A 1VENA 4J3WA 4FLSA 1UA7A 3ZO9A 3HMCA 1XRVA 1DWAM 4BQ2A 3K4DA 5LA2A 6TAAA 3VNZA 3LMYA 4UFHA 3VU2A 4GPNA 4Z2LA 3AIUA 2OYLA 4DUVA 5M03A 1JNEA 2YA1A 2YIHA 2EJ1A 3SCOA 3GBDA 4TVDA 4YN5A 3OZOA 2XPKA 1CXKA 5TD4A 1OB0A 3CMJA 2WANA 1JD7A 1UKOA 1CGVA 4J7RA 1ITXA 1AQMA 3ARUA 2FH6A 1JZ8A 4JFVA 1HJWA 2XVPA 2PI6A 1VB9A 2XUCA 5E6YA 1QBBA 1DHKA 3CZEA 1UUQA 4U31A 1BGGA 4D6EA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1IT0 A;  1M03 A;  2W62 A;  3WY1 A;  2ZXD A;  3CUH A;  4D71 A;  1MYR A;  1NWS A;  3VGG A;  5AYB A;  3I3E A;  1S46 A;  5A69 A;  2JF7 A;  4KRU A;  1EDQ A;  4MAV A;  5D9O A;  4P7L A;  2WVV B;  1SMA A;  2VZT A;  3E1F 1;  5E09 A;  1OGG A;  1W9D M;  4UZS A;  4LQ1 A;  2VRK A;  1HXJ A;  1JAE A;  3WL1 A;  4HPH A;  3A6O A;  3AMD A;  2Z1S A;  3FND A;  1HN1 A;  4A3H A;  4WSJ A;  3VPL A;  1PBG A;  2J79 A;  3GDB A;  1B3Y A;  3GNP A;  3RM9 A;  1GOK A;  1W9P A;  2E3Z A;  4E4P A;  2J8G A;  2GJX A;  2J75 A;  2GJP A;  3IJ9 A;  5EB8 A;  1MFV A;  1XCW A;  2VJX A;  4UQA A;  2F61 A;  3OIH A;  5E9A A;  4J3S A;  5M3W A;  1LG2 A;  1GJW A;  2ESC A;  2V3D A;  2YL6 A;  4GIA A;  2GJX B;  4WKF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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