The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
4
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sequence length |
78
|
structure length |
78
|
Chain Sequence |
MSRSPDAKEDPVECPLCMEPLEIDDINFFPCTCGYQICRFCWHRIRTDENGLCPACRKPYPEDPAVYKPLSQEELQRI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structure of the C4C4 Ring Finger of Human not4 Reveals Features Distinct from Those of C3Hc4 Ring Fingers
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Gene regulation
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR NOT4
|
| total genus |
4
|
| structure length |
78
|
| sequence length |
78
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase. |
| pdb deposition date | 2000-07-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14570 | zf-RING_4 | RING/Ubox like zinc-binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Herpes Virus-1 | Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HYI A; 2K17 A; 3DQV R; 4FK5 A; 4WZ3 B; 5H1U A; 2E6S A; 2MIQ A; 4A4B A; 3O7A A; 3PUQ A; 2LXH C; 1WFK A; 2FSA A; 1G25 A; 4UP5 A; 4A49 A; 2MUM A; 1JM7 A; 2LRI C; 5G05 B; 3KNV A; 4UP0 A; 2I50 A; 2LGL A; 2LDR A; 3L1Z B; 2HDP A; 5TDR A; 4AYC A; 4FIP A; 2ECG A; 2CSZ A; 3RPG B; 2JMI A; 5B75 A; 5TAB A; 2EGP A; 2MD7 B; 3O37 A; 4YAT A; 4NN2 A; 2M6M A; 2MNY A; 3LRQ A; 5B79 A; 1CHC A; 2L75 A; 2UZG A; 5FB1 A; 4PTB A; 1WIM A; 4LJN A; 5LKX A; 3HCS A; 4LLB A; 4S3O B; 4WZ2 A; 2RI7 A; 2RSD A; 2KFT A; 3C5K A; 3N9O A; 3ZPV 1; 2YU4 A; 2HYE D; 4B7Y C; 5FEY A; 2Y1M A; 4N4F A; 4N3W A; 1X4J A; 2ECV A; 2YQL A; 2FUU A; 2YUC A; 2KWN A; 2KU3 A; 2YHO A; 1LDK C; 2L0B A; 2M85 A; 2CKL A; 3O36 A; 2LGV A; 4AP4 A; 2KE1 A; 2LV9 A; 4I7C A; 3O35 A; 4W4U A; 2K4D A; 2LN0 A; 4AYC B; 3L11 A; 4GND A; 2NAA A; 4ZQL A; 2JMJ A; 1WEP A; 2MT5 A; 2H0D B; 3M62 A; 2KYU A; 3U5M A; 5LKT A; 1V87 A; 1ZBD B; 3ZNI A; 3VK6 A; 2VJF A; 5LKZ A; 3ZYQ A; 2ECN A; 4AVX A; 4FO9 A; 5C11 A; 2ZET C; 2E6R A; 3HCT A; 2DX8 A; 3LQH A; 5D1L B; 3O34 A; 2QIC A; 1N87 A; 1MM2 A; 3GL6 A; 2KRE A; 4YAX A; 4S3O C; 4CA1 A; 3QZV A; 4O64 A; 3N9L A; 1WEW A; 4L7X A; 5KH9 A; 5B77 A; 4PPE A; 5B76 A; 4LAD B; 5LCW B; 1WEE A; 4YBS A; 2PNX A; 4IC2 A; 1Z2Q A; 2PUY A; 4GB0 A; 1IYM A; 3SOU A; 2VP7 A; 2EA6 A; 4A0C D; 2CKL B; 4YBM A; 4MVT A; 2ECT A; 3N9P A; 3RTR B; 1X4I A; 1XWH A; 2YQM A; 4ZDT A; 2KWJ A; 4Q6F A; 2VJE A; 5FER A; 4GNG A; 3M63 A; 2KIZ A; 4YAB A; 5H1V A; 2F42 A; 1VD4 A; 2VNF A; 4YAD A; 5KH3 A; 3MHH A; 5EYA F; 2VJF B; 5D1M B; 3MHS A; 2YT5 A; 1JOC A; 2YYR A; 1FBV A; 1DVP A; 3T7L A; 1RMD A; 5J3X A; 4P5O B; 3DPL R; 3ASL A; 3EB5 A; 3T6R A; 4R2Y A; 3I2D A; 1FP0 A; 3LQJ A; 2JMD A; 1LDJ B; 2YHN A; 3N9M A; 1JM7 B; 5TDW A; 2G45 A; 3GV4 A; 5DKA A; 2LQ6 A; 2LGG A; 4R7E A; 4A4C A; 2YSM A; 4GNE A; 3EB6 A; 1WIL A; 4LK9 A; 4F52 B; 2YSJ A; 4IC3 A; 2IDA A; 3KV6 A; 3L1X A; 2C2L A; 3HTK C; 4CCG X; 2Y43 A; 3RPG C; 1WES A; 3ZPV E; 5KH7 A; 2VJE B; 3IHP A; 2KGG A; 2L5U A; 1WEM A; 4I7B A; 2K1J A; 5JG6 A; 2YW8 A; 4FJC A; 2QIZ A; 2C2V S; 2G6Q A; 2LGK A; 2M1R A; 4WA6 A; 5B78 A; 5D1K B; 2L43 A; 2MA6 A; 2VPB A; 2FUI A; 2MA5 A; 3NG2 A; 5TRB A; 2AN6 A; 4AUQ B; 2Y1N A; 4XI1 A; 1K2F A; 2F6N A; 3LQI A; 1VFY A; 3KQI A; 2XB1 A; 3M99 A; 2KGI A; 4X3G A; 2F6J A; 1VYX A; 4L58 A; 3ZVY A; 3U5P A; 4R8P K; 2ECI A; 3V43 A; 5DIN A; 2ECW A; 2VPG A; 4YC9 A; 2BAY A; 3KV5 A; 5I3L A; 3ZTG A; 4ZUX U; 1X4U A; 1Z6U A; 5C13 A; 2H0D A; 4C9Z A; 5H9M A; 4GNF A; 4B86 C; 1MM3 A; 1F62 A; 2QJ0 A; 4V3K C; 4BHW A; 5AIT A; 2MD8 C; 3FL2 A; 2CT2 A; 1WEO A; 1T1H A; 4V3L C; 4MSX A; 4YBT A; 4LKA A; 2JRJ A; 4BBQ A; 1WEV A; 4QF2 A; 2MNZ A; 3N9N A; 5G04 B; 2D8S A; 3C6W A; 4I7D A; 2M3H A; 2ECJ A; 5LKU A; 2KWK A; 1E4U A; 3U5N A; 1Z60 A; 4UI9 B; 2KWO A; 5AIU A; 5FB0 A; 3SHB A; 1BOR A; 2VPE A; 4WZ0 A; 1WEU A; 2EOD A; 5B8D A; 2OXQ C; 1WE9 A; 3U5O A; 1U6G B; 2LXP C; 2YUR A; 2VPD A; 3SOX A; 2XEU A; 3SOW A; 5H1T A; 3HCU A; 3N9Q A; 4TKP B; 2K16 A; 3O33 A; 3PHD A; 2KR4 A; 3PUR A; 2G43 A; 2YRE A; 3ZVZ B; 3O70 A; 5TBN A; 1WEN A; 1WGM A; 2CSY A; 5G0F A; 2L80 A; 1HYJ A; 4QF3 A; 1WEQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1HYI A; 2K17 A; 3DQV R; 2CSV A; 4FK5 A; 3DDT A; 4WZ3 B; 5H1U A; 2E6S A; 2MIQ A; 4A4B A; 3O7A A; 2XOZ A; 3PUQ A; 2LXH C; 1WFK A; 2FSA A; 1G25 A; 4UP5 A; 2CRR A; 4A49 A; 2MUM A; 1JM7 A; 2LRI C; 5G05 B; 3KNV A; 4UP0 A; 2I50 A; 2LGL A; 2LDR A; 3DWD A; 3L1Z B; 2D8U A; 2HDP A; 5TDR A; 4AYC A; 4FIP A; 2ECG A; 2CSZ A; 2FFW A; 3RPG B; 2IQJ A; 2JMI A; 5B75 A; 5TAB A; 2EGP A; 2MD7 B; 3O37 A; 4YAT A; 4NN2 A; 2M6M A; 2MNY A; 3LRQ A; 5B79 A; 1CHC A; 2L75 A; 2UZG A; 5FB1 A; 4PTB A; 1WIM A; 4LJN A; 5LKX A; 3HCS A; 4H9D A; 4LLB A; 4S3O B; 4WZ2 A; 2RI7 A; 2RSD A; 2KFT A; 3C5K A; 3N9O A; 3ZPV 1; 2YU4 A; 2HYE D; 4B7Y C; 2MKE A; 5FEY A; 3PLW A; 2Y1M A; 4Z0R A; 4N4F A; 4N3W A; 1X4J A; 2ECV A; 2YQL A; 2FUU A; 2XP0 A; 2YUC A; 2KWN A; 2KU3 A; 2L7P A; 2YHO A; 1LDK C; 2L0B A; 2M85 A; 2CKL A; 3O36 A; 2LGV A; 2XOC A; 4AP4 A; 2KE1 A; 2LV9 A; 4I7C A; 3O35 A; 4W4U A; 2K4D A; 2LAU A; 2LN0 A; 4AYC B; 3L11 A; 4GND A; 2NAA A; 4ZQL A; 2JMJ A; 1WEP A; 2MT5 A; 2H0D B; 3M62 A; 2KYU A; 3U5M A; 5LKT A; 1V87 A; 1ZBD B; 3ZNI A; 3VK6 A; 2VJF A; 3M7K A; 5LKZ A; 3ZYQ A; 2ECN A; 4AVX A; 3MDB C; 4FO9 A; 2E61 A; 5C11 A; 2ZET C; 2E6R A; 3HCT A; 2DX8 A; 3LQH A; 5D1L B; 5SVY A; 3FEH A; 3O34 A; 2QIC A; 4O62 A; 1N87 A; 1MM2 A; 3GL6 A; 3LDY A; 2KRE A; 4YAX A; 4S3O C; 4CA1 A; 3QZV A; 4O64 A; 3N9L A; 1WEW A; 4L7X A; 5KH9 A; 5B77 A; 4PPE A; 5B76 A; 4LAD B; 5LCW B; 1WEE A; 2FD4 A; 4YBS A; 2PNX A; 4IC2 A; 1Z2Q A; 2PUY A; 4GB0 A; 4Z0O A; 1IYM A; 3SOU A; 2VP7 A; 2EA6 A; 4A0C D; 2CKL B; 4YBM A; 4MVT A; 2ECT A; 3N9P A; 3RTR B; 1X4I A; 1XWH A; 2YQM A; 4ZDT A; 2KWJ A; 3FJU B; 5SVI A; 4Q6F A; 3LVQ E; 2VJE A; 5FER A; 4GNG A; 3M63 A; 2KIZ A; 4YAB A; 5H1V A; 2F42 A; 3FM8 C; 1VD4 A; 2VNF A; 4YAD A; 5KH3 A; 3MHH A; 5EYA F; 2VJF B; 5D1M B; 3MHS A; 2YT5 A; 1JOC A; 2YYR A; 2M13 A; 1FBV A; 1DVP A; 3T7L A; 1RMD A; 5J3X A; 4P5O B; 3DPL R; 2JM3 A; 3ASL A; 2YVR A; 3EB5 A; 3T6R A; 4R2Y A; 3I2D A; 1FP0 A; 2EGM A; 3LQJ A; 2JMD A; 1LDJ B; 2YHN A; 3N9M A; 1JM7 B; 5TDW A; 2G45 A; 3GV4 A; 5DKA A; 2LQ6 A; 2LGG A; 4R7E A; 4A4C A; 2YSM A; 3JUE A; 4GNE A; 2CRW A; 3EB6 A; 5K3Q A; 1WIL A; 4LK9 A; 3SUB A; 2DSM A; 4F52 B; 2YSJ A; 4IC3 A; 2IDA A; 3KV6 A; 3KDE C; 3L1X A; 2C2L A; 3HTK C; 4CCG X; 2Y43 A; 3RPG C; 1WES A; 3ZPV E; 5KH7 A; 2VJE B; 3LVR E; 3IHP A; 2RR4 A; 2KGG A; 2L5U A; 1WEM A; 4I7B A; 2K1J A; 5JG6 A; 2YW8 A; 4FJC A; 2QIZ A; 1MBM A; 2C2V S; 2G6Q A; 2LGK A; 2M1R A; 4WA6 A; 5B78 A; 5D1K B; 2L43 A; 2MA6 A; 2VPB A; 2FUI A; 2MA5 A; 2B0O E; 3NG2 A; 5TRB A; 2AN6 A; 4AUQ B; 2Y1N A; 4XI1 A; 1K2F A; 2F6N A; 3FAN A; 3LQI A; 1VFY A; 3KQI A; 2XB1 A; 3M99 A; 2KGI A; 4X3G A; 3Q1D A; 2F6J A; 3H7H A; 1VYX A; 4L58 A; 3ZVY A; 3U5P A; 4R8P K; 2EXU A; 2ECI A; 3V43 A; 5DIN A; 2ECW A; 2VPG A; 4YC9 A; 2XOY A; 2BAY A; 1DCQ A; 3KV5 A; 5I3L A; 3ZTG A; 4ZUX U; 1X4U A; 5SVX A; 1Z6U A; 5C13 A; 2H0D A; 4C9Z A; 2KKX A; 5H9M A; 4GNF A; 4B86 C; 1MM3 A; 1F62 A; 2QJ0 A; 4V3K C; 4BHW A; 2KKY A; 2CON A; 5AIT A; 2MD8 C; 2DJA A; 3FL2 A; 2CT2 A; 1WEO A; 4QQ4 A; 3T9K A; 1T1H A; 4V3L C; 4MSX A; 2JUN A; 4YBT A; 4LKA A; 2JRJ A; 4BBQ A; 1WEV A; 4QF2 A; 3E2D A; 3FAO A; 2MNZ A; 3N9N A; 3LJU X; 2D8S A; 3C6W A; 5G04 B; 4I7D A; 2M3H A; 2ECJ A; 3O47 A; 5LKU A; 2KWK A; 1E4U A; 3U5N A; 1Z60 A; 4UI9 B; 2KWO A; 5AIU A; 5FB0 A; 3SHB A; 1BOR A; 4OGC A; 4F1P A; 2VPE A; 4WZ0 A; 1WEU A; 2EOD A; 5B8D A; 2OXQ C; 1WE9 A; 3U5O A; 1U6G B; 2LXP C; 2YUR A; 2VPD A; 3SOX A; 2XEU A; 3SOW A; 5H1T A; 3HCU A; 3N9Q A; 4TKP B; 2K16 A; 3O33 A; 3PHD A; 2KR4 A; 2P57 A; 2OWA A; 2G43 A; 2YRE A; 3PUR A; 3O70 A; 5SVI B; 3ZVZ B; 5TBN A; 4OGE A; 1WEN A; 1WGM A; 2CSY A; 5G0F A; 2L80 A; 1HYJ A; 4QF3 A; 1WEQ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1HYI A; 2K17 A; 3DQV R; 4FK5 A; 4WZ3 B; 5H1U A; 2E6S A; 2MIQ A; 4A4B A; 3O7A A; 3PUQ A; 2LXH C; 1WFK A; 2FSA A; 1G25 A; 4UP5 A; 4A49 A; 2MUM A; 1JM7 A; 2LRI C; 5G05 B; 3KNV A; 4UP0 A; 2I50 A; 2LGL A; 2LDR A; 3L1Z B; 2HDP A; 5TDR A; 4AYC A; 4FIP A; 2ECG A; 2CSZ A; 3RPG B; 2JMI A; 5B75 A; 5TAB A; 2EGP A; 2MD7 B; 3O37 A; 4YAT A; 4NN2 A; 2M6M A; 2MNY A; 3LRQ A; 5B79 A; 1CHC A; 2L75 A; 2UZG A; 5FB1 A; 4PTB A; 1WIM A; 4LJN A; 5LKX A; 3HCS A; 4LLB A; 4S3O B; 4WZ2 A; 2RI7 A; 2RSD A; 2KFT A; 3C5K A; 3N9O A; 3ZPV 1; 2YU4 A; 2HYE D; 4B7Y C; 5FEY A; 2Y1M A; 4N4F A; 4N3W A; 1X4J A; 2ECV A; 2YQL A; 2FUU A; 2YUC A; 2KWN A; 2KU3 A; 2YHO A; 1LDK C; 2L0B A; 2M85 A; 2CKL A; 3O36 A; 2LGV A; 4AP4 A; 2KE1 A; 2LV9 A; 4I7C A; 3O35 A; 4W4U A; 2K4D A; 2LN0 A; 4AYC B; 3L11 A; 4GND A; 2NAA A; 4ZQL A; 2JMJ A; 1WEP A; 2MT5 A; 2H0D B; 3M62 A; 2KYU A; 3U5M A; 5LKT A; 1V87 A; 1ZBD B; 3ZNI A; 3VK6 A; 2VJF A; 5LKZ A; 3ZYQ A; 2ECN A; 4AVX A; 4FO9 A; 5C11 A; 2ZET C; 2E6R A; 3HCT A; 2DX8 A; 3LQH A; 5D1L B; 3O34 A; 2QIC A; 1N87 A; 1MM2 A; 3GL6 A; 2KRE A; 4YAX A; 4S3O C; 4CA1 A; 3QZV A; 4O64 A; 3N9L A; 1WEW A; 4L7X A; 5KH9 A; 5B77 A; 4PPE A; 5B76 A; 4LAD B; 5LCW B; 1WEE A; 4YBS A; 2PNX A; 4IC2 A; 1Z2Q A; 2PUY A; 4GB0 A; 1IYM A; 3SOU A; 2VP7 A; 2EA6 A; 4A0C D; 2CKL B; 4YBM A; 4MVT A; 2ECT A; 3N9P A; 3RTR B; 1X4I A; 1XWH A; 2YQM A; 4ZDT A; 2KWJ A; 4Q6F A; 2VJE A; 5FER A; 4GNG A; 3M63 A; 2KIZ A; 4YAB A; 5H1V A; 2F42 A; 1VD4 A; 2VNF A; 4YAD A; 5KH3 A; 3MHH A; 5EYA F; 2VJF B; 5D1M B; 3MHS A; 2YT5 A; 1JOC A; 2YYR A; 1FBV A; 1DVP A; 3T7L A; 1RMD A; 5J3X A; 4P5O B; 3DPL R; 3ASL A; 3EB5 A; 3T6R A; 4R2Y A; 3I2D A; 1FP0 A; 3LQJ A; 2JMD A; 1LDJ B; 2YHN A; 3N9M A; 1JM7 B; 5TDW A; 2G45 A; 3GV4 A; 5DKA A; 2LQ6 A; 2LGG A; 4R7E A; 4A4C A; 2YSM A; 4GNE A; 3EB6 A; 1WIL A; 4LK9 A; 4F52 B; 2YSJ A; 4IC3 A; 2IDA A; 3KV6 A; 3L1X A; 2C2L A; 3HTK C; 4CCG X; 2Y43 A; 3RPG C; 1WES A; 3ZPV E; 5KH7 A; 2VJE B; 3IHP A; 2KGG A; 2L5U A; 1WEM A; 4I7B A; 2K1J A; 5JG6 A; 2YW8 A; 4FJC A; 2QIZ A; 2C2V S; 2G6Q A; 2LGK A; 2M1R A; 4WA6 A; 5B78 A; 5D1K B; 2L43 A; 2MA6 A; 2VPB A; 2FUI A; 2MA5 A; 3NG2 A; 5TRB A; 2AN6 A; 4AUQ B; 2Y1N A; 4XI1 A; 1K2F A; 2F6N A; 3LQI A; 1VFY A; 3KQI A; 2XB1 A; 3M99 A; 2KGI A; 4X3G A; 2F6J A; 1VYX A; 4L58 A; 3ZVY A; 3U5P A; 4R8P K; 2ECI A; 3V43 A; 5DIN A; 2ECW A; 2VPG A; 4YC9 A; 2BAY A; 3KV5 A; 5I3L A; 3ZTG A; 4ZUX U; 1X4U A; 1Z6U A; 5C13 A; 2H0D A; 4C9Z A; 5H9M A; 4GNF A; 4B86 C; 1MM3 A; 1F62 A; 2QJ0 A; 4V3K C; 4BHW A; 5AIT A; 2MD8 C; 3FL2 A; 2CT2 A; 1WEO A; 1T1H A; 4V3L C; 4MSX A; 4YBT A; 4LKA A; 2JRJ A; 4BBQ A; 1WEV A; 4QF2 A; 2MNZ A; 3N9N A; 5G04 B; 2D8S A; 3C6W A; 4I7D A; 2M3H A; 2ECJ A; 5LKU A; 2KWK A; 1E4U A; 3U5N A; 1Z60 A; 4UI9 B; 2KWO A; 5AIU A; 5FB0 A; 3SHB A; 1BOR A; 2VPE A; 4WZ0 A; 1WEU A; 2EOD A; 5B8D A; 2OXQ C; 1WE9 A; 3U5O A; 1U6G B; 2LXP C; 2YUR A; 2VPD A; 3SOX A; 2XEU A; 3SOW A; 5H1T A; 3HCU A; 3N9Q A; 4TKP B; 2K16 A; 3O33 A; 3PHD A; 2KR4 A; 3PUR A; 2G43 A; 2YRE A; 3ZVZ B; 3O70 A; 5TBN A; 1WEN A; 1WGM A; 2CSY A; 5G0F A; 2L80 A; 1HYJ A; 4QF3 A; 1WEQ A;
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