The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
93
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structure length |
93
|
Chain Sequence |
GPSNKIKCSHILVSKQSEALAIMEKLKSGEKFGKLAKELSIDSGSAKKNGNLGYFTKGMMVKPFEDAAFKLQVGEVSEPIKSEFGYHIIKRFG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NmPin from the marine thaumarchaeote Nitrosopumilus maritimus is an active membrane associated prolyl isomerase.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
|
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Nitrosopumilus maritimus
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| total genus |
14
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| structure length |
93
|
| sequence length |
93
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-10-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5B8I C; 2OFN A; 2RSE A; 2AWG A; 2KFW A; 4DRI A; 4ODK A; 1A7X A; 2D9F A; 2FAP A; 1T11 A; 1FKJ A; 2PV1 A; 3EY6 A; 5HT1 A; 4C02 B; 1FKG A; 3UI4 A; 1ROU A; 2ITK A; 2RQS A; 1FD9 A; 2KO7 A; 3MDY B; 5DIU A; 5HW7 A; 2L2S A; 3KAB A; 2MF9 A; 2VN1 A; 4TW7 A; 3O5L A; 4U84 A; 3IK8 A; 1J4H A; 3FAP A; 1FKT A; 3KAH A; 2RUQ A; 3PA7 A; 2DG9 A; 2LPV A; 2LGO A; 2MLY A; 4ODO A; 4LAY A; 3O5F A; 1QPL A; 4LAW A; 4JFK A; 1D7H A; 1EQ3 A; 2KGJ A; 4TW8 A; 4J4O A; 1HXV A; 2PV3 A; 2XP5 A; 4ODP A; 3O5R A; 4IQC A; 2XP6 A; 5D75 A; 5GPG A; 2KR7 A; 2PPN A; 3I6C A; 4DRP A; 5HW6 A; 4DRQ A; 1F40 A; 3RFW A; 3TCZ A; 3UI5 A; 2F21 A; 2ZR5 A; 1NSG A; 1Y0O A; 4ITZ A; 4ODN A; 5I98 A; 2FKE A; 1D7J A; 1P5Q A; 2PPO A; 1ZK6 A; 2XP4 A; 3LUO A; 3PRB A; 4ODM A; 3UQI A; 1NMV A; 3H9R B; 5HWB A; 4J4N A; 4U86 A; 1D7I A; 5DIT A; 3O5M A; 1YW5 A; 4DRM A; 1FJD A; 1TCO C; 4JFM A; 1BL4 A; 1R9H A; 3OOB A; 1PIN A; 2MPH A; 2LJ4 A; 3CGM A; 1JNS A; 4TNS A; 3KAG A; 2ZR4 A; 3O5D A; 2PBC A; 1FKF A; 3NTP A; 1QZ2 A; 1J6Y A; 1FKK A; 3KAD A; 4N19 A; 1ZCN A; 4G2P A; 1ROT A; 3KAI A; 4W9O A; 3WH0 A; 5J6E A; 2XPA A; 4FN2 A; 2RUC A; 2ZQU A; 4DRJ A; 3IKD A; 4FAP A; 1Q1C A; 1FKB A; 3O5K A; 2UZ5 A; 3O5G A; 2ZQT A; 3JYJ A; 3O5I A; 4DRH A; 5HKG A; 2Q5A A; 2K8I A; 1J4R A; 4BF8 A; 1C9H A; 3O5E A; 1JNT A; 3O5P A; 1FKL A; 3IKG A; 2M2A A; 2PV2 A; 2MLX A; 2ZQV A; 1L1P A; 1BKF A; 5HUA A; 1F8A B; 3UQB A; 2LKN A; 1NMW A; 3ODK A; 3IHZ A; 3GPK A; 1QPF A; 1D6O A; 2VCD A; 4JFJ A; 2KI3 A; 4ODQ A; 5BXJ A; 1Q6I A; 5HW8 A; 1EYM A; 4QT3 A; 3KAF A; 4JFI A; 4DT4 A; 2JZV A; 2Y78 A; 2XPB A; 3VAW A; 3O5O A; 1U79 A; 1YAT A; 1FKI A; 3NI6 A; 2RUD A; 4IQ2 A; 1M5Y A; 4GGQ A; 4ODL A; 4QIB A; 2KE0 A; 3UI6 A; 4DH0 A; 1KT0 A; 4IPX A; 4TX0 A; 4GIV A; 2F2D A; 3TDB A; 4O2T A; 4QT2 A; 4U85 A; 4DRN A; 3KAC A; 3PRD A; 1FKD A; 2F4E A; 3JYM A; 4MSP A; 2IF4 A; 2XP7 A; 3RGC A; 1FKH A; 1W26 A; 5HTG A; 4JFL A; 5DIV A; 2XP3 A; 3O5J A; 1Q6U A; 1J4I A; 1FKR A; 3NRK A; 1B6C A; 4LAX A; 2DG4 A; 2MNT A; 3UF8 A; 2RUR A; 2ZQS A; 4DIP A; 4DZ3 A; 5HWC A; 4NNR A; 3TC5 A; 2M08 A; 2XP9 A; 3JXV A; 4TW6 A; 2M1I A; 1JVW A; 2PPP A; 4MGV A; 4DRK A; 1FAP A; 1PBK A; 2ZR6 A; 4DZ2 A; 2XP8 A; 4LAV A; 2N87 A; 1FKS A; 3KCE A; 3KZ7 A; 3CGN A; 4JYS A; 3O5Q A; 4TYO A; 4W9Q A; 4R0X A; 4W9P A; 3UQA A; 2MLZ A; 1KT1 A; 4G50 A; 4DRO A; 3B7X A; 1Q6H A; 4ODR A; 1N1A A; 2DG3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WK9 A; 2FAP A; 1T11 A; 3OA5 A; 1HKI A; 1SR0 A; 1ROU A; 1W9U A; 5DIU A; 1GPF A; 1VF8 A; 1J4H A; 3FAP A; 3KAH A; 2RUQ A; 3PA7 A; 3W4R A; 4JFK A; 1D7H A; 3ALG A; 1HXV A; 3RM4 A; 4ODP A; 4IQC A; 2XP6 A; 2KR7 A; 4DRQ A; 5DF0 A; 3TCZ A; 3UI5 A; 1NSG A; 2QF8 A; 5GQB A; 1D7J A; 2PPO A; 4ODM A; 1ZK6 A; 1OWQ A; 1NMV A; 1RD6 A; 5HWB A; 4U86 A; 1GRJ A; 1YW5 A; 4MNK A; 1BL4 A; 1PIN A; 4KR0 B; 1D2K A; 1FKF A; 2O92 A; 1ZCN A; 4G2P A; 4W9O A; 2ZQU A; 3BXW A; 2WK2 A; 3ARS A; 4Z2K A; 2UZ5 A; 3GTY X; 1E44 A; 1NWT A; 3WQV A; 3O5I A; 4DRH A; 2B5U B; 2Q5A A; 4HBE A; 3CHF A; 1CTN A; 3O5P A; 1E6P A; 4P8V A; 1L1P A; 1HKM A; 5HUA A; 2FDM A; 1F8A B; 1W1V A; 3RM8 A; 3IHZ A; 3GPK A; 3KAF A; 4WIW A; 2Y78 A; 2EUL A; 2DT2 A; 3NI6 A; 2RUD A; 3AS1 A; 2F2D A; 4ML4 A; 4MPK A; 3JYM A; 5HTG A; 4JFL A; 1E9L A; 3ARV A; 1Q6U A; 3ALF A; 4L72 B; 3NRK A; 4P8U A; 2MNT A; 3WL1 A; 4NNR A; 3TC5 A; 4TW6 A; 4ZPV R; 1FFQ A; 2PPP A; 1O6I A; 1FAP A; 3ARR A; 4P8X A; 3KCE A; 1FKR A; 4R0X A; 4HAR A; 3ARZ A; 3CZ8 A; 1Q6H A; 4ODR A; 5B8I C; 2RSE A; 2AWG A; 2KFW A; 4DRI A; 4ZPT R; 2G8Z A; 5HT1 A; 4Z2H A; 1UR8 A; 1XHG A; 2ETN A; 2ITK A; 1FD9 A; 3CHD A; 4KQZ A; 3KAB A; 3QOK A; 2VN1 A; 4TW7 A; 4U84 A; 3AS0 A; 1LJY A; 4QZV B; 2LGO A; 2MLY A; 4ODO A; 4LAY A; 2WM0 A; 2YBU A; 1WAW A; 4J4O A; 2PV3 A; 2XP5 A; 5HW6 A; 3I6C A; 1HKJ A; 3RFW A; 1FFR A; 3B9A A; 1Y0O A; 3EIP A; 3WD4 A; 1P5Q A; 3LUO A; 4PTM A; 3CH9 A; 1EIB A; 3RM9 A; 1D7I A; 3AQU A; 1R9H A; 2A3E A; 2LJ4 A; 3CGM A; 1NWS A; 4N19 A; 2RUC A; 1W9V A; 2DPE A; 4DRJ A; 4FAP A; 3O5K A; 3O5G A; 2ZQT A; 3AS2 A; 3WQW A; 1NWU A; 3RME A; 4BF8 A; 1JNT A; 4WKA A; 5GPR A; 2ZQV A; 2MLX A; 4DWS C; 3G6L A; 2DSV A; 2LKN A; 3ODK A; 3UQB A; 3ARO A; 4LGX A; 1Q6I A; 1ZBV A; 3WD0 A; 4ZPW R; 4UDM A; 2XPB A; 3PR9 A; 4DT4 A; 4ODL A; 1M5Y A; 4GGQ A; 5JH8 A; 1KT0 A; 2WLZ A; 4QT2 A; 4U85 A; 3KAC A; 1ZL1 A; 4MSP A; 2XP7 A; 3RGC A; 5DO2 A; 1FKH A; 2PI6 A; 4AY1 A; 5DIV A; 3WKZ A; 3O5J A; 4Z2I A; 1E6R A; 4LAX A; 4DZ3 A; 4DIP A; 3JXV A; 2M1I A; 1JVW A; 4MGV A; 3WD2 A; 2B31 A; 1EHN A; 3B9E A; 1KFW A; 4LAV A; 2N87 A; 4JYS A; 4W9Q A; 3UQA A; 3ARP A; 1KT1 A; 4G50 A; 3B7X A; 3BMB A; 1W9P A; 1ZU8 A; 2OFN A; 2DSW A; 1LG2 A; 4ODK A; 1A7X A; 2D9F A; 1FKJ A; 1TFV A; 4C02 B; 3UI4 A; 3MDY B; 5HW7 A; 2L2S A; 2MF9 A; 3O5L A; 3IK8 A; 1FKT A; 2DG9 A; 2LPV A; 2PN0 A; 3O5F A; 1E15 A; 1X6L A; 1QPL A; 1JCH B; 1SYT A; 2KGJ A; 1EQ3 A; 4ZS6 A; 2DSZ A; 5D75 A; 5GPG A; 2PPN A; 1H0G A; 4ITZ A; 4NZC A; 3PRA A; 5DEZ A; 1JNE A; 1LQ0 A; 1W1Y A; 2FKE A; 1LL6 A; 1ITX A; 4MTV A; 5DIT A; 1TCO C; 4JFM A; 3WD3 A; 2MPH A; 1XRV A; 1OGG A; 2PBC A; 1QZ2 A; 1J6Y A; 1FKK A; 4Z2G A; 1ROT A; 3KAI A; 5J6E A; 2XPA A; 4FN2 A; 3IKD A; 1JND A; 3WD1 A; 1GUV A; 3JYJ A; 1OGB A; 3O5E A; 1FKL A; 2DT0 A; 2M2A A; 4MAV A; 1BKF A; 1NMW A; 3ARU A; 1QPF A; 1D6O A; 4ODQ A; 2F23 A; 5HW8 A; 1EYM A; 4QT3 A; 4JFI A; 2JZV A; 4L3N A; 1U79 A; 1FKI A; 4IQ2 A; 1W1T A; 4QIB A; 2YBT A; 2KE0 A; 1WB0 A; 3UI6 A; 4IPX A; 4TX0 A; 1IX5 A; 3TDB A; 4O2T A; 2G41 A; 4DRN A; 2F4E A; 4WKF A; 2IF4 A; 1W26 A; 4XAK A; 4R5E A; 1B6C A; 3ARQ A; 2RUR A; 2ZQS A; 3FXY A; 3B8S A; 4Q7N A; 2XP9 A; 1ZB5 A; 2ZR6 A; 2A3B A; 3CHC A; 2DT1 A; 2XP8 A; 4DZ2 A; 1FKS A; 4W9P A; 1HJW A; 3GU0 A; 1HJX A; 4DRO A; 1N1A A; 1LL7 A; 2DG3 A; 2AOS A; 2DSU A; 3WIJ A; 2PV1 A; 1H0I A; 3EY6 A; 1E6Z A; 1FKG A; 2RQS A; 2KO7 A; 1ZBC A; 4LAW A; 4TW8 A; 1W1P A; 2A3C A; 2O9O A; 3O5R A; 2ESC A; 4DRP A; 4MNM A; 2A3A A; 4DWS A; 3ARW A; 1F40 A; 2F21 A; 2ZR5 A; 4ODN A; 5I98 A; 3CHE A; 4Z2L A; 2XP4 A; 1HKK A; 3PRB A; 3WL0 A; 1GOI A; 5HBF A; 3H9R B; 4J4N A; 4MNL A; 4DRM A; 2OLH A; 3O5M A; 1FJD A; 4Q22 A; 1E6N A; 3OOB A; 1K9T A; 1LL4 A; 1JNS A; 1NWR A; 4TNS A; 3KAG A; 2ZR4 A; 3O5D A; 4DWS D; 4WKH A; 4HBO A; 3NTP A; 4P8W A; 3KAD A; 1X6N A; 3ART A; 1ZBK A; 1Q1C A; 2IUZ A; 1FKB A; 1NH6 A; 3AS3 A; 3ARY A; 3B9D A; 4Z2J A; 4W5U A; 5HKG A; 2K8I A; 1J4R A; 4WJX A; 1C9H A; 1UR9 A; 3IKG A; 4IT6 A; 4S3J A; 2PV2 A; 4NSB A; 2VCD A; 5BXJ A; 4JFJ A; 2KI3 A; 1HJV A; 3VAW A; 3O5O A; 2DT3 A; 1YAT A; 4DH0 A; 4GIV A; 4MNJ A; 3PRD A; 1FKD A; 2XP3 A; 1LG1 A; 4DWS B; 1J4I A; 5HWC A; 3UF8 A; 2DG4 A; 3ARX A; 2M08 A; 1EDQ A; 4S3K A; 4URI A; 3G6M A; 4DRK A; 1PBK A; 3KZ7 A; 4TYO A; 3UQI A; 3WH0 A; 3CGN A; 3O5Q A; 4IT4 A; 2MLZ A; 2P4V A; 2WLY A; 1ZBW A; 1WNO A; 3FY1 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4WK9 A; 2FAP A; 1T11 A; 3OA5 A; 1HKI A; 1SR0 A; 1ROU A; 1W9U A; 5DIU A; 1GPF A; 1VF8 A; 1J4H A; 3FAP A; 3KAH A; 2RUQ A; 3PA7 A; 3W4R A; 4JFK A; 1D7H A; 3ALG A; 1HXV A; 3RM4 A; 4ODP A; 4IQC A; 2XP6 A; 2KR7 A; 4DRQ A; 5DF0 A; 3TCZ A; 3UI5 A; 1NSG A; 2QF8 A; 5GQB A; 1D7J A; 2PPO A; 4ODM A; 1ZK6 A; 1OWQ A; 1NMV A; 1RD6 A; 5HWB A; 4U86 A; 1YW5 A; 4MNK A; 1BL4 A; 1PIN A; 4KR0 B; 1D2K A; 1FKF A; 2O92 A; 1ZCN A; 4G2P A; 4W9O A; 2ZQU A; 3BXW A; 2WK2 A; 3ARS A; 4Z2K A; 2UZ5 A; 1NWT A; 3WQV A; 3O5I A; 4DRH A; 2Q5A A; 4HBE A; 3CHF A; 1CTN A; 3O5P A; 1E6P A; 4P8V A; 1L1P A; 1HKM A; 5HUA A; 2FDM A; 1F8A B; 1W1V A; 3RM8 A; 3IHZ A; 3GPK A; 3KAF A; 4WIW A; 2Y78 A; 2DT2 A; 3NI6 A; 2RUD A; 3AS1 A; 2F2D A; 4ML4 A; 4MPK A; 3JYM A; 5HTG A; 4JFL A; 1E9L A; 3ARV A; 1Q6U A; 3ALF A; 4L72 B; 3NRK A; 4P8U A; 2MNT A; 3WL1 A; 4NNR A; 3TC5 A; 4TW6 A; 4ZPV R; 1FFQ A; 2PPP A; 1O6I A; 1FAP A; 3ARR A; 4P8X A; 3KCE A; 1FKR A; 4R0X A; 4HAR A; 3ARZ A; 3CZ8 A; 1Q6H A; 4ODR A; 5B8I C; 2RSE A; 2AWG A; 2KFW A; 4DRI A; 4ZPT R; 2G8Z A; 5HT1 A; 4Z2H A; 1UR8 A; 1XHG A; 2ITK A; 1FD9 A; 3CHD A; 4KQZ A; 3KAB A; 3QOK A; 2VN1 A; 4TW7 A; 4U84 A; 3AS0 A; 1LJY A; 4QZV B; 2LGO A; 2MLY A; 4ODO A; 4LAY A; 2WM0 A; 2YBU A; 1WAW A; 4J4O A; 2PV3 A; 2XP5 A; 5HW6 A; 3I6C A; 1HKJ A; 3RFW A; 1FFR A; 3B9A A; 1Y0O A; 3WD4 A; 1P5Q A; 3LUO A; 4PTM A; 3CH9 A; 1EIB A; 3RM9 A; 1D7I A; 3AQU A; 1R9H A; 2A3E A; 2LJ4 A; 3CGM A; 1NWS A; 4N19 A; 2RUC A; 1W9V A; 2DPE A; 4DRJ A; 4FAP A; 3O5K A; 3O5G A; 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