1NWRA

Crystal structure of human cartilage gp39 (hc-gp39)
Total Genus 131
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
131
sequence length
362
structure length
362
Chain Sequence
YKLVCYYTSWSQYREGDGSCFPDALDRFLCTHIIYSFANISNDHIDTWEWNDVTLYGMLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNFGSQRFSKIASNTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKQHFTTLIKEMKAEFIKEAQPGKKQLLLSAALSAGKVTIDSSYDIAKISQHLDFISIMTYDFHGAWRGTTGHHSPLFRGQEDASPDRFSNTDYAVGYMLRLGAPASKLVMGIPTFGRSFTLASSETGVGAPISGPGIPGRFTKEAGTLAYYEICDFLRGATVHRILGQQVPYATKGNQWVGYDDQESVKSKVQYLKDRQLAGAMVWALDLDDFQGSFCGQDLRFPLTNAIKDALAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure and Carbohydrate-binding Properties of the Human Cartilage Glycoprotein-39
pubmed doi rcsb
molecule keywords Chitinase-3 like protein 1
molecule tags Signaling protein
source organism Homo sapiens
total genus 131
structure length 362
sequence length 362
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1nwrA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nwrA01
5A3HA 1W9UA 2BY0A 2DGAA 5M03A 1EHAA 1B2YA 1UWIA 2BY3A 4ZXOA 2VZOA 1HJSA 4JHZA 1GW1A 3ECQA 4D1JA 2A3HA 1QI4A 1B1YA 1EOKA 3F4VA 4R5EA 2WBGA 3ZR6A 4QLJA 3SURA 4CN1A 2Z1KA 2HISA 2DH2A 5A2AA 3S2CA 1QPKA 1R7OA 3VNYA 3WH8A 3ZO9A 3ARRA 3PZVA 1DTUA 1UG6A 3VIMA 1UR8A 4AW7A 3G6MA 3ZSSA 4D6CA 1ZBWA 3WMBA 5E6ZA 5JUVA 1UOKA 1MQPA 1HVXA 4GZJA 2VO5A 3WD1A 1E40A 3HMCA 2UY5A 4K68A 1JDDA 4CVUA 3AZSA 4HPHA 4PMQA 1H5VA 1X6LA 1I1WA 4L4PA 1WZKA 1CZ1A 4J3SA 1I75A 2PWEA 5EMYA 1UKTA 4PRWA 3RCNA 3HJEA 2ZUWA 5IHRA 3WIJA 5M17A 1TUXA 4CN6A 4ML4A 4JAWA 2CYGA 3SEPA 3GDBA 2XVKA 3GXDA 3L4WA 3PTKA 4C7DA 3OA5A 3BSHA 1GVIA 5BXPA 3N04A 4UCFA 4AYSA 4PYSA 3LMYA 3ARWA 2ZX6A 3ARVA 2WHMA 5I78A 3ARYA 1F4AA 3VIKA 1C8YA 1FH8A 5ABEA 4M82A 3AI0A 2G4FA 2CITA 2WANA 3AQUA 2XM1A 1MFVA 1ISWA 1H3GA 1CGXA 1BYAA 3WQ4A 3MUIA 1GQKA 4AD3A 4AIEA 4QP0A 3VD9A 1US2A 1XV8A 4AZGA 5FKYA 4EE9A 1BPLB 3AMCA 2E9BA 4NSBA 3L4TA 2WXDM 2G3JA 4AISA 1W9VA 1JF6A 2A3EA 1GZJA 4OBSA 1E6ZA 4QDMA 3T2OA 3CPUA 4AXNA 3TP4A 1E56A 2QMKA 1LQ0A 2E4TA 5HNNA 3WKZA 3ARPA 4XZWA 3OGVA 4ZFMA 4E2OA 5JBFA 2FGZA 1OBAA 4GZIA 1JAKA 1QHPA 5FCZA 1G94A 2CNCA 4UFHA 1HP4A 2WNWA 3OG2A 1J0IA 3SCPA 1ZBKA 2EEXA 3VD4A 1RPKA 4RE3A 2CESA 4KWUA 4HZ6A 2VQUA 2YA0A 3RILA 1NWTA 5CSUA 2CXGA 3N13A 4UFIA 3SCTA 3ARTA 3W26A 4J27A 3AIWA 1XSJA 2DT0A 5I23A 6CGTA 2V3DA 1B9ZA 1UKOA 2CEQA 2WC7A 4UOZA 5AYBA 3K1DA 4CCCA 3AXXA 4N42A 1SYTA 5HDRA 4CKQA 2VZSA 3OLDA 3K4DA 1IV8A 3N18A 5CPTA 1WNOA 1V0MA 1HXJA 4EKJA 3GBDA 1R87A 2CIPA 1NP2A 4ZEPA 2Q8XA 1OIMA 4UOJA 1FFRA 4KMQA 1J11A 3KEHA 4AD2A 5BWFA 2WB5A 1ZBCA 3CGTA 1O6IA 4WSKA 4E4PA 1UWQA 1GHRA 1HL8A 4U5IA 3U7VA 4J7RA 4HP5A 2D2OA 3VU2A 4TX6A 3ZQ9A 1KQZA 4U2YA 3GH5A 1UYQA 1CYGA 5DFAA 2DIEA 1W9BM 4AEFA 1WDPA 4QFUA 2JALA 2FH6A 3UEQA 8CGTA 4B3KA 4MNMA 4UFKA 1KR0A 3D5HA 4ZE5A 1UD5A 4WJXA 4HOXA 3ZJ8A 4Z2IA 1OCQA 4XZBA 3VGDA 2GJRA 3WBAA 3VKKA 2VOTA 2W63A 2ZIDA 1R85A 2OSYA 2GSJA 4PMZA 2CETA 1J10A 3CH9A 3ARZA 1NOWA 1OT1A 3L4ZA 3WNPA 3VPLA 2YL5A 2Y8KA 3N1AA 3CHEA 2XSAA 1BGGA 4PMUA 3EDJA 2CBIA 5EBAA 1E1FA 4ATDA 2A3BA 1V6VA 3WQWA 2BS9A 1C7TA 3CZ8A 2G8ZA 2FGLA 1UR0A 1LL6A 1BTCA 4AIOA 4JCMA 1B3XA 1DWFM 3BMWA 2VRQA 5A69A 1M03A 4W86A 4P7QA 1XH2A 3WUGA 3HN3A 4D72A 1UKSA 1XSKA 2J75A 2W66A 2BY2A 4M8UA 3N15A 2JE8A 3A6OA 4M81A 4J3WA 1CXHA 5AC5A 1WKYA 4PSPA 4IPNB 2J78A 4Z2HA 4J3VA 4PMDA 5IHSA 2O9TA 1CGYA 3WQ6A 2YLLA 3THDA 1JF5A 2YDSA 3AJ7A 2XGIA 2OWCA 3W37A 3VMNA 1H09A 5AY7A 2ZX5A 2WVTA 5I2UA 2BY1A 4U3CA 3OBAA 1WDQA 1JG9A 3OLEA 3AIVA 1JYWA 1BQCA 4UNIA 4W88A 3L2MA 2GVYA 4UOQA 1JZ6A 1KXQA 1CGTA 4AZIA 3MKKA 3AIBA 3W28A 4CD6A 1QNQA 4GIAA 3CUIA 3G6LA 2XWEA 4JFTA 2WW5A 1CBGA 2V3FA 5CLTA 2G41A 4FMVA 2X0HA 1BAGA 2E8ZA 1EDTA 3WUEA 1HJWA 4PEEA 3DHPA 1C8QA 3OLIA 4DM2A 2YL8A 4YHEA 3IJ7A 1W1PA 3L4UA 4L4OA 1RP9A 3VINA 3WH7A 2BXZA 3VDAA 1Q6GA 3OZPA 1UD3A 4QCEA 1G0CA 1V6XA 5ECUA 1V6UA 3MUAA 5LA0A 3CUJA 1UWUA 2X09A 2VQTA 3N12A 3PZIA 2X2YA 2Y8VA 1UR1A 1VEMA 3K8MA 4FLQA 1NH6A 1BGAA 5I0DA 2E0PA 4V2XA 1E6PA 1BSIA 2O9RA 2WKLA 1R7AA 1EO7A 3IAQA 4BF7A 1V3JA 5A8MA 5A6BA 1XHGA 3VGBA 2DSKA 3WEMA 4H8VA 1PZ2A 2RGMA 4AZCB 5BYWA 2UY3A 2WCSA 1M01A 4AZCA 3D3AA 3MV11 3T2QA 1E6NA 3RDKA 4UQBA 2BHYA 2XG9A 2O92A 2XVNA 1CXLA 4JFWA 4AZ6A 1WP6A 3SCVA 4GINA 2J25A 1WZMA 2G3MA 3SIMA 2WC3A 4FK9A 5A8PA 1Z32X 3T0DA 2YDQA 3WNOA 4A3YA 1FH7A 3NSNA 3IK2A 3LPOA 3WUBA 2WMFA 3PZMA 4MADA 4AIUA 1HIZA 1MQQA 1E0XA 2EBNA 4NF7A 4Q22A 4AZBA 1JZ7A 3VX1A 1GPFA 1VIWA 4GI6A 1UUQA 4B9YA 4UQCA 1QVBA 1E6RA 5E6YA 2XVGA 3A47A 1V3MA 5IFPA 3BAWA 4W85A 1V3LA 1CXKA 3WNKA 4CU6A 4B9ZA 3BCDA 5CPSA 1PPIA 3WDPP 1VB9A 3ZJKA 2ZX8A 1UD6A 5EB8A 1W3JA 1UA3A 4D6EA 2QPSA 3T0BA 3FNDA 3W6LA 3W38A 1AMYA 1JFHA 3FN9A 1UWTA 1V02E 3OGRA 2VX6A 4D6IA 2D0GA 3EMQA 1EHNA 1GOMA 3WDQA 3SCUA 1JFXA 3AHVA 3O9NA 3WENA 1C7SA 2BHZA 5BROA 3BAYA 2XYLA 1D7FA 4KRTA 1NWUA 3VD7A 2J74A 4B15A 1EGZA 1R8LA 4J3UA 1JYVA 3BAIA 4BQ2A 2UY2A 1X1NA 3QHMA 3AOFA 3DC0A 3L4VA 3VUPA 1W3KA 5BCAA 4MB1A 1ZB5A 3M7SA 3HU7A 2ZXAA 4P7RA 1B90A 3CO4A 1XYZA 3PN8A 5M3WA 1HX0A 1KFWA 4FLOA 2BVDA 1V3IA 3WH6A 1W9XA 4ATWA 4CD8A 2B31A 5GNYA 1HF6A 5I3DA 3ZR5A 1QI0A 4A3HA 2D1ZA 3DECA 2WAGA 3AXHA 1UR4A 2VRJA 4U3AA 3RO8A 3WFLA 1HJQA 3GXMA 3BAKA 1W9PA 1KWGA 4W5ZA 3GXFA 1GORA 1V08A 1B3ZA 5GQBA 2AAAA 1GCYA 4CU8A 1WCGA 1KCLA 4YN5A 1C93A 4UFMA 5DO8A 4HA1A 1K9FA 2ZUUA 3WF2A 1ITCA 3VNZA 2PWHA 4GXPA 2VNCA 2ZUNA 1UQZA 3FAWA 1VFMA 2VCBA 1HT6A 3U57A 4NI3A 2EO7A 4C7FA 1TMQA 4PCSA 3DYMA 1J0YA 2OWWA 3W0KA 4UQDA 1HNYA 1K6AA 1DWIM 4GO9A 1AVAA 1UD4A 4LPCA 2QLYA 3F5LA 3FXYA 4PMNA 4D71A 3AZTA 1E6SM 4OKDA 3POCA 4MNJA 1JYNA 3GBEA 1V0KA 4S3JA 2DSWA 1EOMA 2YBUA 3A4WA 2OYKA 1HKMA 4JHOA 5CSYA 1H4PA 3N9KA 5A1AA 1H41A 1CENA 5KZ6A 4MTVA 1EH9A 5HOSA 3VIPA 2C0HA 3L4XA 1WZLA 1C90A 3WEZA 1VAHA 2EPMX 4YHGA 3AHTA 1J0ZA 2OLHA 2WMIB 2XUCA 2QV4A 3FW6A 4ACZB 2WMIA 5BXTA 4ACZA 4TVCA 2D3NA 1JD9A 4HA3A 3MV01 5ABGA 3QR3A 4D1IA 4PBGA 3MMWA 4UR9A 1LWJA 1NARA 3PZQA 2BHUA 1V0NA 4IISA 3SUUA 1JIBA 2PB1A 3IJ9A 3O6AA 4WIWA 1E70M 3MUZ1 5A6LA 2CHOA 5GNXA 1ZBVA 3ZMRA 2GK1B 3VMPA 1BVZA 5CLWA 4JCLA 2GK1A 3ZOAA 2J8FA 1VF8A 4H41A 1E0VA 1WB0A 2J7BA 1XH0A 2RGLA 4E8CA 4P7NA 3WL0A 4KRUA 3VMOA 3NSXA 1K9EA 2XHYA 3CZGA 1GOOA 3B9EA 5FD0A 2JIWA 1IT0A 1W3LA 1I1XA 1B3VA 1W32A 5IXEA 3PHAA 2D20A 1VBRA 3CMJA 3ZM8A 3UETA 1MW0A 3ARQA 3PZGA 1PX4A 1GOIA 1HJXA 3ARUA 3SUSA 1E5JA 4DUWA 1LG1A 1BLIA 4RE4A 3VILA 4HPGA 4IM4A 3EDFA 1PAMA 1E55A 3OGSA 1LJYA 1H49A 2GDUA 3WNLA 1BVNP 3WN6A 2VI0A 3F5JA 5C8BB 4Z2LA 2G3IA 1BG4A 4MJ4A 2D0HA 1J0JA 1V3HA 1N82A 1EDQA 4MB3A 2WM0A 5E0CA 4H04A 5CJ5A 1NP0A 2ZUVA 3ALGA 5CPQA 1BHGA 1XCWA 4PTWA 1PX8A 2PC8A 1QHZA 4Z2JA 3AIUA 1GJWA 3ZT7A 1WO2A 2EPOA 1KR1A 2J79A 1CTNA 1MVYA 3K46A 3AS2A 2OYLA 3GTNA 1IZJA 5E0FA 3VGFA 3KE0A 3I3EA 1BYDA 3ZT6A 4TOQA 2E40A 1UKQA 2YA1A 3VM5A 1UH4A 3I3BA 4EAMA 3MU7A 2TAAA 2J7GA 2DPEA 4PMRA 4N0RA 2ZICA 3CZKA 3AISA 1VEOA 2W91A 1TR1A 5JH8A 4MAVA 1Y7VA 2FHBA 1PBGA 2Y5EA 3VO0A 1GOKA 2NT1A 1XCXA 4YPJA 4CD4A 1D2KA 3CTTA 1NWSA 5CGMA 2GDVA 1VFOA 2Y4SA 1EA9C 3WD3A 3PZUA 1DP0A 2QMJA 3PZ9A 4IPLA 4C7GA 3RIKA 1ISZA 2J4GA 4BQ5A 1RH9A 3VDCA 1OGBA 1LWHA 3CZJA 2G3NA 2W61A 2VX5A 3UG4A 1EXPA 2WZIA 5ABHA 1MW1A 1DWGM 4UFLA 5JIPA 2CBVA 4UQEA 4WK9A 4XX6A 4HA4A 3W6MA 3WF0A 4CVWA 1OB0A 4DWSB 1JDCA 4TVDA 4HMCA 3THCA 1H11A 4HU0A 4DWSA 1V6YA 4P8VA 4W84A 2GJXB 3PZNA 3SUTA 2EPNA 1GVYA 1R86A 2GJXA 3CZEA 4PN2A 3AS3A 4MB5A 1E43A 2OYMA 3VDHA 1TA3B 1JNDA 4BA0A 5C70A 4GPNA 3JUGA 4W7UA 2J7DA 1TA3A 2E8YA 5D9OA 2D3LA 4ATLA 1QW9A 1SFSA 2W4XA 2CBUA 3AMKA 5BXRA 1S46A 3NDZA 4W5UA 4UQ9A 3SCQA 2A3AA 5A8QA 2CCRA 1FP9A 2IXVA 4FLSA 1LL4A 4DUXA 4E8DA 3CBWA 1RP8A 1ZJBA 4GI8A 1E4IA 2D23A 4W7VA 2YL6A 2PWDA 2VZTA 5LYRA 1MFUA 3EDEA 4XUYA 4ZE4A 1GNXA 2J7HA 3W81A 3B9AA 2DT2A 3UG5A 1TG7A 3ZT5A 1JYXA 1E6XM 3WQ5A 4ACYA 1HL9A 4OBRA 3MMUA 3L4YA 2V3EA 5DT7A 1J01A 2VCAA 5I6SA 3WEOA 1UQYA 2JIEA 1DHKA 1JI1A 1CIUA 1UHVA 1XD1A 3IJ8A 1JZ4A 1UA7A 1K9DA 4PCTA 4JL2A 1XD0A 2VJXA 3WUFA 3EBVA 1GUVA 7TAAA 4M1RA 3SCOA 2BVYA 4KH2A 5A94A 2EPLX 2XWDA 2VC9A 1E6QM 4PUDA 1BFNA 2XIBA 2W5FA 4UZSA 3TOPA 2ZUTA 5I77A 4W7WA 1NQ6A 1WDRA 4P8XA 1CGVA 3TTSA 3U5YA 4HOWA 3KL3A 1TVPA 2WVVB 5D8WA 1CXEA 1WAWA 2WVVA 3MMDA 1OD8A 4MDOA 1EDGA 3A4AA 1G5AA 4GO8A 2Y24A 4H7VA 3WDIA 3BCFA 1CXIA 1TFVA 3BH4A 1FHDA 1V3KA 1OM0A 3GNOA 3OZOA 1PEZA 3UERA 2EQDA 4W8AA 2ESCA 1E73M 4NRSA 3NCOA 1PIFA 2W67A 3CHFA 1GHSA 3L2LA 3A4XA 3E1F1 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1JAE A;  3WDJ A;  3CIV A;  2CHN A;  4CD7 A;  1CLX A;  2VMF A;  5BRQ A;  1UZ4 A;  4EAN A;  2VL4 A;  1HP5 A;  3POH A;  1PX3 A;  2IXU A;  1XGZ A;  2JFE X;  2J77 A;  2GFT A;  4LYR A;  1WPC A;  4NZC A;  2WMG A;  3U5U A;  1BG9 A;  2J8G A;  3LPG A;  4NRR A;  1Q6F A;  1E4N A;  3VTR A;  1RD6 A;  3QHO A;  4U5K A;  2VX7 A;  3AMD A;  3CMG A;  4GQR A;  5GNZ A;  2WYS A;  2ZUS A;  2WKG A;  1JDA A;  3GH4 A;  7A3H A;  4S3K A;  4TX8 A;  4M80 A;  3AMG A;  4AD5 A;  4DWS D;  5IFT A;  3SUV A;  2XM2 A;  4JFS A;  4J28 A;  3M07 A;  2WPG A;  1XRV A;  5HBF A;  1QNP A;  5A2C A;  2YL9 A;  2YIH A;  3VGG A;  2DT1 A;  2QHA A;  2OWX A;  2XPK A;  4D6G A;  3WFZ A;  2FDM A;  4V27 A;  1NM9 A;  1TZ7 A;  2WMK A;  4XB3 A;  3WD4 A;  3OB8 A;  5CZK A;  4GKL A;  5A6K A;  2WVS A;  4LYQ A;  1KQY A;  1ZL1 A;  1MXG A;  1TVN A;  1NWR A;  1J12 A;  5LA1 A;  3VIJ A;  1CWY A;  2CKR A;  3QOK A;  1V03 A;  2WHL A;  5D9N A;  5FL0 A;  4GQQ A;  9CGT A;  3ZST A;  4AWE A;  1OD0 A;  2NT0 A;  3TTO A;  1E71 M;  5AYI A;  1GQJ A;  2V5C A;  5ABF B;  2O9O A;  1FFQ A;  3BLK A;  5ABF A;  2VZU A;  4JKM A;  2E9M A;  4GZE A;  2X0Y A;  1OSE A;  2YBT A;  2ZX9 A;  3LPF A;  2DSV A;  3M46 A;  1DWJ M;  1IZK A;  2ZX7 A;  1ZS2 A;  1OIF A;  1OGG A;  1HVQ A;  1LF1 A;  5CXP A;  2D22 A;  3WSU A;  1FA2 A;  3K8L A;  2EPK X;  4ZEN A;  4AY1 A;  4B3L A;  5AC4 A;  4EK7 A;  3I3D A;  3VDB A;  1M7X A;  3WQV A;  2O9P A;  5LA2 A;  3SCN A;  3AYS A;  3VVG A;  1P6W A;  4J3T A;  3VX0 A;  1W9D M;  2WCA A;  1KWK A;  2PI6 A;  2ZXB A;  2BVT A;  1WDS A;  2EJ1 A;  1VFU A;  3VD5 A;  1KGU A;  4U2Z A;  3AIE A;  2XFF A;  3WEL A;  3UES A;  3BMV A;  4DWS C;  3NDY A;  3VGH A;  1KGW A;  2YJQ A;  2F8Q A;  3UR7 A;  2VVN A;  5HPO A;  1W3H A;  5JBD A;  3CLW A;  4WF7 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2WAN A;  4QJ5 B;  1MFV A;  1ISW A;  1UIP A;  4NIL A;  1BYA A;  3LQL A;  3W7D A;  1GQK A;  4F0L A;  1A5N C;  3TU9 A;  4QP0 A;  1GVE A;  1WXJ A;  1US2 A;  4WHB A;  4UDM A;  3KWS A;  4L9Y A;  4F3H A;  4FPS A;  2IPF A;  1QWK A;  1AOD A;  4AIS A;  4NZF A;  4DXK A;  3LGE A;  2A3E A;  1GZJ A;  4GOA A;  4OBS A;  3ZLH A;  3T2O A;  3PWG A;  3CPU A;  4AXN A;  1S2T A;  3TP4 A;  2GL5 A;  2QUN A;  1E56 A;  3PR9 A;  2E4T A;  3BGJ A;  3B7X A;  3ARP A;  3FK4 A;  3NL6 A;  1TPB 1;  3KBV A;  3MB9 A;  4AHO A;  1A5U A;  2ZRV A;  4A8N A;  3KCO A;  3FDG A;  3M5X A;  3RR4 A;  4GZI A;  1KNW A;  5FCZ A;  3IRD A;  3LCI A;  2XPB A;  5B7Z A;  3MP3 A;  2P8C A;  2EEX A;  2PDJ A;  2BWG A;  4KWU A;  3ZYZ A;  3QPZ A;  3RIL A;  1NWT A;  5CSU A;  1OJX A;  1L6S A;  3N13 A;  4GBU A;  3SCT A;  1IEW A;  1HGW A;  3PWI A;  4J27 A;  3AIW A;  4H7Z A;  1XSJ A;  6CGT A;  8RUC A;  2V3D A;  1UKO A;  1SO5 A;  2WC7 A;  4CQC A;  3SJN A;  4UOZ A;  1HKV A;  4XBS A;  4GGH A;  3W2K A;  5DY2 A;  5CBI A;  2PPN A;  3R58 A;  3K4D A;  4ODO A;  4ZOE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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