The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
35
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sequence length |
157
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structure length |
157
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Chain Sequence |
MKVGQDKVVTIRYTLQVEGEVLDQGELSYLHGHRNLIPGLEEALEGREEGEAFQAHVPAEKAYGPHDPEGVQVVPLSAFPEDAEVVPGAQFYAQDMEGNPMPLTVVAVEGEEVTVDFNHPLAGKDLDFQVEVVKVREATPEELLHGHAHPSGHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure Determination and Functional Characterization of the Metallochaperone SlyD from Thermus thermophilus
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Isomerase
|
| source organism |
Thermus thermophilus
|
| molecule keywords |
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
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| total genus |
35
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| structure length |
157
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| sequence length |
157
|
| ec nomenclature |
ec
5.2.1.8: Peptidylprolyl isomerase. |
| pdb deposition date | 2008-03-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00254 | FKBP_C | FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Chitinase A; domain 3 | Chitinase A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NMV A; 2UZ5 A; 2FKE A; 2Q5A A; 3O5Q A; 1BKF A; 3PA7 A; 4LAW A; 4TX0 A; 5GPG A; 4DIP A; 1M5Y A; 4DRP A; 2L2S A; 3IK8 A; 5HW6 A; 5HW8 A; 1FJD A; 2MLX A; 3ODK A; 3O5K A; 1EYM A; 2MLZ A; 5DIV A; 2LPV A; 3CGM A; 3O5O A; 4JFL A; 1PBK A; 2KO7 A; 1D7I A; 1NSG A; 3H9R B; 3TDB A; 2ZR4 A; 1F40 A; 3MDY B; 2PBC A; 3IHZ A; 3IKD A; 1Q6H A; 2LKN A; 4IQ2 A; 3UI5 A; 4TW7 A; 3B7X A; 4N19 A; 2XP6 A; 5HT1 A; 1FKB A; 1D7H A; 3UQI A; 4ODL A; 5HW7 A; 3IKG A; 3TCZ A; 2RUR A; 4ODO A; 1BL4 A; 2XP8 A; 4DRQ A; 2PPO A; 3O5G A; 4BF8 A; 2D9F A; 4TW6 A; 1EQ3 A; 4U84 A; 3O5E A; 1Q1C A; 2Y78 A; 3PRB A; 4C02 B; 3O5J A; 1TCO C; 3PRD A; 1NMW A; 4LAX A; 2RQS A; 1QZ2 A; 2VCD A; 4G2P A; 3O5M A; 4R0X A; 4TW8 A; 1FD9 A; 1FKI A; 2KI3 A; 1L1P A; 3UI6 A; 1J6Y A; 4DZ3 A; 3JXV A; 3O5F A; 2LJ4 A; 3WH0 A; 5BXJ A; 1C9H A; 2IF4 A; 2MLY A; 3KAC A; 2AWG A; 2PV1 A; 4W9O A; 4DH0 A; 1B6C A; 3UQA A; 2KGJ A; 4DRM A; 2RUQ A; 2PV3 A; 4TYO A; 4FN2 A; 3KAI A; 2DG3 A; 4GGQ A; 2ITK A; 1ROT A; 4G50 A; 4DRJ A; 5HKG A; 1W26 A; 2M08 A; 3KAF A; 1Q6U A; 2MNT A; 1FKH A; 5D75 A; 2XP9 A; 4IPX A; 3RFW A; 3KAH A; 5HTG A; 1KT1 A; 3KCE A; 1JVW A; 3O5R A; 3UQB A; 2FAP A; 3FAP A; 4DRK A; 3JYJ A; 4JFI A; 1F8A B; 2ZQU A; 2MF9 A; 2KR7 A; 3I6C A; 4QT2 A; 4QIB A; 1YAT A; 1FAP A; 2XP4 A; 2F2D A; 4NNR A; 4DRN A; 5HWB A; 2KFW A; 2F21 A; 2ZR5 A; 3OOB A; 1R9H A; 1J4R A; 5HUA A; 3UI4 A; 4QT3 A; 1FKT A; 3O5L A; 1Y0O A; 1FKG A; 2N87 A; 4ODQ A; 3NRK A; 4DZ2 A; 1ROU A; 2LGO A; 4LAY A; 1FKD A; 2K8I A; 3CGN A; 1HXV A; 1N1A A; 3LUO A; 2ZR6 A; 4W9P A; 3VAW A; 3TC5 A; 3RGC A; 4DRH A; 2MPH A; 4ODN A; 2XP5 A; 4IQC A; 1FKS A; 2OFN A; 1A7X A; 2XP3 A; 1FKK A; 1ZCN A; 1ZK6 A; 2XPB A; 3NI6 A; 4J4N A; 4LAV A; 4ODP A; 4ODK A; 1J4H A; 3KAG A; 4MSP A; 2XPA A; 1FKL A; 1T11 A; 2KE0 A; 5J6E A; 3KAD A; 1D6O A; 1D7J A; 4JFK A; 1J4I A; 4U85 A; 5B8I C; 1KT0 A; 4DT4 A; 2JZV A; 4JFJ A; 4JYS A; 4JFM A; 2ZQS A; 3O5D A; 4MGV A; 5DIU A; 2PPP A; 3O5P A; 1QPF A; 2ZQV A; 1FKF A; 4GIV A; 2DG4 A; 2RUC A; 1FKR A; 1P5Q A; 1YW5 A; 3NTP A; 4U86 A; 2F4E A; 5DIT A; 4W9Q A; 4TNS A; 1FKJ A; 4ODR A; 4ITZ A; 4O2T A; 1U79 A; 2M1I A; 4DRO A; 1Q6I A; 4DRI A; 2DG9 A; 3KAB A; 4FAP A; 2RSE A; 1JNT A; 2XP7 A; 3EY6 A; 3GPK A; 2PV2 A; 4J4O A; 2PPN A; 4ODM A; 3JYM A; 3UF8 A; 3KZ7 A; 3O5I A; 1QPL A; 2M2A A; 1JNS A; 5HWC A; 1PIN A; 2RUD A; 5I98 A; 2ZQT A; 2VN1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TFV A; 3O5Q A; 3WD4 A; 3B8S A; 5HW6 A; 5HW8 A; 1HJX A; 1WAW A; 3GU0 A; 4Q22 A; 1Q6H A; 4IQ2 A; 4P8X A; 3WQV A; 3G6L A; 2XP6 A; 4MNK A; 1FKB A; 5HW7 A; 3IKG A; 4DWS D; 3ARP A; 3O5G A; 4ZPT R; 1W1Y A; 1FFR A; 3ARX A; 3CHE A; 3O5J A; 2RQS A; 1QZ2 A; 1EIB A; 1FD9 A; 4Q7N A; 2WM0 A; 2LJ4 A; 1IX5 A; 2EUL A; 1C9H A; 4MTV A; 3UQA A; 4DRM A; 4TYO A; 2DT2 A; 4FN2 A; 1NWU A; 3KAI A; 4GGQ A; 2ITK A; 2O92 A; 2DT3 A; 5HKG A; 2M08 A; 1Q6U A; 2MNT A; 5HTG A; 1KT1 A; 3UQB A; 1WNO A; 2B5U B; 3FAP A; 4NSB A; 2WLY A; 2KR7 A; 4NNR A; 2F2D A; 1LL6 A; 3OOB A; 5HUA A; 2WLZ A; 1W1V A; 5GPR A; 1Y0O A; 2N87 A; 1HKM A; 3OA5 A; 4LAY A; 1NH6 A; 4W9P A; 3TC5 A; 4DRH A; 3CHF A; 3ARR A; 4IQC A; 1A7X A; 1ZCN A; 4ODK A; 1J4H A; 1SYT A; 3KAG A; 1FKL A; 4ZPV R; 1D6O A; 4WKA A; 5B8I C; 4JYS A; 1FFQ A; 2ZQS A; 5DIU A; 2ZQV A; 1EHN A; 2DG4 A; 2DSU A; 2OLH A; 2RUC A; 3NTP A; 1FKJ A; 4ODR A; 2M1I A; 4HBO A; 4DWS C; 1Q6I A; 3RME A; 4J4O A; 4ODM A; 3UF8 A; 2DSW A; 3EIP A; 3ARW A; 1GPF A; 4MNM A; 1OWQ A; 5HWC A; 1NMV A; 2UZ5 A; 2FKE A; 2WK2 A; 4DIP A; 1VF8 A; 1FJD A; 1XRV A; 3IK8 A; 4ZS6 A; 1EYM A; 2MLZ A; 2F23 A; 1RD6 A; 3O5O A; 1PBK A; 3WL1 A; 3MDY B; 2DSZ A; 3ART A; 2PBC A; 1W1T A; 3UI5 A; 1HJW A; 1XHG A; 3B7X A; 5HT1 A; 4ODL A; 3WD1 A; 4ODO A; 3WKZ A; 1BL4 A; 4DRQ A; 1H0I A; 3ALG A; 4KQZ A; 2PPO A; 4BF8 A; 4P8W A; 1NWR A; 1W9U A; 3PRB A; 4C02 B; 1TCO C; 1NMW A; 4LAX A; 4R0X A; 2P4V A; 4L72 B; 2KI3 A; 4P8U A; 1X6N A; 5BXJ A; 2PV1 A; 4W9O A; 3WL0 A; 2RUQ A; 2PV3 A; 3WIJ A; 1NWT A; 1SR0 A; 2DG3 A; 1W26 A; 5D75 A; 3KAF A; 1HKJ A; 1FKH A; 3KAH A; 3JYJ A; 4HAR A; 3I6C A; 2PN0 A; 4DRN A; 2ZR5 A; 1J4R A; 3WD0 A; 1FKT A; 1E15 A; 1ROU A; 2LGO A; 1FKD A; 1ZBK A; 2AOS A; 2K8I A; 3VAW A; 4Z2I A; 3RGC A; 4ODN A; 2XP5 A; 1FKS A; 4LAV A; 1ZK6 A; 2XPB A; 4ODP A; 5J6E A; 2KE0 A; 1T11 A; 1LL4 A; 1D7J A; 4JFK A; 1J4I A; 4U85 A; 1E6P A; 1KT0 A; 4JFM A; 1W9P A; 4W5U A; 4Z2L A; 5GQB A; 3O5D A; 4IT4 A; 1P5Q A; 1UR9 A; 4W9Q A; 2QF8 A; 4TNS A; 3BXW A; 4ITZ A; 1JND A; 4O2T A; 1GOI A; 2DPE A; 3W4R A; 1LG1 A; 2PV2 A; 2PPN A; 3JYM A; 2G8Z A; 1PIN A; 5I98 A; 1BKF A; 1ZL1 A; 1M5Y A; 4DRP A; 1EDQ A; 3ODK A; 5DIV A; 2LPV A; 3CGM A; 2KO7 A; 1D7I A; 3H9R B; 3TDB A; 2ZR4 A; 2B31 A; 2LKN A; 4N19 A; 1D7H A; 3UQI A; 3CH9 A; 3TCZ A; 2RUR A; 2XP8 A; 1GUV A; 4S3K A; 4Z2H A; 1OGG A; 2D9F A; 4TW6 A; 4ML4 A; 1W1P A; 1E44 A; 3O5E A; 1LQ0 A; 3PRD A; 3GTY X; 2VCD A; 1FKI A; 3WD2 A; 1L1P A; 3UI6 A; 3JXV A; 2MLY A; 3WD3 A; 4Z2J A; 2KGJ A; 3ARS A; 1LG2 A; 3PRA A; 1ROT A; 1ZBV A; 1W9V A; 2XP9 A; 4IPX A; 3AS0 A; 3KCE A; 3QOK A; 4DRK A; 1HJV A; 2ZQU A; 4MNL A; 2MF9 A; 1E6Z A; 1FAP A; 1R9H A; 5HBF A; 3UI4 A; 2ETN A; 3O5L A; 2PI6 A; 4ODQ A; 2YBT A; 1HXV A; 2IUZ A; 1LL7 A; 5JH8 A; 1HKI A; 3FY1 A; 2OFN A; 3NI6 A; 4NZC A; 5DEZ A; 3RM8 A; 2YBU A; 2XPA A; 2A3A A; 3KAD A; 4UDM A; 3CHD A; 4AY1 A; 1O6I A; 4JFJ A; 2PPP A; 1QPF A; 1FKF A; 1FKR A; 1YW5 A; 4U86 A; 2F4E A; 4P8V A; 3PR9 A; 1ZU8 A; 2DG9 A; 3KAB A; 4FAP A; 1JNT A; 2XP7 A; 4KR0 B; 3WQW A; 1OGB A; 3O5I A; 2M2A A; 3B9D A; 2RUD A; 2ZQT A; 4Z2K A; 2Q5A A; 3PA7 A; 4LAW A; 4WJX A; 4TX0 A; 5GPG A; 2L2S A; 1ITX A; 2MLX A; 3O5K A; 1KFW A; 4JFL A; 1E6N A; 1NSG A; 1X6L A; 1F40 A; 4MPK A; 3IKD A; 3IHZ A; 3B9A A; 1LJY A; 1CTN A; 3ARV A; 3BMB A; 4TW7 A; 3CHC A; 1ZB5 A; 1EQ3 A; 4U84 A; 1Q1C A; 2Y78 A; 3AS2 A; 4G2P A; 3O5M A; 4TW8 A; 4R5E A; 4LGX A; 2ESC A; 1J6Y A; 4DZ3 A; 1E6R A; 3O5F A; 3WH0 A; 1JNE A; 2IF4 A; 4MAV A; 3KAC A; 2AWG A; 4DH0 A; 3AQU A; 1B6C A; 3ALF A; 4DWS B; 1D2K A; 4G50 A; 4DRJ A; 2G41 A; 2A3C A; 3RFW A; 1JVW A; 3O5R A; 2FAP A; 4JFI A; 1F8A B; 4URI A; 1K9T A; 4QT2 A; 4WKH A; 4QIB A; 3RM4 A; 1YAT A; 5HWB A; 2XP4 A; 1ZBW A; 2A3B A; 2KFW A; 2F21 A; 3ARQ A; 1NWS A; 1UR8 A; 2O9O A; 3RM9 A; 4QT3 A; 1FKG A; 3NRK A; 4DZ2 A; 2DSV A; 3CGN A; 4DWS A; 4IT6 A; 1N1A A; 3LUO A; 2ZR6 A; 1HKK A; 2A3E A; 4PTM A; 1E9L A; 2MPH A; 4ZPW R; 1H0G A; 4MNJ A; 4WKF A; 2XP3 A; 1JCH B; 1FKK A; 2DT0 A; 4J4N A; 3ARO A; 3B9E A; 3AS1 A; 4MSP A; 1WB0 A; 2FDM A; 3ARZ A; 4XAK A; 4S3J A; 4DT4 A; 2JZV A; 4MGV A; 3O5P A; 4Z2G A; 4GIV A; 4HBE A; 5DO2 A; 5DF0 A; 5DIT A; 4L3N A; 3AS3 A; 3ARY A; 1GRJ A; 1U79 A; 1ZBC A; 3G6M A; 3ARU A; 4QZV B; 3CZ8 A; 4DRO A; 4DRI A; 2RSE A; 3GPK A; 3EY6 A; 2DT1 A; 4WK9 A; 3FXY A; 3KZ7 A; 1QPL A; 1JNS A; 4WIW A; 2VN1 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1TFV A; 3O5Q A; 3WD4 A; 3B8S A; 5HW6 A; 5HW8 A; 1HJX A; 1WAW A; 4Q22 A; 1Q6H A; 4IQ2 A; 4P8X A; 3WQV A; 3G6L A; 2XP6 A; 4MNK A; 1FKB A; 5HW7 A; 3IKG A; 4DWS D; 3ARP A; 3O5G A; 4ZPT R; 1W1Y A; 1FFR A; 3ARX A; 3CHE A; 3O5J A; 2RQS A; 1QZ2 A; 1EIB A; 1FD9 A; 4Q7N A; 2WM0 A; 2LJ4 A; 1IX5 A; 1C9H A; 4MTV A; 3UQA A; 4DRM A; 4TYO A; 2DT2 A; 4FN2 A; 1NWU A; 3KAI A; 4GGQ A; 2ITK A; 2O92 A; 2DT3 A; 5HKG A; 2M08 A; 1Q6U A; 2MNT A; 5HTG A; 1KT1 A; 3UQB A; 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