The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
61
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sequence length |
227
|
structure length |
222
|
Chain Sequence |
WLGESAVARMTTRAQGLEELYKLWGYRATRIDTMCEQPSTSIFQCQVRQLNWQELQQTPHPLLLTLQHEGQRAYVVLLEVDPERVVLLTGEQRLTFTVSQLMSLWRGEVTDLWPMPLRETLRLGMHGEAIEVLDQLLAKALNDEPLKTTQFNAELMQRVEWFQRWQAMTEDGIAGQRTLARLQHMVSLSEPWRALTQEEQVMRYPEFPSLAPLLRTYPLAET
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a periplasmic domain of the EpsAB fusion protein of the Vibrio vulnificus type II secretion system.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Peptidoglycan-binding protein
|
| molecule keywords |
General Secretion Pathway Protein
|
| total genus |
61
|
| structure length |
222
|
| sequence length |
227
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 1 | PGBD-like superfamily/PGBD | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Cathepsin B; Chain A | Cysteine proteinases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4P6G A; 3WXG A; 3O1G A; 1AU4 A; 1O0E A; 3HD3 A; 1AU0 A; 2F7D A; 4BPA A; 4W5B A; 3OF8 A; 2E02 A; 3S3Q A; 1CTE A; 2OUL A; 1YK7 A; 4CDC B; 1TLO A; 1YT7 A; 3K9M A; 1CQD A; 2R9M A; 3D2Z A; 1VJV A; 1QDQ A; 2C0Y A; 2XU3 A; 2P86 A; 1VSN A; 3B79 A; 3BCN A; 1MEM A; 2GFO A; 3C9E A; 2VHS A; 2FYE A; 2HH5 A; 2JQF R; 1QXP A; 1AU2 A; 4BJ4 A; 4MZS A; 5EGW A; 4OEM A; 1NL6 A; 1U9Q X; 3BPF A; 1PE6 A; 5CVO B; 3H6S A; 1GMY A; 1POP A; 4BOL A; 4N79 A; 1MHW A; 1ME3 A; 1AIM A; 4BXE A; 2E03 A; 4N8W A; 1F29 A; 2OP3 A; 1X9Y A; 1JQP A; 1U9W A; 1EAK A; 2H7J A; 1MDW A; 4QRX A; 3HHI A; 1NPZ A; 3KW9 A; 2R9C A; 4PAD A; 1BQI A; 1BGO A; 2AUZ A; 1AYW A; 3D6S A; 2HHN A; 5FPW A; 2YJB A; 1STF E; 1L6J A; 1AYV A; 1ICF A; 3KWZ A; 1KHP A; 1ME4 A; 1MEG A; 1ITO A; 2G7Y A; 4P6E A; 1KHQ A; 1TU6 A; 3E1Z B; 5JA7 A; 1ZIV A; 2DZY A; 1F2C A; 1BY8 A; 1M6D A; 2DCD A; 2YJ9 A; 3DF0 A; 2DJG B; 2ACT A; 2E01 A; 3KSE A; 2AUX A; 1MS6 A; 2YJ2 A; 4YYR A; 2HD5 A; 3H7D A; 3WXE A; 3H89 A; 3P5V A; 3BC3 A; 3KWB X; 4N4Z A; 4YVA A; 4X6J A; 2P0R A; 1U5I A; 1KXR A; 2NQI A; 2DCB A; 4PI3 A; 3HWN A; 1MIR A; 2DCA A; 2DCC A; 3TNX A; 5F02 A; 3N4C A; 1HUC B; 4PP1 A; 3D2Y A; 4XR7 A; 1SNK A; 3MTN A; 2B1M A; 4BS6 A; 4FK5 A; 3AI8 A; 2Y6E A; 2FUD A; 3IOQ A; 4CDE B; 3PDF A; 4MZO A; 3CH3 X; 4WA6 A; 2PRE A; 1K3B B; 4CZW A; 1SP4 B; 3V6C A; 1PPO A; 2DC6 A; 2WBF X; 3F75 A; 2WKX A; 8PCH A; 3K8U A; 3P5X A; 2XU4 A; 3CH2 X; 1EF7 A; 1U9X A; 2YJC A; 4BS5 A; 3KKU A; 1NB5 A; 1CV8 A; 4X6H A; 1QOL A; 2VHF A; 2AYN A; 3PNR A; 3IMA A; 2R9F A; 3F5V A; 1GEC E; 3GCB A; 4DMY A; 1IWD A; 2IPP B; 4BPV A; 2PBH A; 3MHH A; 1PCI A; 2FRQ A; 1EWL A; 4YYW A; 4AXL A; 3IEJ A; 1Q6K A; 2FQ9 A; 1AU3 A; 2GHU A; 3RVX A; 4X6I A; 2P7U A; 3IV2 A; 9PAP A; 2YJ8 A; 1AYU A; 2NQG A; 3I06 A; 3BPM A; 2JQG R; 2ARY A; 1A6R A; 5K16 A; 3OF9 A; 2FTD A; 1PPD A; 3USV A; 6PAD A; 1CS8 A; 4K7C A; 5CHT A; 5JH3 A; 3ZUA A; 4QBB A; 4ZUX U; 3BOW A; 2XU5 A; 1PPN A; 1PPP A; 4YYU A; 4I04 A; 1Y4H A; 1GLO A; 3BWK A; 5CHV A; 3OIS A; 1AEC A; 1PBH A; 2HXZ A; 2AS8 A; 1PAD A; 3BKH A; 1LBU A; 2DZZ A; 1GCB A; 2NQD B; 2B1N A; 2BH7 A; 2IBI A; 3IHP A; 1EWM A; 4QRV A; 2BDZ A; 3MOR A; 5CVM A; 4OEL A; 1Y08 A; 1YAL A; 4YYV A; 4BXJ A; 4I05 A; 3I3T A; 1F2A A; 2AIM A; 4Q8H A; 2G8E A; 3P5U A; 1F2B A; 1S4V A; 2DC8 A; 2O6X A; 4QH6 A; 4BQV A; 1CPJ A; 1YK8 A; 2XU1 A; 3LXS A; 1CJL A; 1NB3 A; 2BDL A; 3V6E A; 3IUT A; 3BKV A; 3RVV A; 3OVZ A; 2ATO A; 3KFQ A; 1PIP A; 1NLJ A; 3QT4 A; 1ATK A; 4YYS A; 3WXF A; 3OVX A; 1EWP A; 4QRG A; 1CB5 A; 4PP2 E; 3N3K A; 1CSB B; 4CDF B; 2R9O A; 7PCK A; 3HHA A; 4XUI A; 2FRA A; 4YYQ A; 3H8C A; 4LPQ A; 4FJC A; 3QSD A; 4G54 A; 3QJ3 A; 4FIP A; 3PW3 A; 3PBH A; 2CIO A; 3H8B A; 2PNS A; 2DC7 A; 1DF0 A; 3KX1 A; 4Q8G A; 3RVW A; 1CVZ A; 3NHE A; 1XKG A; 2FT2 A; 4KLB A; 4MSX A; 4DMX A; 4W4U A; 3CBK A; 2R9N A; 1NQC A; 4BSQ A; 2F1G A; 4W5C A; 1YVB A; 2AU1 A; 1PXV A; 2NQA A; 1U9V A; 5A24 A; 1ZCM A; 1KFX L; 1BP4 A; 1QMY A; 4BXD A; 1DEU A; 2AVW A; 3LFY A; 2OZ2 A; 2Y5B A; 3CBJ A; 4YV8 A; 2DC9 A; 5CVN B; 1TL9 A; 4AXM A; 4RY2 A; 1THE A; 3M99 A; 1FH0 A; 2PAD A; 3N3G A; 2R6N A; 3MHS A; 2G8J A; 3K24 A; 2CB5 A; 2G6D A; 4I07 A; 5EF4 A; 1EWO A; 3ERV A; 4HWY A; 4CDD B; 3P5W A; 2DJF B; 2AYO A; 2E00 A; 3O0U A; 3S3R A; 5J94 A; 1KFU L; 3U8E A; 5PAD A; 2FO5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4P6G A; 3WXG A; 3O1G A; 1AU4 A; 1O0E A; 3HD3 A; 1AU0 A; 2F7D A; 4BOQ A; 4BPA A; 4W5B A; 3OF8 A; 2E02 A; 3S3Q A; 1CTE A; 2OUL A; 1YK7 A; 4REZ A; 4CDC B; 1TLO A; 1YT7 A; 3K9M A; 1CQD A; 5EZS A; 2R9M A; 3TRK A; 3D2Z A; 1VJV A; 1QDQ A; 2C0Y A; 2XU3 A; 2P86 A; 1VSN A; 3B79 A; 3BCN A; 1MEM A; 2GFO A; 3C9E A; 4OVZ B; 2VHS A; 2FYE A; 2HH5 A; 2JQF R; 1QXP A; 1AU2 A; 4BJ4 A; 4MZS A; 5EGW A; 4OEM A; 1NL6 A; 1U9Q X; 3BPF A; 1PE6 A; 5KO3 A; 5CVO B; 3H6S A; 1GMY A; 1POP A; 4BOL A; 4N79 A; 1MHW A; 2BTW B; 1ME3 A; 1AIM A; 4BXE A; 2E03 A; 4N8W A; 1F29 A; 2OP3 A; 1X9Y A; 1JQP A; 1U9W A; 1EAK A; 2H7J A; 4P16 A; 1MDW A; 4QRX A; 3MP2 A; 3HHI A; 1NPZ A; 3KW9 A; 2R9C A; 4PAD A; 1BQI A; 1BGO A; 2AUZ A; 1AYW A; 2JRI A; 3D6S A; 2HHN A; 5FPW A; 2YJB A; 1STF E; 2BTW A; 1L6J A; 1AYV A; 1ICF A; 3KWZ A; 1KHP A; 1ME4 A; 1MEG A; 1ITO A; 2G7Y A; 4P6E A; 1KHQ A; 1TU6 A; 3E1Z B; 5JA7 A; 3MJ5 A; 1ZIV A; 2DZY A; 1F2C A; 1BY8 A; 1M6D A; 2DOS A; 2DCD A; 2YJ9 A; 4WUR A; 3DF0 A; 2DJG B; 3B21 A; 4XZX A; 2ACT A; 2E01 A; 3KSE A; 2AUX A; 1MS6 A; 2YJ2 A; 4YYR A; 2HD5 A; 3H7D A; 4D8I A; 3WXE A; 3H89 A; 3P5V A; 3BC3 A; 3KWB X; 4N4Z A; 4YVA A; 4X6J A; 2P0R A; 1U5I A; 1KXR A; 2NQI A; 2DCB A; 4PI3 A; 3HWN A; 1MIR A; 4HXD B; 2DCA A; 2DCC A; 3PT2 A; 3TNX A; 5F02 A; 3N4C A; 1HUC B; 3MTV A; 4PP1 A; 3D2Y A; 4XR7 A; 1SNK A; 3TMP A; 3MTN A; 2B1M A; 4BS6 A; 4FK5 A; 3AI8 A; 2Y6E A; 2FUD A; 4IUM A; 3IOQ A; 4CDE B; 3PDF A; 3PHX A; 4MZO A; 3CH3 X; 4WA6 A; 2PRE A; 1K3B B; 4CZW A; 1SP4 B; 3V6C A; 3PHW A; 5EZQ A; 4D8E A; 1PPO A; 1PVJ A; 2DC6 A; 2WBF X; 3F75 A; 2WKX A; 8PCH A; 3K8U A; 3P5X A; 2XU4 A; 2BU3 A; 3CH2 X; 1EF7 A; 1U9X A; 2YJC A; 4BS5 A; 3KKU A; 2J7Q A; 1NB5 A; 4BOU A; 1CV8 A; 2JTC A; 4X6H A; 1QOL A; 2VHF A; 2AYN A; 3PNR A; 3IMA A; 2R9F A; 3F5V A; 1GEC E; 3GCB A; 4DMY A; 1IWD A; 2IPP B; 4BPV A; 2PBH A; 3MHH A; 1PCI A; 4D8B A; 2FRQ A; 4PT5 A; 4RF0 A; 1EWL A; 4YYW A; 4AXL A; 3IEJ A; 1Q6K A; 2FQ9 A; 1AU3 A; 2GHU A; 3C0R A; 3IFU A; 3RVX A; 4X6I A; 2P7U A; 3IV2 A; 9PAP A; 2YJ8 A; 3BBA A; 1AYU A; 2NQG A; 3BY4 A; 3I06 A; 3BB7 A; 3BPM A; 2JQG R; 2ARY A; 1A6R A; 5K16 A; 3OF9 A; 2FTD A; 3RNV A; 1PPD A; 3USV A; 6PAD A; 1CS8 A; 4K7C A; 5CHT A; 5JH3 A; 4M0W A; 3ZUA A; 4QBB A; 4ZUX U; 3BOW A; 2XU5 A; 4RNA A; 4BOP A; 1PPN A; 1PPP A; 4YYU A; 4I04 A; 3W30 A; 1Y4H A; 3PRM A; 1GLO A; 3BWK A; 5CHV A; 3OIS A; 1AEC A; 1PBH A; 2HXZ A; 2AS8 A; 1PAD A; 3BKH A; 1LBU A; 2DZZ A; 1GCB A; 2NQD B; 2B1N A; 2BH7 A; 2IBI A; 3IHP A; 1EWM A; 3E9S A; 4QRV A; 2BDZ A; 3MOR A; 3PHU A; 5CVM A; 4OEL A; 4ZTB A; 1Y08 A; 4A5U A; 1YAL A; 4YYV A; 4BXJ A; 4I05 A; 3I3T A; 1F2A A; 2AGA A; 2AIM A; 4Q8H A; 2G8E A; 3O65 A; 3P5U A; 1F2B A; 1S4V A; 2DC8 A; 2O6X A; 4QH6 A; 4BQV A; 1CPJ A; 1YK8 A; 2XU1 A; 3LXS A; 1CJL A; 1NB3 A; 2BDL A; 4BOZ A; 3V6E A; 3IUT A; 3BKV A; 5E6J A; 3RVV A; 4MI7 A; 3OVZ A; 2ATO A; 3KFQ A; 1PIP A; 1NLJ A; 3ZNH A; 3QT4 A; 4MM3 B; 2FE8 A; 3W31 A; 1ATK A; 4YYS A; 3WXF A; 3OVX A; 1EWP A; 4QRG A; 1CB5 A; 4PP2 E; 3N3K A; 1CSB B; 4CDF B; 2R9O A; 7PCK A; 3HHA A; 4XUI A; 2FRA A; 4YYQ A; 3H8C A; 4LPQ A; 4RF1 A; 4FJC A; 3QSD A; 4G54 A; 4R3D A; 3QJ3 A; 4FIP A; 3PW3 A; 3PBH A; 1UKF A; 2CIO A; 5JZE A; 3H8B A; 2PNS A; 2DC7 A; 1DF0 A; 3KX1 A; 4Q8G A; 3RVW A; 1CVZ A; 3NHE A; 1XKG A; 4OVZ A; 2FT2 A; 4KLB A; 4RKX A; 4MSX A; 2J7Q C; 4DMX A; 4W4U A; 3CBK A; 2R9N A; 4OW0 A; 1NQC A; 4BSQ A; 3OQC A; 2F1G A; 4W5C A; 1YVB A; 2AU1 A; 1PXV A; 2NQA A; 1U9V A; 5A24 A; 1ZCM A; 1KFX L; 1BP4 A; 1QMY A; 4BXD A; 1DEU A; 4GUA A; 3PSE A; 2AVW A; 2UZJ A; 3LFY A; 2OZ2 A; 2Y5B A; 2HWK A; 3CBJ A; 4YV8 A; 1DKI A; 2DC9 A; 5CVN B; 2Z84 A; 1TL9 A; 4AXM A; 4RY2 A; 1THE A; 3M99 A; 1FH0 A; 4IP3 A; 2PAD A; 3N3G A; 2R6N A; 3MHS A; 2G8J A; 4BOS A; 3K24 A; 2CB5 A; 2G6D A; 4I07 A; 1YZB A; 5EF4 A; 1EWO A; 3ERV A; 4HWY A; 4CDD B; 3P5W A; 2DJF B; 2AYO A; 2E00 A; 3PRP A; 3O0U A; 3S3R A; 5J94 A; 1KFU L; 3U8E A; 5PAD A; 2FO5 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4P6G A; 3LTW A; 3WXG A; 3O1G A; 1AU4 A; 1O0E A; 3HD3 A; 1AU0 A; 2F7D A; 4BPA A; 4W5B A; 3OF8 A; 2E02 A; 3S3Q A; 1CTE A; 2OUL A; 1YK7 A; 4CDC B; 1TLO A; 1YT7 A; 3K9M A; 1CQD A; 2R9M A; 3D2Z A; 1VJV A; 1QDQ A; 2C0Y A; 2XU3 A; 2P86 A; 1VSN A; 3B79 A; 3BCN A; 1MEM A; 2GFO A; 3C9E A; 2VHS A; 2FYE A; 2HH5 A; 2JQF R; 4GUZ A; 1QXP A; 1AU2 A; 4BJ4 A; 4MZS A; 5EGW A; 4OEM A; 1NL6 A; 1U9Q X; 3BPF A; 1PE6 A; 5CVO B; 3H6S A; 1GMY A; 1POP A; 4BOL A; 4N79 A; 1MHW A; 1ME3 A; 1AIM A; 4BXE A; 2E03 A; 4N8W A; 1F29 A; 2OP3 A; 1X9Y A; 1JQP A; 1U9W A; 1EAK A; 2H7J A; 1MDW A; 4QRX A; 3HHI A; 1NPZ A; 3KW9 A; 2R9C A; 4PAD A; 4NV8 A; 1BQI A; 1BGO A; 2AUZ A; 1AYW A; 3D6S A; 1W5R A; 2HHN A; 5FPW A; 2YJB A; 1STF E; 1L6J A; 1AYV A; 1ICF A; 3KWZ A; 1KHP A; 1ME4 A; 1MEG A; 1ITO A; 2G7Y A; 4P6E A; 1KHQ A; 1TU6 A; 3E1Z B; 5JA7 A; 1ZIV A; 2DZY A; 1F2C A; 1BY8 A; 1M6D A; 2DCD A; 2YJ9 A; 3DF0 A; 2DJG B; 4BGF A; 2ACT A; 2E01 A; 3KSE A; 2AUX A; 1MS6 A; 2YJ2 A; 4YYR A; 2HD5 A; 3H7D A; 3WXE A; 3H89 A; 3P5V A; 3BC3 A; 3KWB X; 4N4Z A; 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