The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
129
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structure length |
129
|
Chain Sequence |
SLMDPLANALNHISNCERVGKKVVYIKPASKLIGRVLKVMQDNGYIGEFEFIEDGRAGIFKVELIGKINKCGAIKPRFPVKKFGYEKFEKRYLPARDFGILIVSTTQGVMSHEEAKKRGLGGRLLAYVY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Detailed analysis of RNA-protein interactions within the ribosomal protein S8-rRNA complex from the archaeon Methanococcus jannaschii.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
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| source organism |
Methanocaldococcus jannaschii
|
| molecule keywords |
16S RRNA FRAGMENT
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| total genus |
25
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| structure length |
129
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| sequence length |
129
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00410 | Ribosomal_S8 | Ribosomal protein S8 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 | Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Dna Ligase; domain 1 | Dna Ligase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X65 H; 4JI7 H; 3T1H H; 4JI0 H; 4DUZ H; 4B3M H; 2UXB H; 4LF6 H; 4JV5 H; 1XMO H; 1XNQ H; 3J7A K; 1N34 H; 3J80 W; 2UUC H; 4KHP H; 1N32 H; 2UUB H; 4DV0 H; 5LMN H; 4K0K H; 4DV6 H; 1HR0 H; 4PDB A; 1IBK H; 3J81 W; 2UUA H; 4LF5 H; 4B3T H; 5LL6 b; 1S03 G; 4X66 H; 1J5E H; 4LF4 H; 4DV5 H; 4LFA H; 2HHH H; 4LF7 H; 4DR2 H; 5A2Q W; 5IWA H; 1HNZ H; 4DR4 H; 4DV4 H; 1IBM H; 2VQE H; 4DV1 H; 4B3R H; 4LFB H; 4LF9 H; 4DR3 H; 4X62 H; 4JI5 H; 1XNR H; 1HNW H; 5FLX W; 4YY3 H; 4YHH H; 1FJG H; 3T1Y H; 4DR1 H; 1FKA H; 4LFC H; 2UXD H; 3JAM W; 4JYA H; 1XMQ H; 4DR7 H; 3RF2 A; 2VQF H; 4JI4 H; 4NXN H; 5BR8 H; 1IBL H; 2UU9 H; 4NXM H; 2UXC H; 4B3S H; 4DR5 H; 4GKK H; 4JI2 H; 1AN7 A; 5LMU H; 1SEI A; 4OX9 H; 3OTO H; 4DV3 H; 4DUY H; 1HNX H; 4LF8 H; 2E5L H; 4JI1 H; 4JI6 H; 4DR6 H; 1N36 H; 4DV7 H; 1I6U A; 2F4V H; 1N33 H; 4JI8 H; 4AQY H; 5IT9 W; 2ZM6 H; 1I94 H; 4DV2 H; 4X64 H; 4GKJ H; 4JI3 H; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EBC A; 4LSX A; 4O4H F; 2NU9 B; 5KFO A; 3M9O B; 2WB1 A; 4FBT A; 2YZG A; 1X9Z A; 2ZQE A; 4YJ3 F; 4ECW A; 4L1K A; 1BNC A; 3UFX B; 4MV8 A; 1N34 H; 4RAY A; 5KG3 A; 5JQW A; 2R8I A; 2ASJ A; 4ZHQ F; 5KFM A; 3PR5 B; 3GIM A; 1K1G A; 4RB2 C; 5DG9 A; 4YQW A; 3BQ0 A; 2RGV A; 4F4Z A; 3OET A; 3VPB A; 4TQR A; 3G6Y A; 4DV6 H; 2C22 A; 4Q8E A; 3SB1 A; 1IBK H; 5KFR A; 4OO1 G; 4FJU A; 2JA9 A; 2NN6 G; 4EEQ A; 2R92 G; 4LF5 H; 1EC6 A; 4QWD A; 1S03 G; 2W9C B; 2LRR A; 4LF4 H; 1M0T A; 4YAK B; 5FD6 A; 4UCR A; 2R92 A; 2Y3M A; 4ECT A; 2JZX A; 5IWA H; 2V5A A; 1TWG A; 2W9A A; 5C3E G; 4IHJ F; 3PVX A; 4UFZ A; 2PT7 G; 5K2M A; 3UQ8 A; 1HNZ H; 3E5N A; 1WCM G; 2R8K A; 2R85 A; 4U6P A; 4AYB E; 4IZO A; 4DV4 H; 4O3S A; 3MR6 A; 4CC6 A; 2HGS A; 1IBM H; 3PW5 A; 3L7Z C; 3OHB A; 3AEV B; 1W93 A; 1WCM A; 2VQE H; 2HJW A; 3VKE A; 2CKZ B; 4LFB H; 4QJF A; 5KFW A; 2R93 G; 1ZZK A; 2OH2 A; 1EYZ A; 1KBL A; 1VAJ A; 3PW7 A; 1TWC A; 1IOV A; 4G08 A; 2PN1 A; 5H80 A; 5KFF A; 2VA3 A; 4AIM A; 3BA8 A; 2R93 A; 1VS0 A; 2RF4 A; 5DLG A; 3Q8Q B; 4J9O A; 3RBE A; 4X62 H; 4JI5 H; 2C35 B; 1HNW H; 2FMA A; 2R87 A; 4A3J G; 4ECU A; 3PZP A; 2PY9 A; 4JV1 A; 2HH3 A; 3GII A; 5DG8 A; 4FS1 A; 3GTO A; 3BAB A; 4DL5 A; 4R8U B; 4J9K A; 3RUP A; 3GTL A; 5KFL A; 3Q8R B; 2NU8 B; 5DGA A; 3AYH B; 4J9R A; 2JEG A; 1V9N A; 4RU9 A; 4DR1 H; 3KAL A; 2XD4 A; 1T94 A; 5F9L A; 4YR0 A; 4F50 A; 2UXD H; 5BPF A; 2BQ3 A; 3JAM W; 1V9P A; 1XMQ H; 4MV4 A; 1PK8 A; 2CTL A; 1KC7 A; 3KHR A; 3EPG A; 1KJJ A; 3K5I A; 3M4I A; 2ANN A; 5KG2 A; 1JDE A; 2RDI A; 2R82 A; 2HVR A; 4NXN H; 3Q2O A; 3R5F A; 4ECR A; 4HR7 A; 4QIW A; 2K1H A; 1V8C A; 1RJP A; 2I87 A; 2XIG A; 3L4J A; 4JVH A; 4NLG A; 4NZT M; 2W6O A; 3BG5 A; 4IWX A; 1AN7 A; 4OX9 H; 5IP9 G; 3OTO H; 4DV3 H; 5I47 A; 4A3F G; 1HNX H; 2VKC A; 3QFF A; 4RNN A; 1EZ1 A; 1UG8 A; 2YS6 A; 3H4D A; 1XDN A; 4WAN A; 2ZDG A; 5JH7 F; 4FJS A; 5KFE A; 3Q8S B; 5CAE B; 1TUA A; 4ED3 A; 5KG7 A; 2HVS A; 1UC9 A; 2YW2 A; 4DV7 H; 1ZTG A; 3KDK A; 1M7J A; 5CA0 F; 1GO3 E; 5JVD F; 1WR2 A; 3RB0 A; 4A3L G; 2F4V H; 4EEY A; 4JI8 H; 5C5J A; 4ED2 A; 2UVR A; 4MV1 A; 4A3C G; 2OPU A; 5L1L A; 1VBH A; 3Q1K A; 3K3P A; 1WE8 A; 2ZM6 H; 3TIN A; 3LWB A; 3V6K A; 2J9G A; 1I7L A; 4JI3 H; 2FPG B; 4ECY A; 2W9C A; 4ZQI A; 4X65 H; 4JI7 H; 2DIK A; 1WSC A; 3V4Z A; 4A93 G; 2E2H A; 1WVN A; 4DLK A; 1X4N A; 2FK1 A; 4O2A F; 4DL6 A; 4MTD A; 1X0A A; 4DUZ H; 4OCH A; 2GPW A; 3RJ0 A; 2NUA B; 2C00 A; 3TIG A; 5KFP A; 1XMO H; 5L9X A; 3HOX G; 3L4K A; 4EBE A; 2V58 A; 4EFE A; 2UUC H; 3MR2 A; 1N32 H; 4BXX G; 5KFU A; 1XRH A; 2CTJ A; 5KFG A; 2CTM A; 4AM3 A; 4NBQ A; 2P2R A; 4ECQ A; 2VOB A; 3VMM A; 5JUM A; 5DLF A; 2CZG A; 5LMN H; 5EWF A; 3CVZ A; 1B33 N; 1M0W A; 1HR0 H; 4PDB A; 3ETH A; 4ED0 A; 2DGR A; 3V6J A; 1Z2P X; 3J81 W; 2UUA H; 5C1P A; 5HBR B; 3RGZ A; 2E3U A; 4FM9 A; 3RAX A; 5KFQ A; 2J6U A; 4B3T H; 2Q2U A; 2FLN A; 1ZZJ A; 5KX5 F; 4X66 H; 4XX0 B; 2R7K A; 3N40 P; 4J9N A; 2X06 A; 4LFA H; 2HVQ A; 3KAJ A; 3LP8 A; 4RNO A; 2AQ4 A; 1B6R A; 2W71 A; 1GSO A; 1C3O A; 4DR2 H; 1RJQ A; 3I12 A; 1S0M A; 1ZHQ A; 2PMZ E; 4EC5 A; 1JDB B; 4A2B A; 4R8U A; 2YU9 A; 4ZOL F; 2BR0 A; 1E4E B; 1KJ8 A; 1SCU B; 1OWT A; 2R86 A; 4ECS A; 1C30 A; 2R6F A; 4WD3 A; 2WB1 E; 1S9F A; 3T5H A; 1UC8 A; 3SE7 A; 1O75 A; 1I50 A; 5KFY A; 4A3K G; 1K83 A; 4I55 F; 5JVL A; 4DL2 A; 3RTX A; 4QWA A; 2WYO A; 5KFX A; 2XC9 A; 2CWF A; 1A0I A; 4B3R H; 5J2T F; 3SI8 A; 4FS2 A; 5EZY F; 2VPQ A; 3WNZ A; 2C2R A; 1IOW A; 4XZ3 B; 3TII A; 3HBL A; 4A3E G; 3JSN A; 3KXY T; 5KG5 A; 4TUY F; 2DPJ A; 3JRW A; 2LF0 A; 1Z2N X; 4J9S A; 3R5H A; 3RV3 A; 3HOW G; 2MJH A; 2WAQ A; 1Z2I A; 2FK2 A; 2PVP A; 1Y1V G; 4TV8 F; 5KFJ A; 1EUD B; 3C0F B; 4QWB A; 1CS0 A; 2W8L A; 1Y1W G; 2CPM A; 3PN1 A; 3PR4 A; 2R7M A; 4O3N A; 3GTP A; 2WE6 A; 4RB0 A; 4UCO A; 2PQU A; 4YHH H; 3N41 B; 1RJR A; 2E2I A; 4ZI7 F; 4QWE A; 1Y1V A; 5IYZ F; 1J5K A; 1Y1W A; 1MSZ A; 2JEJ A; 4FBU A; 3OSS D; 1X9N A; 1ZZI A; 2YZN A; 5FJ8 G; 4RZR A; 1N48 A; 5DG7 A; 2FP4 B; 4Q43 A; 4BY1 G; 4LFC H; 3OSP A; 4ECX A; 1ZET A; 1DTJ A; 5FD5 A; 4JYA H; 3PW4 A; 3HOU G; 1PQX A; 3GAB A; 3RF2 A; 4C5A A; 4EGQ A; 2JEF A; 2JEB I; 2XGP A; 3OUZ A; 2R84 A; 1KJ9 A; 5IYB G; 2JEI A; 1IBL H; 2UU9 H; 5IYC G; 1B6S A; 3M9N B; 3PO3 G; 4GKK H; 5C4X G; 1AUX A; 2AXY A; 1UNN C; 2BA0 A; 2FE3 A; 1L2Z A; 3H20 A; 3RB3 A; 1Z2O X; 2W6Z A; 4IRC A; 2DZD A; 3N44 B; 4RB3 C; 4G3I A; 5L1I A; 5KT5 A; 2DLN A; 2W6N A; 5IP7 G; 2UVU A; 3G6V A; 2C2E A; 2MCT A; 4IAJ A; 5KFT A; 4C5B A; 5KFB A; 5FLM G; 2ALZ A; 3KAK A; 2ZJT A; 5KT6 A; 2A1S A; 2GLT A; 4UCT A; 3OUU A; 4MA5 A; 3VPC A; 1WTJ A; 2J6S A; 2YRW A; 3RIZ A; 2Q2T A; 3RV4 A; 3HOY G; 3GLK A; 1I94 H; 5D8D A; 4X64 H; 4GKJ H; 2VUG A; 4ED1 A; 2AGP A; 4XYM B; 5F9N A; 2W7O A; 2Z0S A; 2NVX A; 2D9I A; 2M8W A; 3H40 A; 1GLV A; 4B8C D; 1I7N A; 1WHR A; 3RGX A; 2FPP B; 5KG4 A; 3KTM A; 3ORR A; 4QIW E; 4BWS C; 3KHL A; 4J9M A; 4B3M H; 1B04 A; 1Y14 B; 2XCP A; 1KHM A; 1XNQ H; 1E4E A; 3GIQ A; 2ATL A; 4A2A A; 3J80 W; 4KHP H; 3RAQ A; 1E4G T; 1PX2 A; 2VR1 A; 5KFV A; 4EGJ A; 2SCU B; 3QZ7 A; 3KHH A; 1JXL A; 2UUB H; 4UCU A; 4J9Q A; 4E9J A; 3VPD A; 3GV5 B; 4C2M A; 2M05 A; 1RK5 A; 3JRX A; 4MV7 A; 2B63 G; 4QMF B; 2O4C A; 2R7L A; 4MV9 A; 2XCA A; 3V69 A; 1GSA A; 2QK4 A; 4UCS A; 5LXT F; 3G6X A; 2AU0 A; 2B63 A; 2V9W A; 2OPV A; 1X4M A; 3QZ8 A; 3K3V A; 5A2Q W; 3M9M B; 3PW2 A; 1SYX B; 3I0P A; 1VKZ A; 2GPS A; 3FMA A; 3JSL A; 4RAZ A; 1S68 A; 4O3R A; 2VUM G; 2VA2 A; 4E4T A; 5D1O B; 2R7Z A; 5KFA A; 4JV0 A; 2PBZ A; 3QD7 X; 3BA9 A; 4DL7 A; 1GGO A; 1SFO A; 4RNM A; 2DPI A; 1JIH A; 3HOV G; 5DT9 A; 1J4W A; 2VUM A; 4OD6 A; 2NVY A; 4CC5 A; 3V4S A; 3TQ1 A; 2R8J A; 4DV1 H; 3H3V H; 5HV6 A; 1EUC B; 1TA8 A; 2J6T A; 5KT3 A; 5IYD G; 3JZI A; 4A3I G; 1E4F T; 2FLL A; 2QND A; 4ME6 A; 4QW8 A; 2O03 A; 4O3Q A; 4IR9 A; 1K1S A; 2DWC A; 2FMR A; 1DIK A; 5C0X G; 4IRK A; 1XNR H; 3GQC A; 2W8K A; 4F4Y A; 4B8T A; 4YB8 B; 5DQH A; 2WTF A; 5K36 G; 1JKJ B; 5JEA G; 3HKZ A; 4YP3 A; 3MWE A; 3N43 B; 4JV2 A; 2R7Z G; 2FPH X; 3GTG A; 1T36 A; 5KG0 A; 3FAU A; 4QW9 A; 5KKN B; 4MV6 A; 1FVI A; 3L2P A; 5CB4 F; 3NCV A; 3TQT A; 5GON F; 2FFM A; 1FJG H; 2G8Y A; 2YQR A; 3T1Y H; 1FKA H; 4JVY A; 4XYL B; 4Y8V B; 1BXR A; 2LTM A; 2Y0S A; 4F4X A; 4J9P A; 4HQ6 A; 4EYI B; 3Q8P B; 1TWA A; 3R23 A; 2OLS A; 2HH2 A; 4DR7 H; 3PO2 G; 4HYK A; 2LTL A; 1VBG A; 1ZHS A; 2V59 A; 5L1K A; 1S97 A; 4IR1 A; 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5LA6 F; 3BQ2 A; 1M6V A; 4Q8F A; 2R8H A; 5FPR A; 4K0K H; 3NGD A; 3IN5 A; 1DV2 A; 3I4M G; 5BPH A; 4BY7 G; 4Q0Y A; 4DL4 A; 2FK3 A; 2XCL A; 1ODH A; 3MWD A; 5KT7 A; 4BBR G; 3BJY A; 4O2B F; 1S10 A; 5LL6 b; 1JLL B; 3GTM A; 2ZDQ A; 1K1Q A; 1J5E H; 3GIP A; 4DV5 H; 2YZM A; 4YAJ B; 5EWG A; 4A3D G; 2HHH H; 4LH6 A; 4BA2 I; 4LF7 H; 3H0G G; 3LML A; 4MTE A; 1AUV A; 4M7E A; 4RB1 A; 2JA8 G; 1I3Q A; 4YBZ B; 2KSW A; 4O4L F; 4LSA A; 2W6P A; 3N42 B; 3PW0 A; 3U9S A; 5LYJ F; 5KT2 A; 4JUZ A; 1GYF A; 2X0S A; 3FKI G; 3H0G A; 4LH7 A; 4I7H A; 3UOE A; 4DR4 H; 3WO1 A; 2NU6 B; 2VQD A; 3GV7 B; 2W6Q A; 2NU7 B; 2FJZ A; 3CQZ A; 3G8C A; 5CA1 F; 4ECV A; 1R9T A; 4ED6 A; 3FKI A; 3IG0 A; 2YL2 A; 3N8D A; 5LP6 F; 2FB9 A; 4A3G G; 2XGQ A; 4H8A A; 3MJF A; 1BGW A; 1DV1 A; 3MWM A; 2CW8 A; 5KFD A; 2I8C A; 4LF9 H; 3HXL A; 3GKU A; 3K5H A; 3RBD A; 1S0O A; 1P8L A; 4DR3 H; 4EBD A; 2JA5 G; 3MFH A; 2UVW A; 4J0M A; 2VPS A; 2R8G A; 4MAM A; 5FLX W; 4YY3 H; 3ETJ A; 4PWQ A; 1N56 A; 2JA5 A; 4GC7 A; 4IRD A; 2JA7 G; 4UCV A; 2W70 A; 1T3N A; 4O4I F; 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