4MTVA

Crystal structure of the complex of buffalo signalling glycoprotein with pentasaccharide at 2.8a resolution
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPNLKTLLSVGGWNYGSQRFSKIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLWPGWRDKRHLTTLVKEMKAEFVREAQAGTEQLLLSAAVTAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFRGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSYTLASSKTDVGAPISGPGIPGRFTKWKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAIKDVLARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
publication title Crystal structure of the complex of Buffalo Signalling Glycoprotein with pentasaccharide at 2.8A resolution
rcsb
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
total genus 123
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4mtvA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4mtvA01
2ZX8A 2WKLA 3PTMA 2ZX9A 1JGIA 1VFUA 4XX6A 6A3HA 1RP9A 3AHZA 3VVGA 3ZJ7A 2GUYA 5CG0A 3MKKA 1V6YA 3SEPA 2WHMA 4A3HA 5I23A 1JDDA 2JF6A 2V3FA 1BG9A 3WF4A 4EAMA 1KWKA 2XVKA 1E6RA 3TTOA 1VEPA 1TCMA 3FXYA 1UA7A 5GNYA 1AQHA 1G94A 3UG3A 2WSKA 2CETA 4JL1A 3MSDA 5I0DA 3W29A 1E6ZA 3CHEA 2WKGA 3VIFA 3N17A 4EE9A 3BAWA 1TUXA 1GONA 3HMCA 4U5IA 4QCFA 2F8QA 1H0GA 2DIEA 2J79A 1HJWA 4H8UA 5KZ6A 4PUEA 2X0YA 1WZKA 4MDPA 2DGAA 1BLIA 3K1DA 1LWHA 2YA0A 1OCQA 2ZE0A 4BQ2A 1U30A 1UR2A 1KXHA 3WENA 2ZX7A 1BF2A 1HJXA 1GHRA 4UQDA 1B30A 1GOMA 2DDXA 4U2YA 4AIUA 3DECA 3WDIA 2GJPA 1JI2A 4AY1A 4W86A 1UD2A 5IXEA 2VCBA 4C7FA 1DHKA 1CYGA 1DWFM 2X05A 4U3AA 1AQMA 2V3DA 4AZ7A 1UKSA 2WHKA 1UR4A 3A6OA 3BAYA 4DWSB 1CEOA 3POCA 4U33A 1PX8A 2YLAA 2XSBA 2WB5A 3N11A 4H7VA 3W6LA 1CGUA 1UWUA 3WDHA 2BNJA 4YHEA 2FH6A 1QHZA 3RJYA 1CGYA 2XPKA 3WNOA 3QR3A 2G3IA 2DT0A 1DWIM 5FOOA 2XVGA 3EDFA 1E5JA 1MW0A 1IZKA 4M82A 1HVXA 4OOZA 4KGJA 4D6EA 3VO0A 2ZXBA 1X6NA 2QLYA 1WE5A 3WFLA 1JZ7A 1BVNP 1J9YA 5CLTA 2CKSA 1KR1A 4MDOA 1NOFA 1A47A 2WMHA 1LG2A 3CUIA 4HTYA 2UY3A 3NDYA 2A3EA 4XZBA 3O6AA 2WBKA 3AHYA 5DFAA 2XIBA 3ARPA 2BS9A 1YQ2A 3GNOA 1WNOA 1G01A 4PMQA 2D22A 7CGTA 5A6JA 2WBGA 4AISA 5FKYA 1UD4A 1K9EA 1W9DM 4JFSA 2X0HA 4HA1A 3GXDA 5DF0A 3FHAA 1V3IA 3E1F1 4BF7A 2D3LA 5FIPA 4D6DA 4DUWA 1UWRA 1UWIA 3PN8A 4PTWA 1VBUA 3ALGA 1H1NA 1VFMA 3CZKA 4HMDA 2OWWA 3WEOA 4CUCA 2YLLA 4LYPA 1ZB5A 1ZJAA 4BA0A 4P8VA 2A3CA 1OD0A 4JFVA 4NZCA 4QLJA 1CXHA 3AQUA 4J7RA 2ZUMA 1PAMA 3BMVA 5AYIA 1JZ5A 2VCAA 2WVVA 4W7UA 3VNZA 3BMWA 1Q6EA 1V0MA 1V0NA 2CBIA 3BGAA 3LPOA 5DEZA 5A94A 4TXEA 4WK9A 3VUPA 1EQCA 1QW8A 3OG2A 1CENA 1PIFA 3THDA 1MFUA 1VIWA 3DYMA 3IJ8A 4AIEA 2O92A 5A95A 2BY3A 4GZIA 3IAPA 5A2AA 1M7XA 3VDHA 3IK2A 2E40A 1NQ6A 4QAWA 3U57A 4MB5A 3T08A 2X09A 1PEZA 2VVSA 2DSVA 1HKIA 2BVYA 4UCFA 2CHOA 3ARVA 5E6YA 1HP5A 1NOWA 2OSYA 2Q8XA 1XH1A 4E8DA 1DWAM 4KWUA 4H41A 1ISVA 1GUVA 3WL0A 2VMFA 3TTSA 3CZ8A 4H8VA 4FLRA 1EA9C 1GOKA 4LYRA 3PTKA 1F4AA 1H0IA 3M6DA 4MNMA 4Z2HA 1DEDA 2G8ZA 3IAQA 3MS8A 3CUJA 2VR5A 4A4AA 2YJQA 3WH5A 1QNPA 2UY4A 5C8BB 4D6HA 2XYLA 1UR8A 2J7EA 4CD6A 1CXIA 2DH2A 1J0ZA 4HPGA 5A6BD 1KXVA 5A6LA 4MB4A 2EPMX 1UZ1A 4ZFMA 2Y8VA 3FY1A 1V6VA 5ABEA 4D6FA 3PTQA 1GNXA 2AAAA 5FL1A 3VD9A 3AXIA 5E6ZA 1TA3B 1C3FA 1R7OA 1B0IA 5BWFA 2PBGA 3ZJ8A 1GOQA 3WD1A 3N15A 2VNCA 2EJ1A 3SCWA 4AD1A 1X6LA 4WLCA 2J78A 1R8LA 1W3KA 3T2PA 6TAAA 2YDSA 3UR8A 1E56A 2VZUA 4HU0A 4OJYA 2WSPA 3F5LA 3PHAA 4A3YA 5BXTA 2VUYA 3PZQA 1K9TA 3CBWA 4W93A 1HVQA 4J3UA 3AYSA 1U2YA 3AYRA 3O9NA 3RM9A 1ISZA 1FFQA 2WLZA 1XYZA 3A3HA 3GH4A 5A8PA 1NM9A 1SMAA 4JZ5A 3TP4A 4DUVA 4ACZA 1LL6A 3VTRA 4JKKA 3QHMA 3GXIA 3KWXA 4N42A 4CU8A 3A4WA 5HPOA 1ISYA 2UY5A 1C8XA 1CDGA 1UKQA 7TAAA 3WDJA 3RJXA 4AZHA 3CUGA 4HPHA 4D6GA 4EKJA 2QPSA 2YBTA 1MW1A 2X2YA 1BHGA 3WNLA 2Y5EA 2YBUA 3VM5A 1O7AA 3LPPA 3TOPA 4HOWA 4Z2IA 3B9EA 1UZ4A 2XWEA 3B8SA 2PF0A 4PTVA 4Z2KA 3ZIZA 2BV9A 3PBGA 5IFTA 1FHLA 1UD6A 3T0BA 1J18A 3W53A 3OLGA 3DHPA 3QHOA 4WJXA 2ZUTA 3NCOA 1D7FA 1R7AA 3BAXA 4KMQA 4M24A 3N1AA 2D24A 3NYDA 2FHFA 4J27A 2VJXA 2HISA 2FGLA 1ESWA 3GM8A 2G3JA 5CGMA 1DP0A 1CGWA 3AIQA 3AISA 3WBAA 3J7HA 2BY1A 4EANA 1GPFA 4MADA 3W4RA 3WNPA 3BXWA 3M46A 2BY2A 2VQTA 1BVZA 2XVPA 3NDZA 5JBDA 3F5JA 2YDQA 3ZR6A 4N0RA 3K8MA 1ECEA 2WANA 3OGSA 3ZO9A 2D20A 4J3TA 2WM0A 5DT5A 4M56A 5E0FA 3KL0A 1CLXA 2CCRA 2UWFA 3ZSSA 1W1PA 3VILA 3MO4A 1PX3A 3VGBA 3VDCA 4MNLA 4GZEA 4ACZB 1HJQA 2NT0A 3CUHA 5IHRA 3AXHA 2NW0A 1B3VA 4UQ9A 4B3KA 4E2OA 1JZ4A 3JUGA 4R27A 4CCEA 1UR1A 4LYQA 3WQ5A 5A6SA 4UR9A 1Q6DA 1J0JA 1QNRA 2WHJA 2F2HA 2W5FA 4AZCA 3CZLA 1KB3A 1PZ3A 3WSUA 3RM8A 1F4HA 1BQCA 3PZUA 2ZXAA 2J7FA 1ODZA 3AI0A 3PZGA 1GQIA 2GFTA 2Z1SA 2YDRA 3M7SA 4CD7A 1JF5A 4TVCA 2O9PA 4M80A 2IXUA 1H2JA 1V0LA 3NUKA 3W37A 3HN3A 4D6IA 3F5KA 1AMYA 3AHTA 4GQQA 4RE4A 4M29A 4CGTA 2Y24A 1W9UA 2J7HA 2EPLX 4GI8A 2GDVA 1UR0A 3VGFA 3FW6A 1W32A 1V6XA 5IDIA 5A2BA 3NJ3A 2J7GA 5A8QA 2E9LA 2ZUVA 1E0XA 4F66A 4AMCA 3WD0A 1R85A 5JBEA 4P7RA 2JE8A 3ZQ9A 1VAHA 3KL5A 4CVWA 1JG9A 3VOCA 4ZE5A 1QI2A 1OT1A 3OLIA 4JHZA 1C8YA 2W67A 3N9KA 2XIIA 2JEPA 2WK2A 3NSXA 3AMLA 3W27A 2CITA 3TTYA 4DWSA 1GW1A 2VCCA 3CLWA 2CESA 5HDRA 3SURA 1EOMA 3WH6A 3ARTA 2VX5A 1E70M 4WSKA 3ZT6A 3SUWA 1B90A 4JL2A 1EDGA 2G41A 5BXPA 3VMOA 3WQ4A 1BAGA 2GJXA 2B31A 2DSZA 2IXVA 3KE0A 4WF7A 5CLWA 3OGVA 4AD4A 1OGBA 3PZOA 1CPUA 1M03A 4JAWA 2CXGA 1VENA 4UFJA 1ODUA 4DM2A 5M17A 3ARSA 1MFVA 3S6TA 4AZCB 5CZKA 2VOTA 1GCYA 2DIJA 1GJUA 1UR9A 2PB1A 1EH9A 1WPCA 3AIWA 2VRQA 2WWCA 1E40A 1G9HA 1WZLA 2BHUA 2ZOXA 1OINA 2WC4A 1KGWA 2J7CA 2J77A 1US3A 2YIHA 3OLDA 3RDKA 4MJ4A 1JI1A 1TR1A 3WELA 1GZJA 2WCSA 4DM1A 1VFOA 3VD4A 2EPKX 1WDQA 1FOBA 4XB3A 1E1FA 3BLPX 5EFFA 4GIAA 5I6SA 1MVYA 2BXZA 1KQZA 1XHGA 2VR4A 4AXNA 1J0KA 5D9MA 2ZUWA 3W82A 4BS0A 1D3CA 4QCEA 1NARA 2XGIA 3L4UA 4MJ2A 3WH7A 1E73M 3L4WA 4ZXLA 4V27A 2DSUA 2YKKA 3I3BA 1V3HA 2E9BA 5BRPA 4P8XA 4K68A 3K4AA 2XGBA 5CPSA 4CD5A 1BGAA 1H5VA 1AVAA 3BC9A 3WUEA 5HXMA 2VC9A 4CCCA 3ECQA 4HMEA 4BQ3A 4NF7A 1J12A 4S3JA 1EDTA 3BAIA 1PPIA 3K46A 5EBAA 2EO7A 2ZWZA 2XUCA 3WFZA 4ACYA 2WMKA 9CGTA 3APGA 3EMZA 3AS1A 5M5DA 2GJXB 2ESCA 2VO5A 3CZJA 5E09A 3L2MA 4PCTA 2EQDA 5I77A 1HKKA 3GYCA 3VIOA 1XRVA 5A3HA 3BLKA 1LJYA 3MUZ1 5E0CA 5HOSA 1UWTA 4QLKA 5CXPA 5EB8A 4L4OA 1KR0A 1CTNA 4YHGA 1EOKA 3WD4A 1H4PA 3VD7A 2JF7A 1Q6CA 3MUIA 4OKDA 4PSRA 1W91A 4XZWA 4W89A 4AW7A 1GORA 1LL7A 3RILA 1HF6A 1E5NA 2DSKA 4QP0A 3AMCA 1IT0A 3VGEA 4W5ZA 1AQ0A 2J8GA 3SUVA 4OOUA 4AEEA 3A4AA 3IANA 5GPRA 3LPFA 3EYPA 5FD0A 3SCSA 3DYOA 4PMZA 2EXOA 4U5KA 4JFWA 1D2KA 3WQVA 4ATLA 1WAWA 1UH2A 1XGZA 4LGXA 1W1YA 1UD3A 2VX6A 3N18A 5BXRA 1CIUA 4UFKA 4QDMA 5JH8A 2OYLA 2J75A 1E71M 3PZMA 4PMYA 1A3HA 3VX1A 2EPNA 3UG5A 2CBJA 3GXFA 1GOIA 5D9NA 4HMCA 4D72A 3WD3A 2W92A 1TA3A 5JBFA 4AIOA 3AS2A 3NSNA 4BZYA 4HP5A 1ITCA 2ZIDA 1BPLB 1XH2A 2OSXA 2D0FA 5JIPA 3IJ9A 1VBRA 1KXQA 1J0YA 4PTXA 3WF2A 2PBOA 3OB8A 2ZX6A 1J0HA 1V02A 4W85A 4JKMA 4B9ZA 4F79A 1KFWA 2V5DA 1JDAA 1CNVA 1E0VA 1UKTA 3W6MA 4S3KA 1E6PA 1JYVA 3L2LA 4W88A 5FCZA 2W4XA 3ARWA 5CPTA 2G4FA 1GQJA 4XUYA 4Z2GA 2WC3A 3AS3A 1V0KA 2CIPA 3L4YA 1CBGA 4IUGA 2YA1A 2VX4A 2ZX5A 2W91A 1TG7A 4PMOA 4P7QA 1EHAA 4PRWA 2OLHA 1K6AA 1ZS2A 3QOMA 1TZ7A 3WQWA 2Y8KA 2WMIA 3EMQA 1UA3A 5JIWA 4MAVA 1BYCA 4YN5A 3CMGA 2WHLA 2XJ7A 1R87A 5HPCA 1H41A 1FP8A 3AIRA 1FH7A 1VFFA 1C92A 1E72M 1W9VA 4IISA 5DT7A 1ZU8A 5ABFA 1QI3A 5BYWA 2NT1A 3AMKA 3EDEA 2OSWA 1ZBWA 1LQ0A 2W63A 3CUFA 5DO8A 3AMGA 4NRRA 1GQLA 4DWSD 3AJ7A 1JZ2A 4F9JA 2QMJA 4P7NA 2JEQA 4H04A 3OBAA 1E6QM 2CPUA 3M07A 1FA2A 2IUZA 4DWSC 5I2UA 4W5UA 1QI4A 1W1VA 3QGVA 3L4XA 2WZEA 4TVUA 1BTCA 3DYPA 5GQBA 4KGLA 2XHYA 3OIHA 3KEHA 3PZVA 2GDUA 4PMVA 4OBSA 4RL3A 2OWXA 1XD1A 1BYAA 2A3HA 2O9RA 5BCAA 1IV8A 1I75A 5JUVA 3GBDA 1XSKA 3I3EA 1E55A 2O9OA 3SCVA 2BHYA 3IJ7A 1J0IA 6CGTA 3SIMA 1JL8A 2CEQA 1WZAA 2G3NA 3EDDA 1CLVA 1JNDA 1VF8A 3QOKA 4JCMA 5I24A 3W0KA 2XM1A 3KZSA 1OT2A 1EDQA 2XTKA 5D8WA 3AOFA 1C7TA 3N04A 4FLSA 1R86A 4YPJA 2OWCA 1HJVA 2WMIB 1B3YA 4QLLA 3AICA 2TAAA 2YL6A 3SCTA 3UERA 1IZJA 1SFSA 4X0NA 4PSPA 5CJ5A 1ISWA 1WDSA 1KWGA 1J11A 3ZJ6A 4Z2JA 3GH7A 1Q4NX 4UZSA 3OZPA 3WQ6A 1JYNA 2QV4A 2DT3A 1UHVA 2DEPA 5ABFB 3S2CA 3CTTA 1U33A 1EGZA 5A6KA 2CBVA 1E6NA 1JD9A 2WW5A 1XD0A 1W3LA 1QNQA 2WYSA 3T0DA 3II1A 2FH8A 1BYDA 4UFLA 2XFYA 1WO2A 3VKKA 3T2QA 1ZBCA 4RE2A 4PMDA 1JFHA 3AHVA 2V3GA 1E6SM 1V3LA 3VIKA 3SCQA 5A69A 1GQKA 2JALA 3FAXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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