The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
103
|
sequence length |
432
|
structure length |
432
|
Chain Sequence |
MQVSVETTQGLGRRVTITIAADSIETAVKSELVNVAKKVRIDGFRKGKVPMNIVAQRYGASVRQDVLGDLMSRNFIDAIIKEKINPAGAPTYVPGEYKLGEDFTYSVEFEVYPEVELQGLEAIEVEKPIVEVTDADVDGMLDTLRKQQATWKEKDGAVEAEDRVTIDFTGSVDGEEFEGGKASDFVLAMGQGRMIPGFEDGIKGHKAGEEFTIDVTFPEEYHAENLKGKAAKFAINLKKVEERELPELTAEFIKRFGVEDGSVEGLRAEVRKNMERELKSAIRNRVKSQAIEGLVKANDIDVPAALIDSEIDVLRRQAAQRFGGNEKQALELPRELFEEQAKRRVVVGLLLGEVIRTNELKADEERVKGLIEEMASAYEDPKEVIEFYSKNKELMDNMRNVALEEQAVEAVLAKAKVTEKETTFNELMNQQA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Trigger Factor in Complex with the Ribosome Forms a Molecular Cradle for Nascent Proteins
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Chaperone
|
source organism |
Escherichia coli
|
molecule keywords |
TRIGGER FACTOR
|
total genus |
103
|
structure length |
432
|
sequence length |
432
|
chains with identical sequence |
B
|
ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
pdb deposition date | 2004-06-28 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00254 | FKBP_C | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
A | PF05697 | Trigger_N | Bacterial trigger factor protein (TF) |
A | PF05698 | Trigger_C | Bacterial trigger factor protein (TF) C-terminus |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Trigger factor, domain 2 | Trigger factor, C-terminal domain | ||
Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | Trigger factor ribosome-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1D7H A; 3RFW A; 3UQI A; 4DT4 A; 3KAB A; 3O5R A; 5D75 A; 2PBC A; 3OOB A; 4DRK A; 4IPX A; 3JYM A; 2LJ4 A; 4QT2 A; 3KAH A; 4TW7 A; 4ODK A; 4TNS A; 2XP8 A; 1FD9 A; 4J4O A; 1FKD A; 5DIU A; 2XPB A; 2ZQS A; 5HUA A; 2MLY A; 2XP9 A; 3O5K A; 4TW8 A; 1BKF A; 3KAF A; 3TCZ A; 1C9H A; 4JFK A; 5HKG A; 1J4R A; 1F40 A; 1OMS A; 1F8A B; 2MLZ A; 1M5Y A; 1YW5 A; 2FAP A; 5DIV A; 2NSA A; 4JYS A; 4TX0 A; 3UQA A; 4GIV A; 2UZ5 A; 1B6C A; 2MPH A; 1PIN A; 3IHZ A; 2VN1 A; 2XP5 A; 1PBK A; 4W9Q A; 2F2D A; 2KI3 A; 3CGN A; 1ZXJ A; 4DZ3 A; 1EYM A; 2FKE A; 1ROU A; 5B8I C; 2DG9 A; 3KAG A; 3RGC A; 4DRI A; 3KZ7 A; 2XP3 A; 1FJD A; 4DRM A; 1FKF A; 2MNT A; 2F4E A; 2KFW A; 3MDY B; 2VCD A; 3O5G A; 3O5Q A; 4MGV A; 3GPK A; 4U86 A; 4FN2 A; 3TDB A; 4JFM A; 1KT1 A; 1FKS A; 1N1A A; 2RQS A; 5HW6 A; 2ZR5 A; 3O5F A; 4ODQ A; 3JXV A; 2ZR4 A; 4LAW A; 4DRH A; 1ZCN A; 2DG3 A; 1Q1C A; 3WH0 A; 2JZV A; 1D7J A; 4QIB A; 5HW8 A; 5J6E A; 1FKJ A; 4G50 A; 2KGJ A; 5HWB A; 4BF8 A; 3KAD A; 3I6C A; 3NTP A; 1QPL A; 1FKL A; 2LGO A; 1FKG A; 2PPP A; 2D9F A; 1FKI A; 4ODM A; 2XPA A; 4DRO A; 1NSG A; 1NMV A; 4ODO A; 3O5L A; 1BL4 A; 4DRP A; 1Q6I A; 1Q6U A; 4IQC A; 1ROT A; 3NRK A; 4NNR A; 5HT1 A; 2N87 A; 2KO7 A; 2ZQU A; 1T11 A; 2RSE A; 1R9H A; 1A7X A; 2M2A A; 5I98 A; 1FKR A; 5HWC A; 3FAP A; 3UI6 A; 1FKB A; 2K8I A; 4N19 A; 3UF8 A; 3IKD A; 4W9O A; 3EY6 A; 2ZQT A; 2AWG A; 3O5O A; 1TCO C; 2KR7 A; 3B7X A; 2ZR6 A; 4MSP A; 1W26 A; 2Q5A A; 2M08 A; 4R0X A; 1FAP A; 4FAP A; 1JVW A; 4DZ2 A; 2DG4 A; 3LUO A; 3O5J A; 4QT3 A; 3UI5 A; 4DRJ A; 2MF9 A; 1Q6H A; 2L2S A; 2ITK A; 2RUR A; 3PA7 A; 1FKT A; 4ODL A; 5HW7 A; 4DIP A; 3KAI A; 1FKK A; 1JNT A; 2RUD A; 4IQ2 A; 1QPF A; 3O5D A; 3O5P A; 2KE0 A; 4TYO A; 4DRQ A; 1J6Y A; 2PPO A; 1D6O A; 2RUQ A; 4ODP A; 1D7I A; 2LPV A; 3PRD A; 2Y78 A; 1L1P A; 1U79 A; 1J4H A; 4J4N A; 1YAT A; 4GGQ A; 4ODN A; 3UQB A; 4DRN A; 2D3O 1; 2M1I A; 3UI4 A; 1HXV A; 3IK8 A; 3O5E A; 3GU0 A; 4G2P A; 1EQ3 A; 3O5M A; 2MLX A; 3PRB A; 4JFJ A; 4U85 A; 4ODR A; 4DH0 A; 3JYJ A; 4O2T A; 3IKG A; 1ZK6 A; 3GTY X; 2XP7 A; 4ITZ A; 5BXJ A; 1QZ2 A; 4LAV A; 1KT0 A; 2ZQV A; 4LAY A; 2XP6 A; 3KCE A; 3VAW A; 4JFL A; 4W9P A; 4LAX A; 3CGM A; 1P5Q A; 3O5I A; 1NMW A; 3H9R B; 3ODK A; 2PV1 A; 4JFI A; 1JNS A; 2RUC A; 4C02 B; 2PPN A; 5HTG A; 2XP4 A; 5GPG A; 1FKH A; 1Y0O A; 2PV3 A; 5DIT A; 2OFN A; 3NI6 A; 4U84 A; 4TW6 A; 2LKN A; 3KAC A; 3TC5 A; 2PV2 A; 1J4I A; 1P9Y A; 2F21 A; 2IF4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3JYM A; 1ACM B; 1BQN A; 1WEL A; 4G1I A; 3J80 U; 1WDD A; 1KSP A; 1J4R A; 2R7R A; 5I3U B; 4PUO B; 1EQM A; 2E9Z A; 3MPU B; 3MTJ A; 3ZZY A; 3B6B A; 4W90 B; 1WOS A; 2RQS A; 2DT0 A; 3MEG B; 2JC1 A; 2HNY A; 2K1R B; 1FKL A; 3OUY A; 4P6Q A; 3AOA A; 3SDE B; 5L38 A; 4K59 A; 5BR8 F; 2XNR A; 4PWD A; 4WPA A; 1WOP A; 4ECZ A; 1YIT S; 3KHL A; 1GXT A; 1KHV A; 1S4E A; 2B43 A; 2J5A A; 2PN0 A; 3RAX A; 4LF5 J; 2QLX A; 4UUX A; 3B4M A; 1FRJ A; 1AFI A; 1GQE A; 4Q45 A; 4AE5 A; 2J9C A; 1K9M T; 2DGX A; 2IDL A; 3VAG A; 1C4A A; 3DLE B; 3RYL A; 3OXG A; 2DH8 A; 1WG4 A; 1XMO F; 1RT4 A; 2VQE F; 2Q66 A; 4GVL A; 1HNV B; 4GKK F; 3RR8 A; 2GHP A; 3I82 A; 4NLQ A; 1M5Y A; 5HMZ A; 1HR0 F; 3VAF A; 3N4W A; 4PWD B; 1W25 A; 3B8H A; 3LP2 B; 3BF4 A; 3GB0 A; 1NJY A; 1VLY A; 4B9S A; 3POT A; 3DRS A; 3HD1 A; 4QPT A; 3VV2 B; 4PXE A; 4QIE A; 2C3P A; 1LW0 B; 3D7S B; 4AND A; 1BL4 A; 4ZA1 A; 3N6N A; 4PYA A; 3DRP B; 2X3D A; 3B4D A; 4J7C A; 2KH9 A; 3UDL A; 2B5U B; 2DXE A; 2MQP A; 3QT7 A; 1FKT A; 3N79 A; 1SH0 A; 1WG1 A; 3CCV S; 2HW3 A; 2QFJ A; 1D7I A; 1RTZ A; 3Q8V A; 5LSL A; 4TU7 A; 2ZJP Q; 1XR7 A; 3MMB B; 4P9S A; 4NLY A; 1VK3 A; 2DT2 A; 2EXU A; 1TMM A; 1UZD A; 3I55 S; 4EK2 A; 2BE7 D; 5F8L A; 4WYW A; 1W1T A; 1NSP A; 4X4T A; 4R5P A; 5EHH A; 4RBV A; 4M63 A; 1D9A A; 1J4I A; 1XMO J; 1XEZ A; 3POT B; 2VIC A; 3DRS B; 3CJT A; 1SQF A; 2VQE J; 4U96 A; 2E66 A; 2WAQ D; 3M8W A; 4F67 A; 1HNX J; 4MT1 A; 1WG5 A; 3GIK A; 2EFP A; 2JFK A; 2C2D A; 2FAP A; 2YQ3 A; 3HJV A; 3D6T B; 2FD2 A; 2GVD A; 1HR0 J; 2GX8 A; 2DNN A; 1FJD A; 2JWN A; 5HW6 A; 2HWI A; 2IMW P; 3FZ2 A; 5EN1 A; 4RW6 B; 2FJV A; 4I2Q B; 2MZQ A; 3GII A; 2CVI A; 2DT9 A; 4BS2 A; 4EEY A; 3OT9 A; 1OPI A; 4HT5 A; 1VYA A; 2F40 A; 3NS5 A; 1L3S A; 1KC8 T; 2DEJ A; 4NE9 C; 3D67 A; 3EGV A; 4W9O A; 3NMA A; 1TCO C; 4DL3 A; 1YZ7 A; 5A8W B; 2DYA A; 2I1R A; 4R5P B; 3F73 A; 3HPO A; 3GJS B; 2EWH A; 4BBY A; 1J6Y A; 1S1V B; 1FEH A; 4NEZ A; 5JJB A; 2VG6 A; 2V68 A; 4X65 F; 5HVH A; 2J0S D; 5ETM A; 4DR1 F; 2OEJ A; 3BGF A; 3A8J A; 4LF1 A; 3HFZ B; 3WX4 A; 1N5S A; 1FDN A; 2IJF A; 2VB6 A; 3OW2 R; 2JEJ A; 1WEZ A; 2LJ4 A; 1RE1 B; 5F9L A; 4L74 A; 3DLK B; 1VDH A; 4MKB A; 1RCX B; 3DNC A; 2HZV A; 3FRY A; 1ZXJ A; 1VQS A; 2YPY A; 1NK0 A; 4DF8 A; 4YR2 A; 4JFM A; 4EGL A; 2DG3 A; 3B8S A; 2ZVI A; 1KLM A; 4OJ3 A; 1VCT A; 4B3R J; 1C4C A; 2JJ4 D; 1SH2 A; 2WVF A; 3BR8 A; 5KFP A; 4IO1 A; 4KGX B; 2MB0 B; 3CJK A; 4ES2 A; 2CXE A; 2PMW A; 2HRT A; 5K8M A; 3OL8 A; 1UVI A; 3IC1 A; 4F3O A; 2EBG A; 3IBF B; 3UD4 P; 2DGQ A; 1P8G A; 1PCA A; 2ETN A; 1EHW A; 1K73 T; 2QSF A; 3H2L A; 5DZ6 A; 2IA6 A; 3SSQ A; 2H3E B; 5IV3 A; 3PW2 A; 4OHW A; 3TX0 A; 1JJ2 R; 5GAE I; 4IR1 A; 3IO1 A; 4RW7 A; 3ALF A; 1CSJ A; 3ODK A; 2GJF A; 1P1L A; 4CO5 A; 4V19 J; 4Q8F A; 2F8H A; 1VQO S; 4U7C A; 1QSS A; 3H0P A; 4TLQ A; 2EFO A; 2V2K A; 1N5Y A; 4M5N A; 2MQ8 A; 4DN9 A; 1UA1 A; 3RB3 A; 2LCW A; 3QRR A; 2QMU B; 4Q8E A; 3CJK B; 4OYM A; 3IM9 A; 5DF0 A; 2LQB A; 2FZK B; 3PYG A; 2CAD A; 5EWG A; 2EW9 A; 3IWL A; 3LF0 A; 3I6P A; 1IBM F; 2MKJ A; 1CC7 A; 4JI3 F; 4OZ2 A; 5U47 A; 1Y5I B; 1RT6 B; 4Y2M A; 1IBC B; 3R2D J; 1U8S A; 3FEY B; 3S8S A; 1QTM A; 3MEC A; 2BAN A; 1FHT A; 2XYG B; 1PIE A; 1U1O A; 4HI2 A; 2I8E A; 4TLR A; 1O51 A; 4B3M F; 2ASY A; 2J76 E; 3D0I E; 4UQT A; 2UVR A; 1U45 A; 3KAI A; 2V9K A; 2V4Q A; 3RZA A; 4OQJ A; 4TY8 B; 3PIP Q; 4OHX A; 2R8J A; 4DMZ A; 3RR7 A; 3WHI A; 4KHM A; 3PW7 A; 3K7R A; 5LOQ A; 5J1P A; 4R25 A; 3R5C A; 4ZPA A; 3OLA A; 5GPG A; 1GXU A; 1ZZN A; 3ELH A; 2HQI A; 1Y0O A; 2IAJ A; 1FKO A; 1IBK J; 2RKI B; 4DUY J; 3GSI A; 4NYO A; 1R3N A; 4PAA A; 2CDQ A; 2P6T A; 1N0U A; 3VTI A; 4O3S A; 2DSW A; 4CO0 A; 1NBE B; 2HBY B; 1KDN A; 1SI9 A; 3TX8 A; 1OY9 A; 3D0G E; 3HHN B; 3NY0 A; 3AY0 A; 4PXD A; 2BAN B; 2NRE A; 1FKF A; 2BM1 A; 3DOM A; 2WTF A; 1RTD A; 4FPR A; 3EMT A; 5HW8 A; 2BJ8 A; 1X4A A; 3DRR A; 1CJU A; 5A2Q Y; 2FGC A; 2CZ4 A; 5E0O A; 1YJV A; 3H25 A; 5AE3 A; 2DCU B; 3EUN A; 1OYD A; 4P73 A; 3QSY B; 3ARX A; 1TVR A; 4MIA A; 1SL0 A; 4ZIT A; 1LK5 A; 3OA5 A; 3I0R A; 3RRK A; 1HBN A; 1W9V A; 4P10 A; 5DDP C; 1HWK A; 2IAJ B; 1SJQ A; 2RUQ A; 1ZL1 A; 1PJ6 A; 1L1P A; 2VBW A; 1FWK A; 4LFA F; 5GMD A; 5LMU F; 2GQ2 A; 4JI4 F; 4ZJL A; 2R8G A; 4WF9 Q; 2V8D A; 1QAY A; 1XMQ F; 1RU2 A; 1IJF B; 4HR2 A; 3G6Y A; 2XHW A; 3E3X A; 1E6V B; 3SSS A; 4HHU A; 2H4Y B; 3SCL E; 1TV6 B; 3DOM B; 3VWS A; 3ZTO A; 2VZ9 A; 1FJ7 A; 1X4B A; 1R0C B; 3GJR B; 4PCQ A; 3MWB A; 4O23 A; 3DOK B; 4MKY A; 3OJS A; 4IRK A; 1CQM A; 4QW9 A; 1TVR B; 1V3S A; 3HUL A; 1U1L A; 5B0E A; 1ZTW A; 1S1X B; 3I0R B; 4LGX A; 1REV B; 2XS7 A; 1LJY A; 4DXL A; 1RTI A; 1S6U A; 1YLX A; 1OQ3 A; 1RT3 A; 4ZN1 A; 4WIQ A; 4U9R A; 2ZQU A; 1X4G A; 2RRB A; 2DSU A; 1HQE B; 4QWB A; 4EBE A; 3TAP A; 3O5J A; 3TNV A; 1VC6 A; 2YWH A; 2GMJ A; 3GCW P; 4DV4 J; 4URG A; 3OVS A; 1HMV B; 1D6O A; 3P4U B; 3GR0 A; 4DU7 A; 4KGV B; 4EZ9 A; 1LL6 A; 1I1G A; 3M30 A; 3PFO A; 1GMW D; 4LAV A; 3LGN A; 2BQ3 A; 4Z7C A; 2PN6 A; 4P75 A; 5LMU J; 2JVO A; 1CLF A; 1MMD A; 1MG7 A; 1KQK A; 2P9C A; 3BSO A; 3CNQ P; 1F5A A; 3O5R A; 4AUK A; 3CE8 A; 2XCP A; 1YKW A; 5DG7 A; 1VQ7 S; 1UFK A; 4I64 A; 1FKD A; 2M2B A; 1VQ9 S; 3VQS A; 3EVM A; 3DMJ A; 2M88 A; 2R7U A; 1F9F A; 1EHN A; 1F6T A; 1XBW A; 2VN1 A; 3PIO Q; 3G8T A; 2AX1 A; 2LU2 A; 4ZPT R; 1BWV A; 3ZTP A; 3KAD A; 2XLJ A; 2PI5 A; 3FMW A; 3JAM U; 1NMV A; 1SC4 B; 1QLN A; 1UWB A; 4ED1 A; 4L72 B; 2AJ4 A; 3UI6 A; 3OD2 A; 4X4Q A; 5C25 B; 2FQQ B; 2ASL A; 4JI5 J; 2WVB A; 2HFN A; 1W2I A; 2GVZ A; 2CVE A; 1U8W A; 3N6L A; 3TJ8 A; 2OGU A; 4DH0 A; 1BWE A; 3TJ9 A; 3M8Q A; 3HKW A; 2L3M A; 2R8I A; 1SJ4 P; 3GP9 A; 1HLW A; 5D0H A; 3NXZ A; 1Z4U A; 1OO0 B; 2R9L A; 3A3O B; 4WTO B; 4DV6 J; 2QA2 A; 4OV1 A; 2LFV A; 2AJ2 A; 3IP0 A; 3BR9 A; 3M05 A; 2XLI A; 2JDJ A; 3UE2 A; 3HI9 A; 2ERR A; 3NOG A; 5GQB A; 1NDP A; 4WKF A; 4ZK